3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
4BR7A 3VEYA 3HBTA 3HZ6A 3L6QA 5BR9A 1GLDG 4FPBA 1GLJO 3MN6A 1KAYA 4CZMA 3ZX0A 1XC3A 4ISFA 2CH6A 4CZKA 3WEEA 1H1VA 2ZF5O 3O4WA 4Y0WA 1NGGA 4MLEA 3DXMA 5ELZA 2F9WA 2QWLA 4O8KA 3WXLA 4CZJA 3BF3A 2Q97A 3VETA 1S3XA 4C23A 2ITMA 5EY4A 3D2FB 2A6AA 2BTFA 1MDUB 3OHRA 4ISGA 1SQKA 3C7NA 1X9JA 5LY3A 4FSVA 5AR0A 2E88A 1LCUA 3VGKA 3ZEUA 1BG3A 2P9IB 3QBWA 1BA1A 3CJ9A 4BR9A 3FGUA 2I7PA 2YJEA 1IG8A 3WXKA 4K41A 3DXMB 4IWVA 1YUWA 4FWLA 1RDWX 4H03B 3VEOA 5F0XA 4RWTA 2IVNA 2YHXA 3WEEB 4E1JA 3CJ1A 5AQXA 5EOYA 2ZGYA 3MN9A 1QQNA 3HI0A 4M63C 4H0PA 2GWKA 4RCHA 1TYQB 2ASMA 3ULEB 4CBUA 2P9IA 2P9NA 3CETA 5AQOA 5AZIB 1NGBA 3QB0A 3KVGA 3EKUA 4BG9A 3SMSA 1T44A 3CJCA 4FWQA 3UB5A 2A3ZA 3WXJA 2Q36A 5BRHA 3D2FA 4BQLA 3LM2A 5AQHA 1MWMA 3ATUA 2V52B 5AQKA 3U9DA 4PKIA 3WQUA 5AQFA 3C0BA 1E4FT 4BRQA 3QBXA 4XH1A 2WUSA 4BRKA 2A5XA 1U2VB 1ESVA 1G99A 1Y64A 4H0OA 5AQJA 2Q1NA 1NGHA 5JMVA 2P9KA 2P9LA 3HTVA 3AY9A 4I6MA 5AFUH 4EAHD 1CZAN 1V4SA 3VF6A 4QS7A 5TKYA 2Q0UA 3FZLA 3DXKA 5BN9A 4MO4A 1DGKN 3BUZB 1MA9B 4H0TB 3WUHA 3L0QA 4DCHA 1LOTB 3GG4A 4YDUA 4JAXA 3U8XA 5LJVA 3AAPA 4EHTA 5AQQA 4FOEA 4B1ZA 1TUYA 4BRFA 3O1WA 5AQMA 3LDOA 3W0LA 4DHYA 1BDGA 1QQOA 4H5WA 1K8KB 3VF2A 4HTLA 2FXUA 2QW9A 1MWKA 1IJJA 4CZEA 3O1BA 3VEXA 5JLHA 1HPMA 3TPQA 2E20A 3RSEB 5KQDA 4BRCA 5I9EB 4JD2A 3M3ZA 1JCFA 3GDQA 3RSEA 5AQNA 4FPAA 4A2AA 4CZGA 5CE3A 1OKJA 4IO8A 3H1QA 5AQLA 2IIRA 3GE1A 2F9TA 2IVOA 4BRGA 1YVNA 2IVPA 4WQ4C 3U9ZA 3UKUA 4A62A 4BROA 5AQIA 4B1VA 3ENHA 2VYPA 4BGAA 4JNEA 3MCPA 3G25A 4FOIA 4A61A 4CI6A 1NMDA 3JXUA 2PBDA 2YCHA 3CHWA 3GOIA 3H46O 4PL8A 3FLCO 1S22A 4M7XA 3O80A 3EZWA 2A42A 2FLOA 1NGAA 5AQWA 3B8AX 4XEIA 4BREA 3CI5A 4I6MB 3A5OC 3VEWA 3IMXA 