3KZBA

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
500
structure length
498
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRESNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
source organism Chromobacterium violaceum
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulokinase
total genus 160
structure length 498
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3kzbA01
1U2VB 1MA9B 4FWNA 4JHDA 3JXUA 1NMDA 3AAPA 4K41A 4BRGA 5AQOA 1BOTO 4RCHA 1GLEG 1HKBA 3EN9A 4JD2B 5EY4A 3HZ6A 4BROA 3CJCA 3I33A 2VCPA 2P9SA 1U6ZA 3SMPA 3MDQA 3F9MA 4BG9A 4B1ZA 4BRDA 1IJJA 3DXMA 2QWMA 1NGGA 4A62A 2QWLA 4PL7A 4DB3A 3O08A 4BR0A 3U8XA 3H3NO 4H0PA 1YXQA 2P9LA 2QWNA 5FPDA 2VWBA 3SJHA 3CJBA 4XEIA 4GNIA 4MLHA 5JICA 4BRLA 1JCEA 1ZXOA 4FSVA 1GLAG 3M6GA 2AA4A 3FFKB 1SQKA 4JAXA 4FWRA 4MLEA 2HF3A 4H0TB 3BUZB 1BA0A 3AAQA 4K43A 3MN9A 3VGMA 1XC3A 1DGKN 2CH6A 2KHOA 3CI5A 3QBXA 4FWMA 5EXWA 3SLCA 4LC9B 2E2NA 1KAXA 1V4TA 3A8YA 3MMVA 2QW9A 5JLFA 5BRFA 4E1JA 1EQYA 2QXLA 1K8KA 3TPQA 2HOEA 2PBDA 3QDKA 5E26A 5AQMA 1E4GT 3VGLA 1TUUA 4B1WB 2P9PA 3D2EB 3C7NB 4CD3A 4EHTA 4L3QA 4JD2A 3A5LC 1ATRA 3LDQA 4DQ8A 1HJOA 2YI1A 3D2EA 3EKUA 2F9WA 4H0YB 4BR2A 2P9LB 1QZ5A 4FWKA 3UKUB 1K8KB 1TYQA 4J8FA 4BC2A 4ISGA 5BPLA 4JHDB 5BRDA 4CBUA 5AQLA 2D0PA 4BRNA 1ATNA 2D0OA 2E20A 3LDPA 4YDUC 1HPMA 3H1VX 2YHYA 3ZX2A 3VF2A 4BRIA 5AQVA 1NGHA 4WQ4C 4M63C 5AQFA 4B1YB 5KQ8A 3WXIA 5AQTA 1MDUB 2ASMA 3G25A 1GLLO 5AZIA 2A6AA 2AP1A 1HX1A 2W40A 5AZIB 4PL8A 4FWOA 3ENOA 3SK3A 5EOYA 1BG3A 2FLOA 4CBWA 4EFHA 3DWLA 2QWQA 2Q0RA 3KHYA 4WQ4A 5TKYA 3EO3A 2NLXA 3DXKB 3ULEA 2A40A 3M1FA 4PKIA 2P9KB 2YHWA 4WQ5A 4PKHA 3TU5A 4H03B 3LM9A 1NGIA 4FPAA 4BR5A 2P9PB 2OANA 4FOEA 2QWPA 5KQDA 4BR7A 4FWQA 3I8BA 2V7ZA 2F9TA 2Q1NA 4B9QA 1QQOA 1MWKA 3HSCA 2FF3B 1NGJA 2BUPA 3DXKA 3R9PA 4BR4A 3IUCA 2NZTA 2QWOA 3CQXA 3VEZA 2P9KA 3WEEB 3MCPA 1GLDG 1DKGD 2Q97A 3D2FA 5BN9A 1GLCG 3MK6A 3D2FB 2A5XA 1QQNA 3C7NA 3QICA 5E84A 2YCHA 3GG4A 2GEMA 1WUAA 1X3NA 1JCGA 3IMXA 3O5BA 