3L58A

Structure of bace bound to sch589432
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
EPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l58A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l58A02
1SDVA 5P1EA 4NPTA 1C6XA 5P60A 5P0QA 4OD9A 5P5ZA 3UPJA 5HTZA 3NU9A 1EPNE 3LINA 2O4KA 1MEUA 4Y47A 1FMUA 3VCMA 1MT8A 1DW6C 1AM5A 1SH9A 3SPKA 5P5GA 4AA8A 4XX3A 2IQGA 5P4TA 2WEAA 3PLDA 5P22A 5P53A 1EC0A 5P8PA 4HLAA 5AH6A 3O9BA 3O9FA 3EKQA 2I4DA 4RGHA 4Y3RA 2HPEA 2OHNA 5T4SA 1QS8A 1CPIA 5P1YA 3OUBA 4NPUA 5P3LA 1FFIC 3I2LA 5OYTA 5P4CA 5P55A 4DJPA 5P8UA 3BUHA 3VV6A 3ZKXA 4Y4XA 2I4QA 2G21A 3BHEA 4EHCA 3OUCA 6APRE 1KZKA 3U71A 5P6LA 1E80E 1BVGA 3GGVA 5P16A 4FSLA 3FSMA 3T7XA 1LYBB 5TOLA 1CMSA 1YTJA 5P2WA 4DJOA 1ZTZA 5P25A 2HB4A 4A4QA 3INDA 4Y45A 2FGVA 2AZ8A 1VIJA 5P04A 1PPLE 1MSNA 2IGXA 3BC4A 1F34A 4DJRA 2AQUA 3ZMGA 5P3BA 4B70A 1XL5A 5P5DA 3T6IA 2OHUA 5P8QA 5ISKA 2AVSA 5P69A 5P13A 5P5UA 3UF3A 4ER4E 1FKNA 5P0OA 2HS2A 2OHKA 5P2MA 5P2SA 3BXRA 2HS1A 2VNMA 1IZIA 3DJKA 4RVIA 3LZYA 1GVWA 4B00A 1ENTE 5JFPA 1A8GA 5P10A 3HD8A 1HTGA 3NXEA 5P3EA 4XKXA 1ZP8A 5P14A 3JVYA 3BRAA 1B6LA 4FL8A 3UDKA 5BS4A 3PWWA 4JECA 3S2OA 2AVVA 1FMXA 5P3HA 3WB5A 2QHCA 4DQEA 4M8YA 2ER7E 4B1CA 3NU5A 4RCDA 3VV8A 1CZIE 5P1ZA 5P2KA 3ER3E 3FIVA 5OZKA 5P5RA 2P8HA 4J1EA 2F3EA 5P0WA 3ZPSA 2VA7A 5P58A 5P74A 2VA5A 5P7QA 3OUAA 1EC2A 2QI6A 1EPME 3NWQA 5P6SA 3D20A 5P0VA 1XL2A 5P0EA 3D91A 1MT7A 4E43A 2HB3A 5P1FA 3IA9A 5OZ6A 3INEA 3LIYA 5P7RA 1A8KA 4OBFA 1BVEA 3GI5A 5P6RA 2NXLA 5OYSA 4B78A 6UPJA 5OZMA 3VUCA 4HDPA 2P3BA 3Q70A 4EP3A 3RTMA 4CPTA 2WEZA 2JYSA 5P8BA 5OZTA 5P6EA 3IXJA 3LZSA 5P71A 3PVKA 2QZLA 5OZ9A 1HSGA 4RYGA 5P5NA 5P1XA 5IVTA 2ZJKA 3OK9A 3QRSA 2VIEA 3O9IA 4TVHA 2WECA 4ZSPA 4FAFA 2J9JA 3GGXA 1PSNA 2QK5A 3G72A 4IVTA 3NSHA 5P86A 3WSJA 5P07A 5P73A 4HA5A 3SLZA 3NU3A 4I0GA 5KR0A 4YBFA 4PZXA 3QRVA 5P1AA 5P8JA 1EBZA 2SAMA 4Y4AA 1LZQA 3OAGB 4Q5MA 3D1YA 2H6SA 3AUPA 3ZKGA 2AIDA 5P3IA 5P8SA 