3KFSA

Hiv protease (pr) dimer with inhibitor tl-3 bound and fragment 2f4 in the outside/top of flap
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfsA00
1LZQA 3IVIA 2IKUA 1ZLFA 4LL3A 2PYMA 2AQUA 4GJBA 3OQKA 1EPPE 5P49A 2I4XA 5P32A 3QBFA 3HAUA 4EJKA 5P56A 3INFA 3SA9A 5OZGA 1MT8A 4ZIPA 4Y43A 1D4SA 4TRWA 4FS4A 5P39A 5P0XA 5P6AA 2WECA 2V13A 1YX9A 3PSYA 1K1UA 2G24A 4DPIA 1XL5A 3OU4A 3TKWA 5AH9A 5OYQA 4L7HA 2ER7E 5OZEA 5P5OA 3OTYA 5DQ1A 5P1JA 3LZUA 1QBSA 4Y5BA 1E80E 3UQUA 1EPNE 3OQ7A 5OZSA 5P1KA 3JVWA 3BVBA 5P6EA 5P4ZA 5OZ4A 5P0QA 1APUE 5P15A 5P2HA 5OZHA 5P24A 5P3VA 4OD9A 4OBKA 2QMFA 3FX5A 5HE7A 1AM5A 4QJ8A 2WKZA 4OC6B 2BPXA 4B1DA 1OHRA 4EP2A 4RCFA 5P6QA 5P77A 3I6OA 3CYXA 2G1NA 5P2LA 5OZFA 2ASIA 4YOBA 5P3GA 5P4DA 4GJ7A 5P6VA 2FIVA 5P6NA 5P53A 1MRWA 1ODWA 1PPME 2XYFA 2WEDA 3NU4A 4Y4WA 4NJVA 2RENA 1LV1A 2FS4A 1W5WA 4CPWA 4J17A 1SBGA 3CIDA 5SY2A 3I2LA 3RTHA 5P07A 4Y3DA 4RVJA 4FM6A 3L5DA 5P1QA 1HBVA 2QZKA 2ER9E 3K4VC 5P3LA 3NSHA 3ZLQA 1NPAA 5P4GA 5P4SA 3K5GA 3QN8A 3UFNA 4DVFA 4RZ1A 2FGUA 3LHGA 2IEOA 4Q1WA 3BC4A 1CPIA 3ZKIA 4I11A 3RSXA 1T6GA 1HWRA 2AVQA 3EL9A 5P5KA 2F3KA 3UFLA 1F7AA 5P5NA 5P5DA 3BUGA 1MRXA 4FAFA 5P11A 2BKSA 5P7IA 2APRA 4HVPA 3KYRA 1B11A 5OZ6A 4TRYA 3FV3A 5P7AA 3URLA 4Y3EA 3L58A 1SMRA 2BBBA 5P7VA 4PZWA 1A8GA 3BGBA 3K5DA 4QLHA 4Y3GA 5P8MA 4Y3PA 1M43A 5P48A 1AVFA 1NPVA 3VF3A 6UPJA 1D4KA 1HPSA 4HZTA 3NR6A 3LZYA 3EL4A 5AHBA 5P2RA 2ER0E 2AVVA 2QI7A 5KQFA 5DR0A 3OUBA 5P19A 5P71A 1HSGA 4PZXA 3NYGA 5P5LA 2OHRA 1UH7A 3U6AA 1MESA 5P5FA 2AZ8A 4XX3A 5OZZA 2ZJMA 5P59A 3WB4A 4DJUA 5AGZA 3VF7A 5P2DA 4OC6A 5P0GA 3OGPA 3N3IA 4GB2A 5KQYA 4Y6MA 2QHYA 4GJ5A 4Q1YA 2O4NA 4YD7A 2HM1A 5AH8A 4QGIA 5P8PA 2XFJA 1BDLA 4Y58A 1YTIA 4ZPEA 2G27A 2ZJNA 2B7FA 5P08A 5P7ZA 5P0NA 4LXMA 3OQFA 1BVGA 5P8HA 2Q54A 1T7JA 4RGHA 3PWWA 5COOA 