3KOSA

Structure of the ampr effector binding domain from citrobacter freundii
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
b'QEKLKIGVVGTFAIGCLFPLLSDFKRSYPHIDLHISTHNNRVDPAAEGLDYTIRYGGGAWHDTDAQYLCSALMSPLCSPTLASQIQTPADILKFPLLRSYRRDEWALWMQTVGEAPPSPTHNVMVFDSSVTMLEAAQAGMGVAIAPVRMFTHLLSSERIVQPFLTQIDLGSYWITRLQSRPETPAMREFSRWLTGVLHKT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of the AmpR Effector Binding Domain Provides Insight into the Molecular Regulation of Inducible AmpC beta-Lactamase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional activator ampR
source organism Citrobacter freundii
molecule tags Transcription
total genus 52
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kosA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kosA02
1R9QA 1AOVA 3IR1A 3Q28A 2ABHA 4GLIA 2CMOA 2DVZA 4DE8A 3FV1A 3Q27A 3MVXA 4OEUA 2XXXA 4PP0A 3VVFA 4BLAA 5FHNA 2H9BA 3TCGA 4DXBA 3G7WA 5TU0A 1FTOA 3LSLA 3KSXA 4RXLA 3K1NA 3DP6A 1I6AA 2B3BA 4R6HA 2UYFA 2HAUA 1AMFA 1MY3A 5KCJB 2H99A 3PMVA 3M3KA 1TXFA 2NUVA 5EHSA 4ISUA 1JVXA 3IO6A 3FJMA 1LBBA 1JVYA 1IEJA 2Y7KA 3LSWA 2H25A 4KCCA 1Y1MA 4NF5B 2RC9A 2UVJA 3U94A 1PBPA 5F7VA 2V25A 1O7TA 3MP6A 1FQCA 5KDTA 3SETA 3K0VA 4EDPA 4PE5B 1OMPA 4R2FA 3OSQA 4RPNA 2VOZA 1AL3A 5K2XA 2YLNA 3TTRA 1GV8A 2HAVA 3O6GA 5HBCA 1I6QA 3KEIA 3I3VA 4EUOA 5CBRA 1OIBA 1MXVA 4RYAA 3MW0A 4O3AA 1XC1A 3H3GA 3C31A 1ZJLA 3G3FA 3TFLA 3T96B 3FXRA 3S9LC 2XXUA 3IB2A 3PPRA 1URDA 4DCYA 3WAEA 1O63A 4QFPA 4I9DA 1N04A 3FGSA 4JWOA 1HSJA 1ATGA 2O7UA 4LZ5A 3PD8A 1OQGA 2F97A 1ZKBA 3N6TA 3PUYE 2O6AA 3SERA 3IJXB 5DTBA 1MXXA 4C1TA 1TFDA 1B32A 3OO9A 1LFGA 3OMBA 3C32A 4ZZAA 4RPOA 4UA8A 4FIMA 3T66A 3QUFA 4LQ2A 2Y7IA 1L5TA 5AE4A 3PPPA 5I58A 5A5XB 3G3KA 1F9BA 4F31B 1YPNA 1MH4A 3UIFA 4RJZA 1GVCA 