3K2DA

Crystal structure of immunogenic lipoprotein a from vibrio vulnificus
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
GHMDTSKVKVGVMAGAEAQVAEVAAKVAKEKYGLDVELVTFTDYVTPNAALDDGSIDMNAFQHKPYLDRQVEDRDYKLTIAGNTFVYPIAGYSKQVKSVAALADGVRIAVPNDPTNLGRSLLLLEQQGLIKLRPEVGLLATVRDIVENPKNITIMELDAAQLPRSLDDVALSIINTTYASSINLTPEKDGVFVEDKESPYVNLIVARQDNVQNENVQNFVKAYQTEEVYTAAKEIFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system
source organism Vibrio vulnificus
publication title Crystal structure of Toll-like receptor 2-activating lipoprotein IIpA from Vibrio vulnificus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type metal ion transport system, periplasmic component
total genus 64
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k2dA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k2dA02
3CVGA 5HPQA 1JVYA 1LLSA 3E9XA 3RN8A 3TELA 2UYFA 3RT6B 3BKIB 5AA1A 4C1TA 5CBSA 2UVIA 3K6UA 3OSQA 4BDQA 4HCWA 3OOAA 2GFEA 4IY5A 2REJA 1DOTA 2D3IA 5F7VA 4MFIA 3FJ7A 4IO5A 5ITPA 1IXGA 3TYHA 1SW4A 1FQBA 1EH3A 4KCCA 5EHSA 3UORA 2QRYA 1B2HA 3G3FA 3K6WA 4POXA 5ICQA 1LAFE 4Q5TA 4R6YA 1XVXA 3PUVE 3FVNA 1ZLQA 2Z8EA 4QFNA 4EQ9A 1B0LA 1B3LA 1VSOA 4OETA 3S9LC 3S9MC 4OERA 1SBPA 2CMOA 4MLVA 4BDOA 4OENA 1MQGA 1LAGE 1SYIA 4IGRA 3CG3A 4HTGA 3IO6A 3LBSA 5K2XA 1LCTA 4TLMB 2HEUA 3H6VA 2XD2A 3IAZA 1O63A 2ANJA 4JSDA 2DE4A 1OLAA 4R72A 2F34A 3R6UA 2P1SA 1SDXA 4I9DA 5TP9B 2KLFA 3U1OA 4H1XA 3MAMA 1P1WA 1P1NA 2THIA 3FXUA 5DYHA 3UK4A 4XKPA 1VE4A 3OD7A 3TTMA 5I2NB 3U8QA 2F7CA 4FATA 2H4IA 2PVUA 1N3WA 2DP8A 1XVYA 3JYRA 4ESXA 5DTBA 2ZYMA 2E1SA 3T22A 2QL3A 3U92A 3ILUB 2F97A 4GVOA 1O7TA 3C36A 1SI0A 1FCKA 1SI1A 3FZVA 1MXXA 4EUOA 2VD2A 1DPEA 2RCBA 1SW2A 1N76A 4GF8A 3PUWE 1A8EA 5CBRA 1B3FA 2WKYA 4TQUQ 3H06B 1XS5A 2OBGA 2I6EA 1P1UA 2H25A 