3KN0A

Structure of bace bound to sch708236
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of Fragment-Based NMR Screening, X-ray Crystallography, Structure-Based Design, and Focused Chemical Library Design to Identify Novel muM Leads for the Development of nM BACE-1 (beta-Site APP Cleaving Enzyme 1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kn0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kn0A02
2ASIA 1KJ4A 5C9DA 5P18A 2UY0A 2WF1A 1GVXA 3ZOVA 3VYEA 2BPVA 5OZLA 4ZEAA 1SIVA 3D1XA 5PEPA 4AA9A 2QI1A 4DVFA 3I6OA 3LPIA 3I2LA 3QIHA 2R9BA 1HEFE 2PK5A 1NSOA 5P57A 5P8GA 4I1CA 5HTZA 3QI1A 3GGAA 1XN3A 4DPFA 5P67A 1XE6A 2AOGA 3RU1A 3O99A 4DQFA 3TPJA 4B78A 3ZLQA 4GJCA 2AVQA 1FB7A 5P70A 3BUHA 3SKFA 3EM6A 3D1YA 1TQFA 5HE4A 3IAWA 2I4DA 2WF4A 8HVPA 4Y5CA 5P3BA 3D1ZA 3Q70A 2APRA 2WJOA 5P0EA 3DUYA 5P6CA 3RTMA 1PFZA 1FG6C 4GZFA 3ZKMA 4GYEA 3O9LB 5P2IA 3KYRA 4Y4GA 4B1EA 2VIYA 2AZ9A 4EP3A 5P0BA 3TOFA 2AVSA 3R0WA 3PI5A 3SA3A 1BV7A 2PWRA 5P1PA 3O9DA 5IS4A 5P3QA 1GVVA 3QVIA 5P5PA 3NDUA 5DQCA 3S7MA 1A8KA 1SMEA 5P2ZA 4ZLSA 2AOIA 5J25A 2ER0E 2G1NA 1EBKC 1ZAPA 4YDFA 5OYZA 1EPOE 5P44A 3UDJA 4ACXA 1HEGE 5P2FA 5HCOA 3SA9A 2VNNA 5JFUA 5P0WA 5P4IA 2OHLA 3KDBA 2A4FA 5P4ZA 1FIVA 5P6KA 1BDLA 5HE7A 3T11A 3WB5A 5P07A 4QJ6A 2FXEA 3ZKXA 3GI4A 5P63A 2G26A 2VS2A 5OZAA 5P1CA 3NR6A 5COOA 3OQKA 5P2VA 1LF4A 3RSXA 2G1SA 5P6UA 1K6TA 2F80A 3TPLA 2QP8A 5P7BA 5HDXA 1PPLE 2HS2A 4Y5EA 5P7TA 4R93A 3O9BA 4Y58A 3EMYA 4MC1A 4Q1NA 5P3CA 1BAIA 2Q3KA 1ODXA 1GVTA 3INEA 3S53A 3ZL7A 2O4NA 3LPJA 3L59A 2AODA 3Q5HA 1SH9A 3LIQA 1FMXA 5P6JA 4U8WA 3S2OA 4PZXA 5P4PA 3KMYA 3OK9A 3APPA 4Y4XA 3AUPA 1KJFA 5P5UA 3EKXA 1OEWA 1W5YA 1KJGA 2FGUA 1GNOA 2JXRA 5P2LA 4AMTA 1VIKA 5P0IA 5P48A 5P0FA 2IDWA 5KR0A 2Q15A 5OZYA 5P1GA 2CEMA 2G1RA 2FNSA 