3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Bovine immunodeficiency virus
molecule tags Dna binding protein
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
2YKMA 3TANA 4NCAA 2XY6A 4EZ6A 4B9TA 4AHUA 3TAQA 1JKHA 4KI4A 3KKSA 4K8ZA 1D5AA 2GV9A 5KI6A 5HLFA 4J2AA 1EKEA 2DTUA 4I7FA 1SKSA 4E7KA 1RT6A 4CHYA 1JLGA 1BL3A 1O1WA 1TAUA 1QS4A 4DS5A 3B6OA 1TL1A 4CK3A 4DQIA 4MFBA 3QEWA 4OLAA 4DQPA 1WSIA 3NBPA 4LY7A 3ZT1A 4CJUA 4KHSA 4JLHA 3KK3A 1Q9YA 4FW1A 1FKPA 1J53A 2XRIA 4IFYA 4JRPA 4E3SA 5HRRA 1ZBFA 4GVMA 4DQQA 4ELUA 4CHQA 4FJMA 2AJQA 4Z4IA 3DOKA 4RW9A 3VQEA 1C1CA 3PO5A 4B9MA 2HNZA 2D0CA 1RCHA 4IBNA 4M3WA 1QQCA 3CG7A 3RR7A 1IO2A 3G10A 4Z4GA 4DTNA 4MQ3A 5CZ2A 3DYAA 2X6SA 4DFKA 3QNNA 4BWJA 4BDYA 3C95A 3S3MA 3PY8A 3AO1A 3OYLA 2PYJA 1C0TA 3AA5X 3KIOA 1HPZA 3AVGA 4IG0A 3CFOA 4DTMA 3T3FA 2XO7A 1JXBA 5FRNA 2B5JA 4PA1A 4CJLA 3D45A 3V9SA 2VWJA 1RBRA 3HP9A 3ZSOA 2VG7A 1T05A 1WSEA 4EP4A 3ULDA 2Z1HA 1ASVA 2EHGA 4F4KA 4E7JA 1GOAA 3AO5A 2OZMA 3O3GA 4CEDA 2BANA 4GMJB 5I3UA 1RT4A 2WONA 3QETA 4CJVA 2Z1GA 1IKWA 1I3AA 1R0AA 4O44A 4B9VA 2OZSA 4M45A 3MXIA 3KD1E 5FROA 4DS4A 3ALYA 2I5JA 3RR8A 4CF2A 4KHQA 4KHUA 3DLEA 2Y1JA 1RT2A 4DTSA 4FLWA 4Z4FA 3LAMA 1TK5A 4FYDA 2HHQA 1DLOA 4CESA 3LPUA 1QSYA 2G8WA 3VN5A 1HRHA 2A1RA 3EZ5A 4BE0A 2E6LA 4JS4A 1BQNA 1SL0A 4Z0UA 3VQCA 1U48A 1KSPA 3DLHA 5J2QA 3DI6A 2P5GA 3KLEA 1VSMA 3AVNA 1HYZA 1VSHA 3AVFA 3LP1A 1IKVA 4ID5A 4LD0A 2FBVA 1A5WA 2YHBA 3ZSVA 3LPTA 4CE9A 3LWLA 4E7IA 4CJ4A 4JS5A 4CEEA 3SUOA 3IG1A 1TAQA 2DFEA 3ITHA 2Q3SA 3NF6A 4I2PA 4CEOA 3L8BA 1HMVA 1NK0A 3RMDA 4KHYA 3AVBA 5CZ1A 3LP2A 4CEAA 1B9DA 1NKBA 1L5UA 4DMNA 1DTQA 4FZXC 4FJLA 3V9WA 2HHWA 3OYKA 1JLEA 2D0BA 4DSFA 1L3TA 3K2PA 2FBYA 1Y97A 3OJUA 3CYMA 3VQ6A 1TK0A 4AILC 4BDPA 4CEZA 4KI6A 5JS1A 3LZJA 1NJWA 3KTQA 3KKRA 4FJNA 4CJWA 2W42A 3PUFA 3SQ0A 4HVJA 3SJJA 3ZT0A 4CFCA 1X9MA 1S1UA 3V1QA 3OS0A 3T1AA 1VSDA 3M8RA 3THVA 3OYMA 4KTQA 3MECA 3OYAA 3S3OA 5I42A 4DLGA 2KFNA 3V9ZA 3WNHA 3ZSXA 2XY8A 1C1BA 1RBTA 2YKNA 4AHSA 2X78A 5E41A 3RMCA 4RW8A 2P1JA 3AA4A 3CM6A 3SV3A 3SNNA 4E0DA 4NYFA 4YFUA 