3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
5AZIA 2QWPA 3C7NB 5AFUH 1HJOA 2P9IB 3O1BA 4FWLA 4HTLA 4I6MB 4JD2B 5BRDA 3CJ9A 4LC9B 4BRDA 4BREA 2QW9A 4BC5A 5AQIA 4BR4A 1U6ZA 2PBDA 4HWIA 4IXCA 2D0OA 1QQMA 3CJ7A 3QBWA 3EKUA 3H1QA 4BRLA 4CZKA 4I6MA 2J4RA 3WXJA 3HZ6A 3VEXA 3MMVA 3GG4A 2FF6A 3BP8A 2EWSA 3M1FA 5FPEA 3CQXA 1XQSC 3WQTA 2QWMA 1GLDG 4IJAA 3FZFA 3SMSA 3VPZA 2I7NA 3H6EA 5BREA 3BF1A 2P9SA 3H46O 3MK6A 3R9PA 3G25A 3D2EB 4ISGA 3SMPA 3B8AX 3CJBA 1T6DA 3CJAA 2GTDA 5LY3A 1BA0A 4CBUA 2HOEA 2FXUA 2A5XA 4B9QA 3D2EA 1ATSA 3DWLA 2Q0UA 1NWKA 3M6GA 3UKRB 4K41A 3QFPA 2CH5A 5I9EB 1NGBA 1JCEA 4CBWA 3IDHA 1IJJA 3VEOA 2QWQA 3GE1A 3IMXA 4FO0A 4RWTA 5KPTA 4FWNA 3CETA 5FPDA 2HMPA 1K8KA 1GLBG 4FWPA 1G99A 3LDLA 2YJFA 2ITMA 1BG3A 4MO5A 4BQLA 1MDUB 2NZTA 4YDUA 2FSNA 4BGAA 1RGIA 3M3ZA 1GLFO 5F1XA 1KAYA 3I33A 3ENOA 4BC2A 4BVOA 4EHUA 1HKGA 3VERA 3SK3A 3ZEUB 1NGHA 2BUPA 2NLXA 2H3GX 2IIRA 1KAXA 4BRFA 2D1KA 2P9NA 1OKJA 3H1VX 3ULEA 2YHXA 4BVPA 4A62A 1NGGA 1NGAA 3GDQA 4FL9A 3W3DA 5CE3A 2QXLA 3KVGA 3CIPA 2CGJA 4IJNA 2A3ZA 3BEXA 1YXQA 3FGUA 1HKBA 5JLHA 3U4LA 4CZEA 1X3NA 1QZ6A 2A6AA 1XC3A 2P9KA 3QB0A 4JNEA 4M7XA 2D4WA 2ASOA 1NGFA 1Q18A 4BRAA 1RDWX 3FLCO 3GL1A 1YUWA 4RTFD 3WQUA 5BN9A 3C0BA 1BUPA 3CQYA 3ID8A 4CZFA 5BRFA 1DGKN 1C0FA 5AQHA 2A41A 3A5OC 1BU6O 4BRPA 2QWLA 3L6QA 2FLOA 3QMLA 3WUHA 3O4WA 4XH1A 3HBTA 3A0IX 3HM8A 3CJCA 3ZX2A 3U9DA 3KHYA 3FZKA 2E2NA 4FPBA 4QS7A 1ZBSA 3MN6A 5LJWA 4BR5A 1J6ZA 5JMVA 4DHYA 3O8MA 1NM1A 4XH4A 5AQPA 3VGMA 2YHWA 2QM1A 3A8YA 3CERA 3DJCA 2P9SB 2AA4A 3D2FA 4Z94A 4DCHA 3U9ZA 4JAXA 2QWOA 1E4GT 2DPNA 4E1JA 2Q0RA 3IFRA 3MN9A 2FSJA 2YJEA 5E84A 4FPAA 1NMDA 4BROA 3LM2A 3H45C 1WUAA 3FR0A 3VEYA 5EY4A 1Z6RA 5FPMA 5F2RA 1MA9B 4A2BA 1T6CA 