The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
118
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sequence length |
376
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structure length |
360
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Chain Sequence |
b'NQFYKPGMLVPVFSAAGLLKNGRYQFLLQQIETLSLLPTEQYAQLYEALVYRFVEFVQVLPIRLDEPLCSLMNEGLLRGVNSLNHYIQNHPEATPLERYALFSAGLLLEVAHAVVNQKIFITDEEGNFIKQWNPFSGPLIDDVETKHYKIMPLSSYYQRNIPSITPILVRQLLPDEGFLWLTSDMRVFSDWMQALRDDGRFEHVLQLFKHKNIDGLFNTLPALPVNLQDSPATAHADAFLNWLKEALATNQIKVNTSDAGVHVIPEGVFLEKTGIFKQYIDLHVNVPVNLFTVYQQFGNLFGLTKLSGIDYRFEQLFDALKRKSKMGFAGLSPTREGVLIADPNLIFTRGEIPSATYLKL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of an uncharacterized protein from Coxiella burnetii
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical cytosolic protein
|
| source organism |
Coxiella burnetii
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| total genus |
118
|
| structure length |
360
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| sequence length |
376
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-11-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07515 | TraI_2_C | Putative conjugal transfer nickase/helicase TraI C-term |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Hypothetical protein af1432 | Hypothetical protein af1432 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | STY4665 C-terminal domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IPQ X; 3KQ5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PAU A; 4AX9 H; 3RLY H; 1V2N T; 1RS0 A; 2HGT H; 1P2J A; 1BCU H; 1VIT H; 4K8B A; 1O3P B; 1V2M T; 1S81 A; 3EGK H; 3GY2 A; 3ZYE A; 4YES B; 1S84 A; 1JRS A; 1DLK B; 2ZFR H; 1Z8J B; 3NQW A; 1SFI A; 1S6H A; 5GCH F; 3RUO A; 1ESA A; 1Z1J A; 2SNV A; 2QF5 A; 2K8I A; 5C67 A; 2XC5 A; 3PRO A; 3A7Z A; 5EIY A; 1IQM A; 2GVF A; 3BF6 H; 3FAN A; 2RCE A; 1NFU A; 2VIV A; 1KLT A; 1GBB A; 3DA9 