5P2NA 4FSLA 3VV6A 1U8GA 4R5NA 5P7YA 3OU1B 3NUJA 4H3FA 3INHA 5DR4A 3VYDA 2PWCA 2J9KA 4RYGA 3FSMA 2FGVA 3MXEA 4GYEA 5P8DA 4APRE 3PHVA 1XN3A 1HVJA 3S45A 5P0OA 3EKQA 3FNSA 4X2LA 5P2AA 2QZXA 4QJAA 1TQFA 4CPTA 4Y48A 1GVUA 4JP9A 4RROA 1UH8A 5P89A 2I0AA 4DQGA 5P5WA 5IVQA 5P4IA 1PSAA 4R91A 5P04A 3OQAA 1GVWA 3R2FA 1DAZC 4OBHA 4DUSA 1PSOE 1ZSFA 2G1YA 5OZIA 3HDKA 4Y5PA 2H6TA 3D1YA 4RCEA 5OZ9A 3T6IA 2PSVA 3KFNA 5P1EA 1W5VA 2RKFA 2VA7A 3PLLA 5F00A 1FQXA 5OZQA 5P0UA 5P5MA 2ZHSA 5P0YA 3TPPA 5P5XA 1HVCA 3PVKA 3T7QA 5EZZA 4Q1NA 5DGUA 4ZSQA 1HEFE 2P83A 3QVCA 5P1FA 5P4NA 4DQBA 3S53A 2QU2A 3KMXA 5P0HA 1W5XA 3LIZA 2V10C 3B80A 3GI5A 1IIQA 4Y3JA 3MSLA 4JPEA 4DJOA 2XFKA 5J25A 3LNKA 2QZWA 3NDXA 5HDUA 4YHQA 4M8XA 3VV8A 1HSIA 3PM4A 3OY4A 1BV9A 5P3HA 4EPJA 5P85A 3OXXA 3L38A 1K2BA 3VSXA 4Y4AA 1Z8CA 1NSOA 2R3TA 5OZUA 3O9HA 5P13A 1BXOA 2O4SA 3H5BA 3QAAA 5P6XA 5P3QA 2WEZA 1ENTE 1ZJ7A 4FAEA 1FMUA 5P1ZA 4JOOA 2OHQA 3OU1A 2Q63A 2OHKA 4HEGA 5DR8A 1HVLA 1KJHA 1G35A 1D4LA 4Q5MA 2ZHUA 2IL2A 3SABA 4AMTA 1YM2A 5P3YA 4DJWA 1A30A 1EPOE 5P7NA 3D1XA 2O4KA 5P67A 5DR1A 3IXOA 9HVPA 1UPJA 4QJ7A 4L7JA 2BKTA 4DH6A 4J0VA 5OYYA 3QIHA 1FLHA 1IBQA 2IKOA 8HVPA 4Y3WA 2NR6A 5P51A 1PSNA 5P63A 4IVTA 3LPJA 2Q64A 2WJOA 3I8WA 5KOSA 5ISKA 3GGAA 1YTJA 3O9IA 1FG6C 2HPFA 1BDRA 4Y5LA 2NPHA 5P0TA 5P7UA 3ER3E 1G0VA 2R9BA 2H6SA 1E82E 2VIEA 4BFBA 5C9BA 3GW5A 1DPJA 5P31A 3EBZA 2AIDA 4OBZA 5P7TA 2PSUA 4HDFA 4B72A 5P4UA 3OU3A 1ODYA 5P2BA 1FF0C 2BPYA 1A8KA 2I4DA 4LXAA 2IDWA 3ZKNA 3R1GB 4TVHA 5P81A 2BJUA 3HD8A 3WZ6A 1DMPA 1MTRA 1HIHA 5OYRA 5OYXA 1C6YA 3OHFA 5P05A 1EPLE 4NPUA 3GGXA 1RL8A 5P0CA 5P7EA 5P7KA 5P27A 5P3NA 3GI0A 5P3CA 3IVHA 1PPLE 5C9FA 1YG9A 3S85A 5P1NA 2RMPA 1HTEA 2IS0A 4Y44A 3PGIA 5ENMA 1FKNA 5P26A 3KT5A 1T6EX 1HSHA 1GVXA 1ZBGA 1FFIC 1KJ7A 3DM6A 1HXWA 5TOLA 1HIVA 2PSGA 