The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
336
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structure length |
336
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Chain Sequence |
RMIALDGAQGEGGGQILRSALSLSMITGQPFTITSIRAGRAKPGLLRQHLTAVKAATEICGATVEGAELGSQRLLFRPGTVRGGDYRFAIGSAGSCTLVLQTVLPALWFADGPSRVEVSGGTDNPSAPPADFIRRVLEPLLAKIGIHQQTTLLRHGFYPAGGGVVATEVSPVASFNTLQLGERGNIVQMRGEVLLAGVPRHVAEREIATLAGSFSLHEQNIHNLPRDQGPGNTVSLEVESENITERFFVVGEKRVSAEVVAAQLVKEVKRYLASTAAVGEYLADQLVLPMALAGAGEFTVAHPSCHLLTNIAVVERFLPVRFSLIETDGVTRVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| molecule keywords |
RNA 3'-terminal phosphate cyclase
|
| publication title |
Structure of the RNA 3'-phosphate cyclase-adenylate intermediate illuminates nucleotide specificity and covalent nucleotidyl transfer.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
97
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| structure length |
336
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| sequence length |
336
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
6.5.1.4: RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP). |
| pdb deposition date | 2009-10-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01137 | RTC | RNA 3'-terminal phosphate cyclase |
| A | PF05189 | RTC_insert | RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-beta prism | UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain | RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QMH A; 4O8J A; 4O89 A; 4CLQ A; 3TUT A; 1QMI A; 3TW3 A; 3KGD A; 3PQV A; 3TUX A; 3TV1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MVJ D; 1FF9 A; 4LSM A; 3E18 A; 4Z0H O; 2BJB A; 3IWD B; 2O0D A; 2BH9 A; 4E7C A; 1DSS G; 3O9Z A; 3MTJ A; 3DZ6 B; 4R41 A; 1P9L A; 3KSD O; 3TI2 A; 5A02 A; 2GZ1 A; 2NVW A; 2NQT A; 3WB9 A; 1VKN A; 1YDW A; 5C7O O; 2VYN A; 3WYB A; 3K9Q O; 3V4T A; 4R5M A; 4EGR A; 2X5J O; 1HDG O; 1YWG O; 1IHX A; 1NBO A; 5AQ1 A; 3Q2I A; 4II7 A; 