B; 1JMO H; 4INK A; 3ZV8 A; 1ZRK A; 4I86 A; 1VQR A; 2ZU1 A; 1GHA F; 3TK6 A; 3UUZ A; 1F5L A; 5E0G A; 2EI6 A; 1O31 A; 2PKS B; 3URC A; 4CR5 A; 2F91 A; 3U1J B; 3ZVE A; 3LGV A; 5EOK A; 4Q2D A; 3NPS A; 2GDD A; 2HOB A; 3S4L A; 2F9V A; 2VNT A; 2V3M A; 1OKX A; 1XX9 A; 3TJO A; 4WXV A; 1AB9 B; 2A45 B; 3WWF A; 1DAN H; 5E2O A; 2WSS D; 4UFD H; 3SJI A; 2ODQ A; 1UK4 A; 1EZQ A; 3M3V A; 2O08 A; 1QHR B; 1QZ8 A; 3KYF A; 1QL7 A; 2OC1 A; 4QQW A; 1ELA A; 2B0F A; 4TPI Z; 1IHT H; 1G3C A; 1C5U A; 2VJ1 A; 2IPQ X; 2J97 A; 1ZJK A; 5T6D A; 1C5V A; 1DX5 M; 4DJZ B; 1TGS Z; 3S0N A; 1SHH B; 1U6Q A; 2VBC A; 4I8G A; 4AN7 A; 5HM9 A; 5EW1 H; 1XM1 A; 3KID U; 1KMH B; 3EAJ A; 1GMH F; 2BD2 A; 3SU5 A; 2GV7 A; 1P05 A; 1EPT A; 4GCH G; 2EC9 H; 1BRA A; 1FI8 A; 2BX3 A; 5CHA C; 2GZ4 A; 2GCH F; 1YOY A; 4ZUH A; 2CF8 H; 1PJP A; 1Y5B T; 1F2S E; 5SGA E; 2OC8 A; 2WPJ S; 4Q7Y A; 2BLQ A; 4U30 A; 2PV9 B; 1O2S A; 5AF9 H; 2XBX A; 1ZGI A; 2ANK H; 1TQ0 B; 2WIN I; 4THN H; 1F0T A; 3SJO A; 1KXD A; 1ZMN A; 3QTO H; 4MDZ A; 3RXT A; 2V3O H; 2PSY A; 5HGG A; 4F49 A; 1HFD A; 1EJA A; 3VB6 A; 1HAZ B; 4JYU H; 1UTO A; 1Y5A T; 2OC0 A; 3FVF B; 4F48 B; 3U1I B; 2HAL A; 1V2J T; 2TPI Z; 2VU8 E; 2V3H H; 4BAO B; 1BTH H; 2VIO A; 1BRU P; 1S5S A; 4L1J B; 2Z3D A; 2ZPQ A; 5T6G A; 3QLP H; 1N6X A; 2G00 A; 1WBG B; 2O8M A; 2ZCL P; 4FUG A; 3F1S B; 1D3T B; 1O3E A; 1QL9 A; 3M5O A; 5AVD A; 3SZE A; 1Y3W A; 1O2O A; 1NRO H; 1SGD E; 4L7W A; 1UJ1 A; 1ELB A; 1HYL A; 1QQ4 A; 3ODD A; 1C4V 2; 3QTV H; 1O2I A; 4NFF A; 1UO6 A; 4YM9 A; 1DWB H; 3K6Z A; 3QX5 H; 1C2J A; 1EST A; 2HNT F; 4HI3 A; 1D3D B; 2AER H; 1TRY A; 4JCN A; 1TA6 A; 3PV4 A; 2AS9 A; 2ZCH P; 4IC5 A; 3RC5 A; 1GHX H; 4TNR A; 1BTW A; 5DN6 D; 1ARC A; 1TPA E; 4JMY A; 3RM2 H; 1HAV A; 1PQ8 A; 2Z6B D; 1QCP A; 2CHA B; 3MO9 A; 3U8O H; 4A6L A; 1TNJ A; 1BB0 B; 2GV6 A; 2ZFP H; 2GJG A; 1TGN A; 4ISH H; 1G3D A; 1W0Z U; 5A8Z A; 2R0L A; 4KTU A; 5AFY H; 2UUJ B; 3UQV A; 2QCY A; 4JK6 A; 1LTO A; 1LPZ B; 4A7I B; 1MKW H; 2XXL A; 3KL6 A; 2M2A