3KZBA

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
500
structure length
498
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRESNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Xylulokinase
molecule tags Transferase
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 160
structure length 498
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA01
1J6ZA 2FSNA 3FGUA 1BUPA 3BF3A 3ENHA 3FZKA 4CD1A 1BG3A 5FPNA 4MO5A 1LOTB 3QBXA 4ISGA 4CZHA 1ATRA 2CH5A 3ZX3A 4BRKA 2UYTA 1YUWA 1NM1A 2A5XA 4WQ4C 3M3ZA 1KXPA 3AAQA 3CJ1A 3MK6A 3TPQA 4KBOA 1CZAN 3WUHA 3H46O 5BN8A 5ADXA 3QMLA 2KHOA 3QFUA 4JAXA 3LDPA 4H0XB 3WEEB 4A2AA 4BR9A 2GELA 4BRHA 2QW9A 4HTLA 3D2FB 4JD2B 5I9EB 5FPEA 1C0GA 4BROA 4BRPA 4BRDA 4RCHA 2P9NA 2A6AA 3CETA 3VF6A 3O6WA 5AQFA 2FF6A 3GDQA 3H3NO 4H5VA 1U2VA 3IDHA 4QS9A 4B1YB 1QQMA 5CE3A 3EKUA 2A3ZA 3UB5A 4AM7A 1GLJO 3O80A 1BU6O 3SMSA 4XH5A 2P9PA 3MDQA 4EHTA 2HOEA 2GWJA 3I33A 3VEVA 3O8MA 3C7NB 3UKUA 3EKSA 4BC4A 5BPLA 2YHWA 4FWQA 2ZWHA 4BVOA 2P9IB 3FZHA 3U9DA 1NGAA 3DXMB 1S3XA 5EVZA 1WOQA 3R9PA 1NGIA 4BRCA 2P9SA 4FWKA 1DGKN 4ISEA 3VGLA 4FPBA 3HI0A 3KZBA 4E1JA 2FSKA 4FL9A 4FO0A 4MO4A 4CJ7A 4BRMA 2GWKA 3LM9A 3C0BA 1HJOA 3CIPA 4DCHA 2YJFA 2HF4A 3GOIA 3ZEUB 1NGEA 5AQHA 5JMVA 2D1KA 3ZX2A 3CJCA 5AQWA 3WXJA 3M6GA 4WQ4A 2H3GX 2I7NA 4K42A 1X9JA 4QS7A 3VF2A 2A40A 3VEXA 4FSVA 3O5BA 2VYPA 4EHUA 2QWPA 4AM6A 4GNIA 5EOYA 1MA9B 4H5WA 5AQOA 3D2EB 3UKRA 2HF3A 4BG8A 4CD3A 2YJEA 2V51B 1E4GT 1JCFA 1DKGD 3U8XA 3BEXA 1R59O 4H03B 5AQZA 1NGDA 2V7YA 2YI1A 3RSEA 3CJ9A 2P9LB 1JCGA 2Q1NA 2IVNA 3J8AA 4DB3A 2ZGYA 1XUPO 1NWKA 5LJVA 3S41A 4BQZA 5AQVA 1RGIA 3FR0A 3F9MA 3U9ZA 3DXKA 1KAXA 5F2RA 4BC2A 1SQKA 4CBXA 3GL1A 5EY4A 3A8YA 2A41A 3EO3A 5AQPA 1SZ2A 5KQDA 1K8KA 5AQLA 1V4SA 1QQNA 3L6QA 3FFKB 3BF1A 3G25A 4H0YB 3VEZA 3B8AX 5FPMA 4Z94A 3CJBA 1ATNA 4BQLA 3VEWA 1ZXOA 3OHRA 4BC3A 2BUPA 1ESVA 4B1ZA 2YHYA 1NMDA 4PKGA 1GLBG 3IFRA 3VF4A 2QWQA 1BOTO 4JN4A 5AZIA 3ZETA 4JHDB 1QZ6A 2CGKA 2P9KA 4B1UB 