3L5DA

Structure of bace bound to sch723873
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
386
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 386
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5dA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5dA02
5P1OA 1PPKE 3OUAA 5P54A 4GB2A 5APRE 2ZJJA 1APVE 5E5JA 5OYZA 3SAAA 5P5OA 1LF3A 2G1NA 3NU5A 5P5WA 4Y3NA 3N3IA 1HWRA 4B1EA 4Y9WA 2ZJHA 2RENA 4YCTA 3Q70A 1MUIA 2QD7A 5P22A 5P6UA 1FF0C 3MXEA 2AOJA 2I4WA 5P6DA 4OBZA 4YD5A 3HZCA 5P19A 5P6CA 2PWRA 5P1HA 5P3PA 5ER1E 1QRPE 4AUCA 3INDA 2BPZA 5HDUA 5P8CA 4KUPA 2OHSA 2ZHVA 3O9LB 5BS4A 5P1UA 3IAWA 4PEPA 5P8FA 5P1BA 5C9FA 5P5AA 2J9KA 3VF3A 1W6HA 1IDBA 4UPJA 5P3JA 1ENTE 1HVLA 5P0DA 4PHVA 4F75A 2R5PA 3A2OA 5P7XA 2FXDA 3T7XA 5OZ6A 5ISKA 5P6WA 3S56A 4Y5EA 2VIZA 3QRSA 4FS4A 5P4VA 1C6ZA 5P6VA 5P18A 4F74A 2I4DA 5P84A 1HTFA 4Y3ZA 5KAOA 3IXKA 5P68A 3UDKA 1FMXA 4EJKA 2ASIA 1EBKC 4KB9A 4OBJA 3TPRA 2FLEA 2QD8A 1HBVA 5P27A 3VCMA 1Q9PA 1QBSA 1BV9A 5KQYA 4Y4GA 3VV8A 5B18A 5OZWA 4Y3RA 2QI7A 5P0AA 3DV1A 1NH0A 3EKYA 3VSWA 5P5UA 4QJ8A 4Y6MA 3TNEA 3UDPA 1ZBGA 3PHVA 4AMTA 1A8GA 5P41A 2G27A 2AVVA 3TOFA 4CPWA 4R5NA 2APRA 2FNSA 3B80A 5P4KA 5P12A 4U8WA 4Y4JA 3DJKA 1D4HA 1CZIE 4Q5MA 2IEOA 1VIKA 5P83A 5P23A 2ZE1A 3AIDA 5P65A 4EP3A 5P6AA 4J1EA 1GVUA 3SPKA 5HTZA 5P4DA 3RSVA 1BBSA 1FQ4A 5I3YA 4JP9A 2AOGA 1JLDA 3NSHA 4K4RA 5P5MA 3L5EA 3VYDA 2QNNA 3VFBA 1B6PA 1DPJA 1MT7A 5P3GA 2OHUA 4X7IA 2QMFA 4OBKA 5P7WA 3Q5HA 5DGWA 1KJ7A 5P89A 2I4VA 4CPQA 5OZUA 5P02A 2NXLA 5P5LA 5P33A 5P7TA 5IVSA 4RVJA 5P57A 4ZEAA 1D4SA 2BPYA 3PEPA 5I70A 4Y4XA 5DQ1A 1LF2A 2AZBA 5P1RA 1HSGA 1YG9A 5JFPA 1F34A 2AIDA 5P7PA 2I1AA 1SIPA 2G20A 3OTYA 1HHPA 1HIVA 2HC0A 5SZ9A 5P7DA 3KFRA 5OZIA 4OD9B 4XX3A 3INFA 2CENA 