1PB7A 4XKQA 5H8SA 3IL1B 2A5TA 1I69A 4KYEA 3VXCA 4FAJA 4MBPA 3TMGA 2ZXTA 3S9EA 5I58B 1LFHA 4KD5A 5H8NA 2DE4A 4PQJA 1B1HA 1US5A 4F3SA 2Q88A 1B05A 2FYIA 1USYE 2DE3A 5BWJA 2OZZA 2Z23A 2A5TB 4BDQA 5I84A 3CVGA 3ILTB 3I6VA 3M3LA 4KQPA 1UTHA 4EF2A 1MPCA 3C9HA 4GWOA 4XIGQ 1D9YA 4TOZA 3MZBA 2QSXA 2F7CA 3BFUA 3RLFE 4ZEDA 3T93B 3OSRA 1CE2A 1Y4TA 2V3QA 1MDQA 1QKBA 3H6UA 3CIJA 1UTHB 2I49A 1Y3QA 2RF1A 3IK6B 2PMSA 3EHUA 2XXIA 4NF6A 1GGGA 1R1NA 1ELJA 3K6WA 3P7IA 2OLBA 1Z7NE 1M5FA 2HZKA 1N0TA 4ZEIA 1Y3PA 1P1UA 3KGCA 4G77A 2ZNUA 1EZPA 1QJMA 2F6PA 3UK4A 3SDFA 3MP1A 4MFIA 3ZKLA 1R6ZA 1A8FA 2GH9A 1NFTA 2V93A 2HEUA 1LAFE 4BDLA 1N7WA 3VLVA 4X48A 2UYEA 4OQOA 3E3KA 3RT8A 1LAGE 2I3WA 4JWXA 3K1PA 4TLMB 4THIA 4EQ7A 3FVNA 4C0RA 4OMBA 3ZKKA 1YCJA 4F2OA 2Z8DA 1B4ZA 3ONMA 3K2DA 5TPAB 4QHQA 1FW0A 3L6HA 3KSJA 1S50A 4FATA 4AQ4A 4OETA 3QSLA 4LA9A 4P0GA 4OEVA 5AA4A 4KHZE 2XHDA 1A55A 2ZMBA 2UVIA 1IXHA 3TCFA 1NNTA 4R2BA 2DP8A 4NWDA 3HPIA 4FECA 4DXUA 2XXRA 2LAOA 4XTCQ 3T9XB 4H5GA 4MLVA 3L6GA 4GOTA 3H6WA 4G8MA 3VE1B 2NOOA 4ZDMA 1A40A 3PV0E 4OVJA 2F5XA 1J1NA 5H8HB 1MY2A 3K4UA 3PD9A 4GXAA 2GRVA 1QUIA 5ITPA 4X1BA 3CFXA 3UN6A 3HN0A 3DP4A 4LUBA 4ZEFA 3TQWA 3TELA 3UGWA 2PBWA 3TEPA 3TCHA 1MQGA 2O1MA 2XX9A 1MY1A 4GF8A 1POY1 4YB7A 1URSA 3TAJA 4RK9A 1DPEA 1VE4A 3Q26A 3KOTA 4P11A 2ALUA 3IO4A 4BDOA 1QVSA 1JEUA 1B52A 1N3XA 3KG2A 3H6VA 2I0CA 2ONRA 3KFMA 2DWHA 3O9PA 4U2RA 2GHAA 2PX1A 4JB7A 3RTFB 1UTBB 4NF8A 5EYFA 2UVGA 3TTNA 4IO3A 3SEXA 1MQIA 4JWYA 4QF9A 3PUZE 4N6PA 2Y7WA 4F1VA 3IB0A 3CSGA 4BDNA 4GIZA 4IGRA 3TTMA 3V83A 4IO2A 3PGFA 3USDA 4NF8B 3C33A 3TDJA 1N84A 1MXYA 5H8FA 4H6DA 3VLUA 3G3IA 3C4MA 1PB9A 2NVUB 2Z22A 5LOMA 3THIA 2PT1A 3SEVA 2XD3A 3H4ZA 4QFKA 4OENA 2QL3A 3MC2A 3IJOB 2VHAA 2I6EA 4G2ZA 3E9XA 3GLBA 2BJJX 2V84A 2I0BA 4XXUA 3MVYA 