3AAPA 3A5LC 4L3QA 3VENA 4PL8A 3MN7A 3A5OC 1NGHA 3O1WA 2VCPA 4XEIA 4M7XA 4LC9B 4A61A 3CJAA 4B1VA 1HPMA 3VERA 4MLEA 4BRGA 1YAGA 3ULEA 3KHYA 5EX5A 1GLLO 2P9UA 4I6MB 4BR2A 1GLAG 5AZJB 5EXWA 3CHWA 4JNEA 3IUCA 3WXIA 3QB0A 4NO7A 4BRIA 1HKCA 3AY9A 4O5FA 3MN9A 1YXQA 2QXLA 2NLXA 4FPAA 3W0LA 5AQXA 1TYQB 3UE5A 3H6EA 5LJWA 2FSJA 1X3MA 2Q0RA 5AQTA 4PL7A 3LDNA 3WQUA 4EFHA 5JICA 4K25A 4NB4A 4J8FA 1ZBSA 1KAZA 5AQUA 3EN9A 3JXUA 1SAZA 4RWTA 4IZ9A 4FWSA 3CQYA 3QDKA 1NGFA 1C0FA 1MWKA 1EQYA 3EZWA 5F0XA 1RDWX 3WEEA 4B9QA 3CQXA 4DHYA 3A5MC 5BRHA 1JCEA 2NRHA 3U4LA 4BC5A 4Y0WA 3D2FA 5AQIA 5KQ8A 4JD2A 4BGBA 2EWSA 2AP1A 1T44A 1QZ5A 2OANA 5BN9A 1WUAA 4YDUC 2QWNA 5AQJA 3QBWA 5AQNA 2FXUA 1T6CA 3D7EO 5AQKA 2E20A 2VWBA 5E26A 3VGKA 4BRFA 3ID8A 3I8BA 4FWPA 4BR0A 3VGMA 2GEMA 2V52B 3ATVA 2CGJA 3C7NA 2A42A 1BO5O 1S22A 2FF3B 2P9IA 3DXMA 1KAYA 1NGGA 2YHXA 3HM8A 2ZF5O 2QWLA 2ASPA 3IMXA 3EL2A 4CZJA 4CBUA 1TUUA 4MLHA 3FLCO 3VPZA 1BWFO 4BRQA 4RTFD 2QWRA 1TUYA 5ADXH 1GLFO 2QM1A 4FWMA 2Q31A 3ZEUA 3CJ7A 2P9NB 2J4RA 2BTFA 4WQ5C 1U2VB 1GLEG 1XC3A 4H0TB 1DEJA 3MN6A 3W3DA 2IVOA 1IG8A 4IJAA 1BDGA 5AQGA 4CZIA 2E2OA 2I7PA 3VESA 3WT0A 5BRDA 2P9PB 1U6ZA 1V4TA 4BRAA 3DJCA 4CZEA 2W40A 3GE1A 3D2EA 3BP8A 4H5NA 5KPRA 2ASOA 5ELZA 3SMPA 4EIAA 3LL3A 2FLOA 3MCPA 3UKUB 4ISFA 4BRLA 4EAHD 5BREA 3DWLA 4FWOA 2P9LA 3KVGA 1IJJA 5AFUH 4YDUA 2D0PA 2NZTA 3CERA 2P9SB 2Q97A 3H1VX 2YCHA 5BRFA 4BR5A 2E2QA 1XQSC 5LY3A 2E8AA 4H5TA 1Z6RA 2E2NA 2CGLA 4IXCA 3CI5A 4CZKA 5BR9A 3FZFA 4H0OA 4IWVA 5E84A 4BR7A 1D4XA 4CZGA 2HMPA 1RFQA 3ZX0A 2D4WA 1MDUB 2WUSA 1GLCG 1OKJA 1Z05A 3VEOA 2F9TA 2Q2RA 3TU5A 3VEYA 5JLHA 5FPDA 4DQ8A 4FOEA 4CZMA 2DPNA 2D0OA 4PKHA 4C23A 5AQRA 2AA4A 3R6MA 3UKRB 3HTVA 1QHAA 3WXLA 3SLCA 3H1QA 3O08A 3A5NC 4FWNA 3RSEB 3P4IA 5JLFA 3HSCA 4K43A 4BREA 5AFUA 1ATSA 3O4WA 3LDLA 4BR4A 3LM2A 4JHDA 4WQ5A 4CBWA 4FWRA 4GY2B 1MWMA 3JS6A 1P8ZA 3LDOA 1NGBA 3WXKA 1YVNA 3LDQA 4HWIA 1BA1A 2F9WA 3DXKB 5KPZA 2QWMA 5BPNA 5KPTA 4CZLA 4CZFA 2ITMA 1E4FT 4XH4A 