2V51B 1GLJO 1YVNA 4H5TA 1ZXOA 5AQOA 1NGDA 5BPLA 2WUSA 3WEEA 5JLFA 5B8HA 2HF3A 5EX5A 1V4SA 5ADXH 4BRIA 1WOQA 4H03B 5E26A 3AAQA 1K8KB 4B1VA 1HPMA 2IVPA 4A61A 3VENA 3L4IA 5AQXA 2GEMA 2V7YA 3P4IA 3R8EA 2E2OA 3HTVA 3O08A 4K42A 3CJ1A 4FOIA 1S22A 1QHAA 2Q1NA 2Q2RA 4BC4A 3LM9A 5JICA 2A40A 2D0PA 3EN9A 1XUPO 4JN4A 3H3OB 1GLLO 4MLEA 4FWMA 2P9LA 3WXLA 4FWOA 1R59O 3VF4A 3WT0A 5AQTA 1HKCA 2P9NB 3WXIA 3H3NO 1KAZA 4M63C 3ULEB 1TYQB 3DAWA 5AQWA 1MWMA 1X9JA 4JHDB 3UKUB 5KPZA 2E8AA 3ZX3A 5AFUA 2CGLA 4H0PA 4EFHA 3QFUA 2UYTA 3OHRA 3QDKA 4FOEA 1NLVA 5BRHA 4DB3A 4L3QA 4XH5A 1TYQA 3LL3A 5BN8A 4JHDA 5BPMA 3UKUA 3UB5A 1QQOA 3TPQA 2P9KB 1YAGA 3VGLA 3I8BA 4B1WB 3EZWA 1ZC6A 4B1YB 2GUPA 4EHTA 4MO4A 1T44A 4H0OA 3A5MC 1NGJA 3F9MA 3VF6A 4IO8A 3AY9A 1NGIA 2ZF5O 1NBWA 2Q31A 1Y64A 1H1VA 4AM6A 5F0XA 4BG9A 1HX1A 3BF3A 4H5NA 3QBXA 4BR0A 3VEWA 5EVZA 3RSEB 2QWNA 4F9OA 1LOTB 4KBOA 5KPRA 1HUXA 4PKIA 3LDNA 1C0GA 4O8KA 4PKGA 1GLEG 4BGBA 3VGKA 4ISEA 3WXKA 2GELA 3ENHA 3JXUA 4WYBA 3FZHA 3LDQA 3MN5A 2KHOA 4J8FA 3RSEA 4FSVA 3O5BA 4MLHA 4BRKA 2CH6A 2AP1A 4K43A 1CZAN 4CZHA 2W40A 2P9PA 1Z05A 5ADXA 4CD1A 1P8ZA 2NRHA 5AQYA 3D2FB 3VEZA 2YI1A 1GLAG 3VOVA 1JCFA 4CZLA 1BA1A 5FPNA 1DEJA 1D4XA 4FWQA 2ZGYA 4FWKA 1ATRA 4O5FA 3KZBA 3U8XA 3ATVA 4H0XB 3BUZB 4QS9A 3UE5A 3ATUA 4CD3A 3EKSA 1BWFO 2IVOA 3EL2A 1MWKA 5LJVA 5AQMA 5AQRA 2P9UB 5AQGA 5AQJA 3WEEB 5AQNA 4CJ7A 3CI5A 3SJHA 3C7NA 1SZ2A 5KQ8A 2P9IA 4H0YB 4C23A 2P9UA 2ASMA 4BRQA 4NB4A 1U2VB 2FF3B 3HI0A 4JD2A 1KXPA 1TUYA 2E1ZA 3A5NC 4GY2B 3J8AA 5BPNA 4WQ5C 3VESA 1SAZA 2GWKA 4CI6A 3QICA 4PKHA 3S41A 5AQSA 1BDGA 1U2VA 2VWBA 4RCHA 4CBXA 3LDOA 5KQDA 4CZGA 4GNIA 4B1XB 2VYPA 4QS8A 3IUCA 1BO5O 1QQNA 2FSKA 2E1YA 1NGEA 2P9LB 3ZETB 4BRNA 2YHYA 5EOYA 3MN7A 3TU5A 