3KZBA

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
500
structure length
498
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRESNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Xylulokinase
source organism Chromobacterium violaceum
molecule tags Transferase
total genus 160
structure length 498
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA01
3CQXA 4CZHA 3WEEB 1JCGA 1K8KA 3DWLA 1GLLO 4CD1A 3L6QA 1D4XA 1HKGA 2YI1A 3MCPA 3ZETA 4PKIA 2V7YA 1LCUA 3VOVA 4IJNA 4BVOA 3AY9A 1GLDG 3I33A 2Q2RA 1TYQA 3O08A 2A5XA 1U6ZA 3WXJA 5AQSA 4J8FA 1NGBA 4E1JA 2W41A 3D2EB 5BPLA 1XQSC 4FWNA 2D4WA 5BN8A 3AAQA 3CJ7A 4QS8A 4ISFA 4CZEA 2E1ZA 3GBTA 4JD2A 1BWFO 1TUYA 1V4SA 1NGCA 3A5OC 5JLHA 2BTFA 2ZWHA 3VGMA 3FR0A 2P9NA 1GLEG 4IXCA 1BOTO 1NBWA 1SZ2A 5KPTA 1H1VA 4GY2B 3HBTA 3CQYA 1SQKA 1V4TA 3EO3A 5TKYA 3H1VX 3D2FA 3TU5A 3WEEA 2IVNA 2OANA 1LOTB 2QWMA 4FWKA 1KAZA 1ATSA 2P9IB 4BRNA 3R6MA 5AQOA 3U4LA 2A41A 4NB4A 2QWLA 3JS6A 4CZGA 1HX1A 1BA1A 3LM9A 2NRHA 3BF1A 3LDPA 3CJBA 4CBWA 4K43A 4A61A 1ZXOA 1XUPO 4IJAA 3D2EA 2W40A 4BRQA 3VPZA 1RFQA 4JNEA 3C0BA 1GLAG 3H1QA 4CZMA 5BPNA 5EVZA 2HF3A 5KPZA 3VF4A 2GWJA 4PKGA 5F2RA 4BREA 3G25A 1NGAA 4Y0WA 3VGLA 4ISGA 2E1YA 3BP8A 5AQNA 1KAXA 3GL1A 3TPQA 4EFHA 4EIAA 1HJOA 1KAYA 1K8KB 2QXLA 3CETA 4CZLA 3BEXA 4L3QA 4MLEA 4FWMA 4AM7A 2A6AA 5AZJB 2GWKA 3KZBA 3WXLA 4O5FA 3QDKA 4CBUA 5BPMA 1GLFO 4B1UB 3H3NO 3JXUA 4MO4A 1E4GT 3QFUA 4H0OA 2P9IA 4BR9A 3UKUB 3DJCA 4WQ4C 3SJHA 5ADXH 3AARA 2A42A 2WUSA 3VEOA 1GLJO 3MN7A 2IIRA 5ADXA 1EQYA 5BRFA 4JD2B 5AQRA 1NGIA 1YVNA 2PAVA 5BREA 2FSKA 3MMVA 3LDQA 3VERA 4QS9A 5AQLA 4B1VA 3H46O 4FWOA 4EAHD 3KVGA 5AFUH 3R9PA 4H5VA 4K41A 3BUZB 1KXPA 2E8AA 5EX5A 3EL2A 5AFUA 1QQMA 4H5TA 5BRDA 3D2FB 3H6EA 4WQ5C 1E4FT 5AQJA 4WYBA 4A2AA 1BU6O 4FPBA 4HTLA 3WQTA 1Q18A 1YXQA 1NGJA 5AZJA 3FZLA 5BRHA 2GUPA 4NO7A 2D0PA 4RCHA 4FL9A 5KPRA 3UKUA 3ID8A 3CI5A 5B8HA 4BC2A 4EHTA 2V52B 3VGKA 3W3DA 4BROA 1YAGA 5AQYA 1HKCA 3ENHA 1QZ5A 4PKHA 2I7PA 1WUAA 