3KHYA 4M7YA 2P9KB 3EN9A 4FWOA 3WT0A 4XH4A 4JHDB 4CZFA 1QZ6A 1ATSA 1NM1A 3EKSA 1EQYA 1KAZA 3UKRA 4KBOA 4CBWA 4H5RA 1X3MA 1J6ZA 3SLCA 5AQGA 5AZJA 3F9MA 4BRMA 4BRDA 3O8MA 3VF4A 1XQSC 1GLFO 2FSNA 3EO3A 5BRFA 3SK3A 1HLUA 3WXIA 4J8FA 3ATVA 1Q18A 2P9NB 1WOQA 3H45C 2W40A 4L3QA 5B8HA 4CD3A 3KZBA 4MO5A 5LJWA 3D7EO 3ULEA 1BA0A 4IXCA 4BC2A 3VEVA 4AM6A 5AQRA 4H5TA 3VPZA 3MMVA 4F9OA 5FPDA 3LM9A 3M6GA 4HWIA 5BPNA 2CGLA 5E26A 4QS9A 4BGBA 1SZ2A 1T6DA 2NRHA 1SAZA 3IDHA 2GELA 2E1ZA 1HKBA 4WQ5A 4BC4A 5FPEA 4GY2B 4WYBA 3SMPA 3MN5A 2E8AA 3LL3A 4DB3A 1BOTO 3ZEUB 4H5NA 2ASPA 1NGEA 5AQTA 5E84A 1GLLO 3C7NB 4H0XB 1NWKA 4BC3A 3CQXA 3A0IX 1GLEG 3O6WA 3DXKB 3D2EB 5AQVA 3U4LA 4BRLA 4K25A 5F2RA 2P9LB 4QS8A 3DWLA 2KHOA 3M1FA 5ADXH 4IZ9A 1NGIA 1D4XA 4B1YB 1HJOA 4CJ7A 2GEMA 2J4RA 4A2BA 3CJAA 1P8ZA 2GTDA 4PKHA 1ZXOA 4BR2A 5KPTA 1ATRA 2QWOA 4BG8A 1HX1A 2ZWHA 4BC5A 2H3GX 3AAQA 1YAGA 2ZGZA 3GL1A 4AM7A 1DEJA 3P4IA 4MLHA 2CGJA 2Q0RA 5AZIA 2YHYA 5AQSA 3J8AA 2OANA 2E2QA 5AFUA 2P9SA 4BRPA 1TYQA 3FZMA 4CZHA 5BREA 5BRDA 2P9PA 2CH5A 3FE1A 1HUXA 2YHWA 3QFUA 4PKGA 4B1WB 2QWNA 2D0OA 2QWPA 4CZIA 5BN8A 4IJNA 4JN4A 1NLVA 1RGIA 3L4IA 5FPMA 1TUUA 4NB4A 4BQZA 2UYTA 3FZFA 2W41A 4FO0A 3ENOA 3D2EA 3BP8A 4B1UB 1KAXA 2BUPA 4FWMA 2QWQA 5EX5A 5BPMA 1E4GT 2V51B 1BUPA 1HKGA 2GUPA 2NLXA 2HF4A 2FSKA 2V7YA 4BRIA 1NGJA 4ISEA 1GLBG 3VGMA 3HM8A 2QWRA 1C0GA 1T6CA 4DQ8A 1Z6RA 3BF1A 3CERA 4BR0A 5KPZA 1R59O 4BR5A 1YXQA 4H0VB 4IJAA 2ASOA 3QFPA 1NGDA 1ZC6A 4GNIA 1NGFA 4JHDA 4XH5A 2I7NA 4BRHA 5AQYA 1JCEA 3H3NO 2CGKA 2Q31A 4H5VA 4FWNA 5AQZA 1GLAG 3R9PA 1NGCA 1NBWA 4B1XB 2QXLA 4WQ4A 3FR0A 2FF6A 4FWKA 3TU5A 3A5MC 5AZJB 2HOEA 3VEZA 3O08A 1QZ5A 4EIAA 4K43A 4WQ5C 3UKRB 3UKUB 1WUAA 2D1KA 2Q2RA 2VCPA 3R8EA 1KXPA 