3K6XA

M. acetivorans molybdate-binding protein (moda) in molybdate-bound close form with 2 molecules in asymmetric unit forming beta barrel
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
340
structure length
322
Chain Sequence
IPTTENLYFQEVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
molecule tags Transport protein
source organism Methanosarcina acetivorans
total genus 96
structure length 322
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6xA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6xA01
2PVUA 2HAVA 1Y3QA 4O3AA 4OVJA 2DP8A 4WKMA 2XD3A 3WAFA 1ZLQA 4ZEFA 2ONKE 3EHTA 3G3HA 3ILUB 4H67A 2VOZA 4F18A 4QRZA 3MVWA 4RA1A 1AMFA 2ONRA 5AA2B 1Q1KA 5LOMA 3CI8A 1UTHB 3A09A 4F29A 3HHGA 4YKIA 3BBRA 3I3VA 3KOSA 3PPQA 2DWHA 3MP8A 1BP5A 3CFXA 5CM6A 1Y9UA 2Y7PA 1KWHA 4ZE8A 4FIMA 5DVFA 4DCXA 2XXQA 1BIYA 2UVJA 2H99A 1B3GA 3VVDA 2DWAA 1TFAA 1DMBA 4YKJA 1YTVA 3HN0A 5DVIA 4H1XA 1B5IA 4PE5B 4QF9A 1LAGE 2F8DA 3H03A 5I59A 1ZIUA 5HPQA 2X7PA 2F35A 3T9HB 4BDRA 1QKBA 4FAJA 5CMMA 3MUQA 2YLNA 1XS5A 4BDLA 1B5HA 2X26A 5ICQA 4IO6A 2OWSA 1MPBA 3EF7A 3UGWA 3OEMA 3RLFE 2H25A 4ELOA 3FGSA 4JBZA 3H6WA 4YU0A 2OK2A 4EUOA 3MZ1A 3FD3A 4YB7A 1AH5A 3Q25A 1Y4TA 1NH7A 4PETA 3HPIA 1B3EA 4GF8A 2IEEA 3FXRA 1MPCA 1NMUA 1PB9A 1POTA 3K6UA 2E0SA 3DP6A 1MXYA 3L6GA 1NH8A 3UORA 4PFYA 4OEUA 3KN7A 2OZZA 2XXTA 1B3FA 3MVXA 4LUBA 3TQWA 3UN6A 4EDPA 4KHZE 3C36A 3MVZA 1OLCA 3AXFA 2GHBA 4ISUA 1B4HA 2ZYNA 1UTBB 4NF5B 4X1BA 3IB2A 3TMGA 3M8UA 2Y7IA 5KCJA 3FUZA 2XXUA 4G68A 3T93B 4IO3A 2V25A 5K2YA 1QULA 4DLDA 1MXUA 1I69A 3HCQA 1B4ZA 5FHOA 1PDAA 4H0WA 1RYXA 3S9LC 2HEUA 3OD7A 4RK9A 1MXWA 3KSJA 2VP1A 3I5OA 1OLAA 2DWJA 3Q26A 4HCYA 1MY3A 1B46A 4KYSA 4U4XA 3EHUA 3T66A 3N6TA 4RPOA 3TTNA 2QL3A 1MDQA 1TFDA 1R1NA 3VDFA 4KCDA 3FV2A 2PYYA 2UXAA 3MP6A 2R9JA 4F19A 4R72A 5CMCA 2F7CA 1IZ1A 2I48A 4G68C 3U94A 1LFHA 2Z8DA 4F1VA 1TWYA 5F1QA 4FATA 2DSFA 3IOTA 5H8FB 4F2OA 1A7LA 3O6GA 2D5WA 1A99A 4YB5A 