3KFNA

Hiv protease (pr) with inhibitor tl-3 and fragment hit 4d9 by soaking
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfnA00
3FNSA 4DQGA 4Y4XA 4L7JA 3TPLA 3CMSA 2WKZA 1YTJA 5DQ5A 1EC1A 3VYFA 3S43B 5C9FA 5P1UA 5JFUA 5P3LA 2IQGA 5OZSA 5P5LA 4GJ5A 5P2JA 3VF7A 3OADB 3VV6A 2QI7A 2VKMA 2AOGA 4Y39A 4XXSA 1K1UA 4Y4BA 3EMYA 5P64A 5P4TA 5P6OA 5P4ZA 3EL4A 5P7ZA 3VYEA 5P5BA 2B60A 4R8YA 4ZSRA 3PI5A 5P1WA 3VV8A 5P0IA 4YCYA 4HDBA 2BKTA 4DJUA 5DR4A 3TPPA 3WZ6A 1IZIA 4FAEA 3R2FA 5P0KA 2I0DA 3I7EA 4FSLA 2QD6A 2QMDA 4YDGA 4RZ1A 5P61A 2A4FA 3LZVA 1KJGA 2NNPA 2WJOA 5P7KA 4DPIA 2AOIA 1MUIA 5P0GA 3T7PA 1MVPA 4ZPEA 5P8CA 5P5HA 7HVPA 5P68A 5P82A 3PLDA 3UDKA 3WSJA 3NU4A 5P6SA 1HXWA 5P71A 4Z4XA 3OQFA 4B1CA 5P7GA 4GJDA 3EC0A 2ZHVA 5P1SA 3UFNA 3D20A 1D4YA 4WY1A 4Y5GA 5P1PA 3DM6A 4BEKA 5P48A 4RVJA 4HDPA 5P38A 5ER1E 5P4JA 1SBGA 2ER7E 4CPTA 2IGXA 2BPZA 3SA5A 2B7ZA 4DJVA 5P5WA 5P7UA 2G94A 1MPPA 2QHZA 3AUPA 5P4YA 5P49A 3ZMGA 4Y5NA 5P35A 5P1IA 3OK9A 3QP0A 1XE5A 2FMBA 5P1GA 5P50A 3OY4A 5P03A 4Y56A 3LIVA 5P0JA 3SM1A 3T6IA 2R38A 4YE3A 3ZL7A 2G21A 5P4KA 1IZDA 5HD0A 5JG1A 5OYTA 2F3KA 3RSXA 4LAPA 3KYRA 1KJ4A 5AH9A 5P6DA 1HVJA 2I4VA 3Q3TA 3VLAA 1BBSA 3LINA 5P4QA 1GVUA 1TCXA 5P20A 1HSIA 5P3RA 4Y3YA 3RTNA 1D4LA 4Y3DA 1FGCC 1A94A 3PLLA 4EJDA 5P6FA 4FM7A 1DPJA 1C6YA 1HPXA 5P3GA 4Y58A 5P2CA 4XKXA 5P8EA 4M8XA 2PWRA 4Y5AA 5P8AA 3NDWA 5AH6A 3SPKA 1IDAA 1IZEA 2R8NA 5P6WA 5UPJA 5P04A 4DI2A 4NJSA 1SGZA 2NPHA 4OBGA 1ODXA 4GJBA 4EXHA 1EPLE 1BDRA 4DQHA 5OYQA 4OD9A 3UDHA 3K5GA 1GVTA 5KR1A 2ZHRA 4Y5LA 3L5EA 2EWYA 2PYMA 7UPJA 5P00A 3QRSA 1BILA 1XL2A 1EPRE 5P78A 5P0BA 3SA7A 2WEZA 3K5CA 5P17A 5P5GA 5P1HA 2IRZA 4NPTA 5P80A 5HE4A 5P0MA 5P2SA 4I0EA 3OQDA 5P0TA 5P52A 2PWCA 3G6ZA 