3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
3O4WA 2V52B 3R9PA 5AQVA 1MA9B 2WUSA 3R8EA 1SQKA 3CQYA 2NLXA 3L0QA 4BR2A 4BRGA 3VGMA 4CJ7A 4KBOA 4FL9A 2HF4A 3IUCA 3LDNA 3FR0A 4EFHA 1NM1A 3TPQA 1TYQB 3VESA 1TYQA 2GWKA 5KPTA 3QFPA 2D0PA 2A5XA 3C0BA 5FPEA 2GUPA 2QXLA 1SZ2A 4K42A 3R6MA 4XH5A 3VPZA 3GDQA 3QBXA 3VETA 4B1XB 5LJVA 2IVPA 1NMDA 4B1ZA 4J8FA 1NGCA 5LY3A 3RSEA 3TU5A 3H46O 1NGDA 4CZHA 3ATUA 4CZJA 1K8KB 2CH5A 3D7EO 4A61A 4BR0A 2FLOA 3ULEB 4IZ9A 4WQ5A 4JNEA 2E2OA 2ZGZA 4ISFA 2FSKA 4CBXA 3CJAA 3LL3A 5KQDA 1S22A 3EKUA 4QS7A 5AQHA 2QW9A 5JLHA 4PKHA 1KAXA 3EZWA 1OKJA 5AQNA 5AZIB 3HTVA 5AZIA 3B8AX 3DXMB 4XH1A 3KVGA 1KAYA 3EKSA 4A62A 2V51B 3EN9A 5AFUA 3UKRB 3UB5A 2I7PA 4CZLA 2PAVA 4ISGA 2YCHA 3L6QA 1V4TA 4CZFA 3CERA 1P8ZA 1ZXOA 2VWBA 3A5NC 4H0PA 3U4LA 1LCUA 1HPMA 3I33A 3HM8A 3C7NA 3WXIA 4I6MB 4A2BA 4I6MA 1C0FA 2ITMA 4MLEA 1GLDG 2P9KB 3WXLA 2E2PA 1NGFA 3D2EB 2CGLA 4EAHD 2QWMA 4K25A 4FPAA 3O1WA 3FE1A 5E26A 4FWPA 1WUAA 3LDQA 4BR5A 2YHWA 2VYPA 3IFRA 5BREA 2CH6A 2P9LB 1H1VA 3WUHA 5BPLA 4BG9A 5LJWA 2F9WA 5CE3A 2A41A 1NBWA 3M6GA 4B9QA 4RWTA 4EIAA 4CD1A 4H0YB 2QWQA 1R59O 1JCFA 3GE1A 1BWFO 2ZF5O 3DWLA 4B1VA 4BRMA 3F9MA 2V7YA 3A5OC 3VEXA 1QQNA 5AQMA 2DPNA 3VGLA 5F0XA 4EHUA 1U6ZA 5TKYA 3QBWA 1HLUA 1DEJA 2FXUA 3AAQA 2QM1A 3CHWA 2NRHA 4DHYA 2F9TA 2HOEA 5EVZA 4EHTA 1GLCG 1HKCA 5EOYA 2Q1NA 3MDQA 4FWSA 4H5VA 3VERA 1NLVA 4XEIA 4HWIA 5KQ8A 4BRAA 1JCEA 5BR9A 5BN8A 1WOQA 1ATSA 3MN7A 2GEMA 4CZKA 4IXCA 1DGKN 5JICA 2HMPA 1X9JA 4WQ4C 4WQ5C 5JMVA 2CGJA 5AQRA 1CZAN 1ESVA 1MWKA 4BVOA 1NGBA 4QS9A 5F2RA 3BUZB 1GLBG 3EL2A 3ZX2A 2Q31A 2YHYA 4H5TA 2Q0UA 4BQZA 3DAWA 4FWNA 4RCHA 1QZ5A 2E8AA 4FPBA 4CBUA 4FOIA 5AR0A 4FWQA 4BRLA 3RSEB 3L4IA 2NZTA 1U2VB 2ASPA 3LDOA 1U2VA 4MO5A 