1LS5A 5P11A 5OZXA 5P1BA 3GI4A 5P3MA 1T7IA 3DOXA 3QI1A 2AOCA 3OXCA 2IKUA 3TPRA 3LPKA 3OXVA 5P7KA 2AOGA 2IKOA 3OADA 4F74A 5OZQA 2OHLA 3CIBA 2OHQA 4D88A 4J5JA 5DQ2A 5P8OA 2B60A 3TTPA 1D4IA 5P2FA 3WZ7A 3DCKA 5P6QA 4Y39A 3HVPA 5P7ZA 4NJUA 1Z8CA 3NU4A 4Z50A 4PYVA 5P8DA 4PHVA 3PBDA 5P56A 4RVJA 5P34A 1B11A 5OZPA 1A94A 3TH9A 5P88A 5HDUA 4K4RA 3CKPA 3KDDA 4GZFA 1W5YA 1LYWA 5P8KA 5P5MA 5CLMA 5IE1A 3QVIA 2OHMA 4DQGA 5P48A 5P3DA 5OZRA 4RLDA 2JJIA 2VIYA 5P7WA 2P3DA 3SKGA 5P1UA 2XFKA 5P7BA 5C9DA 1AVFA 5P7DA 2FDEA 4YBIA 5P7SA 1ZPAA 4GJAA 5P8HA 5OZLA 4PEPA 4DJVA 2HPFA 1WKRA 5AHBA 2BBBA 3TPLA 1K1UA 2OHRA 1EAGA 2I0DA 1NH0A 4B05A 4CMSA 4APRE 1YT9A 2ER9E 2P3CA 1SGZA 1MT9A 5P5IA 2Q15A 5P8RA 5P8CA 4QJ8A 3HVGA 5P4UA 5P2BA 2H6TA 3OXWA 4R8YA 4EJLA 3KF0A 4DVFA 5P17A 4J0VA 5P2ZA 3VFAA 2QMPA 3BXSA 4Y3YA 4Y37A 2BJUA 4CPWA 1GNNA 4D8CA 5P31A 1ZJ7A 3WZ8A 3TLHA 1APWE 4DPFA 3ST5A 3IXKA 4K8SA 1DP5A 5KR8A 4LHHA 3S43A 1GVUA 2I4VA 2NNKA 3HLOA 5F01A 1GVTA 3OQAA 5P8NA 4AA9A 3CMSA 3OWNA 3SA5A 4Y57A 1T7JA 3KN0A 2R9BA 3UDRA 4WTUA 3IGBA 4OBHA 5P18A 5HCOA 2HIZA 2PSVA 1EBWA 1HVHA 5P4OA 4HEGA 2BKTA 3KFRA 1FQ5A 3UDJA 2R3TA 3UDQA 5P4IA 5P8VA 4AZYA 4GJ7A 1HIIA 3MXEA 5AH7A 1OEXA 4PZWA 1JLDA 2JXRA 4Y41A 5P5AA 2G26A 2Q3KA 5P67A 1HVLA 4TRYA 5P6HA 4JP9A 2JJJA 4BELA 1K6CA 5P4SA 4Y9WA 4Y3SA 5P2RA 1BDRA 5P8LA 4J1FA 3OU4B 5P27A 4H3IA 3PLLA 3OXXA 5P3VA 1TQFA 8HVPA 4QJ7A 4OC6A 3OY4A 1SIVA 1MESA 3O9CA 4Y3MA 4Y4WA 4Q1WA 3QBHA 3SQFA 1KJ7A 1RQ9A 1XS7D 3SO9A 4Y5NA 1YTGA 3HAWA 5P37A 4CKUA 5P08A 4RZ1A 3KDCA 5P0FA 1G0VA 5IVRA 1B6KA 1HPXA 4MC2A 4CPRA 5P0LA 3OHHA 2VJ7A 1W5WA 3SFCA 1HHPA 3LZVA 3SABA 4FRSA 5P6TA 3TKGA 2G22A 3ZOVA 5P1PA 5P0NA 5P4PA 1FIVA 2HAHA 3R2FA 1IIQA 4M8XA 3BVAA 5P0SA 7UPJA 4L1AA 2Q55A 5P1NA 5P83A 1TSUA 2G1NA 2QNNA 2ZJMA 2R3WA 2NNPA 3VYDA 3I25A 5P2UA 3QS1A 5P6GA 5P3UA 5P6DA 2I4XA 5KOSA 5P6PA 1YM4A 4LXKA 3OU1B 4Y3PA 2ER0E 5P1VA 2VIZA 3LIZA 3QROA 4QJ9A 4ZE6A 4GJCA 3I8WA 5P3CA 2RMPA 4EQ0A 