3QVS A; 5GZ6 A; 1QMH A; 5A03 A; 1H6A A; 1YL5 A; 4HKT A; 1Q2X A; 3EP4 B; 2O48 X; 3DTY A; 3QVX A; 2BHL A; 1CRW G; 1GL3 A; 4N54 A; 1EYN A; 2POQ X; 3UPK A; 2GGD A; 5C7I O; 4IQ0 A; 3ING A; 4XQC A; 4N3P A; 5JYA A; 3EP9 B; 3KSZ O; 4GMG A; 3CPS A; 2HJS A; 3QY9 A; 3OA2 A; 1NAW A; 1ZH8 A; 1RM4 A; 2R00 C; 1OFG A; 3PFW O; 1NWC A; 2R00 A; 1RM5 A; 1YS4 A; 3BIO A; 4GQA A; 1A7K A; 3ROI A; 5KVQ A; 4O63 O; 3SLH A; 2X5K O; 3MZ0 A; 4MVJ A; 3NTQ A; 4R4J A; 4E7F A; 3NTR A; 2AAY A; 2DPG A; 1NQ5 A; 3STH A; 4PG8 A; 4MVJ I; 3V1Y A; 2GGA A; 1H9A A; 4EII A; 1BRM A; 1GAE O; 3HXL A; 1P1J A; 3UUW A; 3KGD A; 3FD8 A; 3BTS A; 4E7D A; 1P1I A; 3IJP A; 1G6S A; 1GPD G; 3ABI A; 2G17 A; 3PZB A; 1DRV A; 4MIN A; 4R3W A; 1Q7G A; 3EPB B; 3DZ3 B; 5DDI P; 1YBG A; 4QX6 A; 1I7M B; 1H2H A; 3GPD G; 3IP3 A; 5JYE A; 1K3T A; 1OBF O; 4R5H A; 3FHL A; 4ZND A; 2EJW A; 1X8R A; 1I7C B; 3EP3 B; 4MVJ P; 1DC4 A; 4WNC A; 4XQ9 A; 3SWD A; 3EP7 B; 2Q4E A; 1EJD A; 4E7E A; 1JKF A; 1GCU A; 1GAD O; 3IWB B; 3SWE A; 4TVB A; 1VSV A; 1YL7 A; 3F4L A; 4BOY A; 2GG4 A; 3WGY A; 3NT4 A; 3BTV A; 1DAP A; 3WBB A; 3M2T A; 3KQA A; 1QKI A; 1MHM B; 3QW2 A; 4HAD A; 4MIO A; 5J9G A; 4E7G A; 4FQD A; 2D2I A; 3C1A A; 4R7U A; 3TR1 A; 1DPG A; 3RC9 A; 3ZCX A; 4PG6 A; 1EJC A; 1NX6 A; 1LC3 A; 2B4T O; 4R51 A; 3WGO A; 3PQV A; 3ISS A; 3PYM A; 3DOC A; 3V2U A; 5BQ2 A; 2O0X A; 1CF2 O; 1E7Y A; 3EP6 B; 1C3V A; 4ZHS A; 1NQA O; 2Z2C A; 3OQB A; 1VSU A; 3H0W B; 1GR0 A; 2O0B A; 3SWQ A; 3CIN A; 5A05 A; 3EUW A; 1JN0 A; 3LVF O; 4MVJ E; 3SWG A; 1PS8 A; 3DB2 A; 1NVM B; 2QFU A; 4MIE A; 3CIF A; 2DBV O; 1ML3 A; 3DAP A; 1MC4 A; 4XQE A; 2OZP A; 1RF6 A; 1Q3G A; 1NQO A; 2DUU A; 1H93 A; 5BUF A; 4XR4 A; 4XRG A; 4EW6 A; 2HO5 A; 1MI4 A; 1J0X O; 1GYQ A; 1DBV O; 3EC7 A; 3DZ2 B; 3LTH A; 3IDS A; 3K73 O; 3TW3 A; 2O0E A; 3LC1 O; 3R38 A; 4E7B A; 2FPN A; 2GYY A; 3EPA B; 3E82 A; 2CZC A; 1I72 B; 5M6D A; 4GFP A; 3WYC A; 3LC2 O; 4XQG A; 1QXS A; 1H9B A; 3TV1 A; 2X0N A; 3HNP A; 4DIB A; 1VM6 A; 1ZNQ O; 4P8R A; 4RL6 A; 1JKI A; 2IXA A; 3SG1 A; 3LC7 O; 