3KOSA

Structure of the ampr effector binding domain from citrobacter freundii
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
QEKLKIGVVGTFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSSVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSYWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVLHKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the AmpR Effector Binding Domain Provides Insight into the Molecular Regulation of Inducible AmpC beta-Lactamase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Citrobacter freundii
molecule keywords HTH-type transcriptional activator ampR
total genus 52
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kosA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kosA02
1FQBA 1JEVA 2RC8A 1R9LA 4MLQA 4O3CA 3K1MA 1FTLA 1DTZA 4NF4B 1Q35A 1H3DA 4QFOA 2G29A 2QMXA 4DLDA 1MY3A 3I3VA 5TPAA 1B7HA 1R6ZA 3K6UA 4BDOA 4JWOA 1H76A 1Y9UA 2H4IA 2ESNA 1B52A 1B40A 3D4CA 4Q5TA 2AL4A 3A3UA 4BDMA 3G3JA 2HEUA 1MQIA 1QJMA 1JQFA 1B2HA 2Z8EA 4JSOA 4ZZAA 4I9DA 4G2ZA 2HFBA 2PVUA 5I57A 1FQDA 1FTMA 3H6TA 3S2VA 1USYE 5AE4A 3FJMA 1ZMGA 5EHMA 4YKIA 1OIBA 1ZBMA 1H44A 3RNNA 3DM0A 4E0XA 2X7QA 4NF8B 2FA7A 3G3GA 4ESWA 1M5CA 2F34A 1OMPA 3VLWA 1MPCA 3E9XA 3N94A 3BFUA 4JSDA 3N5LA 1BTJA 2ZYMA 4OYVA 3U1OA 4GOTA 5ICTA 1AOVA 4O3AA 1B6HA 1EZOA 4OQOA 4OFLA 2RCAA 3N6TA 3Q27A 2CZLA 3JZJA 5A5XB 4OFJA 3KG2A 4LQ2A 1CB6A 3KGCA 2XXWA 3RTWB 3IX1A 4KR5A 1SI0A 4RPNA 4HCYA 4R9FA 2GHBA 2QS4A 4FORA 3K1NA 5TU0A 2XD2A 3IORA 4X48A 4X9TA 4IO7A 1P1WA 3SERA 3HHGA 5L9SA 1EZPA 3T9UA 4KYEA 4P11A 2DSFA 2B3BA 5I2KB 1RYXA 3MJNA 4NE4A 1TWYA 4QF9A 4H6DA 5AA4A 4H5FA 1P1NA 2O68A 3FIRA 1S7YA 4JDFA 3DLNA 3D4GA 3RGYA 3IJOB 2HAVA 3PMVA 1USYH 5FHMA 1PB7A 4R6YA 3O9PA 5DEXA 2E1SA 3MZ1A 4H67A 1LB8A 4LZ8A 2Y7PA 2ONRA 4U1OA 1MXWA 3CG1A 2XX8A 2QL3A 1SI1A 4MBPA 2X26A 2OCUA 1M5DA 4TLLB 3VLVA 4DIGA 1MXXA 4KFQA 2Y84A 5BWJA 3U92A 3OOAA 4G4PA 2D5WA 1R9QA 2OZZA 3TPAA 5CMMA 2IEEA 2Q89A 2Q2AA 1B58A 4R75A 1DTGA 3OXNA 