3L3VA

Structure of hiv-1 integrase core domain in complex with sucrose
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
144
Chain Sequence
b'SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein
total genus 53
structure length 144
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3vA00
4PA1A 4NYNA 4AHTA 3KLHA 3HJFA 2FC0A 4FM0A 1RT4A 2PYLA 3EY1A 4DU4A 1FKPA 2B4JA 4CGIA 3KLGA 2G8HA 2F8TA 1LAVA 4Q0BA 4J2EA 3AO3A 4AHCA 4FLVA 3KD5E 1BCOA 2YKMA 3RWUA 4FW2A 3AO4A 1RTIA 3L3UA 2OPPA 4IFYA 4HCBA 4FJXA 4QAGA 3NH2A 2XY5A 4FJ8A 3AV9A 5CZ2A 1C1AA 1RILA 1IH7A 1RBSA 4W5RA 4FLXA 3V4IA 4O4GA 3SQ4A 3S3NA 4DQIA 4CEZA 2BE2A 3H08A 4CE9A 4FJLA 4J2AA 4DTNA 4C8NA 1T7PA 4F2RA 3CG7A 4FJKA 1NJWA 1K6YA 2HVIA 4HVJA 1X9WA 3AVIA 3T3FA 4C8KA 4W5OA 3LPTA 2HNYA 3LP1A 2HHWA 5I42A 1BI4A 4CEEA 1B9FA 4AH9A 2XHBA 2HNZA 1NK7A 4LSNA 3SV4A 2OZMA 1IKYA 3QIPA 4KHQA 4HUGA 1VSEA 3D45A 3TANA 2Z1JA 4FJHA 1ZBFA 1S1XA 3AO5A 3P83D 4KTZA 3L2VA 4CJQA 4FLTA 4KTWA 4HUEA 3PO4A 3TAPA 2DY4A 4M41A 1UA0A 4FCYA 4FW1A 5HRNA 1TKDA 3ASMA 3LWLA 5CYMA 3QEXA 1ZYQA 5KI6A 1MU2A 4CGDA 5HP1A 3SJJA 4FJ5A 3ZT1A 1TKTA 4B8CA 4YFUA 3OYKA 3TAGA 4IBNA 4M3XA 2F96A 2DFFA 1S1UA 2YNGA 3ZSOA 3D0PA 3V81A 2Y1JA 1L3VA 1SV5A 4M3WA 3L3VA 4FYDA 4KI6A 5D3GA 2IOCA 4JLHA 3AVMA 1U45A 4B9MA 4OGEA 4O5BA 3WNEA 4CHZA 1WAFA 1J5OA 5FRMA 4FXDA 5T7BA 4BE0A 2D0BA 3TR8A 4FM1A 4DTXA 4KAZA 2O4GA 1U4BA 3NFAA 4BE1A 1RBTA 2B6AA 1TAQA 1KVBA 5EU7A 3HVRA 3KKSA 3RMDA 3OYMA 3PX0A 1SUQA 4DLGA 1VSKA 3HPOA 1S1WA 3OYJA 3KJVA 1D9DA 4CGJA 3AVHA 4E7KA 4F2SA 4M3UA 3DM2A 1TVRA 3OS1A 4FZXC 3CM5A 4ID1A 1QSYA 3HXMA 1CZBA 1ITGA 4CJTA 4OGCA 1JLGA 2LSNA 2P51A 1BHLA 2BGGA 1Z25A 3QINA 3KTQA 5C42A 4E7LA 3CFPA 1ZBLA 4E7HA 1U48A 1BIZA 3ZCMA 4I9QA 1IKXA 2OPSA 4N76A 1U04A 2GV9A 3ZSXA 4PQUA 3DYAA 1ASVA 3M8RA 2E6LA 3NF6A 2HHTA 1LWEA 4C8OA 3LAMA 5HROA 5FROA 3LPUA 3ZT0A 5I3UA 4FK4A 3RTVA 4RW9A 3U6FA 3AA5X 4FM2A 1LWFA 3P5JA 1RBVA 1BI4B 4IFVA 1C1CA 3NH0A 3U3GA 3OS2A 2XY6A 3SUNA 1KLNA 4DSJA 4F4KA 1TKXA 3ZSZA 4Z4HA 3AVCA 4PUOA 1FKOA 3RR8A 4DLEA 1RT3A 2BANA 1CXUA 2YKNA 3O4NA 3OJSA 3HM9A 5FRNA 2F8SA 1BISA 4HTUA 