5T73 A; 3V5N A; 1XYG A; 2GLX A; 4GMF A; 1EBU A; 2GG6 A; 1PU2 A; 3HSK A; 3PZR A; 2QZ9 A; 1T4B A; 2IXB A; 2QFS A; 3Q0E A; 2G82 A; 5GZ3 A; 4AK1 A; 3DO5 A; 3DZ4 B; 1T4D A; 3L6O O; 3QVT A; 4PG7 A; 4MVJ M; 1DIH A; 2O0Z A; 2YVW A; 1VKO A; 1UYJ A; 2EP7 A; 1MB4 A; 2EP5 A; 3E1K A; 3H9E O; 1OZA A; 2CVO A; 4O89 A; 4MKX A; 3SWI A; 2Q49 A; 3TUX A; 4GPD 1; 3Q1L A; 3FK1 A; 3V5V A; 1P88 A; 3OA0 A; 4L8V A; 3WBF A; 3GFG A; 3VCY A; 2DAP A; 4O8J A; 2I3G A; 3Q2K A; 3RCB A; 1RM3 A; 3DBV O; 4DBV O; 3Q11 A; 3NVS A; 2QFQ A; 4DPL A; 3L4S O; 4H3V A; 3UW3 A; 2PQD A; 3KQJ A; 4R3N A; 3RC1 A; 3HQ4 O; 4R54 A; 3EVN A; 3NT2 A; 4XB1 A; 2AA9 A; 3PYL A; 4YWJ A; 1I7B B; 3NTO A; 4DPM A; 1UAE A; 1CER A; 4LRS B; 3FJX A; 1RF4 A; 1LA2 A; 4K9D A; 3DMT A; 5KVS A; 2HKI A; 1U1I A; 3E5R A; 1PR3 A; 3CEA A; 5U4H A; 1QMI A; 3FK0 A; 2XF8 A; 3HJA A; 3PWK A; 5GZ1 A; 3RMT A; 3ZH4 A; 1F06 A; 3EP5 B; 3VAZ A; 3I23 A; 3DZ7 B; 2PQB A; 5AVO A; 2PH5 A; 1I32 A; 4PLP A; 1P1F A; 1P1H A; 5EER A; 1NWH A; 1I33 A; 1S7C A; 1VC2 A; 1GYP A; 3NT5 A; 3TZ6 A; 4WNI A; 1E5L A; 1RYD A; 2YYY A; 3U3X A; 3MOI A; 1DC3 A; 2GD1 O; 3B1K A; 2GZ3 A; 3SWA A; 3PWS A; 4MVJ G; 3E9M A; 4JN6 B; 1TA4 A; 5JY6 A; 4INA A; 2I5P O; 1E5Q A; 3QVW A; 4NHE A; 3RC2 A; 1I79 B; 2AXQ A; 1SZJ G; 1ARZ A; 5C7L O; 5JW6 A; 1XEA A; 3TUT A; 1E77 A; 1DLG A; 1YL6 A; 2RL2 A; 2PKR A; 4PG5 A; 3SPB A; 5BNT A; 3WGZ A; 3RVD A; 3WGQ A; 5A06 A; 5CEF A; 1Q36 A; 4MVJ F; 2YV3 A; 3ZJX A; 1U8F O; 1RYW A; 2B4R O; 4IQ8 A; 4O59 O; 4CLQ A; 3B20 A; 2QFT A; 3OHS X; 2VYV A; 2O4U X; 3KR6 A; 2PKQ O; 4YDR A; 2Q22 A; 3JSA A; 3PYX A; 2P2S A; 2H63 A; 1PQP A; 3BTU A; 3ZH3 A; 3RBV A; 1H6B A; 5BS5 A; 1IHY A; 5JYF A; 1DC5 A; 1P1K A; 4PG4 A; 4MIY A; 4XB2 A; 4MKZ A; 4MJL A; 3B1J A; 2DC1 A; 2VYN D; 2O15 A; 3GNQ A; 4LGV A; 2I3A A; 2PKQ P; 2RL1 A; 1B7G O; 3C8M A; 2PQ9 A; 1G6T A; 3VOS A; 3FJZ A; 4F3Y A; 4MVJ H; 3CMC O; 1P89 A; 4KOA A; 3KV3 O; 1EVJ A; 3L0D A; 4DPK A; 3IWC B; 3RC7 A; 3ZDF A; 5EIN A; 3GDO A; 3DR3 A; 1EBF A; 1JEN B; 1H6C A; 1RM0 A; 1X8T A; 1DRW A; 