3KDDA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10265
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title How much binding affinity can be gained by filling a cavity?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kddA00
2R9BA 2ZJKA 1K6VA 5P05A 2AZBA 2QZLA 2ZJLA 5OZMA 3O9BA 5P17A 2IKUA 4RCFA 3DV1A 3LHGA 4AA8A 1EPPE 5OZRA 4RVJA 5P4WA 5P54A 5IVRA 5P6OA 3FV3A 5P5UA 4YD7A 1QBTA 2HPFA 3OOTA 5OYSA 2FXDA 4D85A 4Y41A 3QVIA 3CKPA 2P3DA 4NKKA 5P1VA 5P5JA 6APRE 5IS4A 1B11A 4FS4A 3KFPA 4GMIA 3O9IA 5P4DA 4Y4ZA 2AOJA 3NWQA 3NDTA 3BHEA 4OD9B 2FS4A 2UY0A 4BEKA 4J1FA 5P1IA 4UPJA 5P24A 1W51A 4HDFA 2G27A 1NH0A 4Y5KA 2Q54A 2AZ8A 1C6YA 2ER7E 4EXHA 5FIVA 1E81E 5P3TA 2AVMA 3EKYA 3MSJA 4RROA 4QLHA 2V11C 4FRKA 5P84A 5OZOA 3CMSA 3OUCA 1EPNE 2QAKA 5KQYA 2HM1A 5P44A 3ZKNA 5P57A 4Y4AA 4WTUA 4AMTA 1B6PA 1DPJA 4OBFA 4L1AA 4ZE6A 5P2LA 3BUGA 4Y6MA 4Y4JA 3O9AA 5P15A 4B1CA 5P0KA 2VJ6A 4COEA 2BPXA 2V16C 2BJUA 5P13A 5P4YA 2JJIA 5ISKA 2QHZA 4J5JA 1MIQA 2VIYA 2G1OA 3I6OA 4EJLA 4FLGA 5CONA 4YBIA 3OQ7A 5OZLA 5P6BA 5P03A 3B80A 2IKOA 4JP9A 1B6KA 3GGUA 4L7GA 5P8NA 2NXDA 5P40A 1VIJA 3NXNA 2BB9A 2NXLA 2ZHRA 1BXOA 5P36A 5KOQA 5C9FA 2PH8A 5P1KA 4TRZA 5P73A 4J0ZA 5P6GA 3SA3A 5P59A 3EL0A 2BQVA 3Q6YA 5P48A 4DVFA 3DUYA 3K5DA 1FFFC 2PQZA 4EXGA 4FL8A 4J1CA 5P5PA 5P4LA 3K4VA 5EZXA 2QD6A 1ODYA 5P5FA 2WJOA 5P6MA 5OZUA 5P8CA 3HVGA 2ZJNA 4RCEA 4GJ9A 1D4YA 4GJ5A 2VNNA 4JPEA 3O99A 5P2OA 5P0RA 3R1GB 5T4SA 1WKRA 3VLBA 4I0DA 1FKNA 1HTEA 5P1JA 2WKZA 1BV7A 1IZIA 5P6XA 1LYBA 4H1EA 3LINA 1ODXA 4B05A 5P3EA 1QBUA 3GW5A 2G1YA 1KJ4A 4ACXA 2WEAA 4NJSA 3EKTA 5P3IA 3TOGA 1BAIA 3OHHA 3OQKA 1EBWA 4ACUA 4Y45A 5P4RA 3VCMA 1HVKA 5BWYA 3UQXA 5P5GA 2IDWA 1SMRA 5P2JA 1MESA 1IDAA 3S85A 2PWCA 5P1PA 1EBKC 5P2SA 