3L5BA

Structure of bace bound to sch713601
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5bA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5bA02
5P5EA 1PFZA 3KFRA 5DQ1A 5P4JA 1KJ7A 5OYTA 5HDUA 1IVPA 4PYVA 4WTUA 2AVQA 2UY0A 4CPUA 5HTZA 1RNEA 5DGWA 3HVPA 1KZKA 2G26A 1CPIA 2QI5A 5KR2A 3OU4A 4NJUA 5KR8A 1HVHA 4H3IA 4COEA 4DJOA 2J9JA 1ZLFA 5P7LA 3L3AA 4FSLA 2V0ZC 4M8YA 5KQXA 1LYAA 4U7QA 4EJDA 1MIQA 5P2LA 4LP9A 5DR1A 3U71A 5P3VA 1GNNA 1FQ8A 4NKKA 3EKVA 1HSGA 4I0ZA 1FGCC 2QI7A 3NR6A 4R92A 3BXSA 4I0HA 3H0BA 4DJPA 1IZIA 2ZHUA 4CPRA 2PWRA 4Y5GA 1YT9A 4AA8A 2QNQA 4K8SA 5OZFA 1TCWA 3WZ7A 3HBOA 4KUPA 4YDFA 3EKXA 2BPYA 1PPKE 3PSGA 4ACUA 2HS1A 3SFCA 2O4KA 5P5TA 1BDQA 1W5YA 4I0GA 4NJSA 4A6CA 2HAHA 4FIVA 2WL0A 5P02A 4R93A 2G24A 4WY1A 3I8WA 3PLLA 3DOXA 5P57A 1QRPE 3RVIA 4RGHA 5P5FA 2XYFA 5AH7A 3NWXA 3MXDA 4FS4A 5P4XA 5P3MA 3KFNA 3PM4A 2Z4OA 4F74A 3S53A 3QRVA 1XN2A 5HDXA 5P3YA 5F00A 2OHMA 4EQ0A 4Z2ZA 1LYWB 5P8IA 3OADA 3VLAA 2QHCA 2VA6A 5OZCA 1AZ5A 5OZRA 3VG1A 1EC0A 4LXKA 2AOJA 5ISKA 3UQWA 5HD0A 5P6RA 5P0EA 1HTFA 1HIVA 2I4XA 3EM4A 1D4LA 2R5QA 3NYGA 5P8BA 2IEOA 3I7EA 4EXGA 2ZJKA 1SP5A 4D83A 1FQ7A 5P3EA 3HVGA 7HVPA 3IAWA 1ODYA 3URLA 3Q5HA 5P2RA 2WF0A 3INEA 3LIYA 5P5UA 5KOQA 3TOHA 4OBGA 5OZ9A 5P84A 3GI5A 5JODA 1HIIA 4JPEA 3MSJA 2RMPA 5P4VA 4J1IA 5OZKA 4Y58A 5AH8A 3TPLA 2WEZA 4Y4WA 5P08A 5P81A 4DJVA 5P12A 2ZJJA 3EL9A 5OYRA 3K5FA 5P8UA 3G70A 2WF2A 5IVSA 4K4QA 2SAMA 3KA2A 5P03A 1QDMA 4Y3PA 4CPSA 3TPRA 5P0MA 2A1EA 3QVIA 3TPJA 5P6NA 1HPVA 5P0DA 2V13A 4YCYA 5P74A 3L5FA 3L5BA 2F81A 4ER1E 3NLSA 1E80E 5P8MA 1BVGA 4TVHA 5P16A 5P3HA 1T6EX 5P1HA 3ST5A 5P6IA 5P07A 3R0WA 3PWWA 4DQHA 5IVRA 1FMUA 3LIVA 2V16C 5P3ZA 3MWSA 5SXNA 3SPKA 5P1XA 1A8KA 4Y3HA 5P85A 