3L5CA

Structure of bace bound to sch723871
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5cA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5cA02
1QBTA 5P2HA 1U8GA 3PHVA 1MIQA 2G26A 4CPQA 5P0VA 3GI4A 2FXDA 1HPSA 5OZAA 5AGZA 3SLZA 1K6TA 2QI7A 5P11A 5P6FA 4D83A 1VIJA 2RKGA 3T7QA 5P6HA 1YG9A 4GJ8A 5HU1A 5HVPA 1AM5A 4PZXA 1WBKA 5P3JA 2VIZA 2VNMA 3KFPA 4Y44A 3EL4A 4QJ6A 5COKA 1A94A 2AVQA 2R38A 1EPOE 3S85A 2I4VA 5P1SA 6UPJA 1Z1RA 4FAFA 5DQ1A 5P1BA 1HVKA 1BXQA 5P71A 4QJ9A 5ER1E 1ZTZA 5P4QA 2F81A 5OZRA 3O9GA 3S43B 3HBOA 5P6RA 4APEA 1EC2A 3G72A 1Z1HA 3K5CA 5P7NA 3LZSA 3FX5A 3LITA 4Y3LA 5SXNA 4B70A 4QLHA 3OGPA 4R91A 5P4IA 5P6LA 1EPQE 2BB9A 3UQRA 1XL2A 4OBKA 2QZWA 3LIQA 1C6YA 4HVPA 1LV1A 1TQFA 2IKOA 3EL9A 3TNEA 4TVHA 4K4PA 5P7RA 5P5PA 5C9DA 3H5BA 5P2TA 2QMDA 1HPOA 5P68A 4Y5KA 3D1YA 4J5JA 4I8ZA 4R5NA 3FNTA 5DQ5A 5P64A 2QK5A 5P2EA 3VFAA 5IVQA 2IENA 1DAZC 1B5FB 4Y3FA 2WEAA 1D4JA 2ZJMA 4OBGA 1CZIE 4I0FA 2O4NA 4J1EA 3OQKA 5P0EA 5P7CA 3LIXA 1EC1A 5P2SA 5P6ZA 2I0DA 1AAQA 4D8CA 3UFLA 2I1AA 3BGBA 2IL2A 3WB5A 3SM1A 3NU5A 3N3IA 2PWRA 5P0FA 5P4EA 3EKXA 3NDTA 1OEWA 3CIBA 5P0UA 5P0ZA 5C9BA 1KJ4A 4A6BA 5P7KA 4YCYA 3D1XA 5P09A 4L6BA 4WY1A 3OU3A 3HVPA 4DVFA 1UPJA 2HPEA 5P2FA 3QRVA 5DR4A 1SBGA 4EHCA 5P3UA 4ACUA 3D91A 5P7TA 1EBZA 4J55A 4J0YA 5AH6A 5P6IA 2QHCA 3PRSA 5P57A 2FDEA 2VJ7A 1QRPE 2FIVA 5P22A 5I3XA 3EKTA 4Y4TA 5OZSA 1B6JA 2Q54A 2QI3A 1MT9A 1PFZA 4HLAA 5IVSA 5P47A 5P10A 1MVPA 3OXCA 2V11C 3SPKA 3MWSA 2HS1A 4HE9A 1MSMA 2RENA 1BIMA 4YD4A 3GGXA 3OHFA 5P3EA 3EMYA 5OZDA 5P6AA 2WL0A 4Y3HA 3OQFA 5P2YA 2CEMA 3ZKQA 5P3HA 3OQAA 1SIVA 3WB4A 3TOGA 3MXDA 4OBDA 1UH9A 5P6GA 5HCTA 5P5AA 5P8OA 4ZSPA 1XE6A 4OBZA 5I70A 4J17A 5KQXA 4ER4E 4ZEAA 5P3TA 3PI5A 1BDQA 1GNOA 1W5WA 5P59A 3BC4A 5P2CA 5P2NA 4D88A 3EM4A 3IA9A 5P5DA 5P2UA 5P18A 5ER2E 4Y3GA 4Y3TA 2WKZA 4L7JA 3MSLA 1TCXA 5P6PA 3S56A 1FQ7A 4Y3QA 4U8WA 4FL8A 5OZOA 1ODXA 3CKTA 5P1VA 4EP3A 5P4PA 5P26A 3D3TA 5OZEA 1K2BA 