4TVGA 3PBZA 3NWXA 3K4VA 4Y3FA 4Y56A 5P05A 2OHQA 3PSYA 1SDTA 1MT9A 2WL0A 5P13A 1KJGA 3MSJA 1HVRA 5P6HA 4DVFA 3HLOA 1YM2A 3EL5A 3OAGB 2IGXA 3SABA 1B6KA 5SY3A 3OHFA 3GI5A 5P7GA 1BDLA 3OU4B 4NPUA 5P2WA 2WHHA 4Y4BA 6UPJA 2J9JB 2PH6A 2P3CA 4AA9A 2V10C 3OUDB 5P1LA 5P4MA 1IDAA 2AVMA 5P47A 3PRSA 1LYAB 4ACXA 3BHEA 3BC4A 3VV7A 1SBGA 5P2CA 1FFFC 1EC3A 3DOXA 4HVPA 3IVHA 3I8WA 2QHCA 4FSEA 5P66A 3O9LA 4DJYA 2I4UA 5OZAA 4Y58A 2XYFA 5DR3A 5P5XA 1Z1HA 3BXRA 5P2MA 2R9BA 2V12C 4DFGA 1XS7D 4B1DA 5P4ZA 3N4LA 5P72A 3SA3A 5P8VA 3LINA 2HB2A 3D20A 3PGIA 4Y3HA 5P1IA 1ZP8A 2OHPA 3FV3A 3BUFA 3PMUA 5P31A 5P8MA 3U7SA 4QJ7A 3PWWA 4RCEA 1YX9A 5HDVA 1HTRB 2NNKA 3PCWA 1YM4A 5F01A 1ZSFA 3NU6A 2VA5A 1RV7A 3PWRA 3INHA 3NDWA 1AXAA 2QP8A 2QD6A 5IVTA 5P4BA 1WBKA 2Q11A 3QP0A 5AH8A 4ZPFA 5P5ZA 3S43B 3TOHA 1HEFE 4D83A 2R38A 5P1SA 7HVPA 3NDXA 3QBHA 1ER8E 2VIEA 3L5CA 3O9GA 4LC7A 3SLZA 3ZOVA 5P6BA 2PSUA 4ZLSA 3OY4A 4YBIA 3CKTA 4QJ2A 3D1XA 1EPOE 4FAEA 4DJVA 5HD0A 3I6OA 5P8PA 5P0WA 5OZZA 3SM2A 2PSVA 1SH9A 3O99A 4PZXA 4DQCA 1HTGA 5P40A 2QAKA 3DV5A 2ZHUA 2V16C 3QI1A 5P7YA 5P2QA 3ZKNA 2FMBA 5P4PA 5P52A 5DQ2A 4AA8A 2A4FA 2Q55A 4Z4XA 5P7EA 5P34A 1SMRA 5P8DA 5P7LA 5BRYA 1PPLE 3RU1A 4BELA 5P1KA 1EBZA 5P1PA 2Q54A 5P5DA 5P1DA 2I4QA 1ODWA 4D89A 1LEEA 5OZ7A 5P6MA 5P58A 3KA2A 1EAGA 1G6LA 1A94A 3K5GA 2MIPA 1E5OE 5P5RA 4JECA 3SA6A 2PK5A 3PCZA 2O40A 5P4IA 4AZYA 5P4EA 4Y4ZA 4I0JA 1C70A 4XX4A 4COEA 5P0LA 5P64A 5P7AA 1HVSA 1K2BA 3K4VC 1B6LA 1BDRA 4Y5GA 4Y3YA 2OHRA 3QPJA 4B0QA 4WY1A 5P6ZA 1XDHA 4J0PA 4RLDA 5P2JA 1SGZA 4OD9A 5OZGA 5P5YA 1BXQA 3D91A 4Y5MA 5P4NA 2O4NA 4MC6A 4Y41A 3UCBA 5P3VA 5P3OA 1DP5A 4FRSA 3R2FA 5COPA 2G1SA 5P6OA 5KOSA 4YD3A 5P2LA 5JODA 3NXNA 3OAGA 2B7ZA 5P4SA 5P78A 5P7VA 3QN8A 2BBBA 1WKRA 2OF0A 3KDDA 