3KFRA

Hiv protease (pr) dimer with inhibitor tl-3 bound and fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfrA00
3OOTA 3OK9A 3VEUA 4Y47A 1MRWA 5P71A 3PRSA 3RTNA 2JJJA 3OQDA 3EL5A 3EKTA 4B1EA 1GNMA 3T6IA 4N00A 4OBJA 1W51A 3BGBA 3OXWA 2HM1A 1QDMA 2Q54A 4DJUA 1HPSA 2BPWA 1QBUA 4RYCA 5P40A 4EP2A 1FGCC 2UY0A 2Z54A 2O4SA 5P41A 3EL1A 5DQ2A 5P7SA 5P44A 4H3GA 5P3GA 1K2CA 5P4IA 5P52A 1OEXA 1HIHA 2AZBA 2Q55A 1FIVA 3OHFA 2H6SA 3R0WA 4DH6A 3D20A 1HEFE 2G94A 5DGWA 3A2OA 1AZ5A 2CENA 2NXLA 1MVPA 3UPJA 3ZKQA 1A94A 5P2SA 5P7KA 1XE6A 1B6LA 4EQ0A 1YTHA 4Y38A 5OYUA 5P62A 1T7JA 3D1XA 3MWSA 3SKFA 1UH8A 2V10C 3VV8A 2AVSA 5P49A 3KYRA 3S53A 5P1PA 3GI4A 5P51A 5P76A 1PPKE 5P70A 5P3DA 5P2AA 4Y4AA 4ZSRA 5P8BA 1EBZA 1E82E 1AXAA 5P45A 1WKRA 3OQAA 1XS7D 4FRSA 3EC0A 3ECGA 5P4WA 1D4KA 3D1ZA 4RVIA 1K1UA 5HU1A 1RL8A 4RLDA 1HSHA 4Y3EA 1E5OE 3L3AA 3O9CA 3PCWA 1B11A 3CYXA 3OU4A 4H3JA 3TPLA 2ANLA 4NJVA 3ZPTA 2I0DA 5P80A 4LAPA 4U7VA 4Y41A 3ST5A 7HVPA 1EC1A 5P37A 5P4KA 4EP3A 3DOXA 3OTSA 3G72A 3EKQA 1A8GA 1MERA 1VIKA 1KJGA 4GYEA 5P7YA 5P50A 5P1SA 5P1FA 1LYAA 4Y43A 5DR7A 5C9BA 5OZ1A 5OZGA 4Y5LA 4ZIPA 1W5WA 1SDVA 5P5HA 5P02A 5P0SA 5P3JA 5BRYA 5P7NA 2QNPA 3QRSA 2FIVA 4U8WA 1A30A 3T7XA 3NR6A 5P65A 3BVBA 1OHRA 3I7EA 2APRA 3QBFA 2ZHTA 5AH9A 1ME6A 5P27A 3R0YA 5P3MA 3Q5HA 1PPME 4XX4A 4Q1WA 1HSIA 3BVAA 1MSMA 2AOJA 2QHYA 5P5NA 3RTHA 3LIYA 1FQ8A 5HE4A 1F7AA 3SA4A 3PSGA 1LS5A 5OZHA 3KFPA 5P6JA 5P2HA 5OZ6A 5OZIA 3UDMA 4DQEA 3VUCA 4OBFA 5DQ5A 1MEUA 1META 3K4VC 5I3XA 1FB7A 1FG8C 1ODXA 1CZIE 3QVCA 5P0IA 5P4NA 1FKNA 5P73A 4DJXA 3B80A 3HAUA 3APPA 1W5VA 3EM3A 3IVHA 2FNSA 4RVXA 3OU1B 5P3KA 4L7JA 1EBYA 4Y3WA 5P2QA 5P6YA 3PLLA 1D4HA 2G1NA 4OBZB 4Y3JA 4AUCA 4OBGA 5P6CA 2PYNA 5OYYA 