3L5FA

Structure of bace bound to sch736201
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l5fA02
4Y41A 3GGVA 3ZMGA 4RVIA 3OAGA 1C6ZA 2R43A 3OU3A 5OZWA 2BB9A 4Q5MA 5P29A 2WECA 1APWE 1ENTE 4Y4DA 3SA7A 5P75A 1B6LA 4M8YA 4R92A 2V16C 5P3KA 3UFLA 1Z8CA 4B0QA 5OZJA 4HZTA 2R8NA 2BPVA 2VIJA 5P7RA 4QJ6A 2HPFA 4Y4ZA 4DJUA 3I7EA 3KA2A 4CPQA 4ZSMA 5AHCA 5KQFA 1YTIA 1ZSRA 5P7WA 3TPJA 5P8NA 5P5BA 3FNSA 3SABA 3VFAA 3QN8A 5P0QA 4B05A 2IQGA 4WY1A 3UPJA 4R8YA 4I10A 5P1AA 2BKSA 2OHQA 5KR0A 4DQFA 2FMBA 5C9FA 2NXMA 5P5RA 5P5HA 1YTJA 3VSXA 2V00A 3MSKA 1HXBA 5P70A 2PSVA 4RRSA 3CKRA 5P4WA 5IVQA 4OBDA 5OYZA 1T7JA 5P5TA 4TVGA 1B5FB 5P33A 3EM4A 4RCFA 5P6HA 3L38A 3OTSA 2VJ7A 3LIQA 4OD9A 2O4KA 3WZ7A 1GKTA 3QPJA 3PLDA 4XX4A 2HAHA 1SMEA 1E5OE 4FE6A 1A8KA 5HE7A 4ACUA 2AZ8A 3EKTA 5P04A 1SDVA 1K2BA 3UQWA 4Y3JA 2NMYA 5OZ7A 3NWQA 3T7XA 1HEGE 2VNMA 5P18A 1TZSA 4Z4XA 5P2KA 1LF2A 5C9DA 4H3GA 1B6PA 1FGCC 3S85A 3UQRA 2QZLA 1LYWB 5P49A 5P2EA 1TQFA 4YBIA 4HA5A 3SFCA 3D1ZA 1TSQA 3VEUA 2BPZA 2R3WA 4EP2A 1EPLE 1LYAA 5P1MA 4JECA 4Y44A 3GI4A 3HVPA 6UPJA 4Q1WA 4J1FA 3VF3A 5P26A 5P7UA 1W5YA 3O9LB 3LIVA 1ODWA 5P0RA 1PSAA 4CPTA 5P5VA 4PHVA 1GNMA 1HVIA 3IAWA 5P63A 2AZ9A 5IE1A 2IS0A 1FG6C 1HOSA 5P4TA 2I4VA 5P8GA 2VA5A 3EM6A 1J71A 1MTBA 4OC6B 1E81E 2F8GA 3KFNA 4L7GA 4Y4UA 4Y4EA 3DCRA 3DUYA 2QMDA 3VF5A 5HE4A 5P89A 3ER5E 5SY2A 3HBOA 5P1DA 5P2DA 1A9MA 4Y3DA 1SGZA 3O9IA 4H3FA 2QHZA 1OHRA 4D85A 3LPKA 1HVLA 4Y3PA 3VV8A 5P88A 3HDKA 5E5KA 2ZHRA 3KT2A 4I11A 1HPOA 1IDBA 4NPTA 3QI1A 2J9JA 2NNPA 3UQPA 4DQEA 3ZPUA 5P1WA 1EPRE 5P5IA 5P7XA 1D4SA 1AAQA 4BELA 3QRVA 2WF4A 4Q1NA 3NDXA 5P68A 5OYRA 5KR2A 5CONA 2AVSA 2UPJA 4IVSA 5P79A 2ZHSA 3PWWA 1G35A 3TLHA 5IS4A 2VKMA 4DQBA 1MEUA 2QNQA 4RCDA 4Y3LA 5KR8A 3Q70A 4DPIA 5P5CA 3NU9A 5OZRA 1A94A 1MSMA 3S53A 1F7AA 5P2GA 1BDRA 5AGZA 4EWOA 3CYXA 2FGVA 5P0EA 5OZ1A 4RZ1A 5EZXA 1BIMA 5P3IA 1D4LA 3SLZA 5P43A 3UDMA 2APRA 3L5DA 1CZIE 2OF0A 5P1YA 5P2SA 3OQDA 