3K2RA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme mutant k65v1/r76v1
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAECLFNQDVDAAVCGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant K65V1/R76V1
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3k2rA00
3SBBC 192LA 227LA 3CDQA 1L18A 251LA 2OTYX 1C6HA 1NHBA 1SX2A 1DYBA 1C6DA 1CTWA 1T8AA 1QTDA 163LA 4I7JA 157LA 4GRVA 1L59A 4DKLA 1C6BA 108LA 1DYAA 1L57A 245LA 3SN6R 1ZYTA 1XJUA 1PQJA 3NYAA 196LA 2RBNA 1L52A 2L78A 1LLHA 1EPYA 1G0LA 3C81A 1L03A 3C8SA 1LGXA 3HH6A 1L58A 1T8FA 1L23A 1LYDA 1PQIA 3HH3A 1C6CA 1L90A 1L62A 1L92A 4ARQB 1LYHA 249LA 3SBAA 1L85A 2OU9A 253LA 120LA 1SX7A 7LZMA 1L77A 1L80A 3HU8A 242LA 1L48A 3F8VA 139LA 1KS3A 155LA 156LA 1L19A 3VW7A 2RBQA 3DN6A 166LA 142LA 160LA 1D3JA 1C6EA 4LDEA 3JR6A 4ARQA 3CDTA 1L28A 2LCBA 1L71A 5I14A 4EKSA 3G3WA 1LI3A 1L75A 130LA 1L29A 1C6KA 240LA 180LA 201LA 4ARMB 1C6AA 1L86A 234LA 3DMZA 1G0QA 4I7KA 1L15A 4I7PA 1C68A 1QT8A 1LGWA 2Q9EA 1G0GA 1PQMA 3PDSA 198LA 2B70A 186LA 2IGCA 4W54A 1LW9A 3DKEX 215LA 2F32A 1C62A 1L09A 1L99A 1OV5A 4I7QA 1L72A 216LA 3CDVA 1DYGA 3SB7A 1P64A 3DN0A 1CU5A 1ZURA 122LA 4LZMA 2OTZX 1C69A 229LA 1L70A 115LA 1L87A 241LA 4W51A 1D3NA 1KW5A 233LA 2ANVA 125LA 1OV7A 1L73A 2RBPA 1LYEA 1QT3A 2OU0X 4EKQA 1DYCA 3G3XA 3L2XA 3DNAA 1G07A 2OEAX 3OE9A 1L83A 3HUKA 2LZMA 1LWGA 1L67A 1LGUA 1XJTA 1OYUA 4W59A 2RBRA 228LA 4EKRA 4EJ4A 1L84A 4I7NA 168LA 1QT6A 1CX6A 1L41A 137LA 1OVKA 1L35A 3GUPA 1L49A 1P36A 1C6IA 219LA 3SB9A 1LWKA 3NY9A 1P5CA 3DN1A 1D3MA 1L64A 254LA 3C7YA 1L63A 127LA 255LA 3HTGA 2O79A 187LA 4EKPA 1C6LA 3K2RA 183LA 2HULA 4GBRB 3QAKA 4I7OA 3OE0A 4I7SA 1L76A 257LA 1CVKA 1L40A 1CUQA 1C60A 4YX7C 1L51A 152LA 3C83A 248LA 146LA 1I6SA 1L89A 206LA 1QUOA 1L93A 3HUAA 1L05A 177LA 1L94A 1C6PA 3RUNA 1L22A 4I7LA 1G1VA 119LA 126LA 1L37A 3ODUA 3EMLA 1L06A 104LA 1D3FA 2B73A 2NTGA 3CDRA 237LA 4ARLA 4EPFA 158LA 1LPYA 1OWYA 1L27A 1LYJA 172LA 212LA 185LA 1L13A 4I7MA 2QARC 1QTHA 3CDOA 1T97A 3GUNA 141LA 3DN4A 1L91A 1L66A 250LA 3HT8A 1SSWA 1L56A 4ARPA 2RBSA 3GUMA 1L21A 2B6ZA 4PJZA 214LA 1DYFA 1PQDA 1LI6A 