3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
4RW6A 2JGUA 3TAPA 4CHYA 2IGIA 1BI4A 1TAUA 3CFOA 4KV8A 4FJLA 1FXXA 3ZT0A 1HNIA 4CJ4A 3F73A 1T05A 4FW2A 3RMBA 3ZSWA 2VG5A 2FBVA 4AILC 1NK8A 4NCAA 3MXIA 3SQ1A 4FJ8A 4E3SA 4DSIA 3QEVA 2XRIA 3L2RA 1SL2A 3TAFA 4J2BA 1F21A 3MEGA 3A2FA 4Z4CA 3DI6A 3AA2A 1U4BA 4DSFA 1IO2A 3AO3A 4NCGA 1U45A 3RWUA 1VSHA 1VSJA 3QEWA 1S9GA 4FJHA 3K59A 4DFJA 1RDBA 2HHQA 1RDAA 1RT2A 4M3WA 4JLHA 3VQ8A 2Z1GA 1ZBUA 2QXFA 3V1QA 3LWMA 1BI4B 3AVHA 1GOAA 3QESA 1XI1A 4ID5A 4JS4A 2B4JA 3DRSA 3ZT2A 4DU1A 4DSEA 3DRRA 2KFZA 4W5NA 3V9SA 1TL1A 4KHWA 1G15A 2QKKA 1RTDA 2YKNA 3T1AA 3QEXA 1A5XA 2I5JA 5CZ2A 2BE2A 4CJKA 4N41A 2Q3SA 1CXQA 2IOCA 3ZSRA 2RPIA 3C6UA 3S3OA 3VQ5A 2QKBA 3HT3A 3PX0A 4AHSA 4ZTJA 4CEQA 3U3GA 4C8MA 4EP5A 3OYIA 5HRPA 3CFPA 4MQ3A 3V1OA 3L2WA 3KKRA 4IFYA 5C24A 1YT3A 5FROA 1JLAA 3LPUA 4CEEA 3VQ6A 2OZSA 1C0TA 1LAVA 3PV8A 4XIUA 3DOKA 2OA8A 2XY6A 1RT1A 1L3UA 1LW2A 4CK2A 4Z4IA 1D9DA 3VQPA 4TSXA 4KKOA 3KTQA 4FK0A 3MEEA 3OYAA 3SQ2A 2RF2A 4KB0A 4E19A 1N6QA 3LP1A 4KTQA 2Z1HA 1EKEA 1RILA 4IDKA 1RBVA 3OYGA 4HVJA 3MEDA 1WSHA 4BWJA 3L2UA 3LWLA 4NCBA 1JLFA 2ZE2A 3KD5E 3IAYA 5J2NA 4OLAA 4RW8A 4FVMA 4HHTA 3I0SA 1RDCA 4O0JA 3OS0A 5HP1A 4K8XA 5D3GA 3THVA 3G0ZA 3FFIA 3OYHA 3SV3A 1QS4A 4CJ3A 2WONA 4CJUA 3IG1A 5CYQA 2KW4A 5K14A 3OYMA 1NKCA 3BDPA 2HHTA 4E1NA 4CFDA 2KZZA 3I0RA 4IFVA 5SZTA 5J2QA 3QNOA 1S9EA 1B9DA 4CF0A 3ITHA 2HHWA 1J5OA 4OPJA 2FBTA 4B8CA 3DLHA 1HYVA 1U49A 3DLBA 3O3GA 4DTOA 4B9NA 5JS2A 1KLNA 1RT7A 3NDKA 4FZZA 1KFDA 2X74A 4CGHA 4ZHRA 1S6PA 4E89A 1FK9A 4JRPA 4I9LA 4L8RB 1HPZA 1FKOA 2W42A 1NJWA 2PZSA 1ZBHA 1XWLA 1GOCA 3TI0A 1JKHA 1TKZA 3TR8A 3NGIA 1IKVA 3L3UA 5EU7A 2P5OA 4CGJA 2JLEA 3HPOA 4DF4A 4J2DA 4KPYA 1Q8IA 2YV0X 1RT4A 1DLOA 4FW1A 1WSJA 1J9AA 2G8KA 1R0AA 1TVRA 4OVLA 4DQRA 3CM5A 4M45A 3VA3A 2BGGA 4F3OA 2EX3A 4GW6A 4OKJA 4FJ5A 3AO2A 4M3ZA 2HVIA 1IKYA 4FLZA 4HCBA 1S1UA 1ASUA 3OYFA 3SNNA 3QETA 2B6AA 1NK0A 4OGEA 4DU4A 3QLHA 5CY4A 4B8AB 4CJFA 2B5JA 4CHOA 3LP3A 1WSFA 3NCIA 1SKRA 2G8WA 2G8VA 4KI4A 3SPZA 3AVAA 1TKDA 