3V8XB 1FQBA 1SVXB 2XXQA 3VVEA 5CRYA 3FJ7A 3QAXA 2DQVA 1BP5A 4FEDA 4LONB 3C35A 4E0XA 2ANJA 4X9TA 3ODBA 4FJPA 1P1NA 4OYVA 5KZTA 1FCKA 2GFEA 4YMAA 3U93A 1UIVA 4I62A 4Q8RA 2ZNTA 1IXGA 3SESA 2O69A 5L8DA 5CMMA 4U22A 3PPOA 1VFEA 2DS9A 4K3FA 3IOWA 1TT1A 1A8EA 1SW2A 4NE4A 2M8CA 4JXIA 3DELB 3R26A 4R9FA 5KDTB 1BTJA 1XT8A 3PPQA 4EQBA 3S9MC 2I48A 4L17A 4NTLA 3FXQA 3MP8A 3FVGA 4TQUQ 4RNSA 2RC7A 3H03A 1H3DA 5FTIA 3B7DA 2E0SA 2XXYA 4ZEBA 4N07A 3PUWE 5DYHA 1VSOA 2OCUA 2IA4A 4G4PA 1Y1ZA 3I5OA 3HCQA 4KFQA 4RA1A 2DSFA 2ZNSA 4R6KA 4ELPA 3A3CA 5IKBA 1PB8A 4ZE8A 4IO4A 2HCAA 5AA1A 3E13X 1QUJA 1VFDA 4XKRA 2P2AA 3FJGA 2YJPA 2AIXA 1Q1KA 3SEUA 5B70A 2ZYKA 1HSLA 3KOSA 1NL5A 4RK2A 4I8CA 1B0LA 3OENA 4G68C 4R73A 4H1XA 3KZGA 1OLAA 3R7XA 5CBSA 3PUXE 2VP1A 1M5EA 3KBRA 3B6QA 1UQWA 2I4BA 3TTLA 5IAIA 4ZE9A 1MRPA 1B40A 1IXIA 1MDP1 2VGQA 2O84X 4P0IA 2ZYNA 5AA2A 1SW4A 4NEDA 1B7ZA 2O7IA 4MH5A 2AYSA 4U4XA 1FQDA 2RCBA 1B3EA 4U1OA 3O66A 3HV1A 1LGBC 2Z8FA 1RYOA 1DTGA 4YB5A 1B3HA 5AA2D 4O3CA 3HO7A 2R71A 1B58A 4IY6A 5AA2B 2F7BA 3MPLA 3O29A 1Y4CA 2XX7A 4MLQA 1CB6A 1ZTYA 1WODA 3DLNA 5H8NB 3K00A 3GZGA 4EF1A 1OVTA 3CFZA 2Q8JA 3MVWA 4DXCA 1MS7A 3O28A 3S4UA 1RYXA 1H76A 5M2VA 1D3KA 4JSDA 4Z7EA 4HW8A 4GVOA 4F19A 5I59A 3K6VA 2QS3A 3QXMA 1XOCA 5JTYA 5HM4B 3LSFB 3EHTA 5CM6A 4LVQA 1AH5A 3AXFA 3FATA 3FASA 4F29A 4RY1A 2QS2A 1A7LA 5DVIA 3A09A 3DM0A 1P1QA 4PFUA 3GXAA 2GHBA 2F34A 3U72A 4ELQA 4H67A 4IY5A 4YU0A 4QRZA 3UORA 4ZECA 4WEPA 4NF6B 2KLFA 2P0SA 3OD7A 5I57A 4EXLA 3IB1A 1LB8A 2O1LA 3LC8A 2ONSA 1B5JA 4YKPA 4XKNA 5TP9A 4OFJA 5ITOA 2O68A 3H06B 4QSEA 1LAXA 3FVOA 4GL0A 4DLDA 4I1DA 2F8DA 1FTMA 4ESXA 1PEBA 3LR1A 3K02A 3IOUA 1YTVA 4ZEKA 2IEEA 3PMWA 3HHFA 3RN8A 2RCAA 4Q5TA 4PETA 4ZS9A 2ESNA 4PFTA 4MF3A 2DXYA 1IITA 1XS5A 3TZAA 3N26A 2OBGA 3B6WA 2Y84A 4YICA 