3K9KA

Transposase domain of metnase
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
233
structure length
211
Chain Sequence
KVKKLDKWVPHELTENQKNRRFEVSSSLILRNHNEPFLDRIVTCDEKWILYDNRPKKVMVTIWWSAAGLIHYSFLNPGETITSEKYAQEIDEMNQKLQRLQLALVRRKRPILLHDNARPHVAQPTLQKLNELGYEVLPHPPYSPDLLPTNYHVFKHLNNFLQGKRFHNQQDAENAFQEFVESQSTDFYWTGINQLISRWQKCVDCNGSYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Histone-lysine N-methyltransferase SETMAR
publication title Crystal structure of the human Hsmar1-derived transposase domain in the DNA repair enzyme Metnase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase
total genus 64
structure length 211
sequence length 233
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.43: Histone-lysine N-methyltransferase.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3k9kA00
4MDAA 5CR4A 3K9JA 4MDBA 3HOSA 2F7TA 4R79A 3K9KA 4U7BA 5HOOA 3HOTA 3F2KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ5A 3SV4A 4MDBA 1NK5A 5EU7A 3TAFA 2GELA 4DF8A 3A5MC 1X3NA 5C12A 3SPZA 1W9HA 3ENHA 3ITHA 4JI1K 4M7YA 2Q3SA 5AZJA 5ADXH 3H45C 1GLEG 2GBZA 4CJ3A 1LOTB 1BL3A 5AQRA 3ZEUB 3T1YK 1BUPA 4CJ5A 1S6QA 1QVFM 1YJNN 4B08A 1M90O 4Q5VA 5CZ2A 3R3LA 1T05A 1GLCG 1NGGA 5C25A 5SWMA 2WUSA 2FSKA 4ELVA 4NB4A 1Z26A 3PV8A 4EP4A 2YNGA 3A5NC 1NK7A 4IG0A 3SPYA 1BI4A 3O80A 1U04A 3J7ZO 1RDDA 4CZFA 4ISGA 1YTAA 4E1NA 2YI1A 3THVA 4M3ZA 3AV9A 3H3NO 2E2QA 5AZIB 3OYBA 3KKSA 3NGYA 3THXB 1I3AA 2FF3B 4H5TA 3C95A 2QWRA 4EZ6A 2ZGYA 4FWNA 1WSGA 1LW2A 5BRHA 3HBTA 4FZZA 4A62A 2QW9A 4OGCA 5JVHL 1ILYA 1JJ2M 3GDQA 3NF7A 3V9XA 3VTIA 4BGAA 4KAZA 5JS1A 2HW3A 3CYMA 4BREA 1CZ9A 4GKJK 5BRFA 3V4IA 4DQSA 1GOBA 1VQ8N 4FWKA 4IDKA 2BUPA 3U9DA 1ZBLA 4DKWA 1OH5A 3MXMA 3WT0A 4YNQA 3G4SN 4DU4A 1VRTA 3CCMN 2IDOA 3ZSQA 2JWKA 4FPAA 4ICLA 2YJFA 3CPEA 3I0SA 4N5SA 4NXNK 2Q97A 4DR7K 1NGAA 2X74A 1QTMA 2WC9A 2RE2A 4JD2B 1HNVA 4FK0A 1LWEA 3VTHA 1EO1A 3K5NA 1S1UA 