4W52A 231LA 1L38A 149LA 3FI5A 144LA 1L98A 1D2WA 2F2QA 2HUMA 1CV5A 1CX7A 131LA 176LA 129LA 113LA 1QTZA 161LA 1CU2A 2RB0X 1K28A 2B6XA 4E97A 112LA 182LA 1L54A 3SB5A 1C6MA 1C63A 1JTMA 1L45A 3SB6A 2RAZX 2NTHA 1L08A 256LA 3D4SA 3DN2A 3GUIA 1L36A 1LYIA 239LA 243LA 191LA 3C8RA 107LA 3HH5A 4OO9A 4ARMA 4AQNA 3C8QA 1L97A 138LA 2OE7X 3OE8A 218LA 2OE9X 1KW7A 1L24A 5LZMA 2CUUA 1PQOA 1QUDA 3HDEA 3GUKA 3GULA 4ZPUA 169LA 1G0MA 1JTNA 1LYFA 1CV3A 1G1WA 3HT6A 1CV0A 171LA 1P46A 2QB0B 162LA 3UONA 1QUGA 3HTDA 4I7RA 3HUQA 3HWLA 247LA 111LA 1QS5A 2O4WA 170LA 1C6QA 224LA 1QS9A 1L68A 200LA 1L65A 1OVJA 1QSBA 143LA 252LA 1L25A 1C61A 173LA 3PBLA 3FA0A 1L14A 1L16A 2B6YA 220LA 235LA 1L69A 189LA 2RB1X 2Q9DA 1CV1A 1L07A 3C80A 114LA 1WTHA 188LA 4LDOA 2B74A 4W56A 1OWZA 1C67A 1L04A 165LA 1XEPA 217LA 1QTVA 1KY0A 2OE4X 1L43A 3F9LA 164LA 1ZWNA 1L46A 1L81A 3C82A 1CV4A 1G0PA 3RZEA 1L30A 261LA 2Z6BA 205LA 3HT7A 1C6GA 145LA 2B7XA 181LA 1QSQA 2B6TA 210LA 4LDLA 167LA 258LA 2HUKA 174LA 1L74A 4ARJA 159LA 4W53A 148LE 1L10A 1L82A 1G0KA 175LA 1P2RA 1LYGA 3GUOA 4DAJA 4EXMA 4W57A 223LA 3DN3A 260LA 3C7WA 197LA 1KNIA 102LA 1L39A 1SWZA 1QTBA 1P3NA 3V2WA 195LA 1L50A 1DYDA 1LI2A 2B75A 3DMVA 4K5YA 209LA 238LA 1L96A 4I7TA 184LA 1L31A 1CU6A 3NY8A 1B6IA 3HT9A 190LA 150LA 178LA 1CUPA 1L55A 262LA 1TLAA 3FADA 1C6TA 1P6YA 1L88A 2RH1A 1QTCA 2A4TA 1T6HA 3HTBA 2F47A 1C65A 4W58A 1L79A 1L02A 1L47A 3V2YA 213LA 2B72A 1L34A 1QUHA 3G3VA 226LA 232LA 1CU0A 1L01A 259LA 2RAYX 3GUJA 1C6FA 1QT7A 199LA 1CV6A 4DJHA 222LA 4YXCA 3C7ZA 4S0WA 3DN8A 3SB8A 1P56A 1C6NA 1D9WA 2RBOA 1L0KA 2OU8A 1L17A 4YXAC 1DYEA 246LA 1L12A 151LA 1G0JA 1KY1A 1L44A 1P37A 128LA 109LA 1C6JA 3LZMA 4IAPA 1L26A 118LA 2O7AA 1L20A 1L42A 1OVHA 1P7SA 1PQKA 1T8GA 1L11A 123LA 1P2LA 3L64A 225LA 1L00A 1L95A 1L33A 3HH4A 4EPIA 3OE6A 1SWYA 1L53A 1D2YA 3HU9A 3HDFA 3HTFA 1G06A 1QT5A 147LA 1L61A 221LA 110LA 230LA 1QT4A 2B6WA 2RB2X 236LA 6LZMA 1L60A 1L0JA 1C66A 211LA 2ANXA 4W55A 1SSYA 103LA 1C64A 1L32A 1JQUA 4PK0A 244LA 140LA 3DMXA 1CU3A 2LC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AJNA 192LA 4EOFA 3GXKA 1V7SA 