The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
210
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structure length |
203
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Chain Sequence |
b'AYTLPQLPYAYDALEPHIDARTMEIHHTKHHQTYVDNANKALEGTEFADLPVEQLIQQLDRVPADKKGALRNNAGGHANHSMFWQIMGQANQPSGELLDAINSAFGSFDAFKKFEDAAKTRFGSGWAWLVVKDGKLDVVSTANQDNPLMGEAIAGVSGTPILGVDVWEHAYYLNYQNRRPDYLAAFWNVVNWDEVSKRYAAAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Manganese Superoxide dismutase from Deinococcus Radiodurans in the orthorhombic space group P212121: A case study of mistaken identity
rcsb |
| molecule keywords |
Superoxide dismutase [Mn]
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| source organism |
Deinococcus radiodurans
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| molecule tags |
Metal binding protein
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| total genus |
67
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| structure length |
203
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| sequence length |
210
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.15.1.1: Superoxide dismutase. |
| pdb deposition date | 2009-11-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00081 | Sod_Fe_N | Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain |
| A | PF02777 | Sod_Fe_C | Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Upper collar protein gp10 (connector protein) fold | Upper collar protein gp10 (connector protein) fold |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XIL A; 4YIO A; 4JYY A; 1BSM A; 3C3T A; 1XUQ A; 1PM9 A; 1KKC A; 1VEW A; 2QKC A; 3QVN A; 1QNM A; 1GN4 A; 1GN3 A; 1WB7 A; 1IX9 A; 4FFK A; 1MNG A; 2ADP A; 4X9Q A; 1MMM A; 1AP6 A; 1ZSP A; 4JZG A; 1BT8 A; 1AR4 A; 1ZLZ A; 1JA8 A; 1JR9 A; 1SZX A; 1GN2 A; 3DC5 A; 1MA1 A; 2CE4 A; 4GUN A; 3AK2 A; 3AK1 A; 3BFR A; 1EM1 A; 3LSU A; 3AK3 A; 2AW9 A; 1VAR A; 1P7G A; 1PL4 A; 2QKA A; 3CEI A; 1ZTE A; 3TJT A; 1B06 A; 1XRE A; 1LUV A; 5A9G A; 1ZUQ A; 2GDS A; 1IDS A; 1N0J A; 4F6E A; 1WB8 A; 1GN6 A; 1MSD A; 3C3S A; 1XDC A; 1I0H A; 2RCV A; 5AG2 A; 4BR6 A; 4E4E A; 3RN4 A; 1BS3 A; 2ADQ B; 1I08 A; 4JZ2 A; 