3K8NA

Crystal structure of e. coli ccmg
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
b'DDPTNLESALIGKPVPKFRLESLDNPGQFYQADVLTQGKPVLLNVWATWCPTCRAEHQYLNQLSAQGIRVVGMNYKDDRQKAISWLKELGNPYALSLFDGDGMLGLDLGVYGAPETFLIDGNGIIRYRHAGDLNPRVWEEEIKPLWEKYSKEA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of E. Coli CCMG
rcsb
molecule keywords Cytochrome c biogenesis protein ccmG
source organism Escherichia coli k-12
molecule tags Oxidoreductase
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3k8nA00
1K3OA 1YQ1A 2CV4A 5DAKA 4HDEA 1K0NA 1SU9A 2CZ2A 2VM2A 1AUCA 3EMXA 16GSA 1F6MC 1FVKA 2H30A 1AW9A 1THXA 2H70A 4ZB8A 5KN2A 4K7IA 2B5EA 1K3YA 3I9V2 1SD9A 4KNDA 3WT2A 2B1KA 5AIXA 2TRXA 3GL3A 3GV1A 1CQGA 1R26A 1O85A 5IMCA 1GSQA 2GS3A 3ZLPA 4HJ2A 1T4ZA 1GSYA 4IS0A 2JU5A 2PMTA 1QGVA 1VF2A 1WE0A 4N10A 2H0GA 4I8BA 1VF4A 9GSSA 2OBIA 3BCIA 2RUFA 4HU9A 5DCGA 4K7OA 1BEDA 4X0XA 3LFLA 2LJKA 1XW5A 4WBRD 2FNOA 4BVXA 2VCTA 3F3RA 3F0IA 1GTIA 2E7PA 1KBNA 4K8MA 4MCUA 1ERVA 5IMFA 3O3TA 2M46A 2YWOA 3GL5A 1GP1A 3D0ZA 2O7KA 2L4CA 1M0UA 2E2GA 2I4AA 3D6IA 4PXOA 3WGEA 4LMVA 2OKAA 2WCIA 2V32A 3ZITA 2N5AA 1TK8B 3A2XA 2HNLA 1SYXA 1G0TA 3Q6OA 1YEPA 1H75A 3H8QA 3RDWA 3IK7A 2I9HA 4WF4A 2O89A 4EVMA 3UL3A 4MPFA 4DSRA 5IOWA 2HRFA 3SWLA 3E9JB 3P2AA 2V6OA 4MJAA 4J56E 5JCUA 1YF1A 4GF0A 4KSMA 4TR4A 4YQVA 1O73A 3L9VA 1AIUA 3Q18A 2M72A 2KUCA 2CA8A 1E6BA 4LLRA 4GLTA 3KMOA 3ME8A 5H5RA 4TN8A 2ZNMA 2PN8A 4BVYA 4JE1A 4IGJA 3FY7A 1YJ6A 2PUKC 2VL3A 3RBTA 2MMOA 4POKA 2OBKA 3GH9A 3IC4A 2TRCP 4D73B 1XWKA 4MLYA 3UBLA 4KH7A 4YAPA 2VD1A 3IPZA 3UMAA 1SL1B 2I81A 4ZIJA 3EC3A 4KDUA 4MF6A 2VOCA 3F9UA 3CSJA 2DBCA 2IJYA 4ECCA 5KN0A 3GTUA 2X8GA 4GWRA 2LKUA 4RI7A 1OC9B 5F0GA 4O7HA 1DE1A 1UA5A 4MF7A 3TKSA 1R7HA 2HYXA 3CXGA 3W6GA 1DUGA 3EU3A 2VIMA 4IJ3A 4AF2A 4ZB6A 3P90A 4MABA 2YPMA 1USBA 4XS1A 2LV3A 2B1LA 5KN1A 4F0BA 1A2JA 3C8EA 3FYGA 1U88A 1M2DA 5DJMA 1DBYA 2DMMA 20GSA 2N5BA 2HT9A 2H0HA 3APOA 3D5JA 2EIOA 3GKKA 4OFTA 4POMA 5HR2A 3DRNA 5G5EA 2GVPA 3H4KA 