3KF0A

Hiv protease with fragment 4d9 bound
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kf0A00
3SPKA 1F7AA 3SACA 1K6VA 5P6CA 2FS4A 1SIVA 3RSVA 4H1EA 5ER2E 1LZQA 5AHAA 3Q6YA 4YOAA 5P2OA 3U6AA 3BGBA 2QZXA 1SBGA 3VLBA 1FG8C 2J9KA 5P2KA 3SA5A 5P6SA 2ZGAA 1OHRA 5P13A 5P0EA 5P6FA 5P06A 5DQCA 5P6VA 3H0BA 2XFJA 3INHA 5P43A 5P58A 1FMUA 4Y3RA 2JJJA 2OHSA 2UY0A 5P8MA 5AH8A 1CPIA 5SY2A 4I0JA 1TSUA 3D1YA 3GGVA 4M8YA 4JPCA 2I4QA 4RGHA 4RZ1A 1B5FA 2WF2A 5P5TA 5P8NA 5P3JA 4GJ8A 5P2TA 1APWE 5P8IA 1IVQA 5P2QA 1LV1A 3PGIA 5P2NA 5P38A 2NPHA 5AH6A 5ENKA 3VFAA 4B78A 5P4CA 1KJ7A 3HVGA 3QS1A 4Y3JA 5P3AA 1MESA 5P46A 5P6OA 2UXZA 2QNNA 4MC6A 5P6ZA 5P84A 3PSGA 4HE9A 1JLDA 3GI4A 3I8WA 5P6NA 2V00A 3D91A 3F9QA 2R38A 5OZ7A 5P45A 3LPKA 3DK1A 1AJXA 4AA9A 2A4FA 5P1UA 1W51A 1IVPA 2ZJJA 3L5BA 5OZYA 1ODWA 3EL5A 5OYZA 5P1VA 4R8YA 4OC6A 5P24A 5OZGA 1AJVA 3PB5A 4RVIA 4ZSPA 1YT9A 5P8EA 2FLEA 5P0XA 4DJVA 3S53A 5P1RA 4FRJA 2R8NA 3NU9A 3QVIA 3VEUA 4U7QA 1FMXA 5DR0A 1K6PA 1T7KA 3HVPA 5OZVA 3TTPA 1KJ4A 5P0MA 1XS7D 4Y5PA 5OZMA 2NR6A 4JOOA 5OZFA 4CPTA 3GI0A 2G27A 2AZCA 5P4QA 5KQZA 1GVWA 9HVPA 5P6QA 4QLHA 3JVYA 5P3QA 2JE4A 2O4NA 5COOA 1F34A 2QI3A 4M8XA 5I3YA 1AXAA 5P61A 2VA5A 5P3RA 5P42A 5DQ5A 1HTRB 5P0NA 4Y56A 2G22A 4ZSRA 3I6OA 2QU3A 4Y36A 3D3TA 5OZRA 3FV3A 3NYGA 5P73A 5OZSA 1YM2A 5P81A 1ENTE 5P2JA 5P1BA 5P3VA 2ER6E 4DPFA 3BC4A 1GVVA 1TZSA 4GZFA 5P79A 3KMYA 1EPME 2WEAA 2B8VA 1YTHA 1BWAA 2ER7E 4Y6MA 3OQ7A 1QBUA 2WEBA 4H3JA 3L5CA 3OWNA 3N3IA 1LYBB 5P8KA 1GVTA 2VS2A 1QS8A 1EC3A 2P3BB 4YCKA 4OD9A 3QP0A 1TSQA 2PYMA 1HVCA 5HDXA 2QAKA 3GI6A 5P07A 4B00A 4XX4A 3SA3A 5OYUA 5P05A 4J1IA 5P12A 4Q1NA 2B7FA 5P5RA 1FQ4A 5P5AA 1QBSA 3ZOVA 5KAOA 5P3BA 5P67A 5OZDA 2HB2A 3ZKSA 