5P8TA 8HVPA 5P5GA 6FIVA 4DQCA 2QZLA 4I0EA 1C6YA 1HTGA 1HVLA 1K6VA 5AHBA 1SGUA 1APWE 1D4LA 2ER6E 5KAOA 5IVTA 3PMUA 3S2OA 4EYRA 3N4LA 1KZKA 4F75A 2NMYA 2ZE1A 3ZKMA 5P24A 5P5DA 1HVSA 5SY3A 3RVIA 2H6TA 3L5CA 5P2IA 5P3XA 4YD7A 4OC6A 1EBWA 1TSUA 5P4VA 3EL9A 3VSXA 3CMSA 5P2EA 5P6VA 3O9BA 1FF0C 1PFZA 5IVRA 1HPVA 1SIVA 2XFJA 3ZMGA 3CKRA 4MC1A 1HPOA 5P15A 2I4QA 2HPEA 4PYVA 4Q1XA 2WEBA 4H3IA 2Q5KA 4TRYA 2I0AA 2JJIA 3LITA 5P7GA 1GVUA 3T11A 4J0TA 3I8WA 5P2RA 5P23A 3ZKIA 5P25A 1LF3A 3KT2A 5P4ZA 2R5QA 4X2LA 4Y5MA 2P3CA 1BDRA 2AZ8A 3GGAA 5P0TA 4EPJA 4UPJA 1G0VA 1AIDA 3O99A 2AIDA 3NUOA 4R93A 5BS4A 3WZ7A 1Z8CA 4EXHA 1RNEA 4CPSA 3KT5A 1FMBA 3NSHA 1GVXA 5APRE 4J0ZA 4NPTA 3UDNA 1OEWA 3QROA 3NWXA 5OZBA 5P14A 4FAEA 4CP7A 1IBQA 5P8JA 3SKGA 5P04A 4B05A 3LZUA 1YM2A 4A4QA 5P00A 4L6BA 3UQUA 5P6SA 3BRAA 4NPUA 1HVKA 3VF7A 5P13A 4Y3YA 3S85A 3QRVA 5P4JA 3VF3A 3DJKA 4I0JA 1QBTA 5P12A 5P2BA 1C70A 3EMYA 2ZHSA 2J9KA 2QI7A 1TW7A 5P8EA 4RCFA 1T7IA 3S7LA 3NDTA 2HB3A 3ZKXA 4ZPGA 1B6JA 3S45A 3LZSA 1HTFA 1ZPKA 4Y37A 5P1ZA 4Y53A 2J9JB 5P2MA 4F76A 2B42A 4Y51A 3GI6A 4R91A 5P4QA 4K9HA 2AQUA 2I4DA 2QAKA 1C6XA 5P5TA 5P1EA 3B7VA 1ODYA 3HVPA 3LNKA 4F74A 4YE3A 4Y3FA 2VNMA 2O4PA 4DJYA 3K4VA 4FL8A 1RV7A 2NR6A 4Y4DA 2RKFA 3HDKA 5P8AA 5P6GA 5P7EA 1SIPA 4Y4ZA 4Y36A 2G1RA 5P8CA 1AM5A 1D4YA 3H0BA 1GVTA 1BDLA 5OZTA 3UQRA 2UPJA 5P6UA 5TOLA 5OZCA 5P48A 3S56A 5P4UA 1PPLE 1GVVA 2QI6A 4FIVA 1M0BA 5P5WA 2VIJA 3LIZA 1LF2A 5OZEA 3KN0A 4R92A 2IQGA 5COKA 4NJUA 5P5BA 1NSOA 3ER3E 1K6PA 1HXBA 3RU1A 2ZJIA 3DM6A 5P38A 5P01A 3ZPUA 2NNKA 5P75A 5ENKA 5P7ZA 2ZJJA 3WB4A 2WF0A 5ENMA 3IGBA 3WSJA 1HWRA 4GMIA 3PWMA 2B8VA 1HHPA 2QK5A 3DV5A 4QJ8A 5OZKA 3FIVA 5P2XA 1FG6C 3VV7A 3KDCA 3HD8A 1K1TA 3OADA 3OQKA 