5OZFA 5P1VA 5P3NA 5ISKA 2I4XA 3KT2A 4J1KA 2QD7A 2HB4A 4FM8A 5P1DA 5P31A 3I2LA 5P1TA 4EJKA 4Y38A 3NU6A 4DH6A 1AAQA 2WL0A 4IVTA 4OBDA 3PBZA 5P4NA 3LNKA 4R91A 1F34A 4Y3EA 4GZFA 3MWSA 3PGIA 4I0ZA 5P1CA 5P11A 4OD9B 4Y4DA 5P4WA 3JW2A 1PFZA 3ZKQA 2P4JA 5IS4A 5P5DA 2HC0A 4Q1NA 4Y3MA 1MT9A 1LS5A 5OZXA 1HSGA 5P5FA 4DV9A 3VCMA 4H3JA 4H1EA 4E43A 3GGXA 4YD7A 1DP5A 2PYNA 4CKUA 5P4LA 5P1BA 5OYXA 2Q64A 1QDMA 1BIMA 5P5NA 4ZLSA 3KN0A 5P4UA 5P7NA 5P7FA 1UH8A 4KUPA 1T7JA 5OZ1A 5P7LA 4FRKA 3M9FA 2VIJA 3MSKA 2F80A 3FKTA 4J0YA 1XDHA 3PMUA 3UF3A 3VLBA 2Z4OA 5P3JA 4Z22A 1XN3A 1OEWA 1MSMA 3T11A 4I8ZA 5P7VA 4I0JA 2HS2A 4YOBA 3JVWA 2WEAA 4TRWA 3QAAA 3T7XA 5P7IA 1SDVA 5P0SA 3EKVA 4B77A 3GGAA 2VNMA 5P1ZA 2WF2A 1UH7A 4K4QA 2QI6A 5P3KA 2FGUA 5HVPA 2NMYA 2J9JA 3TPJA 2QNNA 5OZZA 4NJUA 3I6OA 3TPRA 1KZKA 1FG6C 5P6IA 5OZOA 5P6VA 4EXGA 3PM4A 3Q4BA 3UDPA 2Q5KA 4EWOA 4HA5A 3GI4A 2H6TA 4YD4A 1HVCA 2FS4A 5OZPA 3OXWA 4PZXA 3CKPA 5P3UA 4CPQA 2ZHSA 5P6QA 5P89A 5HU1A 4NKKA 1K6CA 1LF2A 2AOEA 1PPKE 5P4HA 5P7AA 1LYAA 5HE5A 4FM6A 4HVPA 4MC2A 5P22A 1ZAPA 3INEA 5P4SA 3TKGA 2HS1A 3EM3A 4U7QA 4TRZA 2HPEA 4ZIPA 4AUCA 4A4QA 2B7FA 4HEGA 1HWRA 3OHHA 2P8HA 1IVQA 3PWWA 1CPIA 1BWAA 5EZXA 3NU5A 1AJVA 2J9JB 4YD6A 3L5DA 5KQXA 5DR8A 4LC7A 4ER2E 3L5BA 3EKWA 1A8KA 4RGHA 2VJ7A 2ASIA 5P1AA 2AZ8A 1HEFE 1MRWA 4EQJA 3LPJA 1W6HA 3BGCA 3NXNA 5OZ7A 1HRNA 5P3HA 4Y54A 5P6MA 3RSVA 4B72A 1C6XA 4ZE6A 3PCZA 5P02A 2RMPA 1HOSA 1XL5A 5P25A 5P7BA 2PK5A 4Y53A 1IIQA 2AODA 1LYAB 5P2XA 1FQ7A 1KJHA 5P0ZA 5P32A 5P54A 2MIPA 1E80E 3U71A 4Y36A 2WEDA 5DQCA 5DPZA 3BVAA 1FQ4A 5DGUA 2G1YA 5E5KA 5P2OA 5P7MA 3ZKIA 3L3AA 5OYVA 3C9XA 4ER4E 2FDPA 5OZTA 5IVTA 5FIVA 2WHHA 5P29A 4EP3A 2IS0A 2JYSA 3OU3A 4FAFA 4H3FA 2VJ6A 5JODA 