3QERA 1D9FA 3TAFA 2XY7A 4CJQA 1IH7A 4OKJA 1RBVA 3V4IA 2JLEA 3ZSWA 1XHXA 4FLZA 1TL3A 3OS1A 1S1WA 2HNDA 3ZCMA 4NCGA 4FLUA 4O4GA 1YTUA 1U4BA 2YNGA 3VA0A 2G8HA 4IDKA 4PQUA 4C8KA 1CLQA 2RN2A 4CJEA 3NCIA 3HO1A 1RILA 4CK2A 3QEXA 1RBUA 1B9FA 4CGFA 2XY5A 1RBSA 3T19A 4F2RA 4PY5A 1BIUA 3AA2A 3U3YA 2HB5A 4M42A 1RDBA 1ZYQA 3ZT3A 3K5NA 1WAFA 1KVBA 3VQDA 4Q5VA 1ZBHA 4KTWA 1C0UA 1S5JA 4CGIA 4DFMA 5J2PA 1U45A 3HPHA 3OVNA 2ETJA 4UQGA 1KVCA 4CHOA 2P5OA 3HYFA 3AVHA 1IG9A 4FK2A 4M3UA 4CGDA 3KD5E 2HHXA 3AA3A 5T7BA 4CGJA 4YNQA 4O0IA 4W5OA 3ZT2A 3NAEA 4HTUA 3AVMA 3SQ2A 3NF8A 3ZSQA 1U49A 3OJSA 3S9HA 1RT1A 4E7HA 1NK5A 3DOLA 4CERA 1TV6A 2IC3A 3SPYA 1KFSA 4FJIA 4FJ5A 4B3OA 1RT3A 4FCYA 1NKEA 4DLEA 4AHVA 1RTHA 3TI0A 4RW7A 3RTVA 1WN7A 4F2SA 1VSEA 1BQMA 4FK0A 1JL2A 3HM9A 3VQQA 4OJRA 2YV0X 3O4QA 4AHCA 3DLBA 1REVA 1B92A 3K5LA 2X6NA 5J2NA 3PX4A 4PUOA 2ITGA 1QHTA 1YTAA 4FJJA 4KTZA 3HT3A 4KB1A 1VK0A 1ZBIA 4FXDA 1BHLA 3AVLA 3LZIA 2RF2A 4EZ9A 3V1RA 3P83D 3VQ7A 3V6DA 5KGXA 1S1TA 1NK8A 3QESA 3V1OA 2G8VA 3QLHA 2RKIA 4LH4A 4BE2A 1FKOA 4G1QA 2HVHA 3HXMA 4C8MA 3DLGA 1CXQA 5FRMA 3ASMA 2KZMA 4ELTA 4Y1CA 2PY5A 4DSKA 4CF9A 4JRQA 4NCBA 1RT5A 2XHBA 4B9SA 4F8RA 1TKXA 4M3TA 1XC9A 3WNGA 3BGRA 1BGXT 5DK5A 3L2WA 1FK9A 1KVAA 3ZT4A 4W5TA 3RWUA 3QIPA 4CIFA 1FXXA 1S6PA 3E01A 4CEQA 5CY4A 3VA3A 4DU1A 4J2BA 4ZTFA 2PZSA 1CZ9A 4LSLA 4KV8A 5CYMA 4FK4A 1Q8IA 3EY1A 4OGEA 5DMRA 3QNOA 4H4MA 4DF4A 4BACA 3HVTA 1SUQA 1X9WA 3I8DA 1A5VA 3OYGA 3OS2A 3OYBA 1JXEA 4FM0A 3OYHA 3HPOA 3V9UA 4CJPA 4BDZA 4CCHA 2G8IA 2F8SA 2YNHA 1IKYA 3KJVA 4L8RB 4M3YA 4Y1DA 4Z4EA 3B6PA 4B8AB 4CF1A 3AO4A 2G8FA 4CJTA 2IGIA 4BE1A 3A2FA 4N41A 3L2RA 3QIOA 2ZQBA 3V9XA 1LWFA 3FFIA 1RTIA 1EXQA 3EYZA 3LWMA 3MEDA 2ZD1A 3NDKA 4FLVA 1X9SA 3CQ8A 1HJRA 3VQAA 3SZ2A 1QSLA 5JS2A 3LAKA 1RTDA 3SYZA 1S1VA 4WE1A 1RT7A 5HROA 3OYCA 1W0HA 3C6TA 2HW3A 4DTUA 1HQUA 5CYQA 4C8LA 3HP6A 4QCLA 3KLGA 1BISA 1WSFA 3CM5A 3IRXA 5FDLA 5SZTA 4F3OA 1NK7A 1L3VA 4ELVA 3SUNA 5K14A 4FJ8A 5C24A 4CIGA 3KK2A 3NGYA 1KFDA 1CXUA 3CFPA 4DFPA 3PX0A 3VQBA 2KQ2A 1WAJA 3CFRA 4ZHRA 2OPPA 3SCXA 4CGHA 4HUFA 