2DSAA 2VCWA 2IMFA 1M9BA 3LJRA 3HD5A 1PKZA 1XWCA 1TJDA 3FR9A 1GUMA 3WD6A 3J7Yk 1MD4A 6GSTA 2CAQA 2MMNA 4ZL7A 2C0GA 3QAVA 3UIWA 2WGRA 2NVLA 1TK5B 2RUEA 2JACA 1TU8A 2K6VA 2H1AA 1M7TA 3GX8A 4KX4A 5DVBA 4K9ZA 4TW5A 5F05A 2WULA 4RQXA 2X8HA 1T8EB 1Z6MA 1PN9A 2EIRA 5HFIA 4IP6A 1XW9A 4MP4A 2PGTA 3BD2A 3QOUA 1EV9A 11GSA 3LG6A 3HY2A 5G1LA 5GAND 3CBUA 4MZCA 3GFKA 5KEJA 4IW9A 1SK2A 3IV4A 2IMDA 3KD0A 1YY7A 2TIRA 5CRHA 4KB3A 4ML6A 4ZL8A 3F63A 4NXIA 4ID0A 2DJ3A 4XCSA 4NHWA 5L71A 3TGZA 1S3AA 4K0NA 3M1GA 1GTUA 4N30A 4TR3A 1B8XA 1WMJA 5JCGA 3QAWA 14GSA 3I6AA 2YV9A 3TUEA 1GNEA 1PA3A 2WDUA 3F8UA 2IN3A 5D96A 2KP1A 1HNCA 2LS5A 1ZL9A 4OMVA 3TRXA 1ZYEA 7GSSA 3LQ7A 3L9UA 3R2QA 1AC1A 1THOA 1EOHA 2C3TA 1TRVA 4QL9A 5H5SA 2IPAA 4BWQA 4WR5A 4WBJA 2B5XA 4OWYA 4DSSA 1EEMA 1SJZA 3Q74A 1Y25A 2DIYA 3UJ1A 3GRXA 2D2ZA 4XS4B 1Z7PA 2L5LA 4G10A 1A2MA 2Z9SA 2DJJA 2FWFA 3APQA 4EE0A 2C1YA 2VO4A 5IMDA 3UVHA 1FAAA 1XIYA 4CW9A 1AQWA 1TRUA 3MWHA 4I97A 1OYJA 1ZGNA 2B6MA 1IYIA 2OE0A 4XTSA 3EVIA 1R5AA 3U6VA 3ZMKA 1B9XC 4HZ4A 3APSA 3Q19A 4JU5A 4ZXGA 3ISOA 13GSA 1ERWA 4NHZA 4JR6A 1K0OA 4OFNA 5A4VA 4FYCA 1ML6A 3A3TA 3QAGA 2CVKA 4D73A 3EMPA 4I2TA 2VL2A 3M0FA 5HFKA 4DSQA 2E0QA 2WRTA 3HA9A 1GH2A 4MDCA 4MJCA 3GX0A 3F4TA 1WJKA 2WB9A 1AAZA 1SJ6A 3NOFA 2DJ0A 2KP2A 1Z9HA 1F2EA 4LL1B 3TKSC 1K0AA 2R2JA 5ID2A 4IELA 1EZKA 2A2SA 1V58A 2ZCTA 3A2WA 1KTEA 3GUSA 5C00A 3IAS2 2XPDA 1TRSA 4IQAA 3HJMA 1J9BA 1R4WA 4TR0A 2PWJA 3IE3A 5IMVA 3U5RE 1RQMA 3ZRDA 2MYGA 3L78A 5HR1A 1YF0A 2FGXA 4MA9A 2H71A 1Y6EA 2V41A 3TKPA 2L6DA 4G19A 2LNTA 2R6KA 4K7NA 4MPGA 1JFUA 1F37A 4Q5NA 1TXXA 2XHFA 2B3SA 2NPBA 1MDJA 2C80A 1TK0B 2VM1A 2HLSA 3G7JA 1GSDA 1XWBA 1U6TA 3TRPA 3IK9A 1BG5A 1W4VA 2FWGA 2YOIA 4KDXA 2BTOT 3LEFA 5C04A 5ECLB 2GT6A 4K6XA 2GZZA 3IAM2 1W89A 2R4VA 2H75A 4NMUA 4N0ZA 3KIJA 4NV5A 3QCPA 3ERWA 3E0UA 1ON4A 1C72A 1SK1A 5IMAA 2OE3A 1V98A 3FHKA 4I2UA 2HSHA 1MTCA 2HE3A 4XRAA 2HZEA 4FYUA 4OO5A 4NV2A 3GKNA 1X5CA 5CAXA 1PD21 5JWOB 4PGTA 1GUHA 2FHEA 4K2DA 2CQ9A 2LEGA 2CX4A 