4PZWA 1D4KA 3S54A 3IVHA 4K4PA 3U6AA 5P37A 5P31A 5P6GA 1W5XA 1G6LA 2FS4A 2V13A 1AXAA 4B1DA 4LXKA 5P4YA 4Y3DA 5P77A 5P8MA 3ER5E 5P8NA 3PWWA 5P02A 3PRSA 3UDMA 4Y35A 5OZUA 1MUIA 3L5FA 3NUOA 5OZGA 3UQUA 2G21A 1PPKE 4FRKA 3EL0A 4J17A 1OD1A 1F7AA 2I1AA 5P28A 4YOBA 2OHTA 4HLAA 5E5JA 3NU3A 5DGWA 3NWXA 5P0DA 1XL5A 1PSOE 4YCTA 3IXOA 2QMDA 4E43A 1FGCC 4H3JA 2CENA 3WZ6A 2O4PA 2V00A 3G6ZA 5DR8A 3SABA 3PBDA 1SIPA 5HU0A 2RKGA 5P7XA 3T7XA 4Z22A 4K8SA 2QMPA 4J0TA 3HW1A 3AIDA 1B6PA 5P0OA 1VIJA 3DM6A 5P86A 2QMGA 5HU1A 3GGXA 1FG8C 1ZSFA 1PPME 3CICA 3NU4A 3HAUA 1G2KA 1BILA 4R91A 3KFNA 3DCKA 1HSHA 2BB9A 2FGVA 2BBBA 4RLDA 5P1VA 5P6LA 5P2BA 5P3HA 5HVPA 4MC2A 2BPWA 5P1SA 3VFAA 1AVFA 3ER3E 1FQ5A 1ZJ7A 2QK5A 4XKXA 1BVGA 5P5AA 1TSUA 2B7FA 3IVIA 5OZ2A 4YBFA 3HVGA 5P4HA 4QJ9A 5I3WA 4Y3FA 3G72A 5P4SA 3UCBA 2IKOA 3OHHA 3PLLA 2AZCA 2VKMA 5BS4A 4GJ6A 5P6HA 3QRSA 5P6TA 1CZIE 4YD6A 3VF3A 2BKTA 2ZJJA 3PM4A 3NDXA 3UDRA 1XS7D 4DJPA 3BRAA 3NWQA 2ZHVA 5P5SA 4HDFA 4EJKA 2I4XA 3L3AA 3S43B 5P8PA 2IEOA 3O9CA 3EKPA 5P7DA 1EPQE 3U7SA 3SA6A 4GJBA 4R95A 4QJAA 2G94A 3LITA 5P0RA 5P5ZA 3H5BA 5P3VA 1W5WA 3INHA 4DJYA 3HD8A 4DQEA 6UPJA 5ENMA 5OZ8A 1XL2A 1FQ6A 3FV3A 5KQYA 3UFNA 5JG1A 3LZUA 4Y3MA 1K1TA 1QBUA 4Z4XA 1MESA 1EPRE 2NMYA 3CMSA 4EXGA 4Y3NA 4Y3EA 5P64A 2PYMA 3UFLA 1ODYA 3FNUA 1HVLA 2VIEA 1B6LA 4J1CA 2P3BA 3UQXA 5P23A 5DQ2A 5DR7A 4Q1WA 2WEBA 1HIIA 4NJVA 4N00A 2F3EA 3B80A 4YD4A 5P09A 5P25A 1YM4A 2ZJMA 3QAAA 5APRE 5DPZA 1HVCA 2PH6A 5BWYA 1APWE 4HDPA 3BC4A 3OHFA 5P16A 4RVJA 1PSNA 3OXXA 1YG9A 2ZE1A 3QVCA 5T4SA 2UPJA 2OHKA 5HDUA 2WEAA 5P65A 1ZP8A 3FNSA 3VSWA 5P4DA 3TTPA 5P8BA 3C9XA 4B05A 3OU4B 2V16C 4Y6MA 2G1OA 1QRPE 2OAHA 4ER4E 3PBZA 5P7FA 4J0PA 1DAZC 4GJ8A 4TVHA 3ZKIA 5OZSA 5P00A 5P7ZA 4FS4A 4HVPA 2O4KA 3R2FA 3OUBA 2VJ7A 5P4GA 1KJ7A 