4BLAA 3FJMA 2RKMA 1D9VA 3LSFB 4ZEKA 4E0XA 3U94A 5JTYB 1NFTA 2ONSA 2REGA 1BLFA 1B1HA 4F22A 3FATA 4LZ8A 4IO3A 4PFUA 4GOTA 3RTFB 4ZEIA 5I56B 1FTJA 2F36A 4P0GA 3H6UA 3UGWA 3QIMA 5J1DA 3W15C 1MXZA 1II5A 3PMWA 2Q89A 4M4GA 3VFJA 2A5TB 3SEXA 3FV1A 3OENA 4IO6A 2HAVA 3H03A 4ECFA 4OHNA 3B6WA 4NWDA 5KDTB 3PUXE 2XX7A 3TTLA 3SEUA 4EF2A 1B7HA 1UIVA 4L17A 2OJTA 4QSCA 1QUJA 4FEBA 3CFZA 3TMGA 4R2BA 4O3AA 5CMKA 2Y7RA 1NL5A 2I58A 2NXOA 5CC2A 3QXMA 4C0RA 1YCJA 1DMBA 2OWSA 3W9WA 3CRBA 2H5YA 2HFBA 1FQDA 3GLBA 4XXUA 1MPDA 4F3BA 3HN0A 4OESA 4BDLA 1CE2A 1T0KA 1I6AA 4R9FA 5I2KB 2HXWA 1HSJA 1POY1 1YAEA 1QULA 3N5LA 3N94A 2XXXA 5TP9A 2HCAA 2DWIA 3BBRA 3C33A 3EPEA 4FECA 3MUQA 3THIA 4QFPA 1B40A 1H43A 3BFTA 2IA4A 4U22A 2XXWA 3VLUA 3IB1A 5H8NB 5I2NA 2F7BA 3TEPA 2P0SA 3F11A 4K3FA 3TTRA 4MF3A 3CI8A 1B46A 2QS3A 1DTGA 1NMUA 4H5GA 1OVBA 3K4UA 2UYEA 3VVFA 3KBRA 1DPPA 5BUUA 4RJZA 3U93A 4YAHX 3FVKA 4QFLA 3MZ1A 1H44A 2DWHA 4DCXA 1A55A 4YU0A 5TPAB 3HHGA 3M3FA 3VV5A 4QFOA 4IGTA 4N13A 1MY1A 3GZGA 1LSTA 3DP6A 4H67A 3OEKA 3LR1A 2XXVA 3VVEA 3HPIA 4MLQA 3USDA 5L9OA 1NKXA 3O28A 2Y7PA 4ONYA 2NOOA 3O97A 1IITA 4JXIA 5JTYA 3T9UA 5CI5A 1N84A 1MDP1 1IZ1A 4I62A 1IXHA 4LONB 5I56A 2XXQA 1B7UA 5K2YA 3TTKA 2GH9A 2AYSA 3MC2A 4Z7EA 2XX8A 2DVZA 5KCJB 3PU5A 2A5TA 2VD3A 3KZGA 3PUZE 4LP2B 3G3HA 3MP1A 3MVWA 4F29A 5KDTA 3ZSFA 4GXAA 3E4RA 5BWJA 4JDFA 2NUVA 1OQGA 1JEVA 3MBPA 4GLIA 1POTA 1N7WA 3IB0A 2V25A 2X26A 3FVGA 2ESNA 3S4UA 4PFWA 3MWBA 1OMPA 4DIGA 1BP5A 1B4ZA 1ZJLA 1Y3PA 1MXUA 1XT8A 3C32A 3ZKLA 1UTBB 1GGGA 2DSFA 2UVGA 4NWCA 5F1QA 1OQHA 3DM0A 3PPNA 2G93A 2HAUA 1TWYA 2RC8A 5CMMA 1A99A 2V3UA 4UACA 2RC9A 3FASA 2NWJA 2OK2A 4DCYA 5H8NA 3O9PA 1RYOA 4YKKA 1AH5A 1QUIA 4NF8B 3MZBA 1AOVA 4WEDA 4OQOA 1UQWA 2FNCA 4Q30B 2VOZA 2O68A 3TCFA 3EF7A 3FV2A 3V5AA 1A54A 3KJTA 2B65A 