5FPEA 3UB5A 3A0IX 3MK6A 2YHYA 1T6DA 2FXUA 2DPNA 4BR5A 1GLCG 3LM2A 3P4IA 1BA0A 3FFKB 3QMLA 3ZX2A 2ASMA 3CERA 4BRHA 3FLCO 4CZFA 3FGUA 4LC9B 1NLVA 3GDQA 4BC4A 4DQ8A 3VETA 2YJEA 4BRAA 1C0GA 3O1WA 3O4WA 1OKJA 3L0QA 4BRDA 5I9EB 1HUXA 3WQUA 1IG8A 2YHWA 4FWPA 4H5NA 1T6CA 3WUHA 4K25A 5E26A 2HF4A 3UKRA 1DGKN 4BRGA 1X9JA 2FF6A 4IWVA 5AR0A 3L4IA 4XH5A 4EHUA 3LDLA 4JAXA 2HMPA 3M6GA 4FSVA 5EOYA 2I7NA 5E84A 2E20A 1GLBG 1RDWX 2IVPA 3H45C 2Q0UA 3AAPA 1MWMA 3IFRA 4FPAA 3S41A 5LJWA 2AP1A 4IO8A 4B9QA 3O1BA 4BRPA 2E88A 2E2NA 2GTDA 3CJ9A 3VENA 4YDUA 2EWSA 3FZKA 1HKBA 1ATRA 2YCHA 1BO5O 2E2PA 2QWRA 4DHYA 2GEMA 4H0TB 3VEVA 3EKUA 1X3NA 3EN9A 3WXKA 4B1WB 1NGDA 3B8AX 5AQZA 3QICA 3F9MA 4FWQA 4H5RA 4BR2A 4M7XA 3DXMB 1Y64A 4BRFA 4RWTA 4BQLA 1MA9B 2VYPA 3CHWA 1X3MA 4H0XB 1S3XA 4BGBA 3VF6A 5AQTA 5LJVA 4BQZA 3HI0A 5AQHA 2D0OA 5FPDA 3GOIA 4C23A 5AQVA 3LDOA 4JN4A 1NMDA 4BC3A 3CJCA 1G99A 3U8XA 1BG3A 5F1XA 4CD3A 3VEZA 2ASOA 5AZIA 5JMVA 1YUWA 4FO0A 2QWOA 3EKSA 4FWLA 4H0VB 4GNIA 4O8KA 2CH5A 5AQPA 3FZFA 2F9WA 3M1FA 4BRIA 2V7ZA 3QBXA 2P9LA 5EXWA 2ZGYA 4PL8A 1BDGA 2D1KA 2Q36A 4RTFD 1NM1A 5AQXA 3HSCA 3OHRA 3DXMA 1P8ZA 3BF3A 3VEYA 4BRLA 3ENOA 5KQ8A 2GELA 2V51B 3UKRB 5AQWA 2F9TA 2CH6A 4XEIA 3VF2A 1ATNA 3WXIA 1U2VB 4M63C 3MN9A 3SK3A 1CZAN 1QQOA 1NWKA 3UE5A 5JICA 4BRKA 5BR9A 3O80A 4CBXA 2BUPA 4BG8A 1HLUA 2P9UA 3HM8A 4FOEA 1Z6RA 5EY4A 2Q0RA 5AQQA 4A62A 1QQNA 2IVOA 4BRMA 4IZ9A 4JHDB 3GG4A 3ZEUB 3FZMA 3R8EA 2NZTA 3IUCA 2P9KB 2J4RA 3C7NA 4K42A 3U9ZA 1DKGD 3HZ6A 3O8MA 1MDUB 2KHOA 3ULEB 3SMPA 2NLXA 3ZX3A 4B1YB 5LY3A 5FPNA 3QBWA 4AM6A 2P9SA 3DXKA 4Z94A 5ELZA 2HOEA 1QHAA 3O6WA 3H3OB 4B1XB 3GE1A 3M3ZA 5AQMA 3DAWA 3FE1A 2QM1A 4FOIA 2ASPA 1U2VA 1ZC6A 2AA4A 4MLHA 5AZIB 2A40A 1QZ6A 3EZWA 4QS7A 4DCHA 3A8YA 1JCEA 4BR4A 4FWRA 2P9PB 5CE3A 2FSNA 2CGJA 1JCFA 1DEJA 1WOQA 3SMSA 3CIPA 3MN5A 5AQIA 4JHDA 5AQKA 3VEXA 4I6MB 1BUPA 5F0XA 2A3ZA 2P9LB 3IDHA 3FZHA 3QB0A 3O5BA 3ZEUA 4H03B 3WT0A 1NGGA 2ZGZA 3ZX0A 2P9KA 3VEWA 4BGAA 3LDNA 3J8AA 