5P3FA 3FIVA 5P1GA 3OU4A 3ZKQA 1FMBA 3M9FA 5P8HA 3EXOA 3ER3E 5P0OA 5P2VA 4M8YA 5OZPA 2J9JA 3KMYA 4DJUA 3QAAA 3PSUA 5P0YA 3OUDA 4B00A 4DQBA 3O9CA 4B72A 4Y45A 1EC2A 1LYAA 1GVTA 3S85A 3K1WA 1U8GA 3HAWA 4RROA 1DAZC 2IRZA 3PVKA 3DCRA 2ANLA 1IZHA 3JVWA 5P1YA 4I11A 2AOEA 3VYEA 4Y5AA 5P2SA 3T11A 5DGUA 2FGVA 2QI4A 2ZJLA 5P3YA 1SDVA 1TW7A 3ZKSA 2F3EA 3LZYA 5P32A 3SA8A 3KM4A 5P80A 4Y38A 5P0BA 5P8GA 4DJRA 5OZJA 4Y3JA 4R92A 5P6YA 1W50A 1D4YA 5HCTA 5P1XA 3UQPA 4Y50A 4ZSQA 1FQ7A 9HVPA 3CYXA 2F3KA 5P1WA 2OHKA 3BGCA 5P15A 1LS5A 4Y3PA 1MPPA 5P06A 4GYEA 4L7GA 2FNTA 5P35A 3S43A 3NU4A 1QBTA 5HDXA 2AOFA 5KOQA 1ODYA 4TRWA 5P7BA 3PSGA 3OADB 4I12A 3UTLA 4DPFA 3UQUA 4Y51A 2OHMA 5OZOA 4Y3AA 5P67A 5EZZA 5BWYA 3SO9A 3LPJA 5ISJA 5P7IA 1UH8A 1TCWA 4ZPEA 3OQAA 4TRYA 2JXRA 3UDMA 4CPTA 3NUOA 4Y54A 5I3VA 1HTEA 2IKUA 1CMSA 5P2AA 4J0YA 4FL8A 5P0SA 3T3CA 1EBWA 3QVIA 2OHTA 3EC0A 5P5SA 5P50A 3OOTA 5P7CA 2P8HA 5TOLA 1AM5A 4CPXA 5P85A 3IN4A 5P14A 3NYGA 1HOSA 4FIVA 1HVKA 5P0GA 4GJ5A 4DQEA 4EXHA 4WTUA 5KR1A 3EM3A 3GGUA 2HS2A 5P7ZA 2WF0A 1N49A 4B78A 3HVPA 4R8YA 5P7SA 4Y5LA 1HVHA 5ER2E 4EWOA 3LIQA 1E81E 3OWNA 5IVQA 5P38A 5P69A 5P7HA 5P4QA 3SKFA 1DW6C 5OZCA 5P63A 2FXEA 3SFCA 5P26A 4Y4AA 5P7QA 2ZJKA 5JG1A 1K6TA 3K5FA 5P20A 4EP2A 3ZLQA 5SXNA 3EMYA 3BUGA 3WZ7A 4CPUA 1T7IA 3LZSA 7UPJA 5HE7A 4MC9A 4Y43A 3S7LA 2V11C 2RKFA 4F73A 4JOOA 4B1CA 3UPJA 3TLHA 1BWAA 2P3DA 3R0YA 4Y4EA 1OD1A 2ZJNA 5P3CA 4E43A 5P0UA 3LHGA 1HIHA 2SAMA 1T3RA 2AZ8A 3BRAA 1MRWA 3VFAA 3HDKA 3I7EA 3IXOA 3OQFA 3L59A 4RYCA 2V00A 3VV6A 3KFNA 4TRZA 5P0RA 1K6CA 3LNKA 1AIDA 2F80A 2R3WA 3OUCA 4EJLA 1HEGE 5P7UA 2HPFA 5P1ZA 2XFIA 5P4AA 4H3FA 1SIVA 3GGXA 1BWBA 1OHRA 5HE4A 4OBDA 5P3TA 2B7FA 4RZ1A 4I0GA 3T6IA 5P10A 3VF5A 5P3QA 2V13A 3S54A 5P6QA 4KE1A 5P0PA 