5DQ2A 4CPUA 3K5FA 2ER6E 5P6FA 1VIKA 3M9FA 4DJQA 1LS5A 1PPKE 5P7XA 4PYVA 2Q15A 2A4FA 2IGYA 1B6KA 4EJLA 2G22A 1YT9A 1K2CA 3VUCA 2QI4A 3O9FA 4GJAA 4QJ6A 3SA7A 5P3TA 5P3XA 1EC3A 4ZEAA 5HTZA 5P7PA 4J1HA 4DJYA 1FGCC 5P0KA 2QCIA 3UDPA 2PQZA 5KR0A 1FG8C 2BQVA 5P10A 5P4QA 5P7QA 3EC0A 4YDFA 4YCYA 4B1EA 3LINA 1EBWA 5P3OA 3O9GA 5P7BA 1SP5A 3PBZA 2UY0A 5PEPA 3ECGA 2AVMA 2Q55A 2HB3A 5P0ZA 5P5ZA 5P38A 4Y4JA 4I8WA 3IXKA 4FE6A 3ZKXA 2I4QA 2QK5A 5IS4A 4J1CA 4F74A 5I3YA 3CKPA 4DV9A 2QI6A 4AUCA 5HCTA 1HVSA 3O9EA 3BVAA 2WF0A 3QP0A 1DP5A 4APEA 3FNUA 5P8LA 1K6CA 4Y3MA 2PYNA 5HU0A 5P09A 2ZHVA 1AAQA 5OZ1A 4J1FA 3ZMGA 5P62A 5P7SA 2P3BB 3EL5A 3S2OA 3HZCA 4BEKA 3KMYA 5P2JA 4XXSA 4EJDA 3UDQA 4A6CA 2ZDZA 1IVPA 5P6MA 2OHUA 1YM4A 4AA8A 3SA8A 5P2IA 1YTHA 1Z1HA 2PH8A 1YTGA 1HVIA 4Y36A 3KF0A 5P1LA 2R5QA 5P6KA 4FRIA 1Z1RA 3DV1A 3LPKA 5P79A 5BRYA 1MPPA 5P8NA 5P2SA 1W51A 3UDNA 1QBUA 4K4RA 2NXLA 5P47A 4EHCA 5T4SA 3RTMA 4M8YA 5KR2A 1FQ4A 5P6ZA 5P73A 4DJRA 3GGVA 3NDTA 2B42A 2XYEA 5KR8A 4ER4E 2F3EA 4Y57A 3UQXA 2R43A 1EBZA 1IZHA 1FQ7A 3EL1A 5P4WA 3N4LA 2AODA 5P4CA 5P6BA 4XKXA 3TKGA 2F8GA 4R8YA 4B77A 2BPVA 5P6YA 4H3GA 5AH7A 1BVEA 3NU3A 3SQFA 1QBRA 3C9XA 4Y53A 5P4KA 1FQ8A 3RVIA 3Q70A 5P0RA 4Y3QA 3Q5HA 5P7JA 3SPKA 3D1ZA 2QD8A 3FIVA 3HVPA 2HC0A 1HOSA 4D89A 4I0FA 5P87A 5P7LA 4GJDA 2Q11A 3BUHA 2ZGAA 2BB9A 5P2XA 1SIPA 5P69A 2AOFA 2Z54A 1KZKA 1LYWB 1NH0A 3PBDA 3QRMA 3OUAA 3SA3A 2AOHA 1QDMA 4LBTA 5P65A 2P3BA 4Z22A 4L1AB 2QP8A 5I3XA 3SAAA 2FNTA 5P8FA 4A4QA 3EL0A 5UPJA 3OAGB 5ER1E 5BS4A 3RSVA 5P2VA 5P6SA 3UDHA 5P46A 3EKPA 4L7GA 3EKVA 1LYAB 4NJSA 2NMZA 5P7MA 5OZ7A 5P55A 1HPVA 4Y4DA 3JVYA 1SGZA 3PCWA 4J0YA 3WZ7A 5KR1A 3LIXA 3NU9A 5P4EA 2ZE1A 5P1XA 2VJ9A 3LIVA 4Y3LA 4D8CA 2WF2A 5P02A 4Y45A 1XL2A 2IGXA 3U7SA 2R38A 3LZSA 4EQ0A 4WY6A 5P44A 2R8NA 5P5CA 2FDPA 2ANLA 