3KDBA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10006
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title How much binding affinity can be gained by filling a cavity?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kdbA00
2VIEA 1FF0C 1ZPKA 5P3EA 3GI5A 5P5PA 3IVIA 3R4BA 5P3VA 3HVGA 5SXNA 3WZ6A 5P4XA 4CP7A 1D4HA 4Y39A 4LXKA 1HWRA 1QBUA 3LZYA 2H6TA 2RKGA 1LS5A 5P7JA 3PEPA 3S2OA 1TSUA 1LF3A 5P84A 5P6LA 5P6SA 2XFIA 5P0DA 4Y4EA 5P7EA 1OHRA 1AIDA 2PC0A 1ZSFA 2AOJA 2PH8A 5P1JA 3LIQA 3VCMA 4DQEA 4Y5MA 1HVSA 3UDPA 4J1EA 3SA4A 4GJ9A 5P3MA 5P0CA 5P8FA 1DMPA 5OZKA 2AVOA 5HU0A 5P17A 3OGQA 2ZHTA 3NWXA 5P52A 1LYAB 4YCTA 4Y3NA 3VF7A 1SBGA 3OTSA 2OHTA 5DR7A 4YHQA 5P3RA 4ZSPA 4YOBA 5HE4A 3ZPTA 4FM6A 5KQYA 3SKFA 5P6QA 4Y5CA 4ZLSA 5P2KA 5P6IA 2B7ZA 4DJOA 1LYWB 3NUOA 3PCWA 5P4UA 4R8YA 2J9JA 4D89A 1A9MA 3TOGA 1D4JA 1F34A 4LXAA 2QI1A 4DV9A 2F81A 2V11C 5P6ZA 1KJGA 1IZHA 5JG1A 5P8MA 4AMTA 3TKGA 4R93A 1ZJ7A 1HXBA 4FCOA 3Q3TA 5P4TA 3VYFA 3VUCA 5P8NA 1LV1A 2QI4A 4EWOA 1NH0A 3OHHA 4EJKA 5P38A 5P1XA 2AZ8A 1C6ZA 5HE5A 1W6HA 5P6PA 1QBSA 1TSQA 1YM2A 1APVE 3EM3A 4Y4TA 5OZJA 4I0JA 2P8HA 3GGUA 3F9QA 3UCBA 1C6XA 5P87A 5P6OA 3OWNA 5P66A 3O9AA 5P65A 5P3XA 4DJRA 5P35A 1HRNA 2R38A 3HZCA 5P3WA 3TLHA 4MC1A 5P6DA 2ZGAA 4J0TA 2Q3KA 2HB3A 3NU9A 2QNPA 3OADA 4FE6A 2IEOA 4ER1E 1RNEA 1PPME 5P1RA 2QZLA 5OYXA 4ZSRA 1G35A 2FGVA 5P7FA 2VIJA 4Y4BA 5P2JA 5DQ1A 2PK6A 5P3NA 5P33A 3FV3A 1YT9A 5P1VA 1T7JA 2AOIA 1A30A 2JYSA 1MT8A 4RGHA 1ZP8A 4LP9A 1IIQA 3GI0A 2QCIA 3DV5A 3PB5A 1AJXA 3L5DA 5HU1A 1IBQA 4Y3YA 5P06A 1A8GA 4JP9A 4LXMA 5HE7A 4MC2A 3EL4A 4ZIPA 1MTBA 5P49A 3S7MA 3KFSA 3FSMA 4DH6A 5P5JA 3EKTA 3O9BA 5DQ5A 5P0KA 5P1EA 5P55A 4F74A 1PPKE 3WB4A 3KT5A 1HSHA 4YD5A 2QI5A 3UHLA 4WTUA 4JECA 