3L6HA

Crystal structure of lactococcal opuac in its closed-liganded conformation complexed with glycine betaine
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Glycine betaine-binding protein
source organism Lactococcus lactis
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
total genus 85
structure length 254
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6hA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6hA02
3OO9A 5I2NA 3OMBA 1MQGA 4H67A 4X1BA 4GWOA 1YPNA 2QS1A 4FJPA 1Z7ME 3PUYE 3C32A 3SERA 1QJMA 1MXYA 4JB7A 2Q9TA 4NF6A 2Y7KA 2O7IA 3FATA 3U93A 4LATA 2AYSA 4Q5TA 2ONRA 3T66A 3IL1B 4OHNA 4YKKA 3CSBA 2Z8EA 1HSLA 1MPDA 4F31B 3MZ1A 4U21A 3VXCA 4KQPA 5L8DA 3TQWA 5DEXB 2PBWA 1N3WA 3QK6A 5L9SA 3H6TA 3OEMA 1B1XA 2Q2CA 1IQ7A 5DVIA 1O64A 4U23A 4WXJA 2ONKE 1O63A 1D9YA 2P1SA 3FZVA 3OELA 1HSJA 2ALUA 2DP8A 1M5DA 4KR5A 2A5TA 1FQBA 1JW1A 3ILUB 4DXCA 3MP6A 1FQAA 3C35A 4PFUA 4NF4B 3SEUA 4OQOA 1N84A 4HW8A 1N0TA 1UIUA 1OLAA 4G8MA 4F2OA 1JETA 4MFIA 3IORA 4HCYA 4QFOA 2UYFA 2XXPA 2HAUA 1MXXA 4QSDA 3T9XB 1YCJA 3T96B 4DCYA 1B3LA 1XHYA 3BKIB 4G4PA 3IJXB 3RNNA 2B65A 1MH4A 1MY1A 1SYIA 1LCTA 3WAEA 4G8HA 3T22A 2Z22A 4RJZA 4X1DA 4ZEBA 1DPEA 1B5JA 3VLWA 4M4GA 2B3BA 4OERA 2I0BA 1XC1A 3OSRA 2DXRA 5J1DA 4RY1A 2CMOA 3MVZA 2VD2A 4FE8A 1QVSA 5I57B 5CBSA 2PYYA 1MXUA 4DZ1A 4GF8A 3UK4A 4PFTA 2PMSA 2UXAA 2DYXA 3Q27A 4G68C 2XX7A 2DSFA 2KLFA 4LA9A 3FXRA 1Y9UA 3CR9A 3MVYA 3MJNA 1ATGA 4ZE8A 2H4IA 2I6EA 2ONSA 2A5SA 3KN7A 3B6TA 4R73A 1R9LA 4BDOA 3KZGA 1IEJA 3KOTA 1WVJA 1YTVA 3MP1A 4AQ4A 1O7TA 4OFJA 2R6GE 2OJTA 3U92A 1LFIA 1ANFA 3E3KA 2XHDA 3V5AA 4MLVA 3PMVA 1R1NA 1A8EA 3MPLA 1B0LA 1URDA 5KDTA 3TFLA 3FIRA 2XXYA 5AA4A 4BDQA 3S9EA 4ZS9A 4F19A 