3UDNA 5P38A 4XX3A 3URJA 1BXOA 5P8CA 5P5VA 5P2TA 4D88A 4ZPGA 3R1GB 2ZHRA 5P8LA 4L7HA 2HPFA 3T7PA 2PC0A 3UDPA 1HTEA 5P0XA 4YE3A 4CPTA 1QDMA 4FAEA 3BVBA 1B6JA 3PSUA 2NXMA 5OZZA 1YTGA 4LL3A 4YD3A 3KDCA 3L5CA 1MEUA 4Y4AA 5P4TA 4YDGA 2XFKA 4WY1A 4Y39A 5P5MA 5P1WA 3O9LA 3L38A 4RCEA 3OY4A 5C9BA 1UH9A 5P6VA 3OXWA 5P8OA 4A6CA 4YOAA 4R92A 5P0SA 2P4JA 3ZPSA 5P3MA 2FLEA 1D4SA 2B8VA 3EKWA 5I3YA 1DP5A 3LNKA 4Y3WA 4D8CA 4EQ0A 4QJ8A 2XFIA 5E5KA 5P7SA 4OD9B 5P0VA 3MWSA 2ER7E 5P10A 2QZKA 1EPNE 1ZLFA 3SA4A 4D89A 5P72A 2P83A 2PWCA 1BWAA 2FDDA 3M9FA 3VLAA 1ME6A 1HXWA 5P5XA 3ECGA 3JVWA 2FXDA 2QNNA 2R3WA 4FRSA 5P6QA 5OYSA 2P3DA 3R0YA 1XN2A 4Y4BA 3TPPA 5P4UA 1HVSA 5P0ZA 3QS1A 3UDKA 4F75A 2HAHA 4R5NA 3MSKA 1QS8A 4FM6A 2AVVA 2ZJKA 3NU6A 3H0BA 5P45A 3EC0A 5P03A 3D91A 5P3WA 5P24A 4PHVA 5P11A 5P7AA 1RQ9A 4Y3PA 1MERA 4CPQA 2OF0A 2QD7A 3QROA 5P0NA 5P5WA 5HCTA 2NNPA 3L5EA 1FQXA 1HTGA 1HVJA 5P36A 5P1YA 5P6WA 5FIVA 3SO9A 1QBSA 4FE6A 1BDQA 4B72A 1QBRA 4DJRA 5P01A 1HBVA 3EBZA 3T7QA 5P4CA 4M8XA 2I4WA 3I25A 5P1OA 3SA5A 5P0MA 3VYFA 5JODA 5P5YA 4DJVA 3T6IA 5P52A 2OHRA 5P7IA 4I0JA 4BELA 2AZ8A 4Y3LA 5P7VA 5P7JA 3PWRA 2QZWA 2BPXA 3URLA 3U71A 4FM8A 3TNEA 1C6ZA 4PEPA 3RTNA 4NJUA 5P17A 5P7EA 5P8FA 5P5DA 1LYWB 5P1QA 5P1FA 1J71A 2V10C 2IQGA 3ZPTA 2VJ9A 4S1GA 4CKUA 3KT2A 2B8LA 2Q54A 3ZKGA 3QRVA 4ZPEA 5P41A 5P7OA 4RROA 5JFPA 1CMSA 3SM1A 5P2XA 3UQPA 5P81A 4CPRA 1RL8A 2QZLA 1Q9PA 4HE9A 1BDRA 1HTFA 1GKTA 5P53A 1AIDA 1OHRA 4ZSQA 5KR8A 4Y3XA 5OZ6A 4ZSPA 5P4AA 1META 1WBMA 4Y3ZA 4Y56A 4RVXA 5OYTA 4YCYA 4J55A 5F01A 1EC2A 2RMPA 2XYEA 4GB2A 2HB4A 2Q55A 3PGIA 1E81E 5P27A 1T7IA 4H3FA 5P3IA 5P04A 4GJDA 1HVKA 1XE5A 4I0HA 2NXDA 1FEJC 3OXVA 1WBKA 3TOGA 1ZSRA 5P74A 1HPXA 5P7HA 2PMAA 5P1EA 1B6KA 5P2UA 3MXDA 1K6CA 4A6BA 1FF0C 5DQ4A 5OZQA 3UQRA 2JJJA 