4CPXA 2OAHA 5P7CA 4Y58A 3NR6A 5DQ2A 3BVBA 1ZSFA 3OOZA 3OAGB 4FIVA 5P7BA 2IKUA 1E80E 2AZBA 3EKPA 3I2LA 4FGXA 2Q63A 4M8XA 4Y5AA 2P3DA 5ENKA 4DJYA 3Q6YA 4WY6A 2ZDZA 1FQ7A 1MRWA 5P0MA 1OEWA 2WF2A 5DQ1A 1ZPKA 1IBQA 3TOGA 3OTYA 3NWXA 5P3OA 5KQXA 2P3CA 5P09A 2HB4A 3OGPA 4H1EA 4PYVA 2PWRA 3LHGA 1ZBGA 4Y3FA 3INDA 1RNEA 4Y47A 3MXEA 4I12A 4OBFA 1HSGA 2AOIA 5P4CA 5ISJA 5OYSA 5P3NA 2NR6A 2QI5A 4KE1A 2PYNA 3QIHA 1FMBA 4QLHA 2J9KA 5P8IA 1FQ6A 3APRE 4L1AB 1BXOA 5P1CA 4YD3A 3UDPA 2VIEA 4F73A 5P48A 4ZE6A 4YA8A 4PEPA 5P3TA 1A30A 1MSNA 2RSPA 5OZIA 1SMRA 3IXOA 5P1EA 5P4MA 2FXDA 4Y4BA 5OZ9A 1ME6A 3I25A 5P77A 4LXAA 4YE3A 3RTMA 1A8GA 4LAPA 4AMTA 1K6PA 1EAGA 5BRYA 2V10C 5DR8A 5P4EA 5P2JA 5P4FA 2A4FA 1GNOA 5P0YA 3OXXA 3S2OA 3HW1A 4OD9B 5P05A 4YD7A 3PCZA 5P02A 2QZWA 5P0SA 4OBJA 5OZDA 2IGYA 4U7VA 3SA6A 3SKFA 5P4ZA 3PM4A 5P30A 1DMPA 2P3BB 4Y53A 4RYCA 2G27A 2AOFA 5P4HA 3SA9A 5P8CA 1LYBB 3MSJA 2QAKA 3UDYA 1HTEA 5P7LA 4FSLA 5P23A 4Y4JA 4K4PA 1AIDA 2G1RA 3NXNA 2H6SA 5P7MA 3PMYA 5P66A 3OHHA 1D4JA 5P7PA 5P4DA 5P4KA 1UPJA 4Y48A 5HDUA 4B1EA 2QHYA 3K4VC 4LHHA 1IZEA 2F81A 5COPA 1RL8A 4RVXA 2ZJKA 5OZ2A 5P8VA 2B8LA 3NUOA 5P0CA 4XX3A 5P3MA 5P7DA 2HB3A 2UY0A 5OZSA 4YCKA 4DI2A 3INFA 5OZ5A 2PK6A 5P8QA 1ZTZA 2QU2A 2JXRA 3KN0A 3K4VA 4Y4GA 1APUE 4Y50A 3G72A 2F3KA 1SGUA 3OUDA 5P6XA 3OU1B 5P8SA 1KZKA 4J1CA 5P3RA 3T11A 5P3CA 4DQGA 3QS1A 3CMSA 4Y51A 2BPYA 5P5AA 1PPKE 5P8OA 5P36A 5P6ZA 3APPA 5IVRA 2ER0E 2OHKA 1M43A 3OXWA 1MESA 4I0FA 2AQUA 3IVIA 2F3EA 1NPAA 5ER2E 5P7JA 1EBZA 2NMZA 5P71A 1AVFA 3B80A 2Q15A 4CKUA 2G21A 3BGCA 1HBVA 3KDBA 3ZOVA 5P8RA 3KYRA 5OYXA 4Y3AA 3DV5A 1PPME 2JJIA 3FV3A 3OQ7A 2J9JB 2VA7A 5P16A 4PZXA 2WF3A 5P5LA 4EPJA 4ZEAA 2Q5KA 3IN4A 4HLAA 5AHBA 5P6OA 3VYEA 2IDWA 5P7FA 4FM6A 3L5FA 5OZFA 5P8PA 5P6SA 1GVXA 3FKTA 5P20A 2HM1A 1KJHA 5P47A 5P3WA 5P81A 3ZLQA 1META 5P3YA 3NDTA 4TVHA 3TKWA 3PVKA 2G69A 5P07A 1EC2A 5P4RA 4ZLSA 3OUAA 4ZPFA 5P3UA 5P6FA 2ER6E 5HVPA 2Q55A 5P5SA 