3K5FA

Human bace-1 complex with ayh011
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design and synthesis of novel P2/P3 modified, non-peptidic beta-secretase (BACE-1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 373
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5fA02
4Y4JA 3TOFA 4XKXA 1Z8CA 4RLDA 3ZPUA 2AOGA 3PMUA 1HXBA 5P0FA 5P8UA 3HAUA 3S2OA 4Y3EA 3I8WA 1MT7A 4GIDA 4PZXA 5OYTA 2B7FA 1LYBB 2R8NA 5P7KA 3RVIA 3QVCA 5P7UA 1ER8E 1LYWA 5KAOA 4Y5EA 4LXAA 3UDQA 5P3GA 1CMSA 5OZQA 5KQZA 2QMPA 5P2HA 2RKFA 4Y38A 5IVTA 1EC0A 3GGVA 2QI5A 4PPHA 5COKA 5P8TA 4Y3QA 5P2LA 2WEDA 5P22A 4DQGA 5P0WA 3OOZA 5OZPA 4L1AB 2BJUA 3GI6A 4YE3A 1T6EX 4NJSA 5JODA 1D4KA 2QMGA 4DPFA 5P85A 1E80E 3PI5A 3QBHA 1WKRA 4MC9A 4AA8A 5P48A 2FDPA 3PVKA 5P20A 5I3WA 4CPSA 3BXRA 2ANLA 5OZ8A 3OU1A 1LF3A 5P8NA 3S56A 1FGCC 1TSUA 3TKWA 4Y48A 5HE7A 2V16C 3ZPSA 2HB4A 1DMPA 3PB5A 1NSOA 5P4ZA 3TPJA 3S45A 5P05A 1FFIC 1FG6C 4GB2A 2JJIA 3CYWA 3RTMA 4F74A 5AH7A 4I0JA 1HTRB 5P1IA 5OZKA 4A6CA 5HCTA 5P0CA 3IVIA 2WEBA 3FNUA 4EJKA 2QNPA 5P79A 3KFPA 1QBRA 5P1BA 3KDBA 2HPEA 2G1YA 5IVSA 3UDRA 1D4YA 4K4RA 1W6IA 1FKNA 2Q55A 5P66A 2QHYA 5SY2A 5AH9A 5P3WA 2RSPA 4J1HA 5P10A 5P60A 5P0GA 4RCEA 5P74A 5P6HA 5P3MA 3BGCA 1GVWA 3L5CA 5P57A 3JVWA 5DQ2A 5OZSA 1MTRA 5P5PA 3CIBA 2OHTA 5P7YA 1TW7A 3DK1A 4I0HA 5DQ4A 5P50A 3DCRA 1IDAA 1C6YA 2Z4OA 3EL4A 4OC6A 5FIVA 3D1ZA 5OZ6A 1ODWA 4Y50A 1MEUA 4FL8A 4DJXA 5P4IA 3WZ6A 1IZHA 2G1OA 4J1CA 5P0DA 1MSNA 1APVE 5P75A 4AA9A 3KMYA 1E81E 4Y4TA 4Y4DA 2ZDZA 5P4NA 5P0PA 1K6PA 3ZPTA 5P1NA 3UQUA 2AZ9A 5KQYA 2RENA 1G2KA 1W5YA 3KT5A 1FMXA 1LYAA 4YCKA 3UPJA 5OYZA 3RTHA 1HEGE 1HSIA 4RZ1A 5P3OA 3EKVA 5P3UA 3ZKMA 2V00A 3O9LA 3NDXA 5P1QA 1AAQA 5P2AA 5P47A 5P5FA 5OZUA 3VSXA 4U8WA 1MIQA 2F81A 