5TPAA 1OIBA 3PPOA 1VR5A 2W7YA 2UVJA 4RXLA 4YICA 3N26A 2XXPA 4UA8A 3B7DA 3OO6A 1IXIA 2Q2AA 3FXQA 4ZE8A 1R6ZA 3O2AA 3QK6A 4NE4A 3CSGA 3RQTA 3PUYE 4HS7A 3K6XA 1I69A 3HCQA 5I57B 2HZLA 3QYTA 4H0WA 2Z8DA 1PB7A 2RINA 3VXBA 1UIUA 3PD8A 4H65A 4LZ5A 1S50A 1BTJA 1IUDA 4OTEA 1GTKA 3C31A 5AA2D 1EZOA 2QS1A 2X7PA 3M3KA 3VLVA 2IEEA 1TFAA 4GL8A 4U23A 2ALUA 2O7UA 3SEYA 3M8UA 1B52A 3D4GA 3CSBA 5I59B 2DXYA 5KCJA 3LUYA 3KSXA 1AMFA 5H8HA 1Y1MA 3EHSA 3OO8A 4DXCA 3H4ZA 4IO2A 4EXLA 1ELJA 3KOSA 1SVXB 4XIGQ 3GBAA 4RPOA 3MVYA 3L6GA 5FTHA 1PB8A 2LAOA 1VFDA 3I5OA 5AA4B 1UTHB 4XTCQ 3TKDA 1MDQA 1FQAA 1IIWA 4G2ZA 1ANFA 3T9VA 2Q8JA 3SETA 5KZTA 1DTZA 1MPBA 1URGA 2HQ0A 4ND9A 1Y3NA 1LAHE 4TOZA 1B4HA 1FTMA 2O51A 2QPQA 4R73A 1MG1A 2F35A 5JEIA 1O64A 3V83A 4NMYA 4FAJA 4Q8RA 4U1ZA 3RPWA 3KFMA 1Y3QA 1USYH 3K02A 1PBQA 1BKAA 1MQIA 4XKQA 4POWA 2I3VA 1UTBA 5IAIA 4F1YA 4RY1A 4GL0A 2F6GA 3SESA 5DVJA 5JK4A 3A09A 2DOJA 3P7IA 3O6IA 1PEBA 4JWXA 3O6GA 1P1QA 1PC3A 5AA2B 3V89B 1URSA 1JW4A 5CMBA 4O3CA 4IY6A 4NF8A 3JV9A 4F1UA 1NH7A 3K1PA 2PT2A 4F1VA 2HZKA 2V93A 3MJNA 1Y20A 4YMAA 1S9TA 5H8SA 5ELVA 3U72A 1FTKA 3QUFA 1QKBA 3KN3A 4PP0A 3VXCA 3IJXB 4R6HA 2ZMBA 3CFXA 2Q88A 1B6HA 2O6AA 4RYAA 4DXUA 3HV1A 1ZKBA 2QMXA 4OEUA 3IB2A 3M3LA 1EZ9A 2QSXA 3PPRA 3QAXA 3ZKKA 3I3VA 3UIFA 5I57A 2AIXA 2GHAA 3MZ9A 1MXVA 4GD5A 2V3QA 2NVUB 4KYEA 1MRPA 1LBCA 3TTNA 1MXYA 4N07A 3QUJA 1MY0A 1A7LA 2ONRA 3E3KA 3G3KA 3VVDA 1JEUA 1IQ7A 4YMBA 3MP6A 3O66A 3C4MA 3R26A 4EF1A 4KD5A 3S2VA 3ECRA 2F6PA 1MPCA 3PPQA 2M8CA 1H3DA 3KEIA 1A40A 2P2AA 5H8FB 3FIRA 1JVXA 2ZYKA 3PMVA 3MPLA 1M5EA 1Q35A 4U4XA 3H6TA 1RYXA 1ZTYA 4OYVA 3RTWB 3OMBA 1WODA 3IO4A 2XXUA 5H8QB 4X48A 2ZYNA 3SEWA 4ZDMA 5I84A 4JBZA 4H8JA 5AA4A 1UTHA 4U4SA 2XXRA 2ZNTA 4EXKA 3FVOA 4LVQA 3RGYA 1QW0A 4H5FA 1SW1A 1B05A 3FXRA 3CIJA 