4U8WA 3KFRA 3QAAA 2FNSA 3LIVA 1HRNA 3UDHA 2V12C 4B70A 5P1WA 1SBGA 1MVPA 4L7JA 3S54A 4GJBA 4Y37A 3DOXA 3MSLA 2WF3A 1Z1RA 3BXSA 1B6JA 8HVPA 5OYYA 5P8TA 3OADB 3QPJA 1U8GA 2OF0A 3HVPA 1K6TA 2FDPA 2PSVA 5EZZA 1LF2A 1MTBA 4HE9A 5ENKA 3QVCA 1LV1A 4XXSA 2I4DA 5P3VA 4Y5AA 2FXEA 5DQ5A 3G6ZA 5P7YA 5P8DA 1Z1HA 4XX4A 5P00A 5P0VA 3UFNA 4D83A 4FM7A 5P3NA 3M9FA 3EM4A 3OQFA 1C6XA 1FIVA 3TOFA 5HE5A 1HPXA 5P85A 3PWMA 2G24A 3UDRA 1N49A 3O9HA 3HDKA 4ZSRA 3IN4A 5P42A 5P79A 1LYWA 5P0OA 3JVWA 3T7QA 2OHUA 1B5FA 2VNMA 5P8IA 3NUJA 2ZHSA 5P2NA 3HBOA 1IZEA 3T6IA 5OZ9A 3PRSA 5P3AA 5P2AA 3BUHA 3S43A 4Y53A 5P3LA 1LF4A 3L38A 4OBZA 4YCTA 3FKTA 5DR4A 3CYWA 5P4AA 3HAWA 1HVRA 2P3CA 3VV8A 3K1WA 4KUPA 3WZ8A 2IENA 3K5GA 5P4CA 1FG8C 5P1UA 1HOSA 3L5DA 2PSUA 5JG1A 5APRE 3UDMA 5P51A 5P7XA 2WF4A 5KR2A 3IXOA 4Y4TA 4J55A 4LXAA 5P5WA 3Q3TA 1BDLA 2WECA 5P3XA 2QNNA 2IGYA 4DQEA 3EMYA 3UQWA 1QRPE 3VFAA 1FEJC 4J0PA 4ZPGA 4DQHA 4Z2ZA 1TCXA 4CMSA 3TPLA 1ER8E 1IVPA 3TKWA 3UDPA 5P8AA 1M43A 2I4VA 5J25A 3APRE 4NPUA 3GGXA 3VV6A 1BVGA 1F34A 3PWRA 2ER6E 5P4BA 3NDUA 4B00A 3KDDA 4K9HA 5P4SA 4Y3LA 5P6YA 5P34A 4GJ6A 4Q1YA 5P4EA 3Q5HA 5P5IA 1T7IA 5OZ7A 5P0WA 2QMPA 3OTSA 4DPFA 4Y3TA 2Q3KA 3KDCA 4Y3ZA 5OZIA 4I11A 5I70A 3LNKA 2AZCA 4YD5A 2OHMA 3ZOVA 4EP2A 2P83A 2V0ZC 5AH6A 1ZPKA 2NNPA 5P4UA 5KOSA 3DK1A 1YX9A 3SACA 5TOLA 4J1HA 5P66A 5P6PA 3SPKA 1SDVA 3NU5A 1MSMA 1SDUA 5P32A 4GJDA 1BBSA 5P30A 4Y3DA 5P8SA 3EKVA 2V00A 4ER2E 1CMSA 1LZQA 4NPTA 1GNOA 1VIKA 2F3FA 2WL0A 4Q1WA 1FQ7A 2IS0A 2QNPA 5P2XA 2J9JA 4HVPA 4Q1XA 3L5BA 1D4KA 4Y5NA 2O4NA 5KQXA 1T7JA 4OBJA 5P6FA 3TKGA 4LXMA 2G69A 5P68A 4CPRA 5ER1E 5P01A 4B0QA 5P7RA 3KA2A 3SM2A 3EKXA 5P7TA 5P45A 1AVFA 1J71A 5P6RA 4TVGA 5P10A 3EXOA 4YE3A 4HEGA 3OY4A 1HXWA 3OQDA 5P0AA 2OHPA 