3U9DA 4YDUC 4KBOA 3ULEA 4DB3A 3A5MC 4BG9A 4BVPA 3CJAA 2Q31A 2VCPA 5AQUA 2Q1NA 2CGKA 1NGFA 4H0YB 2YJFA 3I8BA 3VESA 4BR0A 3RSEB 1J6ZA 2ZF5O 4FWSA 4H0PA 4BRCA 2P9UB 1SAZA 1Z05A 2VWBA 5AQGA 4B1ZA 1NGHA 2UYTA 2E2QA 4H5WA 4WQ4A 3ZETB 3KHYA 4CZKA 2YHXA 4PL7A 1R59O 2ITMA 2E2OA 2P9PA 1TYQB 3HTVA 1NGEA 2FLOA 2QWPA 2PBDA 1C0FA 2QWNA 2QW9A 3ATUA 3ATVA 1TUUA 5AQFA 4XH4A 3C7NB 2QWQA 2FF3B 1HPMA 4MO5A 1S22A 3LL3A 2FSJA 4M7YA 5FPMA 4I6MA 5JLFA 1T44A 3A5LC 1IJJA 4F9OA 2CGLA 1ZBSA 1ESVA 4BC5A 2P9SB 4CZIA 3IMXA 3DXKB 2H3GX 3QFPA 3CJ1A 4ISEA 4CI6A 3MDQA 4XH1A 3A5NC 4CZJA 4BR7A 4WQ5A 1XC3A 2P9NB 4CJ7A 3D7EO 3SLCA 3MN6A 4HWIA 3W0LA 1MWKA 5BN9A 2Q97A 5KQDA 4A2BA 1RGIA 3RSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WEEB 4E7JA 1D5AA 3PV8A 4H4OA 3L2QA 3DLKA 4M3YA 1HMVA 2DY4A 1D4XA 1HKGA 4W5TA 2RHKA 1LCUA 4KH4A 4LF7K 4PY5A 1ASUA 1TYQA 1NKBA 4KTZA 3VQ7A 2A5XA 1U6ZA 5CZ2A 3WXJA 3C6UA 2VQEK 1TL1A 4AQYK 1YJWN 2D4WA 3AAQA 3CJ7A 2KTQA 3KKSA 4JK8A 1RBTA 4CEEA 4JD2A 1L5UA 3A5OC 5JLHA 5HL7L 2ZWHA 4XIUA 2P9NA 3LAMA 2A1RA 3ZSWA 2X74A 3HJFA 3HM9A 1NK0A 2IVNA 3AA4A 4G1QA 1ATSA 4IOXA 5AQOA 1QSSA 3QO9A 4KHUA 3LAKA 3CQ8A 4FJIA 1S1WA 4IOCL 2UUAK 2Z1JA 3OYAA 4A61A 1XUPO 3CCJN 3D2EA 3K57A 2OZSA 2Z1HA 3RTVA 2I5JA 1GLAG 4CZMA 3NVMA 1NU0A 1X1PA 3V9XA 5BPNA 1J54A 4X64K 4RW7A 2GWJA 4BREA 1NGAA 4KTQA 1YITN 4DV7K 1Q82O 5AQNA 4DV3K 1KAXA 4EFHA 4EIAA 5C10A 1HJOA 2FBYA 1K8KB 2QXLA 3RRHA 3T1HK 3BEXA 3D45A 1CXQA 3R3LA 4AM7A 4KHSA 1NK5A 4DS4A 3WXLA 1HNZK 4DR1K 2XY8A 3MEEA 3H3NO 4C8LA 4BR9A 3UKUB 4B3RK 4WQ4C 4B3SK 3CCRN 3THXB 1VQMN 1IKVA 5JS1A 1RNHA 2WOMA 4AHVA 3AARA 2A42A 4DQPA 2RKIA 2X78A 2HSTA 1EQYA 1HNVA 2Z1GA 1OVQA 3CCLN 4JV5K 4BE2A 1C1CA 3ZSXA 4HCBA 5HRPA 4MQ3A 3LDQA 4M42A 3P31A 3HL8A 4M3RA 1QVGM 1EETA 3H46O 4FWOA 2NRTA 2PY5A 4G9ZA 5LL6Z 4K41A 1WSHA 1QQMA 4DTNA 1IKWA 3D2FB 4WQ5C 3M5RA 1RDAA 1BISA 4FPBA 4WFAL 4FJXA 3VQ6A 1KD1O 4B9UA 3SQ0A 5AJ3K 1YXQA 5BRHA 3SAFA 3TTCA 4CFAA 4AILC 1UA1A 2D0PA 4CK2A 4CK1A 4FM0A 4K8ZA 