5P0SA 3KT2A 3SFCA 2Q3KA 5P3WA 4Y5KA 1TZSA 5P60A 2AZ9A 2P3AA 2G26A 4FRJA 2OHSA 3EMYA 4Y37A 1E5OE 3L5FA 3CICA 3CMSA 1FQ6A 5COPA 5P1WA 1BIMA 1C6ZA 5IVTA 4GIDA 3DJKA 1G2KA 1K6TA 3L5CA 3NWQA 2VJ7A 5P1PA 2QHZA 5P6GA 4PPHA 5I70A 3S54A 4GJ6A 4Y3FA 4HLAA 1TW7A 5OZ2A 5OZWA 3OGQA 2AZCA 4YD6A 5APRE 5P1CA 5P4LA 3B7VA 1W6HA 1SGUA 5P8EA 5P4RA 5P3DA 3SLZA 5OZ3A 1T3RA 2MIPA 5P61A 5P36A 5P34A 3HBOA 2O4LA 5HE4A 4L1AA 2IRZA 4Y3HA 4F73A 5P3KA 5OYUA 1HXBA 3OAGA 3UTLA 4K9HA 4KB9A 3D3TA 5E5JA 1VIJA 1FB7A 5IVRA 4HE9A 4Y5MA 5P0AA 2OHTA 4Y3XA 1ME6A 5P64A 1G6LA 2AVOA 5P4AA 1LYAA 1HTFA 2JJIA 5OZKA 3BUFA 2QNQA 4ZLSA 3D20A 4DQCA 4J5JA 3PLDA 5P45A 3VV7A 3UQWA 5P1AA 4LXKA 5P8AA 2PH6A 2FNSA 3D91A 1KJ4A 4CPQA 4COEA 1ODXA 1MVPA 3KFSA 5P1SA 3TTPA 1MSMA 1OEWA 3OK9A 2B7ZA 5OZTA 4B05A 3F9QA 4BFDA 1AXAA 4CPRA 3T3CA 2QMPA 4L6BA 2PK6A 4FLGA 4R95A 4I0HA 5P20A 4I0ZA 4OBJA 5P1GA 5P3AA 3TH9A 1RPIA 3SA6A 1BWAA 4ZPFA 4GZFA 4YCKA 3PI5A 4S1GA 3VEUA 4I0JA 5P70A 4EQJA 3VG1A 2OHNA 4YOAA 5P5EA 1MERA 4EYRA 4Y47A 4B1CA 4J54A 2IENA 1GNOA 3APRE 1BBSA 3O9DA 1MT9A 4H1EA 4JECA 5P6IA 5P3FA 1EBKC 4FL8A 1B6LA 5P8OA 2PK5A 5P1TA 4Y5CA 4H3IA 5P35A 1WBMA 3UF3A 4OBFA 2NMYA 5P82A 4DQFA 4WY1A 2HAHA 3QRSA 5P57A 5P23A 3KN0A 3KA2A 5P7RA 3H0BA 4KE0A 5AHCA 1CMSA 1C6XA 5P8BA 3TPLA 5P50A 1EBYA 3IN4A 3NWXA 3SKFA 5SXNA 5P58A 3VYFA 5ENKA 5P3ZA 3OUCA 4Y3RA 2ZHRA 4A6BA 5P1VA 4MC9A 5P18A 5I3VA 3OTSA 4CPSA 3OADB 2IQGA 5P03A 2QNNA 3NU6A 2QI0A 3IXJA 5OZMA 2QMDA 5KAOA 3OXWA 1FIVA 4I0DA 5P3MA 3QVIA 1FMXA 1D4HA 2VKMA 1GNMA 1OD1A 2WL0A 5DQCA 1E81E 2VS2A 4ACXA 5P7GA 1TCXA 1RNEA 5P14A 4N00A 5P0DA 1XN2A 3QS1A 1EC2A 1BAIA 5OYTA 3U71A 3MWSA 3EKWA 1WKRA 3BXRA 2J9JB 5P5GA 1META 3BGCA 3TOGA 5P4JA 4Y5GA 3EM6A 5ER2E 3TPRA 1BWBA 5P4VA 2BPZA 5OZ5A 3PB5A 5P78A 5P22A 1TSQA 3S7LA 5P37A 4CMSA 5OYWA 5P1OA 4OBGA 