5BR9A 2F9WA 3LDPA 5AQQA 4BRMA 1X3MA 5AQZA 4CZIA 2CGKA 1ESVA 3DXMB 2OANA 3GBTA 3O80A 3R6MA 2PAVA 2I7PA 4FWRA 3ZETA 3CHWA 4BRCA 4WQ4A 2VCPA 1RFQA 3GOIA 2YCHA 3W0LA 4ISFA 2HF4A 3VETA 4BG8A 4BRGA 3FZMA 3DXMA 4B1ZA 1ATNA 3UKRA 3AAPA 4B1UB 4IWVA 2ASPA 1SQKA 4BQZA 4BR2A 2E20A 4NO7A 2BTFA 5AR0A 4PL7A 1S3XA 2ZWHA 3FZLA 3VF2A 2GWJA 3HSCA 2V52B 4Y0WA 1NGCA 1BOTO 3MDQA 5AZJB 3FE1A 2W41A 4BRHA 4H5VA 1E4FT 1HLUA 4H0TB 4M7YA 2Q36A 4WQ4C 2F9TA 2A42A 2E2PA 4A2AA 4BC3A 2E2QA 5AQVA 4H0VB 4CZJA 3ZX0A 5AQUA 1LCUA 4BR7A 5AQFA 5ELZA 5AQLA 3D7EO 3O6WA 2P9PB 5AZJA 3MCPA 3L0QA 3AARA 4BR9A 4DQ8A 3DXKB 3ZEUA 5AQKA 4EIAA 4K25A 5TKYA 3FFKB 4IZ9A 4PL8A 3SLCA 3O1WA 1DKGD 4H5WA 1QZ5A 1V4TA 4YDUC 4AM7A 2V7ZA 2ZGZA 5EXWA 3A5LC 4XEIA 4H5RA 3DXKA 5AZIB 3VEVA 1IG8A 1GLCG 2QWRA 4CZMA 3JS6A 4FWSA 4WQ5A 1JCGA 1TUUA 2IVNA 2E88A 3EO3A 2Q97A 1EQYA 4EAHD
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PE4A 3HXMA 3MX2A 1WMTA 4FCYA 3OYJA 4FWLA 2LR3A 1JL1A 4BRDA 1N34K 3ID6A 4N56A 1KVCA 1U6ZA 3PO4A 1YHQN 2PBDA 5FDLA 3QBWA 3LP1A 3WXJA 2UU9K 4FZZA 2K35A 4NLBA 4DS5A 3WQTA 2QWMA 1GLDG 3FZFA 4K8ZA 4JI7K 1BCMA 2I7NA 4IDKA 2P9SA 4IO9L 4HCBA 2FBXA 1SNBA 1N8RO 4RW7A 4GKJK 4JK9A 4A57A 2GTDA 4KKOA 3TABA 2FXUA 3CCVN 3O9SA 4CEEA 3DWLA 4H8KA 1TK0A 1JLBA 3UKRB 4K41A 2CH5A 5HP1A 2YV0X 3IKMA 4UQGA 1JCEA 3WNEA 3IMXA 4FWNA 3H08A 1LQIA 1N6QA 1VSEA 2FBYA 4EZ9A 1C0UA 1G99A 1VSFA 4LD0A 5C42A 4BWJA 4CCHA 2BGGA 3KOXA 4BGAA 3S3OA 4X62K 1VQ7N 2Z1HA 5F1XA 3ZSQA 3E7UX 4CJSA 3IS9A 3O3GA 4BC2A 1Q7YO 1UA1A 4GVEA 3SK3A 2QKBA 2LKBA 1JXCA 4I2PA 1TK8A 2NLXA 2BUPA 3L2QA 1NKEA 1KAXA 3CQ8A 3TSPA 3ULEA 1WWNA 3GDQA 4FL9A 3W3DA 5CE3A 3BY5A 4DSJA 1HQEA 3L2WA 2OPQA 4JKGB 1YXQA 2A6AA 1KFDA 4CEAA 4JRPA 4JNEA 2D4WA 