3KZBA

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
500
structure length
498
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRESNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Xylulokinase
molecule tags Transferase
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 160
structure length 498
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA01
3QBXA 3WEEA 3UKRB 4LC9B 4CZFA 3J8AA 2EWSA 4K43A 4B1VA 1GLLO 1Z05A 4CBUA 5BPLA 2V7ZA 2CH5A 5CE3A 1DGKN 4BRQA 3ZX0A 1X3NA 2V7YA 3R9PA 4AM7A 2A42A 3VGKA 5F0XA 3SK3A 1MWMA 1NLVA 4CZIA 2UYTA 1HKGA 2E2QA 2QWMA 5EY4A 2GWJA 5KQ8A 4M7YA 4K25A 4FWQA 4I6MA 3CJ1A 3U9DA 1NGDA 3B8AX 3CJ7A 1U2VB 1JCFA 2NRHA 3CHWA 3CQXA 3WXJA 2ITMA 4BRMA 4CZLA 2V52B 1NGCA 3DXKA 3WXKA 3ENOA 3ZX3A 4BR7A 4H5WA 4B1YB 2P9KA 3FZLA 1NGHA 1TYQB 4FWRA 3FZKA 3ID8A 1OKJA 4FOEA 5FPDA 3VERA 1EQYA 3C7NA 2A41A 2D1KA 4H03B 1ESVA 5I9EB 1RDWX 4BRGA 1ATNA 1GLBG 4H5NA 3U9ZA 4WQ4A 1XUPO 2IVOA 3I33A 2GTDA 2QM1A 3WQUA 1NGFA 4FWKA 4BQZA 1S22A 4JHDA 3GDQA 2FXUA 3EO3A 4CBXA 3GG4A 3C0BA 3LDPA 3L4IA 1SAZA 3A5LC 4IJAA 3CJAA 3MN6A 5AQRA 5AQZA 3RSEA 2VCPA 3D2EA 3ULEB 5JLHA 4O5FA 2FF3B 3FZHA 2ASPA 3BUZB 3VPZA 3CERA 4F9OA 2CGJA 2HOEA 3A5NC 1GLDG 4H5VA 3A8YA 3W3DA 2NZTA 2P9LB 2ZGZA 2P9NA 1WUAA 5E26A 1Q18A 1P8ZA 1RGIA 3IMXA 3BF3A 4GY2B 2Q31A 1BWFO 4CZGA 3A5MC 1BG3A 3UKRA 2AA4A 3W0LA 3FZMA 3JS6A 3HBTA 5BREA 5BN9A 4XH4A 5EOYA 3ATVA 4FSVA 3KVGA 4FOIA 1XQSC 4GNIA 4B1XB 1E4FT 5F1XA 2QWOA 5KPTA 4CBWA 3UB5A 3MK6A 2V51B 4Y0WA 4H5TA 4B1WB 2QWPA 3VGLA 4BROA 4BC2A 3P4IA 5EX5A 4IZ9A 1U2VA 1GLAG 2QW9A 4CZMA 1C0GA 4FWPA 3AARA 3VF6A 2Q1NA 3D2FB 5AQPA 2I7NA 1SQKA 4BGAA 2YHWA 4BVPA 1TYQA 4E1JA 5AQTA 3SMPA 1TUUA 1HPMA 2CGLA 3FLCO 2A5XA 5AQKA 2A40A 4DQ8A 5JICA 4FWNA 5AQJA 4FWMA 3AAPA 4A2BA 4H0VB 3WT0A 4BRLA 1K8KB 3QFUA 4FWOA 3GE1A 4BC3A 1T6DA 2E2OA 3GBTA 1Z6RA 1DKGD 5AQHA 1QQOA 2F9TA 2YHXA 3IUCA 5AZJB 1BUPA 2E1ZA 2HF4A 2AP1A 2QWLA 4MLEA 3H3OB 4ISEA 3TPQA 4H5RA 4BC4A 2W40A 3BEXA 5AQWA 3VGMA 