3KCMA

The crystal structure of thioredoxin protein from geobacter metallireducens
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
b'LEENPAPDFTLNTLNGEVVKLSDLKGQVVIVNFWATWCPPCREEIPSMMRLNAAMAGKPFRMLCVSIDEGGKVAVEEFFRKTGFTLPVLLDADKRVGKLYGTTGVPETFVIDRHGVILKKVVGAMEWDHPEVIAFLNNE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
rcsb
molecule keywords Thioredoxin family protein
source organism Geobacter metallireducens gs-15
molecule tags Oxidoreductase
total genus 36
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kcmA00
1T00A 2GGTA 1E6BA 2C0DA 2VLUA 3ZFBA 3QAVA 2PU9C 3H1NA 4XHMA 5CREA 2KP1A 2D2ZA 1SKWB 1M0UA 4GWRA 4AJ8A 1K3LA 4OCEA 3PINA 4K1FA 13GSA 1SK0A 3WD6A 2WRTA 1Q98A 3V1WA 2K8VA 4O7HA 3UVHA 4V2NA 1SENA 2C3TA 3KZQA 4RUVA 5D9VA 1ERUA 4HJ2A 4IQAA 2YPMA 5HR1A 3ZVJA 2HZEA 2V2GA 3DGQA 2K8SA 1S3CA 1SJ6A 3UIWA 2H01A 3GKMA 3Q18A 2CVKA 1U3AA 3H8QA 1V58A 1PX6A 4PXOA 2VOCA 3IK9A 1FVJA 2C0EA 1BX9A 4GQFA 2JSZA 3L9UA 5HFIA 12GSA 5LD0A 1HNCA 2C8UA 2WULA 3GKKA 3ISOA 3KXOA 1EOHA 4LLRA 4F0CA 4L8EA 3TKSE 3QAWA 4Q5QA 2G0FA 3C1RA 5G5EA 4X0XA 4JRRA 2K6VA 1VRSD 1PN9A 5DQYA 1XVWA 5IMVA 4TR0A 1GUKA 3GV1A 3I43A 3IC4A 2PN8A 1MD4A 3HA9A 1NHOA 3M0FA 2LQQA 5G1LA 4KAEA 4K0GA 3A5WA 1S3DA 5DAKA 4V1Ag 3RBTA 4HOJA 1V9WA 2GSTA 2R6KA 4YAVA 2L5LA 4I2TA 1XZOA 4XS4B 4LMVA 1WP0A 3K8NA 4N30A 2DMLA 1Z9HA 1HNBA 5GZZB 5AN1A 1LBKA 1EWXA 2OBIA 1KNGA 3RDWA 5J3RA 3W8SA 1EZKA 2FWHA 2LRCA 2AAWA 2H6XA 2IWTA 4KA0A 4OO4A 2EIOA 2RM6A 1CQGA 3DYRA 2H8LA 4EE0A 3FZAA 3RAZA 1NW2A 2C3QA 1F6MC 1Z6NA 1XWGA 2GLRA 4IQ1A 2A2RA 1SU9A 1TOFA 1B48A 1M2BA 4KUNA 1GSUA 4F82A 1GSEA 3L78A 5ELGA 3VPQA 5FT3A 5D93A 3D21A 4BWQA 4ACSA 3TDGA 4MDCA 1GWCA 3MAKA 4MH2A 1TW9A 4MJAA 3GNJA 2FNOA 3FY7A 2F9SA 3Q6OA 2PWJA 4NAXA 3WGDA 3LEFA 2JSYA 1FB0A 2LJRA 1OC9A 4Q5RA 5EVOA 3CMIA 1Z3EA 4MF6A 1ACVA 4K6XA 3F3RA 4Q5FA 1EEJA 1GH2A 1MDKA 4N11A 1R4WA 4I8BA 3IAM2 2C0FA 4HS1A 1DUGA 1PSQA 2ON7A 1AUCA 1M99A 3IR4A 1DBYA 5E59A 4PQIA 1TKDB 4O5RA 1XWBA 1JFUA 4YH2A 1GUMA 3A2WA 