1ZLFA 5P3BA 3U6AA 5ISKA 5P2FA 3PHVA 2AIDA 1W5VA 5P3ZA 1JLDA 1B6KA 5I3WA 4YD4A 5P08A 1AZ5A 5APRE 5P7QA 4GYEA 2AOHA 4FRSA 4YD5A 5OZ6A 4Y57A 5P6UA 4Z22A 2FNSA 3UFNA 3ST5A 1FF0C 3CIDA 5P5MA 3OGQA 3TPPA 3R2FA 4JPEA 5P6LA 5P1KA 3T6IA 5P14A 2Q54A 5P8HA 1GVVA 4FS4A 2P8HA 4GZFA 7UPJA 1FEJC 1HIVA 3NU5A 5AH9A 3EL5A 3NXEA 4Y38A 4BFDA 2R9BA 5P5QA 5P1UA 4GJCA 1HTFA 4APEA 3OQKA 5P8UA 3WSJA 2WHHA 4L6BA 2FGUA 5P25A 5F01A 1WBKA 5P3FA 1UH7A 2G26A 4R95A 2B8VA 4OBZB 4RRNA 5P5DA 4YCYA 1LS5A 1CMSA 1ER8E 1QBSA 5HD0A 4F74A 4QJAA 1HEFE 3QAAA 5P1SA 5I3VA 5P8MA 2BJUA 3DV1A 4FM7A 3UCBA 4D89A 3UDJA 2ZJLA 4COEA 3O9CA 5P5YA 4FLGA 1G6LA 3OQFA 2B60A 2ZYEA 1LF4A 2G94A 1HXWA 3EKYA 3DM6A 4FCOA 5P4OA 1Z1HA 1QBRA 3URJA 3L5BA 5OZGA 3D3TA 5P06A 3FSMA 5AH6A 5P5GA 4CMSA 3KFPA 5P0AA 3ZKSA 3EKVA 1FQ5A 3EMYA 4Q1YA 2ZHUA 5P6GA 5P60A 5P44A 2G1OA 3UTLA 3EL4A 5P45A 4K9HA 2BBBA 4DV9A 4F75A 2PYMA 2XFJA 4Y3NA 5P0NA 1PROA 3KMYA 4L7JA 4Y3HA 4GJ8A 4EJLA 5P2LA 3NLSA 4R93A 2QCIA 2ZJNA 3SA4A 2P3AA 4GB2A 1NPWA 3BXRA 2V0ZC 5P85A 5P1FA 3L5EA 1HTRB 5P1ZA 5P7IA 4YOAA 4FRIA 3QP0A 5P39A 4DQHA 3KF0A 2AVOA 3EL1A 5P0KA 5P6TA 5DQ5A 5OZOA 1K6CA 4I0JA 1YM2A 3C9XA 1EPME 2QZXA 1BAIA 2IENA 5SXNA 3O9HA 5OZBA 5JFUA 3OADA 2I4UA 1KJFA 1YTGA 5OZEA 3QRSA 5P3QA 3BXSA 3URIA 4Z50A 3QVIA 3KDCA 5P2AA 1MT7A 3BHEA 4GMIA 2VJ6A 5P7VA 5OZMA 4I0EA 5P8DA 3VYDA 4EQ0A 1QBTA 3EL9A 3TH9A 2PH8A 1UH9A 4R5NA 4MC9A 2G1YA 2ER7E 1FLHA 1NPVA 2B42A 5P42A 5P01A 5P2BA 3N3IA 3SAAA 2OHTA 4HDPA 5P5JA 1FMUA 3OUDB 4AUCA 4QGIA 5DGWA 1PPLE 4DJXA 4X7IA 4CP7A 1B11A 3PSGA 1FB7A 1ZPAA 5P40A 4ER2E 3INEA 3ZPTA 3S43A 3OQAA 4RVJA 2PSGA 4Y5LA 5AH7A 5P0PA 2QD7A 5P6WA 3IA9A 1YM4A 3U71A 1LF3A 5P6RA 2SAMA 4RCEA 4Y3QA 2VA6A 1VIKA 4OBGA 5P0BA 4CPUA 5I3XA 5P7GA 4LXKA 2HS2A 5P1LA 4YBFA 5P1BA 2FDPA 1FG8C 1K6TA 3R0WA 4Y5CA 5P78A 1LZQA 5P4IA 3UDHA 2PWCA 4LBTA 5P5PA 1HVRA 5BWYA 5P4NA 1TCXA 3T7QA 1C70A 2Q64A 4YDGA 3QBFA 3UDRA 4EYRA 4Y3XA 3SM1A 3KM4A 4GJ5A 