4Y5CA 5P3QA 3EM4A 3OGQA 3KDDA 2QD6A 4EJ8A 1B5FB 1K6CA 1T7IA 4LXMA 1MUIA 3QRVA 2I0DA 4DVFA 2UY0A 5P1UA 3B80A 2HIZA 1G6LA 4YBIA 3UDPA 4Y5AA 5P7WA 3LZYA 5P58A 4WTUA 5P8HA 4Y5NA 3PLDA 5P5XA 4Y4WA 6APRE 1K1TA 5P3TA 3EC0A 4Y57A 5P4FA 4QJ2A 2HB2A 1OHRA 1A8GA 2QI4A 4DQCA 3CKTA 4F76A 3HVPA 1GNOA 3INFA 1HBVA 2OHUA 3NUOA 3K5DA 3JW2A 4H3IA 5P1VA 3FSMA 5P6EA 5COOA 2VIEA 2NNPA 3IN3A 5P4GA 3ZKIA 3PGIA 7HVPA 5P7HA 1YT9A 4DI2A 1MT9A 4LBTA 1KJ7A 4GMIA 3RSVA 4APRE 3LPIA 2QI7A 3NU9A 5P52A 4JPCA 2O4KA 4Y53A 3LNKA 2V11C 5P2CA 4YA8A 4KE1A 4COEA 3NWQA 3VF3A 1CPIA 5P0TA 2B42A 2OAHA 4DJRA 4I0FA 1HVSA 5P6SA 3EM6A 5HD0A 2APRA 3SA6A 1HRNA 2QU3A 2HC0A 4JECA 4TVHA 2BPVA 1ZJ7A 5P59A 2ZJKA 4KUPA 3UDHA 2FGVA 1NPAA 5AH8A 2Q15A 2B7ZA 3QP0A 1B6PA 3SABA 4Y3RA 1HVRA 1W5VA 1XE5A 2ZYEA 3HLOA 2WF2A 4FRSA 5P0LA 3D3TA 3LZVA 4FCOA 4CMSA 5P06A 5P84A 1K2CA 3PHVA 1XE6A 5P5OA 5P33A 4EJLA 2IGYA 1D4SA 4Y9WA 2NTRA 4OBZB 2P8HA 4GYEA 4EPJA 1T7JA 1F7AA 5OZCA 2QHZA 5IS4A 3Q5HA 3LPJA 2XFIA 1M0BA 3H5BA 3KT2A 5P6TA 1K6VA 2P3BB 5OZFA 4QLHA 4FAEA 4E43A 1EPNE 2WKZA 1GNMA 5P5GA 4GJCA 4YD4A 1TCWA 5APRE 3NDUA 4YD6A 5P4RA 2ZHUA 4GJAA 5OYQA 3VF5A 5P46A 5P5TA 4QJAA 4M8YA 5KR8A 4I1CA 4L1AA 2UXZA 1AJVA 5P0AA 2OF0A 3OGPA 1M43A 3D1YA 5P5CA 4FSEA 5OYWA 2FDEA 3DUYA 4J1FA 4DQBA 3QI1A 2P3DA 2AOIA 1A30A 1XS7D 4ER4E 5P03A 2QU2A 3KA2A 5P5LA 2ER6E 2O4NA 1TSQA 1HTGA 4Y3GA 4K4PA 2Q3KA 4LAPA 2VIYA 5P16A 5P8OA 4Y35A 4Y56A 3ZLQA 3NLSA 5P53A 4GJ7A 3VV8A 3OU4B 2F80A 3RTNA 1BV9A 3OHFA 4Y39A 3TNEA 3ZKGA 4A4QA 5KOQA 3LZSA 2ER0E 1YM4A 3DJKA 3ST5A 3PEPA 3A2OA 2F3KA 3ZKXA 5ISJA 3EKXA 4FM7A 5P2OA 2BQVA 2AZCA 3OUDB 5OYXA 3O9FA 4EHCA 4HDFA 3KFRA 2ZJMA 2IKOA 2NMZA 4M8XA 2BBBA 1RL8A 5P08A 1AIDA 1HVIA 3EMYA 5P19A 4I0DA 4EWOA 1HPOA 5P6NA 1SIVA 4FIVA 1GVXA 