3THVA 4CGGA 4O55A 3OYCA 3QO9A 3DLRA 4I7FA 4K8XA 1WAJA 2ETJA 2GUIA 3K58A 1HMVA 3VQ4A 5J2NA 3SCXA 4B9NA 3NCIA 1SL1A 4DSIA 1W9HA 3ISNC 1IKWA 1UAXA 2YNFA 4ZHRA 1SL0A 4M42A 3VQBA 3I8DA 3NAEA 4DMNA 2EHGA 3B6OA 4LY7A 4KHSA 3SQ2A 3ZT2A 4UQGA 3V1OA 1C6VA 4N5SA 4PY5A 1WLJA 3DOKA 2ITGA 1HQUA 2VG6A 4DQRA 4FJNA 2FBXA 1VSJA 3SPZA 3T19A 2X6SA 1Y97A 4CEQA 3K5OA 1C0UA 4B9UA 4OPJA 1A5VA 4FLZA 1RTHA 1XWLA 3DLGA 1XHZA 3CYMA 4I9LA 3K5MA 2RKIA 1WNSA 4OLAA 1BGXT 1T05A 2XO7A 1CLQA 4FLUA 3HPGA 5SWMA 1FXXA 1VSDA 4C8MA 3LZJA 3HL8A 4CK1A 1FK9A 4LH5A 3NDKA 4FLWA 2G8WA 1TL3A 1GOCA 1QTMA 2IC3A 3TAFA 1XI1A 4FZZA 2HHQA 3V9WA 3VQAA 3MXIA 1KRPA 1RDAA 3QEWA 4DFPA 3DOLA 3VQ8A 3DLHA 4BDYA 1RDCA 3NGYA 4DTOA 4IG3A 2KQ2A 3VA3A 1S1TA 2OPRA 4FK2A 3KKRA 2KZMA 5HBMA 4DSLA 1KFDA 3VQ9A 2KFNA 4DFJA 1X1PA 1F21A 3MECA 3OS0A 1NKBA 2X6NA 4BWMA 3NH1A 1TK5A 4RW6A 1QSLA 1IKVA 1DTTA 2FBTA 5C24A 4CJ4A 3OJUA 3SUQA 1TK0A 1W0HA 2Y1IA 1KSPA 1Z26A 2YNHA 3O3FA 3C94A 2G8UA 3HP9A 1HYZA 4DS4A 4JS4A 4IKFA 4HHTA 4KB0A 3M8QA 3KIOA 1HNIA 5E41A 1LW2A 4O0IA 2FBYA 5J2PA 1VSMA 4YNQA 3PY8A 4AHUA 3L2QA 4ICLA 4CECA 1WSEA 1NJYA 1ZBHA 1BCMA 4B9TA 1HQEA 3ALYA 3DLKA 1RBRA 3O4QA 4DSKA 4NCBA 4KO0A 3K57A 1VK0A 4N56A 4EP5A 2PYJA 3FFIA 4KHWA 4KREA 1NKEA 1JLBA 3AVBA 3V1RA 3OYEA 3L2RA 4EZ9A 3SPYA 2DFEA 2BDPA 1KVCA 1CZ9A 1X9MA 4Z4IA 3SYZA 2R7YA 2Z1HA 5HRRA 3OYHA 1A5WA 1WSIA 1B9DA 1D5AA 1GOBA 4CJVA 3OYFA 4Z4EA 1JKHA 3NF8A 1S1VA 3G0ZA 3OY9A 3K59A 4Z4FA 1HYSA 1TK8A 1S6QA 1D8YA 1JLEA 4I2QA 1L3SA 1IG9A 1CXQA 4OJRA 4RW8A 3DRRA 4CJWA 5C25A 4F8RA 4CIEA 4K8ZA 1NK0A 2VG7A 4DTJA 1QHTA 4E7IA 3NF7A 3QEIA 3LP3A 1D9FA 1YVUA 4KHUA 1WSGA 2HHXA 1TL1A 4FJ9A 1LWCA 2RN2A 2ZE2A 4CHPA 3S9HA 3RRHA 4CJ3A 1TV6A 4DF8A 1JL2A 1C0MA 4DF4A 1JLAA 5HRPA 4QCLA 4CJRA 2JGUA 3IAYA 3KLEA 4DTUA 3HO1A 1RT2A 2Z1IA 3MEGA 4CF9A 4GVMA 3PX6A 3A2FA 3HYFA 1RDDA 3I0RA 3O3GA 4CFCA 4HCCA 1ASWA 4C8LA 1TGOA 4Y1DA 3OVNA 2I5JA 4DTRA 4M3ZA 3DMJA 3JYTA 1NK9A 3OYNA 4F3TA 3C6TA 1NOYA 3AVLA 3K5NA 4MQ3A 3LANA 4M3YA 4ZTFA 1U47A 3JSMA 4E7JA 1C0TA 4NYFA 3MXJA 4O44A 3ZT4A 4ZTJA 1DTQA 4M3RA 4L8RB 4KKOA 3KK3A 5SZTA 3I0SA 3DLEA 4JRQA 4JS5A 