3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
4F3TA 1TK5A 3AVHA 4NYFA 1RBUA 3NDKA 4E7IA 4DTJA 3HSTB 2KFZA 1WSIA 2HHTA 1JLEA 1FKPA 4CGFA 1S6QA 1RILA 3K5OA 4N56A 3OYAA 5HLFA 1U47A 4B9MA 3V9XA 1NK7A 3THVA 3TAFA 3ZT1A 1QHTA 1RCHA 3ALYA 1ZBIA 1NOYA 3U3YA 1FXXA 3QINA 4DU4A 4FVMA 3VQ8A 4PA1A 1J54A 1KLNA 3KD5E 1EXQA 1RBTA 1IO2A 1JKHA 1BI4A 1YTAA 5C24A 4C8NA 4O5BA 4AHSA 4E0DA 3NF8A 2IS3A 3JYTA 3KIOA 4DTRA 2I5JA 1VSEA 2RKIA 2Z1JA 5J2QA 1EKEA 4GVMA 3OYJA 3K59A 1KCFA 3ZSRA 3K5NA 3AVCA 3OYHA 1G15A 2QXFA 3HVTA 1RT6A 4CK3A 3NF7A 1LAVA 3AA5X 3ZCMA 2RF2A 1O1WA 4FM2A 1J53A 1NOZA 4JS5A 4K8XA 4ELVA 1F21A 1S5JA 3KLEA 3V4IA 4J2BA 2HNDA 2HMIA 1UA0A 4M3ZA 4CESA 3QEIA 4O44A 3K58A 4CGJA 3MXIA 4DU3A 4CJEA 4FCYA 4KRFA 1WSFA 5FDLA 3ZSZA 1A5XA 2IAJA 3HT3A 3OYKA 3S3NA 3IG1A 3RRHA 1XHZA 3I0RA 4AHRA 4BDZA 3AO2A 1RBSA 4DSEA 3KLIA 1SKRA 4KHQA 3HP9A 5CYQA 3ZSOA 1ITGA 1YVUA 4QOZB 4FLTA 4FXDA 3LWLA 4MQ3A 4TSXA 1HYSA 3DLHA 2FBTA 4QCLA 4OGCA 2YKNA 4NCGA 4CE9A 1ZBUA 4B9LA 4EZ6A 2HHQA 3OYEA 1RT5A 2ITGA 4AILC 4KB1A 1D5AA 4XIUA 1BL3A 1S9GA 3LANA 5KTQA 4KTWA 3U6FA 3QNNA 2PYLA 4DLGA 1B9DA 4FJJA 4J2AA 2EX3A 3DRPA 3SI6A 2O4GA 3RMBA 4CK2A 3P5JA 3TAMA 3TAGA 4PWDA 3OJUA 4LH4A 4CGDA 1SL1A 3QESA 1TK8A 2KTQA 1RTJA 2BDPA 1VSIA 3RMDA 3OS2A 1EX4A 4ICLA 4DFKA 3SUQA 2B4JA 2E4LA 3C6TA 4CJFA 1EETA 1HNIA 4LSLA 4KHUA 4EP5A 3CM6A 1XI1A 1IKWA 1T05A 2ATQA 4FK4A 1XHXA 4AHCA 4LSNA 4QAGA 3AV9A 4CHZA 1S1TA 1TL1A 3MEGA 4CJ3A 1NK9A 1SL2A 5C42A 3TAQA 1JLQA 1S1WA 3AA3A 1JLBA 4CGHA 1TV6A 3OYLA 3RTVA 2HHUA 4I2PA 3SUOA 1WLJA 1C0UA 2YNHA 3CM5A 5KI6A 3OY9A 4KPYA 3JSMA 1SL0A 2DFFA 1JXEA 3PUFA 3ZSYA 4ID5A 3NHGA 3SQ4A 4FJ9A 4OPKA 1T7PA 2F96A 3KLHA 3DMJA 3K57A 3F73A 4NCBA 2LSNA 3CFRA 4GMJB 2HW3A 1IKXA 3IRXA 4IFYA 4DTXA 1DLOA 1NKEA 4F2RA 3QIOA 4OPJA 3AVNA 3LAKA 1HQUA 4CIGA 4FJHA 3M8RA 1LWEA 4W5OA 5JS2A 4DSLA 1D8YA 1TVRA 2AJQA 4UQGA 3LZJA 2PYJA 3SV3A 1NJWA 1DTQA 3RMCA 4J2EA 5K14A 4OLAA 1S6PA 5T7BA 4KO0A 4B9NA 4FJKA 3OJSA 1A5WA 4NYNA 4IBNA 3ZSXA 2NUBA 2Q3SA 2RPIA 3WNEA 1W0HA 4O55A 4RW4A 5FROA 4KV8A 