A; 2WPK S; 2SGP E; 4OS4 A; 5T1V A; 3SND A; 1Y59 T; 3RXE A; 2EI8 A; 1XUI A; 1H8H D; 7GCH G; 2TGA A; 2KFW A; 1IQK A; 1O0D H; 3PRD A; 1GI3 A; 5IK2 D; 4AYV B; 2PTC E; 2Z9I A; 4O3U A; 4ZCN A; 4RT0 A; 2W7S A; 3PLK A; 1O5E H; 3PTB A; 1GI6 A; 3BG4 C; 5AO3 A; 2V35 A; 2BD8 A; 3P92 A; 2V6N A; 1HBT H; 1JIM A; 2J4I A; 4K8Y A; 1FY8 E; 5JYI A; 2H2Z A; 1DDJ A; 2R9P A; 2CXV A; 1C5N H; 1XX7 A; 5JBA S; 1PQA A; 1ZHP A; 1A1R A; 1NRN H; 2F3C E; 5I25 A; 1LQE A; 1C5Q A; 2ZHW H; 4NWL A; 5TK9 A; 8KME 2; 3MQK C; 1C5W B; 1C1T A; 4CHA B; 4XSK U; 4U32 A; 1YKT A; 2GX4 A; 3MMG A; 4YO9 A; 3MU0 A; 5F53 A; 2RDL A; 1RTK A; 3MU8 A; 3SK9 A; 4ACB A; 1G32 B; 1NFY A; 1YBW A; 4ABD A; 3TMD A; 4I32 A; 1HDT H; 2FOA A; 1F0U A; 1O2R A; 1GBE A; 2BOH B; 1O3F A; 2PR3 A; 4SGB E; 1OP0 A; 3FKS D; 3RU4 T; 1MZD A; 2AH4 X; 1OX1 A; 1V2V T; 5FPS A; 3SBK A; 2OXS A; 1NRQ H; 1GHZ A; 1PPH E; 1C5Z B; 3AVZ A; 1O5G H; 3DSP A; 4ME4 A; 2FDA A; 2OUA A; 1GJ9 B; 3MEM A; 4MLM A; 2ALP A; 2PKA B; 4NFE A; 1ELF A; 3A87 A; 4KTC A; 1J17 T; 3T5F H; 2THF B; 2ZFF H; 1RIW B; 1H8E D; 1O2W A; 4MLF B; 4B75 A; 1CU1 A; 2WV4 A; 3GYL B; 1W7X H; 1P03 A; 1O3C A; 1E36 B; 4X1S U; 2XCN A; 4CH2 B; 1AQ7 A; 3U28 C; 1F5R A; 1OP2 A; 2XBV A; 1GBF A; 2P94 A; 3LU9 B; 3RML H; 2UUF B; 5TCA A; 1V6D A; 1C1M A; 1EFR D; 3ZZ7 A; 1SGC A; 1SQR A; 1XUG A; 5A0A E; 1RGQ A; 2A32 A; 3VEQ B; 2ZTY A; 2FLR H; 3MH7 A; 4CR9 A; 1QL8 A; 1TAW A; 2ZGB H; 1O2G H; 1HIA A; 1L1J A; 3PLB A; 3RP2 A; 2DQB A; 1DWD H; 3FZZ A; 3PMB B; 1O32 A; 4DIH H; 1KXE A; 2ZKS A; 4RXR A; 1E35 B; 1GI1 A; 3KF2 A; 3JZ1 B; 1LVM A; 3PV5 A; 3MTY A; 1QA0 A; 1T4V H; 2A2Q H; 4B71 A; 3UB0 A; 3K2U A; 1INC A; 1RFN A; 2QXI A; 3NKK A; 4FUE A; 2ODY B; 5TCC A; 2HPQ H; 4AFQ A; 2XC0 A; 2A4Q A; 4FUI A; 4U01 A; 5DKM A; 3CCG A; 2Q1J A; 1IAU A; 4K5Z A; 2RG3 A; 3ZZC A; 3BTF E; 1TPO A; 5AO4 A; 3EYD A; 1FPH H; 1XUH A; 1AY6 H; 2BOK A; 2ANY A; 3VFE A; 1SGT A; 1W14 U; 1Y5U T; 1THR H; 2FO9 A; 5K0H A; 4E06 H; 1T8M A; 3RXI A; 4D7G A; 2G8T A; 