4CJLA 2IC3A 1UWBA 3QBWA 3J7YP 3U6FA 4NYFA 3R9PA 5J1EA 1VQPN 4ZTFA 3QFUA 3UKUA 2NRWA 5HRSA 4ILGB 2CGKA 4C1NI 1NM1A 5FLXO 3IG1A 3QNNA 4FOEA 2LSNA 4JI8K 1NWKA 3ZSOA 1B92A 1YUWA 1ZBIA 3DXMB 2QM1A 5GAGP 3WNEA 4H5RA 1NJZA 4IKFA 4EFHA 3U3YA 3FZFA 3P83D 3OYCA 4CCHA 4W5RA 2V7ZA 2XY7A 1KSPA 3M8QA 1K9MO 1QHAA 3JS6A 4UQGA 1TYQB 4CF9A 1ESVA 3EYZA 4CFCA 4FJIA 5FRNA 3LPUA 3CFOA 3LDLA 4DTOA 3EL2A 2D1KA 1T03A 5KPTA 5FPNA 3K57A 1HYZA 4H8KA 3DLBA 4CZHA 1DKGD 4JS5A 3V9UA 1OH6A 2HMIA 5HBMA 1EETA 3HOSA 4BRCA 5FRMA 4EIAA 4HHTA 1U48A 4E1MA 3TTDA 3HP6A 3PX0A 1JCFA 2F4VK 4FLYA 1GLAG 4CBXA 4CK2A 2A42A 5JICA 3CCJN 1T3VA 3RMDA 3SV3A 2YHBA 3GL1A 4FK4A 1WBDA 4EZ9A 2HBKA 3CJ1A 3F9MA 5BR8K 2EHGA 2YNIA 4BR2A 2BANA 3K9KA 3OHRA 2FBXA 1VSDA 4DR2K 3DAWA 4BC5A 1EP4A 3Q7BA 2QWMA 4BRPA 2YNHA 3LP0A 5AQJA 3KK7A 3LWLA 4FM0A 5F2RA 4CJVA 3DLGA 4IBNA 3NAEA 4GV6A 3L4IA 1IJJA 3D7EO 4HTLA 4B1VA 1RT1A 3WNFA 1IO2A 3QIPA 4FJ9A 4DSJA 2YJEA 3ZCMA 5FPEA 4IOCL 3DLHA 2EWSA 3SI6A 3T19A 1I94K 3LALA 4FZYA 4IJAA 3E9PA 4JRQA 1G15A 3ATUA 2NZTA 1K73O 4KTQA 4KI6A 2O8FB 4JS4A 1NK6A 3OYEA 1RTDA 5C15A 2X78A 3VEZA 2OYQA 4O0IA 4WFAL 1HPZA 1QQOA 4ISEA 3NFAA 5DM7L 5CE3A 4GKKK 3QO9A 4AM6A 4FXDA 3SUPA 4NLBA 2HBMA 3LDQA 2XO7A 2WONA 2OA8A 4BRMA 3LDSA 4YHHK 1RCHA 4CGFA 1YI2N 3DLEA 3IDHA 4LF4K 4LF5K 1CZAN 2W41A 5KTQA 2D0AA 3NVMA 3EE9A 3OJSA 1FXXA 3VEYA 1KQSM 4OLAA 4I2QA 3WXIA 1S1XA 1K8KA 4CJ7A 1Q86O 1NJXA 5LMUK 1BGXT 3B6PA 1BCOA 3K2PA 1NK8A 1KTQA 2QWOA 4DLEA 4H0XB 3DM2A 3VEVA 1ZXOA 4YDUA 3MXIA 4PWDA 2A40A 1X9SA 3IMXA 1JL2A 4LFAK 3KHYA 1S5JA 4J8FA 4E7KA 1REVA 1BQNA 5AFUA 3ZETA 4CFAA 2NRXA 4BRAA 4I9QA 4LH4A 4M7XA 4CZGA 3LDNA 1TVRA 4BR4A 1SL0A 2QA4N 1RBVA 4XH1A 1NGJA 4JLHA 2BGGA 3U3GA 4FWMA 4RW8A 1HJRA 1FW6A 2QEXN 3D2EA 1GLLO 3IFRA 2D0CA 3AVIA 3RRHA 4BG8A 2W6KA 1C1BA 3D6RA 1YHQN 1HR0K 2W6LA 3AA5X 3VEXA 3S3MA 1WOQA 4FPBA 2P9LA 1L3UA 3OYAA 1NGIA 3IS9A 4JKEA 3AVAA 4JYAK 3KIOA 3UKRA 1QQNA 3L3UA 4BR0A 