2YV0X 4CERA 2ZQBA 3HSTB 5K14A 3L2UA 1J9AA 1DLOA 2OZSA 1C1BA 4R5PA 4CF1A 4KPYA 4CGHA 1VSHA 2ZD1A 3RMCA 4N47A 1G15A 4E3SA 2X78A 1NK4A 2KZZA 3LAKA 1JXEA 5KTQA 4W5QA 1S9GA 3QEVA 3LWMA 1X9SA 3VQCA 4OKEA 3ZSWA 3NGZA 3DRSA 3S3OA 4CEOA 3CFRA 1RTDA 1I3AA 2NUBA 2GBZA 4DSEA 3O3HA 1JLQA 4Z4GA 3IRXA 1RNHA 4CHNA 4KHNA 4J2BA 2HB5A 3MAQA 1KFSA 4E0DA 1WSJA 3OYDA 5JS2A 2WONA 4CFAA 1RT1A 3MEDA 2HHSA 3EZ5A 4PWDA 2IDOA 3AO2A 4CJUA 1N5YA 2A1RA 2JLEA 3QIOA 1XHXA 3HP6A 1EX4A 1QS4A 4BE2A 3VA0A 3V9SA 4B08A 4CEDA 3QNNA 2KTQA 4EP4A 3C6UA 3TAMA 3C95A 1HPZA 4W5TA 3F9KA 4DQSA 4DFMA 2HHVA 4H8KA 1Q9YA 1BIUA 1NOZA 3HT3A 3RMAA 4B9VA 3TAEA 3QETA 2G8FA 2XRIA 1T03A 3RR7A 2YHAA 4OVLA 3OYLA 4DS5A 4CK2A 3M8PA 5J2QA 3SUOA 5HLFA 2G8KA 2QXFA 4GMJB 1S9EA 4IG0A 5DK5A 3SQ0A 4J2DA 2RPIA 2VG5A 3IS9A 4ID5A 3AA3A 3DI6A 3ZSRA 3V9XA 1I39A 1VSLA 1J54A 4M45A 3NF9A 4CGFA 3ZT3A 1QSSA 2PZSA 4E1NA 4CIFA 1VRTA 3TI0A 2E4LA 4AHVA 4CJSA 3QERA 2VWKA 1XC9A 4OKJA 3SNNA 3CFOA 2P5GA 4B3OA 3KLIA 3VQPA 4CK3A 3CM6A 4CJLA 1UA1A 1L5UA 1NK5A 2KFZA 3V9UA 4FVMA 2Q3SA 1BQNA 5CZ1A 3CQ8A 3AVAA 3EYZA 1RCHA 2X74A 4W5NA 3SV3A 4DU1A 2EX3A 2DTUA 1BQMA 2Z1GA 4H4MA 4RW7A 5HRSA 1EP4A 3AVGA 1Q8IA 4IDKA 3SZ2A 3E01A 4OPKA 4BWJA 2P1JA 3AO1A 4CF0A 4E1MA 3LDSA 3U3YA 4CFBA 1ZBIA 3ULDA 2O4IA 1KVAA 2KW4A 2HMIA 1S5JA 2XY7A 4FJJA 4CJ5A 3VQ6A 4Z4CA 1N6QA 3DLBA 4ELTA 1LW0A 3KK2A 3WNGA 4BACA 2IGIA 4JRPA 2DFHA 3NE6A 4AILC 2RF2A 4DSFA 3PUFA 1JXBA 1HRHA 3BGRA 4WE1A 4GW6A 1KLMA 3OYIA 5DMRA 1EXQA 3ZSVA 4DU3A 3QNOA 4LD0A 3PV8A 4CCHA 2QK9A 4CJEA 1L3UA 4KRFA 1BL3A 2A1SA 3MXMA 4FZYA 2YHBA 4OKKA 3VQ7A 2QKBA 1EETA 4RW4A 1WN7A 1ASUA 1JLFA 4FJMA 1NKCA 4CHOA 3P1GA 4AHRA 4CFDA 3RMBA 2PY5A 2ATQA 1RT7A 4DQPA 2AJQA 3F73A 4FJIA 3ZSQA 3SUPA 1B92A 5CYQA 3LP2A 4B9SA 1YT3A 4E19A 2HVHA 4LSLA 2OPQA 3AVKA 3T1AA 3QESA 1R0AA 1GOAA 4ELUA 1J53A 3M8SA 3NGIA 5JS1A 1SKWA 4RG8A 1YTAA 3VQQA 3NHGA 4DQQA 5J2MA 4CESA 2HW3A 1U49A 3MEEA 3L2WA 1WSFA 1UWBA 3B6PA 4CEBA 1O1WA 3VN5A 4NCGA 1HJRA 1QQCA 1RT6A 4Y1CA 4FK0A 1VSFA 4FJGA 3AVNA 3G10A 5FDLA 4M3TA 4DTMA 3K2PA 1UOCA 1VSIA 3LALA 5KRSA 3OYAA 2D5RA 4TSXA 1Q9XA 1YTUA 1S6PA 