3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
2YNGA 2IAJA 3VQBA 4CFBA 1J9AA 4YFUA 3O3HA 2G8UA 2YHBA 3G0ZA 4Q0BA 2WONA 3SUPA 1S6QA 2HHXA 4FZXC 3AA2A 2OPRA 3K5NA 4NCBA 1ZYQA 2G8HA 3NGYA 3PV8A 4FLVA 4CHYA 3SV3A 1HNIA 3K5OA 3P5JA 4B9UA 4HUEA 1NKEA 3AV9A 4CEFA 1RDDA 3ZCMA 1NK9A 5EU7A 1XHZA 1N6QA 1SL2A 5CZ1A 4DFKA 4RW8A 2Y1IA 3TAEA 3SUQA 1I3AA 1NJXA 2G8KA 2HHTA 3V9WA 2E4LA 4ELUA 1A5XA 4KHYA 2YNIA 4DTOA 3HJFA 4DF4A 4NYFA 4B9TA 4QOZB 3NGIA 1Q9XA 3LP2A 3QERA 2VG5A 1HMVA 4DSKA 1JL2A 3AVKA 4J2DA 2FBXA 4ID1A 3AA5X 1GOAA 4BWMA 5C42A 3QEWA 4CERA 1VSEA 3V81A 3DLBA 3ZSVA 2A1RA 4C8LA 4C8NA 1LV5A 4DF8A 1XC9A 5J1EA 1QE1A 1O1WA 3V9XA 1VSDA 4CF2A 3RRHA 1U48A 1JKHA 3AVNA 4C8MA 2PYJA 1TK0A 3RR8A 4O4GA 3QLHA 1Q9YA 2YHAA 4ID5A 3CG7A 3VQPA 3AVLA 2BANA 3PUFA 4CJLA 4CJEA 4CJQA 4OJRA 3CQ8A 2GV9A 4CK2A 4DFPA 1NK7A 4M3ZA 1VSFA 2PZSA 1IKWA 2VG6A 1A5VA 1RTJA 3U3YA 1HYSA 1J53A 2DY4A 1DTQA 1X1PA 4CECA 2XY8A 4QCLA 2OYQA 2P1JA 5I42A 3ALYA 4ELVA 1KFSA 1TKTA 3K2PA 3LPTA 4W5QA 3OYMA 3KD1E 1C0UA 4FZYA 2OPSA 4FZZA 1SL1A 3L8BA 1K6YA 4CF8A 4W5TA 1W9HA 3AVMA 4HUGA 4FJ8A 3VQ4A 4W5OA 4EZ6A 5KRSA 2DFEA 1JLBA 1LWEA 1TL3A 2G8FA 3SYZA 2G8VA 4CHPA 4EZ9A 4K8ZA 4KHQA 4FK4A 4KRFA 4FLXA 2GUIA 1HPZA 3CFOA 5FDLA 4CJWA 2D0CA 4O5BA 4CF9A 4DG1A 3OYBA 4DTMA 4DWIA 2RPIA 4CK3A 1UA0A 3KD5E 3T1AA 3TAPA 3OYKA 1LAWA 4FJXA 4I9LA 3LALA 2IDOA 2ITGA 3QINA 3ZT1A 4ZHRA 1EX4A 4M3WA 4GVMA 3HP6A 1U4BA 4AHTA 4IG0A 2FBYA 1S1VA 2X6NA 4CIEA 4BWJA 1L5UA 4B8AB 1IH7A 1HYVA 1JXBA 3OYLA 1D9FA 4KTQA 3HXMA 3AA4A 4CFDA 3PO4A 4FJ9A 5HRSA 3VQAA 4CHOA 3S3MA 4DQPA 4LH4A 3NFAA 1RBVA 1FXXA 3NDKA 4OKJA 3RMCA 4DS4A 1ZBIA 4N56A 1C0MA 1LAVA 3CM6A 1KTQA 5HBMA 1NJYA 1R0AA 4FJJA 3B6OA 3RMAA 2G8IA 4CF1A 3SQ1A 4E1NA 4M45A 3ZT3A 2ETJA 1NJWA 4FM1A 4DSFA 1S1UA 3OVNA 3SV4A 3KLEA 1RT6A 3L3VA 4CJPA 3SI6A 1A5WA 3DOKA 2HW3A 1KVBA 4FLYA 4CK1A 3UIQA 4FK2A 3QEXA 1WSEA 1KSPA 3K57A 2IOCA 3LAMA 4EP5A 4PQUA 4F3TA 1Y97A 4CJUA 1J5OA 4OLAA 1WN7A 4DFMA 2EX3A 3TANA 1NK8A 3NH0A 2OZSA 1C0TA 1WSGA 4DU3A 3DRPA 5J2NA 1JL1A 3SZ2A 2XY6A 4FJKA 