4EXGA 5P30A 1HSHA 4Y3EA 1VIJA 3IA9A 4R93A 2RSPA 5AH9A 4Q1YA 5CONA 3LIYA 2G26A 4I8ZA 3CIDA 4YCKA 2QMPA 5P61A 2BKSA 2IGYA 2PYMA 3PB5A 3KFPA 5ENKA 5P7FA 3D1YA 5UPJA 5P8BA 4Z2ZA 1ZTZA 4GMIA 4H3JA 5P8SA 3KFSA 5DQ5A 4I1CA 4DH6A 5P7JA 3SA4A 2G1YA 4I0IA 4RVIA 3TOGA 1FQ5A 3LPKA 1K1TA 5P2UA 5P6IA 4APRE 3LIZA 2HM1A 1HXWA 1GNNA 4PPHA 5J25A 5ENMA 4GJAA 2AVOA 4FM6A 2IL2A 5AHAA 3EKWA 1W6IA 5P2HA 1HVJA 2WJOA 3UDJA 1FQ6A 2QI3A 5P3LA 2QZLA 3OADA 1PFZA 5P01A 3U6AA 5P2ZA 5P6FA 2FGUA 3MSLA 2O4LA 5OZVA 3TPPA 3H0BA 3O9BA 4Y5CA 2G24A 5P2IA 1A8KA 1PSOE 3EM6A 2BPWA 3D1ZA 3OU3A 4QLHA 5I3XA 5KQXA 5KQZA 5P2GA 4FM8A 4J17A 1ZSRA 2WEZA 4FLGA 2VS2A 1RPIA 5P0KA 5FIVA 2PMAA 1EPNE 3SACA 4J0TA 1APWE 5P03A 3U71A 4F76A 5P5TA 2PWCA 5E5KA 3ER5E 1LF4A 2HAHA 3L5BA 3S53A 2HB4A 4JPEA 4Y35A 1GNMA 5P6EA 4FAFA 1HPVA 5OYSA 5P6TA 1ZPAA 3VLBA 3VLAA 1TQFA 2IKOA 2VA6A 5P37A 2Q5KA 3NDTA 4X2LA 3R0WA 4D85A 3CKPA 1AAQA 3LZUA 5P5CA 5P59A 3PI5A 5P6RA 3HBOA 5P5IA 5OZTA 1FFIC 3NU3A 4Y3MA 5P53A 2QU3A 4Y5NA 3KN0A 3S8IA 3IGBA 5IE1A 2Q64A 5P2RA 1EPME 4I10A 3VEUA 3I25A 5P3WA 3GI6A 4FCOA 5P75A 3JW2A 1MTRA 4OBFA 2HS1A 4PZWA 4J1CA 4GJCA 3RTNA 5P1JA 4Y4WA 4LXMA 5P29A 3C9XA 2UPJA 2QI5A 1E82E 1MESA 2Q15A 1NSOA 1EPRE 2HIZA 3CMSA 5P7MA 5P5VA 4ZSRA 3ZMGA 3S2OA 2ZHSA 3OU1B 1B5FB 1D4JA 4Q1XA 2BQVA 4ZPGA 3EL1A 5P5BA 5DR1A 5P6GA 1HXBA 3WSJA 4NPTA 2ZGAA 5P62A 3Q4BA 1RL8A 3INEA 3NXEA 1MTBA 5CLMA 4Y3WA 5P3BA 3EKXA 3WZ6A 1NPAA 3LITA 3GGAA 4Y5PA 3HW1A 5P7OA 4HDPA 5KR8A 2BB9A 3EKVA 3FX5A 3OQ7A 3VG1A 1C6XA 4D88A 1CPIA 1EC0A 3BGBA 6FIVA 1FIVA 3H5BA 5PEPA 2B8VA 3OXCA 4XKXA 5AH6A 4HLAA 4ER2E 1M4HA 5P16A 8HVPA 4Y5BA 3QIHA 5HU0A 5KR0A 5P4HA 3HAUA 1D4LA 5P4FA 4LBTA 5P3MA 2NTRA 3OK9A 3URIA 3UFNA 5P1MA 5AGZA 1T7KA 2FDPA 3DK1A 5P2NA 2VNMA 3NUJA 