2H98A 3FVKA 4HTGA 1GTKA 4NF4A 1ANFA 2PYYA 4KYDA 4U4SA 1P1OA 3IORA 3QK6A 3B6TA 1OQHA 2R6GE 4NWCA 3MPKA 5DEXA 3FIRA 3MUQA 5I2KA 4XKPA 1BIYA 3OXNA 3VDFA 2P1SA 5JEIA 3U1OA 3MZ9A 4AB6A 4HCYA 3MBPA 4H0WA 2O51A 2F6GA 3DP8A 2Q2AA 5AA4B 1LFIA 4GD5A 3G3JA 2QMXA 1MY4A 5ICTA 1FQAA 1SDXA 3C36A 4OZ9A 3S9NC 1S7YA 4U21A 1JW4A 1B6HA 4G8HA 1B2HA 4OHNA 2HXWA 5DVFA 3TUSA 3OO6A 3Q29A 3MJNA 4NMYA 2YPNA 3TTKA 1SBPA 1MQDA 3EPEA 3U8QA 5I56A 2XD2A 1LCFA 5F1QA 3WAFA 5L9MA 1B3FA 1O64A 1SW1A 3T9HB 3LBSA 2OJTA 1ZLQA 4IO7A 3V5AA 4LZ8A 3TYHA 4F18A 1Y20A 4YKJA 4JBZA 4GRKA 3A3UA 5H8QA 5DT6A 4JDFA 3CG3A 1PC3A 4R72A 5ELVA 3SKPA 1NMUA 1TFAA 2HQ0A 3N5LA 5J1DA 2G29A 3GBBA 4WEDA 1XVYA 3RTWB 1ZIUA 2F78A 2A5SA 2FA7A 1NNPA 5H8QB 2F35A 1B5IA 1TWYA 4LATA 1Y3NA 4YKIA 1Z7ME 1VR5A 2X26A 3H7MA 1Q35A 1S9TA 2I4CA 5KCJA 3EHSA 2Q89A 4F3GA 4OERA 1FQEA 5H8FB 1JW1A 3PMXA 3FXUA 2XXVA 3IAZA 4KCDA 1SYHA 2DWIA 1NH8A 2VD3A 3W15C 4H8JA 1LLSA 3CSBA 4KYSA 5ICQA 5CMCA 1KWHA 2DXRA 3FV2A 1NNKA 5FHOA 1EU8A 4NF5A 4DIGA 3JV9A 1RKMA 4BDRA 3RY3A 2Q2CA 2OK2A 1MQHA 1LAHE 2Y7PA 1M5CA 2Q9TA 1XVXA 4KR5A 2DWJA 3QYTA 2CZLA 2B65A 3D4CA 1A99A 1QW0A 1B4HA 1PBQA 3CFLA 1B7UA 4FORA 2NWJA 4ELRA 2THIA 4HCWA 1IQ7A 4YZZA 1B46A 1QULA 3JYRA 3RT6B 4QFNA 4U23A 3HHGA 1SI0A 1IXCA 1BKAA 1US4A 2XXHA 4IB2A 3T22A 3OO8A 1LBCA 4KI0E 2W7YA 3MVZA 3KJTA 2NXOA 1I6BA 1SD3A 4U1ZA 4DZ1A 1SQYA 3BFTA 1MXWA 5B7DA 3C34A 3FUZA 1POTA 3R6UA 1WDNA 2B3FA 4N13A 3RGYA 1AIVA 4OFOA 5I2NA 1MH3A 1EH3A 4YAHX 3OO7A 4H65A 4QFLA 2WKYA 1PDAA 2OWTA 4PFWA 3CR9A 4F3PA 4IO6A 4F39A 1NH7A 4E0WA 3BBRA 4WKMA 3PPNA 3UA8A 1FTJA 1P99A 4DCXA 5I2NB 4LQ5A 3CI8A 2PVUA 1SYIA 3RPWA 3ZS6A 3TODA 1Y9UA 4OXVA 2D5WA 2HZLA 3OEMA 2AL5A 4QSDA 3VLWA 4YMBA 4HS7A 1DPPA 2R9JA 1YAEA 1M5BA 5A5XA 2RC8A 2OWSA 5L9SA 3PU5A 3MWBA 3K6UA 3O6IA 3M8UA 