3KZBA

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
500
structure length
498
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRESNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
source organism Chromobacterium violaceum
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulokinase
total genus 160
structure length 498
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA01
2GUPA 2ASOA 5EY4A 2NRHA 4FWMA 3EO3A 5KQDA 4FO0A 5AQFA 4WQ4C 1E4GT 4PKIA 3DJCA 3DXKB 3SMPA 3CJBA 4CZLA 1U2VA 4DHYA 1BA0A 4BREA 5BREA 3IMXA 1NLVA 4BGAA 3ENHA 4H0XB 1JCGA 4MLEA 2V7ZA 3JXUA 2HF3A 2P9KB 4JHDB 4FWLA 3ZETB 3H6EA 3FZLA 3AAQA 3H1VX 3VGMA 4FWKA 3U8XA 1ATSA 4HWIA 1XUPO 1Q18A 2IIRA 3H3OB 3C7NA 5KQ8A 4K25A 2GTDA 2E1ZA 1HX1A 3MN9A 2Q1NA 2FLOA 5AQMA 4BRDA 3CJCA 3O8MA 2V7YA 3EKSA 4CZIA 4BC5A 1NGIA 5FPEA 4AM7A 5E84A 3SJHA 2ZGYA 1ZBSA 3O5BA 4ISGA 1BG3A 2YJEA 4B9QA 4CJ7A 3ZEUA 4C23A 3MCPA 3SMSA 1YXQA 2P9UB 2WUSA 3U9DA 3WT0A 1NM1A 2Q97A 1X3MA 3U4LA 3WXKA 3GBTA 1KXPA 4BR9A 1E4FT 4WQ5A 2KHOA 1WOQA 4BRLA 2D0OA 2I7PA 5AFUH 3VEXA 3D7EO 1GLEG 2DPNA 3U9ZA 1GLDG 4B1XB 1U6ZA 3W3DA 3WXLA 5ELZA 5AQUA 4BRMA 3BEXA 5JLHA 4H0VB 4M7XA 5BPLA 4A62A 2Q31A 3MMVA 4H03B 2V51B 5JLFA 3FZKA 1NGGA 2D4WA 4K41A 3WQTA 3FZHA 3SLCA 3DAWA 5AQTA 2EWSA 5F2RA 2ZF5O 4BC4A 3ULEB 3VF6A 4CZEA 4RWTA 5KPZA 2NLXA 3GDQA 4IXCA 4BR0A 4E1JA 1C0GA 3D2EA 5AQKA 5FPMA 2P9PA 3HSCA 4F9OA 3LDOA 4BRNA 3LM2A 2W40A 4A61A 4BGBA 1NGBA 3A8YA 4QS8A 3ULEA 4BC3A 1QQMA 5AQIA 2QWNA 2YI1A 4FWRA 1MA9B 4PL8A 2IVPA 4Y0WA 3H45C 2CH6A 4BRCA 4H5RA 5LJWA 2E2OA 3WXIA 2CGKA 2GWJA 2P9SB 3VGLA 2IVOA 5AQPA 3MDQA 4AM6A 2VYPA 4BRFA 1HKCA 5ADXA 3BF1A 1BUPA 3VOVA 4FOIA 5FPDA 3WQUA 2E20A 4QS9A 3WEEB 5I9EB 1NGCA 2YHYA 2A5XA 2GELA 4B1VA 5E26A 1D4XA 3EN9A 4A2AA 3KVGA 4XH4A 3DXMB 1BU6O 1TYQB 2OANA 3EZWA 1WUAA 4NO7A 3QB0A 4BVPA 5BRDA 5LY3A 5LJVA 3QBWA 3ZX0A 5BPNA 2W41A 3J8AA 2FF3B 4YDUC 3O6WA 2HF4A 4XEIA 3UB5A 2IVNA 4I6MA 1NGEA 4K43A 5EOYA 4YDUA 4JD2B 1BO5O 1MDUB 3UKUA 3G25A 2J4RA 3HTVA 