4E89A 2D0AA 1C1CA 3KLIA 4FJGA 4KHNA 4KI4A 4BE0A 2HHSA 3DM2A 5HP1A 4E7KA 4CJRA 1L3VA 3M8QA 2HNYA 4RW6A 5FRNA 4JLHA 4W5RA 4H4OA 3LZJA 2G8WA 3ZSWA 3IG1A 1UOCA 4CJSA 1GOBA 3KK1A 4M41A 2RF2A 4DTPA 3U6FA 3HPGA 3DOLA 1WSJA 1XWLA 2QXFA 2HB5A 3V9SA 1NK5A 4J2BA 3VA3A 4CHZA 4CHQA 5CY4A 5FROA 1U45A 4DSEA 4OVLA 3MAQA 3CFRA 4CJ3A 1VSIA 3SPYA 1VSLA 4CHNA 4C8KA 5FRMA 4HUFA 2HVHA 1CZ9A 3LAKA 3OYDA 4LSNA 1BL3A 4GMJB 5KGWA 3T3FA 4FVMA 4E19A 4M3TA 3HVRA 4Z4IA 3DYAA 3QETA 4KTWA 1RTIA 1TK5A 1D5AA 4Z4EA 2X78A 4CJFA 4JRPA 1VSKA 2XRIA 3WNHA 3NF8A 4FJIA 2HHQA 4KFBA 1ZBUA 3OYNA 4DS5A 3MXJA 3RMDA 3QESA 3LDSA 1UWBA 4I2PA 4EP4A 1IKYA 1T7PA 1EP4A 3HO1A 3P83D 4E7LA 2KW4A 4DMNA 1ZBHA 5I3UA 4CIFA 3F73A 3WNFA 4G1QA 1G15A 1TVRA 3TAGA 2O4IA 4JRQA 3M8SA 1BQMA 1S1TA 4WE1A 3LZIA 1KFDA 1B92A 1RBRA 3CYMA 5CYQA 4CGJA 1WNSA 1SKRA 4OGEA 1SKWA 3WNGA 1QSSA 3HM9A 2F8TA 3QEVA 1RTDA 1U04A 5CZ2A 1S9EA 3HPOA 3MEGA 4O55A 1KVCA 2KFZA 3PX6A 3ZSYA 1RT2A 4DQRA 4AH9A 2E6MA 4AHUA 3KK3A 3V1QA 4DTSA 2OA8A 2PYLA 2KFNA 1RBSA 2F96A 4I7FA 3DRRA 4R5PA 4N5SA 3NF6A 3L2WA 3EY1A 2HHVA 2ZQBA 4KKOA 4HTUA 4DSJA 1WAJA 1RBTA 5SZTA 4I9QA 3ULDA 3QIOA 4TSXA 3OS1A 3V4IA 4CEEA 5DMRA 1NOZA 2AJQA 4LD0A 2F8SA 4OPKA 2P5GA 5T7BA 2FC0A 1TGOA 3VA0A 1S6PA 1FKOA 3HYFA 3QEIA 4DTXA 4OKEA 3MXMA 4E1MA 4IFVA 4CGFA 2KQ2A 2A1SA 1RDCA 3VQCA 4CJVA 4FLTA 4E7JA 1IG9A 1WSHA 1D9DA 4C8OA 4KHSA 2Z1IA 4W5NA 3TARA 3AO2A 1ITGA 1B9DA 3D0PA 2VWJA 1EETA 3M8PA 4AHSA 1HRHA 3V1RA 4AHVA 4DLGA 3EYZA 3G10A 3JYTA 3K5MA 4CEAA 1L3SA 1BI4A 4ELTA 5HROA 3VQ9A 5C25A 3L2QA 3QNOA 3ZSZA 2RN2A 3V1OA 4J2AA 4FK0A 4JS4A 4CJ5A 4KB1A 4DSIA 1BISA 1XHXA 2OPQA 3MECA 1Z25A 3NBPA 2DFHA 4ZTJA 2PY5A 2P5OA 2D5RA 5HRRA 4KV8A 4O0IA 3L2UA 1QQCA 1CXQA 4FJNA 3BGRA 4NCAA 3ASMA 4IG3A 1W0HA 3NHGA 3AO1A 3HSTB 2IGIA 1RBUA 1J54A 4HCCA 1TL1A 1BQNA 4CJ4A 3I0SA 1NK6A 4N47A 4E0DA 2VWKA 3I0RA 3ZT2A 3O3FA 5HLFA 4FJ5A 2BGGA 2YV0X 2DTUA 3F9KA 4B08A 1YVUA 3SUNA 4FJMA 4M42A 1C1BA 4DTUA 4LSLA 1RT1A 1KLNA 2VG7A 3DLRA 2NUBA 4CGIA 1CZBA 1S9GA 4KHUA 2Z1JA 1EKEA 3M8RA 2IC3A 4DQIA 3HL8A 