4DJPA 5P0HA 1T6EX 1BVGA 1FFFC 2QZWA 5P6EA 3KFNA 5P6UA 1BV7A 3PB5A 1QBSA 3VF5A 3NUOA 2QD8A 3D3TA 2RSPA 5P5XA 5P79A 2VJ9A 3SKGA 2QZKA 5P69A 1BAIA 1ZLFA 4I12A 5P84A 5OZ3A 2JXRA 1EBYA 4TRYA 3ZKXA 4CPUA 2HB2A 2QI1A 2AVMA 5P2RA 5P1XA 5P1EA 4HDFA 4NPUA 4ER1E 1GNNA 3TH9A 5P7QA 5OZDA 4H3GA 4AMTA 2QI0A 5P3XA 5P88A 1NPAA 2AVQA 2P3AA 5P0VA 3GGUA 5P8PA 3BUHA 4WY6A 1EEDP 2AQUA 5OZLA 4ZPGA 4Y37A 1OEXA 1HVRA 2O4PA 4YDFA 5P2FA 3SA4A 1HVIA 4M8YA 5P4CA 5DQ1A 5P0XA 3NYGA 3ZKMA 4Y3AA 4Y4TA 2IEOA 2NXLA 4Y5EA 3DCKA 4L7GA 3EL0A 1NH0A 1PPLE 4RCDA 5OZRA 5P40A 4Y5BA 4Y5CA 3PVKA 5P10A 5P0NA 5P19A 2JJIA 3WZ8A 5P05A 5P8TA 4FRIA 1MERA 3LPIA 1W5YA 3DV1A 3D1ZA 3I8WA 5P12A 3UDJA 1UPJA 3DOXA 2CEMA 4RROA 3OGPA 5HDVA 5P5SA 2Q63A 3OQAA 1EC2A 2P3BA 3KT5A 1AZ5A 3QS1A 4J1HA 4GIDA 1W51A 2B8LA 3TNEA 2Q3KA 5KOQA 1SMEA 1C6ZA 2QI4A 5P5KA 2PC0A 2OHNA 5OZHA 4Y3RA 5P7XA 1D4IA 1HVKA 2XFJA 3OXCA 2AIDA 2O4KA 3OAGA 4MC6A 5P3AA 3T3CA 5SY2A 5P0WA 3FNUA 5P6TA 3IAWA 5P8LA 5P34A 3UDMA 3QBFA 5P85A 4YBFA 1ZSFA 3DJKA 3L58A 1FEJC 3VG1A 3ZKNA 3ST5A 1PPME 4F75A 4LL3A 1TW7A 2WF3A 3G70A 1W50A 1T3RA 5DR1A 2VIEA 2IENA 4Y3ZA 4Y5MA 4J1IA 2ZHUA 1SGUA 2G26A 3QPJA 5OZGA 4OBFA 1RPIA 2QNQA 3Q5HA 5P7RA 2FDEA 4CPXA 5OZ8A 5P5AA 6UPJA 3VF3A 4Y3HA 4PPHA 2P3BB 1KJFA 3UDRA 2G24A 5P15A 5AH7A 5DR0A 3KMXA 5OZ4A 4L7HA 3EKYA 3O9BA 3KM4A 4I0GA 3CICA 3EM4A 1SIVA 2FXDA 3INHA 4YCTA 3OAGB 5HDUA 2OHMA 2V13A 3SLZA 4DJWA 2AVVA 5P2QA 4CPWA 3FSMA 4Y48A 3INDA 5P2MA 5P5QA 3TOHA 5KQZA 3KMYA 3UQPA 3HLOA 1FIVA 4GYEA 2BQVA 2AZCA 2HPFA 2ZJJA 5P4XA 2JJJA 5P5UA 2AZBA 3UDYA 5IVRA 3TLHA 4RCEA 3K5DA 1W5XA 3RU1A 1PSAA 3OXVA 5P33A 3EL1A 2FNSA 3CYWA 1QBUA 3CKTA 1MT7A 3KA2A 3QVCA 1K2CA 5OYUA 2QMGA 5OYYA 3RVIA 5P6RA 3KFRA 2OHKA 2ZJIA 3UPJA 