2I4WA 5P8EA 5P7JA 2ZHSA 5P4KA 4NJTA 3OWNA 3OUAA 3KF0A 4Y4UA 2R43A 3PBZA 3LINA 2G26A 4BFBA 1FQXA 1MTBA 4BFDA 6FIVA 3GI4A 4GJ5A 3GI0A 1HOSA 1LS5A 3IXOA 4XX3A 1FQ4A 5P4MA 2HPFA 3FV3A 1MT8A 5P4PA 3ZKSA 5P0HA 3I2LA 3S7LA 3BVAA 4LC7A 1PSAA 2ZE1A 4OBGA 2RMPA 3T7PA 1KZKA 1UPJA 3MSKA 4Y4EA 2ZHTA 3NU3A 4NKKA 1DP5A 4Z50A 2ZJNA 2O40A 2IRZA 5P73A 3O9AA 4Z4XA 1W51A 5DQ1A 3UFNA 5P1DA 5P3VA 3UTLA 5P6FA 4HEGA 2AOJA 1MVPA 2B60A 2PSVA 4DJWA 4DPIA 4Y58A 1C70A 3OAGB 4YOAA 2QP8A 5P69A 1Q9PA 2PMAA 4FGXA 4EP2A 1TZSA 3O9IA 3APRE 5ISKA 3HZCA 5JFPA 5OZVA 4HVPA 4ZE6A 5COPA 5P78A 5P6MA 5OZZA 2F8GA 2VNMA 5P7PA 1EPQE 3TH9A 4DJPA 2G1SA 1OEWA 1B5FA 5P5MA 3EXOA 4ZPEA 4Y3PA 3CMSA 3SO9A 3ZOVA 5DR3A 2A4FA 3DCKA 2PWRA 3GGUA 3SA3A 1BWBA 1PPME 4WY6A 2JE4A 5HTZA 3CYXA 2OHNA 4D89A 3MSLA 4DV9A 1YTJA 3UQPA 5P1LA 1IZIA 2VIZA 5P8KA 4GJDA 4Y4BA 3PSGA 1AM5A 3OQDA 3K5GA 1BVGA 3B7VA 5SY3A 4HA5A 4PZWA 4YOBA 5P37A 1PSOE 3KDCA 1D4JA 5P1HA 3L59A 1QS8A 2WF0A 2PK6A 3QS1A 4RVJA 4X7IA 1HPVA 1IIQA 3NXNA 1XL2A 1FIVA 2J9JB 4EXGA 5P3EA 2OHPA 5E5KA 5P3XA 4R91A 5OZBA 4XX4A 1YG9A 5IVRA 2AVMA 4J0VA 2NMYA 1FF0C 3VYEA 4DJQA 3IA9A 3UHLA 2AOFA 3UDNA 2OHMA 2NNKA 5I70A 2G27A 1OD1A 5P2ZA 4H3FA 4J0TA 1SDTA 2QI1A 4YD7A 1YTGA 4OBJA 5OZ7A 2QNQA 4DQFA 1XDHA 2FXEA 4ER1E 3OADA 1HHPA 1WBKA 4Y3JA 2NR6A 1WBMA 2G1RA 5KR0A 3QIHA 4NPUA 1RNEA 1AJXA 5KOSA 1QRPE 5P36A 1FQ8A 2BB9A 1MERA 2R3WA 2P3CA 4QJ6A 1FMUA 2WHHA 5P4HA 4B77A 4XXSA 1UH8A 4R95A 3INDA 4HE9A 5OZDA 4OD9B 1BIMA 3HDKA 1ZPAA 3EBZA 3R0WA 1HWRA 5P0NA 3UQRA 4ZSMA 5OYVA 4N00A 3PWWA 4Y3SA 5P40A 2FLEA 5OZHA 5P3BA 3PCWA 1HTEA 4OBZA 4B1CA 3BHEA 5EZXA 2G69A 4D8CA 2AVVA 2VJ7A 1SMEA 4ZSQA 3OK9A 3URLA 2OHSA 5P8CA 1C6XA 5P3NA 2P3BA 3S8IA 3Q70A 5ENMA 1HIIA 4DJUA 5P0VA 3SA4A 1DPJA 2JYSA 4UPJA 