4YENA 2OTYX 1DYBA 4DKLA 108LA 1DYAA 245LA 1ZYTA 1XJUA 1PQJA 5KXNA 1OUJA 1L52A 3LZ2A 3CSZA 1RI8B 1GE1A 4L41A 4NWEA 1L03A 3W6CA 1XGPC 1L58A 1LJ3A 4LT1A 3TXIA 1AT6A 4H94A 5KXXA 2H5ZA 3LHMA 1C6CA 4W96A 4ARQB 1LYHA 4NGYA 3QE8A 4LGKA 2EIZC 3D9AC 4J1BA 3F8VA 139LA 1KS3A 1HEPA 3TMXA 1HERA 166LA 3B6LA 4UWNA 1C6EA 1GF4A 4CFOA 4LZTA 4ARQA 1L28A 2G4PA 5B59A 1LTMA 4N0JA 3WH1A 3WU8A 1C6KA 3QNGA 2HEBA 1G7JC 201LA 1JSFA 3HFMY 2Q9EA 4WM6A 1LZCA 5M1YA 1WTNA 2LYOA 1L09A 1L99A 1LHMA 2MEDA 2A7DA 3M3UA 1DYGA 193LA 1FDLY 1ZURA 1C7PA 4ZIXA 1GFJA 2OTZX 229LA 1L70A 1L87A 1D3NA 1KW5A 125LA 4ETCA 1L73A 2EKSC 2RBPA 1I1ZA 2OU0X 4KL7A 1DYCA 2Z12A 3G3XA 3L2XA 4OWCA 1L83A 1TBYA 1RCMA 4W59A 6LYZA 228LA 3AZ7A 1BWHA 3WL2A 1YAMA 4I7NA 3TXHA 2ZNXY 1YAPA 5ILCA 1LWKA 1LHJA 2CWIA 3HTGA 254LA 5KXSA 127LA 1IX0A 3P4ZA 5EBHA 4WM5A 4HJZA 4ML7A 2HTXA 1VDSA 1LMOA 1J1PY 2F4GA 4PHIA 4YX7C 1IR8A 1IP2A 4QDNA 1B7SA 1L89A 153LA 3HUAA 5I4WA 177LA 2HEEA 1L94A 2HEFA 1C6PA 3RUNA 4FJRA 1L22A 4H1PA 119LA 2W1LA 1FLYA 1L06A 2B73A 4ARLA 4EPFA 1LPYA 2DQCY 4H8ZA 185LA 2ZIJA 1HMLA 1L13A 3AGIA 1QTHA 1VATA 3GUNA 1QSAA 1GFAA 2I6ZA 4H92A 1D6QA 4WMGA 1DYFA 2YBJA 3AZ5A 1GFTA 231LA 1GB0A 4NHQA 3WXTA 2H9JA 4DD7A 113LA 1QTZA 2ZQ3A 2RB0X 1CKCA 4E3UA 5HMVA 1DKJA 1HFXA 4PPOA 1GBZA 5A3ZA 2DQAA 3A92A 5I53A 4WM4A 3RU5A 2RSCA 2BLYA 2RAZX 2NTHA 1J1XY 1IP6A 3GUIA 1YAOA 4LYCA 239LA 1LZ5A 1GB3A 1KIPC 4R0FA 4NHIA 5LVGA 2BQIA 1EL1A 1QUDA 4ZPUA 1EQEA 2Q0MX 3HT6A 1CV0A 5I54A 3P66A 3HTDA 2BQMA 3P64A 1C43A 170LA 4B4IA 1LJKA 1L68A 200LA 5LAFA 4DT3A 4HTQA 143LA 4WLXA 1GB6A 252LA 5B05A 1C61A 173LA 1GFKA 3FA0A 2CGIA 4HJVA 3N9AA 5LIOA 1IO5A 1CV1A 4XJHA 1YROA 114LA 2DKVA 4C5FA 132LA 2B74A 2GV0A 1L04A 4LYBA 217LA 2OE4X 1LMQA 1OUGA 1CV4A 2Z6BA 4WG7A 1NF5A 210LA 4LDLA 1LMNA 5KY1A 167LA 258LA 174LA 4GN4A 1L74A 1LZDA 4ARJA 159LA 1BB5A 1IR7A 1L82A 5C6IA 3WULA 4DQ5A 2Z19A 3GUOA 2YDGA 4DAJA 1GF7A 223LA 4NGKA 3GXRA 1JTTL 1KNIA 195LA 1L50A 1XGUC 1DYDA 1LI2A 1GF3A 209LA 238LA 3A95A 4NSJA 1CU6A 3NY8A 4NGWA 4M4OA 1G7MC 1L55A 1GBSA 1GF5A 4DYGA 5L3HA 5II3A 1JISA 1QTCA 4DDBA 1T6HA 3HTBA 3A34A 1C65A 3M18B 1L02A 