3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
b'GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Bovine immunodeficiency virus
molecule tags Dna binding protein
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
3VQPA 3OS0A 3A2FA 4CGHA 4FYDA 2F8SA 1VSIA 3DLRA 4B8CA 5FDLA 2KFNA 4FJ8A 4J2AA 4KHQA 5KI6A 3C94A 4CHOA 4KI6A 3ZSXA 3SQ4A 1I39A 1QTMA 4Q0BA 2IDOA 4CHZA 4DTSA 1BQNA 1EXQA 1L3VA 1REVA 1HYSA 1S9GA 2KZZA 3SCXA 1ZBIA 1RT1A 4I9LA 5CYMA 4AHCA 3NFAA 4FLZA 4CJ4A 3AVGA 1LWCA 3L2QA 4CEEA 1RDCA 4DWIA 4N56A 3HXMA 3EZ5A 2VG7A 4AHVA 3AA2A 3VQ7A 2IC3A 4Z4IA 4CEOA 1BGXT 4DSFA 3O4QA 1RT3A 2Q3SA 3HM9A 1JLEA 4FK2A 1NOYA 2X74A 5HRPA 1TKZA 4DLEA 3SPYA 3AVIA 3DLKA 3KD5E 5HP1A 3KLGA 4JRPA 1ITGA 3KLEA 4CEDA 5KGXA 4I7FA 4OJRA 2AJQA 4B9TA 2Z1JA 2HB5A 3NH0A 3SZ2A 2Z1HA 3P1GA 1IO2A 2ZQBA 3NF8A 4Z4CA 4DTRA 3VQBA 3SUPA 3TAPA 2IOCA 1L5UA 1C0MA 4DU3A 4KHNA 3I0RA 2IGIA 3VQEA 4CF0A 3DLGA 2G8UA 3K5OA 4E19A 3LPUA 1I3AA 2ITGA 3MXIA 3PUFA 2IS3A 3AVLA 3SI6A 1VK0A 2G8HA 4C8OA 2HHVA 4FLYA 1JL2A 3MECA 1IKVA 3L2RA 4Z4EA 3RMAA 4EZ6A 2HHSA 1DLOA 4H8KA 4ZTFA 3SNNA 1SL1A 4FJ9A 3BDPA 3HVRA 2BE2A 4BDYA 2X6SA 4FW1A 1RTIA 4IDKA 1TK5A 1XC9A 1NK8A 3MXMA 1CZBA 1O1WA 4AHUA 1LWFA 2JLEA 4LH5A 3O4NA 4FJGA 4IG3A 2RF2A 5FROA 1GOBA 3NAEA 4FLUA 5HLFA 3DLHA 3RR7A 4OKJA 1RBRA 1BIUA 1J53A 1BCMA 4W5RA 2PY5A 3M8QA 3M8PA 2YHAA 4CJPA 4Z4HA 3M8RA 4G1QA 1N6QA 1UAXA 3QIOA 3ZSQA 1T05A 4CF9A 3LANA 3CM6A 4DFMA 3IG1A 4O0JA 4OKKA 3ZSOA 4ZHRA 4IFYA 3EYZA 3U3YA 3LWMA 5KRSA 4CJSA 4C8LA 3AO3A 3AVCA 1TKTA 5CZ1A 3DLEA 3DI6A 3I8DA 1SL2A 1ZBUA 3V6DA 1FKPA 1LW0A 5EU7A 4LSNA 1KFDA 4AHRA 3KJVA 4FLTA 1QSLA 2G8VA 4B9NA 1UOCA 4N47A 2P5GA 4PQUA 1ASUA 1HNIA 2RPIA 3NCIA 2P51A 1BIZA 2B4JA 4B9LA 1JLCA 5C25A 5J1EA 4DSEA 2HVHA 4FM0A 1A5WA 4E89A 3VQDA 4JRQA 3DLBA 4FJHA 1NK0A 4E0DA 2P1JA 3S3MA 3PX6A 1JLQA 4DG1A 1GOAA 3OYGA 1R0AA 1QS4A 3TAQA 1JXBA 4E7LA 3RR8A 1J9AA 4DTPA 4O4GA 3LP2A 3VQ6A 1X9MA 2X78A 1T8EA 1QQCA 4KPYA 3CM5A 2XRIA 2VWJA 4CJTA 1ASVA 1UWBA 2Z1IA 4DTOA 3OJUA 4OGCA 1RBTA 1RDDA 3TI0A 3HPOA 4HUFA 3MEGA 4ZTJA 3MAQA 1XWLA 1SL0A 4DTXA 