5AQSA 2P9SB 4JD2A 2P9SA 3A0IX 1ZC6A 4IJAA 3I8BA 1T6CA 3CJ9A 3OHRA 4FSVA 3G25A 3O08A 4NB4A 4JHDA 4PKIA 2FF6A 1BG3A 2FSNA 3ZX3A 3FZHA 1LOTB 3JS6A 4YDUA 3FGUA 3VENA 4JAXA 1EQYA 2ASMA 3ZX0A 2P9NB 2P9NA 4BRNA 4H0VB 5AQQA 5JLFA 1Z6RA 1D4XA 3H1VX 3MK6A 1TUYA 1NGAA 1HKGA 2AP1A 5AQXA 3MCPA 2QWNA 5FPMA 4BGBA 2AA4A 4BC2A 4C23A 4E1JA 2YHXA 2P9UA 1HUXA 3CJ1A 2ASOA 3AY9A 1QQOA 2Q2RA 3A5LC 4IWVA 5KPZA 2CGKA 3VF4A 3QFUA 4RTFD 3CJBA 3C7NB 4CZEA 2BTFA 3A8YA 5FPNA 4FOEA 4K41A 4WYBA 4IO8A 2QWOA 3ID8A 4O8KA 1NGEA 3D2FA 3P4IA 1BU6O 4BGAA 2D0OA 4PKGA 3QDKA 4BRPA 1HKBA 3VGKA 3QB0A 4CBWA 3UE5A 5E84A 4FWMA 5AFUH 3ENOA 1BO5O 3LM2A 3MN6A 1T44A 4B1WB 3FZKA 1MDUB 3WT0A 1YXQA 5FPDA 2YJEA 1Y64A 4Y0WA 1NWKA 1GLFO 4BC4A 4ISEA 4BREA 3WEEB 3WEEA 1BUPA 3ZEUB 3M3ZA 3ZEUA 1XQSC 2A40A 5BRFA 5EY4A 4GNIA 5AQWA 2E1YA 1QZ6A 2YJFA 1IG8A 2FSJA 5BN9A 5AQTA 3GG4A 3HBTA 3UKUA 4CZGA 3KZBA 1HJOA 1GLLO 1BDGA 4FWKA 4BRDA 2UYTA 3CQXA 3J8AA 2Q97A 5ADXH 5EX5A 3QICA 3FFKB 1RDWX 3VF6A 1DKGD 1ZBSA 4H0OA 3FLCO 4A2AA 1S3XA 5AQFA 3IMXA 5BPMA 4QS8A 1RFQA 3SJHA 1T6DA 4LC9B 4CZMA 1XC3A 1NGGA 2W41A 2ZWHA 1NGIA 5AQYA 5AQJA 4GY2B 3S41A 2E2NA 2E20A 5AZJA 4BVPA 2D4WA 2I7NA 1XUPO 3AARA 1QHAA 3HI0A 2A6AA 4IJNA 3ZETA 4CI6A 5AQGA 5B8HA 3DJCA 3O80A 1YVNA 3GBTA 5ELZA 5BPNA 3SMPA 3U9ZA 2E2QA 1J6ZA 4YDUC 4BG8A 4BQLA 2GELA 3GL1A 3DXKB 2H3GX 3DXKA 2ZGYA 5AQOA 1X3MA 2Q36A 3SK3A 2E88A 4MLHA 2E1ZA 4BRFA 3BF1A 4AM6A 1E4GT 3VOVA 2PBDA 4BRKA 2IVNA 4JD2B 3WQTA 5AQPA 5AQLA 3GOIA 3U9DA 3H3OB 1V4SA 4K43A 1KAZA 3WQUA 4NO7A 4JHDB 3BEXA 3O6WA 2FF3B 4H0TB 4PL7A 4BROA 3BP8A 4H5RA 5AQUA 2GWJA 1YAGA 4M7XA 3JXUA 3HSCA 4H0XB 4FWOA 4JN4A 4B1UB 4M63C 4BRCA 5KPRA 3WXKA 1K8KA 1Z05A 4O5FA 3CJ7A 2D1KA 3ULEA 3VEVA 4WQ4A 1E4FT 2J4RA 4B1YB 1ATRA 