4BVOA 3A5OC 3DJCA 4F9OA 5BN8A 4M7XA 1P8ZA 3R8EA 1T44A 5LJWA 4A2AA 4JN4A 4BREA 2D1KA 4AM6A 3WQUA 4MO4A 2EWSA 3O80A 4XH4A 4M7YA 4BGAA 5AQIA 1XQSC 4IZ9A 4EHUA 2E1ZA 5FPEA 3O1WA 3VEVA 5ADXH 1KXPA 5AQHA 1GLBG 4BC5A 3ATVA 4CZFA 4RWTA 4AM7A 1BWFO 5AQNA 3ULEB 3B8AX 1BDGA 3VF6A 2WUSA 1NGCA 4ISEA 4FPBA 3ZETA 4CZJA 3DAWA 1C0FA 1KAYA 3HM8A 4CZLA 2A41A 1S22A 3BF3A 3M3ZA 4MO5A 4I6MA 2P9UA 3FZKA 3A0IX 2E2PA 4H0VB 3ZX3A 1BO5O 2GELA 4CZEA 5EX5A 2FSNA 4DHYA 4IXCA 1QZ6A 2DPNA 2GUPA 2W41A 3FZFA 3H1QA 1JCFA 3O1BA 3O6WA 3OHRA 1XUPO 4H5WA 4B1VA 4DCHA 5EVZA 3CHWA 1NGEA 3VESA 3WXKA 3UKUA 4O5FA 4BRFA 2P9SB 3L4IA 3QBWA 3VEOA 3VEWA 1KAZA 5LY3A 2ASOA 2ZWHA 3VGKA 1NWKA 3IDHA 2E2OA 2IVOA 3P4IA 3WQTA 5BREA 3LM2A 3FZLA 1BU6O 2HF4A 2Q36A 1ESVA 3BEXA 1YUWA 2E1YA 5JLHA 3UKRB 5AQQA 1C0GA 2BTFA 1LOTB 3WEEA 3UE5A 1RFQA 4H5VA 1V4SA 3W3DA 3UB5A 4IJNA 3FR0A 3GL1A 3CJAA 4BRMA 1HKGA 4FL9A 4H5NA 2P9NA 2P9UB 5AQWA 4WYBA 4ISFA 1ZBSA 3VENA 4FWLA 3LDNA 4FWPA 5ADXA 5FPNA 4BRAA 1GLFO 1X3MA 1Y64A 3MN7A 1TUYA 2ITMA 5AQYA 2CGJA 5AQRA 2Q31A 2CGLA 2CH5A 2YHXA 4BR9A 1QQMA 2E8AA 1X9JA 1NGBA 4C23A 4BG8A 1RDWX 2ZF5O 1CZAN 2V52B 5AQSA 2QWRA 3H3OB 3A5MC 4BRCA 4BQZA 3RSEA 3VOVA 2FSJA 2PAVA 4QS9A 5F2RA 2V7YA 3LDLA 3ZEUB 3GDQA 3QFUA 4H5RA 3EL2A 4CZMA 3ZEUA 5KPTA 1D4XA 4QS7A 3R6MA 3U9DA 1R59O 2E2QA 5F0XA 3D7EO 3U4LA 3VF4A 4IWVA 2VYPA 3LL3A 1BUPA 3ID8A 1OKJA 5KPRA 5AQXA 4H0XB 5CE3A 3H45C 1HUXA 4QS8A 3WT0A 1SAZA 1SZ2A 1U2VA 3WXJA 3HBTA 3ZETB 4CZIA 1GLJO 2HMPA 1J6ZA 2I7PA 2P9IB 3H46O 3GBTA 4RTFD 3W0LA 1NGAA 4FOIA 5AFUH 5AQGA 2IVPA 1DEJA 1NGFA 2GWKA 3CJ7A 5ELZA 4CD1A 4CJ7A 4EIAA 2FSKA 5BPNA 5LJVA 3H6EA 1LCUA 2D4WA 2IVNA 3RSEB 3BP8A 4K25A 4CZHA 4HTLA 5AQJA 1NLVA 2E88A 3ATUA 3HTVA 3FE1A 2NRHA 2UYTA 3ENHA 2Q0UA 3FLCO 4BQLA 1S3XA 3L0QA 1Z6RA 2QM1A 4NO7A 3SMSA 3UKRA 4BRHA 2A42A 2GTDA 1NGDA 5BRHA 3FGUA 3FZMA 3VEXA 4Y0WA 3QB0A 5AR0A 2GWJA 5AZJB 3U9ZA 1IG8A 1BA1A 4KBOA 3WXLA 4B1UB 5AQZA 4BRQA 4IO8A 3CJ9A 3EZWA 5AQKA 3JS6A 2P9IA 4BVPA 1NBWA 3C0BA 3A5NC 