1E80E 1T6EX 1DW6C 5P82A 2VNMA 1EPRE 3KYRA 1EPPE 5OZ2A 5P2SA 1G2KA 1MTRA 4X2LA 3B80A 2QK5A 1EC3A 3BXRA 3G70A 4H3IA 3RVIA 1W5WA 4Z2ZA 4Y3TA 5COOA 1GNOA 2VA6A 5P1SA 4ZSMA 4Y3ZA 5HDXA 5P6CA 1GKTA 1BAIA 3SFCA 4B70A 5P7MA 3ECGA 3S45A 3EL1A 1TQFA 5IVRA 2HS1A 4DQGA 3APPA 4Y36A 1HIHA 4CPWA 5P7CA 3FNTA 5P7IA 5P5EA 4CPXA 2Q55A 2G1OA 4Y51A 5P7LA 4YDFA 5P0JA 1IDBA 2VA7A 5P25A 1HIVA 2R5QA 5P2GA 4Y5KA 1IDAA 4YD6A 5P34A 5KR2A 5P08A 5P2DA 4COEA 2QD8A 4XX3A 2F8GA 3OOTA 4Y5EA 1SDVA 4AA8A 5P76A 2WKZA 3SA5A 1FB7A 5P77A 3BUGA 4J1IA 5P5VA 3CYXA 1WBMA 4XKXA 3IXJA 1B5FA 1D4LA 5P3FA 4Y4ZA 5DQ2A 2I4VA 4WY6A 5P2VA 4M8XA 5BRYA 2OHNA 3UTLA 5P4BA 3ZL7A 4IVTA 3BC4A 1D4IA 3T6IA 2ZJJA 5P78A 5F00A 5P8SA 4PZWA 4R92A 4FGXA 5P4QA 4GMIA 3LZSA 3R0WA 1F7AA 3PCZA 3S43B 3NU5A 5P4MA 3O9IA 1B6KA 2P3CA 2HC0A 5BS4A 2HPFA 5P5UA 1ENTE 5OZFA 1TCWA 3UDQA 1ZSRA 4A6BA 1T7KA 5P8TA 1HPSA 4DPFA 5OZVA 4DPIA 1HSIA 3HAWA 5P6WA 2IS0A 5P6MA 1FQ8A 3T7PA 2Q63A 2FNSA 4QJ8A 3JVWA 5P74A 3O99A 4APRE 2FMBA 2FS4A 3ZKSA 5P50A 5P3TA 1Z1RA 5P8CA 2NMYA 5ISJA 3PWRA 1PSAA 2O4KA 2F80A 3UDYA 3ZKXA 4U7VA 2HM1A 2SAMA 4EPJA 5HTZA 4U7QA 2ZE1A 1W51A 4YDGA 4HA5A 3A2OA 1MERA 2FLEA 5P27A 1ZLFA 5P4PA 4RCEA 4QLHA 4RRNA 3HBOA 1EEDP 3CKTA 5P0EA 1MVPA 3IGBA 4KE0A 4Y57A 5P7ZA 5P1OA 1ZPAA 2P4JA 5P3IA 1FQ5A 3OQDA 3AIDA 3UDRA 4A6CA 4Q1XA 3EM6A 4DJQA 1WKRA 5AHCA 5P2HA 5B18A 4FRKA 1ODYA 5P7RA 3LNKA 5P3AA 4MC9A 3K5GA 3VV8A 5P6RA 4YE3A 2G69A 1BDQA 4HVPA 4QJ7A 3NDWA 2B42A 2O4SA 3OY4A 4GZFA 4OBFA 4B72A 2NMZA 2BPVA 2Q54A 1XN2A 3K5CA 2VJ7A 5P46A 5P3BA 1SDUA 1UPJA 4NPTA 5AH7A 2OHQA 1YTGA 4GJ5A 5P7AA 1M43A 5CLMA 2AIDA 2BPZA 3VYEA 1BIMA 4L1AB 1WBKA 5P02A 2WF4A 1HBVA 2XYFA 5P3CA 1YX9A 5P3GA 3ZMGA 3QS1A 4CMSA 5OZGA 4Y3SA 5P0XA 4Y4AA 5P4LA 3EM4A 4Y3WA 