4B77A 4GJ5A 3C9XA 5P25A 1YTJA 1HPOA 5P1MA 1BDLA 1SDTA 3CYWA 4J5JA 3WZ7A 3ZKNA 1IDBA 2VKMA 4I0HA 3TPLA 1TQFA 1EPNE 5P7OA 5HVPA 4FIVA 4Z2ZA 3LIVA 4A6BA 1A8KA 4Y39A 1DMPA 2I1AA 4K8SA 1FQ5A 4LL3A 5P48A 1AVFA 3OXWA 4CPSA 2J9JA 3NXEA 1PFZA 4DVFA 2I4DA 1LS5A 3OY4A 1MRWA 5P1TA 1FGCC 1BDQA 5J25A 1OEXA 2PC0A 4DJWA 2FMBA 7HVPA 4GJAA 3PBZA 1MT9A 3DJKA 1T6GA 2OHLA 5P8UA 3K5DA 3IGBA 2QI1A 1K2CA 5P0VA 3HZCA 4EYRA 5HDZA 2BBBA 5P4WA 4X2LA 2AODA 2WECA 3G72A 2O4LA 1XE5A 3S8IA 5OZNA 2APRA 2WKZA 4NPTA 4Y4EA 3TPRA 2AVOA 1LF2A 2EWYA 4FM7A 3TOGA 1C6XA 3K4VC 5OZ3A 4DJXA 5P82A 3QBFA 1WBMA 5P8HA 1T7JA 3EM3A 3SO9A 1BVEA 3DV5A 1LF4A 4ZPEA 2VNNA 3TKWA 2FXDA 4MC2A 3FIVA 3O9CA 2OHKA 5P6AA 5OZUA 5P4YA 5OZTA 5AH7A 4R93A 3S7MA 1HPSA 3HD8A 1QDMA 3ZLQA 2AOFA 2QD8A 2PK5A 5P7JA 3ECGA 4OBHA 3URIA 4Y5LA 1MSNA 2AVSA 3UF3A 5EZXA 3OHFA 4LXAA 3SKFA 4H3GA 2PSGA 5P00A 2ZJMA 1UH8A 3QN8A 2IRZA 5P7SA 2PK6A 4GB2A 5P56A 3T7PA 3B7VA 2NTRA 2A1EA 4PEPA 4DJYA 1K1UA 3LPIA 5P34A 3HAUA 5P1YA 3G70A 3EL1A 2UPJA 5P2RA 3RTHA 2QK5A 1BV7A 1HVRA 5P02A 1VIJA 3NU3A 5P8AA 4Y5GA 5P3GA 2AVQA 4J1KA 4Y47A 4GJ6A 1FLHA 5P2XA 5E5KA 1IDAA 1W6IA 2PH6A 5IVTA 3EL0A 4XKXA 3SA7A 1HVJA 5P11A 4CPQA 5P1FA 5P2CA 4DQEA 2ZJLA 3SAAA 3FKTA 1G6LA 2R43A 1OEWA 3EBZA 4DH6A 2RKFA 3OU4A 4I1CA 2WHHA 3UDQA 5P8GA 4Y3TA 3KYRA 4Z50A 4J55A 1EPOE 4MC9A 1FQ8A 2HIZA 2Q64A 1E80E 5OZLA 3NUOA 5P2VA 3TLHA 4ZLSA 5P78A 4YCYA 1YG9A 2Q54A 4J54A 1NPVA 5KR2A 4L7JA 4AZYA 1T3RA 1PPLE 5P0PA 5P4ZA 4Y4TA 5OZ2A 3GW5A 2G1YA 5P64A 3NWQA 3ZKGA 3DCKA 4EXGA 3S45A 2V16C 3OU1B 5P5VA 1KJGA 5P4BA 2AOEA 5I3XA 5P37A 3VV7A 4RYCA 1HOSA 5KR8A 5P5GA 5DR8A 5P31A 4BELA 5P1GA 4B72A 4FM8A 4HVPA 1SGZA 5P26A 3DOXA 1TCXA 2QU2A 4GJ9A 3EKVA 5JODA 3NXNA 5ER1E 1EBZA 