5AQUA 3EKSA 2A3ZA 1NM1A 1YVNA 2Q2RA 4GY2B 5AFUA 4XH1A 1HKCA 3QMLA 1QHAA 4YDUA 3CETA 1Q18A 4CZGA 3VEYA 1WOQA 2ZGZA 3FZHA 4K42A 2P9NB 2FXUA 1H1VA 1MWMA 1Z05A 2I7NA 2IIRA 3BF1A 3CERA 4CI6A 2YJFA 3MN6A 3O8MA 4HWIA 1G99A 3VETA 3HI0A 3VPZA 4CZKA 5F1XA 3S41A 3L6QA 2J4RA 4H5TA 3O4WA 1RGIA 3MN5A 3WUHA 4B1XB 3KVGA 3VERA 4I6MB 5B8HA 3IFRA 5AZJA 1YAGA 4H0OA 2ASPA 3GE1A 3CQYA 3KZBA 4JNEA 4A61A 4IJAA 2FF6A 1TYQB 4FWSA 4BC4A 3QFPA 4BRKA 3AARA 4BC3A 4NB4A 2V51B 3DXMB 4A2BA 5BR9A 4O8KA 3ZX0A 1ATSA 3LDOA 5BPMA 4CBXA 4BRPA 2H3GX 5KPZA 3CJ1A 4FO0A 1T6DA 5FPMA 2CGKA 2YJEA 3CIPA 3J8AA 4WQ5C 1ZC6A 5I9EB 5AQPA 4XH5A 5JMVA 4BGBA 4EAHD 1HLUA 1T6CA 4PKGA 3AY9A 3GOIA 2ZGYA 4Z94A 1E4FT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AV9A 4DTRA 3OA9A 3BY5A 2VWKA 2PFUA 4AHVA 1ITGA 5AQOA 3OYAA 3P39A 3OJUA 3NGYA 4OVLA 4FLUA 3EN9A 4IFYA 5EY4A 3MXMA 2VCPA 4DV3K 3L4QA 4JI2K 3ZSYA 3RRGA 3MDQA 1JXBA 4JI5K 1HR0K 1WBDA 1D9DA 2IS3A 3O08A 4EZ9A 4H0PA 3J7YP 1FJGK 3VMFB 1RDBA 3CJBA 3SJHA 1XMQK 4DV6K 2X74A 3CQ8A 1RTDA 3KLGA 2EX3A 3VQ9A 4CHYA 1WN7A 1SKSA 1XNRK 1SQKA 1S1VA 1RBVA 4FWRA 2NRZA 4NXMK 2O8EA 3BUZB 1A5XA 1RT1A 3AAQA 1XC3A 4GKJK 2CH6A 4KHSA 4FWMA 3ZT3A 4PWDA 1HRHA 3DRPA 3P31A 3MMVA 2HBJA 4Z4IA 3S3MA 3PX4A 4ILJA 5KRTA 5E26A 3VGLA 1TUUA 3FFIA 5HP1A 2P9PA 3V9UA 4DWIA 1KSPA 4L3QA 4DUZK 1ATRA 3ZT4A 4DQ8A 3THXB 2YI1A 3KK1A 3EKUA 2E5LK 4O5BA 4FWKA 3DLKA 3UKUB 1K8KB 3OS1A 4K8ZA 1VQPN 3I0SA 1VQMN 4HCCA 1W2BM 1BIZA 4YDUC 3OW2M 5J2QA 4EP4A 3QEXA 3TAPA 3WNGA 4KHNA 3QO9A 3K9JA 3VTHA 3NAEA 2XY7A 4CGJA 4DV0K 3WXMB 1GOCA 2UUAK 5KQ8A 4FW1A 1CZ9A 5AQTA 4CIFA 5AZIA 3ZT1A 1HX1A 2F4VK 4LSLA 4YOVA 3OYEA 2OPRA 5EOYA 3T1HK 1BG3A 2FLOA 4EFHA 1Z25A 3VA0A 2KKZA 4Y1CA 2ZJQL 2QWQA 3C6AA 4IBNA 4FJNA 4M3TA 5TKYA 4M3XA 4LF8K 3THXA 4CJPA 3MAQA 4KB1A 1ILYA 1HYZA 4WQ5A 3QLHA 4PKHA 3OYGA 1E3MA 4H03B 3V6DA 3TI0A 4FPAA 5CR4A 3I8BA 1OVQA 3HSCA 2FF3B 5GADP 2BUPA 1TV6A 2NZTA 2P9KA 3OYHA 2OPSA 3CFOA 3MCPA 4CJ3A 3V9XA 2NRTA 4E7HA 3D2FA 2HHVA 1DTTA 4CJQA 