4EXHA 5P1HA 4J1IA 3UDRA 3K4VA 5HD0A 3TLHA 5P6WA 3BRAA 4MC1A 3OXVA 5P5HA 1M0BA 3O9BA 3QROA 4AA9A 4R92A 3PRSA 1JLDA 5P3IA 4FIVA 3KDBA 4IVSA 1MSNA 3ER5E 3EM3A 5P7HA 4EXGA 2P8HA 1EPQE 3OQDA 1SIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZQ A;  3IVI A;  2IKU A;  1ZLF A;  4LL3 A;  2PYM A;  2AQU A;  4GJB A;  3OQK A;  1EPP E;  5P49 A;  2I4X A;  5P32 A;  3QBF A;  3HAU A;  4EJK A;  5P56 A;  3INF A;  3SA9 A;  5OZG A;  1MT8 A;  4ZIP A;  4Y43 A;  1D4S A;  4TRW A;  4FS4 A;  5P39 A;  5P0X A;  5P6A A;  2WEC A;  2V13 A;  1YX9 A;  3PSY A;  1K1U A;  2G24 A;  4DPI A;  1XL5 A;  3OU4 A;  3TKW A;  5AH9 A;  5OYQ A;  4L7H A;  2ER7 E;  5OZE A;  5P5O A;  3OTY A;  5DQ1 A;  5P1J A;  3LZU A;  1QBS A;  4Y5B A;  1E80 E;  3UQU A;  1EPN E;  3OQ7 A;  5OZS A;  5P1K A;  3JVW A;  3BVB A;  5P6E A;  5P4Z A;  5OZ4 A;  5P0Q A;  1APU E;  5P15 A;  5P2H A;  5OZH A;  5P24 A;  5P3V A;  4OD9 A;  4OBK A;  2QMF A;  3FX5 A;  5HE7 A;  1AM5 A;  4QJ8 A;  2WKZ A;  4OC6 B;  2BPX A;  4B1D A;  1OHR A;  4EP2 A;  4RCF A;  5P6Q A;  5P77 A;  3I6O A;  3CYX A;  2G1N A;  5P2L A;  5OZF A;  2ASI A;  4YOB A;  5P3G A;  5P4D A;  4GJ7 A;  5P6V A;  2FIV A;  5P6N A;  5P53 A;  1MRW A;  1ODW A;  1PPM E;  2XYF A;  2WED A;  3NU4 A;  4Y4W A;  4NJV A;  2REN A;  1LV1 A;  2FS4 A;  1W5W A;  4CPW A; 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 2IKO A;  8HVP A;  4Y3W A;  2NR6 A;  5P51 A;  1PSN A;  5P63 A;  4IVT A;  3LPJ A;  2Q64 A;  2WJO A;  3I8W A;  5KOS A;  5ISK A;  3GGA A;  1YTJ A;  3O9I A;  1FG6 C;  2HPF A;  1BDR A;  4Y5L A;  2NPH A;  5P0T A;  5P7U A;  3ER3 E;  1G0V A;  2R9B A;  2H6S A;  1E82 E;  2VIE A;  4BFB A;  5C9B A;  3GW5 A;  1DPJ A;  5P31 A;  3EBZ A;  2AID A;  4OBZ A;  5P7T A;  2PSU A;  4HDF A;  4B72 A;  5P4U A;  3OU3 A;  1ODY A;  5P2B A;  1FF0 C;  2BPY A;  1A8K