4Y38A 2F80A 3OADB 4J1EA 4FE6A 3KT2A 1BIMA 5P0IA 2RENA 2JYSA 5P1SA 5P7QA 3ZKQA 2B8LA 3O9BA 4PPHA 2WEDA 2O4SA 4RYGA 5P6GA 5HE5A 3JVWA 4QGIA 4Y3EA 5P3IA 5P8VA 5P6YA 4YD4A 5P16A 1SMEA 1MUIA 2PYNA 1A8GA 3OUAA 3NDWA 2FGVA 1FQ6A 1GNMA 5P89A 1HIHA 5P86A 4APEA 2I4XA 5OZ6A 4DQCA 1APVE 1D4IA 4Y3AA 4DJOA 4DPIA 5P0OA 4PZXA 3PVKA 4LXMA 4Y58A 3TPPA 5FIVA 5P1AA 3BXSA 1XL5A 4H3FA 2MIPA 2F3KA 3GGXA 1C70A 5DR7A 1SGUA 2ZJNA 5P6EA 5HTZA 1KZKA 4FSLA 1HTGA 2WF3A 1Z1HA 1IZDA 1LYWB 2OHTA 5P0DA 2R9BA 1D4SA 1Z1RA 4GIDA 1B6JA 1HSIA 4HDBA 5P0JA 5P5FA 1TW7A 5P47A 1D4JA 4J1CA 3OQDA 4I0DA 5P5BA 5P4FA 5P57A 4Y3WA 5P0GA 3PBDA 5P7BA 6UPJA 1ODXA 1A9MA 5P8LA 4Y4BA 2I0AA 5OZOA 4GJBA 3URJA 1AIDA 4DJQA 5P0UA 1PSAA 5P1NA 1IZIA 4YD6A 2QCIA 4I8ZA 3QI1A 1PROA 5UPJA 5P7KA 4Y5BA 5C9FA 3NSHA 4AMTA 4Y41A 3ZL7A 4L1AB 1MVPA 1EBYA 4I11A 5P5KA 5P8PA 5P5IA 3EM4A 4HEGA 4L7GA 2VA7A 3R4BA 5P5UA 1ZPKA 3TL9A 4F75A 3VV6A 4ER4E 1EC1A 4EJ8A 1M4HA 4RVJA 5P2MA 5P6UA 1SDUA 3A2OA 3ER5E 3Q70A 5OYYA 5P7DA 4Y3ZA 3I2LA 1BBSA 2WF4A 5P3FA 4DQBA 1W5XA 4KB9A 2CEMA 4APRE 5P2DA 4A6CA 1MSMA 5OZ4A 2BB9A 4EJLA 2AOGA 3OTYA 2ER9E 5P2GA 3UDYA 5BWYA 3VYDA 3L59A 5P0WA 4J0TA 2Q15A 3QRSA 3VSXA 1EBKC 3OK9A 4I0GA 4RCEA 1EPLE 2NMZA 3IA9A 2P3DA 4I12A 5P0BA 3NDXA 5P66A 1W50A 3INFA 1LYAA 3S2OA 4UPJA 2HAHA 1ER8E 1HVHA 5P5MA 3PJ6A 5P5XA 5HU1A 5P27A 3SA6A 3SA9A 4YA8A 4B70A 5P5ZA 4K4PA 1PPKE 4FL8A 4GMIA 5P6PA 3UFNA 3APRE 2P3CA 3IVIA 5P5CA 4I10A 5OZ1A 2QZKA 3PMYA 3HLOA 5P01A 1HVLA 2FDDA 1XN2A 5P2YA 4I0FA 5P5OA 1ODYA 3OXXA 4JP9A 8HVPA 4MC1A 1FB7A 1T6EX 5P10A 1FFIC 5P4VA 1G0VA 3SM2A 3EKPA 3VV8A 5P1OA 5P28A 1XE6A 4B1CA 4Y5KA 2AVMA 3DM6A 4EHCA 5OZPA 2FIVA 3T6IA 5P3CA 1RNEA 3R0WA 4Y3QA 2QMPA 4BEKA 5AHCA 2G1RA 5P3UA 