3TL9A 3IN3A 1HPOA 4OC6B 3O9EA 1DW6C 2AVMA 1B5FB 3KDDA 1TCXA 3GGUA 5P7EA 4AA9A 4Y43A 3DV1A 2B7ZA 2HB2A 3BUHA 2IDWA 5JFUA 2QNNA 5P7XA 3S56A 5ENKA 2G21A 3UDPA 1MERA 5P4FA 5OZ1A 4Y3AA 3WZ6A 5P5QA 4ZPFA 4I0FA 5P20A 2WEBA 3ZL7A 2IENA 5P0VA 4I8ZA 1G2KA 2HPFA 4J0PA 5TOLA 2NPHA 5P3LA 2BPVA 3PVKA 5P5RA 4H3FA 4GJ5A 5P6CA 3SA5A 1XS7D 3OOTA 2JXRA 5P87A 4HDFA 1PPLE 4Y3SA 5P7IA 2HC0A 3TTPA 4JECA 4Y4UA 4FCOA 4B1CA 5P6LA 2IGYA 5P79A 5P0PA 3D1ZA 5P3RA 4Y3ZA 4YCTA 2G1RA 4TRZA 3O9AA 3FSMA 1YTGA 5P1QA 3LZVA 3KDCA 5P5IA 3ZPUA 5HE5A 3L59A 4Y5CA 4DQCA 4Z22A 3LZYA 2OHTA 3NDUA 1EPRE 1META 1W6IA 3EM3A 3KFPA 5DQCA 3IXKA 5HDVA 3SA4A 3D1XA 3L38A 5IVTA 5P25A 5P46A 1XL5A 4CPQA 5DR8A 4RYCA 5OZMA 1N49A 1GVWA 1FFFC 4APEA 2Q15A 2G1NA 5P54A 1GKTA 5P2MA 2XFJA 1EC3A 4FRIA 2IKUA 4EP3A 4EXHA 5OZ2A 1EC1A 3S45A 3UCBA 4Y5EA 5P1AA 3SAAA 1B6PA 2RSPA 2WEAA 3FV3A 5P7UA 4I11A 5P3IA 5P41A 1DAZC 5P3QA 3VF3A 3OAGA 3ZKXA 5OZ4A 1MTRA 4GJDA 4Y9WA 2BQVA 5P56A 5P0OA 3NU9A 5OYVA 5P7RA 5OZZA 5P8FA 1HVKA 3O9DA 2AOHA 1MESA 1YTIA 4PHVA 1G0VA 2QMGA 1AIDA 4CPTA 1LYBA 3ECGA 5P7CA 3CIBA 5P49A 3ZKQA 2VNMA 3EL1A 3VF7A 5HDZA 4RYGA 3D20A 3ZPTA 2AZBA 1LYAB 4PEPA 4Y39A 2BKTA 2H6SA 1PSAA 3LZSA 1D4IA 3EBZA 6APRE 2OHQA 4ZPGA 4FAEA 3UDHA 5OZ8A 4B05A 2O4SA 2WEDA 3NSHA 3UQPA 5SY2A 3ZKNA 2JYSA 2AODA 3I25A 2FGVA 5P0XA 2FGUA 1YTJA 3ER3E 4J54A 3TLHA 5OZVA 3OXCA 1WBMA 5P3JA 1W5WA 5P7BA 1SMEA 1K2CA 3KMXA 1EAGA 2I0DA 1MEUA 2J9KA 4Z4XA 2OF0A 4Y3NA 1B5FA 5P66A 4EJ8A 3OY4A 4Y56A 2HM1A 5P4UA 3SKGA 1XDHA 3ZKSA 3RSXA 1MRWA 3D3TA 5P3FA 2UPJA 5P3TA 4F75A 5C9BA 5DR7A 3OTSA 5P4BA 5P77A 5P7QA 2QU3A 4CPWA 1E5OE 2R38A 4I1CA 5P4IA 5P47A 5P8PA 1QBSA 5OZAA 2OHNA 2APRA 3BRAA 4YD4A 3OXXA 1K6TA 3S7MA 5P45A 1EPOE 3Q70A 3R2FA 1FF0C 