4OOTA 4NGLA 1CJ8A 2B72A 1L34A 1CU0A 2Z2EA 1L01A 1IR9A 1NBZC 4HPIA 1DXJA 4XJFA 2ZYCA 4ETDA 2BQLA 4S0WA 1LSMA 3DN8A 3SB8A 2RBOA 1REZA 1L0KA 1L17A 1LZ4A 1QSWA 1L44A 1P37A 3CSQA 4OOOA 4KT3A 133LA 2DQIY 1LHLA 1CJ7A 3WUMA 1HELA 3TXEA 5I4YA 1ZV5L 1LSFA 1HFYA 1HNLA 4B0DA 3CT0A 1XSFA 5F9XA 1L95A 5LYTA 5LA8A 2YVBA 3HH4A 4AGAA 3OE6A 1QTEA 1L53A 4DC4A 2MEGA 1LHIA 4G49A 4NG8A 1GDWA 4WOAA 1LKSA 147LA 1GBWA 1DZBX 230LA 1JWRA 3B0OA 236LA 4LYOA 4B1AA 5FDJA 1B5XA 2ANXA 5LXWA 103LA 1L32A 1GF9A 1JKBA 2ZWBA 2FBBA 1HEMA 2DQHY 2LHMA 1L18A 1WQOA 1HMKA 1C6DA 1T8AA 4A7DA 1QTDA 163LA 4XJGA 4WL7A 1L57A 1CKFA 1SLYA 1DI3A 5FSTA 2RBNA 2L78A 1LLHA 1IC5Y 1GFRA 3C8SA 5KXRA 4NIJA 1LYDA 5LVHA 1PQIA 4D9ZA 4HTKA 1L90A 4CHXA 249LA 3LZTA 3D3DA 7LZMA 156LA 3DN6A 160LA 2HEAA 4GN5C 1FN5A 1VAUA 3CDTA 5KXLA 2MEFA 4EKSA 5K7OA 130LA 1GB7A 240LA 1L86A 234LA 1IOTA 1G0QA 1QIOA 4I7KA 4I7PA 1LJIA 3KAMA 4XN6A 1GF6A 1PQMA 3PDSA 198LA 2B70A 2F4AA 186LA 4KXIA 1LW9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AJN A;  192L A;  4EOF A;  3GXK A;  1V7S A;  4YEN A;  2OTY X;  1DYB A;  4DKL A;  108L A;  1DYA A;  245L A;  1ZYT A;  1XJU A;  1PQJ A;  5KXN A;  1OUJ A;  1L52 A;  3LZ2 A;  3CSZ A;  1RI8 B;  1GE1 A;  4L41 A;  4NWE A;  1L03 A;  3W6C A;  1XGP C;  1L58 A;  1LJ3 A;  4LT1 A;  3TXI A;  1AT6 A;  4H94 A;  5KXX A;  2H5Z A;  3LHM A;  1C6C A;  4W96 A;  4ARQ B;  1LYH A;  4NGY A;  3QE8 A;  4LGK A;  2EIZ C;  3D9A C;  4J1B A;  3F8V A;  139L A;  1KS3 A;  1HEP A;  3TMX A;  1HER A;  166L A;  3B6L A;  4UWN A;  1C6E A;  1GF4 A;  4CFO A;  4LZT A;  4ARQ A;  1L28 A;  2G4P A;  5B59 A;  1LTM A;  4N0J A;  3WH1 A;  3WU8 A;  1C6K A;  3QNG A;  2HEB A;  1G7J C;  201L A;  1JSF A;  3HFM Y;  2Q9E A;  4WM6 A;  1LZC A;  5M1Y A;  1WTN A;  2LYO A;  1L09 A;  1L99 A;  1LHM A;  2MED A;  2A7D A;  3M3U A;  1DYG A;  193L A;  1FDL Y;  1ZUR A;  1C7P A;  4ZIX A;  1GFJ A;  2OTZ X;  229L A;  1L70 A;  1L87 A;  1D3N A;  1KW5 A;  125L A;  4ETC A;  1L73 A;  2EKS C;  2RBP A;  1I1Z A;  2OU0 X;  4KL7 A;  1DYC A;  2Z12 A;  3G3X A;  3L2X A;  4OWC A; 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