3QYTA 3DLNA 4QSCA 2XXHA 1QVSA 5I84A 2F34A 3R7XA 3OELA 4F22A 5JTYB 3SETA 3W15C 1GV8A 4QFKA 4LQ5A 5DTBA 1EZOA 5A5XA 2DXRA 3BFUA 2A5TB 1RKMA 4IO4A 2QSXA 1LAFE 2W7YA 3CR9A 4TOZA 1VSOA 1SI0A 1AOVA 1ZU0A 1P1UA 1POY1 1PEBA 3T9XB 2AYSA 4FE8A 3TQLA 1J1NA 2ZYMA 3KOTA 2I0BA 1D4NA 4DCYA 1DTZA 1MXVA 5KDTB 4HCWA 1NKXA 3IJOB 3B7DA 1SYHA 3E4RA 4O3BA 4WXJA 4GL8A 4FEDA 3SESA 4NF4B 1US5A 1FQEA 4JWXA 4KPTA 2VGQA 4DDDA 1P1QA 3OSRA 5FTIA 3RT6B 1LBCA 3HV1A 2OBGA 3N6UA 3MQ9A 3SEXA 2QS4A 4NF6B 5CI5A 4ZEKA 2F6PA 3TCHA 4OQOA 4U1ZA 3VV5A 5H8QA 3VXBA 4GIZA 4ZZEA 4HTGA 3H6UA 3T96B 4ZZAA 4F31B 1OIBA 1Y4CA 3ZKLA 3SEVA 5I57B 1SW4A 2I3VA 1VFEA 4N13A 4ZEDA 2A5SA 3K6VA 2I58A 5BWJA 5ISUA 4WEPA 4Q30B 1IUDA 1XHYA 2RINA 1USYE 3LSLA 3IO4A 2PT2A 4QFLA 3H4ZA 4H5FA 3FVGA 1RYOA 4I9DA 5CBSA 4QSEA 2I0CA 3VLUA 1MY2A 4RXLA 2Y84A 3TFLA 4BDNA 2RF1A 3C32A 1MRPA 4R9GA 4GQOA 4XXUA 3TCGA 2DQVA 5AA2D 5ITOA 1VFDA 1ZBMA 1FQDA 3G3KA 4MBPA 2VHAA 3R26A 3SDFA 4LZ8A 3ZKKA 2PBWA 4BDOA 1S9TA 2YPNA 3Q28A 1B3HA 1B1XA 4YICA 5J1DA 2QJEA 4GLIA 1O64A 2Y7KA 3CSGA 1B2HA 3TEPA 4NMYA 3FV1A 1PBQA 4Q8RA 1MPDA 3KG2A 4F1YA 1HSEA 1M5BA 1MY1A 4XKRA 2XXIA 5AA2A 4NF8A 2ZNUA 1ZMGA 3CFZA 1IQ7A 4RY1A 4EXKA 3RN8A 2RC7A 5AE4A 1B0LA 2V3TA 4IB2A 1N0TA 3C31A 5TP9B 4G8MA 5TPAB 4K3FA 3SEYA 1B7HA 2OWTA 4H5GA 3TTMA 1ANFA 4ZECA 2NVUB 2P2AA 1B9JA 3U72A 3PD9A 2B65A 5ICTA 3O66A 3T9VA 3T9UA 3FXUA 3TTKA 1UQWA 3KN3A 2DE4A 2XXXA 3G7WA 3IL1B 2XXYA 3TYHA 4AB6A 2Q88A 4U23A 4U4SA 3V8XB 2E1SA 3LSWA 2QMXA 3GXAA 3TDJA 4OZ9A 4OXVA 3TTLA 5I58A 4DZ1A 4O3CA 3TTRA 3PMVA 2DOJA 1NNTA 1B0HA 3C9HA 1MXXA 5FTHA 2VD3A 3N94A 2QRYA 4F2QA 4TQUQ 2XHDA 1FTMA 4IO2A 3VLWA 3VXCA 3EQ1A 3S2VA 2DE3A 2PX1A 3RTWB 1JVYA 3H7MA 2OLBA 2D3IA 4GXAA 1I6AA 3PMWA 1OQHA 2NWJA 3UK4A 2OJTA 1QUJA 3K6WA 1IXHA 4ZEIA 3EPEA 3LR1A 3OENA 3S9NC 4LATA 3W9WA 1SW1A 1N04A 3PV0E 3CG1A 3OSQA 1T0KA 3KN8A 1H43A 1MS7A 4DE8A 3K1PA 1A8EA 3IK6B 1FQBA 4YMAA 3ONMA 3IJXB 4NF5A 5EHMA 3WAEA 1B51A 1H45A 4OMBA 1I6QA 