2OHLA 3RSXA 5KR2A 3FKTA 5HE5A 2QMDA 4ER4E 3IXJA 3TH9A 2QMGA 5P6XA 4EJDA 1D4IA 2AODA 5P8IA 4EJ8A 3EM4A 2R8NA 3KT2A 1IIQA 4Y3GA 5OYTA 5P36A 1RNEA 4U7VA 1SP5A 3EKQA 4HE9A 2G1OA 1TSQA 2F81A 2IDWA 3DM6A 5T4SA 2HB3A 1A9MA 3ZKXA 1B11A 5IVRA 4GJ9A 3TL9A 2F8GA 5P76A 1GNOA 2ER7E 4PYVA 4QGIA 5P8AA 5P87A 4LXAA 2XFKA 5OZSA 2ZHTA 3ZPUA 3I2LA 1APUE 4I8WA 3MXDA 4K4QA 1WBMA 4GJ7A 3B7VA 1FKNA 1YTHA 5P60A 5P56A 2NMYA 3NDUA 4FRKA 4IVSA 5P2DA 4I0EA 3O9HA 1KJFA 3BVBA 4Y57A 4Y3LA 1B6JA 1ZJ7A 3EKPA 2Q63A 2OHNA 4FM7A 3OXVA 3QRMA 3FNSA 2QCIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1O A;  1PPK E;  3OUA A;  5P54 A;  4GB2 A;  5APR E;  2ZJJ A;  1APV E;  5E5J A;  5OYZ A;  3SAA A;  5P5O A;  1LF3 A;  2G1N A;  3NU5 A;  5P5W A;  4Y3N A;  3N3I A;  1HWR A;  4B1E A;  4Y9W A;  2ZJH A;  2REN A;  4YCT A;  3Q70 A;  1MUI A;  2QD7 A;  5P22 A;  5P6U A;  1FF0 C;  3MXE A;  2AOJ A;  2I4W A;  5P6D A;  4OBZ A;  4YD5 A;  3HZC A;  5P19 A;  5P6C A;  2PWR A;  5P1H A;  5P3P A;  5ER1 E;  1QRP E;  4AUC A;  3IND A;  2BPZ A;  5HDU A;  5P8C A;  4KUP A;  2OHS A;  2ZHV A;  3O9L B;  5BS4 A;  5P1U A;  3IAW A;  4PEP A;  5P8F A;  5P1B A;  5C9F A;  5P5A A;  2J9K A;  3VF3 A;  1W6H A;  1IDB A;  4UPJ A;  5P3J A;  1ENT E;  1HVL A;  5P0D A;  4PHV A;  4F75 A;  2R5P A;  3A2O A;  5P7X A;  2FXD A;  3T7X A;  5OZ6 A;  5ISK A;  5P6W A;  3S56 A;  4Y5E A;  2VIZ A;  3QRS A;  4FS4 A;  5P4V A;  1C6Z A;  5P6V A;  5P18 A;  4F74 A;  2I4D A;  5P84 A;  1HTF A;  4Y3Z A;  5KAO A;  3IXK A;  5P68 A;  3UDK A;  1FMX A;  4EJK A;  2ASI A;  1EBK C;  4KB9 A;  4OBJ A;  3TPR A;  2FLE A;  2QD8 A;  1HBV A;  5P27 A;  3VCM A;  1Q9P A;  1QBS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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