3LEFA

Crystal structure of hiv epitope-scaffold 4e10_s0_1z6na_001
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
ASYAELFDIGEDFAAFVGHGLATEQGAVARFRQKLESNGLPSALTERLQRIERRYRLLVAGEMWCPDCQINLAALDFAQRLQPNIELAIISKGRAEDDLRQRLALERIAIPLVLVLDEEFNLLGRFVERPQAVLDGGWFDITAYLWGGHLEHAIGDVLAIIEGAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Uncharacterized protein 4E10_S0_1Z6NA_001 (T18)
publication title Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope.
pubmed doi rcsb
source organism Artificial gene
molecule tags Immune system
total genus 56
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3lefA00
1A2JA 20GSA 1O7UA 2HE3A 4K7IA 1R5PA 3IR4A 3KMOA 2C0FA 2OE0A 4DSSB 3VI5A 4EVMA 2K8VA 5ECHB 1IYIA 4F82A 3VWXA 1I5GA 4X43A 4IW9A 3VWUA 2MMZA 1EOHA 1PL1A 5IMAA 4JR6A 2CAQA 2YN1A 2DIZA 5JWRB 1E2YA 1TI3A 1ZL9A 2X8HA 3HDCA 3O76A 1LJRA 3ZIJA 4V2MA 4YQUA 4NMUA 4XIHA 4DSQA 3APOA 2HRNA 1O8XA 3W8JA 3DGQA 3TKSC 2F3MA 5A4VA 4QL9A 2IWTA 5IPGA 4FO5A 5EL8A 1M2AA 1PKWA 4K0GA 2B5XA 4F0BA 1R7HA 2LRTA 1BYEA 4MPFA 3TJKA 2C0EA 5D9VA 1FW1A 2CZ3A 3JCML 3HKRA 1XW5A 4K1FA 1PX7A 5IOXA 2GT5A 3UEMA 3TOTA 1OVNA 2A2RA 4JBBA 3FZ4A 4IP1A 5CRDA 1FVJA 3D21A 3EMXA 1JZDA 2F9SA 3FKFA 4I97A 4KGIA 1THOA 1WJKA 2I81A 1DBYA 4Q5NA 2CVBA 1AQWA 2REMA 3LGCA 4F03A 5B8AA 4JZQA 1JLWA 1X9SB 2IMIA 5ENUA 4PURA 1V40A 5F0GA 3ZL5A 1FO5A 3APSA 3UJ1A 3TRQA 3TUEA 2R5GA 1DSBA 1WMJA 4KNDA 1U87A 1WPIA 2R4VA 3OR5A 2ON7A 2FA4A 4TVEA 2ALBA 1ZMAA 3HYPA 3VPTA 3GMFA 3UARA 2H75A 1A24A 1V9WA 4TR1B 2O8VB 1VF1A 1FB0A 3ISOA 1GTUA 2H76A 1M0UA 3BOAA 4PQ1A 4MMMA 2G0FA 5IMCA 2C1YA 4EE0A 2CX3A 4I2UA 5D9WA 2VUPA 4MZBA 3V1WA 3D22A 3KH7A 2GTUA 3EINA 2ZNMA 2JSZA 4MJCA 2GT6A 1GUMA 4K2DA 5FHIA 4MH2A 1Y6EA 5J9BA 2O87A 3F4SA 1URMA 2IMEA 2Z9SA 4WBRD 1T1VA 4ZBAA 1TKDB 2H8LA 3DEXA 4LMWA 4ZBDA 5IMVA 4YQMA 4KAEA 1EV4A 2GQMA 5ECPB 5GSSA 4NV2A 5HR2A 4N0VA 3IK9A 3L9UA 4NV5A 3M9KA 1EGOA 1O81A 1NHOA 2YV7A 