3D2EB 3IDHA 1Z6RA 1NWKA 1DEJA 1HPMA 2HOEA 3HBTA 3KZBA 3RSEB 4BRIA 3AAPA 4CBWA 2A3ZA 5AQVA 5BRFA 1X3NA 2F9TA 2F9WA 4O5FA 4PKHA 4IZ9A 5AQZA 4BR2A 4CZGA 5BRHA 3CI5A 3L6QA 4HTLA 2A42A 4IJAA 4LC9B 3B8AX 1QHAA 3EKUA 2ASPA 1SAZA 1DKGD 3MN7A 3WUHA 2YHWA 1OKJA 2A41A 4BVOA 1S3XA 1KAYA 3M3ZA 5F1XA 1IG8A 3IUCA 1GLLO 3TU5A 4CZFA 2BTFA 4JN4A 1GLCG 2Q0RA 4M7YA 1ZC6A 3UKUB 4CD3A 3ATVA 1V4TA 5AZIB 2I7NA 1ZXOA 1ATNA 4CZHA 3VEVA 4I6MB 2P9PB 4BRPA 2P9NB 3R9PA 3DWLA 3LDNA 3WXJA 3R6MA 3R8EA 3L4IA 5BN8A 5KPTA 2QWQA 3O4WA 2Q0UA 4FL9A 1NBWA 3VENA 2QWMA 1Z05A 1T44A 3M1FA 1NGHA 1G99A 4FPBA 5EX5A 3CJ7A 4JAXA 2Q36A 4H0OA 3C7NB 1NGJA 4JNEA 3LM9A 3JS6A 4BRKA 5AZJA 1XC3A 1RDWX 2UYTA 5AQWA 3H1QA 5AQGA 5F0XA 5TKYA 2QW9A 2GWKA 1GLBG 1J6ZA 4MLHA 3LDPA 3CQXA 4J8FA 1JCEA 3GL1A 5AQXA 2ZWHA 1GLAG 4KBOA 1ESVA 3O1BA 1SZ2A 4CZJA 1RFQA 1BWFO 4BR7A 2BUPA 2P9SA 1C0FA 1NMDA 4BRQA 2AP1A 5AZIA 1BDGA 2QXLA 4B1UB 3HM8A 2QWLA 1X9JA 4H0TB 3W0LA 2P9IB 1GLJO 2P9LA 3UKRA 5AR0A 2E2NA 4CBUA 1P8ZA 3ZETA 3CHWA 3QFUA 1NGDA 1T6CA 2ZGZA 3LL3A 3FZMA 1U2VB 4BR5A 5BR9A 3VEWA 4IJNA 1QZ5A 2E2QA 5AZJB 3QFPA 4FWSA 1KAZA 1YUWA 1QQOA 1NGAA 2VWBA 5ADXH 5CE3A 3QDKA 1JCFA 3GG4A 3D2FB 5AQHA 4H0PA 4EIAA 3F9MA 4PL7A 1TYQA 4FSVA 3I8BA 4XH5A 4JD2A 4ISFA 4BG8A 5AQOA 2FF6A 3A5LC 4FWOA 3VETA 4WQ4A 2QWRA 3ATUA 3VEOA 3S41A 4EHUA 2A40A 2P9UA 2V52B 3CETA 3QBXA 2FSNA 3GOIA 2Q2RA 3VESA 4B1YB 2QM1A 5BN9A 1CZAN 5AQJA 1MWKA 1XQSC 4DQ8A 4RTFD 3DXMA 4FWPA 1LCUA 2CGJA 5BPMA 5AQYA 2GEMA 1YVNA 3O80A 1DGKN 3FR0A 4EFHA 1HJOA 3FGUA 1ATRA 3HI0A 3BF3A 4Z94A 4CZMA 1H1VA 3KHYA 3BP8A 3H3NO 1QZ6A 3CJAA 3HZ6A 3A0IX 1GLFO 4H5NA 5AFUA 3LDLA 2E1YA 3CIPA 2P9LB 2H3GX 2PBDA 3O08A 3A5NC 4M63C 5AQRA 4A2BA 3TPQA 4B1WB 4CD1A 4B1ZA 2QWOA 4BROA 5B8HA 1TUUA 3MN5A 5FPNA 4CZKA 3OHRA 4QS7A 4RCHA 3VF4A 3IFRA 5AQNA 4H0YB 2D1KA 3P4IA 4FWNA 2YJFA 4BR4A 1SQKA 4H5WA 2VCPA 3L0QA 2E2PA 3EL2A 1BOTO 5EVZA 4WQ5C 3GE1A 3VEYA 1HLUA 1S22A 3VF2A 2FXUA 1YAGA 3WEEA 4BC2A 4BRHA 1TUYA 4MO5A 2D0PA 5KPRA 4NB4A 2AA4A 1K8KA 