1LUW A; 1AR5 A; 3KKY A; 2P4K A; 1EN4 A; 3MDS A; 1N0N A; 1EN5 A; 2CDY A; 3DC6 A; 4C7U A; 1IXB A; 3OT7 A; 1Y67 A; 3EVK A; 3K9S A; 1EN6 A; 1D5N A; 4YIP A; 3IC9 A; 1AVM A; 1AP5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EKW A; 1XIL A; 2XOK G; 4G28 B; 1US6 A; 2LJ2 A; 1S0V A; 4FZ0 A; 3WFV A; 1QU7 A; 1VF5 B; 2BSK A; 2EZP A; 1GN3 A; 2PF4 E; 4NVP A; 2F4V B; 1FYJ A; 5CBG A; 2QWN B; 2ZNJ A; 2A06 H; 4YY3 B; 2JJ1 G; 4NTX A; 3NXS A; 4YHH B; 3JD3 A; 3DXR B; 2M7W A; 4PA3 A; 3ZHV A; 3Q4H A; 1VF6 A; 1FD9 A; 1F4N A; 5IJ0 A; 2OTL V; 1VQP V; 1JMK C; 4IL6 Z; 1NZ6 A; 1AR1 B; 1LNQ A; 4DW1 A; 1CPY A; 4PA4 A; 4DR3 B; 3CX5 F; 4YJ2 A; 3H1L H; 3APQ A; 2ATK C; 1N36 B; 1ENV A; 4X66 B; 1ZTE A; 3E83 A; 1B3Q A; 1RM1 C; 2QTO A; 3I55 V; 1KU9 A; 1Q86 W; 3JD4 A; 1QR9 A; 2FKX A; 4OXS A; 4GKK B; 2IW5 A; 2CUG A; 2DJV A; 2JIZ G; 5JVD A; 2DE0 X; 4RUE A; 3ZHQ A; 2L35 A; 4R7C A; 4X64 B; 2AGA A; 1SQQ H; 4ABM A; 1XEQ A; 2WLI A; 3ABK C; 3CCJ V; 5CA0 B; 3UO3 A; 4L8J A; 2JJ2 G; 4HNA A; 5LA6 A; 5CA3 A; 2YEV B; 3F5W C; 5FNV A; 5KLV H; 4B08 A; 3HKC A; 3EVK A; 1KD1 W; 5KMG A; 3NR7 A; 4UUJ C; 4DV2 B; 3E8G A; 3D36 A; 1AVM A; 2LFR A; 1L1F A; 3K03 A; 5H5N A; 4DUY B; 3ETG A; 5KHH A; 1L8D A; 3BEH A; 1BHA A; 3E2E A; 1MZF A; 2EIN C; 4JI8 O; 5EBM C; 3SYA A; 1S5L Z; 4GX5 A; 1NH2 B; 4DR6 O; 4X8A A; 4K8X A; 1SQX H; 1TA8 A; 3X2Q B; 1HDJ A; 4ZKI A; 5JJJ B; 1MNG A; 5IJ0 B; 4X62 B; 1MMM A; 2ZIM A; 1AP6 A; 1FPO A; 2DQ0 A; 3T4Z A; 4JZG A; 1QQC A; 1QR8 A; 1YCI A; 3ABU A; 1BGY H; 2CTR A; 4JYB A; 3G67 A; 4YJ2 B; 2M6Y A; 1SQF A; 2R9I A; 4X1I A; 5BZB A; 2FL4 A; 4GLX A; 3LSU A; 5CN0 A; 1GM8 A; 4MVO A; 5C8Y A; 3CCV V; 4DYL A; 4QGP A; 2V4D A; 4D7T A; 5CB4 A; 3B8M A; 3OTO O; 3MHS C; 2HJF C; 2R9A A; 2RNB A; 1YJW V; 1G1X B; 4O4H A; 3W7S A; 1N0J A; 1MSD A; 2E5L B; 4JI7 O; 4YXW G; 3SPC A; 4UVA A; 4PI2 A; 1G6U A; 2WLI B; 4PHZ A; 1MAB G; 5LA6 B; 2ZXW C; 1QLN A; 3KCY A; 5ITZ A; 1XMQ B; 3SGI A; 5FNV B; 4LFA O; 3JD1 A; 2Q67 A; 3ABM B; 5KMG B; 3FFQ A; 1X59 A; 2LW1 A; 3QG5 A; 3JAS A; 2ZIN A; 1PL0 A; 4G2K A; 2E74 B; 4MSW C; 1VQ8 V; 1KBH A; 1IBM B; 3ZMT A; 1GH6 A; 3ZMU A; 4JI5 B; 2B9Z A; 1NR1 A; 1S5J A; 2Q68 A; 4PI0 A; 5IYZ A; 1M56 B; 2ODM A; 2Q0A A; 3BA9 A; 4JTD B; 1OJH A; 5L3D A; 