5KQ8A 5AQUA 4BRAA 4CZLA 2D0PA 2YJFA 3QDKA 4FWPA 2NZTA 3ID8A 4FWRA 5JLFA 3AARA 4O5FA 3VGLA 1C0FA 1ZBSA 3VENA 5KPRA 2QWMA 2EWSA 3VERA 3WQTA 3R6MA 4FWSA 4BVPA 3LDPA 3ZX3A 3MDQA 4RTFD 3VOVA 4Z94A 1K8KA 3ZETB 4K42A 3I33A 2AA4A 2V7ZA 2VWBA 2P9UA 3GBTA 3LDNA 2AP1A 4B9QA 3JS6A 1RFQA 3EL2A 4FL9A 2GWJA 2DPNA 2P9UB 2FSJA 1XUPO 3A5LC 4BVOA 4EHUA 3ZETA 3HSCA 3IUCA 3DAWA 2FF3B 3A8YA 3DJCA 5AQPA 3H3OB 3ZX2A 4NO7A 3MK6A 4JD2B 3SJHA 1GLCG 1X3NA 4CD1A 3QMLA 3FZKA 3LDQA 3FFKB 3LDLA 3CQYA 3I8BA 5JICA 1BO5O 4EFHA 3A5NC 3IFRA 2P9PB 3UE5A 4BR4A 2PAVA 3O5BA 1BWFO 5EVZA 4PL7A 2E2NA 1U6ZA 1U2VA 3CIPA 4LC9B 5ADXA 1Z05A 3BEXA 2P9SB 1JCGA 3CJBA 3H1VX 3H6EA 1V4TA 1QQMA 3W3DA 3CJ7A 2D4WA 4H0YB 1DKGD 1HKCA 2HF3A 2HMPA 2E1YA 1ATNA 3FZHA 4BRNA 3S41A 4CBXA 1QHAA 1BU6O 5FPNA 2A40A 2A41A 4YDUC 5F1XA 2E2PA 2YI1A 5EXWA 3VESA 2E2OA 3MN7A 2QM1A 3QICA 5BPLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X78A 4BR7A 3R3LA 1I2VA 3HBTA 4B9UA 3L6QA 4CW7B 1TI5A 1HNWK 3QIPA 1XC3A 1WB9A 4J2BA 5GIPA 1ILYA 4FK0A 3HPGA 3MWTA 4DSIA 1NGGA 1ZVEA 2ZJRL 3NBPA 3BF3A 2Q97A 1S3XA 4C23A 4K0KK 5KTQA 2QKKA 3C7NA 5LY3A 4QAGA 1KCFA 2E88A 1N8RO 3QBWA 2RHKA 3SJJA 2I7PA 1IG8A 1RBSA 1Z26A 3KP1A 4DTRA 3WXKA 3DLRA 4K41A 3DXMB 1YUWA 3VEOA 5CYMA 3AVHA 3WEEB 4JK8A 5AQXA 5EOYA 4MDAA 2HHIA 5HRPA 1BIZA 5C12A 4H0PA 1Q86O 4FJ9A 3CCMN 4CBUA 4FYDA 1NU0A 2P9NA 3ZT0A 4NYFA 3NGIA 4OVLA 5M1QA 1XNQK 1VSHA 3HJFA 3RRGA 2Q36A 5BRHA 4DTSA 5AQHA 1MWMA 3M5RA 2PYLA 4KTQA 2V52B 3U9DA 1CN2A 3KK7A 4KYPA 2A1RA 1VSIA 1IV0A 5AQFA 4DSLA 1NH5A 4BRKA 1ESVA 1KVBA 1G99A 4H0OA 3RMBA 1W7AA 1NGHA 3AO3A 1CZBA 1T1TA 5JMVA 5HRSA 4DR7K 4CF9A 3HTVA 1CZAN 3VF6A 4N56A 4DFJA 3ID6A 3MEGA 5TKYA 4YOWA 3PX0A 1U45A 3E01A 4BE7B 1MA9B 1PE4A 1VQPN 