3IAYA 1KRPA 4OLBA 3LP3A 2IDOA 4O0JA 3LANA 3M8SA 2Z1IA 5D3GA 4KFBA 4KREA 3HJFA 4ID1A 4B08A 3ZSZA 3L2UA 4DTXA 4DFJA 3VQ4A 1F21A 4DSLA 3DLRA 2VG5A 4IG3A 4TSXA 3OYJA 3K59A 3I0RA 3RMAA 4ZTJA 2D0AA 4FJ7A 1TKTA 4QAGA 1C1AA 1KLNA 4CHNA 4RW4A 4Z4CA 1UAXA 1WSJA 3WNEA 4CJ5A 5KRTA 3TWHA 2G8KA 4N56A 1HNIA 4CFAA 3C94A 4J2EA 5HRPA 5HRNA 3OYNA 1LWCA 1S9GA 3PV8A 4FW2A 1VRTA 4EP5A 3SQ1A 3TAMA 4CJ3A 2KFZA 3V81A 1KTQA 4CF0A 4M3ZA 1J5OA 1TKDA 2QXFA 5EU7A 1VRUA 1VSJA 2QK9A 3ZSRA 2FBXA 3KK1A 1YT3A 2PYLA 2VWKA 3KLHA 3AV9A 2RPIA 3DRRA 1HYSA 1W9HA 2FC0A 4DU3A 1NJYA 4H8KA 1BCOA 4O5BA 1LW2A 3MEGA 1JLAA 1Q9XA 4CECA 2DY4A 2YNIA 4E19A 1UA1A 1JLQA 2D5RA 3SUQA 1LAWA 2OA8A 3DLKA 4NYNA 1BI4A 2DFFA 1S1XA 1KCFA 4XIUA 3IS9A 3ISNC 4RW6A 3TARA 3VQ9A 4Z4HA 3TAPA 4FLYA 5HP1A 1NOYA 2P51A 1X1PA 1SL1A 3HK2A 4E89A 1NK4A 1U04A 3L3VA 1N6QA 1JLCA 4KAZA 4KPYA 1D8YA 2HHUA 3NGZA 1L3SA 1L3UA 4C8OA 1RDCA 2JGUA 1NJZA 4CEFA 4I2QA 5KGWA 1WNSA 3NHGA 2QKKA 2OYQA 1QSSA 3AVCA 2BGGA 2IAJA 3TAGA 2O4IA 4ICLA 4KRFA 1XWLA 3WNFA 4CF8A 2HVIA 3NF7A 3TR8A 3OYIA 3HL8A 3LDSA 4HCBA 3LP0A 3SPZA 3OYEA 4DF8A 1TKZA 2WOMA 1J9AA 1ASWA 4CFBA 4AHRA 4CGGA 3NE6A 4R5PA 4OPJA 4C8NA 1J54A 3NFAA 2GUIA 3NH0A 3AVIA 2BE2A 1RNHA 4K8XA 4OPKA 3NGIA 2KW4A 3NH1A 4DTJA 4DG1A 4DTRA 2KZZA 4HUEA 4HHTA 1GOCA 1LW0A 2OPQA 5C42A 3SV4A 3NH2A 1S6QA 3NF9A 3OYDA 2Z1JA 3U6FA 3HSTB 1ZBUA 2E4LA 3MEEA 1RDDA 5C25A 4FJHA 1YVUA 4N5SA 3TAEA 2QKBA 3SUPA 2ATQA 3G0ZA 2R7YA 1WLJA 4M3RA 4N47A 2YNFA 3OYFA 3MAQA 4LH5A 4GW6A 4M41A 1RTJA 1ITGA 3U3GA 4HCCA 1HYVA 3BDPA 1UOCA 3DM2A 4OGCA 3VQPA 4E1NA 1QTMA 4FJKA 1KLMA 3K57A 1BI4B 4F3TA 3VQ8A 1SV5A 4FJXA 4OKEA 4KKOA 3P1GA 2HHSA 2BDPA 1DTTA 1VSIA 4CK1A 4CJRA 1TVRA 1NK9A 3MXJA 3D0PA 4W5QA 3I0SA 2EX3A 3ZSYA 4FM1A 4CJKA 4IFVA 1VSLA 1SKRA 2YHAA 1SKWA 1UA0A 1Z26A 1JL1A 4DU4A 3MXMA 4O55A 4B8CA 5KRSA 3PO4A 4BWMA 4W5NA 1UWBA 1QE1A 3O3HA 1K6YA 4FJ9A 3K5OA 4DTOA 1CZBA 2A1SA 3O3FA 4B9UA 2LSNA 2IS3A 4FJGA 3F9KA 3K5MA 1I39A 3HPGA 5J1EA 1N5YA 1HNVA 5HRSA 2O4GA 3L2VA 4J2DA 3SI6A 1LAVA 2B4JA 1S9EA 3PX6A 4KO0A 3AVKA 2GBZA 3VQ5A 1LWEA 2IOCA 2HMIA 4E7LA 