2RENA 4RZ1A 1HOSA 3KMXA 1A8KA 3DCRA 2ER7E 1LF2A 4I11A 2R3WA 5P6VA 2Q64A 5P29A 2AZCA 3URIA 1SDTA 2G1NA 1HVLA 5P4EA 5P0HA 1BBSA 7HVPA 3RSVA 4Y4UA 3AUPA 5P58A 5P0BA 3GGXA 1B6JA 2A1EA 3LPKA 4FLGA 5HD0A 1FIVA 2QD6A 5ER2E 4QJ9A 1DP5A 2VIZA 5P1TA 5P2XA 3S7LA 4TRZA 3FNUA 5P11A 6UPJA 3I7EA 5P8QA 3OUDA 4Y37A 5P6GA 4FSLA 3O9LB 5PEPA 4AZYA 2P3BB 1HVCA 5DR8A 3OHFA 3QI1A 5P0YA 5P00A 1RPIA 4D83A 2I1AA 6FIVA 1DPJA 1M4HA 1MSNA 5P3PA 1B11A 5P8KA 3VFAA 4NKKA 2WF2A 4FM8A 1MT7A 4HEGA 4MC6A 1RQ9A 5P0PA 1CMSA 3O9HA 3EBZA 2G94A 3BRAA 3PBDA 3TNEA 3WSJA 5P73A 5OZZA 3L38A 5OZAA 2WF0A 3PI0A 4XX4A 5OZBA 5OZ7A 5P1NA 5ISKA 3NDTA 5P3KA 5P57A 2NTRA 3CIBA 4Y3MA 3MXEA 4Y3GA 1FMXA 1QRPE 4EHCA 3PM4A 3D1YA 2ZHSA 3O9FA 1APUE 4BFBA 4CPTA 5AHAA 1YTHA 3R1GB 1ZAPA 2I0AA 5P3LA 4Y5GA 2Q15A 1G6LA 4FRJA 4FSEA 5P75A 4EJLA 4OD9A 5P7QA 5P2UA 5P5IA 1EC0A 4J0VA 2NR6A 7UPJA 2I0DA 3L5EA 1A94A 4Y3AA 2ER9E 4LBTA 1EBKC 3LIZA 3MSLA 5P2EA 5OZOA 5OYQA 4Y3RA 3VF3A 3TPLA 2ZJIA 3QRVA 5P32A 1EBWA 5P5KA 5P45A 5OYUA 1UH7A 2ER6E 2IQGA 1FGCC 2BJUA 5OZ4A 2PYMA 2G22A 5P2LA 1T3RA 2B8VA 3BVBA 4YD4A 5P0FA 5C9FA 3FNSA 5OZ6A 3OAGB 4Y45A 5KOQA 2QHYA 1GVTA 3GGAA 3OQ7A 5IVQA 2F3EA 2VA5A 5DGUA 5P5OA 5P1DA 3RTHA 4B1DA 2B60A 3OU4B 5BWYA 5P10A 5P62A 5P4OA 1FG8C 3K4VA 3NXEA 3G6ZA 3H5BA 1AAQA 4OBZB 5KQXA 1EAGA 3PWMA 5HDZA 5P0LA 3NU3A 1FMBA 4NJVA 1LYAA 5OYZA 1NPWA 3FKTA 4OBDA 3KN0A 2P83A 2PSUA 4LAPA 3UDNA 1W5YA 4GJ6A 4S1GA 4UPJA 1HTEA 5P61A 2OF0A 4OBJA 5P8EA 1EC1A 3O9GA 2R8NA 3INDA 4PHVA 1LYWA 1YM4A 5DR0A 1MUIA 3UQUA 3R2FA 5P24A 2P3AA 4Y3PA 5P7GA 5HVPA 3DUYA 3Q6YA 3PBZA 1C70A 3QN8A 2OHLA 2P3DA 5SY3A 3QVCA 5P23A 5APRE 4Q1YA 3EKYA 3SM1A 3SA6A 5P5FA 3LZUA 1FFFC 5P8DA 4FAFA 4DJXA 5P48A 1FQXA 1MEUA 4QJ2A 1EPNE 4Y58A 3SLZA 2HPEA 1PFZA 