3V3M A; 4BTT B; 1H4W A; 4TO1 A; 1WOF A; 3VPK A; 4CRF A; 3LH1 A; 2BXU H; 3LIW A; 1XKB C; 3STI A; 3GCH B; 1G36 A; 2BDA A; 3ZVG A; 1GWA A; 1O2J A; 2LP6 A; 3DD2 H; 1FLE E; 1OPH B; 3MNX A; 1FY5 A; 5EW2 H; 2W26 A; 2VWM A; 1P9U A; 3KQC A; 4UFF H; 2P95 A; 1GBA A; 5EGM A; 3HC1 A; 1B7X B; 1P0S H; 4MNV A; 7EST E; 1IQN A; 1TNL A; 2FEQ H; 3UAI C; 4NZQ A; 1L2E A; 3E90 B; 2ZU5 A; 1ETS H; 1W10 U; 3SZN A; 1GJB B; 3SUF A; 1OWJ A; 1AHT H; 3NRL A; 3AW1 A; 1NO9 H; 2J34 A; 1RTL A; 2SGQ E; 1QNJ A; 1ELV A; 2HNT E; 4MZ7 A; 3PWB A; 1UTJ A; 3GDU A; 1PPF E; 2JET B; 4B74 A; 5HIY A; 2R2M B; 1MBQ A; 2FS9 A; 2WHX A; 2ZDA H; 1EQ9 A; 3EST A; 2H5C A; 4ZWE A; 3E16 B; 2P3F H; 3LGT A; 4ZMA H; 4R8Z A; 3JZ2 B; 4DOQ A; 2B7D H; 2Q14 A; 1ELT A; 3MNC A; 2HPP H; 2A5I A; 4JZF H; 4UEH H; 5GXP A; 4Y8Z A; 3DFL A; 3UR6 A; 4L7E A; 3F9H A; 3S7K B; 1YPK H; 3DCL A; 3SU3 A; 2Y5H A; 3Q00 A; 3PYH A; 4GHT A; 3ENS B; 4ZRO A; 1ZPC A; 1EKB B; 1E34 B; 3LGI A; 1NC6 A; 1OOK B; 2EI7 A; 4XDE A; 2H6M A; 2PGB B; 1J15 A; 1ZOM A; 3D23 A; 4I7Y H; 1DUA A; 2ZU2 A; 1SOZ A; 5EXM A; 1SGF A; 1GHV H; 2P3U B; 3GYM A; 1YLN A; 2H1U A; 5T3H A; 1EB1 H; 3OFN D; 3KEE A; 4Y76 A; 2O8T A; 1O2Y A; 4WY3 A; 1SGP E; 3S9A A; 2OGI A; 1UMA H; 2BLO A; 3TNS A; 2BLW A; 1C2D A; 2QGR A; 1UK2 A; 5GND A; 1TNK A; 1V2L T; 4K1T A; 2ILN A; 3N7D A; 4CRA A; 5FCK A; 3PMJ A; 3RXS A; 4ISN A; 3LON A; 2HEK A; 1G9I E; 1QRW A; 3PB1 E; 4ASU D; 1P2I A; 3MO3 A; 4IN2 A; 4NCY A; 5J4S A; 2FWW A; 2ZG0 H; 1SQA A; 5EG4 A; 1VJ7 A; 1UTQ A; 2WZQ A; 2ZTX A; 3SNC A; 2JIZ D; 3FP6 E; 4WME A; 1P10 A; 4TO4 A; 2OTV A; 1S85 A; 2A0Q B; 1HAY B; 2BY8 X; 2VH0 A; 4ZKR U; 2JH0 D; 1V2U T; 3R3G B; 1C2I A; 1ELE E; 3BTQ E; 1GI4 A; 1CHO G; 2W6I D; 1WAY B; 3O8D A; 4KEL A; 5C1Y A; 1ETR H; 2PFE A; 2TRM A; 6CHA B; 4BAK B; 1QIX B; 1C1V H; 4Y7A A; 3OX7 U; 4BXW A; 3EE7 A; 3KQD A; 1O2U A; 1WV7 H; 2ALV A; 4HZH A; 2FLB H; 2FTL E; 3F9G A; 4CBN A; 2ZI2 H; 2PAR A; 1G37 A; 2BD4 A; 2KCY A; 3EE0 B; 2PHB A; 4I8H A; 4ABJ A; 2K1Q A; 