3B6WA 2XD3A 1SDXA 3IB2A 4F2QA 3FJGA 4EQBA 4OEVA 5KCJA 4F1VA 3M3KA 4QSCA 4HTGA 2FYIA 4KYDA 5IKBA 3VLVA 2D21A 1LAHE 3M3LA 4FECA 1UTBA 1FQDA 4XXUA 1Y20A 2X26A 2UVJA 4C1TA 1ZTYA 3FGSA 4C0RA 3S2VA 3KFMA 3TQLA 4EDPA 4R9GA 2OK2A 1Q1KA 2ANJA 3H6VA 1FQEA 4G2ZA 5B70A 4NF8B 4U2RA 2HFBA 2O1MA 4RK2A 3RT8A 1IITA 2H25A 1AL3A 5JTYA 3SDFA 4Q8RA 2RC8A 2X7PA 1IZ1A 3G7WA 4EQ7A 1DOTA 1B4ZA 4H0WA 4K3FA 5HBCA 2OWSA 4QFPA 4G8NA 2R9JA 3OSQA 4F3SA 3R26A 4KPTA 1TT1A 4OYVA 5ITOA 4YZZA 3O29A 2AL5A 3KBRA 3Q26A 1LLSA 5HM4B 2I4BA 1JEVA 5AA2B 1B3HA 3ZKKA 2VD3A 2ZNUA 1SVXB 4IGTA 3EPEA 1JVYA 3OXNA 4ZEIA 5ELVA 5TP9A 1H43A 4JWOA 3S9NC 1EZPA 4F1YA 3SKPA 4N07A 1BKAA 3IB1A 2DS9A 2XXHA 4NWCA 1VFEA 3TEPA 1TFAA 3HHFA 3U8QA 3U72A 2O69A 3PV0E 4OETA 2F7CA 2F34A 4OMBA 1H3DA 5DVFA 3OENA 1XVXA 3VE1B 1B32A 2F35A 1A8FA 3UP9A 3PUVE 3USDA 2XX8A 3O28A 5FTIA 3G3HA 1LCFA 4R74A 4R2BA 4IO3A 3RY3A 1LB8A 4QF9A 2Y7IA 2GH9A 4NE4A 1MQHA 2DOJA 2XD2A 4NEDA 5DEXA 3MWBA 5ITPA 1NFTA 3HCQA 4EQ9A 3F11A 1EZOA 4ESXA 4OENA 3MPKA 1CE2A 4YKPA 1MY4A 3C9HA 4I62A 2R71A 3C34A 4JWXA 3OO7A 5EHMA 3L6HA 3RLFE 3ODBA 2OCUA 3VVDA 1XVYA 3LBSA 4UA8A 1Y3NA 4H6DA 4GOTA 3DELB 4ESWA 1M5FA 5TU0A 1VSOA 4KI0E 4NF4A 2UYEA 3MVXA 1N76A 4FEBA 4JXIA 3SETA 3TUSA 1SYHA 4IO5A 1IUDA 4H5FA 2QS3A 5BUUA 1FQFA 5H8FB 1NNPA 2YLNA 5BWJA 1ZBMA 4LONB 3C4MA 1NH8A 4LQ5A 1SW5A 3IB0A 3H3GA 2V84A 5TPAB 3CFXA 4IO2A 2ZMBA 3PPNA 5I2KB 3TDJA 2HZKA 3CFZA 2QS2A 5DYHA 4KHZE 4BDMA 1UTHB 4EXLA 3VFJA 1S9TA 2YJPA 5ICTA 3K1PA 1PBQA 1R9QA 2P0SA 4DIGA 4DE8A 1B46A 3OOAA 4F1UA 4OZ9A 2ABHA 3K01A 1BIYA 4H65A 3VVFA 1URGA 1WDNA 3VLUA 3S9LC 3BFTA 3H6WA 3C33A 4R75A 3V8XB 3W15C 4YMAA 1T0KA 3KG2A 3KSJA 3CG3A 1ZKBA 4ELRA 3LUYA 1SD3A 2DE2A 5I57A 4GL8A 3TTNA 2V93A 