4X62K 4WF9L 2QKBA 4IO8A 4IOAL 3NCIA 2JWLA 4K41A 3TTFA 3CC4N 3E9OA 4OPAA 3V9SA 3ZT1A 3GOIA 1SKWA 4YOWA 4LD0A 3SJJA 3O4QA 4U67L 1LWCA 1X9WA 3L0QA 1U2VB 3PSFA 2G8HA 3MN5A 4KTWA 4MO4A 4DG1A 3SCXA 4B9LA 1JXBA 3A0IX 4B9QA 2E1ZA 4E19A 5JS2A 4LSNA 4O44A 5EOYA 5KGXA 2O8CB 3T7ZA 1VSJA 3MWTA 1HKBA 4PHTX 2WOMA 2B5JA 1Y64A 4WFBL 3CHWA 4CJFA 4OKKA 4OO1J 4F2SA 3Q7CA 1TL1A 5JLFA 3CCQN 4JI3K 1RT6A 4CJSA 1FK9A 3KK2A 3ID6A 1GOCA 3KJVA 1SUQA 3D2FB 4E7JA 5JVGL 1NBWA 1ASUA 3SAFA 2A1RA 1WNSA 1VSEA 5KQDA 3OYIA 2O4IA 3OYKA 3EZ5A 2X6NA 1ZYQA 1NGHA 3CQYA 1N8RO 3DOLA 3GG4A 1VSFA 4M41A 3R6MA 3KD1E 1Q18A 4KH6A 4WE1A 4CJPA 4DTMA 2IOCA 5M1QA 2F7TA 4GV9A 5AR0A 2OZMA 3G25A 1IKWA 3NH2A 3WQUA 1ZBUA 2RKIA 3FZKA 3WEEB 5CY4A 4KHYA 4BRLA 3O3HA 3SUNA 4GVMA 4CGGA 4FWRA 3HOTA 3ZSXA 4DV7K 4AH9A 3C7NA 1NNEA 1TKTA 3N4PA 1MWMA 3BZCA 1KAYA 3T1AA 4H0TB 4PKHA 1C1CA 4RWTA 3FE1A 2GUIA 1C6VA 2VQFK 2A5XA 2ZF5O 5SZTA 1TKXA 3NHGA 1ZBSA 1TAUA 3DI6A 5AQKA 4A57A 2UXBK 2Y1JA 1GLJO 3HM8A 3TAMA 1QSYA 3V1OA 3MWPA 4I6MA 3QFPA 2JGUA 1T6CA 1D4XA 1VQLN 5EX5A 3I33A 2HBLA 3L3VA 4FL9A 2YHYA 3BUZB 2P9UB 4B9MA 3P39A 3KWGA 3TSUA 2YKNA 2A41A 3E66A 2R7YA 3TWHA 1SKRA 2GX9A 4DR4K 2ZJRL 3ZX2A 1E4FT 3OYMA 2HMPA 3CG7A 2DTUA 3LWMA 3M1FA 3N4QA 5C24A 4CZKA 1GLFO 2PAVA 5E26A 3RRGA 1EWRA 4CJKA 4KHSA 2HF3A 3BEXA 1SZ2A 1NMNA 5AQXA 4R5PA 4JKGB 3THWA 1N5YA 1N34K 1A5VA 3HJFA 3OW2M 2YHWA 4Z4IA 2HHQA 1LWFA 2IVPA 2H3GX 3KKRA 3KZBA 1VQON 4KHNA 4JNEA 2DPNA 2OPQA 4FLVA 1RBRA 2V51B 2GTDA 2Q31A 3RSEA 2ASMA 4WQ5A 3MECA 3G10A 4CZIA 3LM2A 1J53A 4ELTA 3C6AA 4AILC 1DTTA 2QI2A 1CLQA 3ZT4A 3O8MA 4AF1A 3F2KA 1WSFA 3IUCA 2FLOA 4WQ4A 3QINA 3LZJA 3K5LA 4HWIA 3O4NA 1KVAA 1MDUB 5AQNA 3O9RA 1JL1A 1LCUA 4OGEA 3CCVN 4CVNE 1KVCA 4MLHA 5KGWA 3SMSA 4C8OA 1GLDG 4CF2A 2KKZA 2D0BA 3O08A 1RDAA 1C1AA 2HHUA 4LSLA 2CGLA 1ATNA 3O9SA 3SLCA 4QAGA 4AHVA 1G99A 1S72N 1IKYA 2KZMA 4CHNA 3HK2A 3VN5A 1XC3A 4FW1A 4CF1A 3VQ4A 3ZT0A 3CF5L 4JV5K 