3SEYA 1NKXA 1H43A 3UP9A 2XXWA 1EZOA 1JETA 1A54A 2RINA 1N3WA 1B9JA 1EZ9A 1DMBA 1H45A 1MG1A 3LSXA 1XHYA 1B3LA 3QUJA 3W9WA 3TQLA 1UIUA 4ECFA 4PFYA 5ISUA 2H5YA 2XXPA 1SW5A 1D4NA 4OTEA 1SI1A 1MPDA 2F36A 3QIMA 2I3VA 4X1DA 3TKDA 4ELOA 4ND9A 1MM7A 1M5DA 4M1VA 2D21A 4F2QA 1GR2A 1P1WA 4F22A 2G93A 2QJEA 3EN3A 4GQOA 4QSCA 3KN3A 4EQ9A 2VD2A 1LB9A 1II5A 2QS1A 1B3GA 3GBAA 1MY0A 2Y7RA 4ZZEA 4YKKA 1MM6A 4WXJA 4DDDA 2REGA 5HPQA 3O2AA 3K1MA 5FHMA 1OLCA 2UXAA 2DE2A 1IIWA 1N76A 3KN8A 1H44A 4EXKA 3FD3A 3OEKA 1LSTA 4GL8A 2REJA 4LP2B 2X7QA 4YB6A 4M4GA 3VFJA 3G3GA 2ONKE 3S2VA 4ONYA 5FTHA 1ZMGA 4UACA 4G8NA 2PT2A 3KJ7A 5CMKA 5L9OA 5I59B 4C1UA 4FEBA 3RUMA 4GXSB 3BKIB 3T9VA 3PUVE 5JTYB 2HFBA 3H6TA 2Z8EA 4G68A 1DOTA 4O3BA 3MQ9A 3IX1A 5TPAA 2ZYMA 1FQFA 4FE8A 2V3UA 3OELA 2X7PA 5I57B 3RNNA 1MQJA 3KN7A 3F11A 4R9GA 3VXBA 3M3FA 1JEVA 5BUUA 3E4RA 5TP9B 4AB5A 1HSEA 1USYH 3SEWA 2QPQA 1R9LA 1B5HA 1QKAA 3O6HA 3RQTA 1B51A 4OWDA 1B7HA 4G68B 3ZSFA 3EF7A 2RKMA 3CRBA 4JSOA 3IOTA 3Q25A 1FTLA 3K6XA 2DYXA 4R74A 3W9VA 1T0KA 2H4IA 1NNFA 3N94A 1JW5A 4Z0IA 4LZ7A 5H8HA 2QMWA 2QRYA 4Q0CA 2QS4A 4ESWA 4NF4B 4OFLA 4H8IA 1FTKA 3OOAA 4OESA 2V3TA 3O97A 1DTZA 5DEXB 1JQFA 3VV5A 3IOVA 5I2KB 1B1XA 5CC2A 4IO5A 3TPAA 2DVCA 2D3IA 1N7XA 3ILUB 2XXTA 3U92A 4IGTA 3FZVA 4POXA 1D9VA 1DSNA 1MPBA 2UVHA 3V89B 4TLLB 3HSTA 4R6YA 4F1YA 1UTBA 4F3BA 5DVJA 5AA3A 3MZ1A 1IZ1A 2F7AA 2E1SA 3ECRA 3JZJA 2I58A 3T9UA 3K01A 1B0HA 2DOJA 1MXZA 1LCTA 5I56B 4GFRA 1BLFA 1IUDA 4BDMA 1JNFA 3EQ1A 1MXUA 4H5FA 4Q30B 1WVJA 3N6UA 5EHMA 2ZYOA 3VVDA 5CI5A 2AL4A 1ZU0A 3MAMA 3CG1A 5K2YA 5CMBA 1ZBMA 1URGA 4F1UA 4R75A 3G3HA 4POWA 4KPTA 2FNCA 5JK4A 2XX8A 3LUYA 2DWAA 1OVBA 3D4GA 4QFOA 1QUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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