4CQKA 3L0QA 4BE1A 2ATQA 3K0SA 5M1NA 1NNEA 1LOTB 1ZBHA 3U8XA 3KK1A 3AO1A 4M3XA 1TUYA 1VQON 2QXFA 2E2FA 1W2BM 3IRXA 1QQOA 3THXA 1K8KB 3OS2A 3P31A 2P51A 1MWKA 1IJJA 4CZEA 5I42A 3O1BA 4DV5K 2RN2A 1TL3A 3DRSA 4RW4A 4B9TA 1WAFA 1QQCA 2D0BA 4CE9A 4JD2A 3VMFB 4FPAA 3K58A 5AQLA 3ZSVA 3GE1A 2IVOA 1VNBA 2HW3A 4A62A 2PFUA 3E9LA 5DK5A 4Z4FA 2G8FA 1N32K 4FOIA 3DLHA 4QOZB 2HB5A 1U49A 3OTOK 3WNFA 2YCHA 4OPJA 3CHWA 4PL8A 4KHPK 3O80A 4O55A 4JKDA 1QSSA 1NGAA 1VQ5N 1T0ZA 4C8MA 3A5OC 3VEWA 4I7FA 3VQ9A 3O4QA 1RDBA 4B08A 1YVUA 2YX6A 1QZ6A 3CQ8A 1ATSA 1L3SA 3EKSA 4N47A 3QEXA 2UUAK 1EQYA 2Z1IA 4KB1A 3LPTA 2OYQA 4LFBK 5D3GA 1S1VA 1BL3A 4BRMA 3PUFA 4CJWA 3QEVA 3M8PA 4M3WA 1FXXA 4NLCA 5AJ3K 1NK5A 3HYFA 3EO3A 4JKEA 5BRFA 4YHHK 3SK3A 4FCYA 1HLUA 3BZCA 1EP4A 3CCLN 4CF0A 1QE1A 3H45C 1C56A 2W40A 3KIOA 4CD3A 3C6TA 3ULEA 4DLEA 5HROA 1W0HA 5FRMA 3DLLL 1REVA 3TR8A 3LM9A 3DI6A 4FJJA 4HWIA 2FC0A 2VGNA 4BGBA 4QS9A 1RILA 3ZSRA 2E1ZA 1HKBA 4BC4A 1HYZA 4B3MK 4GY2B 4DU1A 4KAZA 3LL3A 3ZT3A 4DB3A 2Z1GA 1NKEA 3IAYA 3V9ZA 4BACA 1NGEA 1U48A 2HMIA 3CQXA 1XI1A 5JENA 2G8UA 3A0IX 1S6QA 3Q7CA 1W97L 4BE0A 3MX2A 3KLIA 3P38A 2E5LK 4BRLA 4K25A 3L3VA 2P9LB 1YHQN 4YNQA 4H8KA 4IZ9A 2FBXA 4DQQA 1KRPA 3LP0A 1HJOA 4CJ7A 3O3FA 4DTMA 5SZTA 4CHYA 4B9VA 3OYBA 2GTDA 4PKHA 1C55A 2OTJN 4BR2A 1C0MA 1RT5A 2QWOA 2ZWHA 3OA9A 2O8CA 3AAQA 1YAGA 2PYJA 4DUZK 4CF8A 3TTFA 2D0CA 2KKZA 2CGJA 1VHXA 2AJQA 5AQSA 2K35A 2OANA 5AFUA 4BEBA 4CJEA 1TYQA 1VSLA 3KTQA 1VNAA 3M8RA 5BREA 5K14A 3QNOA 4JKGA 4PKGA 4ZHRA 4LF9K 4CZIA 2W42A 2OZSA 1SEGA 4IJNA 4O44A 2Y1IA 2C1GA 4LSNA 2WFBA 5FPMA 4NB4A 3CF5L 1BHLA 5TKWA 3DM2A 3HPHA 3VQ4A 3BP8A 1UWBA 2V51B 5BPMA 1N5YA 4DLGA 3ZSWA 4LD0A 1NGJA 3RR8A 2RE2A 2E4LA 1GLBG 1WT7A 4KHYA 1YTUA 1WMTA 