3HJOA 5B6MA 1KBNA 4HJMA 4BPYA 4WBRD 1SKSB 1M9AA 5ECHB 3HVSA 3ZMKA 1EV4A 2MBTA 4ZILA 1GULA 4MK3A 1YQ1A 18GSA 2GT6A 2HXKA 4QL9A 2V32A 3ZRDA 4JEDA 3FYGA 1SKRB 1XCCA 3FEUA 5ECNB 5G30A 3UVTA 1BG5A 2VCWA 3L0HA 3EC3A 4GSTA 8GSSA 3KM6A 1O8WA 4O92A 2H1AA 1F37A 4EC0A 1HQOA 5B8BA 2H1GA 4HZ4A 4IELA 2YANA 1SJIA 2FWFA 3DKSA 3F63A 2XPDA 3CSHA 4IS0A 5IMCA 3ZVJD 2HLSA 2B7JA 4ZL9A 2V41A 1PL2A 3VPTA 5F07A 2KLXA 3LORA 4WF4A 4POLA 1A24A 3IK7A 2YWNA 4WETA 2YN1A 3ZL5A 2VCTA 2I3YA 3BBYA 1BAYA 3VWWA 5FWGA 4K2DA 1V40A 1SL0B 4G9HA 2H6ZA 4PUFC 3DWVA 2VLTA 1X5DA 2HSYA 3IRAA 1X9SB 2CQ9A 4ZL8A 4AJ6A 2LTKA 3EU4A 1O81A 2H19A 1A8YA 1X9WB 1BQ7A 1UN2A 4V2LA 2C1YA 4NXIA 4MZCA 1K0BA 3QD9A 2IFQA 2DJ3A 2VUPA 5DJLA 4EL1A 4J57E 1URMA 3LJRA 4TKYA 4BVXA 5FHIA 2G2QA 1I9DA 4MA9A 3FK8A 3BOAA 1ON4A 2L59A 3HZ4A 2E2GA 3UOMA 2IN3A 3MDKA 3TJBA 5ECIB 3FR6A 4BWSA 4AF2A 3APSA 3L9VA 1MDIA 2XPEA 1AIUA 2HSHA 3HVXA 5GAPD 1T7PB 3ZLPA 1OE8A 2CX3A 2MMOA 4HEA2 1JHBA 1TRWA 2RIIA 1XVQA 1PMTA 2YWIA 4I97A 2H70A 2ZUPA 4IP1A 3P2AA 3UAPA 2X99A 3HJMA 2H73A 4HU7A 3GX8A 3TJGA 2IMDA 1HYUA 3GN3A 4OFNA 3GKNA 1X5EA 2E0QA 3FRCA 1GLPA 2GZPA 4LL1B 2HT9A 1AXDA 1UC7A 2VIMA 2R2JA 4K0NA 4ID0A 2VD0A 5DCHA 2KOKA 5CRHA 4BA7A 1XOAA 2IMIA 5AGYA 2LKUA 1JLWA 1XPVA 2OADA 4GF0A 2I1UA 2JADA 2O7KA 1TDIA 2H66A 3CRTA 1XBSA 2MMAA 1YDKA 1XW5A 2P5QA 2B5YA 3IA1A 3IXRA 4WBJA 3HJPA 4KGIA 4LA1A 3GMFA 3OR5A 3C71A 2B6MA 2IJYA 3EMXA 2R37A 1SL2B 5G2ZA 3J7Yb 5KN2A 1WMJA 3EWLA 1SYRA 4HDEA 2C3NA 1A0RP 2JZSA 4FYCA 6GSVA 1PX7A 5IPGA 1F9MA 1PA3A 1OVNA 1YZXA 4XTSA 4TR1A 3UARA 5IMZA 2YJ7A 2NVLA 3MSZA 2NBSA 1TXXA 4Z7XA 2VAFA 5A5KA 1U3IA 5CNWA 1T4ZA 10GSA 4MABA 1RK4A 1TI1A 2GT5A 4GXZA 4MJEA 1THXA 3GTUA 3TB2A 4YQUA 1Y6EA 1A8LA 2WCIA 1WIKA 3H4KA 1B9XC 3J7Yk 3QAGA 1VF4A 2OA7A 2CX4A 4ISDA 2YP6A 2NTOA 3MNGA 3EYTA 3ZREA 1YKAA 1R7HA 3DD3A 2TRCP 4OWYA 2GSRA 4ECIA 1AW9A 4KH7A 5HFGA 2XHFA 1VF1A 3ERWA 4PQHA 4IJIA 2YZUA 2FA8A 3C1SA 3TUEA 3KGKA 1U88A 4DSSA 1N2AA 4HI7A 2H72A 4KB3A 1QUWA 3L9SA 1ZMAA 2VD1A 2YOIA 2N5AA 