1UTL M; 2AIP A; 1LKA A; 2G4U A; 3TGK E; 2RA0 A; 1O3I A; 3S7H B; 1A61 H; 3TJU A; 5DK1 A; 4AFZ A; 2BQW B; 2WUC A; 5E2P A; 1GVZ A; 3P8O A; 4HFP B; 1YWU A; 1ACB E; 1UCY H; 2ZFT A; 5JBC S; 5C5O A; 5F8Z A; 4OS1 A; 4J1Y A; 1BHX B; 2I6Q A; 5CE1 A; 3PM3 A; 2P16 A; 1SLX B; 7KME H; 3TIT A; 3SJ8 A; 3SKD A; 5CDF E; 1O2K A; 2PSX A; 2VID A; 2KM0 A; 4A1X A; 1TRM A; 2AGG X; 1Z6E A; 2PKS C; 1MCT A; 4GVU A; 1EP5 A; 3AAV A; 1UW7 A; 1CA8 B; 3IG6 B; 3MOC A; 1GI2 A; 1J16 A; 2F9U A; 1S6F A; 1MAY A; 4X8U H; 1SGI B; 2XWB I; 4FU9 A; 2P8O C; 1QRX A; 5FPY A; 3T62 A; 1AB9 C; 1KY9 A; 5FPT A; 3GY8 A; 3P8G A; 1GCT B; 3U9A H; 4ISL A; 1GHB G; 4DGJ A; 2BY9 X; 5F6M A; 1GI8 B; 1V2T T; 5EXL A; 1WTH D; 2BD7 A; 1C2M A; 4GCH F; 1TMT H; 1PQ7 A; 2BDY A; 4CBO A; 2Q6D A; 4TO2 A; 1DT2 A; 3TK5 A; 1P06 A; 3U8T H; 1EAW A; 2FMJ A; 2PLX A; 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1K1M A; 3ZVF A; 1MUE B; 1TBQ H; 4ASH A; 4ZH8 A; 1ZJD A; 1DFP A; 1BMF D; 1EAX A; 2BQ7 B; 2H9T H; 2YNA A; 5GDS H; 4AGJ A; 1BIT A; 1K28 D; 1EX3 A; 1K1J A; 1WCZ A; 4BAN B; 1NFX A; 2ZWL H; 1D4P B; 4WVP E; 7GCH F; 2BVS H; 1JBU H; 3TJN A; 1O3J A; 3SU1 A; 5DP7 A; 3ZZ4 A; 2CHA C; 1O2P A; 4RXS A; 5FL7 D; 3LPR A; 4E05 H; 1BBR K; 1SG8 B; 2BDB A; 3LGW A; 4M7G A; 2LNC A; 2OQ5 A; 4WXI A; 1TWX B; 1GI5 A; 1IOE A; 4MCW A; 2WUB A; 4RT1 A; 1IQL A; 3E0P B; 4INL A; 3RXL A; 1EP6 A; 1K1N A; 4VGC C; 3SNB A; 1JWT A; 1KXA A; 1X7A C; 3RXQ A; 3MH5 A; 3BIV H; 1W0J D; 2FLO A; 5LH8 A; 2ZEC A; 4AFS A; 3A7Y A; 1SPJ A; 1ZYO A; 1MTU A; 4RXQ A; 2OIN A; 1KXF A; 3RXF A; 4A92 A; 3A7X A; 2QE7 D; 2AGI X; 3OY6 U; 1WQV H; 1BHX F; 3M61 U; 1O2N A; 3LGU A; 1YP9 A; 3ODF A; 1GBH A; 1O3H A; 2R3U A; 4X1N U; 3FZD A; 5L30 H; 2G81 E; 2AIQ A; 1LCY A; 1GMD G; 3SV2 H; 3UNS A; 2CJI A; 1VCW A; 4QFZ A; 4MPV A; 2ZPS A; 4RKJ B; 1KIG H; 1ZGV A; 1JIR A; 1FXY A; 4FU8 A; 5T6F A; 1GI7 B; 4ABA A; 1HGT H; 4DG4 A; 5GJ4 B; 1A5G H; 1MAX A; 1NRS H; 1S0Q A; 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