4J17A 5P3WA 5P60A 4PHVA 4A6BA 3PEPA 3VFBA 5OZBA 4K4PA 5P62A 4DJRA 6FIVA 3G72A 3QI1A 4I8WA 3ECGA 2Q55A 4LXMA 5P76A 4J1EA 4AA9A 3CIDA 3HVGA 5OYWA 5OYRA 5ENKA 1DMPA 1T6GA 1FB7A 1HXBA 4ZSPA 5P1LA 4GJCA 4DJOA 4U7VA 1G2KA 5P0LA 4HZTA 5P4FA 3O9HA 1AVFA 5P2WA 3PCWA 3WZ7A 2ER9E 2NTRA 4Y3LA 3KDDA 2NNKA 4HLAA 4Y4GA 3FX5A 4XX4A 1M43A 4Y3PA 3UCBA 1FMUA 1D4SA 3BXRA 3MXEA 2WF1A 5P3FA 2G1RA 1B6MA 3S8IA 5P27A 4LBTA 1AIDA 5P57A 5P41A 2QMFA 4Y3NA 1DIFA 2AOJA 3ZPTA 4D8CA 1FMXA 2I4WA 5P24A 4DVFA 4QLHA 1APWE 1B11A 5P2NA 3AIDA 1D4KA 4B0QA 4OBZA 2P3CA 1A30A 1QBRA 3S53A 3PWRA 3O9AA 5I3VA 4J5JA 2B42A 2UPJA 2I1AA 3K5FA 3ZPUA 5P42A 4JPEA 4ZPFA 5JFPA 3DUYA 3NDUA 4GMIA 5IE1A 3VEUA 2ZYEA 1CZIE 4LXAA 1J71A 2QU3A 5C9BA 5P3VA 2G27A 1MIQA 4APEA 5P7TA 5P8RA 4OBKA 4GJ8A 5E5JA 3UQUA 5P73A 1B5FA 1K6TA 5CLMA 1TCWA 2HM1A 4RVIA 5P07A 5P3MA 4Y4ZA 5T4SA 4LHHA 5P43A 1T7IA 5P3QA 5P5JA 3KFSA 5P2KA 5AHCA 3UQXA 5OZKA 5P7CA 5AGZA 1HIHA 4Y3SA 1HVSA 5PEPA 2I4QA 2R5PA 2QMPA 2A1EA 5P5RA 3QVIA 4Y4AA 6APRE 3EL9A 1U8GA 5KR2A 2V00A 4J1FA 3IA9A 1HTFA 5P8SA 4QJ8A 4Y51A 4OBZB 3O9EA 3U7SA 1ZSRA 1W6IA 4D89A 2ZJNA 4GJ9A 1FQXA 5P6BA 5P3PA 5P1FA 1ODWA 3CYXA 1DAZC 4RYCA 5P06A 4YHQA 5P2GA 5P7HA 5COOA 5P46A 1G35A 4ZSQA 2XYFA 3IXKA 3SA6A 5P83A 3S7MA 5P5ZA 2RENA 3GI0A 1CMSA 3MSLA 5P8MA 4L1AA 1B5FB 5P51A 8HVPA 2NXDA 3IVHA 3ZLQA 3PSUA 4I10A 1RNEA 1HPOA 1RL8A 3CIBA 1AM5A 4Y3XA 3OUDA 1W5WA 1SMRA 4I0HA 5OZQA 1GVVA 5P5CA 4OBHA 2ZGAA 1NPWA 1LZQA 1KJ7A 1EPME 1HVLA 3TOFA 3B7VA 2V16C 5HTZA 3SO9A 3PSGA 1TSQA 5J25A 5P16A 2FNTA 3HBOA 4PEPA 3KF0A 4DPFA 3OU4A 1VIKA 3N4LA 3R1GB 1YTGA 3IN4A 2OAHA 4D83A 2NXMA 1FKNA 1BVEA 3TKWA 5OZEA 5P30A 2G69A 2FXEA 1D4JA 3KDBA 5BWYA 2O4LA 1APTE 1RQ9A 2V10C 3UTLA 1OHRA 4EPJA 