4L3QA 1Y64A 2PAVA 1RGIA 5EXWA 5AQQA 3H46O 4CI6A 3FFKB 3C0BA 2P9NA 4BRGA 4WYBA 1EQYA 3MN6A 4BQZA 3ZX3A 3A5MC 4MO4A 5AQSA 3AY9A 4GNIA 2P9KA 4DB3A 4FOEA 1LOTB 3CERA 4ISEA 3RSEA 1IJJA 2E8AA 2QWPA 4GY2B 3ZEUB 3CJ1A 1V4SA 3D2FA 4H5TA 4BQLA 3DXKA 1BA1A 4FWQA 3QICA 1HKGA 3A5OC 3ENOA 4O8KA 5JICA 2P9IA 1KAXA 4FPAA 3FZFA 3SK3A 2FSJA 3MK6A 3VERA 4XH1A 4IWVA 3UE5A 2YCHA 1T6DA 2ASMA 3O1WA 3VEZA 4DCHA 3QMLA 3I33A 2CGLA 2NZTA 1K8KB 1HUXA 1QQNA 2HMPA 3FLCO 4IO8A 1HKBA 2FSKA 3LDQA 4JHDA 3ID8A 3CQYA 2ITMA 3ZX2A 5JMVA 2E88A 2YHXA 4CBXA 4BG9A 3M6GA 1R59O 4PKGA 3VGKA 4K42A 4BRAA 4EHTA 4EAHD 3UKRB 3VPZA 3FE1A 3BUZB 3AARA 1NGFA 5AQLA 3CJ9A 4H5VA 2CH5A 1MWMA 2A6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ASOA 5EY4A 3WNFA 3SI6A 5DM6L 4J2DA 4E7KA 4WQ4C 4B3OA 4ILGB 3DJCA 3CYMA 4BDPA 4I7FA 4CZLA 1I94K 2IOCA 1KTQA 2GX9A 4ZTFA 4BGAA 4X64K 3KIOA 4FW1A 5E41A 3H6EA 4EP5A 3K58A 4CCHA 3U8XA 5HRNA 4OKEA 4DTSA 4FM2A 3B6OA 5KQ8A 1EP4A 3SV4A 3OYIA 3MN9A 1RTDA 2Q1NA 3EEQA 4CW7B 4NXMK 2FLOA 3DRRA 3V81A 4BRDA 4IOCL 2V7YA 1NGIA 2E6MA 4AM7A 3SJHA 3O5BA 1BG3A 2YJEA 4M3RA 3ITHA 2P9UB 2WUSA 3U9DA 3THWA 3WT0A 3U4LA 4CJ5A 2FC0A 1IKXA 4BRLA 2FBXA 3DOKA 3J80O 3U9ZA 3OYDA 4IEEA 3W3DA 3CFOA 3DLGA 4FK2A 5AQUA 4I9QA 5KRSA 4FM0A 4DV5K 4A62A 4DR3K 1KD1O 2KTQA 4H03B 2D5RA 4CHOA 3OVNA 2D4WA 2HMIA 3FZHA 4Y1DA 3DAWA 5AQTA 5F2RA 4JYAK 3ULEB 3VF6A 4RWTA 2X6SA 3TARA 3VN5A 1TV6A 4E1JA 2ATQA 4DR6K 4JRPA 2WONA 4F9OA 2HBLA 3A8YA 3AVNA 4AF1A 4BC3A 1YHQN 3MWTA 5CHIA 2QWNA 1EWRA 3H45C 2IGIA 1NKBA 2CGKA 5AQPA 4KRFA 1TKXA 4IDHA 4LFBK 2VYPA 3QEPA 4ZHRA 5JS2A 5ADXA 4KV8A 2O8BB 2E20A 2XRIA 4QS9A 4O44A 1NGCA 2YHYA 3K57A 3KK2A 3D6RA 1D4XA 3EN9A 1VRUA 3VQAA 1A5XA 3DXMB 1R0AA 2ZJQL 3DI6A 4IFEA 1JL1A 3EZWA 4CHPA 2XHBA 3VQDA 3MX2A 2UUAK 4NO7A 4BVPA 1KLMA 5BRDA 3O9UA 3L3UA 1HMVA 3QBWA 4HUEA 2XO7A 1VAZA 3O6WA 2HF4A 2P5OA 4FJMA 3OYEA 1WSJA 2NRRA 4B08A 1NGEA 1J54A 1C1AA 3HP9A 4H4MA 1RDDA 4YDUA 3HTVA 4OPKA 1Z6RA 5GIPA 4FLZA 1VQPN 3KZBA 4BRIA 3V9WA 3S9HA 2O8CA 3VQ5A 