3FSMA 3OU3A 1APVE 5ER2E 5KR2A 2ER9E 2XYFA 2NXLA 1B11A 4UPJA 5P8VA 5P59A 3D3TA 5P3AA 5P3JA 1GNNA 3LIZA 3PB5A 1EBWA 2NR6A 6APRE 5P4VA 3DCRA 5P1XA 1T6GA 4CP7A 3T3CA 4Y5KA 2QD6A 3UF3A 5OYXA 3JVYA 1NH0A 3FIVA 4B1CA 1FMUA 4I0DA 4I10A 4MC9A 3EM3A 4Y47A 5P7UA 5KOQA 3PMUA 1MTRA 3TKGA 5P6SA 3ZKQA 3BHEA 4EJDA 1TCWA 3CIBA 4F73A 3S43A 3F9QA 4IVSA 3FNTA 5OZ4A 5P4RA 4J0ZA 2A1EA 2QNPA 5IVSA 2PSGA 4Y53A 5OZ9A 5HDZA 2OHNA 5KQZA 4Y45A 1M4HA 3VLBA 1B6MA 3GGVA 3EL4A 3K1WA 5P2GA 3S45A 2RENA 3PJ6A 3PSGA 5P0PA 3OQDA 4COEA 3MSJA 5P82A 3KN0A 5P87A 1ZBGA 3PSYA 5P42A 1SDVA 1EBYA 4EJLA 3OUCA 3HDKA 2ER6E 3LINA 1C6YA 5ISJA 3CKTA 4QLHA 2QHZA 2OHQA 5P15A 1SGZA 2QAKA 3GGUA 3FX5A 3SACA 5BRYA 1A8GA 5P3NA 5ISKA 4J5JA 2AVOA 4DQCA 3SA8A 1HVIA 1HTRB 4JECA 4OBKA 5P33A 3WZ8A 2Z54A 3S85A 1HXBA 5P2SA 1GVUA 3DV5A 3GI6A 2R5PA 5P4KA 5KQXA 5OYUA 3N3IA 3UQWA 4Y4TA 4FLGA 3NYGA 4Q1YA 5P7MA 3B7VA 4RRNA 3CKRA 1AJXA 1G0VA 4MC6A 2QI5A 4RZ1A 3OU4A 5IE1A 4I0GA 1EC3A 4DI2A 5OYQA 2HM1A 5OYVA 4YBIA 5HD0A 5DGUA 5P7PA 4Y5PA 3OOTA 2Z4OA 5P8IA 2WL0A 1MRXA 3ST5A 1FFIC 1LF3A 1BWBA 5P5QA 3INFA 5OZVA 1APTE 5P47A 4Y4WA 5OZIA 4D83A 1RPIA 4Y4ZA 3LZVA 5P8UA 5UPJA 7UPJA 3OU1B 5HE5A 1F34A 3VV8A 5P46A 2HB2A 5OZ3A 3NUJA 2Q11A 3L5DA 2WECA 3UPJA 4YCKA 5P3LA 4HA5A 3FKTA 4Y41A 5P3OA 4Q1XA 1APUE 1HPOA 5P8HA 5P05A 3OGPA 3BGCA 4IVTA 3EL9A 1FFFC 4Y4JA 1NPWA 4QJ2A 3KA2A 4L6BA 4GIDA 5P1DA 4Y54A 2F81A 5P4QA 3OADA 1A9MA 4DJWA 4YD5A 5B18A 4TRYA 1KZKA 2AOJA 1LYBB 1E5OE 4Y3RA 4L1AB 5P4BA 4DQBA 4APRE 4FCOA 3TLHA 1EAGA 4CPWA 3EL1A 3TKWA 3OWNA 4OD9A 5P6AA 2IENA 5P6ZA 4EWOA 4I11A 2MIPA 4Z2ZA 3BUFA 4Y44A 1K2BA 3WB4A 3DJKA 2QNQA 1BBSA 2ZHSA 5P1RA 5P5LA 5F00A 3S7LA 3KFSA 1HIVA 4Y5GA 1SMRA 3IA9A 2P8HA 5P5JA 3DV1A 3NU9A 4Y5BA 5P2OA 3I7EA 5P3TA 2NTRA 4ZSMA 3KF0A 5P0LA 5P8DA 5P8QA 