4KTWA 3OYHA 1NKCA 4KO0A 4OGEA 1DTTA 3CYMA 3DRRA 3OYMA 2KQ2A 1IKXA 4AHSA 4ELVA 5KGWA 1T03A 3U6FA 3NGZA 2GBZA 4H4MA 3WNGA 3QNOA 3RWUA 1RTJA 1IH7A 3LP0A 4CJFA 3WNHA 3HO1A 2G8FA 3PX4A 4CJ3A 4KREA 3AO2A 3QEVA 5HROA 4RW9A 4EP4A 4CHNA 3CQ8A 3SPZA 3TANA 4ELUA 4F3OA 5HRNA 3LDSA 4E7KA 3VQCA 4KTQA 4N5SA 4MQ3A 3C95A 1WSIA 1HJRA 4FM2A 4H4OA 1FXXA 3T1AA 3TAEA 2QXFA 3NDKA 1HQEA 1TKDA 3JYTA 2G8WA 1NJWA 4GW6A 1JLBA 4FLVA 3ZSRA 1KRPA 2OZMA 4F2RA 4QAGA 1KCFA 3V9ZA 4C8KA 3EY1A 1RT4A 2ETJA 1NK9A 3IAYA 1YVUA 4W5OA 3V81A 2D0AA 3OYFA 1WSEA 4KFBA 4OPKA 4FJLA 3LWLA 3NHGA 3CFRA 1BL3A 3OYDA 4CHQA 2HHUA 3K59A 3G10A 2XY5A 3AVHA 3DOKA 5E41A 4M3UA 1XHXA 4CGDA 1IG9A 3HPHA 3HP6A 1EP4A 3NBPA 3VQ5A 3AO1A 1L3TA 5J2MA 1J5OA 1WSFA 3HL8A 5HRRA 1TV6A 3AVBA 2O4GA 1VSKA 4CEZA 3IRXA 4W5TA 3SV4A 2I5JA 2RN2A 3D0PA 4FLXA 2FC0A 1XI1A 4QCLA 1Q9YA 3THVA 1S1VA 1T7PA 4NYNA 3SQ0A 3RMCA 1L3UA 1X9SA 3ALYA 4CJQA 3LAMA 4KI4A 3O3GA 1KLNA 1RDBA 3MXJA 4CEQA 4B9MA 1VSLA 3DOLA 1VSEA 3OYCA 4J2BA 3AVFA 1U04A 3I0SA 1LWEA 4CK1A 4LY7A 1KVCA 3F9KA 2XY8A 4DMNA 3LALA 2EHGA 1LV5A 2F96A 3TAMA 4M3XA 1UA0A 3PV8A 4HTUA 3KK1A 3V1RA 4CJLA 4M42A 2O4IA 3V1OA 4DTNA 1B9FA 4RG8A 4KV8A 2WOMA 1U48A 1EX4A 4M3WA 2BGGA 1FK9A 3AVMA 3PX0A 4FJXA 4IKFA 4R5PA 4BWJA 1KFSA 4CHPA 4W5NA 2YNIA 2GV9A 4CF1A 2WONA 4DU1A 3OYLA 4DF4A 4FJIA 1S9EA 4M3YA 3VQQA 2QKKA 4FLWA 1RT6A 1K6YA 5I42A 3DYAA 4FK0A 2B6AA 4E3SA 3OYBA 4NYFA 5CY4A 1C1BA 4DQPA 1TL1A 3QIPA 4M41A 3RRGA 1TL3A 4AH9A 4OLBA 2D0BA 4ELTA 4CK2A 4N76A 1RT5A 3DRSA 4DQQA 1N5YA 2YKNA 4EP5A 2QKBA 3NE6A 4DTUA 3JSMA 3RMDA 1ZBHA 4DSKA 4B08A 4B9VA 3HYFA 3NF9A 2BANA 2E6MA 4CEBA 3SUOA 1L3SA 4B8AB 4CCHA 1EKEA 3KTQA 1VRTA 4DS4A 4M3TA 1BI4A 3ZT3A 5KTQA 4HCCA 4JS5A 3SJJA 1YTUA 1SV5A 4CHYA 2KFZA 2GUIA 4O5BA 4OLAA 1WLJA 1B9DA 5SZTA 1HYZA 3OVNA 3VQ4A 3SV3A 2G8IA 4CF2A 1YT3A 2F8TA 3QEXA 4Z0UA 4NCGA 2ZD1A 3CG7A 3S9HA 4CECA 3PO5A 3ITHA 4CJEA 1DTQA 2JGUA 2HHWA 3T19A 1W9HA 3TR8A 1BISA 3QESA 2YNGA 4DQSA 4CJVA 4M3ZA 3LP3A 3V9UA 1NJXA 1WSGA 3WNEA 4JS4A 4K8ZA 4GMJB 4CFAA 4J2DA 4UQGA 1SKSA 2B5JA 4C8NA 1JXEA 3C6UA 2PZSA 4OVLA 4W5QA 4OKEA 4Y1DA 