2QWNA 5BRFA 2D4WA 3CJ9A 1V4TA 4IWVA 2GUPA 3VEVA 2BUPA 4JN4A 3ULEA 2NLXA 5BPMA 1G99A 4CZEA 4EFHA 4B1ZA 1TUYA 2A3ZA 1GLJO 3KHYA 2P9LA 1NGJA 4XH1A 5ELZA 2Q2RA 3U8XA 5BRHA 4XEIA 1KXPA 4AM6A 4CJ7A 4DB3A 3WXLA 5AQNA 1KAZA 5EXWA 3BP8A 3S41A 4FPBA 4K42A 2FF6A 4A62A 3VENA 4PKGA 2P9PB 5KPZA 4BRDA 2GELA 3VEWA 1QQMA 2YJFA 3DJCA 3SLCA 4BR5A 4BVOA 3KZBA 4CD3A 4CZKA 4CZJA 2YI1A 5BR9A 1T6CA 1HX1A 1RFQA 5AQXA 3M1FA 3FZFA 1BOTO 5KQDA 4BRKA 2P9IB 1DEJA 4JAXA 2ASOA 3WXIA 1Y64A 4FO0A 3D2FA 4QS9A 1KAXA 5AQMA 3R6MA 4PKHA 4FWSA 3VEXA 3UKUA 1D4XA 2FSKA 3M3ZA 1E4GT 5F2RA 3VETA 2CH6A 1YVNA 4I6MB 4BRHA 3M6GA 1K8KA 4M63C 1JCEA 2PBDA 1NGIA 1GLEG 4XH5A 4FPAA 5E84A 3DXKB 1NBWA 3FFKB 1BA0A 3CJBA 2P9KB 5AQVA 5AZJA 5ADXH 1HKCA 2E2PA 1GLFO 5FPMA 5AQFA 3VEYA 3G25A 2YCHA 3SJHA 3QDKA 2D0OA 2D0PA 2IVNA 4NB4A 4BRIA 2IVPA 4BRFA 5ADXA 2YHYA 4HWIA 4PL7A 2BTFA 1QQNA 4BRNA 1ZXOA 4BR2A 3HTVA 4BG8A 3H46O 4KBOA 1GLCG 2VWBA 1U6ZA 1BDGA 2Q36A 3ZX2A 4B1UB 3ZETB 3OHRA 5AZIB 3O1WA 2WUSA 4BRCA 3L0QA 1HKBA 4RWTA 4IO8A 2E20A 4H0XB 1J6ZA 4ISFA 4BRAA 2ASMA 2PAVA 4QS8A 4CZHA 3D2EB 1NGGA 1ATSA 4BC5A 4H0PA 3TU5A 2CGKA 3CI5A 2P9PA 3O5BA 3O80A 1BA1A 1C0FA 2HF3A 2QWRA 4EAHD 1LOTB 5EVZA 5FPEA 4PL8A 2P9NB 4EHTA 3A5OC 2GWKA 2Q0RA 2E8AA 2Q97A 3DXMB 1NWKA 4MLHA 4BR4A 2QXLA 4NO7A 4JNEA 3H6EA 3AAQA 5JLFA 1MWKA 1BU6O 4YDUC 3UE5A 2VYPA 4L3QA 1IJJA 5AFUH 2IIRA 1HUXA 2P9IA 5LY3A 1LCUA 1HJOA 4BRPA 1ATRA 4ISGA 5AQUA 2OANA 4O8KA 5AFUA 3CIPA 3VOVA 3ZEUB 5TKYA 2FSJA 3H1QA 4YDUA 3R8EA 3O08A 4BG9A 5AQOA 1X3MA 3BF1A 1KAYA 1MDUB 3HZ6A 4JD2B 3DAWA 4CD1A 3QFPA 4B9QA 1SZ2A 3EKSA 3O8MA 3I8BA 5BPNA 3QICA 4WQ4C 1QZ5A 2ZF5O 3H45C 1ZBSA 1QHAA 4C23A 1BO5O 2I7PA 2P9UB 2YJEA 2A6AA 2P9SB 4MO4A 3H1VX 3MN9A 5BN8A 3WEEB 3LL3A 3HM8A 2ZWHA 1YUWA 4BREA 3LDQA 3GL1A 3VEZA 1ZC6A 3MN5A 3SMSA 5B8HA 4EIAA 1IG8A 1NGEA 4CI6A 4RTFD 4H0OA 4RCHA 1YXQA 5AQSA 3ZETA 5AZIA 4DCHA 2KHOA 3WQTA 2W41A 3VESA 5KPRA 3LM2A 3CETA 3FE1A 4H0YB 1WOQA 3ATUA 4FL9A 3EN9A 4H0TB 5LJWA 5AQLA 3HSCA 3LDNA 