5P26A 3UTLA 3SABA 2A1EA 5P8MA 5DQ1A 2P3AA 3EM4A 3DK1A 2G27A 3T7PA 4MC9A 3LIVA 2UXZA 5HTZA 3LPKA 5P1CA 5P6XA 5OZRA 1B5FB 1EPNE 4M8XA 3SFCA 4KE0A 2AVVA 3EKVA 1IZHA 2I4XA 5P3QA 2V13A 5P05A 5OZJA 4TVHA 4WTUA 2ZHRA 2IL2A 2G24A 2F80A 3VYEA 3OXVA 1UH9A 3O9DA 2FGUA 3NUJA 5KQZA 4Y3XA 2G26A 1G2KA 5P2DA 2IGYA 4BFBA 1TCWA 3VFBA 1W6HA 2AZCA 3KDDA 5P2VA 2QMFA 4Y5NA 4FSLA 5P1VA 2BPYA 3HBOA 3URIA 3NU5A 5P11A 5P1HA 3OHHA 5P4MA 3UDJA 5P8UA 5P1YA 3SA5A 3UCBA 5P4HA 5P3UA 6UPJA 5P8DA 5P1JA 3TTPA 4HDPA 2QI4A 4L1AB 4NJTA 2SAMA 5P3WA 2PK6A 1TCXA 5P2YA 5P7WA 5P87A 5P81A 1E81E 5P58A 5P8KA 3L5FA 1BXQA 5KQYA 3VFAA 5P8OA 5P09A 1EPOE 2NPHA 4FSEA 1NPWA 5P2JA 4WY1A 5F01A 2VA7A 3IN4A 4Y4GA 1MTBA 4ZSQA 3VCMA 2FS4A 5AGZA 5P79A 5HDZA 3LIQA 4GJCA 3D1YA 3N3IA 5P4RA 3SO9A 4JOOA 1HPXA 3GI5A 3LIXA 1HVIA 2QI3A 2QZWA 4DPFA 3LPIA 4PPHA 3TPPA 4GJBA 5P0GA 5IVSA 5P43A 4DVFA 4Y5KA 4L7HA 3S54A 4B70A 1RPIA 4YD6A 3ZKNA 4Y3QA 5P3EA 4CPUA 3EM6A 1HVCA 4PHVA 5P2NA 2ZJNA 4QJAA 1C6ZA 3Q6YA 4YD3A 3KMYA 5P6QA 4Y3TA 1GNNA 1KJ7A 5P1GA 4FM6A 4HVPA 3VF5A 4DV9A 2IKOA 2OAHA 1SGZA 5P7UA 2QZKA 2AOEA 3U71A 3BGCA 3L58A 5P4SA 4RCDA 4K4PA 3T3CA 3FSMA 3D3TA 5JFUA 2FDDA 3IN3A 5AH8A 5P3HA 4RYGA 3TOFA 5P16A 3K5GA 4QGIA 2VA6A 3UDRA 1Q9PA 4LXAA 5SY2A 1HTEA 2WJOA 4I8ZA 5P0CA 4YA8A 2ZJKA 4ZPFA 2ASIA 5P57A 1EPLE 3VLBA 1XL2A 2QZXA 4I0GA 4Y3NA 2OHNA 2V00A 3O9EA 3EKXA 2ZHUA 4I10A 5I3WA 2ER7E 5P2KA 1D4SA 5P2GA 3G70A 5P7IA 3PJ6A 3SLZA 3SA8A 3QPJA 4Y5GA 3UQPA 5OZQA 1BWBA 5DQCA 5P7BA 3ZOVA 3SPKA 1PROA 4Y45A 4LBTA 1B5FA 4KUPA 3BXSA 3EL0A 4Y4UA 4I12A 2OHTA 5OZDA 5DR3A 2R43A 3HW1A 5P5YA 4DJVA 5OZ5A 4EJKA 4ZSPA 4B77A 3O9HA 5DR8A 3RTMA 3VSWA 1FFFC 3LHGA 5P0OA 4J1CA 5AH7A 3QS1A 4DJQA 3I25A 4Y3GA 4FAFA 1QBRA 4EJ8A 