4EYRA 2OHKA 3D1ZA 1FMBA 1RV7A 5DR3A 5P0CA 5KAOA 4L1AB 1D4HA 4XX3A 5OZHA 2ER0E 5P0FA 5HDXA 1IZHA 3UQUA 3URLA 5P52A 3OU4A 1DAZC 3GI5A 3VLAA 4A6CA 4JPCA 5P53A 3LIXA 3ER3E 2FNTA 1XL5A 4Y54A 4KE1A 3CKTA 3B7VA 5P5MA 1QDMA 4ZSPA 5KQZA 4LAPA 4I0IA 4K4RA 5P7JA 5P33A 1SMEA 1UH9A 3OQAA 3SA7A 1OD1A 4YHQA 5P2WA 2G1SA 1PPKE 2Q11A 4LP9A 2JYSA 5HD0A 5P7WA 5P5RA 2ZJHA 4J17A 4F74A 3D20A 5P20A 3CIBA 3QBFA 4RRNA 5P2CA 5P4JA 2FLEA 2ZE1A 1XE6A 4QJ2A 3URJA 4EJDA 3UTLA 3TPJA 3SA6A 4D89A 3SA8A 2B8LA 2I4UA 1EC1A 2RKFA 4Y36A 2QI7A 5P3MA 1IVQA 5P5AA 3QRSA 3IVIA 1LYBB 1YTGA 3OXVA 3L5CA 3OU1A 4Y35A 5P4VA 4AUCA 3NXEA 5P87A 4ER4E 3UF3A 3VUCA 4GYEA 4EJKA 7HVPA 3TLHA 3PSGA 5P31A 4I0JA 5P6AA 4EQJA 3GI0A 4BFBA 5I3WA 4Y3RA 5P7DA 3ZPUA 1K2BA 2ZHTA 1ZAPA 1XDHA 1FQ4A 2ZHVA 5PEPA 1HXBA 1WBKA 2A4FA 4BFDA 4J0VA 5P1LA 5OZYA 5P8HA 3WSJA 3EL5A 5P6UA 4RVXA 1C6ZA 4YOBA 3INDA 3UQRA 5P41A 4Y5GA 5P6TA 5P3OA 2OHLA 1HVJA 1E80E 2IRZA 3K5CA 2QHYA 5P8RA 3TOHA 5P6JA 1RQ9A 2FGUA 2PSGA 3GGVA 5P0UA 1IZDA 5P09A 4J1EA 3EL9A 4Y3SA 1RPIA 5COPA 5P67A 2NMZA 2O40A 5P8EA 1IIQA 2I4QA 2QZKA 5P62A 1ZSRA 3VV7A 4GJAA 2NMYA 4GJ8A 3H0BA 5P11A 2HAHA 1HPOA 5P0TA 4ZEAA 2XFIA 3UCBA 2PYMA 5P1ZA 3BGBA 1YT9A 2F81A 4H3IA 5P1YA 5P0BA 1QS8A 5P7HA 5P0GA 3IXKA 2UPJA 5OZ6A 4FRJA 2P3BB 3PVKA 5P0PA 1LYWB 2VIEA 3SKFA 5P5QA 3PHVA 5BRYA 4Z4XA 5P3CA 1KJGA 4DH6A 1F7AA 3QIHA 5P6DA 5P7GA 1NPWA 5P5HA 5JODA 1T7KA 1W5XA 3PI5A 2AODA 4DQFA 5P5VA 5HCOA 5P47A 3S43B 1HEGE 3O9LA 5P39A 4OBZB 3KM4A 4XKXA 3QI1A 5OZKA 1BILA 2Z54A 4HLAA 4HDPA 1SDTA 3ZLQA 4L7HA 5P8QA 5OYZA 2R38A 3D91A 4GJCA 4CPXA 1YTJA 4R8YA 2NPHA 4QJ6A 3T7PA 4I12A 1T6EX 4Y5CA 2HB3A 1AM5A 3ER5E 1XN3A 2Z4OA 5P8LA 2VIZA 1AXAA 2Q15A 5I3XA 4HZTA 2BKSA 3GGAA 3PGIA 4F75A 3L3AA 4Y3EA 1FMUA 4QJ9A 