3G7IA 2DMMA 1TTZA 2H1BA 1PKWA 2DJKA 4OFMA 4G19A 2VL2C 3FR9A 4DVCA 2H0IA 4MP4A 1S3AA 2FUG2 1GTIA 4ZBAA 2FCHA 3LG6A 2P0GA 1X9MB 1XWAA 2GQMA 2EIQA 5J9BA 5ID2A 3QCPA 5COHA 2F51A 3CTGA 4EKZA 2CZ3A 5KEJA 2CT6A 2QKEA 4IKHA 3HZ8A 20GSA 4LL4B 3M1GA 5LNKe 1SK1A 2IMEA 4E8HA 1TJDA 2EC4A 4GLTA 2V1MA 4MMMA 2YWOA 3VURA 3I69A 2HYXA 3U6VA 3KP8A 1U87A 1J08A 2B3SA 1A2LA 3VWXA 2Z9SA 3TGZA 3EE2A 4NWYA 4JR6A 3QFBC 1UVZA 5IO2A 1ML6A 6GSWA 4N0VA 3W8JA 2FD3A 2IMFA 3QFAC 5IQYA 4KE3A 1PD21 3Q74A 3M9JA 3VI5A 1YKCA 3TKQA 3WT1A 5D9WA 2NPBA 1J0FA 1GRXA 1PQNA 1JZDA 3QR6A 1YY7A 4I6XA 4KX4A 2RM5A 4PX1A 4WEYA 2VCVA 3TRPA 1V57A 3AY8A 2LQOA 1M7TA 2MMZA 2MMNA 1NM3A 4K7NA 4GRFA 2C0GA 1MEKA 1XWCA 5F0GA 4ECJA 2PUKC 4TVEA 1DE2A 5DALB 2AYTA 1A2MA 3F6FA 4K7IA 2V6OA 3GA4A 3IHQA 4ECCA 2KUCA 5ECSA 4KCEA 6GSSA 4POBA 1VF3A 4GSNA 3ZFLA 1XW9A 1GSQA 4PGTA 1K0MA 2I9HA 2LUSA 4ZL7A 1A23A 2PVQA 5DJMA 4H86A 3LYKA 3EVIA 4DSQA 3I9V2 3HYPA 5ENUA 5D9XA 4V2MA 2GQLA 2LS5A 3TKRA 2H6YA 1SJZA 1RW1A 2K18A 3GSSA 4NPBA 4J56E 1MTCA 2NDOA 1V98A 3UL3A 4BVYA 1N8JA 1EEMA 1ZYEA 4JR4A 4GTUA 1YEPA 4G2EA 2DBCA 5DBQA 3F4TA 4XS4A 5G31A 3LGCA 3S9FA 4WR4A 1H75A 1EP8A 1FHEA 4K8MA 5EPFA 3RPNA 14GSA 2YCDA 3DVXA 4IJ3A 5JCWA 4ZIJA 2ZNMA 3LYPA 3NIVA 3PR8A 1TU7A 3F3QA 5GSTA 2LV3A 19GSA 1QGVA 1TK0B 5ELAA 2J9HA 5GAND 5A4VA 3H93A 2VL2A 4IVFA 2DJ1A 4NMUA 4EVMA 1EV9A 4J2FA 2F8AA 1MD3A 3CTFA 3IV4A 3TRQA 3GSTA 3P90A 5JWQB 1AC1A 2A2SA 1HD2A 2FWEA 3QOUA 5IOXA 5F05A 5D8IA 1AAZA 5CAXA 1FG4A 2GZZA 2C4JA 5D96A 1USBA 1YF1A 1Z6MA 2GQKA 2JL4A 1G7EA 3UJ1A 3GL3A 3US3A 3DVWA 1H4OA 4QL7A 1YEXA 5CO3A 3GRXA 3IDVA 3VK9A 2VCZA 1FVKA 4KDUA 2YV9A 2GZYA 5H5SA 1J9BA 1OKDA 2OE3A 4ULXA 4POKA 4EF0A 1T1VA 4TOPA 5KN3A 4P3YB 5EL8A 2BJXA 3LXTA 2JACA 4TR4A 4KSOA 4OFTA 4RI7A 3E3EA 1M2AA 3WGEA 2E2MA 3WGXA 2N5FA 2YZHA 2ES7A 4D73B 3RPPA 4KW6A 2H76A 1ZL9A 1FB6A 4N10A 2OJLA 1OC8A 2XC2A 5ECQB 4TXOB 2WFCA 3A2XA 3KH7A 2A4VA 1EGOA 3TJFA 2LRNA 3U5RE 1QFNA 5J4UA 4E8EA 4MZBA 5CRWA 4HQSA 2HFDA 2HRFA 1WJKA 2CA8A 1A2JA 3P8WA 