4DU4A 4B9UA 5J2QA 4J2EA 1GOCA 3ISNC 3K5NA 2OPRA 2DFHA 2HMIA 2PYLA 4FZXC 3QEIA 1NKBA 4I2QA 1B92A 4CFDA 1KVAA 2VWKA 4TSXA 3RRHA 4OPJA 3V9WA 1TAUA 1RT7A 1CXQA 3NGYA 1HMVA 1RBSA 3SQ1A 2YKMA 3HP9A 3SUNA 1Z26A 3S3OA 4NCBA 1HNVA 4JLHA 1RTDA 1NOZA 4AILC 4B9SA 5JS2A 1MU2A 4KHWA 3VQ9A 4CIGA 3SQ2A 3KK3A 2OPQA 1VSDA 1D5AA 1RDAA 1BHLA 2QK9A 3E01A 3SYZA 4KRFA 4IG0A 4PA1A 5I3UA 1WSHA 1SKWA 4CFBA 5DMRA 4DTJA 4QOZB 3ZT4A 4DSLA 1Z25A 4CEAA 1EETA 4MFBA 4FVMA 2RKIA 4Z4FA 3F73A 1QSYA 2KZMA 3CFOA 4HUGA 3MEEA 3NF7A 3QETA 5CYQA 3H08A 3VQAA 4DLGA 4DS5A 2IAJA 3OYNA 1C0UA 4ID1A 3L8BA 1U47A 1NK7A 1NK6A 1IKWA 3G0ZA 1FKOA 3RMBA 4FJNA 3L3VA 5CZ2A 4CK3A 4YFUA 4BACA 4DFPA 4PY5A 1JLFA 4O44A 4BDZA 4PUOA 2E4LA 4B3OA 3L2UA 2YV0X 4I2PA 3OS2A 4O55A 2Y1IA 4EZ9A 1LAVA 1RBUA 1S1XA 1S6QA 3T3FA 5J2PA 1NJYA 1TK8A 3RTVA 2OZSA 1TK0A 1VSHA 3AA4A 4KB0A 4N41A 5D3GA 1KSPA 2XY7A 3AVAA 1Y97A 3KIOA 3K2PA 2E6LA 3M8SA 2ATQA 2DFEA 3AVNA 1ZYQA 2OPSA 3ZT2A 4FZYA 4CGIA 3TAGA 4I9QA 3LPTA 2PYJA 4KHSA 2G8KA 4KHUA 3AA5X 3AV9A 3HK2A 2D0CA 1QSSA 3ZSVA 5SWMA 3L2WA 2Y1JA 3HJFA 2DTUA 4KB1A 5HRSA 3OYAA 1J54A 1VSMA 4M45A 3KLHA 3NGIA 4FCYA 2DFFA 2HNZA 5J2NA 4F3TA 4K8XA 1TVRA 4DQRA 3D45A 3TARA 1RILA 3U3GA 4DSJA 4FJMA 3LZIA 1D9FA 3V4IA 4KKOA 1S1WA 1TKXA 3QNNA 1KTQA 4DFJA 2FBVA 4CF8A 4RW8A 1S6PA 4HVJA 3O3HA 3VN5A 3CFPA 1ZBLA 2D5RA 3BGRA 1Q8IA 3KD1E 2NUBA 4NCAA 3HSTB 3OJSA 3KK2A 1NK4A 2KW4A 3KLIA 2OA8A 1C1CA 2FBYA 3QERA 3C6TA 1KLMA 3HVTA 1G15A 4CIFA 4O0IA 1TAQA 1VRUA 3LZJA 4HUEA 3DMJA 4BE0A 3MEDA 2X6NA 1A5VA 3VA3A 3TAFA 3OYKA 4CERA 1U45A 4F2SA 1S5JA 1IKYA 1JKHA 4E1MA 1X9WA 4FK4A 1JLGA 1Q9XA 1TGOA 2XO7A 2LSNA 3AVJA 4HHTA 3QLHA 3ZSYA 3VA0A 1NKEA 4BDPA 1C6VA 3HPGA 4XIUA 1S1TA 3OY9A 3KKSA 2P5OA 1WAFA 2ZE2A 4RW6A 4ICLA 3ZT0A 4FJ5A 4KHYA 1VSJA 4Y1CA 4CJRA 1NK5A 2W42A 5FRNA 1VSFA 1LW2A 1HRHA 3KKRA 3V9SA 4DQIA 1WAJA 2YNFA 3AA3A 4CJUA 4F8RA 1RNHA 3QINA 5FRMA 4BWMA 3O3FA 1QHTA 1KVBA 1XHZA 3ZSWA 5JS1A 4LSLA 5K14A 4E7JA 1BI4B 4C8MA 3NH1A 5HBMA 4FXDA 1CXUA 2FBXA 4AHTA 4IFVA 4CJWA 1CLQA 3K5MA 3OYJA 1WNSA 3FFIA 1D9DA 1LAWA 1HPZA 5T7BA 1RCHA 4CJ5A 1YTAA 