4Q1XA 3VFBA 3EMYA 5P5YA 4L7JA 1SBGA 5OYVA 2ZGAA 1Z1HA 5P2NA 3HDKA 5P2GA 2ZJNA 5I3XA 4LAPA 5OZZA 3RSVA 4FAEA 5P4XA 4F75A 2BPWA 3UHLA 4Y43A 3EBZA 4J1IA 5FIVA 4DQBA 4H1EA 4OC6B 1PROA 1HTFA 4YCTA 4U8WA 2NR6A 4HVPA 5KQXA 1E5OE 5P6MA 4Y5PA 4ZSMA 5P41A 2OHPA 1FB7A 3IXOA 3OTSA 5P44A 3EM6A 3AIDA 1EPQE 2QI1A 5P20A 3PSUA 3QAAA 2O4NA 1RNEA 5P1DA 2WHHA 3O9LB 5AHCA 4Y3ZA 5P6AA 4FM7A 5HE4A 4FM8A 3DM6A 5OZSA 1D4KA 4Y3HA 2WEBA 4DQCA 4CPSA 2VNNA 4GJDA 5P2YA 1BBSA 1HVIA 1M43A 4KB9A 4L6BA 5P3RA 1EBYA 2PYMA 4GMIA 5P81A 5P03A 1AJXA 2F8GA 2QZKA 4BEKA 2HC0A 5P19A 4OBKA 5P1HA 4EJ8A 3UQPA 5OZAA 1FG6C 3HBOA 1ODXA 3GW5A 4WY1A 1XE5A 4RCFA 2UXZA 1IDAA 5P82A 5OZGA 1E81E 4RRNA 5P87A 5P6UA 2BB9A 5DR0A 5P00A 1YX9A 4DFGA 4MC1A 3VF7A 5P0IA 3IVHA 3UDNA 3QIHA 5P0ZA 3UTLA 5P3AA 2O4LA 2G1OA 4I11A 5P5LA 4Q1NA 1B6PA 3G6ZA 4Z22A 3BVBA 1IZEA 5KR2A 2PK6A 3C9XA 1IZHA 3KM4A 5PEPA 1BXOA 2WKZA 3TNEA 1TSQA 5ENKA 5P0HA 1C6ZA 3ZKQA 3UQRA 3CKTA 5P77A 4DJXA 5P5EA 1QBRA 2G69A 5JFUA 3VLAA 2ZJIA 2ZE1A 3K1WA 5P42A 1ZSRA 2RENA 4ZSRA 4Y4BA 3O99A 1FGCC 2ZDZA 3L59A 3RSXA 2ZHUA 4OD9B 1D4YA 1FQ8A 3SA9A 3SACA 3EL0A 3K4VA 1B5FA 3LPIA 5P4JA 2FIVA 3ZKIA 2G20A 5OZUA 3O9EA 3K4VC 5P0BA 4B1EA 2NMYA 3M9FA 1HOSA 3O9HA 3QVCA 5OZIA 1AIDA 4D83A 1FQ4A 5P7LA 5P52A 5P3XA 3OUDA 5P75A 5JG1A 2FLEA 5IVSA 3EM3A 1KJHA 5HDZA 1GVXA 3LHGA 1G6LA 3MSLA 5P72A 4GYEA 1LEEA 2F81A 2PWRA 2AODA 5P7HA 3BGCA 3ER5E 4L7HA 4BFBA 5OYRA 1HXWA 1HTRB 3QPJA 9HVPA 4S1GA 5HDVA 2R5PA 3PRSA 1SDUA 1B6JA 3VSWA 2V0ZC 3EKTA 2P83A 4X2LA 5P7OA 2QHZA 5P57A 4H3JA 5OYUA 5P7AA 5P4GA 3DCRA 5P4WA 5KAOA 5P2IA 3GI6A 1OHRA 5HE7A 3S45A 5OYZA 5DQ1A 1K6PA 4EJDA 3URIA 1BWAA 1OEWA 4EQJA 3NLSA 1GNOA 3NDUA 2WF4A 5OZEA 4GJBA 4CPQA 3OTYA 1PSOE 3INFA 5P6NA 4OBZA 2QMFA 3MSJA 3PSGA 5DPZA 5P7TA 2QAKA 5OYQA 4F76A 1NPVA 3B80A 2AOFA 5AH9A 3URLA 5P66A 1BDLA 4J1KA 3PEPA 5P62A 3S85A 1DPJA 2OF0A 5KOQA 3D1ZA 4CP7A 4MC6A 1YTIA 4B72A 5P1TA 1VIKA 3VF3A 3OQDA 3NDWA 3TOFA 1IVQA 5P28A 5P89A 