4WF5A 1YKCA 4TR3A 1GRXA 1A8YA 2GDRA 3FEUA 2K9FA 2IN3A 3F6FA 4LL1B 1K3OA 9GSSA 5L71A 1FG4A 3IPZA 3A3TA 1X9WB 3ZLPA 2OKAA 4FIWA 3UAPA 2VL2C 1KNGA 4DSSA 3HZ4A 2B7KA 1F2EA 1FVKA 2MMNA 4I2TA 2TRCP 1W4VA 2WFCA 4ZIJA 3WD6A 1UN2A 1GSEA 4G19A 3LXZA 2YNXA 3ERWA 1SK2A 5G2ZA 2CVDA 3ZTLA 1GSUA 2FLSA 4BVXA 3U5RE 1R26A 3KD0A 3EC3A 1K0MA 3ZZXA 2XC2A 3IRAA 4TRXA 3VPQA 2X8CA 2YV9A 3H79A 2JADA 4OFMA 5HFIA 4FYBA 2VLTA 3D0ZA 5CO3A 3H4KA 3RHCA 2RM5A 3D4TA 1USBA 1Z6NA 1UVZA 3ZFBA 1XWGA 5JCUA 2GZYA 3IOSA 4PGTA 4MJEA 2B1KA 3G9BA 2CA8A 1CQGA 2CV4A 3D4MA 2WULA 1O85A 1ACVA 2HNLA 3TRPA 3PGTA 2KOKA 2H71A 1K0NA 2FGXA 5E59A 3IDVA 5D9XA 2FCHA 2O85A 4G2EA 19GSA 2R3XA 4OFTA 5AN1A 3ME8A 3DWVA 3WYWA 2DJKA 1VGLA 5DALA 1TRSA 2H30A 4MJAA 3J7Yb 4K8MA 2LV3A 4N30A 1Z7RA 5ECIB 2NTOA 4PXOA 5E4WA 2YZHA 5JWOB 1SJ6A 3H93A 4ULXA 1N8JA 1O8WA 1JZWA 3BCKA 1OAZA 5ECRB 1ZOFA 1B9YC 3DRNA 5ELAA 3FR6A 3G7IA 2YJHA 3GTUA 4IN0A 4TR1A 2MMAA 1VF3A 3VK9A 4YAPA 22GSA 3FZAA 3LEFA 4N0ZA 1K0OA 1QFNA 2DC5A 2AV4A 4TW5A 1TU7A 1GULA 5J9CA 3S9FA 1M2DA 1EZKA 3F0IA 2YZUA 3KTBA 1HNAA 3RDWA 4ILFA 2GSQA 3ZMLA 1K0CA 5C04A 3CSIA 3IBHA 2K8SA 3UBKA 1XFLA 2VCVA 3TKPA 3VI7A 5J41A 2WB9A 2TIRA 1TDIA 2MYGA 1CQHA 1H75A 1XWBA 4BL7A 1F9MA 2FD3A 1XW9A 2VL2A 2RIIA 3QPMA 3UVTA 1YEXA 4JRRA 1SKWB 1GH2A 3TKSE 2M72A 3A2VA 5DVBA 2AB6A 4XS4B 2B1LA 1BQ7A 4JR4A 5DJMA 1J08A 2JACA 4ISDA 2WZ9A 2VLVA 1YDKA 5IIZA 1PN9A 3LXTA 1B4PA 2GGTA 3KIJA 2GZZA 5HFGA 1VF4A 3RHBA 3KP9A 2YPMA 1GTBA 4OFNA 5D8IA 3P90A 5CYYA 1EP7A 2GS3A 5EPFA 3P7XA 5HQPA 1S3AA 1XOAA 2WDUA 4ZB8A 2VOCA 2MBTA 4BVYA 3L4NA 4AJ6A 1TW9A 3KTLA 2YWIA 1PQNA 5IPHA 1G7OA 2OBKA 1BX9A 3D6IA 2H1BA 3APQA 2V32A 2HZEB 3HXSA 3BJ5A 2IFQA 1A0RP 1I9DA 3E0UA 2B5YA 1YQ1A 2L4QA 3KZQA 3TB2A 1U3IA 1ON4A 2P31A 2H01A 1TOFA 3QCPA 2LEGA 13GSA 4V1Ag 4LL4B 2N5FA 1WP0A 2E7PA 4G9HA 3DVXA 3I43A 1XWKA 4NHWA 3L9VA 3CTGA 2E0QA 2V6KA 5JCGA 5G1KA 4NAXA 2OBIA 4GQFA 5ECQB 3LYPA 3UBLA 1MD3A 