2KTQA 5FDLA 4KO0A 4KB1A 1WAJA 1NK9A 3M8QA 2YNFA 1JXEA 3G10A 2OZMA 4KHSA 5HLFA 1ASVA 3ZSOA 2EHGA 3DLKA 4B9MA 2F8TA 4FJIA 3SCXA 1NJYA 1CXUA 1RTHA 4N76A 1RCHA 3AVMA 4CHPA 3V6DA 4GMJB 3ZSVA 1KVBA 4PA1A 4PUOA 3LZIA 2P51A 2E4LA 2HNDA 4KTZA 3MXJA 2F8SA 1ZBIA 2F96A 4ELUA 1WLJA 4J2EA 5KRTA 1VSIA 3ZT4A 3DLEA 4DSLA 1VSDA 4DTNA 4KTWA 4BE0A 2XO7A 3K5MA 3P83D 4I2PA 4KHYA 4CERA 4Z4FA 2HHSA 3AVNA 1HRHA 4CJWA 4FLXA 1Q9XA 4DTJA 2OPSA 4LSLA 1LWEA 1C0MA 4JS5A 3L2VA 4EZ6A 5FRNA 3H08A 2DTUA 2KZMA 2WOMA 1NK5A 1TK5A 3K58A 3LAKA 1SL1A 4FLVA 1JLBA 4CJQA 4W5QA 1SV5A 4FZXC 4KHNA 4LY7A 5C25A 3TAQA 4KHQA 4DF8A 1WSIA 4FM1A 1QE1A 1HMVA 1ZBLA 4HUEA 2HHXA 3EY1A 3IRXA 1QSSA 3V4IA 4F8RA 1BISA 4FJNA 4CJ5A 4BE1A 1I3AA 1LWCA 1TAQA 1VSEA 3E01A 4Z0UA 2DFHA 3V1RA 2BANA 3V9ZA 5I3UA 4C8LA 2OPRA 1ZYQA 4K8ZA 1IG9A 5DK5A 2VG7A 4E7IA 2ZQBA 4AHTA 3WNFA 1C1AA 2OPQA 4LSNA 3D0PA 3KK1A 4RW7A 3UIQA 4CGFA 3C6TA 1EXQA 4OKKA 3VQ4A 1WAFA 1JLEA 1BQNA 1LV5A 5KGWA 3VN5A 3QNNA 3SUOA 1NOZA 1S6QA 1L5UA 4F4KA 4DLGA 1RBTA 5FRMA 3K2PA 3WNGA 1BIUA 3VQEA 3HVRA 5HROA 4F2RA 4F2SA 2QK9A 4CJLA 4KFBA 4FLWA 2A1RA 2OPPA 3OYLA 3VQ7A 4MFBA 4B9LA 4O44A 1TL3A 4B08A 3V9XA 1D9FA 3NF8A 3AA5X 3L8BA 1UAXA 4O0IA 1BL3A 4BACA 1KLMA 1TKTA 1WNSA 3QEPA 1VSMA 1GOBA 1QTMA 4FK2A 3V9UA 4B9SA 2PY5A 3OYBA 1CZBA 4DFPA 3OS1A 3SJJA 4CESA 3NE6A 4FCYA 5HRRA 1RDDA 3CM6A 3HPHA 2E6MA 1TKXA 4Y1DA 3AVGA 3SUNA 1MU2A 2OYQA 1JL1A 3OJUA 3HO1A 3KK2A 1BCMA 4C8NA 3TANA 2FC0A 3T3FA 1W9HA 2ITGA 1IKWA 2VWKA 3VQBA 5E41A 2HVHA 3LP0A 4FLYA 3QO9A 3OY9A 4HCCA 4Q0BA 1J54A 2A1SA 1VSKA 3JSMA 3MAQA 3SI6A 1SKWA 4KI6A 2Z1JA 3RR8A 3RR7A 3L2QA 4CGIA 2RKIA 1S1TA 4CJRA 5KI6A 5J2PA 2PYJA 1K6YA 1YTAA 4DS5A 3PX4A 1ASWA 1SUQA 3CYMA 3RMDA 4CFBA 4KRFA 2XHBA 1ITGA 3HYFA 1BIZA 3DLRA 4CF2A 3EZ5A 2D0BA 1RBRA 3RRGA 4R5PA 4AHUA 3AO1A 4CEZA 2IS3A 1L3VA 4KREA 1U47A 1RT5A 2YNIA 3M8PA 4DS4A 3OJSA 4DTUA 3S3NA 4DSJA 3SZ2A 4FJMA 1BCOA 2XY5A 3NGYA 5C42A 3NH0A 4OPKA 4G1QA 1KVCA 2G8IA 4C8OA 1HNVA 2IC3A 3K5OA 3QINA 1W0HA 3DM2A 3RRHA 4H4MA 3LDSA 4J2AA 3TAGA 3SQ0A 4AH9A 4HTUA 