4J17A 4Y4TA 2A1EA 1G2KA 4J0YA 3SA7A 4FM6A 3R1GB 5P0TA 4Y3FA 4D89A 3Q4BA 4A6CA 4I0FA 3R0YA 2AZ9A 4EXHA 1QBUA 4YE3A 5ENMA 5E5JA 3S54A 3U6AA 4I0ZA 1EBKC 1TCXA 5P6KA 1HIHA 2PQZA 3KFPA 3ZKMA 5P2LA 1BXQA 4EPJA 3H5BA 4ER2E 1MVPA 4RRSA 5P40A 5P7XA 4K9HA 2G1YA 4ZEAA 3ZKNA 5J25A 2PWCA 5P5BA 5P24A 4YCYA 1APUE 5P38A 5P76A 5C9BA 1SP5A 1BAIA 1RV7A 6FIVA 1HPVA 1MTRA 4QJ2A 3L5CA 3PM4A 2MIPA 5OZNA 5KQFA 3VEUA 2P3BB 4CPXA 5P3FA 3QBFA 2F80A 1ME6A 3TL9A 4Y3EA 1B6MA 3U7SA 1LYAA 5P32A 4NJVA 5DQ4A 3Q5HA 1Z1RA 3OGPA 1ZSFA 2J9JB 5OZ5A 5P0YA 1UH8A 1PFZA 3VLBA 4PPHA 1KJ4A 2XYEA 2VJ6A 3NU6A 4OBZB 2PMAA 5P5KA 4Y58A 5P5FA 3PB5A 3CICA 5OZOA 3T11A 5AH8A 5DR8A 1U8GA 2APRA 2QNQA 3HAUA 1J71A 5ER2E 1HVCA 1W5XA 3PCWA 3NR6A 3EL5A 3ZPUA 5P2OA 2Q11A 3S53A 3NXNA 5DR7A 3L5EA 4Y56A 1F7AA 3L38A 1W5VA 2FXDA 4Y3AA 2Q54A 5HU0A 3ZPTA 1HSHA 3OADB 1FQ6A 3LIQA 1EPOE 3F9QA 4RYCA 5P6OA 4FRKA 4FIVA 4YOBA 1MRWA 1HEFE 4KE1A 2R8NA 2G27A 2FNSA 4LXMA 2HB2A 3N4LA 2AOHA 4AUCA 1T6EX 5P6IA 2G24A 1EPPE 1BILA 1BV7A 4B0QA 2BPVA 1NPAA 1OD1A 3PSYA 1T6GA 4Y48A 1GNMA 5P5TA 1HVSA 2IRZA 1LYWB 5P0UA 4UPJA 5P49A 2VJ9A 1EC1A 5P1JA 1SDTA 3CIDA 1IZDA 3GGAA 3OHFA 2FDPA 3INHA 5P0PA 3H0BA 4Y3TA 2V00A 3OOTA 5P85A 3RU1A 2OAHA 5P0CA 5P4QA 1HEGE 2AVMA 5P05A 3DUYA 3T3CA 2QMDA 1XN3A 1KJGA 1TCWA 4HDBA 3CYWA 4BFDA 3IN4A 3FNSA 4QGIA 1T7KA 5P33A 5P5QA 1RPIA 4Y5KA 3SKFA 5P12A 3BUFA 2JE4A 5KQZA 5ER1E 5BWYA 3KT5A 1LF3A 4GJ6A 5P5XA 2IEOA 4Y36A 5P54A 3EKVA 1A30A 1YTHA 3PWMA 5P1GA 4Z2ZA 1EPRE 5P39A 2B8VA 5P65A 1EC3A 5F00A 4HZTA 3NUOA 2WF2A 3SA3A 2QD6A 2WF3A 4X7IA 5P3OA 4HDFA 3S43B 3UDMA 4Y54A 1MPPA 4QJ6A 5P6VA 2Q63A 3IN3A 3S56A 4RCEA 5P1KA 1ODWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SDV A;  5P1E A;  4NPT A;  1C6X A;  5P60 A;  5P0Q A;  4OD9 A;  5P5Z A;  3UPJ A;  5HTZ A;  3NU9 A;  1EPN E;  3LIN A;  2O4K A;  1MEU A;  4Y47 A;  1FMU A;  3VCM A;  1MT8 A;  1DW6 C;  1AM5 A;  1SH9 A;  3SPK A;  5P5G A;  4AA8 A;  4XX3 A;  2IQG A;  