2LUSA 4WR4A 3E9JB 4GTUA 2C80A 1EP8A 2BMXA 4JU5A 2PBJA 5JWQB 2NDOA 2YWMA 5DQYA 2L4CA 2LJRA 2DJ2A 3MDKA 14GSA 4I6XA 3DYRA 4NXIA 3M9JA 5F05A 2LQOA 2LNTA 1J9BA 2V1MA 5ECSA 1ZYQB 3MWHA 1UA5A 2I1UA 5IMZA 4RUVA 2P5QA 4J2FA 3R2QA 2JZSA 5CNWA 1GNWA 1Z6MA 2GZPA 2PU9C 2XPEA 3Q18A 3GHAA 4FYCA 1HD2A 4JEDA 4PNGA 6GSYA 4HJMA 3GKMA 3TJJA 3CTFA 2DSAA 3L78A 5J4UA 1FAAA 3GYKA 3QFAC 4Q5QA 3GSSA 3HJOA 5A4WA 2JZTA 3F8UA 4O32A 2K6VA 1E6BA 1O73A 1HNCA 1ST9A 4K7NA 1MEKA 1EV9A 4MPGA 4EF0A 4OD7A 1SL0B 4EXJA 4KH7A 1TK8B 1T3BA 3PH9A 1GSSA 2OACA 3E3EA 4GWRA 5DALB 1ZYEA 4QL7A 4O92A 5H5QA 3IV4A 5AIVA 4IELA 1M99A 2BJXA 3CRUA 5DAKB 3J7Yk 4N10A 1Z7PA 4MF6A 5G31A 2XPDA 3F3RA 2VM2A 1K3YA 4CW9A 1XWCA 3VWVA 1X5EA 3RPPA 4IKHA 4JE1A 4XS4A 2L6DA 5G5FA 2X64A 1OC8A 3GV1A 2HYXA 1WE0A 5CP1A 3TOUA 4J56E 3IAM2 2H6ZA 3ZITA 1Q98A 3GTUB 3A2XA 2LQQA 1NM3A 4ACSA 3QDNA 1EEMA 4GLTA 2I3YA 1YKAA 4AGSA 1DE1A 3QMXA 2GLRA 2PUKC 2VL3A 1TRVA 3F6DA 4ZXGA 4IJ3A 3FHKA 3H1NA 1PSQA 1VRSD 3ZYWA 4ECBA 3QFBC 5KN1A 3L9SA 3EE2A 4KCAA 2WS2A 4MA9A 4F0CA 4LMVA 2LSTA 4ECIA 1FOVA 3I6AA 1YF0A 2L59A 3H8QA 2OADA 3FZ9A 1PGTA 2H66A 1BG5A 4KA0A 4XCSA 4HU9A 3Q19A 5DJLA 4POBA 5H5RA 1KEBA 5B6MA 3ME7A 5KN3A 2HZEA 2CVKA 2KP2A 4PX1A 4HOJA 3VURA 1V98A 4HI7A 1O6JA 2OJLA 4WF4A 4XS6A 2LRCA 2AJQB 2C0GA 5IO2A 3LQ7A 1WOUA 1EOGA 3GKXA 3UL3A 5J3RA 4HU7A 1GTAA 2FA8A 4K0NA 1X5CA 1OE8A 4K6XA 2HZFA 1M2BA 1B4QA 2YOIA 2X99A 4KUNA 1SJIA 4RQXA 1GWCA 1A8LA 1AQVA 1RW1A 3GKNA 1GLPA 2H0HA 3D5JA 4OMVA 2V6OA 4DEJA 5D9TA 4H86A 3DKSA 4FYUA 1A0FA 2A4VA 4PNFA 2VAFA 1GUKA 1V58A 5GAPD 2EIQA 2RM6A 3O6TA 3DVWA 3GKKA 1MDJA 3HJPA 2YCDA 2IFQB 4HZ2A 3DIEA 2NPBA 3C71A 3TKRA 1PX6A 1YEPA 1SJZA 1G6WA 3LWAA 4WEYA 1W89A 3UMAA 2EIOA 3HA9A 4GSSA 3M8NA 4GSNA 5G5EA 5A5KA 1XPVA 1Z9HA 3P8WA 2OE3A 3TRXA 4ZBBA 3ZMKA 3KMNA 5GSTA 3I9V2 1RQMA 2IMFA 4POKA 1GSFA 4POMA 4X0XA 1B9XC 1KBNA 4L5OA 4AJ7A 3EU3A 1TI1A 1ERTA 3ZRDA 2YP6A 1ERWA 3I69A 4LLRA 4GSTA 