3TQLA 1IXHA 1Z7ME 1QUJA 3K01A 3M3FA 4NTLA 1SYIA 5L9OA 5DT6A 4UA8A 1QKAA 3S9EA 2A5SA 2ZYKA 4IGTA 1PBQA 3LUYA 5H8HB 4PFWA 1POY1 3FV1A 2AYSA 4O3BA 1MM7A 3EF7A 4Z0IA 4ELQA 5I84A 3TDJA 3MZ9A 3Q28A 4KCDA 4U21A 2VGQA 3EHTA 1MPDA 1QULA 1WVJA 3PUZE 1Y1ZA 1FQEA 1B0HA 1GVCA 2YJPA 1VE4A 2GH9A 2Y7IA 4EQBA 2WKYA 1D3KA 2O7IA 3R6UA 2NOOA 3WAEA 4H1XA 2ALUA 5CRYA 5H8QA 3RT6B 1I6AA 3B6WA 3BKIB 1XT8A 2V93A 4YB5A 1UTBB 1ZKBA 1S9TA 3TEPA 1LFGA 1MXUA 4WXJA 3B7DA 1NFTA 1BP5A 4ZEFA 1XC1A 1LBCA 1JVXA 4PFYA 4EDPA 2O1LA 3MUQA 5I58B 3TODA 5TP9B 4FAJA 3O97A 1FW0A 3E3KA 3LBSA 1FTOA 5IKBA 3FVKA 1VR5A 4GWOA 4R73A 4FE8A 1HSJA 3TKDA 3W15C 3UK4A 5KDTB 3MVWA 5AA2D 4OVJA 4U22A 2RF1A 3TCFA 3OMBA 2UVIA 4FEDA 2XXYA 1UTHB 1PB8A 3ZKKA 2NVUB 4ELPA 3MP6A 4N6PA 3QIMA 2P2AA 3H6UA 2PMSA 2VOZA 1EZ9A 1URGA 1FTKA 3IOUA 2VP1A 3S9NC 2XXTA 4NWDA 1II5A 1BIYA 1IXGA 4N13A 1PEBA 2ZYNA 1CE2A 3PUXE 1I69A 1TXFA 4FATA 4RPOA 5ISUA 1A8EA 4F22A 3OD7A 4RYAA 4RY1A 1N84A 4OFOA 1GTKA 4YKPA 1GR2A 1SYHA 3QAXA 4HW8A 2F6GA 2YPNA 4Q0CA 4JBZA 1XS5A 4ONYA 3W9VA 1MRPA 4U23A 1IEJA 2XXQA 4GVOA 1A55A 4NF5A 1B5IA 1YCJA 3IL1B 4JWXA 5F7VA 1AMFA 2O1MA 1B32A 2M8CA 4QSDA 2QRYA 1LCFA 4LZ7A 3VVFA 2E0SA 3R7XA 4KD5A 2FYIA 3FJ7A 3PPQA 1VFDA 1B9JA 3DP8A 1MG1A 1ANFA 4C0RA 4ZDMA 4UACA 5CBRA 1DPEA 2ZNUA 2Q9TA 1IIWA 5DVIA 3IJXB 4QFNA 1PDAA 2RC9A 2I3VA 3PMXA 3PPPA 1OQHA 4ELRA 4GD5A 3MPKA 1LLSA 2I49A 3C34A 2RC7A 4OERA 5FTHA 3TYHA 3CRBA 1MY2A 1LGBC 4F2QA 5BUUA 1B5JA 2DWAA 1BKAA 4ZE8A 3HV1A 2PBWA 3TCHA 2DE2A 4F18A 3FXUA 4ESXA 3TTRA 2AL5A 1IXIA 5H8NA 3I6VA 3A09A 3MWBA 3QUFA 1UIVA 2Z22A 5FTIA 2QMWA 3QK6A 5I57B 1NH8A 5JTYA 3TCGA 4QSCA 3KN3A 3B6QA 3FVOA 1TFDA 4R74A 4JXIA 2F6PA 1B1XA 4AQ4A 3W9WA 4G68B 4TOZA 3E13X 1JW4A 1NL5A 2ZNSA 2QJEA 1B05A 4NWCA 1Y20A 4GXSB 3S9LC 4IY5A 2NWJA 4GF8A 1Y1MA 1JVYA 1A7LA 2XD3A 1MY1A 4DXBA 1A99A 3A3CA 3PGFA 3FVGA 3ILUB 2Q2CA 1WDNA 2Y7KA 3OO9A 5CC2A 4R6KA 5AA1A 3H3GA 1B5HA 3MVYA 4G8NA 3UORA 3C35A 3KSXA 4G68A 2R6GE 5M2VA 1NNFA 4OESA 2DE3A 3THIA 4THIA 1Y3PA 