2Z1GA 2Q3SA 1RT3A 2YKMA 3TAQA 4H8KA 4FYDA 1LWCA 1NJZA 3TWHA 1ASWA 1MU2A 1RDAA 2EHGA 3MEEA 4JS5A 3V9ZA 4AILC 2JLEA 4ICLA 4BE2A 4KHWA 4B9VA 3O4QA 4PA1A 4QAGA 3DMJA 4OPJA 3NE6A 4DTRA 4M3XA 4NCGA 1HQUA 4M3UA 3NAEA 1RCHA 1T03A 1TKDA 4BE1A 4HVJA 4Z4GA 4DTNA 5HRPA 4B9LA 4AHCA 4BACA 1HQEA 5DK5A 5J2QA 1RTHA 4CFCA 3VQ7A 5HRNA 4FM0A 3ISNC 1SL0A 3OJSA 4PY5A 3D45A 3MXIA 4CIGA 1BIUA 4CFAA 4NYNA 4Q5VA 3OYCA 1T8EA 2XO7A 3BDPA 4LY7A 4B8CA 3B6PA 4DU1A 3DLHA 3QNNA 1YTUA 4B9MA 2HHWA 3EZ5A 1REVA 4ZTFA 4FJ7A 1HJRA 1CXUA 1JLFA 3HK2A 3NF7A 3DI6A 5J2PA 1IKVA 4I2QA 1X9WA 2B6AA 4IDKA 1C6VA 3LP0A 3PO5A 4CCHA 4Y1CA 3OYAA 4FLUA 1WAFA 1C1AA 4CJKA 3TAMA 2YKNA 2RKIA 3OYHA 1ZBFA 4Z0UA 1TK8A 3E01A 2JGUA 3CM5A 3AO5A 5KTQA 3LP1A 3VQQA 3OYJA 3S9HA 3KLGA 3ZT0A 4AHRA 3HT3A 2Y1JA 2HHUA 3C6UA 1VSMA 1UA1A 1WSFA 1L3TA 1BHLA 3SUOA 1QSYA 5JS1A 3TAFA 2X74A 1TAQA 2HNDA 2ZD1A 4CEDA 1KVAA 3H08A 3OY9A 4OKKA 4DQQA 2QK9A 1VSHA 2E6LA 2HNZA 3NF9A 4RW9A 4F8RA 4CJTA 3OYFA 4M3YA 1SUQA 1I39A 2KZMA 2KTQA 1DLOA 2FBTA 4RG8A 1N5YA 3AVGA 4UQGA 1JLEA 4GW6A 4FLWA 1BGXT 4E3SA 2YNFA 3DRSA 2KZZA 4CGGA 1YTAA 1IO2A 4KO0A 2P51A 4DFJA 3V6DA 3V9UA 3SQ0A 4KAZA 1B9FA 3OYEA 3AVBA 3T19A 1HYZA 3C6TA 5JS2A 3KLHA 1JLCA 3KKRA 4CF0A 3RR7A 1KLMA 4CGHA 3CFPA 3AVAA 1Q8IA 3FFIA 5J2MA 4FJLA 2ZE2A 4IKFA 3KLFA 3RMBA 2WOMA 3ZT4A 4CESA 4DLEA 4O0JA 4RW4A 1S1WA 4MQ3A 4CEQA 4B9SA 4FJHA 4FCYA 3QEPA 4KREA 2O4GA 3VQEA 3O3GA 4H4MA 3DLGA 3PX4A 3IAYA 3VQ6A 2B4JA 3DLEA 1KCFA 4K8XA 1HNVA 1F21A 1TV6A 3C94A 1QSLA 4F2RA 3OS0A 2Z1HA 3O4NA 3SQ4A 3PY8A 4E7IA 1T05A 4F4KA 3MEDA 3C95A 1TKZA 4Y1DA 2I5JA 4CEOA 3LWLA 2X6SA 3SJJA 4Z4HA 2XY5A 1U47A 4DSLA 1X9MA 2QKBA 4N76A 3S3NA 1NKCA 1Z26A 4BDPA 4F3OA 4DTJA 3S3OA 1SKSA 2QKKA 1ZBLA 1CLQA 4FW2A 4Z4FA 1RDBA 1WLJA 1ASVA 3IS9A 4FM2A 1QTMA 3AO3A 2OZMA 3TI0A 4IFYA 1TAUA 1X9SA 3VQDA 3KKSA 3OJUA 2YNHA 3AA3A 3LANA 2DFFA 4HCBA 1DTTA 4F2SA 2IS3A 3IRXA 3LPUA 4HHTA 3L3UA 2BE2A 1BI4B 4BDYA 4KB0A 2B5JA 1EXQA 3NH2A 3JSMA 1TKXA 4PUOA 1VRUA 3HVTA 4CEBA 3AVCA 3L2VA 2GBZA 3ZSRA 2HMIA 5D3GA 4O44A 2OPPA 3QO9A 