3M1FA 4XH4A 2QWPA 1ATNA 4BRIA 3A5MC 3VEOA 2P9UB 4BC5A 3O8MA 3IDHA 3ATVA 4BR9A 4FWLA 3SLCA 3SMSA 3H3NO 3O1BA 3LM9A 3DXMA 3WXJA 3H6EA 5AQZA 1GLJO 1SAZA 3LDPA 3EO3A 3D2FB 3UKRA 4F9OA 3HZ6A 3KHYA 2BUPA 2IVOA 3O5BA 4CZIA 4Z94A 3MN9A 4FWRA 4MO4A 1X3NA 4H5NA 2GTDA 2YI1A 3FZMA 4BR7A 5EXWA 2P9PB 2P9PA 5AQKA 3H45C 1KXPA 1JCGA 4BC3A 4H5WA 2Q0RA 1QQMA 2P9KA 3AAPA 5BRDA 1GLAG 5ADXA 4BRQA 3W0LA 2HF3A 3D2EA 3ENHA 2W40A 1C0GA 4H03B 3UKUB 3VEWA 5BRHA 1MWMA 1NGJA 4M7YA 3W3DA 1Q18A 3BF3A 3CETA 1HX1A 4BR4A 3FZFA 5AQIA 1BA0A 3CI5A 3H1QA 3VF2A 5I9EB 2P9LA 4PL8A 4AM7A 3VEZA 2A42A 4CD3A 2OANA 4BRHA 4DQ8A 2KHOA 5F1XA 3CIPA 1BA1A 1GLEG 1G99A 2VCPA 3MN5A 3U8XA 4DB3A 1BOTO 2P9IB 2P9IA 3LDLA 5AZJB 1TUUA 1RGIA 4DCHA 1NGHA 1YUWA 3ZETB 2A3ZA 3FZLA 3VEYA 3MMVA 2EWSA 4HTLA 2QWLA 3QMLA 4L3QA 3CJCA 2V7ZA 4FO0A 1IJJA 2IIRA 2QWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4WA 2IGIA 4CFCA 4RW4A 2V52B 3R9PA 1D9DA 1T03A 3R8EA 3U6FA 4HCCA 2GL1A 4OO1J 4BRGA 3DLRA 2HHQA 4E19A 3OJUA 4BY9C 3LDNA 1VHXA 1CZ9A 4EFHA 3NH2A 1NM1A 5CR4A 4KI4A 5CHIA 3HPGA 1J53A 3QFPA 2D0PA 3LP1A 4CVNE 3MEEA 1BISA 4U7BA 1RDAA 3MXJA 4K42A 2HVIA 2VG6A 5LJVA 2IVPA 4B1ZA 1NGCA 3VQDA 2LY6A 5HL7L 1QSYA 1E3MA 1EETA 3RSEA 3TU5A 4GV9A 1I39A 3THXB 3OYMA 4CZHA 1GOCA 4JLHA 4C8NA 4LF6K 4CIEA 4CZJA 2FC0A 4KB0A 3VQ9A 4DSLA 2JWKA 3TSQA 1W0HA 4BE7B 1VNBA 3J7ZO 4CBXA 3CJAA 3AO1A 5KQDA 5IT9O 3EKUA 4E1MA 3AA4A 2QW9A 2VQEK 3ZSWA 3L56A 3P83D 3M8SA 2W6LA 3CM5A 4XH1A 3NCIA 2KZMA 3EKSA 2IDOA 1Q86O 1S9GA 4DTSA 3D6RA 3EE9A 4CZLA 2PAVA 4I9QA 4ISGA 2NRTA 1V4TA 1KSPA 2YKMA 3CERA 1RT5A 1K9MO 3A5NC 3C6TA 4E0DA 3SCXA 3HM8A 4JI6K 1C0FA 3GKUA 3RR8A 3THYB 4L8RB 4B9MA 5LMNK 4DR4K 3ZLJA 2G2KA 3CXCM 3AVBA 4X65K 3JYTA 4X64K 4ILHA 3SPYA 4FPAA 