1K8KB 3VETA 2CH6A 3L4IA 3AARA 3R8EA 2GTDA 4I6MA 2ZGZA 4H0VB 5AR0A 4FWLA 4A2BA 3ATUA 3A0IX 1BA0A 5AQYA 2GUPA 3QICA 2PAVA 3SK3A 5AZJA 2QWOA 1LCUA 4A62A 1QQOA 4K41A 1T6DA 4H0PA 1HX1A 1TYQA 2E1ZA 3MN5A 3WQTA 5AQMA 4F9OA 3L0QA 1HKBA 3MMVA 1G99A 1Y64A 3GG4A 4IJNA 1NBWA 4FOIA 3SJHA 4M63C 5BPMA 4BVPA 2W41A 1ZC6A 5AZIB 3ZETB 2PBDA 3H45C 4M7YA 1X3NA 3VOVA 1Q18A 4B1WB 4H5RA 1HLUA 2P9KB 2E2PA 4BGAA 2E1YA 4IO8A 3FZLA 2IVPA 3FZMA 4O8KA 5AQQA 1HKGA 2Q0UA 5F1XA 2IIRA 2E88A 3GBTA 1H1VA 4QS8A 1NGJA 1NGCA 5AQSA 1GLDG 3O1BA 3M1FA 4PKIA 2ASMA 5TKYA 3ULEB 3HBTA 3QFPA 2P9UB 3ENOA 4BRNA 3H3OB 1NLVA 2V7ZA 4XH1A 4CI6A 3HZ6A 3BUZB 3FE1A 4B1XB 3DAWA 4BG9A 4WYBA 1HUXA 5B8HA 2Q36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FGUA 3ZSWA 4CJPA 1BG3A 4CD1A 5C24A 4NCGA 3C6UA 4BRKA 2UYTA 4DTNA 4I2PA 4KFBA 4WQ4C 3TSUA 2GBZA 1CZAN 3VQ4A 3WUHA 2A1SA 1RBVA 2KHOA 3QFUA 5HOOA 3QINA 3RVCA 4HCCA 3ZT0A 1A5WA 1WAJA 3D2FB 4HTLA 3RMBA 4UQGA 3MWTA 1TKZA 3O4NA 4BRDA 2P9NA 3CETA 3O6WA 3ZSQA 4F4KA 4JI0K 1J5OA 4W5QA 3HSTB 2A3ZA 3WNHA 3SPYA 4AM7A 4DSIA 3OBWA 2P9PA 1BQNA 4Z4FA 3KWGA 3V1RA 4C8MA 4IKFA 4FWQA 3K9JA 4LFBK 1KQSM 1HNXK 1NGAA 4BRCA 2P9SA 2JLEA 4ISEA 4FPBA 3HI0A 3J7ZO 3OTOK 4BRMA 3TAQA 4DCHA 1SKSA 1MU2A 2O8EB 2YJFA 2HF4A 1ZBLA 4JKFA 4CK3A 2D1KA 3NBPA 1S1WA 4GKJK 2E5LK 4WQ4A 3OYFA 4FM2A 2F96A 3CC4N 1X9JA 4QS7A 1NG9A 3O5BA 4EHUA 2QWPA 4KV8A 3THWA 1OVQA 4FZYA 5EOYA 2BH1A 5AQOA 3QLHA 4DR7K 3D2EB 1C1CA 2YJEA 2HNZA 3PSFA 4OPJA 4H03B 5AQZA 4OPKA 3VA3A 3KLGA 4FZZA 3J8AA 2IVNA 4DB3A 2XHBA 3K0SA 3DLGA 2O4IA 2ZJPL 4YNQA 1HNZK 2F8SA 3CMEN 4BQZA 5T7BA 1GOCA 3F9MA 3AA3A 1KAXA 3HJFA 3AO3A 5CZ1A 1VQ4N 2A41A 3S9HA 1YF5L 1LW0A 5KQDA 4DV6K 4BE1A 1QQNA 4FJJA 3C95A 3DLRA 3THVA 3SYZA 1QSLA 3THXA 3FFKB 3BF1A 3G25A 4CEEA 2FBVA 3B8AX 4Z94A 3MX2A 1ATNA 4BQLA 1ZXOA 2NNWA 3OYGA 3NCIA 1BL3A 1TK0A 4OLBA 4OJRA 3OYKA 4Z4EA 5GIPA 4FK0A 4PKGA 4DTJA 3MECA 4JN4A 1IO2A 1TL3A 4JHDB 4F3TA 5JVGL 1BIUA 1S1TA 4B1UB 1REVA 4EP4A 5GAHP 3LALA 3AAPA 1GOBA 