5P20A 4QJ9A 4B72A 5P1WA 2FNTA 5P4BA 3SACA 2WECA 4Y44A 1YM4A 4TVGA 3KFNA 1CMSA 4R8YA 4D8CA 4FRJA 3OUCA 2WF3A 5P5ZA 2PK5A 3L38A 5P5EA 4J1KA 5P36A 4B1DA 3FKTA 4L1AA 5OYQA 2WEDA 4YCKA 5P1TA 3GGUA 1MT7A 3VV6A 2NMZA 1HBVA 2QI1A 1U8GA 2V0ZC 3S8IA 3URLA 1BVGA 2I4WA 1SBGA 5P54A 5P82A 5P8NA 5P2LA 3MXEA 2G20A 5P7JA 4MC2A 3INFA 3GI0A 3OAGB 3HLOA 5P7OA 1BDQA 5P8LA 1MIQA 4PZXA 1B6PA 5E5KA 1MESA 3NU4A 4NKKA 4AMTA 1W5XA 2WF1A 2WEZA 5P77A 5OZUA 5P86A 1YG9A 3PWWA 2AZ9A 2JE4A 2WL0A 5EZZA 5P0DA 3U7SA 5P22A 2QMDA 1DPJA 2I4VA 4EJDA 5P0MA 3OGPA 2V12C 2ER9E 1GNOA 5P68A 4J54A 4I11A 1DAZC 4ZSMA 2ZJHA 1BAIA 4FM7A 4ZE6A 4LL3A 3TOGA 2FDPA 5P5MA 4DJWA 5P3SA 5P84A 3VYFA 2P3BB 5P4GA 5P4DA 3S43B 2IENA 1EAGA 1B6MA 3PM4A 4I8WA 4DJOA 4RZ1A 1LF4A 4Y3ZA 5P5RA 5P08A 5P4PA 3H5BA 5P0KA 1IZDA 5OZMA 5P35A 5B18A 1LYBB 5P85A 5KOSA 5P6NA 5P7PA 5T4SA 4D89A 4HEGA 2BPXA 4IVTA 1KJHA 3EL4A 2VJ6A 3R2FA 4Y3RA 3CKTA 3WZ8A 2ZGAA 4I0IA 3FV3A 4FRKA 3PCZA 5P2CA 2JYSA 3I6OA 4QJ2A 3KDBA 4R5NA 3UDPA 4DUSA 4PEPA 1A9MA 3EXOA 4DJRA 5P5AA 4J17A 5KR0A 4EXGA 3NXNA 3U6AA 1FQ5A 1LYWB 3AUPA 5P0VA 3UFLA 2OF0A 5P83A 1XDHA 2BJUA 5P5VA 1GVWA 1ZBGA 3PHVA 1MSNA 5P7AA 4ER2E 5P46A 1WBMA 1A8KA 4QJ6A 3DV1A 4D88A 2NNPA 3INEA 3SA7A 5P5PA 5P0UA 1ENTE 4DJPA 5P7MA 2P3DA 2CEJA 4Z2ZA 4TRZA 5UPJA 4I0DA 2G69A 2FXEA 5P53A 2Q63A 1EC2A 4J5JA 4Y35A 1TZSA 4BELA 4Y5CA 3IXOA 5P5CA 1SMEA 5P1AA 2XFIA 5HE5A 1BBSA 1FQ7A 4FS4A 4J1EA 2QU3A 4CMSA 4FCOA 3TPJA 3R1GB 5OZWA 2FLEA 2XYFA 2IS0A 1YTGA 2BKSA 3OU1A 2RSPA 6APRE 5P89A 3OUBA 5OZVA 5P0WA 5P6FA 5CONA 5ER1E 3MXDA 4HDFA 4OBKA 4OBZA 3BUFA 4GJ7A 4JPEA 5P5KA 2R5PA 3QP0A 5P0AA 1FMUA 5P4LA 2CEMA 4IVSA 2F8GA 3OUDB 3ZKGA 3PI5A 5P19A 3SAAA 3IVIA 1ZSRA 4APRE 5P0QA 4F73A 2BQVA 1SH9A 