2J9KA 1MESA 4FRSA 3NDTA 3HW1A 4A6CA 2VIZA 3VV7A 3S54A 1EPQE 1PSOE 4L1AB 3H0BA 2PSVA 1EPPE 3QROA 1MSNA 5P6KA 1GNMA 3R0WA 5P8HA 1FG8C 3EM6A 3OUDB 3Q70A 4I11A 2BJUA 2VNNA 4Q1YA 2APRA 4CPSA 1PROA 1YT9A 1T7KA 3F9QA 5P5VA 5P7YA 4APRE 2WF4A 5P3ZA 3TOGA 4RVXA 3O9CA 5HCTA 4PYVA 5P7WA 5P63A 4R5NA 5HDXA 1HPVA 5P1MA 3PRSA 3OU4B 1JLDA 2QAKA 4Y3JA 2AVSA 5P8KA 1SIPA 3BC4A 2XFKA 5HDZA 3OUAA 2F3EA 4Y5PA 5P0AA 2QZXA 3URJA 5OZIA 1APUE 1GNOA 5OZ6A 4RYGA 4HE9A 4B1EA 5P65A 2QI3A 2RKGA 4XX3A 4Y4UA 5ENMA 5DQ4A 1QS8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FNS A;  4DQG A;  4Y4X A;  4L7J A;  3TPL A;  3CMS A;  2WKZ A;  1YTJ A;  5DQ5 A;  1EC1 A;  3VYF A;  3S43 B;  5C9F A;  5P1U A;  5JFU A;  5P3L A;  2IQG A;  5OZS A;  5P5L A;  4GJ5 A;  5P2J A;  3VF7 A;  3OAD B;  3VV6 A;  2QI7 A;  2VKM A;  2AOG A;  4Y39 A;  4XXS A;  1K1U A;  4Y4B A;  3EMY A;  5P64 A;  5P4T A;  5P6O A;  5P4Z A;  3EL4 A;  5P7Z A;  3VYE A;  5P5B A;  2B60 A;  4R8Y A;  4ZSR A;  3PI5 A;  5P1W A;  3VV8 A;  5P0I A;  4YCY A;  4HDB A;  2BKT A;  4DJU A;  5DR4 A;  3TPP A;  3WZ6 A;  1IZI A;  4FAE A;  3R2F A;  5P0K A;  2I0D A;  3I7E A;  4FSL A;  2QD6 A;  2QMD A;  4YDG A;  4RZ1 A;  5P61 A;  2A4F A;  3LZV A;  1KJG A;  2NNP A;  2WJO A;  5P7K A;  4DPI A;  2AOI A;  1MUI A;  5P0G A;  3T7P A;  1MVP A;  4ZPE A;  5P8C A;  5P5H A;  7HVP A;  5P68 A;  5P82 A;  3PLD A;  3UDK A;  3WSJ A;  3NU4 A;  5P6S A;  1HXW A;  5P71 A;  4Z4X A;  3OQF A;  4B1C A;  5P7G A;  4GJD A;  3EC0 A;  2ZHV A;  5P1S A;  3UFN A;  3D20 A;  1D4Y A;  4WY1 A;  4Y5G A;  5P1P A;  3DM6 A;  4BEK A;  5P48 A;  4RVJ A;  4HDP A;  5P38 A;  5ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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