1S5JA 1NKBA 4N41A 1JXEA 1FK9A 1U49A 3AVIA 3VQ5A 1GOCA 1RILA 3ZSOA 4J2EA 1BCMA 1FKPA 1UAXA 1LW0A 3VN5A 4YNQA 1LW2A 4MFBA 1QS4A 1QHTA 1XI1A 2BDPA 1ASUA 4M3RA 2LSNA 3ZSQA 4FLZA 3VQ8A 1S1XA 2ATQA 1D8YA 2W42A 3SPZA 3K59A 3RTVA 3I8DA 3ZSXA 4Z4CA 4KTZA 3DLKA 4KPYA 4FXDA 3WNEA 3A2FA 1KRPA 3HPHA 4CE9A 3KJVA 1NK4A 1YT3A 1NK0A 1BCOA 3KK2A 5SWMA 4IBNA 4FW1A 4OGCA 3SQ2A 1JLQA 5C24A 3AVJA 1VK0A 2R7YA 1RNHA 1SV5A 1JLAA 3KIOA 3OYIA 4E7HA 4CGDA 3SNNA 1WSIA 3SCXA 3NCIA 3KTQA 2XY7A 5KRTA 3TR8A 3U3GA 4KI6A 2FBVA 1IKXA 3P1GA 3HP9A 5CYMA 4XIUA 1L3UA 1BIZA 1VSJA 1LWFA 4RW7A 3PX0A 3ITHA 4DU4A 3RRGA 3NH1A 1VRTA 3THVA 3RWUA 3OYGA 3AVFA 3TABA 1RT5A 2D0BA 3AO4A 5E41A 3LWMA 3AVHA 2XHBA 1JLGA 5KI6A 4PWDA 3NGZA 1NOYA 1RT7A 3QIPA 4B3OA 2HVIA 1RT4A 3K5LA 4DQSA 3OS2A 4B9NA 4LH5A 3LP3A 4BDZA 4CEZA 5KGXA 4OLBA 3L2RA 4L8RB 5K14A 3K58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 2YNGA 3OBYA 1EO1A 3E9LA 3VQBA 2NRWA 3OBWA 2G8UA 4DB3A 2QWMA 4H03B 3SUPA 4FZXC 2UXBK 3CQXA 4NCBA 2WC9A 5AQUA 3P5JA 4B9UA 4HUEA 1NLVA 3ZCMA 4XEIA 3UE5A 5CZ1A 4DFKA 2P9UA 4ELUA 2V7YA 4M7YA 3CMAN 4BG8A 3FGUA 1Q9XA 3QERA 2P9KB 4ID1A 3HOSA 5BN9A 2A1RA 4BQLA 4C8LA 1XC9A 2QWLA 2NZTA 4WFBL 1O1WA 3V9XA 4CF2A 3RRHA 1WB9A 2PYJA 4C8MA 5AQXA 3QLHA 3AVLA 4CJQA 1S3XA 3CQ8A 2GV9A 1NK7A 1NJIO 2HF3A 1HYSA 1A5VA 3U3YA 1J53A 1T3VA 3WT0A 4MO4A 4QCLA 2O8DB 4CZEA 3ALYA 1DKGD 4FZZA 3L8BA 4CF8A 3CF5L 4K42A 1K8KB 3T69A 5BPLA 5KRSA 1TL3A 2G8FA 3SYZA 4EZ9A 4FK4A 4O5BA 3OYBA 2OCEA 4DR7K 3IMXA 3T1AA 3VF2A 1LAWA 3OYKA 4DCHA 2IDOA 5CR4A 4AHTA 4IG0A 1S1VA 4O8KA 1L5UA 4HTLA 1IH7A 3PIPL 1D9FA 1BU6O 5C12A 3O9SA 3WEEB 4DQPA 3NDKA 4DR5K 1DEJA 4N56A 3MN9A 4B1UB 4IJNA 1NJYA 1R0AA 2G8IA 1U6ZA 3DLLL 1YHQN 2ETJA 1NJWA 4FM1A 4DSFA 1S1UA 1RT6A 3DOKA 4FLYA 4FK2A 4DUZK 1YI2N 4PQUA 2EWSA 4EP5A 4F3TA 1Y97A 3OA9A 1VQLN 4OLAA 3CCSN 1NK8A 3NH0A 1C0TA 3DRPA 4CZIA 1YIJN 4E89A 2D0AA 1C1CA 4FJGA 4BE0A 2Q2RA 1YXQA 3VENA 2HNYA 5FRNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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