3TPRA 4Y56A 5P1QA 4HDBA 4NPUA 3QVIA 4Q5MA 3UQUA 2VIEA 2AOJA 2OHPA 4I0ZA 5P2QA 1FQ8A 2OHMA 5OZ3A 5KR2A 2UPJA 3LZYA 5P6BA 2ER6E 3CIDA 3S43A 1HVHA 4J1FA 2AODA 2PH6A 2VJ9A 2VJ6A 3DV5A 1PSNA 2Q5KA 5DR7A 4Y36A 1EPPE 1HVRA 1QBSA 4I10A 3VF5A 5P5VA 5P2WA 1SH9A 4JOOA 3QPJA 2RKFA 3LIZA 1BAIA 2SAMA 5P8VA 4YBIA 3R1GB 1EPLE 1LEEA 3VF7A 5P4ZA 5P6OA 4J1IA 4NKKA 5P7JA 1AJVA 5P88A 3TH9A 3EBZA 5P12A 4Q1YA 2ZE1A 5P48A 3S8IA 4FM7A 5CONA 3DCRA 2AQUA 3I8WA 5HTZA 3ZPTA 3KM4A 1HTFA 5P8MA 3PBZA 3URJA 5I3VA 2JJJA 5P5WA 1B5FA 3NYGA 3ZL7A 3BHEA 1K6CA 4LP9A 5P17A 3VSXA 5KQYA 4Y3DA 4IVTA 4U7VA 1ER8E 4GZFA 1IIQA 1IBQA 1NSOA 1SGUA 4Y3NA 3O9LB 5OZGA 1HIIA 2B7ZA 3ST5A 4WTUA 4Y3MA 4FRIA 4RCEA 2I4QA 4DQFA 5P5RA 2P3AA 3Q4BA 4J1KA 4KE1A 2XFKA 3HAWA 5HDUA 5P62A 5OZZA 4QJAA 5P2OA 3IN3A 4ZPEA 2NMZA 5P3RA 4FRSA 1DPJA 1LYBB 4ZSMA 1B6KA 4YDGA 5P6MA 5P1TA 3QS1A 3APPA 4RRSA 4Y3AA 5P8SA 2IS0A 3SKFA 5P7QA 3QRSA 4ZE6A 5P84A 5P8PA 1LYWB 3LNKA 3DUYA 5P4OA 1GVVA 5DPZA 5KOQA 5HU0A 1QBRA 4FCOA 4EXGA 5P2XA 4FSLA 1SP5A 5P7VA 4YD6A 1NPVA 5JFPA 3KDCA 2F3FA 3NU9A 3OUAA 1PPLE 3PLLA 1PSOE 3KMYA 2JYSA 2WEBA 5P1GA 1C6ZA 5P6CA 4QJ7A 3L5DA 3NU6A 3QRMA 5P51A 5P00A 5AHAA 5OZLA 1YM4A 2EWYA 5P14A 4Y5CA 4J1HA 1T6EX 2QMGA 5P5EA 1CPIA 5P1JA 1WKRA 2NNKA 3SM2A 4NJUA 5OZFA 3LPIA 5HE4A 3DCKA 5P6TA 3I7EA 2XFJA 4H3JA 3PVKA 3NUOA 3KA2A 3TPJA 1YTHA 1N49A 3T7PA 4M8YA 3WZ6A 1BV9A 3K4VA 3S45A 2BBBA 1PPME 1HPVA 4Z50A 3NSHA 4EJLA 3CKPA 1A9MA 2G21A 5OZ0A 2PSUA 5AHBA 1KZKA 4OBJA 1T3RA 5DQCA 3BGCA 4EJKA 5P2AA 1MTRA 4XXSA 2O4LA 5P0CA 2B8VA 3OXWA 5P4SA 5P7MA 3ZKMA 2G94A 4Y4WA 5P69A 2UXZA 5P8QA 5DR8A 4Y3JA 2P3DA 3IXJA 3EM3A 1D4YA 5BWYA 5P72A 3EM6A 3BRAA 3PSUA 5P27A 2ZHTA 4EQ0A 4JP9A 1HVCA 2OHSA 5HCOA 1EC3A 2WF3A 5P7WA 5OZ2A 5P0OA 5P6VA 2RSPA 5P08A 4FRJA 1EPNE 1NPWA 5OZJA 1A8KA 2HB2A 2OHLA 1GKTA 5P1PA 2FDPA 5P8TA 1EBYA 3FV3A 3VV7A 5P0LA 5HDZA 4RYGA 2AZ8A 1LF2A 3QROA 2G1SA 3G6ZA 3IN4A 5AH7A 5P5XA 5P31A 2ZJKA 2B7FA 4OBFA 1FB7A 5JODA 