1JLQA 2JGUA 4KHNA 1NGFA 1Q18A 1BQMA 3FLCO 2BANA 2LT8A 3RR8A 2WOMA 5HBMA 3WQUA 5SWMA 3P5JA 3CW4A 4Y1CA 1AYJA 3RWUA 1IH7A 1VRUA 4CJKA 1DGKN 3MECA 1KQSM 1C0FA 4C8LA 2GL1A 4FJXA 1XI1A 1XWLA 2JWLA 4M3WA 3ZX2A 3KHYA 3NAEA 1S9EA 1ZBSA 4CFCA 4OPAA 4BR5A 1J6ZA 3OYCA 4ELTA 1E3MA 1NM1A 3PUFA 1Q9YA 3CPEA 4FK4A 2QM1A 3CERA 3DJCA 3KD5E 1B7DA 5JS1A 3M5RA 4M3XA 3D2FA 4Z94A 1W9HA 3N4QA 1NMNA 3SBTA 2FSJA 4WFBL 3THYB 2KBKA 2F96A 2NRWA 3QEWA 4CJQA 1Z26A 3O3HA 3PX0A 3KLHA 1Q9XA 4F2SA 3KP1A 3LPUA 4BE2A 4A2BA 4JI6K 4H5TA 2RPIA 1NGDA 5BPLA 4YNQA 3KIOA 3THYA 2DTUA 4NYFA 1NJIO 1ZYQA 4KHQA 4BEBA 3AVAA 5ADXH 4BRIA 1ZBFA 1VSHA 4CGFA 3HVTA 4CHPA 2OZMA 1KC8O 1D5AA 2E6MA 2Y1JA 2YIPA 4K42A 4FOIA 4FLVA 3TSUA 3KK7A 4O0JA 3ZSVA 3T1YK 3ZLJA 4M3ZA 1YTUA 3QI7A 1WAFA 2Q2RA 5CY0A 4BC4A 3RTVA 3LAKA 5JICA 3EN9A 4JN4A 3ZT2A 4IFYA 4CECA 4PWDA 1T7BA 4MLEA 3CCJN 4FWOA 1R59O 4G1QA 2DFFA 2P9NB 4DMNA 4M63C 1TYQB 4KTWA 4JHDB 3UKUB 3V9UA 3D45A 1VSJA 3QDKA 3SUPA 4CJ5A 3MXJA 2KZMA 3ZCMA 4L3QA 1S1UA 1TYQA 4KREA 4JHDA 3C95A 3UKUA 3UB5A 1OH6A 3TPQA 2HHVA 1ZC6A 3QIOA 4JI3K 1BQNA 3AVNA 1ZBUA 3PIOL 2VG5A 2DY4A 1SN4A 3F9MA 1WSFA 3J80O 3AY9A 3B6PA 4FM0A 4BG9A 5F0XA 1HX1A 3OS1A 4H4OA 5LMNK 4BR0A 1NRBA 1S1TA 3VEWA 2HHSA 5J2NA 3VTIA 3V6DA 1T3VA 2YNFA 3QEIA 1C0GA 4E19A 4PKGA 3NVMA 4CGJA 3WXKA 3KLFA 3VQ6A 2KBHA 3JXUA 3ZYYX 3MN5A 3TAQA 1VQ5N 4ILJA 4FSVA 3O5BA 4BRKA 2O4GA 4PQUA 5M1FA 3VQ8A 1NE5A 2P9PA 1YVUA 4CD1A 4LF9K 1P8ZA 4O4GA 5AQYA 4CJEA 3NF6A 5C0YA 1BA1A 1DEJA 4KH6A 1D4XA 2ZGYA 4FWKA 4DSIA 4CGGA 1VHXA 3U8XA 4YOYA 1FXXA 3OYKA 4QS9A 2NNWA 3VQQA 1I6FA 1CN2A 4CD3A 3EKSA 1RDCA 3PSMA 1HNIA 1L3VA 2LY5A 5AQRA 1IO2A 4DSKA 5JVHL 4JLHA 3T1AA 1D9DA 3WEEB 3V4IA 1WSJA 1VNBA 1NJWA 1JLEA 3J81O 4B9NA 4DFKA 3M8RA 