4DSSB 5DDLA 1GLQA 3QFBC 1MEKA 5HR0A 2DC5A 4POLA 2HSYA 1YDKA 3GKXA 3F6DA 2JL4A 5HFGA 1QK8A 4GXZA 5ECSA 5LD0A 2KHPA 1FHEA 3DIEA 4KCAA 5IIZA 5IM9A 3D4TA 1RW1A 3QFAC 3ZREA 4KGIA 4I5QA 4LL4B 1TI1A 2K8VA 1HQOA 3TJBA 1JZOA 4HOJA 1FO5A 1N2AA 4ZB9A 4PQIA 3EE2A 3FZ5A 2RIIA 4MZBA 4CDOA 4L5OA 1AQXA 2IMEA 3TKRA 1XBSA 2OJLA 1GL8A 2L59A 2ON7A 3PGTA 3HYPA 3QPMA 2YWIA 2AHEA 5G1KA 3ZMLA 2K9FA 4AJ6A 2JSYA 4YAVA 2FCHA 3LYPA 3PINA 2JZRA 3IHQA 5AIVA 3HVSA 5ECQB 1NHOA 4RI6A 4BPYA 2NTOA 2LQQA 5ECMB 2O85A 3TJJA 2MBSA 2IWTA 5J9BA 2V6KA 3HXSA 3LGCA 2FD3A 4KCEA 4P3YB 1EGOA 3D22A 4EKZA 4Q5QA 4F82A 2ON5A 2LJAA 4XS4A 5H5QA 6GSVA 1BX9A 2QGVA 3V1WA 2GQLA 2CVBA 1O8WA 5GZZB 2L57A 2EIQA 3IA1A 2F3MA 2AJQB 3VFIA 3BCKA 3C73A 2PBJA 5ID2B 3DXBA 5FWGA 4JZQA 4F03A 1PX7A 3D21A 2GT5A 1QMVA 5J5NA 2YZUA 5B8AA 3CTFA 5A5KA 1URMA 1WRYA 2IFQB 4EDYA 2C0DA 5B6NA 1XFLA 2YWNA 2O87A 2YZHA 1Z3EA 2GQKA 1H4OA 3GYKA 2ZUPA 1HNBA 1K0MA 4V1Ap 2ALBA 3L9SA 4MJEA 4IHUA 4ZBDA 1BAYA 3KP9A 3CTGA 3WGXA 5A4WA 1ZOFA 4F9ZA 3HVVA 2VUPA 1O7UA 2VL2C 3TJGA 3VURA 3FZ4A 1JZRA 3CRTA 3VK9A 3HZ4A 4ISDA 2WJUA 2HZFA 5EL8A 4QQ7A 2B7KA 3LSZA 5D9TA 3ZFLA 2PERA 4G9HA 3ZIJA 5LCZA 5CYYA 4GQFA 1PMTA 1K0DA 4V2MA 2G0FA 2P5RA 3QMXA 4XIHA 2C0EA 4XS6A 1GSFA 1EV4A 3KMNA 1EP7A 5CNWA 1X9MB 1VF3A 3UOMA 2P0GA 3KM6A 4PNFA 4RUVA 3ZFBA 1WP0A 3UBKA 2IMKA 1ZZYA 3AY8A 1QQ2A 4WEYA 3DD3A 1PRXA 2HZEB 2H6XA 4HZ2A 2B7JA 5JWRB 3TOUA 4TOPA 2GSQA 3M8NA 2X99A 4OO4A 1I9DA 2LRCA 4IJIA 2V2GA 2VCQA 5DJLA 1GRXA 1B4QA 1WIKA 3QDNA 3G7IA 1VRSD 2AUVA 2H1GA 1XOAA 1V57A 2H72A 1OKTA 3WGDA 1TOFA 3VLNA 1T1VA 3TDGA 2B5YA 4XHMA 2H8LA 2XC2A 2MMZA 3VWXA 3DMLA 5CO3A 5JCWA 4AJ8A 1K3LA 1RK4A 2GGTA 5FHIA 4TVEA 3FR3A 2DJ2A 3NIVA 4BA7A 2C3QA 3IDVA 2VL9A 3QR6A 1JLVA 2YJ7A 3DVXA 5J41A 1G7EA 1PX6A 3TCOA 2DIZA 3BJ5A 1BJXA 1U87A 5D73A 4K1FA 2WS2A 2H76A 3TOTA 1SL0B 1FW1A 3A5WA 4I6XA 4EXJA 4IBPA 2C0FA 4ULXA 2VCXA 4DVCA 4ILFA 2FA8A 5B7CA 4Q5RA 2CT6A 3WT1A 4MH2A 1EGRA 4FYBA 4ZL9A 1GTBA 5A4UA 4N11A 2F9SA 1EWXA 1X9SB 4J57E 4PNGA 