1A2N A; 4L9R A; 4WOJ A; 5A04 A; 4FB5 A; 1DRU A; 1PQU A; 1TB4 A; 1LC0 A; 3E6A A; 3K2B A; 1NPT O; 3KUX A; 1GD1 O; 3DZ5 B; 5EES A; 1DC6 A; 2VYV D; 3DMT C; 2PQC A; 4LRT B; 1J5P A; 1TVE A; 1TLT A; 1RYE A; 4ZIC A; 3H0V B; 1E7M A; 3EP8 B; 1RF5 A; 2GZ2 A; 1H94 A; 1H6D A; 5TVO B; 3QV1 A; 5EIO A; 3EZY A; 3SU9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4MVJ D; 1FF9 A; 4LSM A; 3E18 A; 4Z0H O; 3IWD B; 2BH9 A; 1DSS G; 3O9Z A; 3MTJ A; 4R41 A; 1P9L A; 3KSD O; 5A02 A; 2GZ1 A; 2NVW A; 2NQT A; 3WB9 A; 1VKN A; 1YDW A; 5C7O O; 2VYN A; 3WYB A; 3K9Q O; 4R5M A; 2X5J O; 1HDG O; 1YWG O; 1IHX A; 1NBO A; 5AQ1 A; 4II7 A; 3Q2I A; 3QVS A; 5GZ6 A; 1QMH A; 5A03 A; 1H6A A; 1YL5 A; 4HKT A; 1Q2X A; 2O48 X; 3DTY A; 3QVX A; 2BHL A; 1CRW G; 1GL3 A; 4N54 A; 2POQ X; 5C7I O; 4IQ0 A; 3ING A; 5JYA A; 3KSZ O; 4GMG A; 3CPS A; 2HJS A; 3QY9 A; 3OA2 A; 1ZH8 A; 1RM4 A; 2R00 C; 1OFG A; 3PFW O; 1NWC A; 2R00 A; 1RM5 A; 1YS4 A; 3BIO A; 4GQA A; 1A7K A; 5KVQ A; 4O63 O; 2X5K O; 3MZ0 A; 4MVJ A; 3NTQ A; 4R4J A; 3NTR A; 2DPG A; 1NQ5 A; 3STH A; 4PG8 A; 4MVJ I; 3V1Y A; 1H9A A; 1BRM A; 1GAE O; 3HXL A; 1P1J A; 3UUW A; 3KGD A; 3FD8 A; 3BTS A; 1P1I A; 3IJP A; 1GPD G; 3ABI A; 2G17 A; 3PZB A; 1DRV A; 4MIN A; 4R3W A; 1Q7G A; 5DDI P; 4QX6 A; 1H2H A; 3GPD G; 3IP3 A; 5JYE A; 1K3T A; 1OBF O; 4R5H A; 3FHL A; 2EJW A; 4MVJ P; 1DC4 A; 4WNC A; 2Q4E A; 1JKF A; 1GCU A; 1GAD O; 3IWB B; 1VSV A; 1YL7 A; 3F4L A; 4BOY A; 3WGY A; 3NT4 A; 3BTV A; 1DAP A; 3WBB A; 3M2T A; 1QKI A; 3QW2 A; 4HAD A; 4MIO A; 5J9G A; 2D2I A; 3C1A A; 1DPG A; 3RC9 A; 3ZCX A; 4PG6 A; 1NX6 A; 1LC3 A; 2B4T O; 4R51 A; 3WGO A; 3PQV A; 3PYM A; 3DOC A; 3V2U A; 1CF2 O; 1E7Y A; 1C3V A; 4ZHS A; 1NQA O; 3OQB A; 1VSU A; 1GR0 A; 3CIN A; 5A05 A; 3EUW A; 1JN0 A; 3LVF O; 4MVJ E; 1PS8 A; 3DB2 A; 1NVM B; 4MIE A; 3CIF A; 2DBV O; 1ML3 A; 3DAP A; 1MC4 A; 2OZP A; 1NQO A; 2DUU A; 1H93 A; 4EW6 A; 2HO5 A; 1J0X O; 1GYQ A; 1DBV O; 3EC7 A; 3IDS A; 3K73 O; 3TW3 A; 3LC1 O; 2GYY A; 3E82 A; 2CZC A; 5M6D A; 3WYC A; 3LC2 O; 1QXS A; 1H9B A; 3TV1 