2Y7RA 5AA4B 2HAUA 4WEDA 3LSFB 1URDA 2FNCA 4KD5A 3K0VA 4KI0E 5B70A 3H3GA 3PUXE 3DP4A 1P99A 4GOTA 1Q35A 3G3JA 2XXWA 3PU5A 1A55A 2ZNTA 3JZJA 3O97A 2AL5A 4FEBA 3CG3A 1D3KA 4ZDMA 4Q0CA 4ECFA 4BDQA 3PPOA 5I2NB 3IOWA 5L9MA 1JW4A 3RGYA 2QS2A 5H8NB 4LZ7A 2O1LA 2ZNSA 1OVTA 4IGRA 1MQIA 3C4MA 2HQ0A 1B5JA 3LBSA 3OEKA 1XVYA 3HSTA 2UYFA 3E3KA 5H8SA 2DE2A 1A40A 1B52A 1DPEA 3IR1A 3TCFA 1QUIA 1FTKA 3K1MA 4QFPA 1BLFA 1Y1ZA 4EQ9A 1N76A 4Q5TA 3H6VA 1II5A 2XX9A 2RC8A 3PMXA 2H9BA 2V3UA 3JV9A 3PUZE 4OERA 3MZBA 1P1WA 2DS9A 3E9XA 3MW0A 1N3XA 2DVZA 1M5DA 2UYEA 1XC1A 2F97A 1SW5A 4NTLA 4X48A 3RT8A 4I62A 4G68B 3BFTA 4BLAA 4EF2A 1SVXB 1WVJA 2A5TA 4R75A 1JW5A 1M5FA 2AIXA 1Z7ME 1Y3PA 1MH4A 1MM6A 1B6HA 5CRYA 5I2KA 3DELB 4G8HA 4JXIA 3QIMA 4DIGA 4HS7A 4R2FA 3UA8A 4R6KA 3KEIA 1SW2A 3VFJA 2UVGA 2UVHA 3D4GA 4YKPA 4H8JA 2M8CA 1Y3NA 4PP0A 2FA7A 4F39A 4NF4A 4R6HA 3M3KA 3MPLA 3VVEA 3G3FA 2ZXTA 3JYRA 3MWBA 1EU8A 1A54A 3O6HA 1NL5A 4XKNA 3PD8A 2O7UA 4LP2B 4RYAA 4U2RA 1DTGA 1FCKA 2H98A 4NF6A 2GRVA 5I56A 4THIA 3FATA 3MAMA 2REGA 3MVYA 4OFJA 4C1UA 4YKKA 4H65A 2QS1A 2Z23A 1JEUA 4N6PA 3IX1A 2QS3A 3TZAA 3GBBA 4OWDA 2KLFA 3F11A 2ONSA 5I57A 2B3BA 1FQAA 1AL3A 4OESA 2ESNA 3G3IA 2AL4A 3VVFA 2F5XA 4DXCA 1NNPA 3UIFA 2XX8A 4NWDA 3DP8A 3QSLA 3PPRA 3MPKA 4OEVA 3B6TA 4OFLA 4JB7A 3KZGA 1ZTYA 2X7QA 3MZ9A 5H8HA 4EQBA 1JNFA 1YCJA 1MQHA 3OO7A 3FVNA 1B1HA 1B7UA 4IY5A 1UIVA 4IY6A 1GVCA 2ZMBA 3FVKA 1DPPA 3DM0A 4E0XA 1N84A 2RCAA 3K01A 3OMBA 1SD3A 2I4CA 1Y1MA 1H76A 2THIA 4XIGQ 4H8IA 3KJTA 1ELJA 3B6WA 5CMBA 1R9LA 3PPNA 2XD2A 1SQYA 2REJA 1PBPA 3M3FA 2F6GA 3GLBA 1OQGA 3TPAA 3CVGA 2V3QA 4P0IA 3IAZA 3OO6A 5H8QB 3HHFA 2CMOA 2ANJA 1MQGA 4GXSB 1MXZA 2XX7A 2Q8JA 1N3WA 3E13X 5L9SA 5DT6A 1HSJA 4ELRA 4LVQA 4EF1A 1MQJA 5HBCA 4DXBA 3LUYA 1BKAA 4RPNA 2O7IA 1DSNA 4U22A 3THIA 1S7YA 4MLQA 3QUJA 4PFUA 1WODA 4ZE9A 5CBRA 5DEXB 4IGTA 1CB6A 3FJMA 3TAJA 4RNSA 1LFGA 3S9EA 1B58A 4QFOA 4H6DA 1URSA 3K4UA 4ZS9A 3RQTA 3RUMA 4KFQA 3O6IA 2O1MA 