1KVBA 4H4MA 5C15A 3O3FA 2V52B 1SKRA 4NLCA 3QEPA 1HKCA 1NG9A 4CK3A 4WF9L 1WUAA 4JI4K 1OH8A 4CW7B 1T6DA 2P51A 4OLAA 2RPIA 4M45A 4BR5A 1GLCG 3LM2A 1EXQA 2UXBK 4O44A 3LZJA 2X6NA 3O9QA 1TKXA 3CERA 4BRHA 3LWLA 2P5GA 2ATQA 4EZ9A 4CZFA 1BI4A 4LC9B 3WNGA 3NAEA 4ICLA 1NKEA 4DQ8A 2YX6A 2ZQBA 1S1UA 3KLIA 3MEGA 4DS5A 4B9VA 1HUXA 4O55A 1LW0A 5HRNA 3WQUA 1XHXA 2ZJRL 4K25A 2HF4A 2WONA 4E3SA 4IWVA 3L4IA 1QVFM 4XH5A 3LDLA 4JAXA 4CERA 1IBKK 3CPWM 5EOYA 1RT2A 1VQPN 1GLBG 1KTQA 1WNSA 2Q0UA 4FPAA 4DV1K 4W5NA 4MDBA 2XY5A 4B9QA 4CVNE 3O1BA 3QEXA 2O8FB 2GTDA 3VENA 2EWSA 2ZM6K 2HMIA 3FZKA 2YCHA 4C8NA 4DHYA 2B6AA 4R5PA 3VEVA 3EKUA 1XHZA 3MX2A 4B1WB 3OYGA 3HP9A 1Y64A 4BRFA 4PWDA 4CCHA 3CHWA 2WTUA 4H0XB 4F4KA 4RW4A 5AQTA 4K8XA 2D0OA 5FPDA 5AQVA 3O3HA 4NCBA 1UOCA 2YNFA 3U8XA 1NJIO 5KGXA 1T05A 4CJSA 4DSLA 1W9HA 4E7IA 5JMVA 5CY4A 4FJJA 4DFPA 5AQPA 1LW2A 3FZFA 3PO4A 4YNQA 4CGFA 4J2DA 4DSKA 3QBXA 5KGWA 4Q0BA 4PL8A 2Q36A 3AVLA 5DK5A 3EE9A 3DXMA 1P8ZA 3BF3A 3NHGA 3OS0A 3HOTA 4CJ4A 1Q7YO 2B4JA 3SK3A 4DTOA 1U04A 1CZAN 3G10A 3UE5A 5BR9A 1FXXA 4CBXA 4DTUA 2KW4A 4C8MA 4BG8A 1M90O 4BE1A 4B9TA 1Z6RA 3NH1A 4FM1A 5AQQA 3UIQA 3P5JA 3CFOA 4E7HA 3AVMA 2IVOA 2UXCK 3CF5L 4JHDB 1TK0A 3QIPA 3ZEUB 4IFVA 4RW8A 2J4RA 3U9ZA 3L8BA 2F96A 3O8MA 3HZ6A 1TKZA 2KHOA 4KREA 3IAYA 3SMPA 4JI3K 2NLXA 4DSEA 3JSMA 5FPNA 4LH5A 3QBWA 2NRZA 3DXKA 4Z94A 3HOSA 5ELZA 2KZZA 1VSIA 1SV5A 4DSFA 3GE1A 1VQ7N 3THVA 3N4PA 4F2SA 4NCAA 4OJRA 3HSTB 4BR4A 2P9PB 4DG1A 2QKBA 5CE3A 3PX0A 2AJQA 4BDYA 5C0YA 4E1MA 5I42A 1RTIA 1DEJA 1WOQA 1BGXT 5AQIA 3ASMA 2Y1IA 1HQUA 1ZBIA 1VSEA 4I6MB 3L3UA 2A3ZA 2OTJN 4JS5A 3QB0A 4ZHRA 3WT0A 1JLCA 3J81O 3V9UA 4KB1A 1N34K 4WE1A 5LMUK 4DTJA 1EWRA 3VEWA 2OYQA 3C65A 3LDNA 3NGIA 1A5WA 3SUQA 4IDHA 1JLBA 2VCPA 4GVMA 5AQUA 4I2PA 1S1XA 3ZSRA 1BHLA 2D0CA 1D9FA 5IT9O 1NGFA 3VESA 4BWJA 2P9UB 3F73A 3MAQA 4H5WA 3ZETB 4WQ4A 4E7KA 1HYVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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