3K9JA 5M1PA 4A5BA 4H0YB 4C23A 2ZJRL 4AEIA 4DR7K 3LWLA 3SAGA 1U2VB 4M3UA 4GV3A 2FF3B 5FROA 4JD2A 3G4SN 1WLJA 5J2PA 4BECA 1IKYA 4BY9C 3ALYA 2G8VA 3OJSA 5M1OA 4WQ5C 1SAZA 4PKHA 2PYJA 2LJMA 1U2VA 1YJ9N 1RTDA 3EZ5A 3MEEA 3R2VA 1HQUA 2O8CB 1S5JA 4QS8A 3IUCA 3O9RA 4B8AB 4C8MA 1JXBA 2E1YA 4ID1A 2YHYA 5EOYA 3TU5A 1RDAA 3V1QA 3OBYA 3JSMA 2CGKA 4U7BA 3S5TA 1VQNN 3ZT0A 4FWRA 4WQ4A 2KFNA 3HVRA 2VCPA 3PSIA 3DLRA 4LFCK 4PHTX 3PO5A 3VETA 1BISA 4BRGA 1OH8A 4E89A 4W5NA 1N36K 2N69A 2W00A 4JRQA 4W5QA 3F5TA 4IWVA 3NHGA 2Z1IA 2ASPA 3SAFA 4CIFA 2HHHK 1SQKA 3CCEN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PE4 A;  3HXM A;  3MX2 A;  1WMT A;  4FCY A;  3OYJ A;  4FWL A;  2LR3 A;  1JL1 A;  4BRD A;  1N34 K;  3ID6 A;  4N56 A;  1KVC A;  1U6Z A;  3PO4 A;  1YHQ N;  2PBD A;  5FDL A;  3QBW A;  3LP1 A;  3WXJ A;  2UU9 K;  4FZZ A;  2K35 A;  4NLB A;  4DS5 A;  3WQT A;  2QWM A;  1GLD G;  3FZF A;  4K8Z A;  4JI7 K;  1BCM A;  2I7N A;  4IDK A;  2P9S A;  4IO9 L;  4HCB A;  2FBX A;  1SNB A;  1N8R O;  4RW7 A;  4GKJ K;  4JK9 A;  4A57 A;  2GTD A;  4KKO A;  3TAB A;  2FXU A;  3CCV N;  3O9S A;  4CEE A;  3DWL A;  4H8K A;  1TK0 A;  1JLB A;  3UKR B;  4K41 A;  2CH5 A;  5HP1 A;  2YV0 X;  3IKM A;  4UQG A;  1JCE A;  3WNE A;  3IMX A;  4FWN A;  3H08 A;  1LQI A;  1N6Q A;  1VSE A;  2FBY A;  4EZ9 A;  1C0U A;  1G99 A;  1VSF A;  4LD0 A;  5C42 A;  4BWJ A;  4CCH A;  2BGG A;  3KOX A;  4BGA A;  3S3O A;  4X62 K;  1VQ7 N;  2Z1H A;  5F1X A;  3ZSQ A;  3E7U X;  4CJS A;  3IS9 A;  3O3G A;  4BC2 A;  1Q7Y O;  1UA1 A;  4GVE A;  3SK3 A;  2QKB A;  2LKB A;  1JXC A;  4I2P A;  1TK8 A;  2NLX A;  2BUP A;  3L2Q A;  1NKE A;  1KAX A;  3CQ8 A;  3TSP A;  3ULE A; 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