4I0FA 4GJ7A 1B5FB 4Y5NA 1MT7A 1YTIA 4J1HA 3D20A 4OBFA 4TRZA 1BXQA 4Y3QA 1A30A 3LIXA 5P08A 5ENKA 3OQ7A 3OXCA 4RRSA 1W5VA 3QBFA 4YD7A 1HRNA 1ENTE 3KM4A 3HBOA 4EQJA 5P7GA 4LHHA 5DR0A 5KAOA 1AAQA 1E80E 3VV7A 2V11C 5ER1E 4YA8A 1M0BA 3URIA 4RVIA 3ZKSA 3VUCA 2QHYA 3Q3TA 1FMBA 2FMBA 5P19A 3QRMA 3UDQA 2ANLA 4AZYA 1HVRA 1ZTZA 2B42A 4OC6B 5P6IA 1K2CA 4U7QA 4PYVA 5P5NA 3EKTA 5OZ5A 4CPXA 5P2CA 5P6DA 4DFGA 5OZEA 1M43A 5DQ1A 1D4JA 1W51A 5P5TA 3SFCA 3IN4A 5P1LA 2R5QA 2QD8A 4KUPA 3TL9A 1LYWA 2QI6A 4U7VA 1SBGA 5OZ1A 5P78A 2VNMA 4Y36A 3L58A 3O9GA 4OBZB 1SDUA 3QPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ASI A;  1KJ4 A;  5C9D A;  5P18 A;  2UY0 A;  2WF1 A;  1GVX A;  3ZOV A;  3VYE A;  2BPV A;  5OZL A;  4ZEA A;  1SIV A;  3D1X A;  5PEP A;  4AA9 A;  2QI1 A;  4DVF A;  3I6O A;  3LPI A;  3I2L A;  3QIH A;  2R9B A;  1HEF E;  2PK5 A;  1NSO A;  5P57 A;  5P8G A;  4I1C A;  5HTZ A;  3QI1 A;  3GGA A;  1XN3 A;  4DPF A;  5P67 A;  1XE6 A;  2AOG A;  3RU1 A;  3O99 A;  4DQF A;  3TPJ A;  4B78 A;  3ZLQ A;  4GJC A;  2AVQ A;  1FB7 A;  5P70 A;  3BUH A;  3SKF A;  3EM6 A;  3D1Y A;  1TQF A;  5HE4 A;  3IAW A;  2I4D A;  2WF4 A;  8HVP A;  4Y5C A;  5P3B A;  3D1Z A;  3Q70 A;  2APR A;  2WJO A;  5P0E A;  3DUY A;  5P6C A;  3RTM A;  1PFZ A;  1FG6 C;  4GZF A;  3ZKM A;  4GYE A;  3O9L B;  5P2I A;  3KYR A;  4Y4G A;  4B1E A;  2VIY A;  2AZ9 A;  4EP3 A;  5P0B A;  3TOF A;  2AVS A;  3R0W A;  3PI5 A;  3SA3 A;  1BV7 A;  2PWR A;  5P1P A;  3O9D A;  5IS4 A;  5P3Q A;  1GVV A;  3QVI A;  5P5P A;  3NDU A;  5DQC A;  3S7M A;  1A8K A;  1SME A;  5P2Z A;  4ZLS A;  2AOI A;  5J25 A;  2ER0 E;  2G1N A;  1EBK C;  1ZAP A;  4YDF A;  5OYZ A;  1EPO E;  5P44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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