3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
3ZSZA 2WOMA 1TGOA 5K14A 1I3AA 3NH2A 4CIGA 2IS3A 4CEQA 2VWJA 5J2PA 1T7PA 1RTDA 2DTUA 1MU2A 4OLAA 4JS5A 4DSEA 3TAGA 1NJZA 4OGCA 3RR8A 1HRHA 4DTJA 3DLHA 1XC9A 3VA3A 2KQ2A 3VN5A 3V9SA 3RMBA 3TAPA 3TI0A 2IC3A 2Z1IA 1QE1A 4JLHA 4B08A 1HMVA 4CEAA 3AO3A 2KW4A 4DMNA 4KHQA 2HHQA 3HP6A 2P5GA 4Z4HA 2KZMA 2OZMA 3E01A 2FBYA 3SQ2A 3KLIA 3PX4A 4CGHA 1IG9A 1A5WA 1CZBA 3NF6A 3SI6A 4AHRA 4KHSA 2X74A 1NKCA 1N6QA 2Y1IA 2JGUA 5DK5A 5HBMA 3SNNA 3CG7A 1IKYA 3K5NA 4RW8A 4DF8A 1WSGA 3S3NA 3LP3A 1WAJA 4RG8A 3EZ5A 1JLGA 1SL2A 3RWUA 3V1OA 4CGDA 4DFMA 4DTRA 2KFNA 1HQEA 1TL1A 1U47A 4I2PA 3LDSA 3AVFA 3A2FA 3HVTA 3LAMA 2IDOA 4F3OA 5KGWA 3VQPA 3NFAA 1BCOA 1C1CA 3AVHA 3DLGA 2GV9A 1YTUA 1WSJA 3AO5A 3KK2A 2G8HA 4PWDA 1WSFA 1NK5A 3TAMA 1EP4A 4M3RA 3OYIA 1U49A 4FM2A 4B9SA 4PA1A 3ZT3A 1JXEA 3SUOA 2YKNA 2HHSA 3DOLA 3V9ZA 4O55A 4B9UA 2HHVA 5E41A 3LAKA 1VSMA 4M42A 3LALA 4AHVA 3SUNA 4KTWA 5C24A 5J1EA 4BACA 4CK3A 1BQMA 1LAVA 4KTZA 4HCBA 1HYSA 1KVBA 3M8PA 3BDPA 3SQ1A 3DRRA 1S1XA 4NCBA 4FK4A 1I39A 4UQGA 1QQCA 4OKJA 4Q5VA 3OYEA 3RTVA 4N76A 4CHZA 1C0TA 1C0UA 2E6LA 3U6FA 3OYHA 1KLNA 1BI4A 1XHXA 2DFEA 4DG1A 4IFVA 3WNEA 5CY4A 3AVAA 1R0AA 1BIUA 1ASWA 3M8SA 3KLGA 2XY5A 4CHPA 2D5RA 4HUEA 2G8FA 4CJFA 1RBRA 4BE2A 1IH7A 4DSFA 3JYTA 4DFPA 5I3UA 1WSHA 2A1RA 5D3GA 1QSLA 1BHLA 1BISA 2QXFA 1LW2A 4FJJA 1VSLA 2YHAA 4FK0A 4E7KA 3AA2A 4FW1A 1D5AA 4FLZA 3HJFA 3AVIA 3PX6A 4C8LA 4F3TA 1NOYA 4AHSA 1GOCA 4OKKA 4B8CA 1S1WA 5KTQA 4HVJA 1KTQA 1X1PA 4B8AB 1BIZA 4ZTFA 4CCHA 2O4IA 3LZJA 2GUIA 3ZSXA 1RT3A 1D9DA 3L2QA 3RMDA 1Q9XA 3HK2A 4KHUA 5JS1A 1ZBIA 4DU4A 2ATQA 2OPSA 2VG7A 3PV8A 3PO5A 2BDPA 4RW9A 1D9FA 1WAFA 3O4NA 4CJSA 3VQCA 1Q9YA 2BE2A 2OPRA 5J2NA 4CEBA 3O3GA 3PUFA 3OYGA 1NJWA 1FKPA 2EHGA 4DLGA 4CERA 3SQ0A 4N41A 1DTQA 1JLEA 4CGIA 3CFPA 1A5XA 2VWKA 4ELUA 3BGRA 3NH1A 3MEDA 1VSJA 1TAUA 5HRSA 3NF8A 2D0CA 1VSFA 1NK4A 4NCAA 5HRPA 4DQSA 3QIOA 4OVLA 4FZZA 4CEEA 3ZT1A 3QEPA 4K8ZA 1IKVA 1RT2A 4LY7A 1NK9A 1VRUA 3QIPA 1T05A 3AV9A 3V81A 2RN2A 4JRQA 2FC0A 