1EC3A 5P0RA 1ZSRA 1W6HA 5P5RA 3L5DA 2OHRA 5P0UA 2AOHA 3PSYA 5P0ZA 1MPPA 4B78A 5P7ZA 2WECA 1K6TA 3PJ6A 4Q1WA 4HZTA 1HVLA 2RKGA 1FQ7A 3IVHA 3PRSA 5P4JA 1EBZA 5P7RA 4Y3FA 1SH9A 4IVTA 5KR2A 1YX9A 4FM6A 3BGBA 2F3EA 3R0YA 2Q63A 2PSUA 1ZPKA 4I0IA 3KN0A 2J9KA 5P3SA 2PC0A 1PPLE 5OYSA 1HVJA 4CPXA 5HU0A 4FRIA 3PWMA 3LITA 5ER2E 1CZIE 2QZLA 2ZJHA 2VS2A 3SA8A 3HW1A 5P1AA 5P81A 4GZFA 1BVEA 3ER3E 5P2TA 3OU4A 1D4HA 1HVHA 5P7TA 3VYDA 5P6QA 3S7MA 5P4CA 4Y4XA 5P32A 5P87A 5P72A 5OZ3A 3OY4A 5T4SA 1ENTE 2OHQA 4ACXA 3OUDA 1N49A 5P1CA 4U7QA 3TLHA 4L6BA 7UPJA 5OZ1A 2G21A 4ZPFA 4K8SA 1IZDA 5AH6A 5P29A 4Y47A 4Z22A 3VLAA 2OHLA 2AQUA 5P7LA 1XL5A 9HVPA 5P2NA 4J54A 3BUHA 4I8ZA 2XFKA 5P27A 3EL9A 5P0EA 5P2BA 1F34A 1K2BA 5P3LA 3BRAA 5P64A 5P5YA 2ZJIA 3T7QA 4Y5LA 5P00A 3SA5A 4OBHA 2ER9E 3SLZA 4B1EA 1HVKA 3OOTA 5P8AA 4B0QA 2VA5A 2AZ8A 5P1FA 5P17A 1ZLFA 4NJUA 2HS2A 1LEEA 5P04A 5P7VA 4L7GA 1T3RA 4Y44A 1HTFA 5P26A 4OBFA 5CLMA 4LP9A 3CICA 2Q5KA 4RCDA 5P6XA 3SAAA 5P5KA 3RSXA 2AOCA 3QRMA 3OXWA 5HE5A 4TRYA 1META 5P1PA 5P3HA 5P5NA 4RRSA 3BC4A 3O99A 1GVVA 5HDUA 1ODYA 1BAIA 1BWAA 1T6GA 3NUJA 1OEXA 3HAWA 3PI0A 3K4VC 1FFFC 4FE6A 2I0AA 3URIA 5P43A 5SXNA 4Q5MA 1KJFA 5ENKA 3EL0A 1SGUA 2NXMA 1NH0A 3T7XA 3SKFA 2FMBA 5P2WA 3QRSA 5E5JA 2WF4A 2QK5A 2ZGAA 3LIXA 3LZUA 5DR0A 1BBSA 5P0MA 3NWXA 5HDZA 2NPHA 4B05A 5P3RA 1D4IA 5P1EA 1B6MA 4D85A 1LF4A 1LYBA 1KJHA 5DR1A 3D1XA 3CKRA 1MRWA 1BXQA 2HM1A 5P24A 4AZYA 1EPME 1G0VA 1W5WA 5P4YA 4U7VA 5OZAA 5OZXA 1Z1HA 3DV5A 5HDVA 2G1NA 4I0EA 5P1XA 5P56A 5OZJA 1SIPA 4HDBA 5KQXA 1HPSA 5P5VA 5P2IA 5P77A 3TPRA 1KJGA 1PROA 4Y3XA 4Y3WA 5P02A 3HD8A 5P0YA 1XN3A 5P6WA 4Y37A 2WEAA 4D88A 2QI6A 4R92A 1LF2A 1TQFA 5P6RA 5P3AA 3VEUA 4J5JA 4BEKA 1EEDP 5P6PA 2FXDA 5P3YA 5P83A 5P5QA 2VJ6A 1IVPA 3ZL7A 