2GHBA 5AE4A 5LOMA 4FATA 4MF3A 1A55A 1TFDA 1Y1MA 1D3KA 4PFYA 4M1VA 3K0VA 4BDLA 3PMXA 1FW0A 3SEXA 2F97A 3EQ1A 3EHTA 3LSLA 1Q35A 4QFNA 1USYE 3IX1A 1MY2A 3TTRA 3LSWA 3IOUA 3T9HB 3KGCA 5I56B 2CZLA 4GQOA 5ICQA 3JYRA 5AA1A 1BTJA 3EHUA 4JSOA 2VP1A 3N26A 3W9WA 4JWYA 3M8UA 2B3FA 3CI8A 1ELJA 4H8IA 3MBPA 4LZ5A 3PUXE 1MM6A 3MZ9A 3FJ7A 1JQFA 1IXHA 3BBRA 2RC9A 4F29A 4Q0CA 1MG1A 1FTMA 4ND9A 3IAZA 1PDAA 3Q29A 1B3FA 2QPQA 1JEUA 1UQWA 3VXBA 1AOVA 1NL5A 1NNKA 3TCFA 1B2HA 4YKJA 4TLMB 2PT1A 3HPIA 3TTKA 2ZNTA 3SESA 1SI0A 1JW5A 2M8CA 3O2AA 3SEWA 4NF8A 2XXRA 3C31A 1MM7A 3DLNA 1POY1 2Q88A 3PPPA 1SW2A 5FTHA 2Q2AA 3VVEA 4GIZA 3KN8A 2I0CA 1MS7A 5JK4A 3LSXA 1Y4CA 4DXBA 5H8QB 1XS5A 2UVHA 4MLQA 3FVGA 3QUJA 2DVCA 4NTLA 4P11A 4FEDA 4AB5A 4O3CA 1LB9A 4U4XA 3FVNA 2DWAA 2ZYOA 3T9UA 3H06B 1M5EA 3D4CA 4ZE9A 1B4HA 2E1SA 3EF7A 4EUOA 1NNTA 4XKPA 5L9MA 5FHNA 3V89B 2PVUA 2NXOA 4YAHX 1P99A 3PPOA 5AA2A 1JVXA 2OLBA 1Y3QA 5I59A 3QYTA 3TZAA 1ZIUA 3TMGA 2DE3A 1SW4A 2ZXTA 3EHSA 3QUFA 5CMMA 2HQ0A 1US5A 4PFWA 4R6HA 3FJMA 4EF2A 2GFEA 4R9FA 4R2FA 1Z7NE 1MY0A 1I6AA 1IXIA 3GBAA 5HPQA 1B3EA 4ONYA 2I3WA 1ZU0A 1PEBA 3RGYA 4DXUA 5DT6A 5I84A 4ZEFA 3B7DA 4IY6A 2E0SA 3KOSA 3I6VA 2NWJA 4NWDA 1R6ZA 3W9VA 3KJ7A 2XXIA 1USYH 3VV5A 4ZZEA 3KEIA 3H6UA 4N6PA 1PB7A 5EHSA 4Z7EA 3MW0A 2RC7A 3PD8A 1FTKA 2XXXA 3K02A 4LZ7A 4I9DA 3ONMA 3FD3A 5B7DA 5CMCA 2ZYKA 3AXFA 1PC3A 1SQYA 2I3VA 3JZJA 4U4SA 4RPNA 1FTOA 4X48A 2HXWA 2HEUA 5KZTA 5A5XB 1NH7A 4OESA 2W7YA 1GR2A 1DPPA 3R7XA 3ZKLA 1I69A 5H8FA 4C1UA 1EH3A 4PP0A 4OTEA 4ECFA 2XXQA 1S50A 4EF1A 2THIA 4PETA 5TPAA 4WKMA 2G93A 2OWTA 3FXQA 3GXAA 5I2KA 4FORA 4LQ2A 1FCKA 1P1NA 5CRYA 2RF1A 4LVQA 1MDQA 1UTHA 3RQTA 3KN3A 4RXLA 1BP5A 3M3FA 3PMWA 3DP8A 2H98A 3K6VA 