3SEVA 3RNNA 2I49A 1M5FA 1FQFA 4X1DA 3LSXA 4QFKA 5B7DA 3RLFE 3VLWA 4ZEFA 4GXSB 1ZMGA 4F39A 5L9SA 1I6QA 3H7MA 5A5XB 3ZS6A 1WVJA 5AA2A 1LCFA 1US4A 1CB6A 1ATGA 2OCUA 1QJMA 5FTIA 2RCAA 3TQWA 2PX1A 1R1NA 1MQJA 4QHQA 3PV0E 3D4CA 4I1DA 2O1MA 4YB6A 4U2RA 2YPNA 4E0WA 2PBWA 2F78A 3OXNA 2CZLA 4AQ4A 3G3GA 2ONKE 4WKMA 4F31B 4ELOA 4F3GA 5ISUA 3HO7A 3HSTA 1Y4CA 4Q0CA 4JWYA 1VFEA 3SKPA 4P11A 4NF6B 1QKAA 1FTOA 4DE8A 1B5JA 2XX9A 5HM4B 4KHZE 3PMXA 3DELB 4QF9A 1B7ZA 4OVJA 4U21A 3N6TA 3I6VA 1LGBC 5M2VA 5I2KA 2XXHA 4R75A 2Y7KA 1LFIA 2Y84A 2B3FA 1TXFA 2OZZA 2ABHA 4LA9A 5I58B 4JSOA 1LBBA 3IOTA 3S9NC 5EYFA 1B5HA 1FQEA 4DZ1A 4LATA 1LAXA 2XXYA 4QRZA 3UA8A 3EN3A 3WAEA 1MM6A 5H8FA 3TUSA 5AE4A 1B3HA 1J1NA 4FJPA 4F3PA 1PB9A 1B3EA 5DEXB 2QS4A 4KYDA 1QVSA 2PMSA 4LQ2A 2DXRA 1B5IA 2QS2A 5H8QA 2GHBA 2DWAA 3IOUA 4JWOA 2VHAA 1B0HA 1MQHA 3A3UA 4XKNA 1F9BA 3RY3A 3TFLA 4G77A 1XHYA 2Q2CA 4IO7A 3T96B 4R6KA 4FEDA 3HHFA 4AB6A 3T9XB 4RNSA 1MH3A 1MS7A 1GVCA 1MY4A 5ITOA 3Q26A 1B9JA 3KOTA 1BIYA 3RUMA 2D5WA 4LQ5A 4I8CA 3TCHA 3A3CA 4Z0IA 1M5DA 3EHTA 3H3GA 4NF5B 4PFYA 3IOVA 4DDDA 3KSJA 4EDPA 3VDFA 2H98A 2H99A 3WAFA 5A5XA 4P0IA 4ZZEA 3T93B 5AA3A 3VE1B 2UVHA 1TFDA 3SERA 4C1UA 4NEDA 3IR1A 2R71A 3S9EA 3OELA 3QSLA 1NNKA 3JZJA 1A8FA 1PBPA 4HW8A 3KG2A 1RKMA 2V84A 3MPKA 5DVFA 2ZNSA 4G68B 3MVZA 5L9MA 3FD3A 3KJ7A 2Z23A 3UP9A 1B1XA 3K2DA 3IL1B 3Q27A 2X7QA 4TLLB 3FGSA 3V8XB 2XHDA 4G8HA 4GFRA 2Y7WA 4OWDA 2UXAA 2Q9TA 4KPTA 5FHMA 1MQDA 1H45A 2F5XA 1R9LA 4BDMA 3GXAA 1N0TA 4PQJA 4EQ7A 4NF6A 1SQYA 2ZXTA 1SYHA 3K1MA 2RC7A 1NNTA 1NNPA 1JETA 1SW5A 2DQVA 1LB9A 1GR2A 2E0SA 3MVXA 1N3XA 1EU8A 2BJJX 2XXTA 3N6UA 1Q1KA 3K0VA 1Y1ZA 4KI0E 3OO9A 3Q29A 3PD9A 1L5TA 4N6PA 4KCDA 4RK9A 4OMBA 1OLCA 5I58A 2DYXA 4GIZA 1USYE 4OEVA 4H8IA 4GWOA 4R2FA 3IJOB 1B32A 2RF1A 2O84X 3TPAA 5CMCA 