4CJSA 4DQSA 2Y1IA 1GOBA 3L3UA 1EETA 4OKKA 1G15A 1D9DA 3DMJA 2NUBA 4OVLA 4DTPA 3QO9A 3F73A 3DRPA 4LSNA 5SWMA 4PWDA 4AHTA 1XI1A 2HHTA 3KLIA 4FLTA 3L2QA 1T7PA 4B9NA 4FVMA 3SQ4A 4FZZA 2G8UA 2F8TA 2VG6A 5HBMA 3AO2A 3H08A 3JSMA 1BCMA 3K58A 1IKXA 3JYTA 1NKCA 1LV5A 4DSJA 1EP4A 1MU2A 3LALA 3M8PA 3HVRA 1NK6A 3OY9A 1T03A 3O4NA 4CHZA 1U47A 4KHWA 4AH9A 3AVJA 3P5JA 4CEBA 4DWIA 5KTQA 4KHNA 4CJFA 1TGOA 1ZBLA 4IKFA 3QINA 3DRSA 4H4OA 1VSFA 2E6MA 4CFDA 1ASUA 2FBTA 1C6VA 3RRHA 2OPRA 4DSEA 2HHVA 2DFHA 1TK8A 2OPSA 3AVAA 4FLXA 1WSGA 1NJXA 4KB0A 4Q0BA 3RMBA 3KLFA 3UIQA 4M3XA 4DSIA 1BIZA 4I9QA 4I9LA 4B9LA 5J2MA 4HUGA 4QOZB 1JLFA 2HNYA 4DQRA 4CIEA 4N76A 1Z25A 3QEVA 1EX4A 1HQEA 4FM2A 2KTQA 2ZE2A 1NOZA 3QEIA 1C0MA 2B6AA 3S3NA 3C6UA 1T8EA 1VSKA 4FZYA 1A5XA 2X74A 3M8QA 3TABA 1JLBA 3QEPA 4CHPA 1SL2A 3RRGA 4W5RA 4E1MA 3AO3A 2F96A 1XHZA 4RG8A 1RDAA 1WSHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YKMA 5AQNA 4NCAA 4AHUA 5AQIA 3ZEUA 3O08A 4QS7A 5A2QO 2IVPA 4J2AA 3FZHA 1RT6A 1JLGA 4DQIA 3B6OA 4CK3A 4OLAA 4MFBA 3QEWA 3WQUA 4PL8A 3ZT1A 4JLHA 5HRRA 4JAXA 4GVMA 2YX6A 1YXQA 3LL3A 2AJQA 4Z4IA 1W7AA 1Q81O 3DOKA 3VQEA 4FWLA 4B9MA 2HNZA 2D0CA 4WF9L 2Q2RA 1QQCA 3CETA 4BG9A 4E1JA 4BWJA 3AA5X 4FWNA 2B5JA 4PA1A 3MX5A 4CJLA 2VG7A 4BY9C 1U2VB 3ULDA 3QFUA 1ASVA 3E9PA 1NGDA 3J81O 4OPHA 3O9UA 3M5RA 4GMJB 4IJNA 4X66K 1RT4A 3QETA 1HNWK 2Z1GA 3FZMA 4LF7K 4M45A 3UE5A 4M63C 3TTFA 4BGAA 1WBBA 4CF2A 3DLEA 5KQ8A 1J5EK 3ZEUB 4Z4FA 4BRFA 1TK5A 4FYDA 1DLOA 4YOXA 4CESA 4FOIA 2A1RA 3ATVA 1BQNA 3QMLA 1SL0A 3EO3A 4H5NA 1JCGA 3OTOK 3P39A 1A5WA 3ZSVA 1E3MA 4JS5A 4RCHA 4BQLA 3NF6A 3F5TA 4FWQA 4CZKA 4KHYA 4GKKK 5CZ1A 4LF6K 4FJLA 1NKBA 1DTQA 3V9WA 5HL7L 1JLEA 2FBYA 3OJUA 3H46O 1IG8A 4BDPA 4KI6A 3SAFA 3OHRA 1XNQK 3R1XA 3VEVA 4GV9A 3SQ0A 1GLLO 3MK6A 2GX9A 3M8RA 3THYA 3THVA 5I42A 3WQTA 1RBTA 2YKNA 3FFKB 2X78A 4RW8A 3AA4A 3GDQA 2HF3A 1IH7A 5CR4A 2XY7A 3MN9A 1S1WA 3ZCMA 4PQUA 4CJEA 2CGKA 3HO1A 4CK2A 1RBUA 3QFPA 1RBSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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