1UA1A 1QE1A 4M3RA 4BE2A 2XHBA 2OPPA 2OYQA 3WNFA 3OS1A 4F4KA 4CGFA 3B6OA 1U49A 2KTQA 3QEWA 4RW7A 2VG5A 1RT2A 2HW3A 2R7YA 5DK5A 4FJJA 1C1AA 4IBNA 3OYIA 2HHTA 3IS9A 1ASWA 2HNYA 4LH4A 3NH2A 3K5LA 3OYEA 4BE1A 1SKRA 4FW2A 4E1NA 4Q5VA 4FM1A 1HQUA 3VQ8A 1D8YA 4DF8A 3DRPA 4CEFA 3V1QA 2A1RA 4CESA 1S1UA 2A1SA 2FBTA 3B6PA 3ULDA 1CZ9A 4GVMA 4DTMA 1ZBFA 2XY6A 4KAZA 1RBVA 3V9XA 4E7IA 3TABA 2VG6A 4CGGA 3AO4A 3NF6A 4CGJA 3K57A 5C42A 3PY8A 1WSJA 1A5XA 3AVKA 1SUQA 2HNDA 3LP1A 1U4BA 2BDPA 3AO5A 4FZZA 1RTHA 3ASMA 1BQMA 4WE1A 2HHQA 3PO4A 3HT3A 5C24A 4E7HA 4L8RB 1X1PA 3ZT1A 3TWHA 4CJKA 1NJZA 2Z1GA 4DSIA 3P83D 4KTZA 4CFCA 1JL1A 2HHXA 4FJKA 2YHBA 4Z4GA 4ID5A 4PWDA 2EX3A 3L2VA 3LAKA 4RW4A 3UIQA 4HCBA 4CE9A 3ZCMA 3ZSZA 2YNHA 3K58A 1BCOA 3KLFA 2HVIA 2DY4A 3L3UA 4YNQA 3P5JA 3QEPA 1WN7A 1C0TA 4CIEA 1F21A 4DFKA 1W0HA 3QO9A 5KRTA 4FJ7A 3DM2A 4LD0A 3SUQA 1HYVA 3S3NA 1JLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TKWA 2FF6A 5FDLA 4C1NI 4CD1A 3C94A 1NBWA 4KI6A 3QBWA 1I39A 3VGMA 2IDOA 3WXLA 4JD2A 4WCEL 1YI2N 3QMLA 2HBLA 1TYQA 4YOWA 4JHDB 1LWCA 4CEEA 1RDCA 4N56A 3AA2A 3VQ7A 1KQSM 3THWB 3CMEN 2IC3A 4DSFA 1BGXT 4FK2A 1JLEA 2O8CB 3DLKA 3ID6A 4CEDA 4I7FA 1DGKN 3CCMN 2HB5A 3NH0A 3SZ2A 1IO2A 3VQBA 2IOCA 4KHNA 3K0SA 3DLGA 3VERA 2ITGA 1BOTO 5KQDA 3O5BA 2HHVA 4YOUA 1JL2A 4DUZK 4EHTA 3MWPA 4FWNA 3L2RA 2D1KA 3J7YP 4FJ9A 4GV9A 3CD6N 1VQ8N 3C7NA 3UKRB 4BDYA 4BG9A 2NRZA 3MXMA 4LF5K 3O4NA 4IG3A 4A2AA 2RF2A 1N34K 3DLHA 1BIUA 1BCMA 4Z4HA 1N6QA 1UAXA 4CF9A 1NGCA 4DFMA 3IG1A 4OKKA 3U3YA 3LWMA 2HF3A 5KRSA 2ZJQL 2JWKA 3SJHA 5E84A 2GWKA 1FKPA 4RTFD 5EU7A 4FLTA 3KJVA 1K8KB 2P5GA 1ASUA 4X62K 4JAXA 3L4QA 3FR0A 4IFEA 2B4JA 4QS7A 1A5WA 5BRDA 3R8EA 4FJHA 1VQ7N 4E0DA 2E2PA 3BF3A 1JLQA 5CE3A 1GOAA 2I7PA 4EFHA 3OYGA 1J6ZA 4E7LA 2QWMA 4DTPA 2YJFA 3MN5A 4GKJK 4B3RK 4CZKA 4CJTA 2O8FB 4FOIA 5FPEA 1RBTA 1EWQA 3A5NC 1Q81O 1ILYA 3OYHA 4KO0A 3OYMA 1NGEA 5M1FA 3LM2A 5KGWA 1T03A 3U6FA 3WNGA 4I6MA 3LP0A 2OANA 4GY2B 4KREA 4BC5A 5ADXH 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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