3OUAA 2QD8A 3O9EA 3OAGA 1MRXA 1EPOE 4DV9A 1HIVA 3PBZA 1CPIA 2XYFA 4I0FA 3ST5A 3LPJA 4CPSA 3NDXA 4LXKA 4Y51A 1HTRB 4AZYA 3BC4A 5P1MA 2AOCA 4RGHA 5P3HA 1HVIA 3PEPA 3OTYA 1PPME 5OYVA 1BWBA 1FQXA 5HDVA 2QI0A 4Y57A 1HSGA 5P5LA 1LYAA 5P6CA 3T7XA 3NLSA 2JE4A 5P7PA 3OUDA 3SQFA 3FNTA 2QD7A 2OHNA 4Z22A 3UPJA 4ER1E 5P35A 3PM4A 2APRA 4F76A 5P0ZA 4H3FA 2F3KA 5HDUA 5P7MA 2PWRA 4Z50A 5P2VA 3LZSA 2VKMA 1PSOE 3S7LA 3Q70A 4TRWA 5P18A 2VIJA 5P0YA 1FQ8A 3ZKSA 2HB2A 2OHSA 5OYWA 3OGQA 1KZKA 5P7NA 5P08A 4X7IA 7UPJA 5P83A 2J9JB 5P22A 1BVEA 2G1NA 3OU3A 5P2GA 4M8XA 1ENTE 5P4XA 1FGCC 4ZSQA 5P4KA 5P16A 1GVVA 3T3CA 3S53A 2I0AA 2PK6A 3VSXA 3QS1A 5JFUA 3TNEA 1ODWA 4R91A 5P1DA 1W6HA 2Q64A 5P7KA 3OXXA 1IDBA 4Y3PA 1HVLA 4MC2A 2HC0A 5P1HA 4H3GA 4HDBA 4DUSA 2G1RA 5P29A 1C70A 5P2FA 4Y44A 2PH6A 3SA5A 2FDDA 3KF0A 2A1EA 5P5OA 3VG1A 2ER9E 5HDZA 2AVVA 2Q5KA 4Y3YA 4H3JA 5P3WA 2QU3A 3LIZA 3OU4B 2WEDA 4J0TA 1W50A 2PMAA 1EC0A 4DFGA 4YD6A 5P3SA 1HPVA 3VYDA 2B8VA 3OXCA 5DQCA 2IEOA 2FGVA 2QCIA 4FM8A 4OC6A 1HVCA 1G2KA 3SAAA 4Y5BA 5P77A 2O4KA 5P7IA 3PCWA 4LHHA 4WY6A 3OWNA 4FSLA 5P2KA 1XN2A 1W5YA 5P7OA 3BVBA 2V10C 1DW6C 5P71A 3NU9A 5UPJA 1A30A 2AZ9A 4RYGA 3G72A 5P1FA 4Q1NA 1K2CA 4JECA 5P4HA 2I1AA 3EL1A 5P06A 5C9BA 5P0EA 4Y38A 3IGBA 4DJYA 5AHCA 1AJVA 4F73A 5P7FA 3D1XA 3FIVA 1TQFA 4Y4BA 5P61A 4B1DA 2QMGA 5P4FA 5P8JA 3L59A 5KR1A 1MERA 2NNKA 5KQFA 3OU1B 2PC0A 4Y3GA 4FIVA 3NU4A 5OZEA 2VS2A 1LF3A 5P55A 1EBYA 5P2RA 5P8UA 2QI4A 5OZ8A 1YTHA 5P0LA 4M8YA 4Y3MA 3S45A 4RZ1A 3PLLA 3OXWA 4K4QA 4YA8A 5ISJA 3OHFA 2NTRA 3F9QA 1G6LA 1HVHA 2BPVA 3EKPA 5DQ4A 4OBDA 1XL2A 4DJWA 2FIVA 1HEFE 3VFBA 5I3VA 3KMYA 5OZXA 3DCRA 4LC7A 2G22A 5ER2E 1MUIA 5AH7A 4R92A 1UPJA 4YBFA 3VSWA 5P64A 1G0VA 1YM4A 4CPUA 3EM3A 1APVE 1HTFA 4J1KA 