3OYKA 4DFJA 4RW7A 2E4LA 2RF2A 4FZYA 4M3TA 3V6DA 4M3XA 3ZSYA 4CJ3A 3T3FA 1KSPA 3LP1A 2KZZA 3OS2A 4EP4A 3LWMA 3DRPA 3M8RA 3KKRA 3NCIA 3V1QA 4DLEA 1EKEA 4Z0UA 1EXQA 4W5NA 4DU1A 5HLFA 2PY5A 4KB0A 1JLAA 1LAWA 3MEEA 1RTJA 1RILA 3K5OA 4DSLA 3SYZA 3U3YA 4C8MA 4CJEA 3QEXA 4FLUA 3ULDA 3AVBA 3OYLA 1JLBA 1LWCA 2RPIA 4Y1CA 5FDLA 3NE6A 1RBSA 1DLOA 3WNGA 4R5PA 3H08A 4DTXA 1SL0A 4DSKA 3VQ4A 4CE9A 4W5QA 4B9NA 1BCMA 3G0ZA 3NAEA 4DU3A 2B6AA 4ELTA 4CHQA 5C42A 4E1MA 4FJNA 5FRNA 4LD0A 2PYLA 3IG1A 2HHXA 5KRSA 1BL3A 1RT1A 1U4BA 2B4JA 4GVMA 4AHUA 1HNVA 5CYMA 1FK9A 3ZSWA 1YTAA 2YHBA 3AVJA 2F96A 3NHGA 4PQUA 1W9HA 2Q3SA 3EYZA 4I9QA 3KD1E 1RT6A 3LP2A 4OPKA 4HUGA 1TL3A 3AVKA 4OJRA 1BI4B 2HVIA 4CF0A 3FFIA 5DMRA 2R7YA 3SPZA 1RBTA 3ZT4A 2QKKA 4H4OA 3T1AA 4J2DA 4QAGA 5T7BA 4DQRA 1QHTA 4E7LA 4H4MA 4CGGA 4CJUA 1NKEA 2XY6A 3OYDA 2HNYA 4DTUA 1X9WA 4ID5A 4N56A 2IOCA 3ZSOA 4CIFA 1UOCA 2P51A 4FJLA 2G8WA 3TAQA 1VSKA 3K5MA 4M3UA 1RBVA 4E1NA 3HT3A 1SKRA 3HPGA 2P5OA 2E6MA 4O5BA 4E7IA 5J2MA 2OYQA 1ZBUA 4PY5A 1TK8A 4DFKA 3QLHA 2OZSA 4W5TA 1KRPA 1LWEA 4KO0A 1IO2A 3OYBA 4HCCA 4M3WA 1HYZA 1ASVA 5FRMA 4Z4EA 2EX3A 3P1GA 2D0AA 4CJTA 4CGJA 2OA8A 3HPHA 3CYMA 2XHBA 2YNHA 4OKEA 3CFOA 3OY9A 1JLFA 1ASUA 3MXIA 1KVCA 3RRGA 1Q8IA 2YNGA 3DOKA 2DFHA 4IG3A 3VQ5A 4CF2A 4HTUA 3RR7A 4C8OA 4DWIA 1YVUA 4ID1A 3NF9A 3V1RA 5KGXA 4FJHA 1SL1A 4RW4A 4YNQA 3SV4A 3V9WA 4NYFA 1KCFA 3DLRA 4CFCA 4EZ9A 2D0BA 3VA0A 2DFFA 3OYMA 4EP5A 4FLXA 4CECA 2OPPA 4M3YA 3HSTB 3O3HA 4DQQA 4KHWA 1EX4A 1HPZA 1NK7A 3K57A 4L8RB 2BGGA 1JLCA 1RT4A 3G10A 4FVMA 1B92A 2HNZA 2HB5A 4KKOA 4DS5A 4CFBA 3LZIA 4CHOA 3VQAA 2YKMA 4FLWA 1RCHA 1NKBA 3KLHA 4E7HA 3TARA 4N47A 1S6PA 3QINA 3TANA 1J54A 4FYDA 3KK1A 4I7FA 4FJGA 4DTNA 4CHYA 1O1WA 2HHTA 3ALYA 1Y97A 2Z1GA 4JRPA 4GW6A 4CEFA 4Z4CA 3K59A 2KFZA 4AILC 3F9KA 3VQ9A 3THVA 1CXQA 2VG6A 4DQIA 4O44A 4IBNA 3T19A 3AA3A 3ZT0A 1RTIA 1VSHA 1X9SA 3KLEA 3AA4A 4AHTA 3SZ2A 3KTQA 3CM5A 4IFYA 4E89A 4CJ5A 4BWMA 3DI6A 3HO1A 1JXBA 2WONA 4CJQA 3D0PA 2QKBA 1RDBA 4GMJB 4OGEA 3SPYA 1TKTA 3AVLA 5J2QA 3OYAA 4OPJA 