2FXEA 2QHZA 3PSUA 2QP8A 2UXZA 1YTJA 5AGZA 4Y38A 5P5WA 3UQXA 4I0DA 1CZIE 3QAAA 2ZJHA 4Y6MA 2OHUA 2AODA 5E5JA 3VF5A 1BXQA 4B1CA 5P3QA 4CKUA 3OXXA 3ER3E 4AA9A 3OTYA 2V10C 5OZWA 1MRWA 2AZ9A 2QZKA 3S8IA 3BGBA 4J17A 4FIVA 3SM2A 4K4RA 5P22A 5P3SA 5P67A 2IDWA 1YG9A 4APEA 2WHHA 1FG6C 3DM6A 4PPHA 2ZHVA 5P1HA 5P4NA 2QHCA 5P03A 1W5VA 3RSXA 5IS4A 1LF4A 2AOHA 2JJIA 5P6XA 2F3FA 5P64A 5DQCA 1MESA 1FQ6A 3ZKIA 1K6CA 2FNTA 3VYDA 5P7PA 1NPVA 2I4UA 3NU4A 4TVHA 4GIDA 2AOEA 3OXWA 4QJ6A 2G1RA 3PHVA 1LZQA 1E5OE 5P56A 3OU1B 4OBHA 1W50A 3SA3A 5P37A 4I1CA 3I2LA 3OK9A 3KFNA 4LC7A 2J9KA 2VJ9A 3KMYA 3LHGA 5P15A 5P7BA 4R5NA 4Y3XA 5P5YA 3B7VA 5P6TA 5EZZA 3L5CA 2QMPA 4DI2A 5KR1A 1XDHA 5DPZA 5P0WA 1HPOA 4Y50A 5P4JA 3IA9A 5P7YA 2ZJLA 3ZLQA 3DJKA 4NJTA 2G26A 5P6JA 4IVSA 5P14A 5P5QA 4K4PA 4NJSA 5P7SA 4X7IA 3VV7A 3TL9A 3IAWA 3ZOVA 5DQ4A 1XL5A 4AUCA 4CPRA 5P5BA 2AOCA 3KF0A 1SIPA 5P0VA 2R5PA 5KAOA 5P8OA 2FDEA 4PEPA 3D1XA 5P80A 2G1YA 2R3TA 1IVPA 4Y3LA 5P8RA 4D8CA 5P72A 3CYWA 4HE9A 2IL2A 3SA9A 5P6UA 2V13A 2BPXA 4Y5PA 4Y5BA 4LHHA 5P69A 3U71A 3QP0A 5P1GA 3T3CA 3QIHA 3L5FA 5P6AA 5P1AA 4DQCA 3EKXA 1ER8E 1QBRA 5P86A 4ZSQA 1D4YA 1OEXA 3MSKA 3O9CA 3LPJA 5P3HA 1META 1KJ7A 1EBZA 1SGZA 2OHRA 4PYVA 4OC6B 1HPVA 2XYEA 1ODXA 4L7HA 5P8UA 2JJJA 2VS2A 5KR0A 2PMAA 4RYGA 3NR6A 5P5RA 2PWRA 3NDUA 4YD7A 5P3YA 1GNNA 3M9FA 5P2OA 1ME6A 1FEJC 2HB2A 4CPQA 3WZ8A 5KOSA 1AXAA 5OZ9A 4L7GA 5P8AA 5P6YA 2HIZA 4GJ8A 1B6PA 2RSPA 5HCTA 5P83A 4WY1A 4DJVA 2NNPA 5COKA 3LITA 3VEUA 5F01A 4I10A 3HVPA 2IGYA 8HVPA 1PPLE 5P40A 3ZPSA 4YCYA 1OEWA 2I4WA 4RRSA 1BWAA 1RL8A 2A4FA 5OZIA 1LYBB 4EJDA 3L3AA 3FIVA 2BBBA 3HAUA 4CPUA 5I3XA 2PH6A 5P4HA 1EPLE 5P1CA 2G27A 2WECA 4J1HA 2QZXA 5P5SA 3EKPA 5DR1A 5P81A 4J0ZA 5P2ZA 5DR4A 3HLOA 3RU1A 2WJOA 