A; 2X0N A; 3HNP A; 4DIB A; 1VM6 A; 1ZNQ O; 4P8R A; 4RL6 A; 1JKI A; 2IXA A; 3LC7 O; 5T73 A; 3V5N A; 1XYG A; 2GLX A; 4GMF A; 1EBU A; 1PU2 A; 3HSK A; 3PZR A; 2QZ9 A; 1T4B A; 2IXB A; 3Q0E A; 2G82 A; 5GZ3 A; 4AK1 A; 3DO5 A; 3QVT A; 1T4D A; 3L6O O; 4PG7 A; 4MVJ M; 1DIH A; 1VKO A; 1UYJ A; 2EP7 A; 1MB4 A; 2EP5 A; 3E1K A; 3H9E O; 1OZA A; 2CVO A; 4O89 A; 4MKX A; 2Q49 A; 3TUX A; 4GPD 1; 3Q1L A; 3OA0 A; 4L8V A; 3WBF A; 3GFG A; 2DAP A; 4O8J A; 2I3G A; 3Q2K A; 3RCB A; 1RM3 A; 3DBV O; 4DBV O; 3Q11 A; 4DPL A; 3L4S O; 4H3V A; 3UW3 A; 4R3N A; 3RC1 A; 3HQ4 O; 4R54 A; 3EVN A; 3NT2 A; 4XB1 A; 3PYL A; 4YWJ A; 3NTO A; 4DPM A; 1CER A; 4LRS B; 1LA2 A; 4K9D A; 3DMT A; 5KVS A; 2HKI A; 1U1I A; 3E5R A; 1PR3 A; 3CEA A; 1QMI A; 2XF8 A; 3HJA A; 3PWK A; 5GZ1 A; 1F06 A; 3VAZ A; 3I23 A; 5AVO A; 1I32 A; 1P1F A; 1P1H A; 5EER A; 1NWH A; 1I33 A; 1S7C A; 1VC2 A; 1GYP A; 3NT5 A; 3TZ6 A; 4WNI A; 1E5L A; 1RYD A; 2YYY A; 3U3X A; 3MOI A; 1DC3 A; 2GD1 O; 3B1K A; 2GZ3 A; 3PWS A; 4MVJ G; 3E9M A; 4JN6 B; 1TA4 A; 5JY6 A; 4INA A; 2I5P O; 1E5Q A; 3QVW A; 4NHE A; 3RC2 A; 2AXQ A; 1SZJ G; 1ARZ A; 5C7L O; 5JW6 A; 1XEA A; 3TUT A; 1E77 A; 1YL6 A; 2PKR A; 4PG5 A; 5BNT A; 3WGZ A; 3RVD A; 3WGQ A; 5A06 A; 5CEF A; 4MVJ F; 2YV3 A; 3ZJX A; 1U8F O; 2B4R O; 4IQ8 A; 4O59 O; 4CLQ A; 3B20 A; 3OHS X; 2VYV A; 2O4U X; 2PKQ O; 4YDR A; 2Q22 A; 3JSA A; 3PYX A; 2P2S A; 2H63 A; 1PQP A; 3BTU A; 3RBV A; 1H6B A; 1IHY A; 5JYF A; 1DC5 A; 1P1K A; 4PG4 A; 4MIY A; 4XB2 A; 4MKZ A; 4MJL A; 3B1J A; 2DC1 A; 2VYN D; 3GNQ A; 4LGV A; 2I3A A; 2PKQ P; 1B7G O; 3C8M A; 3VOS A; 4F3Y A; 4MVJ H; 3CMC O; 4KOA A; 3KV3 O; 1EVJ A; 3L0D A; 4DPK A; 3IWC B; 3RC7 A; 3ZDF A; 5EIN A; 3GDO A; 3DR3 A; 1EBF A; 1H6C A; 1RM0 A; 1DRW A; 4L9R A; 4WOJ A; 5A04 A; 4FB5 A; 1DRU A; 1PQU A; 1TB4 A; 1LC0 A; 3E6A A; 3K2B A; 1NPT O; 3KUX A; 1GD1 O; 5EES A; 1DC6 A; 2VYV D; 3DMT C; 4LRT B; 1J5P A; 1TVE A; 1TLT A; 1RYE A; 4ZIC A; 1E7M A; 2GZ2 A; 1H94 A; 1H6D A; 3QV1 A; 5EIO A; 3EZY A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