3PMYA 2HAHA 1W5YA 2R38A 5HDVA 2OHMA 5P31A 5OZYA 1NPAA 4K4QA 4GIDA 1T3RA 1ZP8A 1YTJA 5OZ9A 1JLDA 5P3AA 1NPVA 2A4FA 5OZAA 4J55A 1PSOE 2PQZA 5OZXA 2V16C 4GJDA 3S7MA 4DQBA 2VIZA 5FIVA 3OAGA 5I3YA 5P1MA 4AA9A 4Y4XA 1ZLFA 5P0LA 2JXRA 5DR0A 1TSQA 3QVIA 1MTRA 3NWQA 5HDXA 4B1CA 2BKTA 2P4JA 1AJXA 4CPQA 1CPIA 2EWYA 4K8SA 1FQ4A 4ACUA 3OU4B 3GW5A 5OZZA 4A6BA 2R3TA 5P1DA 4HLAA 5P0JA 4LXMA 3OY4A 1RQ9A 4BEKA 4OD9B 1XL5A 5P2WA 4RRSA 1N49A 5I3VA 5P8IA 3BC4A 1BV9A 3L5BA 5P5IA 5P5FA 4Y3MA 5OYZA 4HA5A 4Y58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OOT A;  3OK9 A;  3VEU A;  4Y47 A;  1MRW A;  5P71 A;  3PRS A;  3RTN A;  2JJJ A;  3OQD A;  3EL5 A;  3EKT A;  4B1E A;  1GNM A;  3T6I A;  4N00 A;  4OBJ A;  1W51 A;  3BGB A;  3OXW A;  2HM1 A;  1QDM A;  2Q54 A;  4DJU A;  1HPS A;  2BPW A;  1QBU A;  4RYC A;  5P40 A;  4EP2 A;  1FGC C;  2UY0 A;  2Z54 A;  2O4S A;  5P41 A;  3EL1 A;  5DQ2 A;  5P7S A;  5P44 A;  4H3G A;  5P3G A;  1K2C A;  5P4I A;  5P52 A;  1OEX A;  1HIH A;  2AZB A;  2Q55 A;  1FIV A;  3OHF A;  2H6S A;  3R0W A;  4DH6 A;  3D20 A;  1HEF E;  2G94 A;  5DGW A;  3A2O A;  1AZ5 A;  2CEN A;  2NXL A;  1MVP A;  3UPJ A;  3ZKQ A;  1A94 A;  5P2S A;  5P7K A;  1XE6 A;  1B6L A;  4EQ0 A;  1YTH A;  4Y38 A;  5OYU A;  5P62 A;  1T7J A;  3D1X A;  3MWS A;  3SKF A;  1UH8 A;  2V10 C;  3VV8 A;  2AVS A;  5P49 A;  3KYR A;  3S53 A;  5P1P A;  3GI4 A;  5P51 A;  5P76 A;  1PPK E;  5P70 A;  5P3D A;  5P2A A;  4Y4A A;  4ZSR A;  5P8B A;  1EBZ A;  1E82 E;  1AXA A;  5P45 A;  1WKR A;  3OQA A;  1XS7 D;  4FRS A;  3EC0 A;  3ECG A;  5P4W A;  1D4K A;  3D1Z A;  4RVI A;  1K1U A;  5HU1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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