5D3GA 4CGGA 3OYIA 1BI4B 4CEEA 3QIPA 4Y1DA 2DFEA 3TAEA 3RR7A 2X6SA 3TR8A 2B5JA 3I0SA 1QSYA 4CJTA 2PZSA 2IOCA 4KTZA 2OPQA 5FRNA 1WSEA 2VWJA 2OPSA 4DTNA 1CZ9A 2IDOA 1Q9YA 1HYVA 1RTDA 4DFMA 4E7KA 4DQSA 3NH2A 3QLHA 3WNGA 1Q8IA 4AHUA 4AHVA 1GOBA 1Q9XA 4N5SA 2F8TA 4HHTA 5HRNA 3PX0A 5JS1A 3VQCA 4EP4A 3V1QA 1U48A 4DTUA 3OYMA 1MU2A 1W9HA 3ULDA 1NJXA 1CXQA 3MEDA 5J2NA 4DQRA 4GW6A 3C95A 1HRHA 3ZSQA 3HVRA 4E7LA 1UAXA 2E6MA 3L3VA 1C6VA 1RTIA 3T19A 4ZHRA 3VA0A 4B08A 1X9MA 4M3RA 1C0TA 4Q0BA 1VRUA 1LW0A 3AA2A 3LP2A 2VG6A 5HRRA 2X6NA 1QQCA 2XY5A 1J5OA 2G8UA 4FJGA 4DWIA 3SUPA 3G0ZA 3QNOA 5DMRA 1UOCA 1IG9A 1KLMA 1L3UA 1TL3A 3DI6A 3TI0A 4Z4FA 4E7JA 3OYDA 1KVBA 1I39A 4OKEA 1J9AA 5KGXA 3SZ2A 4FJIA 4PY5A 1TGOA 1Z25A 3TWHA 4H4MA 4DS4A 4B9TA 3RWUA 4KKOA 4KHYA 4DQPA 4JLHA 1ZBLA 3ISNC 4CFCA 4CF0A 3SV4A 4NCAA 3DLKA 1RT2A 2RN2A 3LWMA 5I42A 4ZTFA 3HP6A 4BACA 3S9HA 2GV9A 3F9KA 3DLEA 1RT1A 4CEAA 4CERA 4BE1A 4KHNA 4CF1A 2D5RA 3AVIA 3CFPA 4YNQA 3SQ0A 4N47A 3LP1A 3VQAA 1CZBA 1KVCA 1C1CA 1X1PA 1N6QA 1WSHA 3QEVA 4FJMA 1IKVA 4OVLA 3OYNA 3NE6A 3T3FA 2Y1IA 3MEEA 3L3UA 2OZSA 3ITHA 3LZIA 4JRPA 3LALA 1RDAA 1WN7A 1NK8A 4CF8A 1ZBFA 3T1AA 3ZT3A 3RR8A 4DU1A 4H4OA 3SUNA 5I3UA 1SKWA 1RDCA 2HNZA 3NGYA 3LPTA 2HNYA 2Z1IA 4RW8A 4DTSA 2OPPA 4F2SA 4FLUA 1HJRA 2HHWA 2P5GA 4CECA 3LPUA 4RW7A 4FJ7A 3AVLA 2P51A 3ZSWA 3V9WA 1U04A 1VSKA 4BE0A 4FJLA 3HK2A 1KFDA 3PY8A 1NJYA 1S1XA 1VSJA 3P83D 3UIQA 1BGXT 4ZTJA 3ZSVA 1QE1A 4BWMA 4N41A 3HPHA 4E89A 3K5LA 1X9SA 1XC9A 3DYAA 1LWCA 4DSJA 2HHXA 4BWJA 2R7YA 5CZ2A 4CJ5A 3OYCA 4CJKA 1JLAA 3NGZA 4CJQA 3KTQA 1S1VA 4M41A 3O4NA 4E19A 5CYMA 2A1SA 5SWMA 4M3YA 3NFAA 3M8QA 3PO5A 1ZYQA 3C94A 3MXMA 2ZE2A 3A2FA 4CJVA 4B8AB 4KHWA 4C8OA 4CCHA 4F4KA 4CJLA 3CYMA 1KVAA 1D9DA 3TARA 4CJSA 1NKBA 1L3SA 4OGEA 3AVKA 4M42A 2YV0X 1RDDA 4BDYA 4CJUA 3OYBA 4G1QA 2BE2A 3DLBA 1CXUA 4Z4HA 4FK2A 2DFHA 3VQ5A 1REVA 4KFBA 1K6YA 4CHYA 2FBXA 4Q5VA 4HUGA 4E3SA 1JL2A 1NK0A 4AHTA 2G8KA 1BQMA 5CY4A 2DTUA 2W42A 1DTTA 2BGGA 4CFAA 1Z26A 1S9EA 2ETJA 3TAPA 1VSMA 3HYFA 3M8PA 3S3MA 4F3OA 1FKOA 