4G1QA 1BQMA 5C0YA 4PKHA 4CZGA 3CI5A 1D9DA 4HTLA 4IJAA 2PY5A 1N8RO 2HW3A 3EKUA 2ASPA 1SAZA 1DKGD 3RMCA 3WUHA 3AVCA 2YHAA 1B92A 1IG9A 4CGFA 1TVRA 1BIUA 3OYAA 5F1XA 1IG8A 4ILJA 1OVYA 2P51A 3AO1A 4MDBA 5DMRA 4CZFA 2YNFA 1GLCG 2Q0RA 3PIPL 3CFRA 1ZC6A 3R1XA 3UKUB 5IT9O 1V4TA 1HNZK 3A2FA 4OKKA 2I7NA 1ATNA 4C8LA 4I6MB 3SAFA 4BRPA 1UA1A 4RW6A 3P38A 1KFDA 4GMJB 2Z1HA 5BN8A 1SUQA 3HOSA 1LV5A 1VQKN 1NBWA 2WBNA 4WFNL 3HP6A 3K9KA 1G99A 5EX5A 4KI6A 3CJ7A 4FLYA 1FJGK 1BCOA 4CJFA 2UYTA 2FBYA 5AQWA 4K0KK 3VQ8A 2GWKA 4KAZA 4CJWA 3CCSN 1Q7YO 1J6ZA 4MLHA 4LY7A 3VQPA 4PA1A 3QNNA 1CZ9A 4N56A 4UY8O 3GL1A 5AQXA 3KLEA 1GLAG 3CPEA 3O1BA 1U45A 1TAUA 1SZ2A 1BL3A 3KLIA 1RFQA 3L2UA 4BR7A 2PYJA 2P9SA 1C0FA 5HP1A 3NFAA 1SV5A 4BRQA 1VQON 1BDGA 4FJ7A 4B1UB 1X9JA 3OTOK 4CIGA 1RBTA 1EO1A 1GOAA 4B9LA 4JI1K 4CJ4A 3HPGA 4JI6K 4O5BA 3T69A 3LL3A 3FZMA 1C6VA 1YJNN 1TKDA 3KLGA 5BR9A 4FK0A 4IJNA 1VSLA 4PQUA 1NJWA 4DU1A 1KAZA 4DF4A 3HPHA 5JVHL 2RHKA 3NDKA 5ADXH 5CE3A 1C1BA 1JCFA 3GG4A 4RW9A 3PLAA 3MWPA 4EIAA 4IOXA 3MXMA 1TYQA 1LWCA 4FSVA 4XH5A 4JD2A 4ISFA 5FRNA 1YTUA 3AVFA 3T19A 3A5LC 4JRQA 2QWRA 2FBTA 5KGWA 1HR0K 4JKGA 3O9SA 1W2BM 4OPJA 4M3UA 2V52B 3CETA 3CCJN 2G8FA 2Z1JA 3CFPA 3J7AP 5FRMA 1YJ9N 4DQRA 3Q7BA 1C0MA 4E19A 4KHWA 5HL7L 4CHZA 1NOYA 5CR4A 4FWPA 4IBNA 3KJVA 3BY5A 1HPZA 5BPMA 4NYFA 3LP3A 1J5OA 4DV2K 3MAQA 3RMBA 1E3MA 4KH5A 1HJOA 1ATRA 3HI0A 3BF3A 4KH6A 4DG1A 4CEBA 3KHYA 3BP8A 1NMNA 3AVIA 2F8TA 3HZ6A 4FJHA 4JI5K 4FJIA 2H3GX 2PBDA 4A2BA 3I0SA 3B6PA 5SWMA 1M90O 1TL1A 5B8HA 1OH5A 3L8BA 3MN5A 2OPSA 3OHRA 4QS7A 4JKBA 1S6PA 2D1KA 4L8RB 1VQNN 3G0ZA 4FWNA 4CFDA 3CCQN 1YT3A 3CC4N 1IKWA 1SQKA 4O8UA 3OS1A 1NJYA 4KHSA 4KI4A 4E7LA 2O8FB 5I3UA 1CLQA 3NH0A 1LW2A 1TKZA 3AVKA 3NMUA 4CEQA 4BC2A 3WNGA 1SL1A 3KWIA 3G4SN 2NRXA 2QA4N 4NB4A 2AA4A 4BY9C 4MQ3A 4AHCA 2WFBA 1RGIA 4B3TK 3OS2A 3FFKB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2GUP A;  2ASO A;  5EY4 A;  2NRH A;  4FWM A;  3EO3 A;  5KQD A;  4FO0 A;  5AQF A;  4WQ4 C;  1E4G T;  