4I2PA 4FWPA 4KRFA 3KOWA 2FBVA 4O4GA 2ATBA 1HRHA 1BCOA 3QEXA 5I3UA 2CH6A 4HTUA 4DTUA 4NCBA 3ITHA 1IV0A 3KIOA 1C0MA 5CE3A 3RTVA 4Z0UA 2BE2A 5M1PA 4B9QA 3O3GA 4EIAA 3M8QA 4DKWA 3DOKA 5HBMA 2QWQA 3KOXA 3GE1A 1YJWN 1BWFO 2YNIA 4FJ5A 4UJ0A 4B1VA 3F9MA 3SQ4A 3SI6A 4M3WA 3VEXA 1QQNA 1W9HA 4FLTA 1JXCA 1ITGA 4JI1K 3T19A 1U6ZA 5TKYA 3VGLA 3NH0A 1DEJA 3PSIA 2E3GA 4DHYA 2NRHA 2N69A 3P5JA 2HOEA 1XMOK 1ZBUA 1FKOA 1GLCG 3WNFA 5CYQA 4JI4K 4H5VA 2LY5A 1NLVA 2KQ2A 2YIPA 3KK3A 1WNSA 4A5AA 2GEMA 3O9UA 4Z4GA 4BDYA 1LWEA 4AHRA 1JL2A 4IXCA 4CZKA 2HHTA 2HMPA 4WQ4C 4WQ5C 3QNNA 5AQRA 1VRUA 2OYQA 4QS9A 3WNGA 5F2RA 1GLBG 1LAWA 3EL2A 3ZX2A 3ZCMA 1RBRA 4H5TA 3DAWA 5HLFA 1QZ5A 2E8AA 5DM6L 3HPHA 4FWQA 2D56A 5CZ1A 2HNDA 4AF1A 3PUFA 2KPYA 4MO5A 2KBHA 2P9SB 4AEIA 2P9SA 1YTAA 4DR7K 1S1UA 3I8BA 1T6CA 3CJ9A 1QHTA 3G25A 3O08A 4NB4A 4PKIA 2FF6A 1QS4A 3QESA 1HR0K 4DU1A 3ZX3A 1LOTB 3JS6A 4JS5A 3K57A 1JXBA 1VQMN 1EQYA 3CD6N 1RT4A 1T7AA 5GAGP 1L3SA 4CGIA 4BRNA 2WC9A 2MN5A 5GADP 1NNEA 3OA9A 3MX5A 1TVRA 3G71N 1T7PA 2O4GA 3CCSN 5JVGL 1RT7A 1LV5A 2PY5A 3U3YA 2VG7A 2YC1C 4DS4A 1WT7A 3RVCA 3AY9A 2LI7A 3A5LC 4IWVA 4DR2K 2CGKA 3P38A 1JKZA 4RTFD 3VF4A 1VQ5N 4JK7A 3V9WA 3CCEN 3CJBA 3OYKA 3SUQA 2BTFA 5M1KA 4FZYA 1VNAA 2O8DB 4WYBA 3JSMA 1DJTA 4DU4A 2QWOA 4O8KA 1IBLK 2MZ0A 5A2QO 2O8EB 1YJ9N 2D0OA 3QDKA 1F21A 4IBNA 3OYGA 3E7UX 4O5BA 1IG9A 3G10A 4CF8A 4FWMA 5AFUH 4B1WB 3OTOK 1T44A 1LWFA 4DQPA 4NYFA 1HJRA 1S1TA 4FJLA 1YXQA 4CJTA 4ICLA 1EKEA 1NWKA 2P1JA 1T1TA 4DQQA 1DLOA 3MECA 3M3ZA 4DTPA 1XQSC 2A40A 5J2NA 1IG8A 3OYEA 3V1QA 3HBTA 4CZGA 3KZBA 4IDHA 3L2VA 1NJYA 1HJOA 3S3OA 3S5TA 3K5MA 1NK8A 2UYTA 3CQXA 4YOUA 5EX5A 3QICA 3FFKB 4H0OA 4A2AA 1WN7A 5BPMA 1VSDA 4QS8A 4YOTA 4YY3K 4IDKA 4M3TA 3SJHA 3NDKA 1LW0A 