1NK6A 3F9KA 3SPYA 4CECA 1SKSA 1WSGA 4DLEA 3OS2A 2YHBA 1DTTA 5T7BA 1JXBA 4CFCA 3TABA 3DLGA 1B92A 3AA3A 1XHXA 3HPGA 4AHCA 1RBSA 1TK0A 2X6SA 3V81A 4B9UA 4DWIA 4Z4EA 1C1CA 1QQCA 2DY4A 1O1WA 2FBXA 4M42A 4M3XA 4KHUA 4DFKA 3AO5A 3JYTA 4B3OA 4I9QA 1YVUA 3LALA 2YHAA 3VQ9A 3HXMA 3VQCA 3SUQA 4OGCA 3HJFA 4CIEA 1VK0A 1BQMA 3ULDA 1NOYA 1Q9YA 3OVNA 1UOCA 3HP9A 3NFAA 1CZ9A 2RN2A 4NYFA 1Z26A 3WNHA 1XHZA 1BGXT 1VSFA 2DFFA 3OYKA 3SUPA 1JLQA 1L3SA 3LAMA 4I2QA 3NH1A 3KLFA 5JS1A 1JLGA 1KFSA 4QOZB 4IBNA 2HB5A 3NBPA 3AVBA 4BDYA 1KSPA 4EZ9A 3M8RA 3DRPA 3L3VA 5SWMA 3I8DA 2D0CA 4RG8A 4CEDA 3K5LA 1IH7A 3PUFA 1UA0A 4N47A 4M41A 4CK3A 4DU3A 3KK3A 2E6LA 3KLEA 1EX4A 1HQEA 2GV9A 4QCLA 5HBMA 4E7HA 3U6FA 4RW9A 4CHQA 1X9MA 3PO5A 4FYDA 3ZCMA 1DTQA 2FBYA 3KLGA 5CZ1A 1T8EA 4YNQA 1LAWA 2HMIA 2ZD1A 3QERA 3TWHA 1QHTA 2XY7A 4Z4HA 3O3FA 3HP6A 3TAMA 3LPTA 3HL8A 4H8KA 1ZBFA 1X9WA 4KAZA 2D5RA 4GVMA 4FLTA 4UQGA 3KJVA 1X9SA 2KFNA 2X6NA 4FJXA 1A5WA 2X78A 4CJEA 4CEFA 4W5TA 4QAGA 4CEAA 4E7JA 3CG7A 4DMNA 5KTQA 1KVAA 4HUFA 1NJXA 1QSYA 3AVJA 3OYJA 1S1XA 1TGOA 3PX6A 4FXDA 3AVKA 3OYEA 3DOLA 1U04A 3S9HA 3K57A 3PO4A 4NYNA 1TV6A 1A5VA 1C1BA 4CIFA 1NKEA 1RTIA 4HUGA 3AA4A 4PWDA 5HRNA 1LWFA 2XY8A 4OKEA 4N56A 2HHVA 1RBUA 3AVCA 4M3YA 1NKBA 2Z1IA 2LSNA 1C6VA 4C8KA 4E1MA 4DQIA 1KCFA 4IG3A 4O5BA 1HQUA 4Y1CA 4CHZA 3OYCA 4FM2A 4DQSA 3ASMA 1SL0A 4CGDA 3NAEA 4Z4GA 4DQQA 3O3HA 4B9VA 1RT6A 3HK2A 3CQ8A 1UA1A 3HVTA 3OYDA 1WSEA 4DTSA 4H4OA 2YNHA 3SV4A 1T7PA 3KD1E 5KRSA 2ATQA 3AV9A 4CCHA 3BGRA 3MECA 4CF1A 4W5OA 4Q5VA 2D0AA 4EP4A 4W5RA 4ZTFA 3M8SA 4O55A 4DTPA 3WNEA 3O4NA 3P1GA 2KQ2A 1RT3A 2O4GA 3P5JA 3RMAA 3AO4A 4CK1A 3TARA 1RNHA 5CYMA 1LW0A 4CFAA 1TK8A 2GBZA 4M3UA 4AHVA 2R7YA 1VSLA 4E0DA 3ZT3A 4OLBA 4CJPA 1L3TA 3U3YA 3K5NA 3VQQA 4F3TA 4FJGA 1CLQA 2G8UA 3ZSYA 4E7LA 3MXMA 4N5SA 3RTVA 3S3MA 3IS9A 4FJKA 1VRTA 4DG1A 1KTQA 2IDOA 2VWJA 3V9WA 3ZSXA 1JL2A 3KLHA 4RW4A 3LZJA 4BDZA 1KRPA 3PY8A 5HRSA 4FJ7A 3HSTB 3B6PA 3NGZA 4CIGA 1REVA 2NUBA 3O4QA 1JLCA 3B6OA 5J1EA 4AHRA 4FK4A 1S5JA 2AJQA 4FJ9A 2YKMA 3VA0A 3CFRA 