1GM9 A; 3RYF B; 4NR1 A; 3VQY A; 4NXN B; 4JAV A; 1GTO A; 2ILM A; 5J2T B; 3ZMV A; 1P7B A; 3OMA B; 5J9P C; 5FL7 G; 4GKJ B; 4B3T O; 2JRI A; 4UV8 A; 1NH2 D; 1L0N H; 2EIL C; 4LF6 O; 3R65 A; 4X1I B; 2DYS C; 4CS2 A; 1FS0 G; 5L3C A; 2LO1 A; 3FB7 C; 4JF3 A; 1QCE A; 2OCC C; 4BW5 A; 4O4I A; 3T1H B; 5C8Y B; 1SQV H; 3ETD A; 1MZE A; 3ABT A; 5CB4 B; 4B7K A; 3F7Y C; 3AK2 A; 1DF5 A; 1ROP A; 1M93 A; 3B8N A; 1BL8 A; 2W0F C; 2Y69 C; 2Y48 A; 1HNZ B; 3N2G A; 5GON A; 1D5A A; 1Q81 W; 2F1M A; 5BR8 O; 1FFX A; 2LP7 A; 5B1A B; 2V1D A; 1M90 W; 2XAS A; 2UXB O; 2BTO A; 3JAK A; 2QA4 V; 1H2L A; 2RJZ A; 2QWR B; 3LNM B; 4AI8 A; 4CC6 A; 5ITZ B; 2C2A A; 3W7U A; 2CTQ A; 3ZRV A; 1Q6H A; 1I7F A; 3CC2 V; 3JAS B; 3RN4 A; 1ZWI C; 3JAW A; 2ADQ B; 2QM7 A; 4JYA O; 3LDC A; 2Y4T A; 4DR4 B; 2P90 A; 4ZI7 A; 5IJ9 B; 4P9P A; 4LBE C; 1V55 B; 4KHP B; 1X4T A; 3UO2 A; 1K3E A; 3TCU A; 5FPR A; 4QJF B; 4GT1 A; 1KC8 W; 1JJO A; 3CS5 A; 3K9S A; 3RVY A; 3E8F A; 5EK0 A; 3ICX A; 5CBF A; 1EN6 A; 1QHT A; 2RQ6 A; 3ETE A; 1CP9 A; 2RDC A; 2OT5 A; 4DV3 O; 4I9W A; 2FTK A; 2HEP A; 4JI0 O; 3SJC C; 1PV0 A; 1K9M W; 2UUB O; 4JYY A; 1PM9 A; 4CH6 A; 1G8M A; 2DN9 A; 4LR3 A; 3W7X A; 1OCZ C; 3WB1 A; 3K04 A; 3RYH B; 4DV5 O; 2H94 A; 2YIB A; 3CME V; 3ZRW A; 1R6N A; 4CS4 A; 1Y4M A; 4X1K B; 1XHZ A; 3BY6 A; 4JI2 B; 1AIL A; 2NN4 A; 2WLN A; 2YS8 A; 3OE7 G; 3T1C A; 4DR1 B; 2Q9L A; 3ZHR A; 5KHI A; 4DV4 B; 4J7J A; 1W0K G; 3N2G B; 5GON B; 3ZHT A; 1QVF U; 3AG3 B; 4UB6 Z; 2ZE6 A; 2JEU A; 1FFX B; 2DYR C; 2Q7G A; 5B3S B; 2DW4 A; 3JSL A; 1XNQ O; 1OCR B; 2YIC A; 2FB5 A; 1JNB A; 3JAK B; 4NKG B; 1GRJ A; 1SRY A; 4PDV A; 1KQS U; 4RQF A; 3G80 A; 1JFF A; 4J41 A; 4QE9 A; 2HVK C; 4ZBM A; 4JAU A; 4BW9 A; 3JAW B; 3TJT A; 2EBO A; 3DGE A; 2PY5 A; 1TUB A; 4ZI7 B; 1O9G A; 4Z2W A; 3OMN B; 1DLB A; 1HNX B; 3ETQ A; 3ZJZ A; 3ABL B; 4K8Z A; 2UUA B; 2P5O A; 2AZ2 A; 1GO3 F; 1NTK H; 3DC6 A; 4ZOL A; 4QPK A; 2ZKO A; 2WA4 A; 2HP8 A; 3STZ C; 3HKE B; 2CK3 G; 1WN7 A; 2Q5Z A; 2EIM C; 3L74 H; 3D3Q A; 2QWQ B; 2XAH A; 4MVU A; 3F7V C; 1OCC B; 1HNW B; 1NS1 A; 2ZT9 B; 4RAI A; 5IE9 A; 1AB3 A; 4FLT A; 1VQM V; 4LF4 O; 1THZ A; 2HR3 A; 3JAT B; 3SPI A; 5KHJ A; 4DV6 B; 4DRX A; 4LF9 B; 3S3W A; 4KFM A; 1HR0 B; 3A0R A; 4X9Q A; 4LF5 O; 5EYP A; 1VP7 