A;  2I4D A;  4LXA A;  2IDW A;  3ZKN A;  3R1G B;  4TVH A;  5P81 A;  2BJU A;  3HD8 A;  3WZ6 A;  1DMP A;  1MTR A;  1HIH A;  5OYR A;  5OYX A;  1C6Y A;  3OHF A;  5P05 A;  1EPL E;  4NPU A;  3GGX A;  1RL8 A;  5P0C A;  5P7E A;  5P7K A;  5P27 A;  5P3N A;  3GI0 A;  5P3C A;  3IVH A;  1PPL E;  5C9F A;  1YG9 A;  3S85 A;  5P1N A;  2RMP A;  1HTE A;  2IS0 A;  4Y44 A;  3PGI A;  5ENM A;  1FKN A;  5P26 A;  3KT5 A;  1T6E X;  1HSH A;  1GVX A;  1ZBG A;  1FFI C;  1KJ7 A;  3DM6 A;  1HXW A;  5TOL A;  1HIV A;  2PSG A;  5DQ2 A;  4CPU A;  3K5F A;  2ER6 E;  5P6F A;  1VIK A;  3M9F A;  4DJQ A; 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 5P2I A;  1YTH A;  1Z1H A;  2PH8 A;  1YTG A;  1HVI A;  4Y36 A;  3KF0 A;  5P1L A;  2R5Q A;  5P6K A;  4FRI A;  1Z1R A;  3DV1 A;  3LPK A;  5P79 A;  5BRY A;  1MPP A;  5P8N A;  5P2S A;  1W51 A;  3UDN A;  1QBU A;  4K4R A;  2NXL A;  5P47 A;  4EHC A;  5T4S A;  3RTM A;  4M8Y A;  5KR2 A;  1FQ4 A;  5P6Z A;  5P73 A;  4DJR A;  3GGV A;  3NDT A;  2B42 A;  2XYE A;  5KR8 A;  4ER4 E;  2F3E A;  4Y57 A;  3UQX A;  2R43 A;  1EBZ A;  1IZH A;  1FQ7 A;  3EL1 A;  5P4W A;  3N4L A;  2AOD A;  5P4C A;  5P6B A;  4XKX A;  3TKG A;  2F8G A;  4R8Y A;  4B77 A;  2BPV A;  5P6Y A;  4H3G A;  5AH7 A;  1BVE A;  3NU3 A;  3SQF A;  1QBR A;  3C9X A;  4Y53 A;  5P4K A;  1FQ8 A;  3RVI A;  3Q70 A;  5P0R A;  4Y3Q A;  3Q5H A;  5P7J A;  3SPK A;  3D1Z A;  2QD8 A;  3FIV A;  3HVP A;  2HC0 A;  1HOS A;  4D89 A;  4I0F A;  5P87 A;  5P7L A;  4GJD A;  2Q11 A;  3BUH A;  2ZGA A;  2BB9 A;  5P2X A;  1SIP A;  5P69 A;  2AOF A;  2Z54 A;  1KZK A;  1LYW B;  1NH0 A;  3PBD A;  3QRM A;  3OUA A;  3SA3 A;  2AOH A;  1QDM A;  4LBT A;  5P65 A;  2P3B A;  4Z22 A;  4L1A B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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