3E9OA 3T1YK 3C6HA 4LF5K 3C7NA 5LMUK 2XO7A 4X64K 3GG4A 1M1KO 3O9RA 3ZSVA 4F2SA 3O5BA 4BVOA 3DLLL 1EETA 3D0PA 4E0DA 2O8BB 3SZ2A 4X65K 3R8EA 1T03A 4Q0BA 1P90A 3CCMN 5C10A 4IG3A 4AM6A 4ID1A 4W5QA 1R0AA 1YVUA 3SV4A 4B9SA 2RKIA 1K6YA 3MEGA 1BWFO 3DLHA 1BDGA 3K2PA 4B3RK 4NLBA 3SUNA 1NGCA 4Z4HA 3DAWA 3HM8A 5FROA 3AVLA 3LANA 3FZKA 2E2PA 4F2RA 1I94K 1XHXA 5EX5A 2BE2A 3CCRN 3B6PA 4EZ6A 3RWUA 3DOLA 1FKOA 3FZFA 4IXCA 4DU4A 1JCFA 3O6WA 3PY8A 4Q5VA 3AVGA 4ILHA 4IFEA 3UKUA 4BRFA 3L2QA 2P9SB 3PSIA 2AJQA 5LY3A 2ASOA 3MXJA 5HL7L 3IDHA 2E2OA 2YV0X 4HHTA 1LAWA 4DTMA 1BU6O 3L8BA 4CJWA 2OYQA 3BEXA 3UKRB 1B9FA 2KFNA 2YKMA 3L2UA 3UE5A 1RFQA 2NRXA 2KLAA 2G8WA 2O8DA 3FR0A 3VQ6A 3TWHA 3CJAA 3EY1A 1NKEA 1HKGA 1RTJA 4FL9A 2P9NA 4WYBA 4ELUA 1K8AO 4C8LA 4O44A 1XHZA 4GV6A 4E1MA 1BCOA 1Y64A 3MN7A 2QKKA 1IKXA 1TUYA 2CGJA 4DFJA 3KIOA 2HNZA 3LWMA 4JI3K 4DFMA 1OH6A 4KTQA 2Q31A 1HNIA 1JLGA 3VQAA 1JLBA 2YHXA 4BR9A 1W97L 3LP1A 3CD6N 1RDWX 3AO2A 2ZF5O 5AQSA 1RDDA 1S1XA 3H3OB 3S3OA 3THWB 4BQZA 3RSEA 4FJLA 1N8RO 2PAVA 4QS9A 4FJ5A 5C15A 1FK9A 1L3UA 4M42A 4O0IA 4OGCA 4IEEA 3Q7BA 4CZMA 3SPYA 2UU9K 1N32K 5KPTA 2Z1JA 4DR7K 3R6MA 1IKVA 3OTOK 1TL1A 3D7EO 4IWVA 3ZSXA 3LAKA 5JS2A 4CEAA 1C0UA 4DG1A 1VK0A 5CE3A 3VQEA 5AJ3K 3H45C 1LW2A 1HUXA 3WT0A 4RW4A 4YNQA 4Z4CA 1U2VA 3HBTA 3DYAA 1WSIA 4DR4K 4AHCA 2I7PA 3DLEA 3RR7A 1KLMA 3H46O 3SUPA 3W0LA 2HMIA 4FOIA 1HNXK 2UXDK 2IVPA 4CHOA 1DEJA 5ELZA 4CD1A 5LJVA 4U7BA 4OGEA 1NOYA 3HTVA 4QAGA 2R7YA 3OYDA 2KFZA 4Z4EA 3ENHA 2BANA 2QM1A 2FBTA 2DTUA 4BRHA 4FVMA 4B3TK 3RMBA 4CJVA 2JWLA 4Y0WA 4ELTA 2NUBA 3AVJA 4JEPA 2F96A 4B9TA 4KBOA 2A1SA 1RDCA 3CJ9A 3PSFA 1U04A 3JS6A 3PUFA 1NBWA 1KFDA 1TKDA 4G9ZA 4CK1A 5AQUA 4FLTA 4E89A 2A3ZA 4IKFA 3OYBA 4DSJA 2DFHA 4CF9A 1OH7A 3THYA 1QVGM 4CZGA 3L2WA 4X66K 4CK3A 3EEQA 4B8AB 4JI4K 2YJFA 1ZBFA 3MN6A 3LWLA 2ZQBA 4JKFA 4R79A 3NH0A 2JLEA 4U67L 1YJ9N 4OLAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5F2R A;  4RW6 A;  3LDL A;  4AHT A;  3B6O A;  3ZEU B;  2HHX A;  