A; 3CCM V; 3RBZ A; 1N32 B; 4DV7 B; 3E89 A; 5LHH A; 5BY1 A; 4MT8 A; 3AEI A; 4MTX A; 4D7S A; 1XMO O; 4FIP C; 2MW2 B; 1TUB B; 4GX0 A; 2AHZ A; 3E8H A; 3LUT B; 4FLX A; 2WA3 A; 3RFR A; 3UM7 A; 2UXD B; 4AIL C; 4MTF A; 3R66 A; 1FKA O; 4OX9 B; 5B1N A; 2YI8 A; 4F6E A; 1WB8 A; 2ZM6 O; 2GHY A; 3T1Y B; 2GBO A; 1WLE A; 2H8P C; 5B1O A; 1YEW A; 3QNE A; 3T2M A; 2IJH A; 2N05 A; 4Z1M G; 3JCU Z; 2N74 A; 2OYQ A; 3KKY A; 2P4K A; 1FAF A; 3AG4 C; 2WPD G; 5EZY A; 1UFI A; 4LFB O; 5LP6 C; 3TET A; 5B1B C; 1K92 A; 2LFS A; 3EFF K; 2PGG A; 3OUS A; 3CCQ V; 2IH3 C; 2K9P A; 1DK1 A; 3OR7 C; 2BE3 A; 4R6Z A; 1YIT V; 2IM9 A; 2LQT A; 3WU2 Z; 2YIB D; 3GVM A; 1FOU A; 3JAM N; 5B66 Z; 2A0L A; 5EYP B; 5H6Q A; 1VMG A; 3H1K H; 1XNR O; 2XT9 A; 3FX7 A; 3RT3 C; 4R8C A; 1JPX A; 5LGN A; 3L71 H; 1YI2 V; 1N33 B; 3S3X A; 2QM4 A; 1AR4 A; 1IBK O; 1AJQ A; 1MA1 A; 4U7N A; 1WA8 B; 4UV9 A; 2R9R B; 4TV8 A; 1S72 V; 2QE7 G; 2CTP A; 1PNK A; 1E1R G; 1IVS A; 2KQX A; 1KMI Z; 3IFX A; 2BCC H; 3OEE G; 1EZV H; 4XDJ A; 2OCH A; 1URF A; 2F95 B; 4I5S A; 3SJA C; 3SPJ A; 5LOV A; 2CGO A; 2JS3 A; 1IBM O; 3SJQ C; 4LFC B; 3JAR A; 5A9G A; 1BCC H; 4DR2 B; 1WAZ A; 1XDC A; 2UXC B; 4FLU A; 4MVS A; 4TV9 A; 2EUL A; 4F6R B; 1SA0 A; 1RM1 B; 5EZY B; 1LUW A; 1VQ6 V; 1VQN V; 1SQP H; 1Q6I A; 4JI4 B; 4PJ0 Z; 3OD4 A; 3K5N A; 4I0X A; 4LF7 B; 2JEX A; 1N0N A; 4CH5 A; 3OGC C; 4FJC C; 5LBQ A; 2DOS A; 3ABK B; 4FM2 A; 4DR5 B; 5BXZ A; 4W4K A; 3OFN G; 2R72 A; 1JX9 A; 4JTC B; 1H2S B; 2QJ1 A; 2A7W A; 5F2V O; 2YC0 A; 2QTS A; 3SPG A; 1PNL A; 4X1Y A; 4PV1 B; 4X89 A; 4FM0 A; 3C3T A; 1XUQ A; 1HNZ O; 2CTW A; 1NI8 A; 4ZHQ A; 4DV1 B; 1GN4 A; 2XAF A; 3SYP A; 4WCE V; 4J42 A; 1WB7 A; 4H13 B; 3CYO A; 4FFK A; 4UVB A; 4D6T H; 1FXV A; 4JV5 B; 2EIN B; 3WB2 A; 5LXT A; 3AG1 C; 2BSK B; 4RWU A; 1HW7 A; 4TV8 B; 4QNH B; 2VQF B; 3AG2 C; 4PEL A; 2OIG A; 1YSC A; 2CE4 A; 5LOV B; 2XAG A; 4JI1 B; 1H5W A; 3TXS A; 2F43 G; 3PJS K; 4LC1 A; 5K1P A; 3Q4H B; 1WP8 A; 4K0K O; 3OTF A; 2Z5U A; 4K3A A; 2YXY A; 4RUF A; 3TXQ A; 4TV9 B; 1K5Q A; 3CEI A; 1AI4 A; 1SA0 B; 1XRE A; 1KUQ A; 1ZUQ A; 1M57 C; 3PN1 A; 4FFB A; 4Q6G A; 3EHB B; 3E8B A; 3MHH C; 2ZE7 A; 5AG2 A; 4I0X B; 5D5P A; 1I94 O; 2UU9 B; 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