3O4WA 4A61A 3IFRA 2J4RA 4K41A 3HI0A 3AY9A 1JCGA 1H1VA 5AQYA 3LM9A 2E2NA 3A0IX 3FR0A 1XC3A 3MDQA 1X9JA 4Z94A 4QS7A 5LJVA 3DXMA 4BR9A 1QZ6A 2DPNA 3DWLA 5AQIA 3C7NB 2E88A 3JXUA 4M7XA 3QB0A 3FGUA 1NGBA 4WYBA 3EZWA 2FSNA 5AQGA 3GOIA 1MA9B 3U4LA 4WQ5C 3ENHA 3LDLA 3H3NO 1R59O 4IJNA 3WUHA 4A2AA 3ZEUA 4JHDB 3IDHA 4DHYA 5FPNA 3CQYA 1HLUA 3QBWA 3F9MA 2H3GX 3VF4A 4J8FA 4IXCA 5AQQA 5JMVA 2GEMA 2F9WA 4WQ5A 3MN7A 4JD2A 4BR0A 3EKUA 5BRDA 3MCPA 3RSEB 1YAGA 2E1YA 1V4SA 3CJCA 1T44A 2ZGYA 2QWQA 1NGAA 1NM1A 1CZAN 3D7EO 3QMLA 4FWLA 1S3XA 3O6WA 4HTLA 3LDOA 3L6QA 3VEOA 4PKIA 2HMPA 2P9UA 4BQLA 4EHUA 3UKUB 2P9SA 4MO5A 3O1BA 3VF2A 4BGBA 3MMVA 1NMDA 3EL2A 2Q0UA 5AR0A 2FLOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KTQA 3UKRB 4LC9B 1RDDA 3J8AA 5I3UA 3VQ8A 5CYMA 4DTOA 4FLYA 2CH5A 4FJ7A 2VGMA 3O3GA 4YFUA 1I94K 4OJRA 4K8XA 3VGKA 4Z4GA 1A5WA 2RN2A 3SK3A 2HW3A 1JLBA 3AGKA 2D0AA 4CZIA 4B9VA 4IKFA 1N32K 2Z1JA 4W5QA 1KTQA 3B8AX 4CJEA 2YX6A 2NRHA 1JCFA 3HL8A 4CVNE 1TKXA 3KLEA 1SKSA 3P1GA 2V52B 4CFCA 4LFAK 3OYEA 3K58A 4O4GA 1JLGA 4H5WA 1YHQN 1NKCA 2WBNA 4JKAA 1NGHA 1TYQB 3DYAA 1OKJA 5FPDA 4JI8K 1EQYA 2A41A 4H03B 2OTJN 4B9TA 4DUZK 1ATNA 4H5NA 4AQYK 4F8RA 4WQ4A 1NNEA 1KD1O 4JI5K 3LWLA 3BZCA 2OTLN 1T8EA 4DUYK 1NGFA 4FWKA 4NYFA 3V9SA 1LV5A 1S22A 2D5RA 1WB9A 4OPHA 2QKBA 1Z26A 4F4KA 4E0DA 3TWHA 4BDPA 1CZBA 5C10A 3N4PA 3AVNA 2KLAA 4IJAA 2XY8A 3TAQA 3SQ0A 3MN6A 3RSEA 1QSLA 2VCPA 3D2EA 3ZYYX 5JLHA 3DOLA 4O5FA 1KC8O 2FF3B 1J5OA 2O8CB 3IAYA 4ILHA 4Z4IA 3BUZB 3PSIA 3VPZA 5IT9O 3V81A 1RTIA 5CHIA 4B9MA 3W3DA 2G8WA 2ZGZA 3CFPA 3HYFA 3P31A 5KGWA 2ZJPL 1U47A 3UKRA 2AA4A 3L3VA 4XH4A 2EHGA 4LF5K 1S1WA 4B3OA 3I0SA 3DRPA 2OPRA 2VQEK 5F1XA 1XHZA 4U67L 1M1KO 2HBMA 4CBWA 4E1NA 3UB5A 2V51B 4Y0WA 3CMAN 2LSNA 3VGLA 1NK6A 4BROA 1N36K 3P4IA 4CJSA 2G8HA 4O0JA 1GLAG 4CZMA 1C0GA 4DR4K 2Q1NA 3D2FB 1IKXA 1SQKA 3KK2A 3KLHA 1HMVA 1TYQA 4A59A 4BVPA 2RE2A 4CHQA 4J2EA 1TUUA 1HPMA 2CGLA 5AQKA 2UUAK 4MDBA 2XO7A 3KLGA 5JICA 1VSEA 5AQJA 