1T6GA 4LBTA 3LINA 4DJOA 4Y5AA 4EP2A 2IDWA 3INDA 2ASIA 4LL3A 2AOGA 3ZPSA 3UDQA 3MSJA 5P3NA 1KJFA 2HB4A 5P4UA 3VYEA 2Q55A 1SIPA 3L59A 3CKRA 5OZCA 4K4RA 1YTGA 1ENTE 5SZ9A 3LIYA 1DMPA 2FS4A 4F74A 2PK5A 2WF4A 1PROA 2VNNA 1ZLFA 5P4RA 2QNNA 2PQZA 4B78A 2CENA 3O9LA 3EL0A 5P5UA 1ZSFA 3H0BA 4RVIA 2ZJJA 3K5FA 5P3LA 2F3EA 4R95A 4RVJA 5EZXA 2G1NA 3EL1A 3GI5A 3PB5A 2R5QA 1D4HA 3K1WA 5P6EA 3OXXA 3VEUA 5P5OA 3FSMA 3ZKNA 1FFIC 3EXOA 3HW1A 1HEGE 5P1ZA 2AZ9A 1LYBA 2ER7E 5P7BA 4ZPGA 2QP8A 3RTHA 4CMSA 2G27A 5P55A 2ZHRA 5P5NA 1IDBA 4OBHA 4Y47A 1E81E 4CKUA 5EZZA 1LYWA 3PCZA 3Q5HA 5OZWA 1GNMA 5OZNA 1DP5A 5P46A 5P6JA 5P0AA 2WEDA 4HZTA 4Y4ZA 3UDPA 5P4MA 4I8WA 5P4AA 3S54A 4ER2E 4YBFA 1E5OE 1W51A 4K4QA 4MC2A 5P7PA 2XYEA 5DR0A 2VIJA 4Q1XA 1XS7D 5P4CA 3S7MA 5FIVA 5P3VA 2H6SA 2I4UA 3KN0A 5P80A 5P7UA 5P0WA 1XN2A 3HDKA 5P1EA 2VKMA 1W50A 4I0IA 1BDLA 4J0TA 5P1IA 5KR0A 3ZKGA 2QAKA 5KQFA 1EPRE 1TZSA 1YT9A 5OZHA 1FFFC 5P3AA 1HVLA 5P16A 4DJWA 4Y43A 5P8UA 3Q3TA 3ZPUA 3T7XA 2ZDZA 3TTPA 4Y4DA 1GVXA 3KDDA 1T7JA 4ZIPA 4AA8A 1TSUA 2ANLA 5E5KA 2G1YA 1D4LA 4L7GA 3OHHA 4XX3A 4YCKA 3N4LA 4ZSRA 2NNPA 4I0EA 2P8HA 4RCDA 2IRZA 2P3CA 2V10C 3FNSA 3PGIA 3ZOVA 5P45A 3UF3A 3UDJA 1HRNA 3FIVA 5P2IA 4A4QA 1G0VA 5P01A 1M43A 3GGUA 2WHHA 3O99A 5KAOA 2P3BB 2B8LA 1HIHA 5P77A 1SMRA 1APWE 1ZBGA 5P5SA 5P54A 3S2OA 9HVPA 4Y58A 1TSQA 1Z8CA 3INHA 4Y4AA 5OYVA 5IS4A 3KFNA 4F73A 4CPSA 3S7LA 3QIHA 5P8NA 3A2OA 1YX9A 2H6TA 4QJ2A 2FLEA 5P1UA 3TOHA 2QNPA 3L5FA 4EYRA 3TPLA 3ZKIA 3PWMA 4Y5NA 5OZ4A 3O9FA 5SY3A 4BFBA 1B6PA 2QD7A 5B18A 2FGVA 3OAGB 1FG6C 4DFGA 1G6LA 5ENKA 1MERA 5DR3A 1APTE 4X2LA 2NXDA 4JECA 2ZJNA 4KUPA 5P4WA 3KT5A 2ER9E 1UH7A 4GJCA 4DJUA 6FIVA 5P3PA 4XX4A 5P5HA 4CPXA 3R2FA 5P02A 3L5EA 5OZYA 5P0IA 3VF3A 6APRE 3WZ7A 4D85A 4B1DA 1HIVA 4RGHA 1MUIA 5P41A 5KR1A 5P24A 5P5LA 2G20A 5CLMA 3O9BA 5OZ1A 4Y39A 1LYAB 2HC0A 1K6VA 3BXRA 3PJ6A 2ZJIA 4Y3RA 5P2BA 2PYNA 2AOIA 4COEA 1LZQA 5P4TA 3D20A 1K1TA 4PZWA 5P1OA 4U7QA 2VA7A 