4JKD A;  3QFU A;  4YOR A;  3EL2 A;  4OKK A;  2VG7 A;  2O4I A;  3KLH A;  4JK8 A;  4JYA K;  4QS7 A;  3QEP A;  1U48 A;  4KRE A;  2B5J A;  1RIL A;  3MEC A;  2VYP A;  4OX9 K;  3PO5 A;  2B4J A;  3LL3 A;  1FKP A;  5KPR A;  3RRH A;  5AQX A;  4H0X B;  2W6L A;  2ITG A;  1IG9 A;  4R5P A;  1K73 O;  1N6Q A;  3H08 A;  2G8H A;  4CEC A;  1JLC A;  3GBT A;  3EE9 A;  4FK0 A;  3I55 N;  3SI6 A;  4EP5 A;  1NGA A;  4AHS A;  5AQG A;  1S6Q A;  3DRR A;  1VQ6 N;  4CJ7 A;  5H1S Q;  3KD5 E;  1LCU A;  2IVN A;  3O4Q A;  3BP8 A;  3VTI A;  4CJF A;  3HJF A;  2E88 A;  1NJZ A;  3KK2 A;  4CGD A;  5HRR A;  4KKO A;  3SPZ A;  3G10 A;  4LF7 K;  2NRH A;  2UYT A;  3VQ8 A;  4CHN A;  4XIU A;  2G8U A;  2YNF A;  4DTN A;  3TSP A;  2IAJ A;  3QIP A;  3M8R A;  3V1Q A;  3L0Q A;  5HRS A;  4LD0 A;  1KTQ A;  2ATQ A;  4NYF A;  1QHT A;  3UKR A;  2A42 A;  2DFE A;  1NGD A;  5CZ2 A;  4E7I A;  1LV5 A;  5AZJ B;  1IG8 A;  3J81 O;  1SUQ A;  5C2F A;  1QVF M;  1HQU A;  5AQZ A;  3JSM A;  3SJJ A;  4BRQ A;  2OPP A;  5AQK A;  1U45 A;  3C0B A;  2I5J A;  3ZSW A;  4GY2 B;  1NM1 A;  1YVN A;  3QNN A;  4XH1 A;  3CET A;  1Q18 A;  4CES A;  3TAM A;  2I7N A;  4FJK A;  2IIR A;  4E7K A;  3KK3 A;  4ID5 A;  4DLG A;  3NF7 A;  4I2Q A;  4M3Z A;  3OYC A;  4H4M A;  4BDY A;  5CYM A;  4H5T A;  1VRU A;  3O4W A;  5GAE P;  4BE0 A;  1VSI A;  1WSJ A;  1EO1 A;  2HB5 A;  4I2P A;  4YOY A;  1NJW A;  4M3Y A;  2GBZ A;  3VQ7 A;  1ASU A;  5AZJ A;  2YKN A;  4DSL A;  3PV8 A;  4H0O A;  1BQM A;  4A61 A;  1YIJ N;  1JL1 A;  4BY9 C;  2UXB K;  3BZK A;  4BDP A;  1S6P A;  3VQ5 A;  3DXM B;  5BR9 A;  3ZX0 A;  3OYJ A;  4M3U A;  5BPM A;  4CBX A;  1ASW A;  1LAV A;  4FLX A;  5KPZ A;  4FO0 A;  4DQI A;  4YFU A;  2FBV A;  1T6D A;  2YJE A;  3J8A A;  5HOO A;  4DS5 A;  2XY8 A;  4FLY A;  3F2K A;  4G1Q A;  4XH5 A;  3OYK A;  1T6C A;  4F3O A;  4JKB A;  4PKG A;  3T69 A;  3GOI A;  2ZGY A;  3VES A;  2VQF K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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