3DMJA 4CJSA 3AVFA 3NF6A 4LH5A 3EYZA 4CE9A 4FJJA 2HHUA 4FLUA 4E7KA 3VQAA 4JRQA 4PY5A 4BDPA 2O4IA 3VQDA 1WN7A 1D5AA 3ISNC 2G8FA 4ID1A 4LD0A 4YFUA 1B9FA 1U48A 3NF9A 2HNYA 3QEIA 2BDPA 2IAJA 5J2MA 1Y97A 3SQ4A 3TAEA 3ZT1A 1T03A 4IKFA 1S1WA 3T19A 3DYAA 1UWBA 3ALYA 2G8HA 1HYZA 2DFEA 3OYNA 4I7FA 2Y1IA 1I39A 3KIOA 4IG0A 4O4GA 2Y1JA 4ELTA 5DMRA 3D45A 4DTRA 4PQUA 4FM0A 1Z25A 4OJRA 1QSLA 1NJZA 1IKXA 4WE1A 1NK7A 1D8YA 3AVIA 1HYSA 4CHNA 1N5YA 3C94A 2HNZA 1NK4A 4B9TA 4DFMA 4ICLA 1EP4A 3ZSQA 2GUIA 2VG6A 3ZSZA 4CGGA 3NHGA 4CJTA 5KGXA 1BHLA 4M3RA 2PYLA 4DQPA 1X1PA 4DSKA 3QIPA 5I42A 4LH4A 3RMCA 2ETJA 2P5GA 1YTUA 3C95A 3KLIA 3LANA 3LP2A 3SYZA 4DTXA 1S1VA 4CF8A 4BE2A 4DTMA 3KKSA 3QIOA 1XC9A 2HW3A 1RTJA 3NF7A 2YNGA 4BWMA 1VRUA 4M3TA 4ELVA 4CF9A 1HJRA 4FZYA 3AVLA 1J53A 4CEBA 3NH2A 1FKPA 3HM9A 1EETA 2P1JA 1C0UA 4CEOA 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAPA 1TAUA 1BI4A 4FJLA 4CD3A 2FSJA 3WXIA 3ZSWA 2VG5A 5AQFA 3MXIA 4FJ8A 3TAFA 1Q81O 3H3OB 3ENBA 3DI6A 4DSFA 1IO2A 3U4LA 3AO3A 3BZKA 4YDUC 3QEWA 3K59A 4BQLA 3AY9A 2F9TA 2O8DA 4CZGA 1RDBA 2HHQA 4M3WA 3LWMA 1BI4B 3AVHA 4FOIA 1WUAA 4JS4A 3W3DA 2KFZA 1OH7A 1MWKA 3SBGA 3ZX0A 2YKNA 2I5JA 5CZ2A 2YHXA 4CJKA 2Q3SA 4JI0K 3S3OA 2O8DB 4AHSA 5BR9A 4IFYA 5FROA 4CEEA 3VQ6A 4DV4K 4CK2A 3OYAA 3SQ2A 2RF2A 1QVFM 1EQYA 2Z1HA 1EKEA 1RBVA 3CC7N 5AQLA 3MEDA 3IMXA 3L2UA 3LWLA 1YUWA 3E9PA 2IIRA 5AQTA 3AAPA 3I0SA 1RDCA 4K25A 4K8XA 5AQZA 3CJ1A 3G0ZA 3OYHA 4FWMA 2W41A 2WONA 3IG1A 5K14A 2KW4A 3OYMA 3OHRA 1E4FT 4CFDA 4EFHA 5SZTA 1DT9A 1S9EA 1B9DA 4CF0A 1U49A 3JAMO 1KFDA 1HR0K 4ZHRA 2ZJPL 3EN9A 4I9LA 2W42A 1GOCA 1XWLA 1HKCA 3TI0A 4M63C 1T44A 3D7EO 4BR5A 2QEXN 4FWNA 4CBUA 3HPOA 3OBWA 3SAHA 2E1ZA 2YV0X 1WBBA 2FXUA 4BRNA 4FPBA 4BR9A 2WC9A 3CM5A 3I55N 1NGJA 4OKJA 1QVGM 1IG8A 3AO2A 4M3ZA 1BWFO 5BPLA 3OYFA 2B6AA 4OGEA 4DU4A 3QLHA 4CHOA 3LP3A 3JXUA 5FDLA 4B1XB 1WAJA 4JD2A 3M8QA 2W6KA 3ATUA 3W0LA 4KHSA 1DEJA 2E88A 5AR0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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