4PKI A;  3DJC A;  3DXK B;  3SMP A;  3CJB A;  4CZL A;  1U2V A;  4DHY A;  1BA0 A;  4BRE A;  5BRE A;  3IMX A;  1NLV A;  4BGA A;  3ENH A;  4H0X B;  1JCG A;  4MLE A;  2V7Z A;  3JXU A;  2HF3 A;  2P9K B;  4JHD B;  4FWL A;  3ZET B;  3H6E A;  3FZL A;  3AAQ A;  3H1V X;  3VGM A;  4FWK A;  3U8X A;  1ATS A;  4HWI A;  1XUP O;  1Q18 A;  2IIR A;  3H3O B;  3C7N A;  5KQ8 A;  4K25 A;  2GTD A;  2E1Z A;  1HX1 A;  3MN9 A;  2Q1N A;  2FLO A;  5AQM A;  4BRD A;  3CJC A;  3O8M A;  2V7Y A;  3EKS A;  4CZI A;  4BC5 A;  1NGI A;  5FPE A;  4AM7 A;  5E84 A;  3SJH A;  2ZGY A;  1ZBS A;  3O5B A;  4ISG A;  1BG3 A;  2YJE A;  4B9Q A;  4CJ7 A;  3ZEU A;  4C23 A;  3MCP A;  3SMS A;  1YXQ A;  2P9U B;  2WUS A;  3U9D A;  3WT0 A;  1NM1 A;  2Q97 A;  1X3M A;  3U4L A;  3WXK A;  3GBT A;  1KXP A;  4BR9 A;  1E4F T;  4WQ5 A;  2KHO A;  1WOQ A;  4BRL A;  2D0O A;  2I7P A;  5AFU H;  3VEX A;  3D7E O;  1GLE G;  2DPN A;  3U9Z A;  1GLD G;  4B1X B;  1U6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BGG A;  1RDC A;  3M8R A;  2E2P A;  1BOT O;  2WTU A;  5EVZ A;  2XY6 A;  4WQ5 C;  3GE1 A;  3OYN A;  1HLU A;  4CEE A;  2O8E B;  2YHB A;  3PX4 A;  1YAG A;  1NKE A;  4LF4 K;  1RCH A;  2KFZ A;  3NGI A;  2D0P A;  5KPR A;  3QEW A;  1L3S A;  4DSJ A;  4GKJ K;  1Y97 A;  4NXN K;  3OYF A;  3VA3 A;  3OBY A;  1EET A;  3L2V A;  3BZK A;  5AQQ A;  4CI6 A;  3D0P A;  2HND A;  4N5S A;  4DS4 A;  1UAX A;  3ZSY A;  4DV4 K;  3DM2 A;  3KLF A;  3ZX3 A;  4YOU A;  3AY9 A;  5CZ1 A;  4FOE A;  3ZSZ A;  4KO0 A;  2Z1G A;  1SKS A;  4LFC K;  1WSF A;  4ELT A;  2ZJP L;  2YCH A;  3O1W A;  4K8Z A;  2W42 A;  3MEE A;  4IO8 A;  1QQN A;  4JK9 A;  1IBL K;  5HRR A;  3F9K A;  4I9L A;  3QIO A;  3ID8 A;  5C42 A;  3EY1 A;  4WCE L;  2W6K A;  4DTP A;  4B9M A;  4JI0 K;  3E01 A;  4PUO A;  3VGK A;  4EHT A;  3UKR B;  3FE1 A;  3OYB A;  5AQL A;  4H5V A;  4YOT A;  2CH5 A;  2NRW A;  1MWM A;  2A6A A;  3OYH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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