4ZZEA 3Q29A 2VHAA 4XKNA 3RLFE 2OJTA 2DP8A 2Q8JA 3F11A 3CSGA 2F35A 4DCXA 5AA4B 4AB6A 4MF3A 3OEMA 1B3LA 4OEUA 1YAEA 1AL3A 1XVYA 2F7CA 2UYEA 3KBRA 3IK6B 2F7AA 3I5OA 2B65A 3MP1A 5DEXB 4M4GA 5AA2A 1N04A 3IAZA 3RQTA 3U72A 4RXLA 1NH7A 2O51A 3HO7A 4N07A 2QPQA 5LOMA 3T9VA 3L6HA 1SVXB 4LZ5A 2F97A 3PUYE 4OETA 2ONKE 2F36A 4X1DA 1SW2A 3KEIA 3RY3A 5EHSA 3QUJA 2XX9A 1J1NA 4YB7A 1VSOA 1RYOA 1US4A 4G68C 1N3WA 2QS2A 2DWIA 2ONSA 1ATGA 5L9MA 1URDA 1P1OA 4F3GA 4I8CA 4OMBA 4PP0A 2PT2A 2CMOA 5CI5A 4DXUA 4YKKA 3O2AA 4YKJA 2V25A 1MH3A 5HPQA 3SEVA 5CMCA 1MY4A 1MPBA 4OXVA 3AXFA 3OENA 3TMGA 2OK2A 3KOSA 2OLBA 4GLIA 3VV5A 1XOCA 4ND9A 3HPIA 1LCTA 2Y7RA 3IOVA 1PBPA 2Z23A 3O6GA 4PETA 4GXAA 4FEBA 4R2BA 4I1DA 4LP2B 1B1HA 5H8QB 4TLMB 2FNCA 4H65A 1MY0A 4F3PA 1H45A 3FUZA 3DELB 4POWA 1FQCA 3C31A 3TTMA 2UXAA 2DVZA 1LBBA 1WODA 1Y3QA 2O84X 2REJA 2G93A 3IO6A 3G3KA 4EXLA 4PFUA 4WEPA 3O6HA 4K3FA 3BFTA 3OO6A 2ZNTA 4ZE9A 1TT1A 1JEUA 3GXAA 4R6HA 3VVEA 4R2FA 4BDQA 3MP8A 5DVJA 4U4XA 1PB9A 3IB1A 2RINA 3FXQA 4IO5A 3HN0A 2HZKA 4EQ7A 1N3XA 4POXA 3ECRA 4F3SA 3FATA 4LATA 2GRVA 2D21A 1UQWA 3SESA 4BDRA 3EQ1A 4ISUA 3TQWA 2DOJA 3RTFB 1SW4A 3IO4A 2OWSA 3ZSFA 3MC2A 4KHZE 4DCYA 5IAIA 1US5A 4YAHX 3G3HA 2I3WA 3SEUA 2GFEA 3T22A 1IZ1A 4F31B 2UYFA 5I56A 3KZGA 3MW0A 3FZVA 5K2XA 4MLVA 5H8FB 3CSBA 1RKMA 5CBSA 3CVGA 4XTCQ 4RNSA 5B70A 4Z7EA 1PC3A 1B4HA 4NF5B 5DYHA 4XIGQ 2R71A 4JB7A 2HQ0A 1Y3NA 3V5AA 2V3UA 3IOWA 1MQJA 3IB0A 2I48A 4LONB 3VXBA 1Y4CA 4IO6A 2DVCA 4NF6A 5FHNA 4F2OA 3FJGA 4KI0E 2XXRA 4GRKA 2VD3A 3EHSA 5ITOA 4U1ZA 1B3HA 2DWHA 4ZEBA 2HCAA 1EH3A 5J1DA 3FXRA 2A5TA 5H8FA 4PE5B 3GZGA 3GLBA 4KPTA 3QXMA 3HHFA 4RK2A 2ZYOA 4NMYA 4Q30B 5DVFA 3ILTB 3KFMA 3K0VA 3KJTA 4FIMA 1Q1KA 1B3FA 1ZU0A 4U4SA 4G77A 4IY6A 3UA8A 3GBBA 3O66A 4BDLA 3C9HA 2DWJA 2I4BA 2REGA 4FJPA 1SD3A 3FD3A 1D9VA 4LA9A 3LSFB 3WAFA 4F29A 3H6VA 5ITPA 3FVNA 4IO3A 1O63A 2XHDA 3EPEA 3H6WA 5H8NB 4YB6A 4HS7A 2PYYA 2ABHA 1HSEA 3M8UA 4KQPA 2UVJA 5JTYB 1Y4TA 1ELJA 2KLFA 4ZS9A 4YMAA 3G3IA 1OVBA 2XXXA 