2XY8A 2Z1HA 5SZTA 4CK1A 4B3OA 5FRMA 4IG0A 5CZ1A 3B6OA 2GBZA 2FBYA 3DLGA 3P1GA 1HMVA 3AVJA 4JS4A 2G8HA 4CIFA 4DQIA 4K8ZA 5EU7A 1L3TA 2WOMA 1BCOA 4FK0A 4FYDA 2P1JA 3NH0A 2HHVA 3LP3A 1HYZA 2B6AA 4J2DA 3KK1A 3IAYA 2VG7A 2OYQA 1WSJA 3HPGA 1BIZA 1RT7A 2D0BA 3OYFA 3VQQA 2QK9A 3OS1A 4M3UA 1CLQA 4FW2A 1ASWA 3KK2A 5J2MA 4FJ8A 4Z4GA 3CQ8A 2Z1GA 3V6DA 3SPYA 4KHSA 2YNIA 4FW1A 1ASUA 3HXMA 2XHBA 4OKKA 1TK0A 1GOAA 5DK5A 2P5OA 5J1EA 3V81A 3SQ2A 1B9FA 3L8BA 3PX4A 3VQPA 1VSDA 4I7FA 1C1AA 1RBVA 4W5RA 4ELUA 3QO9A 3PX6A 3LAMA 4FLWA 2XRIA 3AVGA 1NK5A 1QSLA 3HO1A 5KRTA 2A1RA 3AO4A 1Y97A 4C8MA 4O4GA 3SPZA 2ZQBA 3S3OA 3SYZA 4DF4A 5KGWA 3DRSA 3NGIA 2XY7A 4Z4CA 3SQ1A 1L3VA 4KTQA 1NKCA 1I3AA 1LW2A 4CEFA 4CJ4A 3SJJA 4M3WA 1R0AA 3VQDA 4HCBA 3NF9A 3D0PA 2X74A 4FJNA 3ZT2A 5E41A 4DTOA 3OYGA 4DTPA 5HRSA 3VN5A 4CEZA 3B6PA 4CF2A 1LAWA 4HVJA 4DMNA 4DSKA 2XY6A 3DOLA 1TAUA 3DM2A 2FBVA 4KAZA 4KREA 4IKFA 1SUQA 1JLCA 2FC0A 4H8KA 4HTUA 1JL1A 1TKTA 2Y1JA 2G8FA 4CEDA 4DF8A 1C0MA 4MFBA 4KI6A 4OLBA 1RNHA 2HVIA 4CFBA 2GUIA 4IDKA 4CJPA 5HROA 1EP4A 4I9QA 3NH1A 5HP1A 1JLGA 1N5YA 2BANA 3KD1E 3BGRA 4JRQA 4CEBA 3M8SA 1VSFA 3H08A 3FFIA 3KLFA 3BDPA 3D45A 3KKSA 3VQ4A 1FK9A 1QS4A 1RT3A 1TKZA 4IFVA 1IH7A 5C25A 3I8DA 4FJXA 3K2PA 2KFNA 3QEXA 3C6UA 4FLYA 4CGIA 4HUFA 4B9SA 3DLRA 2X78A 1WAFA 2YHBA 3V1RA 1IKYA 3MAQA 3AVFA 3NBPA 1BHLA 3V9ZA 3SNNA 1TKDA 3V9UA 3VQBA 3QETA 3AO3A 2IC3A 1VSHA 2VWKA 4FLXA 2PY5A 2KZZA 3LP0A 2QKKA 3RMAA 4B9UA 4AH9A 1U49A 1X9WA 1HNVA 1ASVA 2YKMA 3KKRA 3EZ5A 1SKSA 2YNGA 1C1BA 4LY7A 1L5UA 4L8RB 1YTUA 2HHSA 2YNFA 4CF9A 3TABA 3SCXA 1KTQA 3E01A 3EY1A 3NF6A 1RDBA 4RG8A 3DRRA 2XO7A 4HUEA 4PQUA 3HM9A 3L2QA 2YHAA 3VA3A 1NK4A 4FZXC 4Y1CA 1UWBA 4I9LA 1KFSA 4CHOA 3LDSA 1HPZA 1U4BA 3KLGA 1NK6A 3DOKA 3TANA 4CEOA 4E1MA 4CHQA 1S1UA 2KW4A 4BE2A 5KRSA 1BCMA 4DFJA 4W5NA 4ID1A 1KRPA 1XWLA 2OZMA 2G8WA 1T8EA 4ELTA 2HB5A 3VQ7A 2OPRA 1RTHA 3U3GA 3HL8A 3NAEA 4PUOA 1U45A 5J2PA 1WAJA 2DY4A 2OA8A 4F8RA 1A5VA 4IG3A 1SV5A 4KB0A 3CFOA 2ZD1A 3L2VA 4C8KA 1HQEA 4DLEA 2G8IA 3QEWA 1YT3A 3L2RA 2D0CA 