5P6BA 2AVMA 3TL9A 3GI0A 5P6JA 2OHPA 5P1GA 3L5CA 3U7SA 5P7OA 5P7AA 1AXAA 9HVPA 4MC1A 5OZVA 2PC0A 4DVFA 2QD6A 4Y4XA 5P6IA 6FIVA 5DR1A 1HVCA 2R38A 4K4RA 3BRAA 1D4YA 5P6QA 5P3GA 4Y36A 1ZP8A 3WB5A 4YOBA 3O9EA 5P0XA 5P4GA 1K6VA 3FX5A 4Y3MA 3RSXA 2ZGAA 2B7ZA 5KR1A 3PI0A 3AUPA 2JJJA 3PI5A 3GGAA 4I8ZA 2PQZA 2ZJIA 5P7ZA 4K8SA 4NJUA 5P1IA 1BWBA 2OHMA 4GJDA 5P3XA 5P0WA 5P86A 3WZ6A 4ZPEA 4APRE 2I4WA 5P7SA 4PPHA 1IZHA 3UDNA 3PSYA 2QI4A 3NDUA 2FDEA 3ZKGA 5P4XA 5OYTA 5P2QA 4J0VA 5P5NA 4J1IA 1LV1A 3SA8A 5P58A 4D88A 2WJOA 2JYSA 2IGXA 3SA3A 3SQFA 3BVAA 5P52A 5BS4A 1FQ4A 2G22A 3LIYA 5DPZA 1XE5A 3HLOA 4EXGA 4HDFA 5HDVA 2ZE1A 5P8JA 5P2UA 3S56A 3ZL7A 3EKQA 5P57A 2WF1A 4KE0A 1IZIA 5P27A 2V13A 1LYWA 1GVTA 5CLMA 5P4BA 5P19A 5F00A 2IEOA 1KJ4A 3DK1A 4Z2ZA 1WKRA 2QI3A 3CYWA 3PBDA 2O4NA 3OHFA 5AHAA 1QRPE 1B6MA 5HE5A 4GJ6A 3TNEA 5ER1E 1QDMA 3PRSA 3L59A 5P3DA 1B6JA 1M0BA 2QMGA 5EZZA 5P83A 1GNNA 2FNTA 2OHNA 4NJSA 3ECGA 5P34A 3RVIA 4EJ8A 5P3JA 1FKNA 5P7TA 1EPPE 3DJKA 3LIZA 2XYEA 3EM3A 4EQJA 4Y5KA 2WEDA 5P2CA 1F34A 5P4JA 2ZJMA 3OK9A 4QJ8A 1IIQA 1EPNE 7HVPA 2AVVA 1BILA 3NU3A 2QNPA 4Q1XA 5DR0A 1D4IA 5P1JA 5P0FA 1XE6A 3PWMA 4OC6A 5P69A 4DH6A 2HPEA 5P32A 5OYQA 3EL0A 4FRKA 1LYAB 3NU4A 4JPCA 3ZKMA 5P6NA 3JVWA 4GJ9A 3LPIA 3RTHA 4TRYA 3K5CA 4AZYA 4CPRA 5E5JA 5KQYA 1EBWA 5B18A 5P0TA 3K5FA 4K4QA 4E43A 3OOTA 5P4QA 3DOXA 4Y3SA 5P1OA 1EC3A 3LZSA 5P0ZA 5I70A 4RYGA 4DJQA 4AA8A 5P67A 2HB2A 1EBKC 3HD8A 2IKOA 5OZ4A 4ER4E 2IRZA 1YTHA 5HCTA 5KOSA 2NNKA 3ZPSA 5P4PA 2I1AA 2CEJA 2Q11A 4ZPGA 1BBSA 4DJOA 4JP9A 3WZ8A 2G24A 3K5GA 3R0YA 1SDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y41 A;  3GGV A;  3ZMG A;  4RVI A;  3OAG A;  1C6Z A;  2R43 A;  3OU3 A;  5OZW A;  2BB9 A;  4Q5M A;  5P29 A;  2WEC A;  1APW E;  1ENT E;  4Y4D A;  3SA7 A;  5P75 A;  1B6L A;  4M8Y A;  4R92 A;  2V16 C;  5P3K A;  3UFL A;  1Z8C A;  4B0Q A;  5OZJ A;  4HZT A;  2R8N A;  2BPV A;  2VIJ A;  5P7R A;  4QJ6 A;  2HPF A;  