5IMAA 2IL3A 4L5LA 2I81A 2PBJA 4POMA 5IM9A 5HR0A 2DJJA 1TK5B 1OYJA 5J41A 1GUHA 2VCQA 4I2UA 3GX0A 5JWOB 1PL1A 3RHBA 2CVBA 3BCIA 4GSSA 1EGRA 1ZCPA 5B6NA 5D9TA 4KDXA 4MZWA 3L4NA 1GSFA 2CZ2A 3ZTLA 4OCFA 1U6TA 2OBKA 4IN0A 1ZZYA 6GSUA 2WGRA 2HZEB 3TRXA 2ON5A 3CRUA 5JWRB 4OO5A 4TXVA 4XRDA 1LU4A 1FAAA 2L4CA 1M2DA 1K3YA 2GSQA 2X64A 16GSA 1VF2A 3ZYWA 1X5CA 2YNXA 4GCIA 3D6IA 3TKSC 4KNDA 5CRDA 1CQHA 2J23A 4DSRA 1AQWA 3I6AA 2JZTA 3NZNA 2H74A 4FH8A 1XW6A 2F8FA 2AV4A 2TIRA 4OD7A 3F6DA 2XBIA 3RHCA 2WDUA 2QSIA 2DJ0A 3KMOA 1Z5YE 1TP9A 2ALBA 3N5OA 2L4QA 2CVDA 5ECRB 5DAKB 4IW9A 1QQ2A 4DEJA 2H0HA 2IMKA 3E0UA 2PGTA 5GSSA 3LQ7A 2WB9A 3FW2A 3D4TA 2JZRA 2H71A 2HNLA 4HZ2A 2X8HA 1NHYA 3GH9A 3GHAA 1JLVA 4NHZA 2BMXA 3ZITA 2REMA 2MYGA 1ZOFA 5HR2A 1GLQA 2H75A 3LWAA 3GH6A 1DSBA 3D0ZA 3M8NA 2AJQB 5DCGA 4EO3A 4AJ7A 5B8AA 2OACA 4F03A 2P5RA 3D4MA 1V2AA 3A3TA 4O32A 4MJCA 5AIVA 1B4QA 3P7XA 9GSSA 2EIRA 1TK8B 1SD9A 2DIZA 5ECLB 2GS3A 3VI7A 4YQVA 2M80A 2RUFA 4NV5A 1G0TA 5E4WA 5KN1A 1I5GA 3HHVA 5DQSA 1R26A 4CHSA 3Q19A 4ZB9A 2B1LA 4MPGA 2VL3A 5H5QA 2WS2A 3UBLA 4KCAA 5KN0A 1G7OA 2H0GA 2RUEA 3ZMLA 7GSSA 3HDCA 4AGSA 1LJRA 1ILOA 2LJAA 1OC9B 5HR3A 3KTBA 5DVBA 3BCKA 4ZB8A 3E9JB 3GYKA 1AQVA 1XWKA 1O85A 1HNAA 4ILFA 5EY6A 2YV7A 2WZ9A 1GTUA 4YAPA 1WOUA 1QK8A 1ZYQB 1OAZA 2HRNA 3KD0A 3G9BA 5G5FA 4OMVA 1ZGNA 2O87A 1FO5A 3DIEA 3R2QA 1F3AA 4TR3A 4MF7A 4IP6A 2FY6A 2VM2A 5ECMB 3H79A 1B8XA 6GSTA 11GSA 2FLSA 2I4AA 2L6CA 3APOA 4FIWA 3DXBA 5IIZA 1Z7RA 3DRNA 3ME8A 2GSSA 5ABRA 3BJ5A 4FYUA 1SYXA 4XRAA 4EUYA 4XS1A 4MLYA 3EURA 1ABAA 3O3TA 3SBCA 1KTEA 3PGTA 1DE1A 3TKSA 1WRYA 17GSA 1GTBA 2IIYA 1OE7A 1PKZA 4IGJA 2V6KA 2CAIA 3DEXA 4ZXGA 2L57A 3G7JA 5C04A 4MCUA 1WE0A 1T4YA 2HI7A 1B4PA 3D5JA 2DJ2A 4MF5A 1EP7A 4MH3A 5J9CA 3MWHA 4TRXA 4RQXA 1M9BA 3JCML 1X0RA 4MPFA 4CDOA 1SL1B 4ECBA 2FA4A 3W6GA 3TKPA 4ZBDA 1C72A 4KSMA 5ECOB 4WXTA 3UMAA 3HD5A 2R5GA 3NOFA 1YF0A 5LCZA 3LXZA 1BEDA 1YJ6A 1Y25A 3A2VA 3M9KA 1KEBA 4JU5A 2FHEA 3GKXA 2GDRA 4XIHA 3QMXA 3BD2A 1OC3A 1WPIA 2KP2A 