5P4T A;  2WEA A;  3PLD A;  5P22 A;  5P53 A;  1EC0 A;  5P8P A;  4HLA A;  5AH6 A;  3O9B A;  3O9F A;  3EKQ A;  2I4D A;  4RGH A;  4Y3R A;  2HPE A;  2OHN A;  5T4S A;  1QS8 A;  1CPI A;  5P1Y A;  3OUB A;  4NPU A;  5P3L A;  1FFI C;  3I2L A;  5OYT A;  5P4C A;  5P55 A;  4DJP A;  5P8U A;  3BUH A;  3VV6 A;  3ZKX A;  4Y4X A;  2I4Q A;  2G21 A;  3BHE A;  4EHC A;  3OUC A;  6APR E;  1KZK A;  3U71 A;  5P6L A;  1E80 E;  1BVG A;  3GGV A;  5P16 A;  4FSL A;  3FSM A;  3T7X A;  1LYB B;  5TOL A;  1CMS A;  1YTJ A;  5P2W A;  4DJO A;  1ZTZ A;  5P25 A;  2HB4 A;  4A4Q A;  3IND A;  4Y45 A;  2FGV A;  2AZ8 A;  1VIJ A;  5P04 A;  1PPL E;  1MSN A;  2IGX A;  3BC4 A;  1F34 A;  4DJR A;  2AQU A;  3ZMG A;  5P3B A;  4B70 A;  1XL5 A;  5P5D A;  3T6I A;  2OHU A;  5P8Q A;  5ISK A;  2AVS A;  5P69 A;  5P13 A;  5P5U A;  3UF3 A;  4ER4 E;  1FKN A;  5P0O A;  2HS2 A;  2OHK A;  5P2M A;  5P2S A;  3BXR A;  2HS1 A;  2VNM A;  1IZI A;  3DJK A;  4RVI A;  3LZY A;  1GVW A;  4B00 A;  1ENT E;  5JFP A;  1A8G A;  5P10 A;  3HD8 A;  1HTG A;  3NXE A;  5P3E A;  4XKX A;  1ZP8 A;  5P14 A;  3JVY A;  3BRA A;  1B6L A;  4FL8 A;  3UDK A;  5BS4 A;  3PWW A;  4JEC A;  3S2O A;  2AVV A;  1FMX A;  5P3H A;  3WB5 A;  2QHC A;  4DQE A;  4M8Y A;  2ER7 E;  4B1C A;  3NU5 A;  4RCD A;  3VV8 A;  1CZI E;  5P1Z A;  5P2K A;  3ER3 E;  3FIV A;  5OZK A;  5P5R A;  2P8H A;  4J1E A;  2F3E A;  5P0W A;  3ZPS A;  2VA7 A;  5P58 A;  5P74 A;  2VA5 A;  5P7Q A;  3OUA A;  1EC2 A;  2QI6 A;  1EPM E;  3NWQ A;  5P6S A;  3D20 A;  5P0V A;  1XL2 A;  5P0E A;  3D91 A;  1MT7 A;  4E43 A;  2HB3 A;  5P1F A;  3IA9 A;  5OZ6 A;  3INE A;  3LIY A;  5P7R A;  1A8K A;  4OBF A;  1BVE A;  3GI5 A;  5P6R A;  2NXL A;  5OYS A;  4B78 A;  6UPJ A;  5OZM A;  3VUC A;  4HDP A;  2P3B A;  3Q70 A;  4EP3 A;  3RTM A;  4CPT A;  2WEZ A;  2JYS A;  5P8B A;  5OZT A;  5P6E A;  3IXJ A;  3LZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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