4Y4Z A;  4DJU A;  3I7E A;  3KA2 A;  4CPQ A;  4ZSM A;  5AHC A;  5KQF A;  1YTI A;  1ZSR A;  5P7W A;  3TPJ A;  5P8N A;  5P5B A;  3FNS A;  3SAB A;  3VFA A;  3QN8 A;  5P0Q A;  4B05 A;  2IQG A;  4WY1 A;  3UPJ A;  4R8Y A;  4I10 A;  5P1A A;  2BKS A;  2OHQ A;  5KR0 A;  4DQF A;  2FMB A;  5C9F A;  2NXM A;  5P5R A;  5P5H A;  1YTJ A;  3VSX A;  2V00 A;  3MSK A;  1HXB A;  5P70 A;  2PSV A;  4RRS A;  3CKR A;  5P4W A;  5IVQ A;  4OBD A;  5OYZ A;  1T7J A;  5P5T A;  4TVG A;  1B5F B;  5P33 A;  3EM4 A;  4RCF A;  5P6H A;  3L38 A;  3OTS A;  2VJ7 A;  3LIQ A;  4OD9 A;  2O4K A;  3WZ7 A;  1GKT A;  3QPJ A;  3PLD A;  4XX4 A;  2HAH A;  1SME A;  1E5O E;  4FE6 A;  1A8K A;  5HE7 A;  4ACU A;  2AZ8 A;  3EKT A;  5P04 A;  1SDV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5IVT A;  3DCK A;  4J55 A;  3EKW A;  2MIP A;  2ZHT A;  1ODY A;  3QVC A;  1HVK A;  3RSV A;  3TOF A;  2O4P A;  5P8K A;  4B1C A;  1BXQ A;  4D8C A;  1MTR A;  4NKK A;  2VJ9 A;  3VFB A;  3PCW A;  4OBH A;  5P4V A;  3BGB A;  4GJB A;  4EJD A;  5P5E A;  1BVG A;  2EWY A;  1UH8 A;  3O9L A;  5P2H A;  1MVP A;  1Q9P A;  4Y5G A;  5P51 A;  1HIH A;  5P61 A;  2FIV A;  1MIQ A;  4Y3T A;  5P6P A;  1DAZ C;  4U7Q A;  4J0T A;  3PLL A;  5P7Y A;  1MER A;  5C9B A;  3O9D A;  3KDD A;  1T7I A;  4Y6M A;  1K1U A;  5SZ9 A;  1DPJ A;  2QZK A;  2A1E A;  1EED P;  2RKG A;  4D83 A;  1EC0 A;  1MPP A;  1BWA A;  5DQ4 A;  4B00 A;  2G1S A;  1G0V A;  3PJ6 A;  4RRO A;  3S7L A;  1TCW A;  3EBZ A;  2QMP A;  4QJ9 A;  4U8W A;  1C6X A;  1GVW A;  5P3E A;  3R1G B;  5P3H A;  4Y45 A;  1RPI A;  1FIV A;  3VV7 A;  3OU4 B;  5P65 A;  3VF7 A;  4FAE A;  1HPV A;  5OZ3 A;  4Y35 A;  1AJV A;  5P2I A;  1FQX A;  2BQV A;  4FL8 A;  2WL0 A;  4TRZ A;  5DR3 A;  1HRN A;  3QRO A;  5P7H A;  4EHC A;  3MWS A;  3L58 A;  4Y39 A;  3OAD B;  1W50 A;  1K2C A;  2AOJ A;  4J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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