4YB5A 1OVTA 3PPPA 3DP8A 4HCYA 4QSEA 4X9TA 5EHMA 4WXJA 1P99A 3C35A 1JW1A 1YTVA 1GV8A 1URDA 5DEXA 3IORA 3IK6B 4YKJA 1YPNA 4BDNA 3G7WA 2AL4A 1PDAA 3RT8A 4O3BA 4FE8A 3OO7A 5B70A 3TCGA 4GRKA 2GRVA 4X1BA 2I4CA 3PGFA 1XOCA 2I4BA 3TDJA 4RK2A 1Y9UA 4KR5A 2OLBA 3K01A 1ZIUA 4DXBA 1HSLA 1P1OA 2AL5A 3SDFA 4LZ7A 4KYSA 4F2OA 3CR9A 3W9VA 4NTLA 2XD3A 4NF4B 4YKPA 3L6HA 1MM7A 3DLNA 4FIMA 4BDRA 1HSEA 2O1LA 3C34A 1QUKA 3ONMA 3T66A 1D4NA 4NF5A 3IOWA 1DSNA 3MW0A 1MY2A 4ZE9A 1LB8A 3O29A 1MXWA 2FA7A 3K1NA 3EQ1A 2R9JA 4MH5A 1I6BA 2DVCA 2Z8FA 4YZZA 2I3WA 4AB5A 3TZAA 2PT1A 1Z7ME 3AXFA 3Q25A 1M5BA 3MP8A 4OXVA 2I0BA 3LSWA 4XKRA 4G68A 5I59A 4F3SA 1Y4TA 1WDNA 2XXIA 3MQ9A 4OFJA 1M5CA 5LOMA 4PE5B 2OWTA 2O69A 2O7IA 3B6QA 4IO4A 1IEJA 4U1OA 4OFOA 1AIVA 4GQOA 5ICTA 5CRYA 5FHNA 4ZECA 2Z22A 2FYIA 1IXCA 4ELQA 2A5SA 1N04A 2DS9A 1FW0A 4ELPA 1NH8A 3CG1A 1JW5A 4KFQA 5HBCA 2F7AA 2ZNUA 4DLDA 3TQLA 1H76A 2VGQA 3G3JA 3R7XA 4FORA 1KWHA 4M1VA 4F19A 1JQFA 1B51A 1AL3A 2Y7IA 2VP1A 3K00A 3IX1A 4QSDA 4EQBA 3TODA 1SD3A 1ZBMA 2ZYOA 4PETA 4WEPA 4H6DA 1MH4A 2YJPA 3DP4A 2F8DA 3KGCA 1FQCA 4OZ9A 2QMWA 4ELRA 4R9GA 1ZU0A 5TU0A 3H6WA 5DT6A 2G29A 1D3KA 3Q28A 4PFTA 2I48A 4F18A 5DVIA 1FTLA 3LC8A 3LSLA 1B3GA 4ZZAA 4ZEBA 1B58A 2DE2A 2PYYA 4LUBA 3B6TA 1Z7NE 2QJEA 4F2QA 4MBPA 3ILTB 3CFLA 4ZEDA 4RPNA 5FHOA 3TAJA 4G8NA 4RA1A 5H8HB 1N7XA 3KN8A 4OFLA 2V3TA 2D21A 4G4PA 1US5A 4G68C 3GBBA 4NF4A 1MY3A 3BFUA 3EHUA 3OSRA 3K6VA 4YKIA 2DWJA 1XC1A 4G8MA 3UN6A 5CM6A 3C9HA 3OEMA 3KN7A 2DE3A 1LFHA 1JNFA 3O6HA 1EZPA 3FJGA 4R74A 4JB7A 4KQPA 2R6GE 3G3IA 3FUZA 2I0CA 2YLNA 3T9HB 4THIA 2B3BA 1TT1A 1NNFA 1LFGA 4YB7A 1D9YA 4ISUA 3E13X 3ODBA 1R9QA 4ESWA 1S7YA 2H9BA 4IB2A 5L8DA 4ZS9A 5IKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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