3IOWA 4NF5B 4IO4A 2GRVA 2QS4A 3T93B 4YB6A 3U1OA 4GXSB 3S4UA 5H8NB 4ISUA 5ISUA 1A99A 1MRPA 2IEEA 4BDRA 2UVIA 3K4UA 3RN8A 1GV8A 4RNSA 2O1LA 4GVOA 1QUKA 1QKAA 4F3PA 1N7WA 2O84X 4RYAA 2Z23A 1US4A 4FIMA 2NOOA 1II5A 4G68B 4OWDA 4YMBA 1B52A 4ZDMA 3V83A 1M5CA 2UVGA 4WEPA 1A54A 3IK6B 4L17A 1KWHA 3PGFA 5CBRA 5CC2A 1OVBA 2DVZA 1WODA 3GZGA 4TLLB 4TOZA 3IOTA 4H8JA 1H44A 1RYOA 1M5BA 1MXWA 1Y4TA 1OIBA 1BLFA 3TELA 3TCHA 1J1NA 3TCGA 1RYXA 2DXYA 4HCWA 1B05A 3CVGA 4PQJA 3N6UA 5I56A 1A7LA 3GLBA 1HSEA 3S9MC 1MPCA 4ZECA 1GTKA 3OO6A 1B5IA 3G3FA 2QRYA 2VHAA 1D4NA 1LBBA 3K1NA 3K6UA 3PUZE 1VE4A 2XXUA 4OFOA 4KFQA 2GHAA 4IB2A 3G3KA 3VDFA 3K6XA 1LSTA 3IOVA 4TQUQ 4GRKA 5CM6A 5K2YA 2Y84A 4QFKA 3G3JA 3FVKA 4RA1A 5H8HB 3OO8A 2ESNA 4R72A 4U1ZA 1L5TA 4OFLA 3RTWB 2F6PA 3SEVA 4KD5A 1H45A 4BDNA 1B40A 5JEIA 2NUVA 4JSDA 4JDFA 2OZZA 3HHGA 1ZMGA 1I6QA 2ZNSA 4GXAA 3MAMA 1PB8A 3PU5A 2RKMA 3IO6A 1B7UA 1DSNA 4IGRA 5I58B 1QUIA 1MQIA 3UORA 5H8QA 4QHQA 4GFRA 4YICA 5AA3A 2AL4A 4NMYA 4OEUA 4ELOA 1OQGA 1PB9A 3T9VA 3N94A 1OLCA 3SEYA 3JV9A 1S7YA 1IIWA 2G29A 4KCDA 4POWA 4IO7A 2F8DA 3O66A 3FV2A 1DTZA 4DCXA 4F18A 4EXKA 5FHMA 1LFHA 4H5GA 1GVCA 3RT6B 1LFGA 3KSXA 3UA8A 4XKRA 1AIVA 1OMPA 5I2NB 1SI1A 3CFLA 2Q89A 4MBPA 2O68A 1MQJA 1LGBC 5CMBA 3UGWA 3DP4A 2Z8DA 2D5WA 3H03A 4NF6B 4YB5A 4HS7A 5DVJA 1B1HA 1TWYA 3A09A 4OVJA 3DM0A 1SBPA 4YU0A 3FV1A 3QAXA 1I6BA 3N5LA 3KJTA 3MZBA 4KYSA 4AB6A 3BFUA 1SW1A 4MH5A 3DP6A 3B6QA 1PBPA 1CB6A 3O6HA 3OEKA 2XXWA 1D9VA 1N04A 4THIA 2I58A 5H8SA 2XXVA 1NMUA 3UN6A 3IJOB 3RUMA 3A3CA 3EN3A 3Q28A 5CI5A 2F7BA 3GBBA 3D4GA 4ZEDA 2F36A 1FTLA 2Q8JA 4KCCA 4ZEKA 2A5TB 2HAVA 3QSLA 4O3AA 4Z0IA 1QUJA 3FXUA 4WEDA 1P1OA 2DWHA 4O3BA 3TYHA 2DE4A 4I1DA 3THIA 5AA2D 2NVUB 4UACA 