5P7SA 1IIQA 1EBWA 5OZLA 4Y38A 1SBGA 5P8LA 5P78A 2WECA 2AVSA 1SDVA 1IVQA 5P2KA 1EC2A 1HSHA 2HB3A 1HTEA 2P3AA 3SLZA 4Z50A 2PYMA 3VCMA 4Y35A 1ENTE 3GI6A 3OADB 2AOFA 3EKWA 2WJOA 4FSEA 4FGXA 5P3OA 3PGIA 3UQRA 2QZLA 1EPME 2IKOA 1LF3A 4Q1YA 5FIVA 5P33A 5P6ZA 5ER1E 2HPEA 5IE1A 3PJ6A 5P30A 3WSJA 4RVXA 1K6CA 5P3WA 1HTRB 3OQKA 3SACA 4YHQA 5AHCA 2IQGA 1T7IA 1SDUA 1C6ZA 2VJ6A 3O9GA 5OZQA 4L7GA 3Q4BA 2WHHA 3DCRA 3EXOA 3TOFA 3IN4A 4CMSA 2UXZA 2Q3KA 4FM8A 3I2LA 5P8TA 5P3NA 4B70A 3H5BA 2NXMA 4XXSA 5P86A 3VLBA 4H1EA 4L1AB 4Y5AA 1BWAA 5P6QA 3UDYA 1QBTA 5P3XA 2I4QA 5P4AA 4F73A 1FG8C 1BAIA 2QD8A 5P6JA 5ER2E 5P48A 4I10A 3UFNA 5P18A 5C9FA 5P0LA 3CICA 5P1YA 4QJ9A 2G69A 3GGVA 3PCZA 2XFKA 4M8XA 3DJKA 4LBTA 2G94A 7UPJA 5P53A 5P5XA 4JOOA 1IZEA 2VIEA 4B78A 3BUGA 4Y36A 5P4EA 3EKQA 4OBDA 5P3UA 4DJQA 2Q5KA 2AVOA 1TZSA 4X2LA 1MSNA 5P04A 5OZOA 5P3BA 4QJ6A 2CEJA 4QGIA 5P2UA 2V10C 5HE7A 2HIZA 5HCTA 4YD6A 5P60A 2VNNA 4Y3JA 2FS4A 3WZ8A 3PWMA 3BUFA 1F34A 1K6PA 3B7VA 4CP7A 4ZSRA 4FRJA 1PSOE 1XE5A 1NPWA 4GJ6A 1VIKA 2QI4A 4KE0A 1GVVA 4NJTA 3VFAA 3PMYA 5OZEA 4D85A 5P32A 4EQJA 3LITA 3URJA 5P5ZA 5P2CA 2PK6A 3L58A 5P52A 3SA7A 2BKSA 5P27A 5P17A 5OYUA 1UH8A 5P7GA 4QJ7A 4D89A 5P50A 4J17A 5P55A 3D1YA 5ISJA 1WBKA 1B6KA 1BXQA 2WKZA 4Y5MA 3AIDA 4YA8A 3KT5A 4OBZA 3T7PA 2AOCA 1APVE 1MT9A 5P7PA 3DM6A 2O4LA 5P1EA 4Y3DA 2PWCA 1K1TA 5P8GA 4EP2A 2ZHRA 5P5BA 1AXAA 3U7SA 5DQ4A 5P0TA 5P01A 4AMTA 3C9XA 4DJRA 4YOAA 2Z54A 3HDKA 1OHRA 5P0UA 2QCIA 5OZ7A 2ER7E 1EPPE 1FLHA 5OZXA 5IVQA 3QBFA 1Z1RA 2OHUA 4Y4EA 3VSXA 5P3PA 2QMFA 4LHHA 5P1NA 3QS1A 3DV5A 3QN8A 4KE1A 3R1GB 2P3DA 3L5EA 5KAOA 5P2EA 4L7JA 4Y37A 3UDQA 1SIVA 4FLGA 5HVPA 4DJYA 5P2ZA 1PPME 1SDTA 5OZTA 5P7DA 3OUBA 5P7MA 2G22A 4RVIA 5P6DA 5P5SA 