4A59A 5AZJB 1J5EK 3EE8A 3H08A 1N36K 5IWAK 3TI0A 4LC9B 3FZLA 4F8RA 5FDLA 1SS6A 4CFBA 1HKCA 3QEXA 1DT9A 1KRPA 2RHKA 2VWBA 3MEDA 3CI5A 2QK9A 4E89A 5AQQA 5KPRA 4M3UA 1K6YA 1JLGA 2P9IA 3PY8A 2PYJA 1Q9YA 1M1KO 3V1RA 4BRKA 3ASMA 3MAQA 1RDUA 1BI4B 2HHHK 4IDHA 4W5TA 4FSVA 4DTXA 4FJ8A 4Z4HA 5TKWA 1QSSA 3ZX3A 2PZSA 2KFZA 4GVEA 3UIQA 4ID1A 4BR5A 4FLZA 4FWQA 2UUCK 4CERA 5CR4A 3QDKA 2Q0UA 4O5FA 3G0ZA 4DQRA 1ATRA 3RR8A 3OYNA 3K0SA 4LF9K 3CMAN 3CXCM 2Q2RA 2O8BA 1IKXA 1EWQA 4IFVA 4B9TA 3SYZA 4M3TA 2WBNA 1J6ZA 4I9LA 5EY4A 1VSMA 3AO5A 3A5LC 3JAMO 1YT3A 4AQYK 2OZSA 4MQ3A 4XH5A 4WYBA 3UB5A 5LMNK 4FLXA 4RW7A 3DXKA 3AGRA 3T1HK 2P9PA 3TSQA 4BROA 2P1JA 4R79A 4BDZA 4DFJA 1UA0A 3KTQA 2XHBA 1QQMA 3CFPA 1RT5A 3FZMA 5HP1A 2CGJA 3A2FA 5K14A 1VSKA 3RVCA 1HYVA 3DLKA 5BN9A 5IT9O 3SAHA 1BCMA 5M1KA 2GUPA 1KD1O 4RW4A 2FBYA 4ELUA 3PLAA 3OS0A 4CEDA 1J54A 4FWSA 3C6UA 4KB0A 3AO3A 1BIUA 4DR6K 4L3QA 4RW6A 2HB5A 3F9KA 3UKUB 1Q82O 4Z0UA 1QSLA 4FJ5A 3CJAA 3BF3A 4ILHA 2ZGZA 3P31A 1S9GA 4PY5A 4CGJA 4CGIA 5EVZA 4CIFA 1VRUA 3DRRA 5JLHA 1IG8A 2F8SA 3HVTA 3DMJA 1JLAA 3RMAA 3VPZA 4ZTJA 4M3XA 3NGIA 1NK4A 3JSMA 2I5JA 3K5OA 1L5UA 4FW2A 4E7LA 1XQSC 4B3TK 2RPIA 3ZX0A 4B1WB 1S1VA 4LFCK 3DLLL 3S3NA 4O55A 5AQSA 4DSLA 1BIZA 4PUOA 1JCEA 1NGFA 2UUBK 1WSIA 1NK9A 1VK0A 4AHCA 1Q8IA 2HVIA 1R59O 2P9KA 1RNHA 4KH5A 1YTUA 4W5QA 4CEOA 5CZ1A 3VA3A 3QETA 1VHXA 4FJJA 1RBUA 4JKBA 2D0PA 3H3OB 3QIOA 4CEBA 1V4SA 4Z94A 2AJQA 4DR5K 2KZZA 2O8DA 5C2DA 3KVGA 1KFDA 1EX4A 2NLXA 5JMVA 4MDAA 2B6AA 1UAXA 1BU6O 5BR9A 4B1UB 4F9OA 1HMVA 3EZWA 4BVPA 3LAMA 3HI0A 3BGRA 3OYFA 4XH4A 4CESA 5C2FA 2EX3A 4KI4A 4Z4CA 3ULEA 3M8SA 3HPGA 1DGKN 4CI6A 1HQEA 4WCEL 4BQZA 3HPOA 4RG8A 5AFUH 1MU2A 4DV5K 3CCLN 1TK8A 4CEEA 3PO5A 4M45A 4OPJA 4OKEA 3HYFA 3THYA 3PIOL 3EEQA 4GW6A 4KBOA 4CGHA 5AQTA 4X65K 1VQKN 4M42A 4KV8A 4H5VA 4JHDA 4PKGA 1Z25A 3CCEN 1QE1A 3P4IA 3S9HA 2DFFA 5KRTA 4HUEA 1NGEA 1VQ9N 4LFBK 4CIEA 2IAJA 3OS2A 3MN6A 4H0YB 