1R5PA 1V2AA 5F06A 5ECKB 1XWGA 1ERUA 3HJPA 2RM6A 3KGKA 3KP8A 3UVTA 1GSUA 3H79A 2E2MA 4ZILA 1WPIA 2GTUA 3VI7A 5KN3A 1A8YA 2YJHA 5ECPB 5ENUA 1V9WA 2REMA 1YEXA 3HHVA 1MD3A 1M2BA 1PGTA 2LQOA 3RPNA 5J4UA 2MBTA 1TDIA 3F3QA 4YQUA 2CX3A 3OR5A 3F4SA 2MMAA 3FZ9A 2J23A 4K0GA 3F6FA 4JBBA 5DCHA 1XVQA 3C1SA 4LMWA 2LJRA 4HUAA 1X5EA 3KH7A 2GLRA 10GSA 1ST9A 3S9FA 4ACSA 5IO2A 3KXOA 3A2VA 4GSSA 4AJ7A 3IOSA 1ABAA 3FEUA 1T00A 19GSA 2PVQA 3TJFA 1GTAA 4V2NA 1XVWA 3EURA 5HQPA 1X9WB 1WWJA 2GZYA 4KUNA 1SKSB 1OC3A 1XOBA 5COHA 3G7YA 1XXUA 1S3DA 3ZYWA 4WF5A 4BWSA 5IQYA 5ABRA 4WETA 12GSA 3C1RA 3G9BA 1EOGA 4IP1A 3FK8A 5DALB 2P31A 3M9JA 4V1Ag 4GSNA 2IMIA 2IFQA 5EY6A 4YQMA 1M99A 5GSSA 2K8SA 1T7PB 3K8NA 1F3AA 5AGYA 2C4JA 5G31A 1A0FA 3MDKA 2FWEA 3VWVA 3JCML 3GURA 1LJRA 4H86A 2H66A 2FUG2 3ZVJD 3P7XA 1NSWA 4XRDA 3C71A 1VF1A 4GQCA 3C7MA 1QFNA 2FWHA 4RQRA 2I1UA 1JZDA 5DBQA 3BBYA 2H73A 4FO5A 8GSSA 1O81A 1SKRB 3F4RA 2YANA 3E3EA 4HQZA 3M3MA 1U3AA 6GSWA 1SK0A 3I69A 4HI7A 4PUAA 1N8JA 1ZYQB 4GTUA 2JZTA 3TRQA 2AB6A 4GSTA 4EC0A 4ZBBA 4PQ1A 4WR4A 5INYA 2JZSA 3QD9A 2L6CA 5EVOA 2VLUA 3HDCA 3MSZA 3KCMA 3CSHA 3VWUA 4KAEA 1JHBA 5JWQB 3TKSE 4J2FA 3GIXA 3I43A 3TKQA 4L5LA 3GSTA 3RHCA 3HCZA 5LNKe 1T4YA 5E4WA 1GSSA 3IBHA 2DLXA 2F8FA 2G2QA 3FR6A 1G6YA 5IMZA 3LWAA 3P8WA 1FG4A 2GSTA 2FA4A 3CRUA 1FB6A 5CRDA 1ZCPA 3ME7A 1TP9A 4EDZA 1GWCA 3O6TA 3HJOA 5IPHA 1GULA 1HD2A 1O6JA 4PQHA 3EWLA 4MH3A 5D8IA 22GSA 5FT3A 1GNWA 3D4MA 2H1BA 4Q5FA 5HR3A 1SENA 3H93A 1YKCA 2DJ1A 1G7OA 4OFMA 4OCFA 4OD7A 2H0IA 4ECBA 2GSSA 4TXOA 1U3IA 3VPTA 1PL1A 5D9XA 3ERGA 2QKEA 3DYRA 3LYKA 2JADA 4KSOA 3KJYA 1FOVA 1DSBA 1A8LA 1PL2A 4QL7A 2V1MA 2J9HA 2IL3A 4O32A 4JR4A 2LUSA 3GA4A 2M80A 1MDIA 3PR8A 1ZMAA 1PSQA 2CZ3A 3N5OA 5B8BA 2OACA 2PVOC 3GHAA 4L0WA 2R5GA 2X64A 2OADA 1KNGA 3L4NA 3RPPA 1A24A 3KTBA 1XCCA 2CAIA 5ECRB 4IN0A 1PQNA 4POBA 4MK3A 2GSRA 4TKYA 4G2EA 4ML1A 2XBIA 3VI5A 2H6YA 5G30A 1ACVA 1Z6NA 2H1DA 2YN1A 1I5GA 2FLSA 1A23A 2NBSA 2DMLA 5GAPD 3WYWA 2OE1A 4TR1A 2QC7A 2VCVA 3EU4A 