3UQRA 2WF1A 3QPJA 4Y35A 2G24A 4ACXA 5P42A 5P88A 2WEDA 1IZEA 3TPPA 1D4SA 1K2CA 2BPYA 4GB2A 5HCOA 5P3DA 1E82E 4Y43A 3PWWA 3L5BA 4Y4WA 5P5XA 3G72A 5OZSA 2B8LA 3ZKNA 1HEGE 2V0ZC 1MSMA 1APWE 3PGIA 2B7FA 1B6MA 4J54A 5P59A 3S53A 4DFGA 2EWYA 4I0IA 4N00A 5TOLA 3CIDA 1KZKA 1TW7A 2FIVA 3SA7A 4FRIA 5P07A 3PSYA 1FQ7A 2FDPA 5P4YA 5P1IA 4Y48A 2QI3A 2WL0A 3NXNA 2ER0E 3ZKQA 2QI7A 1MIQA 2BKTA 2BPWA 1IZDA 5P09A 3S54A 5P5DA 4RVJA 3UDHA 5P53A 5P20A 3PMUA 2Q5KA 3EKVA 2QI6A 4ZPEA 5OZTA 3LIYA 3PI5A 3D91A 4NJUA 2CENA 5P7DA 3TOFA 5OZMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VIE A;  1FF0 C;  1ZPK A;  5P3E A;  3GI5 A;  5P5P A;  3IVI A;  3R4B A;  5P3V A;  3HVG A;  5SXN A;  3WZ6 A;  5P4X A;  4CP7 A;  1D4H A;  4Y39 A;  4LXK A;  1HWR A;  1QBU A;  3LZY A;  2H6T A;  2RKG A;  1LS5 A;  5P7J A;  3PEP A;  3S2O A;  1TSU A;  1LF3 A;  5P84 A;  5P6L A;  5P6S A;  2XFI A;  5P0D A;  4Y4E A;  5P7E A;  1OHR A;  1AID A;  2PC0 A;  1ZSF A;  2AOJ A;  2PH8 A;  5P1J A;  3LIQ A;  3VCM A;  4DQE A;  4Y5M A;  1HVS A;  3UDP A;  4J1E A;  3SA4 A;  4GJ9 A;  5P3M A;  5P0C A;  5P8F A;  1DMP A;  5OZK A;  2AVO A;  5HU0 A;  5P17 A;  3OGQ A;  2ZHT A;  3NWX A;  5P52 A;  1LYA B;  4YCT A;  4Y3N A;  3VF7 A;  1SBG A;  3OTS A;  2OHT A;  5DR7 A;  4YHQ A;  5P3R A;  4ZSP A;  4YOB A;  5HE4 A;  3ZPT A;  4FM6 A;  5KQY A;  3SKF A;  5P6Q A;  4Y5C A;  4ZLS A;  5P2K A;  5P6I A;  2B7Z A;  4DJO A;  1LYW B;  3NUO A;  3PCW A;  5P4U A;  4R8Y A;  2J9J A;  4D89 A;  1A9M A;  3TOG A;  1D4J A;  1F34 A;  4LXA A;  2QI1 A;  4DV9 A;  2F81 A;  2V11 C;  5P6Z A;  1KJG A;  1IZH A;  5JG1 A;  5P8M A;  4AMT A;  3TKG A;  4R93 A;  1ZJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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