1TQFA 5P5NA 5P6OA 3TOGA 4MC2A 5P2VA 2BJUA 3RSVA 3HAUA 1EBZA 1W51A 5P8CA 2CEMA 2ZJNA 4L1AA 4EJKA 5P2YA 5DR0A 2I0AA 3NU6A 5P0RA 3UDKA 5P3SA 3A2OA 3OU1A 3OAGB 1ER8E 1EBYA 3OQAA 5OZBA 3PSUA 3OU3A 2VIYA 3K5CA 5OZYA 5P8DA 4DQFA 4Y3FA 5DR3A 3DUYA 4Q1WA 2AZCA 3U6AA 4B1DA 1LYBB 3NDTA 3PEPA 5KR1A 1FMXA 4R8YA 5P34A 5OZ5A 1ZTZA 5P2DA 3BVAA 3KF0A 2PSUA 3VFBA 2BB9A 1YX9A 3M9FA 3VV7A 1W6HA 2VJ9A 3CYXA 4XX3A 1E81E 1ME6A 5P7AA 4ZSQA 2ZJIA 4BFDA 5P1ZA 4OBJA 5OZNA 2R5PA 2NXDA 2IRZA 5P71A 2ER0E 4J0TA 5P31A 2B7FA 3IVIA 5OYYA 4Y5KA 1HVJA 3L5CA 4L6BA 4ZEAA 1KJHA 3OGPA 4Y3TA 5P0NA 5KOSA 2B42A 5OYQA 1UPJA 3OQ7A 5P24A 1EPLE 3UDMA 1FB7A 3NXNA 5P43A 4RCFA 5EZXA 1EBKC 4UPJA 4J1HA 3CKTA 3LIZA 5P6BA 1G6LA 3T7QA 5P05A 1BDLA 5I3WA 3UHLA 4TVGA 3S54A 1HVCA 1ODWA 2ZJMA 4J5JA 5APRE 3DK1A 5P67A 5P7FA 3TNEA 4B72A 1LZQA 3D91A 1QBUA 5P1WA 5P5JA 1MT8A 5P09A 3LINA 2ZJHA 5OZJA 1EEDP 3OGQA 1A30A 2ANLA 2Q11A 3UQXA 2P4JA 5P5DA 5P72A 4EHCA 3OQDA 4N00A 5P0JA 1BIMA 1ZSRA 3SO9A 4Y3MA 4Q1NA 5P8SA 3ZKMA 2QI6A 2V00A 5P1IA 5P1JA 1AVFA 1LEEA 3SKFA 5P37A 4YDGA 3KDBA 5P7ZA 1LV1A 4CPXA 5P4TA 1RPIA 3NXEA 1C6XA 5P5HA 5P5CA 5P5LA 3O9IA 1MUIA 4J1KA 3OTYA 5P40A 2FXEA 1ZSFA 1A94A 3OOZA 1CMSA 5P5KA 3CYWA 2PSGA 4FAFA 3IGBA 2AZ8A 1HXBA 3LPJA 3TKWA 4AUCA 5P0HA 5OZDA 3SM1A 3G6ZA 4YCKA 4DV9A 2FDEA 5P38A 5P63A 4A4QA 4S1GA 3CMSA 4Y3QA 1OD1A 3KFSA 1Z1HA 1FQ5A 2FDPA 2NMZA 2QZWA 2R8NA 4J0ZA 4HEGA 2QU2A 3IVHA 1MVPA 3QP0A 5P6XA 3RTMA 3VYFA 5P1RA 5OZGA 5KQFA 5P4DA 2AOGA 5P11A 3FNTA 4MC6A 4JPCA 5P1VA 1BWBA 2WF4A 4HLAA 3NU5A 5P1UA 3O9FA 4Y4GA 3QROA 5P5YA 3RU1A 1B6JA 5P6SA 3NUOA 3SQFA 2VA5A 2HB4A 3KMYA 2RKGA 5P64A 4B0QA 3PSYA 4RRSA 1D4SA 4GIDA 4YD7A 1IDAA 3GI0A 4GJBA 2OHLA 3FX5A 3QIHA 1XN3A 3HAWA 4F76A 2ZGAA 2AOIA 