3AO2A 4DQPA 3V9XA 2B5JA 4CESA 3HP9A 3SQ4A 1N5YA 4DSIA 4IKFA 3CQ8A 3HXMA 1NJXA 4KHNA 4CJKA 3AVGA 2XY7A 3S3MA 4FJ7A 1EETA 2HMIA 1HYVA 4CJWA 3QO9A 3SV3A 1S9EA 1B9DA 1TVRA 2HHWA 3NBPA 1J9AA 2XO7A 4ZTJA 4W5OA 2F8TA 1KFSA 1NJYA 3OJUA 1QS4A 3C6TA 2ETJA 1T8EA 5SZTA 2O4GA 1X9MA 1RBUA 1SV5A 4CK1A 2YNFA 4N5SA 2YV0X 3VQBA 3DLBA 3QETA 4Q0BA 1VSIA 4DTMA 4O0IA 2PZSA 3D45A 1CLQA 1KFDA 3L2WA 4KI6A 1UA1A 3AVCA 4KHYA 3P5JA 2ZE2A 4RW6A 4BDYA 4I2QA 4M3ZA 5FROA 2P1JA 3ZSVA 3QNNA 4CF1A 3MEGA 1F21A 1TKXA 1BGXT 3AO1A 1XI1A 1CXUA 1RT7A 4KI4A 3DYAA 2RKIA 3QERA 1YT3A 3CM6A 3NGZA 4F2SA 4FJ9A 3HYFA 4G1QA 4OLBA 3K2PA 2HW3A 4KV8A 1TK5A 1S1VA 4WE1A 1DTTA 1S6QA 3O3FA 4KPYA 3HL8A 3MAQA 2G8IA 2KTQA 4LSNA 2X78A 1UAXA 4NYNA 4H8KA 2Z1HA 3TWHA 1S5JA 3HVRA 4FLVA 1L3VA 1KLMA 1FKOA 4J2BA 2A1SA 2ITGA 2JLEA 3C6UA 3L3VA 4M41A 4YFUA 4BDPA 3VQ6A 4FCYA 3ZSRA 4FM1A 3SUPA 4EZ6A 4F4KA 3I0RA 2IGIA 3OYJA 1UA0A 4F2RA 2FBVA 3KIOA 3ITHA 3KKSA 1GOBA 5HRNA 2XRIA 3UIQA 4K8XA 4KREA 1HJRA 1ZBFA 4PUOA 1J5OA 3ZCMA 1ZBLA 3L2RA 2IAJA 3S9HA 5HROA 2QK9A 3QEIA 1JL1A 3V9UA 2G8UA 1NOZA 5CZ2A 4FK2A 3MECA 4Z4IA 1CZ9A 3ASMA 5CZ1A 3V4IA 1C1AA 3KJVA 4KRFA 3L2UA 2FBXA 1SUQA 2LSNA 4Y1DA 2I5JA 4HUFA 3ZSQA 1TK0A 3NGIA 3TAFA 3L8BA 4CEZA 1S1UA 3DMJA 3B6PA 1BQNA 3LPUA 1NK8A 3KD5E 4HHTA 4E0DA 4CJ4A 3QEVA 3AA5X 1J53A 1KVAA 4NCGA 4FJ8A 4CJLA 4FM0A 1C1BA 1ZYQA 1C6VA 3PY8A 1JL2A 3B6OA 4J2AA 4CFAA 4CGFA 4MQ3A 5C25A 5SWMA 4LSLA 1A5VA 3IRXA 4JS4A 3NDKA 4QCLA 4ICLA 3O4QA 3AO4A 4CJVA 1D8YA 1WLJA 4I9LA 1TKDA 2DY4A 1C0MA 3QEWA 3P83D 1U04A 5KRTA 3EY1A 3RMAA 2Y1JA 4CK2A 1VK0A 1GOAA 2OPQA 3HPOA 4IDKA 4CF8A 1IKXA 1WN7A 4E19A 1VSDA 3I0SA 1HQUA 4C8KA 1L3TA 2VG5A 1TKZA 4LH5A 4ZHRA 4FZXC 4CHNA 4TSXA 1G15A 4W5RA 2AJQA 4B9VA 4FXDA 1L5UA 2FBTA 3TAEA 1TV6A 1Z25A 1W0HA 4C8NA 3U3GA 4FLYA 3TR8A 4E3SA 3IS9A 3OS0A 4E7JA 2PYJA 1L3SA 4M45A 3DLEA 1NK0A 1WNSA 3QNOA 3DRSA 3L2VA 1U45A 3I8DA 3VQDA 3CFRA 3OS1A 3SCXA 1NK6A 4KB1A 3L3UA 3LPTA 1JKHA 2YNIA 4DTOA 4DSJA 2GBZA 4Z4FA 1LWFA 3VQ8A 4CEOA 4B9TA 4KFBA 1S9GA 4B9MA 4FW2A 4CF9A 3WNHA 1QSSA 