1PC3A 4R74A 3P7IA 3PPPA 3GBAA 3A3UA 1B3LA 2NOOA 2Y7WA 3O28A 1TT1A 1MY4A 1XVXA 4P11A 4M1VA 2DYXA 1LCFA 4YZZA 3K1NA 1UTHA 2P0SA 4PFWA 1LFIA 4QHQA 3N26A 2O51A 4AQ4A 2ZYOA 4TLMB 3CRBA 3RTFB 4F3SA 4P0GA 3KBRA 4G8NA 4N07A 4AB5A 1LLSA 4POXA 2B3FA 3SERA 3W9VA 2LAOA 4MFIA 1LGBC 3MJNA 3KSXA 5L8DA 3FXQA 2HXWA 3MP1A 1UIUA 4ESXA 5M2VA 4TLLB 4X1DA 4NF8B 3U92A 3K00A 4OFOA 5L9OA 1FW0A 3QAXA 4FECA 4OYVA 3KGCA 3ILTB 2O6AA 3UP9A 4JWYA 2GH9A 2FYIA 1L5TA 3MC2A 1B7ZA 2NXOA 2Q9TA 2V84A 3ECRA 3SEWA 4RK2A 2GHAA 4EXLA 4KCCA 1B32A 3GZGA 2G29A 4OENA 1SBPA 1MY0A 3PUWE 3QXMA 1GGGA 5DVJA 5AA4A 4GD5A 4YMBA 1MQDA 3QK6A 4KQPA 1GR2A 4F3BA 5EHSA 1JW1A 3IB0A 2Q2AA 4M4GA 3FVOA 2D21A 1IXCA 1IXGA 5I58B 3OO9A 2QMWA 4I1DA 4OETA 1USYH 4GVOA 4G77A 1P1OA 5FHMA 3K02A 1OMPA 4E0WA 2Z8EA 5BUUA 4Z7EA 3IORA 4KR5A 2I6EA 4YB6A 1IIWA 2P1SA 1UTBA 1BTJA 1QUKA 5I59B 5I2NA 4UACA 4KYEA 3RY3A 5H8NA 3EN3A 2RCBA 3L6HA 4XTCQ 1R9QA 1XT8A 3O2AA 4LONB 3CSBA 1VE4A 3U1OA 2UVIA 4U1OA 4JDFA 1GTKA 1YPNA 2O68A 1YAEA 4MF3A 1H44A 5K2XA 3FJGA 1SI1A 4IO7A 1MG1A 3IO6A 3FASA 4JSDA 4HW8A 5IKBA 1D9YA 3TELA 4BDMA 5FHNA 2O69A 3EHSA 3O29A 1IXIA 1JQFA 1NNKA 3R6UA 4ONYA 5H8FA 1EH3A 4ESWA 1US4A 4GL0A 4FORA 5AA3A 3CFLA 4X9TA 4GWOA 2WKYA 1IITA 5KZTA 5HM4B 5JK4A 3IB1A 3I6VA 4F3PA 3C33A 1FTJA 5JTYA 3RPWA 3G3GA 4UA8A 3H06B 2PT1A 2HFBA 2F7AA 1NNFA 5KCJB 1FTOA 2DXYA 1LAHE 1PB8A 1S50A 1H3DA 1Z7NE 3O9PA 2BJJX 4ELPA 2Q89A 3K2DA 3C35A 4G4PA 2RC9A 2XXPA 4C0RA 1R6ZA 3OXNA 3IOUA 3TODA 3BKIB 3N5LA 3KJ7A 4OTEA 5KDTA 1O63A 4NE4A 5ELVA 1LBBA 4QFNA 4ZEBA 1B40A 4JSOA 4JWOA 3VE1B 2F7BA 4PFTA 2Z22A 5CMKA 3H6TA 2F36A 3Q27A 2H5YA 4XKPA 4Z0IA 2I4BA 3OOAA 3MBPA 1WDNA 3LSXA 1ZKBA 4RJZA 1FQFA 2ZYKA 3D4CA 5B7DA 5JEIA 3V89B 3QUFA 1FQCA 3OO8A 1FTLA 3PUVE 3SKPA 1JEVA 4C1TA 4IO5A 1ATGA 1ZJLA 3CIJA 5I2KB 2R71A 1CE2A 4LA9A 2HZKA 1MDP1 5EYFA 5A5XB 4XKQA 4NEDA 3HO7A 1EZPA 4R2BA 1SDXA 1M5CA 2HCAA 3ZSFA 4KYDA 1TXFA 2ALUA 1LCTA 4DXUA 1Y20A 1A8FA 3FJ7A 5DYHA 3LC8A 