4BY9C 3OA9A 4QS9A 1WB9A 5I9EB 3KLIA 3OBWA 3DRPA 3HVRA 3P1GA 3BP8A 3KLGA 4JN4A 4QCLA 3KK3A 1VSLA 1RDBA 2G8WA 4A61A 3PIPL 5AQGA 3AVGA 1KXPA 1JLBA 1IBMK 2ETJA 3M6GA 1C0GA 3MXJA 2HNZA 3EY1A 3FFIA 3VQPA 1ATSA 1K8KB 4LF8K 5BPMA 2P9NA 3G6EN 4BRNA 3OYJA 2D4WA 2DFHA 4M3WA 1S6PA 2UU9K 3L6QA 2HF4A 3AO4A 4AHRA 3SQ0A 1IKVA 5GAEP 5J2MA 3ZETB 4OKJA 4HCBA 1EQYA 3HM9A 1XI1A 4FK2A 1A5XA 1VQ6N 4JKAA 2YX6A 1S9EA 4KKOA 4CIGA 4DQ8A 1VQ7N 3SQ4A 2RF2A 1YAGA 3NVKA 4JI7K 1I39A 2UYTA 2QXLA 3D2EB 3HL8A 5LJVA 1IBKK 2NRVA 3MK6A 4FJLA 3KD5E 1HNWK 5B8HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MDA A;  5CR4 A;  3K9J A;  4MDB A;  3HOS A;  2F7T A;  4R79 A;  3K9K A;  4U7B A;  5HOO A;  3HOT A;  3F2K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VQ5 A;  3SV4 A;  4MDB A;  1NK5 A;  5EU7 A;  3TAF A;  2GEL A;  4DF8 A;  3A5M C;  1X3N A;  5C12 A;  3SPZ A;  1W9H A;  3ENH A;  3ITH A;  4JI1 K;  4M7Y A;  2Q3S A;  5AZJ A;  5ADX H;  3H45 C;  1GLE G;  2GBZ A;  4CJ3 A;  1LOT B;  1BL3 A;  5AQR A;  3ZEU B;  3T1Y K;  1BUP A;  4CJ5 A;  1S6Q A;  1QVF M;  1YJN N;  4B08 A;  1M90 O;  4Q5V A;  5CZ2 A;  3R3L A;  1T05 A;  1GLC G;  1NGG A;  5C25 A;  5SWM A;  2WUS A;  2FSK A;  4ELV A;  4NB4 A;  1Z26 A;  3PV8 A;  4EP4 A;  2YNG A;  3A5N C;  1NK7 A;  4IG0 A;  3SPY A;  1BI4 A;  3O80 A;  1U04 A;  3J7Z O;  1RDD A;  4CZF A;  4ISG A;  1YTA A;  4E1N A;  2YI1 A;  3THV A;  4M3Z A;  3AV9 A;  3H3N O;  2E2Q A;  5AZI B;  3OYB A;  3KKS A;  3NGY A;  3THX B;  1I3A A;  2FF3 B;  4H5T A;  3C95 A;  2QWR A;  4EZ6 A;  2ZGY A;  4FWN A;  1WSG A;  1LW2 A;  5BRH A;  3HBT A;  4FZZ A;  4A62 A;  2QW9 A;  4OGC A;  5JVH L;  1ILY A;  1JJ2 M;  3GDQ A;  3NF7 A;  3V9X A;  3VTI A;  4BGA A;  4KAZ A;  5JS1 A;  2HW3 A;  3CYM A;  4BRE A;  1CZ9 A;  4GKJ K;  5BRF A;  3V4I A;  4DQS A;  1GOB A;  1VQ8 N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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