5P4XA 4NJUA 1AAQA 3PLLA 3QROA 5DQ4A 3PCWA 5P4DA 5P1HA 3UFLA 5CLMA 1GVUA 4LXKA 2XYFA 2B60A 3T11A 3NDUA 2B7ZA 3APPA 1EPQE 4TRZA 5P2UA 3Q4BA 5P70A 4DV9A 3KFRA 1HRNA 5BRYA 5P2FA 5P03A 5P7IA 3KDDA 4I0ZA 1CZIE 4EQ0A 5HDVA 3O9LB 1NPAA 3K5FA 6FIVA 3EL9A 5P0SA 1HTEA 5AH9A 1HIIA 4OBDA 5OZBA 3S56A 1T7IA 4S1GA 5C9BA 2G21A 4K9HA 5P5PA 3CYXA 1GVXA 2RKGA 2O40A 4ZE6A 5OZJA 2HPFA 5P0AA 3KMXA 2PWCA 5P1KA 4Y3NA 5P6DA 5P71A 5P5DA 2HM1A 5P15A 5P44A 1ZP8A 5P7GA 3RU1A 1A30A 5COPA 5OYQA 4L7HA 5P7EA 5P32A 1BXOA 5P2BA 4CPWA 2AOCA 1NPWA 1CMSA 4Y3XA 2IDWA 5P4RA 4EJDA 4ACXA 1IIQA 3KFPA 3KM4A 3PWRA 3ZPTA 3S43B 4ER2E 1AM5A 5OZXA 5OZQA 1Z8CA 4HDPA 2I4VA 4HZTA 4BFBA 3Q5HA 5P54A 1MPPA 4Y5MA 3CIDA 2VIJA 6APRE 5P4MA 4OBZB 4DJUA 5OZIA 2Z54A 2ZHTA 7UPJA 5BS4A 5P1DA 2P4JA 4YBFA 2ZHVA 4RVXA 4XXSA 5P33A 4D85A 1EC0A 2OHUA 5AHBA 3KT5A 1YM4A 5OYVA 3QRVA 2PWRA 5P59A 5P5LA 3I7EA 3TKGA 2ZHUA 5JFUA 1WKRA 5IE1A 3OU4B 3TOHA 3LZYA 2VIEA 4EJKA 3HBOA 2JJIA 5HD0A 3EM6A 1LYBA 4L6BA 4Y3YA 2P3BA 3PCZA 5F01A 3WZ6A 1SMRA 2NMYA 4ZSQA 4AA8A 3TPJA 1TCWA 2AZBA 3SQFA 4U8WA 1PPME 2FGUA 2AVVA 5P2LA 3LHGA 3OTSA 3OQAA 2NNPA 3RTNA 4YD3A 4YD7A 2Q3KA 2F3EA 2AZ8A 4KE1A 4F76A 1PSNA 1YX9A 3FNTA 5OZZA 2WF1A 3IAWA 3ZKXA 2HB3A 3IXKA 3VLAA 1HVKA 2IKUA 5P3KA 3VF7A 3GGUA 2WJOA 2G69A 3OUDA 1K2BA 2QI0A 5P4PA 3O9AA 5E5JA 5COKA 4NPUA 1MERA 3D1ZA 4YOBA 1HVIA 3BUFA 5P09A 5OZHA 1BWBA 2BKSA 2OHPA 5P1IA 2AIDA 2V13A 1ZSRA 5DGUA 2I0DA 5P51A 1GKTA 3T7QA 3UDJA 2BPXA 5P04A 5P68A 3CMSA 3O9FA 3ZMGA 3S7LA 5OZAA 1SP5A 2V10C 1HTFA 3URLA 4ER1E 4HDFA 5HCTA 3T7XA 3PMUA 5P88A 5P3NA 5P0KA 3RTMA 5OZCA 1RL8A 3R2FA 5HDUA 4QJ6A 5SY3A 3BRAA 4Y53A 3KFSA 4CPXA 5EZZA 3OGQA 5OYWA 3G6ZA 1BDRA 2AOHA 4RRNA 3PI0A 5P55A 3BHEA 2IGYA 3ZPSA 