4CKUA 5P26A 2IL2A 5P46A 5P1XA 3BVAA 2O4LA 1OEXA 2PYNA 3IVHA 3Q4BA 4Y4GA 5OZFA 5P5EA 3QP0A 3KT5A 2BPWA 2F3EA 3SLZA 3IAWA 5P6EA 1B6MA 1LEEA 5P81A 4YD4A 4IVSA 4IVTA 2SAMA 3IA9A 2OHQA 1ZJ7A 4YCKA 4J0YA 4LL3A 5DGWA 5OYRA 4Y4DA 3HD8A 3WZ6A 4DQBA 3PSUA 5P6IA 1SGZA 5E5JA 5IVQA 3I25A 1MT8A 5OZCA 4I0GA 1KJFA 1TZSA 5P69A 2B42A 1A94A 2P8HA 4Y56A 3BXRA 4Y3QA 4Y47A 4I1CA 4R5NA 4N00A 4Y50A 3U7SA 4FAFA 3KYRA 4E43A 2RKGA 5P1EA 3WZ7A 1FB7A 3RSXA 4DPIA 5OZ1A 4NJVA 3N4LA 1B6LA 2QZXA 2R5QA 3PWWA 1AAQA 3VF7A 4PHVA 4OBHA 4Y3WA 4DQGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R9B A;  2ZJK A;  1K6V A;  5P05 A;  2AZB A;  2QZL A;  2ZJL A;  5OZM A;  3O9B A;  5P17 A;  2IKU A;  4RCF A;  3DV1 A;  3LHG A;  4AA8 A;  1EPP E;  5OZR A;  4RVJ A;  5P4W A;  5P54 A;  5IVR A;  5P6O A;  3FV3 A;  5P5U A;  4YD7 A;  1QBT A;  2HPF A;  3OOT A;  5OYS A;  2FXD A;  4D85 A;  4Y41 A;  3QVI A;  3CKP A;  2P3D A;  4NKK A;  5P1V A;  5P5J A;  6APR E;  5IS4 A;  1B11 A;  4FS4 A;  3KFP A;  4GMI A;  3O9I A;  5P4D A;  4Y4Z A;  2AOJ A;  3NWQ A;  3NDT A;  3BHE A;  4OD9 B;  2FS4 A;  2UY0 A;  4BEK A;  4J1F A;  5P1I A;  4UPJ A;  5P24 A;  1W51 A;  4HDF A;  2G27 A;  1NH0 A;  4Y5K A;  2Q54 A;  2AZ8 A;  1C6Y A;  2ER7 E;  4EXH A;  5FIV A;  1E81 E;  5P3T A;  2AVM A;  3EKY A;  3MSJ A;  4RRO A;  4QLH A;  2V11 C;  4FRK A;  5P84 A;  5OZO A;  3CMS A;  3OUC A;  1EPN E;  2QAK A;  5KQY A;  2HM1 A;  5P44 A;  3ZKN A;  5P57 A;  4Y4A A;  4WTU A;  4AMT A;  1B6P A;  1DPJ A;  4OBF A;  4L1A A;  4ZE6 A;  5P2L A;  3BUG A;  4Y6M A;  4Y4J A;  3O9A A;  5P15 A;  4B1C A;  5P0K A;  2VJ6 A;  4COE A;  2BPX A;  2V16 C;  2BJU A;  5P13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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