2GX9A 4A2BA 1NK7A 4JI0K 1RT7A 4M3UA 4FWOA 3GE1A 2KFZA 2O4GA 1DKGD 1QQOA 3EE9A 5I42A 4FXDA 3KK1A 2QWLA 1GOBA 4MLEA 1LW0A 3TPQA 4DTNA 4JV5K 4RW6A 4CHYA 5C12A 1V4TA 1VSJA 4JN4A 4PUOA 2NLXA 3LZIA 3KD5E 2O8CA 4RW8A 1G99A 4PWDA 2W6LA 1GLJO 3EEQA 1WSEA 2HSTA 4CW7B 3AVCA 3U8XA 4W5TA 1RT3A 5EXWA 3F2KA 4K42A 2P9PB 5KPZA 4C8NA 2GELA 1VRUA 1QQMA 4RW9A 3SLCA 3VEWA 1QVFM 4CZKA 2VG7A 5SWMA 4A57A 4CECA 1RFQA 3TAFA 3LP0A 4BRKA 2GUIA 3WXIA 4FO0A 3D2FA 4ELUA 4CJWA 4PKHA 1HNIA 4I7FA 1D4XA 4X66K 4KTZA 3THVA 1VQNN 1E4GT 4YY3K 4BRHA 4ELVA 5HRNA 3AA2A 4M63C 4XH5A 2YNIA 3O9TA 4JKGB 3DXKB 3EE8A 1NBWA 3OS0A 3KJVA 4E19A 5AQVA 3NAEA 1Q86O 2E2PA 1GLFO 4DV2K 3VEYA 5AQFA 4IEIA 3QDKA 3CM6A 1TVRA 4BRFA 3AVLA 3QEWA 4BRNA 3CCSN 4FVMA 3V9WA 4JI2K 1HR0K 4L8RB 3HTVA 3H46O 3WXMB 1GLCG 1BDGA 3ZX2A 2FBVA 3ZETB 5AZIB 3ZT0A 4BRCA 1L3TA 4JKBA 1KRPA 3AVJA 4RWTA 1D5AA 4ISFA 1K9MO 2ASMA 2ETJA 3SAFA 2PAVA 4KV8A 3TARA 4AILC 1LWFA 3CC2N 3TANA 1B9DA 4FLVA 1ATSA 1W9HA 4H0PA 3O5BA 2P9PA 1KSPA 2NRWA 1N6QA 1RT4A 1C0FA 2HF3A 4GVEA 4EHTA 1YJNN 4BY9C 2QXLA 4DG1A 1BU6O 4BE2A 5CZ2A 3UE5A 4E3SA 2FBXA 3C6UA 5LY3A 2IIRA 1HUXA 2O8FB 3RR8A 3PX6A 2OANA 1REVA 3IS9A 1YVUA 4O8KA 4WE1A 4DR6K 3ZEUB 4CEOA 1YI2N 2B5JA 4YDUA 3HO1A 3R8EA 4EZ6A 1KLNA 1J53A 3NH1A 3S3MA 3O08A 4BG9A 5AQOA 3T1AA 3VQCA 1JXBA 1I3AA 3QFPA 2KTQA 4OKKA 3NGYA 1JL1A 3KKSA 4IO9L 1ZBLA 3EKSA 2ZE2A 4WQ4C 1RT2A 3H45C 1ZBSA 1VQ5N 2QK9A 5AJ3K 2X78A 2A6AA 2HHSA 3QEVA 1K73O 3L3UA 3QNNA 3QEXA 4BREA 1BCMA 3VEZA 3AVFA 5M1NA 1KCFA 3KLIA 4J2BA 1KLMA 4BWMA 2Q3SA 4IFVA 3QLHA 1FW6A 3ZETA 5AZIA 1HQEA 1QHTA 2W41A 1QE1A 2IGIA 2HVHA 3ATUA 3S3NA 3AA3A 3SBGA 3J7AP 5FDLA 3IFRA 4K41A 1U49A 3LPTA 3WNGA 4M3RA 4LY7A 3LM9A 2QXFA 1TKTA 1RTJA 2E2NA 3FR0A 4CF0A 4DSLA 4J2DA 1YTAA 3CCRN 2DPNA 3DWLA 1NJYA 3JXUA 1NGBA 3EZWA 4GVMA 4CEDA 5AQGA 2O8FA 3GOIA 1Q82O 3BZKA 3ENHA 3NH0A 3LDLA 4Y1DA 1IKWA 1R59O 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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