1O7TA 4OHNA 5AA1A 1LB9A 5I56B 3Q29A 3U8QA 1F9BA 1OVBA 1PB7A 4QSDA 4PQJA 4YAHX 2HZLA 1LAXA 3B6QA 1JETA 2GFEA 5ITPA 4R6YA 4FJPA 2XXRA 1AIVA 3FZVA 3S9MC 1I6BA 4GRKA 2H4IA 3K6XA 4ND9A 4POWA 4I8CA 5CC2A 1QJMA 3U93A 3SEUA 2I3WA 1B05A 1SYIA 5DEXA 5H8HB 4G2ZA 2I49A 3PGFA 3TUSA 4R9FA 4NWCA 2OCUA 2G93A 2DVCA 1MH3A 4ELQA 1XOCA 2Z8FA 5TU0A 2R6GE 2VD2A 1URGA 2DWIA 1DOTA 2IA4A 4F3GA 3PUYE 1N7WA 1IEJA 2YJPA 3M3LA 4MLVA 2PMSA 2RKMA 3ZS6A 1D9VA 1EZ9A 3V83A 1P1NA 1LSTA 2NUVA 2V93A 3ODBA 3TKDA 1HSLA 1MM7A 4F1UA 5TP9A 2O84X 3S4UA 5TPAA 3A3CA 4EQ7A 3KFMA 3RNNA 5F7VA 3VLVA 4LQ2A 2CZLA 1QKAA 4MH5A 4LZ5A 4GFRA 4L17A 3C34A 1N7XA 3USDA 2Q2CA 3V5AA 1QW0A 1M5EA 1VR5A 2QPQA 3T22A 2ABHA 5IAIA 4U21A 2F78A 2XXVA 1LB8A 3FIRA 3IOVA 1JVXA 1NFTA 4R73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PVUA 2HAVA 1G0IA 1Y3QA 4O3AA 2F3DA 1SPIA 2WX9A 2Y5LA 4OVJA 4NGUA 2DP8A 4WKMA 2XD3A 5EQ9A 3WAFA 1ZLQA 4ZEFA 2ONKE 3EHTA 3G3HA 3ILUB 3PTYA 4H67A 2VOZA 4F18A 4QRZA 3MVWA 4RA1A 1AMFA 2ONRA 4I40A 5AA2B 1Q1KA 5LOMA 3CI8A 1UTHB 3A09A 4F29A 3HHGA 5LDZA 1NUYA 2PFYA 4YKIA 3BBRA 3I3VA 1FBFA 3KOSA 3PPQA 2DWHA 4MCOA 3MP8A 4P9KA 5EQAA 1BP5A 3CFXA 5CM6A 1Y9UA 2Y7PA 1KWHA 4XF5A 4ZE8A 4FIMA 5DVFA 4DCXA 2XXQA 1BIYA 2UVJA 2H99A 1B3GA 3VVDA 2DWAA 1TFAA 1DMBA 1YYZA 4YKJA 1YTVA 3HN0A 5DVIA 4MJOA 4H1XA 1B5IA 4PE5B 4QF9A 1LAGE 2F8DA 3H03A 5I59A 1ZIUA 5HPQA 2X7PA 2F35A 3T9HB 4BDRA 1QKBA 4HE2A 4FAJA 5CMMA 3MUQA 2YLNA 1XS5A 4BDLA 1B5HA 2X26A 5ICQA 4IO6A 2OWSA 1MPBA 3EF7A 1FBDA 3UGWA 3OEMA 3RLFE 2H25A 4ELOA 3FGSA 4JBZA 3H6WA 4YU0A 2OK2A 4EUOA 3MZ1A 3FD3A 4YB7A 1AH5A 3Q25A 1NV1A 1Y4TA 1NH7A 1RDXA 4PETA 2CZHA 4P8BA 1YXIA 2WBBA 3HPIA 1B3EA 1IMEA 4GF8A 2IEEA 3FXRA 1MPCA 1NMUA 1PB9A 1POTA 5IZ3A 3K6UA 2E0SA 3DP6A 1MXYA 3L6GA 1NH8A 3UORA 4PFYA 3T0JA 2FIEA 4OEUA 3KN7A 2OZZA 2XXTA 5I3SA 1B3FA 3MVXA 4LUBA 2KQZA 3TQWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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