1IZIA 2HPFA 2R3TA 5F01A 1IVQA 3SFCA 4I0GA 2Q3KA 4BELA 5P33A 5AH9A 2MIPA 4MC6A 1GVWA 5ENMA 5P5QA 1MTBA 2QCIA 3VCMA 2QU3A 4Y4XA 5P20A 5OYUA 3SABA 5P05A 3ECGA 5P8JA 3HLOA 4GJBA 2HIZA 3UQXA 1RQ9A 5JFUA 1RV7A 5P30A 3VG1A 5P29A 4Z2ZA 3VV6A 3SQFA 3OU4B 3R0YA 5OZ9A 2QZXA 5P38A 3IXOA 1YTIA 5P7YA 4DJVA 5P0NA 4YDFA 1HVIA 4DJXA 4Y5MA 2WJOA 3QI1A 3IVHA 2AVVA 4LXKA 3O9DA 5P34A 1MT7A 2BPZA 3PSYA 8HVPA 5P2DA 2PSGA 3SA6A 5P4NA 5P1FA 1FG8C 3BUFA 4Y4EA 1B11A 2FDDA 5P0BA 4RROA 2HAHA 5P2KA 1XE5A 5P6DA 4DJQA 5PEPA 3I6OA 5P1LA 5P8GA 1HVJA 2ZJLA 4DJRA 5OZTA 5P60A 4I0JA 2P83A 2ZHVA 4Y54A 4FLGA 5P3SA 1UH8A 1ZP8A 5P76A 1D4SA 2OHKA 5P52A 1FMBA 1K6PA 5DQ4A 2R9BA 3KF0A 1HEFE 5OZ6A 5P73A 3SA5A 2R5PA 5P2VA 1WBMA 1ODWA 5P5ZA 1MRXA 5P5BA 2J9KA 5P04A 2QNQA 4I0HA 3QVCA 5P3XA 2VS2A 1SDTA 3OTYA 2Q64A 1A30A 1EAGA 4DH6A 2PC0A 4H3IA 1XL5A 2QI6A 3EKPA 5OZQA 2P3BA 3ZLQA 5P3CA 4DQBA 2V0ZC 1FEJC 5P75A 3HD8A 4GJAA 3PEPA 4Z4XA 4LC7A 4Y6MA 4FAEA 3EKWA 5OYRA 5P1HA 4Y50A 4TRWA 4J54A 5P65A 1GVTA 4FGXA 4LHHA 5P5CA 3UDNA 5P5IA 5P5JA 4OD9A 5P50A 1M4HA 1J71A 4LXMA 4GJDA 4Y3XA 2OHNA 5P7ZA 5OYTA 5UPJA 2O4PA 1T7KA 3RSXA 3Q70A 1ZAPA 5P8RA 2G1RA 3TKGA 4D89A 5P8CA 3QP0A 4FS4A 3OK9A 3OAGA 3VUCA 4N00A 2O4KA 3M9FA 2NTRA 2Q11A 1G2KA 3QAAA 5P3FA 2R8NA 2A1EA 1MEUA 5F00A 4GMIA 1IZHA 2OHUA 3UDYA 5P5KA 5OZ8A 4K8SA 3R4BA 2F80A 5P0QA 5P3QA 4Y5PA 4YOBA 1YTJA 5P25A 2VIYA 5P1YA 5P7FA 2V16C 3OXVA 1FGCC 4FRKA 3DM6A 4B0QA 4CPUA 1FF0C 2IGXA 1LYAA 1DW6C 5P7LA 1FMXA 3NXNA 4J0VA 3NWQA 2HM1A 3TKWA 1BILA 5P87A 3VFBA 5DGWA 1PPKE 4MC1A 4JPCA 4R93A 2PMAA 4GJ5A 4Y3PA 3KDBA 2APRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QBT A;  5P2H A;  1U8G A;  3PHV A;  1MIQ A;  2G26 A;  4CPQ A;  5P0V A;  3GI4 A;  2FXD A;  1HPS A;  5OZA A;  5AGZ A;  3SLZ A;  1K6T A;  2QI7 A;  5P11 A;  5P6F A;  4D83 A;  1VIJ A;  2RKG A;  3T7Q A;  5P6H A;  1YG9 A;  4GJ8 A;  5HU1 A;  5HVP A;  1AM5 A;  4PZX A;  1WBK A;  5P3J A;  2VIZ A;  2VNM A;  3KFP