2B6AA 1EETA 3HM8A 3MECA 2QWRA 4CK2A 3SNNA 4B8CA 4DQ8A 5CZ2A 4BR0A 3HVTA 1HR0K 4H0VB 1IO2A 2ASOA 4ILGB 3QFPA 2NNWA 1J53A 4GNIA 4E1MA 4JRQA 4JV5K 4XH5A 4FVMA 1JLQA 3SAFA 2NRVA 4DTOA 1SL1A 3H3NO 1XHZA 4V1DC 4H5VA 4CJQA 3SBTA 5AQZA 3I55N 3LZJA 2ASCA 1S1TA 4M3YA 3SAHA 1QVGM 2O8DB 1NBWA 3PIOL 4C8OA 4JI4K 2N69A 1VSJA 1OH5A 1I39A 4Y1CA 4FWKA 3AGRA 3TU5A 3V9WA 1ZVGA 2VQFK 4Z4IA 2HVHA 3OW2M 3VEZA 4EIAA 3R8EA 4GKJK 2VCPA 4FJ8A 4BRAA 1NJYA 1J5EK 3PSFA 4FWPA 3DLKA 5CY4A 3LP2A 4CF2A 4CCHA 3F2KA 1QSYA 5JLFA 4FWRA 4XIUA 4K8XA 3SUOA 1S1XA 3SUPA 4O5BA 4OPKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X78 A;  4BR7 A;  3R3L A;  1I2V A;  3HBT A;  4B9U A;  3L6Q A;  4CW7 B;  1TI5 A;  1HNW K;  3QIP A;  1XC3 A;  1WB9 A;  4J2B A;  5GIP A;  1ILY A;  4FK0 A;  3HPG A;  3MWT A;  4DSI A;  1NGG A;  1ZVE A;  2ZJR L;  3NBP A;  3BF3 A;  2Q97 A;  1S3X A;  4C23 A;  4K0K K;  5KTQ A;  2QKK A;  3C7N A;  5LY3 A;  4QAG A;  1KCF A;  2E88 A;  1N8R O;  3QBW A;  2RHK A;  3SJJ A;  2I7P A;  1IG8 A;  1RBS A;  1Z26 A;  3KP1 A;  4DTR A;  3WXK A;  3DLR A;  4K41 A;  3DXM B;  1YUW A;  3VEO A;  5CYM A;  3AVH A;  3WEE B;  4JK8 A;  5AQX A;  5EOY A;  4MDA A;  2HHI A;  5HRP A;  1BIZ A;  5C12 A;  4H0P A;  1Q86 O;  4FJ9 A;  3CCM N;  4CBU A;  4FYD A;  1NU0 A;  2P9N A;  3ZT0 A;  4NYF A;  3NGI A;  4OVL A;  5M1Q A;  1XNQ K;  1VSH A;  3HJF A;  3RRG A;  2Q36 A;  5BRH A;  4DTS A;  5AQH A;  1MWM A;  3M5R A;  2PYL A;  4KTQ A;  2V52 B;  3U9D A;  1CN2 A;  3KK7 A;  4KYP A;  2A1R A;  1VSI A;  1IV0 A;  5AQF A;  4DSL A;  1NH5 A;  4BRK A;  1ESV A;  1KVB A;  1G99 A;  4H0O A;  3RMB A;  1W7A A;  1NGH A;  3AO3 A;  1CZB A;  1T1T A;  5JMV A;  5HRS A; 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