4QOZB 4KTQA 1SKWA 1JLQA 1LW0A 3AVMA 3OYCA 3KK3A 1K6YA 4XIUA 3K5LA 2BANA 3LWLA 3NGYA 2XY8A 3VQ7A 5EU7A 1T03A 1ZBHA 2F8SA 4CIEA 1XWLA 1WSEA 1ITGA 4O0JA 1REVA 3LP0A 4CJPA 3QESA 5JS2A 3SJJA 3OYFA 3JSMA 3SUQA 3LANA 3HM9A 2G8KA 4CEDA 1VRTA 3NF7A 5HRRA 1U48A 5HP1A 3C94A 3WNFA 3RRHA 4FLTA 3VQQA 4FJKA 4MFBA 3RMCA 5I42A 3F73A 3DM2A 3S3OA 4FJ5A 4J2EA 1FXXA 3PO4A 1RT5A 4B3OA 1B9FA 2W42A 1LV5A 4FJMA 1WSIA 1XHZA 1QSYA 4ELVA 1TAQA 3OJSA 4FJXA 4LH4A 3M8QA 3OVNA 4CJRA 4BE1A 1L3UA 4BE0A 1RDDA 1S1TA 1VSEA 3ISNC 3KLFA 1UWBA 2NUBA 3VQEA 3PX0A 1RDAA 3AVNA 3NH0A 4B9LA 4DTSA 4IG0A 5CYQA 4BDZA 2X6SA 3OYNA 4DS4A 3K58A 1SKSA 4FJIA 2HHUA 1RNHA 3TABA 4Z4GA 1QTMA 2G8VA 2HNDA 1Z26A 5KI6A 4CFDA 4AH9A 2X6NA 2ZQBA 3C95A 1RDCA 1IKWA 4KAZA 3ZT2A 2ZD1A 1RTHA 3DLKA 4DTPA 2HVHA 3MXJA 3MXMA 2Z1JA 4DF4A 3IAYA 1HNIA 4BWJA 4F8RA 4O4GA 4AHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THWB 2DTUA 5J2PA 1T7PA 5CR4A 2ZJRL 3TAGA 3EO3A 3RR8A 4LF4K 3ATVA 3VF6A 3DLHA 3VA3A 4X62K 3TAPA 2IC3A 2KW4A 2ZWHA 3A5OC 3HP6A 4Z4HA 1S72N 4NB4A 3E01A 2FBYA 3PX4A 1OH5A 4BR5A 1YJWN 5DK5A 5AQFA 3K5NA 1W97L 4BY9C 3LP3A 1JLGA 5MLCQ 1R59O 4CGDA 4DTRA 5IT9O 1HQEA 2UXDK 3AVFA 4B3RK 3SLCA 2O8BB 5KGWA 5HOOA 3NFAA 4H5TA 3CC2N 3KK2A 3THWA 3F5TA 3LDQA 5GIPA 5AQGA 4GY2B 2YKNA 3V9ZA 1M90O 4O55A 2UU9K 2HHVA 5E41A 3MWTA 3EEQA 4AHVA 5J1EA 4CK3A 2P9SB 3BDPA 4X66K 4FK4A 3WQTA 2AA4A 4Q5VA 1GLLO 3OYEA 4H0YB 4M7XA 1XHXA 4XH1A 4JNEA 4LF6K 5EXWA 3AVAA 1R0AA 1BIUA 1ASWA 3KLGA 2G8FA 4JKFA 4DSFA 2O8BA 1QSLA 2BH1A 1VSLA 3KHYA 4CZKA 3UE5A 4E7KA 1HNWK 3ENOA 4M7YA 4FLZA 3AVIA 4OKKA 2CH5A 3E9PA 1KTQA 4ZTFA 4CCHA 2GUIA 4H0VB 3ZSXA 1Q9XA 3HK2A 4DU4A 2ATQA 1BA1A 2VG7A 3PO5A 2ZF5O 1WAFA 2P9SA 3O4NA 2OPRA 2KKZA 3PUFA 1FKPA 1VQNN 4CERA 1X3MA 1DTQA 1JLEA 2IVOA 2A42A 5AJ3K 3C6HA 2VWKA 3HOSA 4LFAK 2NRVA 3QFUA 3MEDA 3CCJN 1VSFA 3QIOA 4YOTA 5JLHA 4CEEA 5AQMA 1RT2A 2YJEA 1VRUA 1YIJN 1HUXA 3V81A 2RN2A 2FC0A 4RW7A 2E4LA 4M3XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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