2ANLA 3PSYA 5CONA 1DIFA 5P6MA 4J0PA 1UH9A 3IN3A 1B11A 2QNQA 2QNPA 3LINA 1LEEA 2QI6A 5P85A 2XFKA 5P87A 2OHMA 1B6PA 2QMDA 3OAGB 3SA4A 2VJ9A 2G1SA 4GJCA 2ZHSA 4Y48A 2QHCA 4PHVA 5P8SA 2NXMA 3AIDA 4OBFA 5JFPA 3L38A 4Q1WA 3N4LA 4E43A 4NJSA 3UDNA 3PI5A 5P72A 4Y51A 5P6WA 5P3SA 2OHQA 3LZUA 2ZHRA 4TRYA 4YCTA 3TNEA 3O9GA 5P3YA 4J0ZA 3UDMA 1ZJ7A 3L3AA 1HSGA 4Y44A 5C9DA 5P8TA 5ISJA 4Y43A 5P4IA 3O9IA 3LITA 1BXQA 4ACUA 1BAIA 3NU4A 5I70A 2BPZA 4ZSMA 3KA2A 5P3WA 4Q1YA 3OOTA 1HHPA 3BVAA 1HXWA 4Y5EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SPK A;  1F7A A;  3SAC A;  1K6V A;  5P6C A;  2FS4 A;  1SIV A;  3RSV A;  4H1E A;  5ER2 E;  1LZQ A;  5AHA A;  3Q6Y A;  4YOA A;  5P2O A;  3U6A A;  3BGB A;  2QZX A;  1SBG A;  3VLB A;  1FG8 C;  2J9K A;  5P2K A;  3SA5 A;  5P6S A;  2ZGA A;  1OHR A;  5P13 A;  5P0E A;  5P6F A;  5P06 A;  5DQC A;  5P6V A;  3H0B A;  2XFJ A;  3INH A;  5P43 A;  5P58 A;  1FMU A;  4Y3R A;  2JJJ A;  2OHS A;  2UY0 A;  5P8M A;  5AH8 A;  1CPI A;  5SY2 A;  4I0J A;  1TSU A;  3D1Y A;  3GGV A;  4M8Y A;  4JPC A;  2I4Q A;  4RGH A;  4RZ1 A;  1B5F A;  2WF2 A;  5P5T A;  5P8N A;  5P3J A;  4GJ8 A;  5P2T A;  1APW E;  5P8I A;  1IVQ A;  5P2Q A;  1LV1 A;  3PGI A;  5P2N A;  5P38 A;  2NPH A;  5AH6 A;  5ENK A;  3VFA A;  4B78 A;  5P4C A;  1KJ7 A;  3HVG A;  3QS1 A;  4Y3J A;  5P3A A;  1MES A;  5P46 A;  5P6O A;  2UXZ A;  2QNN A;  4MC6 A;  5P6Z A;  5P84 A;  3PSG A;  4HE9 A;  1JLD A;  3GI4 A;  3I8W A;  5P6N A;  2V00 A;  3D91 A;  3F9Q A;  2R38 A;  5OZ7 A;  5P45 A;  3LPK A;  3DK1 A;  1AJX A;  4AA9 A;  2A4F A;  5P1U A;  1W51 A;  1IVP A;  2ZJJ A;  3L5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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