1BYEA 4ECIA 2XPEA 1EEJA 4LA1A 3KTLA 3GH6A 3KZQA 4NAXA 3MAKA 1HYUA 2VAFA 2AAWA 1K0BA 1Z5YE 1YZXA 5F8BA 5DQSA 2N5FA 3DEXA 5CRWA 18GSA 4HJMA 2HXKA 4MZWA 1T3BA 4YH2A 2LRNA 5F07A 5CREA 1SJIA 3CSIA 1TTZA 2C8UA 3GNJA 1A2LA 4O5RA 1V40A 3PH9A 4PX1A 1ILOA 2AYTA 3NZNA 5DAKB 3HVXA 2H01A 2VCZA 5CP1A 6GSUA 3FZAA 4TXVA 3ZIVA 4EF0A 3LORA 2LRTA 5ECNB 3DWVA 2I3YA 1LBKA 4IQ1A 4OCEA 3IRAA 5ELAA 1OVNA 4E8EA 3DGQA 1LU4A 2RLIA 1J08A 6GSSA 2ES7A 5DALA 4AGSA 1S3CA 4KDYA 1F9MA 1ERTA 1M9AA 1NHYA 2C3NA 1TI3A 3LXTA 1MDKA 4IVFA 1AQVA 1EP8A 2F51A 1UN2A 4EO3A 3ZTLA 2DJKA 4NWYA 6GSYA 2VLTA 5D9WA 1FB0A 4ECJA 1J0FA 4X1UA 2R37A 1TKDB 1TRWA 2H19A 5D93A 2WFCA 1GUKA 4JRRA 1XW6A 1E2YA 4MMMA 2HRNA 4O92A 1QXHA 3O76A 4ZBAA 4PURA 2OA7A 1B48A 2EC4A 3ED3A 4WKWA 2AV4A 4WXTA 4HS1A 2H74A 3UAPA 2QSIA 2BMXA 1TU7A 1IYHA 4EL1A 1OE7A 2K18A 1GLPA 1YKAA 5ECOB 2GDRA 4HQSA 3VPQA 1Q98A 4HU7A 4TXOB 3BOAA 2HI7A 1XPVA 1BQ7A 2YWMA 3CYNA 3ERFA 5IPGA 4JEDA 2VLVA 4V2LA 3ZVJA 1JZWA 3TJKA 1SYRA 5J3RA 3ZZXA 2JSZA 3DVWA 3GN3A 1SD8A 3DKSA 2YNXA 1JLWA 2LNSA 4NPBA 1Q4JA 1KEBA 4FH8A 2GZPA 1HNAA 2L4QA 4KE3A 3ZL5A 1B9YC 3VWWA 3KH9A 4N0VA 1SL2B 2A4VA 2YCDA 1UVZA 1OAZA 2F8AA 1PKWA 1F3BA 3HZ8A 2VD0A 3GTUB 4IKHA 5ECHB 4TR1B 4EUYA 5EPFA 2PPTA 2O8VB 4MJBA 5D9VA 3UARA 4E8HA 5AN1A 4GRFA 5ECIB 2GQMA 1NM3A 3UEMA 4FIWA 1CQHA 1B4PA 1GSEA 4KA0A 2MZCA 4L0UA 1M2AA 1SKWB 3RAZA 5GSTA 5E59A 5G2ZA 2KLXA 6GSXA 3FRCA 2A2RA 3W8SA 2WZ9A 4CHSA 1VGLA 3M9KA 1OKDA 5CRGA 1OE8A 4F0CA 1Z7RA 1G6WA 2LSTA 4F2IA 3IR4A 5B6MA 1WOUA 4HEA2 2YP6A 2KOKA 1FVJA 2R3XA 3US3A 4PUFC 4MF5A 3RHBA 3EYTA 3GMFA 4DEJA 3TB2A 4TRXA 2FY6A 2LTKA 3EINA 3W8JA 3H1NA 2X8CA 1X0RA 1A0RP 5ELGA 2HFDA 5AISA 5IOXA 4KW6A 1OC9A 1NW2A 3GSSA 3J7Yb 3IXRA 2IIYA 2YV7A 3HKRA 4X43A 2NDOA 4GCIA 1K0CA 17GSA 1UC7A 3GKMA 1X5DA 1AXDA 3LXZA 5IO0A 5J9CA 2H6ZA 3MNGA 5G5FA 3FW2A 3N9JA 3CMIA 2P5QA 2PU9C 1XZOA 2L5OA 3L0HA 1TW9A 2RM5A 1OC8A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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