A;  4Y44 A;  3EL4 A;  4QJ6 A;  5COK A;  1A94 A;  2AVQ A;  2R38 A;  1EPO E;  3S85 A;  2I4V A;  5P1S A;  6UPJ A;  1Z1R A;  4FAF A;  5DQ1 A;  5P1B A;  1HVK A;  1BXQ A;  5P71 A;  4QJ9 A;  5ER1 E;  1ZTZ A;  5P4Q A;  2F81 A;  5OZR A;  3O9G A;  3S43 B;  3HBO A;  5P6R A;  4APE A;  1EC2 A;  3G72 A;  1Z1H A;  3K5C A;  5P7N A;  3LZS A;  3FX5 A;  3LIT A;  4Y3L A;  5SXN A;  4B70 A;  4QLH A;  3OGP A;  4R91 A;  5P4I A;  5P6L A;  1EPQ E;  2BB9 A;  3UQR A;  1XL2 A;  4OBK A;  2QZW A;  3LIQ A;  1C6Y A;  4HVP A;  1LV1 A;  1TQF A;  2IKO A;  3EL9 A;  3TNE A;  4TVH A;  4K4P A;  5P7R A;  5P5P A;  5C9D A;  3H5B A;  5P2T A;  2QMD A;  1HPO A;  5P68 A;  4Y5K A;  3D1Y A;  4J5J A;  4I8Z A;  4R5N A;  3FNT A;  5DQ5 A;  5P64 A; 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 2ER7 E;  5P7B A;  4ZPG A;  2QP8 A;  3RTH A;  4CMS A;  2G27 A;  5P55 A;  2ZHR A;  5P5N A;  1IDB A;  4OBH A;  4Y47 A;  1E81 E;  4CKU A;  5EZZ A;  1LYW A;  3PCZ A;  3Q5H A;  5OZW A;  1GNM A;  5OZN A;  1DP5 A;  5P46 A;  5P6J A;  5P0A A;  2WED A;  4HZT A;  4Y4Z A;  3UDP A;  5P4M A;  4I8W A;  5P4A A;  3S54 A;  4ER2 E;  4YBF A;  1E5O E;  1W51 A;  4K4Q A;  4MC2 A;  5P7P A;  2XYE A;  5DR0 A;  2VIJ A;  4Q1X A;  1XS7 D;  5P4C A;  3S7M A;  5FIV A;  5P3V A;  2H6S A;  2I4U A;  3KN0 A;  5P80 A;  5P7U A;  5P0W A;  1XN2 A;  3HDK A;  5P1E A;  2VKM A;  1W50 A;  4I0I A;  1BDL A;  4J0T A;  5P1I A;  5KR0 A;  3ZKG A;  2QAK A;  5KQF A;  1EPR E;  1TZS A;  1YT9 A;  5OZH A;  1FFF C;  5P3A A;  1HVL A;  5P16 A;  4DJW A;  4Y43 A;  5P8U A;  3Q3T A;  3ZPU A;  3T7X A;  2ZDZ A;  3TTP A;  4Y4D A;  1GVX A;  3KDD A;  1T7J A;  4ZIP A;  4AA8 A;  1TSU A;  2ANL A;  5E5K A;  2G1Y A;  1D4L A;  4L7G A;  3OHH A;  4XX3 A;  4YCK A;  3N4L A;  4ZSR A;  2NNP A;  4I0E A;  2P8H A;  4RCD A;  2IRZ A;  2P3C A;  2V10 C;  3FNS A;  3PGI A;  3ZOV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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