1MTBA 1HRNA 4HDPA 5P6TA 1PROA 4FM6A 1LS5A 4RCDA 4H3GA 3QI1A 1BDRA 5AHAA 2O4PA 2I4VA 4NJVA 5I3XA 5P3CA 5B18A 3BXRA 4YE3A 4Y4BA 5HCOA 4FRSA 5DR4A 3EC0A 3EKTA 1T6GA 4EJLA 5OZHA 5P5AA 5P65A 1BVEA 3T11A 1RL8A 4I0DA 5SY3A 2PK5A 3UPJA 4HDBA 4U8WA 4DQBA 3CIDA 3BGBA 5P7HA 3SA3A 2WF3A 3S85A 3S2OA 3HD8A 4U7VA 3R4BA 5DQ5A 1DP5A 2OAHA 2NNPA 5P1CA 4WY6A 1JLDA 5P80A 5P2FA 5COKA 1NH0A 5P82A 3APRE 5OZ0A 1KJFA 4OBZB 5P7KA 4DUSA 4Y3EA 5E5KA 1SGUA 5P0YA 5P1DA 3NDXA 2P3BA 3MSLA 1HIHA 3ER5E 3QRSA 4FRKA 3LPKA 2OHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5E A;  1PFZ A;  3KFR A;  5DQ1 A;  5P4J A;  1KJ7 A;  5OYT A;  5HDU A;  1IVP A;  4PYV A;  4WTU A;  2AVQ A;  2UY0 A;  4CPU A;  5HTZ A;  1RNE A;  5DGW A;  3HVP A;  1KZK A;  2G26 A;  1CPI A;  2QI5 A;  5KR2 A;  3OU4 A;  4NJU A;  5KR8 A;  1HVH A;  4H3I A;  4COE A;  4DJO A;  2J9J A;  1ZLF A;  5P7L A;  3L3A A;  4FSL A;  2V0Z C;  4M8Y A;  5KQX A;  1LYA A;  4U7Q A;  4EJD A;  1MIQ A;  5P2L A;  4LP9 A;  5DR1 A;  3U71 A;  5P3V A;  1GNN A;  1FQ8 A;  4NKK A;  3EKV A;  1HSG A;  4I0Z A;  1FGC C;  2QI7 A;  3NR6 A;  4R92 A;  3BXS A;  4I0H A;  3H0B A;  4DJP A;  1IZI A;  2ZHU A;  4CPR A;  2PWR A;  4Y5G A;  1YT9 A;  4AA8 A;  2QNQ A;  4K8S A;  5OZF A;  1TCW A;  3WZ7 A;  3HBO A;  4KUP A;  4YDF A;  3EKX A;  2BPY A;  1PPK E;  3PSG A;  4ACU A;  2HS1 A;  3SFC A;  2O4K A;  5P5T A;  1BDQ A;  1W5Y A;  4I0G A;  4NJS A;  4A6C A;  2HAH A;  4FIV A;  2WL0 A;  5P02 A;  4R93 A;  2G24 A;  4WY1 A;  3I8W A;  3PLL A;  3DOX A;  5P57 A;  1QRP E;  3RVI A;  4RGH A;  5P5F A;  2XYF A;  5AH7 A;  3NWX A;  3MXD A;  4FS4 A;  5P4X A;  5P3M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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