3WT2A 3VFIA 2LJKA 2PMTA 3KCMA 4MJBA 4KDYA 3IOSA 1K0NA 3C73A 3VWVA 2BTOT 3ZIJA 3QDNA 1O73A 4QQ7A 1G6WA 2IFQB 1A0FA 1GL8A 1T3BA 2H1DA 2B1KA 4TN8A 3TJJA 5CP1A 3C7MA 3TJKA 1R5AA 4FYBA 3KMNA 4ML1A 2B5EA 5DDLA 3ERGA 2VCXA 4RI6A 2YJHA 1GSYA 1NSWA 3FKFA 1GNWA 1XIYA 5L71A 5IPHA 1TU8A 4XCSA 1SD8A 1WWJA 2X8GA 1GTAA 5ECKB 3KP9A 2VM1A 4L5OA 4EDYA 4HU9A 4F2IA 1GP1A 3GL5A 2XBQA 2M46A 2GTUA 3EINA 2CAQA 1B9YC 4L0UA 5AISA 1BYEA 5JCGA 3IE3A 5H5RA 4PQ1A 2P31A 3ME7A 3TOUA 1THOA 4Q5NA 3GUSA 3FZ4A 2PVOC 4RQRA 3UBKA 1ERWA 2AB6A 2GVPA 2MZCA 4X1UA 2B5XA 2CV4A 4PUAA 4IBPA 4YQMA 1K0CA 4L0WA 5DALA 1W4VA 3FZ9A 3F0IA 3C8EA 2L6DA 2C80A 4ML6A 4N0ZA 3KJYA 1EOGA 4PNGA 3CSJA 5J5NA 1XFLA 3APQA 1ERTA 2N5BA 5B7CA 3G7YA 3DMLA 4G10A 5CRGA 3HCZA 3PH9A 2YWMA 3O6TA 5HFKA 2R3XA 6GSXA 1K0DA 5F06A 4JE1A 2LNSA 3FHKA 4F0BA 3TCOA 1G6YA 22GSA 5A4WA 1R5PA 1K3OA 2VLVA 3FZ5A 2OE0A 3SWLA 3GIXA 5IOWA 1Z7PA 3CBUA 1E2YA 2AHEA 5HQPA 5ECPB 3HY2A 1ST9A 1XOBA 2O89A 4LMWA 3WYWA 2WJUA 1K0OA 1TI3A 3FR3A 5IMFA 3HKRA 4WR5A 3M3MA 1TRUA 4TR1B 1VGLA 4NV2A 4BL7A 3GURA 5IO0A 3TOTA 1JZRA 2LSTA 2R4VA 2MBSA 4EDZA 3GTUB 3IBHA 5A4UA 3CYNA 3O76A 3F8UA 2DC5A 4CW9A 3IPZA 3ZIVA 4WF5A 1T8EB 1GSSA 3ED3A 2DSAA 1UA5A 4NHWA 1SK2A 4EXJA 3HVVA 3CSIA 4JBBA 1BJXA 2O8VB 3KIJA 3ERFA 1O6JA 4V1Ap 2HZFA 2LRTA 1GNEA 2F3MA 2AUVA 4I5QA 2VL9A 3KEBA 4FO5A 4JZQA 5CYYA 3EU3A 1JZWA 3VLNA 1F2EA 1FOVA 1IYIA 1W89A 2LNTA 4X43A 5INYA 3D22A 4WKWA 5F8BA 5IMDA 1O7UA 4DSSB 3IAS2 2PPTA 1FW1A 1PGTA 1TRSA 5C00A 2VO4A 3UEMA 1QMVA 2QGVA 1XXUA 1K0AA 2FGXA 2B7KA 1TRVA 3CXGA 1Q4JA 4PURA 3F4RA 3HXSA 4PNFA 4TW5A 1GSDA 4ZBBA 2OKAA 1OKTA 4F9ZA 3LSZA 2TRXA 1RQMA 3ZZXA 3QPMA 3EMPA 2H30A 1QXHA 3VWUA 4D73A 2KHPA 2ZCTA 2RLIA 2L5OA 4GQCA 4ZB6A 5G1KA 4IHUA 1PRXA 3KH9A 1ERVA 2M72A 3F9UA 2FWGA 4HQZA 4K7OA 1F3BA 1IYHA 5ID2B 2IPAA 2E7PA 5AIXA 4TXOA 2DIYA 2X8CA 1JZOA 6GSYA 2K9FA 2OE1A 1MDJA 4K9ZA 2QC7A 2O85A 4XS6A 4HUAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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