1RTJA 5KGXA 1TKZA 3PO5A 3V1QA 1LV5A 3S3MA 4KB1A 3ITHA 1RDBA 4KI4A 4CF8A 1HYVA 4LH4A 3WNHA 4EZ6A 2E6MA 3IG1A 4O0JA 1T8EA 4CEFA 4Q5VA 1HNVA 4XIUA 3K5LA 3WNFA 5J1EA 4G1QA 4E89A 1JL1A 3DRPA 1LAWA 1SKRA 4ELVA 4F3OA 4QOZB 4CJFA 2WOMA 2W42A 1QE1A 4Z0UA 4HUFA 3TABA 3AA4A 1L3TA 1IO2A 3ZSYA 4CF2A 3TARA 1WSHA 2D0AA 3KD1E 1REVA 4MFBA 3KK1A 2OA8A 3TAQA 3SI6A 4FJ7A 4AHSA 4B8AB 4DFKA 4CEAA 4NCAA 2VWJA 1JLCA 2XY8A 3V9ZA 3TWHA 1NJXA 3AA2A 3VQEA 4DTPA 4BDZA 1SL2A 1RT5A 4I2PA 3PX4A 4DWIA 1TAUA 4DTSA 4KHYA 3HK2A 3BDPA 2P5OA 2G8IA 4B9LA 4KTQA 3RRGA 1RBUA 2D0CA 3VQDA 1KTQA 3QEPA 2OYQA 3HVTA 1A5XA 3QLHA 3VQ5A 1NJZA 1NK6A 2B5JA 3OYBA 3KLFA 5KGWA 3LP0A 1EKEA 3HPHA 3SQ1A 2HHUA 1SKSA 4OLBA 1KCFA 2HNDA 2YNIA 4H4OA 4CHYA 1NK8A 1VRUA 3AVFA 4BDPA 3UIQA 2FBVA 4CHQA 2IAJA 3LZIA 3OYGA 1ZBUA 3AVJA 4KFBA 3L8BA 4FLYA 4CIGA 2G8VA 4KV8A 4N41A 5KRTA 2IS3A 4DG1A 3NBPA 4CJKA 3V6DA 2QKKA 4CJPA 5CY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PA1A 5E26A 1RDUA 1TUUA 3ENBA 3O9TA 4K43A 4O8UA 4FM0A 3VETA 1FKPA 3UKRB 4BG8A 4DR4K 3VEYA 2YKMA 3AO4A 1RTIA 4IFYA 2F4VK 2XY5A 1RILA 4RTFD 3QFPA 2BE2A 4NLBA 1NM1A 1T7PA 4F2RA 4FJKA 1NJWA 1K6YA 3OW2M 2HVIA 1HKBA 3LPTA 4GV3A 2HNYA 3LP1A 3O6WA 2HNZA 3BUZB 1IKYA 3QIPA 3D45A 3L2VA 1SS6A 4KTWA 2ASPA 1X9JA 4M41A 1TKDA 4BC3A 3THXA 1BWFO 4Z94A 1TKTA 3OYKA 4A2BA 1ATSA 4M3XA 4HTLA 2DFFA 4M3WA 3V81A 1SV5A 2P9LB 4KI6A 4QS8A 2IOCA 3L0QA 3ID6A 5FRMA 5T7BA 4FM1A 2O4GA 3IFRA 1KVBA 2O8DA 3KKSA 3RMDA 3OYMA 4AQYK 3PX0A 4DCHA 1D9DA 3AVHA 5F0XA 4F2SA 5AQMA 4JI2K 3EO3A 4K42A 4IJNA 1QSYA 1ITGA 4CJTA 1Q18A 4OGCA 2LSNA 4M7YA 5EOYA 4BC5A 1Q86O 4X64K 3QINA 3KTQA 3CFPA 2OPSA 3G4SN 3IKMA 3HOSA 3LAMA 5HROA 3LPUA 1DEJA 2CGKA 5C0YA 1C1CA 5EXWA 4DSJA 1NMNA 3ZSZA 4PUOA 3C6AA 1RT3A 2F8SA 4HTUA 3THVA 4LFCK 5BREA 3M1FA 3OYCA 4BRGA 2P9UA 5J2NA 3OHRA 4CBWA 4DSIA 1W9HA 4LF9K 3ISNC 4DMNA 5FLXO 4LY7A 1MA9B 2VG6A 4XH1A 3AGKA 4IEEA 3HBTA 4OPJA 4JKAA 1RTHA 3DLGA 2E88A 3HPGA 3CXCM 4A57A 4K0KK 4CK1A 1BUPA 4FLWA 3C6HA 1KRPA 4I6MB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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