1IQ7A 4XKQA 3H03A 5K2YA 3P7IA 2V3QA 4XKRA 1MM6A 3RN8A 4OWDA 1MQGA 3CI8A 5ICQA 3Q26A 1A54A 3H4ZA 3T9XB 1P99A 1MQHA 1JW1A 5EYFA 4YZZA 3SEYA 3U8QA 1N76A 1IITA 1FTJA 3HSTA 4H0WA 2P1SA 1LAGE 2RKMA 4PQJA 2F5XA 4IO2A 3UIFA 1IUDA 1BLFA 4DDDA 1KWHA 3S9MC 2R9JA 1I6BA 2UVHA 4YMBA 5CMBA 2YLNA 4F1VA 1AH5A 3TZAA 3CFXA 3K2DA 2XXIA 3O28A 3OEKA 3PPRA 3DP4A 3VFJA 2NUVA 1QUIA 2DQVA 4OHNA 2THIA 1MXZA 3PU5A 4ZEDA 1L5TA 1OQGA 3FGSA 2UVGA 3UP9A 4QRZA 3H7MA 2V3TA 2I0BA 5I59B 1F9BA 3S4UA 3UN6A 5AA2B 1A40A 4NF4A 4EUOA 1LAHE 4G8HA 3Q25A 3G7WA 2F8DA 2HAUA 4OZ9A 1ZJLA 5JEIA 3K6WA 1MQDA 4XXUA 5ELVA 2XXUA 3SEWA 2W7YA 2AIXA 1MXYA 1T0KA 2H25A 3K02A 3KSJA 4E0WA 1O7TA 1MS7A 1SDXA 3G3FA 3DP6A 3H06B 3CFLA 4F1YA 5I59A 4L17A 4Q8RA 3KJ7A 2ZMBA 5CMKA 1LFIA 1JETA 4AB5A 4NF8A 3C4MA 1I6QA 3QSLA 2X7PA 4YICA 1R1NA 1OVTA 1GV8A 3GBAA 4OENA 5KCJB 3QYTA 3L6GA 1TFAA 2D3IA 3SDFA 3N26A 1S50A 1OLCA 4ZECA 2H9BA 3OSRA 3VE1B 2OWTA 2F78A 3T9HB 1QKBA 5A5XA 1LAXA 1N0TA 3RPWA 2ZXTA 3CIJA 3K4UA 2XXHA 4M1VA 3USDA 3PD8A 1DOTA 2V84A 4GL8A 3OELA 1M5FA 2DXYA 2HZLA 3PPOA 1IXCA 1FQAA 3SETA 5KCJA 2DS9A 3V8XB 2Y7WA 5I2KA 1B3GA 3MPLA 2BJJX 3KN8A 1B7ZA 2XX7A 3N6UA 1URSA 1ZTYA 4NEDA 1JW5A 2Z8FA 3V83A 4EF1A 2I0CA 4PFTA 4R9GA 1LB9A 4DE8A 1QUKA 1H43A 5DTBA 1OLAA 1B3EA 3TFLA 3TTKA 2O6AA 1VFEA 3B6TA 4H5GA 1ZIUA 4GFRA 1MXVA 2H98A 2VD2A 1NNKA 1B51A 4JWYA 1FQFA 2DE4A 2Q88A 1ZLQA 4C1TA 3U93A 3MQ9A 2DXRA 4QSEA 2H99A 3C36A 1B0LA 4XKPA 4GQOA 2H5YA 1QW0A 2IA4A 2QSXA 2O7UA 1XVXA 3EHUA 3ODBA 3TTNA 5CM6A 1SBPA 4IB2A 3OO8A 4FECA 2I6EA 4RK9A 4HTGA 3T66A 3E4RA 3EN3A 1B4ZA 4C1UA 5I56B 4KCCA 1DSNA 2XXVA 5H8HA 5HM4B 1FCKA 4OTEA 3KN7A 3ZKLA 3FV2A 1DMBA 3KOTA 3M3KA 1B7UA 1P1QA 3IB2A 5H8SA 4ZEIA 3O29A 4LVQA 4QFKA 4RJZA 3R26A 3K6XA 5HBCA 4LUBA 1LAFE 4QHQA 3JV9A 4NF6B 1D9YA 3FASA 3CFZA 4OEVA 4P0IA 1GGGA 2Z8DA 3BBRA 4U2RA 5F1QA 3LC8A 4GIZA 1LSTA 4P0GA 3V89B 3LSWA 3T93B 2A5TB 3PV0E 2ANJA 2HXWA 4EXKA 3RT8A 1XHYA 3PPNA 1AIVA 3MVXA 3K1PA 1EU8A 3C32A 3TAJA 3SKPA 4EQ9A 4TQUQ 1NNPA 2QS1A 3M3LA 