3HM9A 3KLIA 4HTUA 1NGHA 1RBSA 3KK1A 4A61A 2KKZA 1K9MO 1HR0K 3CCEN 1LW2A 1KSPA 1C0UA 4CGHA 4FJGA 4Z4IA 3CHWA 4CHZA 3HOTA 3CMAN 3P5JA 4JNEA 3IUCA 4PY5A 3PIOL 4LSNA 2OPRA 1HKCA 3ITHA 1YXQA 4FPAA 3D45A 2QA4N 1VQ7N 2KTQA 1VRTA 2Q0RA 1QTMA 1VQMN 4RW7A 1EKEA 4JKGB 4PA1A 4NB4A 4J8FA 1ZBSA 5AQUA 1SAZA 3J80O 4K0KK 1A5VA 3L4QA 1NGFA 4KH6A 4Y1DA 3WXMB 1MWKA 5F0XA 1EO1A 4F2RA 4ELVA 1IV0A 3I0RA 1Q9YA 2YKMA 4IG0A 1JCEA 3ZSXA 5A2QO 4AHCA 1VSMA 1QZ5A 1IKWA 4YDUC 3AA4A 2QWNA 5CZ2A 3VQ7A 4DLEA 4FLWA 3CM6A 5DM7L 4E7HA 2FXUA 3D7EO 3K57A 3DLKA 5E26A 4B9VA 2LSNA 4U7BA 3I8BA 3VMFB 5AJ3K 1RBRA 2V52B 4DR4K 4BWJA 2A42A 3AO4A 1J9AA 3R3LA 1S22A 2ETJA 1KAYA 4JKAA 3HM8A 4BY9C 4UY8O 2HBJA 4CE9A 2HHVA 4DQQA 2YKNA 4AF1A 2KZMA 4BACA 2RE2A 2P5OA 3KD1E 4FWMA 4AHTA 3ZEUA 3NMUA 2J4RA 2HB5A 3HVRA 3TR8A 3HO1A 3V9WA 3M8PA 3ZSOA 4H0TB 5LL6Z 1DEJA 1BCMA 4DQIA 2IVOA 5AQGA 4CEAA 2XY8A 3WT0A 2I7PA 3R1XA 3K58A 1U48A 2W40A 3RWUA 3G4SN 4C8OA 4CFDA 3UKUB 3SAGA 5BREA 3DWLA 1OH6A 3SBTA 1RDCA 1IJJA 5AFUH 1VQLN 4YDUA 1WN7A 2O8CA 2DFEA 2Q97A 3H1VX 2YCHA 3RRGA 5BRFA 1LWCA 2E8AA 1JLAA 4IFVA 4JI5K 2CGLA 1XC9A 4IXCA 1L3UA 1QSSA 3G71N 1NKEA 4BR7A 4N47A 2BDPA 1MDUB 2WUSA 2HHWA 1GLCG 1OKJA 4LFAK 4N76A 5KI6A 1OVYA 3TU5A 3V9XA 4H8KA 4IFYA 4FOEA 1U49A 4B9TA 2D0OA 4C23A 5AQRA 2P5GA 3UKRB 3HTVA 3WNEA 4CJ3A 1TKXA 3A5NC 3RSEB 5JLFA 3NGIA 3CCVN 4MDAA 4DSEA 3TTFA 3BZCA 1ATSA 4J2EA 4CBWA 4FWRA 3I0SA 4CJWA 4B9UA 2HBKA 3LDQA 2HHUA 1VQPN 2F9WA 3LPTA 1Q9XA 2QWMA 4OGEA 5KPTA 3LZJA 3CD6N 2HHHK 1E4FT 1BI4B 1SV5A 1K8KB 4LF9K 3L4IA 1ASWA 4I6MA 2ZGZA 3RMAA 4A2BA 4DSJA 5AQYA 2GUPA 3SK3A 1JLEA 1TKTA 1J53A 2QWOA 3O9QA 3RMDA 4C8LA 1HYSA 1LCUA 1B9FA 1VAZA 1T6DA 2DTUA 4JS4A 4PWDA 3TAEA 2JWLA 3GG4A 3U6FA 1NBWA 4KB0A 5BPMA 3CCUN 4YOWA 4BVPA 1NNEA 1L3VA 1BQMA 2O4GA 1ZC6A 3NHGA 3QEPA 2PBDA 3H45C 2G8WA 1Q18A 4B1WB 1O13A 2P9KB 3QIOA 3SQ2A 1XHZA 2IVPA 4O8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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