3ZSZA 4JV5K 1XC3A 1C6VA 4HUEA 2XY5A 1WBBA 3S41A 3SQ0A 2DFHA 2D4WA 3DYAA 3O80A 1YVNA 4DSKA 3AVKA 3NF7A 4BDPA 5BPNA 3U9ZA 4JKGA 4YDUC 3DM2A 5TKWA 4KHSA 3ULDA 4HE7A 1HNXK 3T1AA 4FLXA 2PYLA 1FW6A 5M1FA 3SAFA 4DF4A 5C0YA 1ASVA 3SK3A 4CHQA 1LQHA 2E1ZA 1SL1A 3DLGA 3QO9A 1FXXA 2PBDA 4FM1A 5M1NA 4X66K 2IVNA 3AVFA 4KTQA 3GOIA 4YOWA 3H3OB 1UA0A 3HSTB 1UAXA 4CFDA 4FJJA 1OH8A 3PIOL 1RTIA 4H0TB 1LAVA 3R2VA 2F8TA 4H5RA 5AQUA 2GWJA 1YAGA 3JXUA 4KPYA 2NNWA 2HBMA 3D45A 4H4OA 4M42A 5C42A 4PWDA 3QETA 4G1QA 4NCGA 3I0SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3O4W A;  2IGI A;  4CFC A;  4RW4 A;  2V52 B;  3R9P A;  1D9D A;  1T03 A;  3R8E A;  3U6F A;  4HCC A;  2GL1 A;  4OO1 J;  4BRG A;  3DLR A;  2HHQ A;  4E19 A;  3OJU A;  4BY9 C;  3LDN A;  1VHX A;  1CZ9 A;  4EFH A;  3NH2 A;  1NM1 A;  5CR4 A;  4KI4 A;  5CHI A;  3HPG A;  1J53 A;  3QFP A;  2D0P A;  3LP1 A;  4CVN E;  3MEE A;  1BIS A;  4U7B A;  1RDA A;  3MXJ A;  4K42 A;  2HVI A;  2VG6 A;  5LJV A;  2IVP A;  4B1Z A;  1NGC A;  3VQD A;  2LY6 A;  5HL7 L;  1QSY A;  1E3M A;  1EET A;  3RSE A;  3TU5 A;  4GV9 A;  1I39 A;  3THX B;  3OYM A;  4CZH A;  1GOC A;  4JLH A;  4C8N A;  4LF6 K;  4CIE A;  4CZJ A;  2FC0 A;  4KB0 A;  3VQ9 A;  4DSL A;  2JWK A;  3TSQ A;  1W0H A;  4BE7 B;  1VNB A;  3J7Z O;  4CBX A;  3CJA A;  3AO1 A;  5KQD A;  5IT9 O;  3EKU A;  4E1M A;  3AA4 A;  2QW9 A;  2VQE K;  3ZSW A;  3L56 A;  3P83 D;  3M8S A;  2W6L A;  3CM5 A;  4XH1 A;  3NCI A;  2KZM A;  3EKS A;  2IDO A;  1Q86 O;  1S9G A;  4DTS A;  3D6R A;  3EE9 A;  4CZL A;  2PAV A;  4I9Q A;  4ISG A;  2NRT A;  1V4T A;  1KSP A;  2YKM A;  3CER A;  1RT5 A;  1K9M O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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