2F7BA 4GL0A 1UTBA 4F39A 2O69A 4MH5A 4LQ5A 1HSLA 4WKMA 1O64A 3OO7A 1NMUA 1SQYA 4HCWA 3MZBA 3ZS6A 4EF2A 1M5BA 4QFLA 4KYSA 3UGWA 3U94A 1MDQA 5FHOA 3RUMA 5I58A 2LAOA 5TP9A 4G8MA 5I2NB 1NKXA 2NXOA 4ZEKA 3OSQA 5KDTA 1YTVA 1UTHA 4RA1A 2QS3A 1D4NA 2I58A 3JYRA 4MFIA 1MDP1 3T96B 3PMWA 5L8DA 3VVDA 1N7WA 4IO4A 1MH4A 1A8FA 4ELOA 3PUWE 1Z7NE 4BLAA 5I2NA 3HCQA 3CG3A 4IGRA 1YPNA 5KZTA 3SEXA 3CR9A 5AA3A 3MBPA 1LFHA 3TTLA 3VDFA 4F1UA 2B3FA 3O6IA 2DYXA 4F19A 3K00A 3LR1A 2PX1A 3LSLA 3PUVE 1JNFA 1M5EA 3VLUA 5JK4A 4WEDA 1P1UA 5B7DA 4DXCA 2XXPA 3IR1A 4QFPA 4ECFA 1UIUA 4BDNA 3IOTA 1NNTA 3C33A 2GHAA 4DZ1A 1DPPA 3TELA 4R72A 2PT1A 2P0SA 1POTA 3PD9A 2RCBA 5TPAB 1SW1A 4YU0A 4H8JA 3LSXA 3VXCA 2OBGA 3MAMA 4I62A 3TUSA 4KYDA 1QVSA 4X1BA 1SW5A 3MVZA 1N7XA 3K6VA 1B46A 4F3BA 4H8IA 3ONMA 2I4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQBA 1JEVA 2RC8A 1R9LA 4MLQA 4O3CA 1FSAA 3K1MA 1FTLA 1DTZA 3CHGA 4NF4B 1Q35A 1H3DA 2B4LA 4QFOA 1NI9A 2G29A 2QMXA 4DLDA 1MY3A 3I3VA 5TPAA 1B7HA 1R6ZA 3K6UA 4BDOA 4JWOA 1H76A 2XWOA 1Y9UA 2H4IA 2ESNA 5IZZA 1B52A 1QGXA 1B40A 1LBYA 3D4CA 4Q5TA 2AL4A 3A3UA 4BDMA 3G3JA 2HEUA 1MQIA 1QJMA 1JQFA 4P3LA 1B2HA 2Z8EA 2Q8MA 4JSOA 4ZZAA 4I9DA 4G2ZA 2HFBA 2PVUA 5I57A 1FQDA 1FTMA 3H6TA 4O8MA 3S2VA 1USYE 5AE4A 4NX1A 3FJMA 1ZMGA 5EHMA 1FPGA 4YKIA 1OIBA 1ZBMA 1H44A 3RNNA 3DM0A 4UABA 4MCOA 4E0XA 2X7QA 4NF8B 2FA7A 3G3GA 4ESWA 1M5CA 2F34A 1OMPA 3VLWA 1MPCA 2ZZWA 3E9XA 3BFUA 3N94A 4JSDA 3N5LA 1BTJA 2ZYMA 4OYVA 3U1OA 5ET6A 4GOTA 5ICTA 1AOVA 4O3AA 1B6HA 1NV7A 1EZOA 4OQOA 4OFLA 2RCAA 1D9QA 3N6TA 3Q27A 2CZLA 3JZJA 4GX3A 5A5XB 4OFJA 3KG2A 4LQ2A 1CB6A 3KGCA 2XXWA 3RTWB 3IX1A 4KR5A 1SI0A 4RPNA 4HCYA 4R9FA 2GHBA 2QS4A 4FORA 3K1NA 4HXVA 5TU0A 2XD2A 3IORA 4X48A 4X9TA 4GWSA 4AS5A 4IO7A 1P1WA 3SERA 3HHGA 5L9SA 1EZPA 3T9UA 4KYEA 4P11A 2DSFA 2B3BA 5I2KB 1RYXA 3MJNA 4MNIA 4NE4A 1TWYA 1FPLA 1BK4A 1FBFA 4QF9A 4H6DA 5AA4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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