3MECA 4B8CA 3ZT0A 3VQ9A 4EZ9A 4I2QA 4CEQA 2O4IA 3AO5A 3ZT4A 1WNSA 4FZZA 4OKJA 4LD0A 3VQEA 3HPOA 3PO4A 3RRGA 1RT4A 3L2UA 1ZBHA 4CHNA 3NCIA 4R5PA 3EYZA 4M3TA 4CJWA 4OJRA 1BISA 1TKXA 2JLEA 3KJVA 4Z0UA 5HBMA 1JLFA 1NJZA 3AVMA 4FLZA 1LWFA 3OVNA 4DG1A 3L2WA 4DFPA 1QSSA 1D9FA 2F8SA 1RBRA 1VRTA 4LH5A 2E6LA 4M3XA 4N76A 1QTMA 2WONA 1B92A 3K5MA 3HJFA 3MXJA 4DQQA 3O4QA 2IGIA 3O3GA 1UA1A 3AA4A 4FM0A 4KI4A 4CJRA 3KK3A 4DSIA 1JXBA 4DTMA 3V9SA 4WE1A 4W5QA 4W5TA 3G10A 3QEPA 2KQ2A 1GOCA 1TAQA 3VQ6A 1KSPA 1BQNA 3ASMA 4Z4EA 2EHGA 3WNHA 1T03A 2KZMA 1VK0A 4O0JA 3PV8A 3AVBA 2JGUA 4O0IA 4HCCA 4B9VA 3AVAA 4M45A 4Z4IA 4CFDA 4RW6A 3O3HA 2VG5A 3CG7A 4E1NA 3IS9A 4DSFA 2D0AA 1WSGA 4FLVA 4DS5A 1VSLA 4CHPA 3O3FA 4YFUA 3OS0A 3WNFA 3V1OA 3QERA 2G8VA 4BDPA 4FM1A 4E7HA 4CIEA 1LV5A 4C8LA 4FJ5A 5HRPA 2HVHA 3AO1A 4FZYA 1BIUA 4RW9A 2QKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCPA 1QQMA 3M5RA 1U2VA 1TK5A 3AVHA 4NYFA 3H1VX 2KFZA 5E26A 1FKPA 4BGBA 4N56A 1RILA 3K5OA 1U47A 3IDHA 4AQYK 1VQMN 3TAFA 1RCHA 1ZBIA 1NOYA 2JWLA 3VQ8A 5AQPA 1BWFO 3KD5E 1JKHA 1EWRA 1YTAA 5C24A 4U67L 4BQZA 2ASPA 3JYTA 3TTFA 2A6AA 4KH4A 3A0IX 3ZSRA 3J7AP 4IEIA 3CMAN 3OYHA 4XEIA 2QWPA 2P9UA 2QEXN 4RCHA 1ATNA 1YHQN 4K8XA 4RWTA 1F21A 3O9SA 5FPMA 1WOQA 1WSFA 3IG1A 2D0PA 3I0RA 4KHQA 4F9OA 4DSEA 5CYQA 4QS8A 2H3GX 4FLTA 4FXDA 1OH5A 4MQ3A 5AQLA 2FBTA 1U6ZA 4CE9A 4B9LA 1YJNN 3OYEA 3IUCA 4KB1A 4XIUA 3R1XA 1S9GA 3LANA 4NXNK 4FJJA 3AY9A 1WUAA 5AZIB 3VERA 2O4GA 3AAQA 4YOVA 2E88A 4CK2A 3CCLN 3TAGA 3R9PA 2YJEA 4H5WA 1TK8A 1BDGA 2Q0RA 4LF5K 1BU6O 4ICLA 5B8HA 4FO0A 3J80O 2E4LA 1VQKN 3C65A 1XHXA 4AHCA 3Q7BA 3AV9A 2UYTA 1S1TA 2E2PA 4CHZA 4IJAA 2OANA 3CETA 3OYLA 1KQSM 3G71N 3CCMN 1WLJA 5KI6A 3D2FB 4DV7K 3WXIA 4B1XB 4JKAA 4FJ9A 4ID5A 2E2QA 3K9KA 4OPKA 1Q86O 2F96A 3O08A 3HOSA 4NCBA 2LSNA 3CFRA 4GMJB 2HW3A 3AGKA 4DTXA 3QIOA 1QZ5A 3OW2M 3J7YP 4FJHA 2OCEA 4W5OA 2HBLA 2J4RA 2AJQA 4UQGA 3E9LA 4OLAA 3O9RA 1S6PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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