3UQXA 4RROA 3GGAA 4Y5MA 5P0SA 2BPWA 5P2DA 3BXSA 5P62A 5P14A 4B00A 2OHKA 2FNSA 1GNNA 3TPLA 5J25A 5P7OA 2B8VA 5OZ0A 4ZLSA 4Y43A 4AMTA 3KFNA 5AGZA 1ZAPA 4JOOA 5P6GA 2VA7A 5P6UA 1HSGA 4Y3DA 5P6JA 3ZMGA 3G72A 5P4VA 5P86A 3KYRA 5P41A 2VNNA 4DUSA 4Y3MA 2QCIA 4Y4AA 5P67A 2IEOA 4OD9A 4Y3NA 5P1SA 5P2KA 1LZQA 5P88A 2G94A 3UDMA 4I0GA 1KJ4A 1SP5A 3VG1A 4ZSRA 2QMFA 1HIHA 2NXDA 5JFUA 3EKQA 5OZIA 5P82A 1EAGA 3FIVA 2QD8A 3ZKNA 2PWCA 5P89A 5P7QA 4F75A 3UDKA 5P7CA 2IQGA 1AZ5A 1GVUA 4ACUA 4YCTA 5BRYA 1MSMA 4ZIPA 4K4QA 4Y3AA 3VUCA 5P38A 5P1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4J A;  3TOF A;  4XKX A;  1Z8C A;  4RLD A;  3ZPU A;  2AOG A;  3PMU A;  1HXB A;  5P0F A;  5P8U A;  3HAU A;  3S2O A;  4Y3E A;  3I8W A;  1MT7 A;  4GID A;  4PZX A;  5OYT A;  2B7F A;  1LYB B;  2R8N A;  5P7K A;  3RVI A;  3QVC A;  5P7U A;  1ER8 E;  1LYW A;  5KAO A;  4Y5E A;  4LXA A;  3UDQ A;  5P3G A;  1CMS A;  5OZQ A;  5KQZ A;  2QMP A;  5P2H A;  2RKF A;  4Y38 A;  5IVT A;  1EC0 A;  3GGV A;  2QI5 A;  4PPH A;  5COK A;  5P8T A;  4Y3Q A;  5P2L A;  2WED A;  5P22 A;  4DQG A;  5P0W A;  3OOZ A;  5OZP A;  4L1A B;  2BJU A;  3GI6 A;  4YE3 A;  1T6E X;  4NJS A;  5JOD A;  1D4K A;  2QMG A;  4DPF A;  5P85 A;  1E80 E;  3PI5 A;  3QBH A;  1WKR A;  4MC9 A;  4AA8 A;  5P48 A;  2FDP A;  3PVK A;  5P20 A;  5I3W A;  4CPS A;  3BXR A;  2ANL A;  5OZ8 A;  3OU1 A;  1LF3 A;  5P8N A;  3S56 A;  1FGC C;  1TSU A;  3TKW A;  4Y48 A;  5HE7 A;  2V16 C;  3ZPS A;  2HB4 A;  1DMP A;  3PB5 A;  1NSO A;  5P4Z A;  3TPJ A;  3S45 A;  5P05 A;  1FFI C;  1FG6 C;  4GB2 A;  2JJI A;  3CYW A;  3RTM A;  4F74 A;  5AH7 A;  4I0J A;  1HTR B;  5P1I A;  5OZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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