1B0HA 4YB7A 4F3GA 3PPRA 3E9XA 5A5XA 1LAFE 2X7QA 1B9JA 4Q30B 3CIJA 2QSXA 3K2DA 4XIGQ 4LP2B 3OD7A 2HCAA 3Q25A 2Y7RA 3ZSFA 1ZLQA 2I48A 1OQHA 4QRZA 1IXCA 1POTA 2F5XA 1MXVA 3LSFB 4POXA 3HSTA 1B58A 2WKYA 3LR1A 3PUWE 3R6UA 2DWJA 2O51A 5L9OA 4DDDA 1FTJA 2VGQA 2YPNA 3I5OA 4N13A 1AMFA 1LBCA 2P2AA 3IR1A 3ZS6A 3MQ9A 3HO7A 1DTGA 5FHOA 3C36A 1MXZA 2O6AA 2OBGA 4NF5A 1N7XA 1B3GA 4IY5A 4GD5A 3QXMA 5H8NA 4IO6A 2PX1A 3K1MA 2PT2A 2V25A 3RPWA 5DTBA 3O9PA 3WAFA 3PD9A 2XXTA 1MPBA 4RPOA 1QW0A 3MC2A 4G68A 2HZLA 2Y7WA 1LAGE 4ZZAA 4H1XA 4KYEA 2Z8FA 4R6YA 2REGA 1EU8A 2LAOA 4GL0A 2IA4A 4LZ8A 2FNCA 1B51A 2I49A 4F22A 4U22A 1A40A 3K00A 1DMBA 1P1QA 1QKBA 2DQVA 4RK9A 3O6GA 3K6WA 3ECRA 5F7VA 3G3GA 3O97A 1JW4A 1MH3A 1P1UA 5KDTB 4ELQA 2REJA 4DLDA 2FA7A 2F7AA 5AA4B 4PE5B 2VOZA 3N6TA 5EYFA 3TKDA 1NKXA 3ILTB 3QIMA 4QSEA 3FVOA 4I8CA 3RTFB 3TPAA 5I59B 3CRBA 5K2XA 5KCJB 3FUZA 1F9BA 1UTBB 3UIFA 4XKNA 3TODA 2V3TA 1RKMA 4XKQA 1XT8A 1LAXA 2QL3A 2V3QA 1XOCA 4U1OA 5M2VA 3E13X 4X9TA 2H9BA 4JBZA 1UIVA 3MVWA 2QJEA 1Y3PA 5H8HA 4ELPA 1P1WA 3TAJA 2H99A 3U94A 3A3UA 4OXVA 3IO4A 5JTYB 3P7IA 2V3UA 3FASA 1TXFA 3I3VA 4GLIA 4BLAA 3H7MA 4G77A 1AH5A 1N3XA 3MUQA 1EZ9A 3G3IA 3TTMA 1MDP1 5IAIA 2D3IA 4E0WA 3MP8A 1VR5A 2ZYNA 1B5HA 1H76A 4R6KA 2BJJX 1JNFA 1MQDA 4FAJA 2QMWA 3PPQA 4F39A 2RCBA 3H4ZA 5I58A 1QULA 4F3BA 1NNFA 2F6GA 4QFLA 2DWIA 2I4CA 2RCAA 3TTLA 2F78A 3O6IA 3E4RA 4P0IA 1B7ZA 1OVTA 1B7HA 4LUBA 4XTCQ 2Y7PA 2QMXA 4P0GA 2XX9A 2O7UA 3HV1A 2H5YA 1FQCA 5CMKA 3CG1A 1URSA 5F1QA 5TP9B 4E0XA 1IXGA 1YAEA 2RINA 3LC8A 1B6HA 2AIXA 2ZYMA 1MY3A 1ZJLA 4YKIA 3CSGA 1Y1ZA 1VFDA 3L6GA 1GGGA 3HN0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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