2H0GA 5KEJA 3GNJA 1JZRA 3GIXA 2PMTA 3HD5A 2RUFA 3FZ5A 1YF1A 3EU4A 5D73A 3NOFA 5IQYA 3KH9A 1DUGA 2FWGA 4BWSA 5GZZB 4MZWA 5DAKA 3GRXA 3WT1A 4HUAA 3N9JA 4KDUA 3EWLA 1GLQA 5H5SA 2RLIA 4WR5A 3GH6A 2ZUPA 1XIYA 3UVHA 5CRHA 2YWOA 2NBSA 2E2MA 1JHBA 3LG6A 1EEJA 2GVPA 4ZB6A 4MDCA 5HR3A 3DXBA 3BD2A 3F4TA 4TR0A 1K0AA 1WWJA 3ZVJD 3GA4A 4AF2A 4EC0A 1YZXA 1B48A 4D73A 3F3QA 2YANA 2DJ1A 1YY7A 2F8FA 1OE7A 6GSWA 2LJKA 1JFUA 3IC4A 4XTSA 2VCQA 1QGVA 1HYUA 5ELGA 4TXOB 3MNGA 2L57A 2HI7A 3ZIVA 2V41A 2GSTA 4POLA 4EDZA 2L5OA 1V2AA 3QOUA 3U6VA 4L8EA 2IL3A 1AAZA 3MAKA 4OO4A 1M9AA 5A4UA 3GL5A 1SK0A 4GRFA 3TJBA 2I9HA 2H1GA 2L6CA 5ECMB 2HXKA 4ML1A 3PR8A 2DMLA 6GSXA 4XHMA 2B5EA 5CRGA 4IGJA 5IMFA 2VCXA 4XRAA 1YJ6A 2K18A 3CSHA 1Y25A 1TRWA 2FWHA 1TK0B 1TJDA 3FK8A 2F8AA 3GX8A 2C0DA 3EYTA 2IMDA 3GURA 3N5OA 4TXVA 4DSRA 1SYXA 3FR3A 1MTCA 2B6MA 3M0FA 3FYGA 4Q5RA 3UOMA 1ML6A 2VCZA 4F2IA 1BEDA 2JZRA 2C8UA 1QUWA 2C3NA 3TCOA 1NHYA 4ECJA 4ZL7A 2DBCA 1FB6A 4OCEA 3KM6A 2OA7A 1SYRA 1XWAA 2C3QA 3GX0A 1GUHA 3QD9A 2LS5A 4EUYA 2QGVA 3K8NA 1ZGNA 4K9ZA 4MF7A 3DMLA 5F06A 1TK5B 2XBQA 1RK4A 3QR6A 4RI7A 1HNBA 1KTEA 4IJIA 3PINA 2CT6A 2FWFA 1SD9A 2FY6A 5IOWA 1AC1A 1GTIA 4YQVA 2RUEA 5HR1A 3WGEA 6GSTA 1U88A 1PKZA 2CX4A 2H74A 5AGYA 4P3YB 3WT2A 1M7TA 5JCWA 1G6YA 1AUCA 3CMIA 1GSQA 3AY8A 2VCTA 1T8EB 3A2WA 2LNSA 3BBYA 4TOPA 3TKQA 4O7HA 1OC9B 2JSYA 3QAVA 1MDIA 2CZ2A 4L0WA 1T00A 2E2GA 3CYNA 2WRTA 4E8EA 2H19A 1SL2B 4Z7XA 3ZVJA 3KP8A 2EIRA 3IE3A 1TTZA 2DLXA 1BAYA 5ECLB 2M46A 1QK8A 1SKSB 3F4RA 3UIWA 3C8EA 4MABA 5CREA 3GL3A 1H4OA 5DDLA 6GSUA 5D96A 4OWYA 4HEA2 1A23A 1G7EA 2CAIA 3M1GA 2TRXA 3ED3A 4BA7A 2H72A 4BPYA 1K0DA 3HY2A 2MMOA 7GSSA 1WIKA 4GXZA 4ID0A 4HQSA 2KHPA 5DBQA 2WCIA 3O3TA 4MZCA 4ML6A 1F3AA 1MD4A 4ZL9A 1TRUA 1ERUA 2EC4A 4I8BA 2D2ZA 1AIUA 1V57A 4X1UA 4CHSA 4O5RA 3G7JA 4NHZA 1OKDA 4EKZA 1GSDA 4PQIA 3GFKA 4K7OA 5B7CA 5INYA 3F9UA 1OC3A 3IA1A 1F3BA 4KDYA 4N11A 4BWQA 4G10A 2C4JA 4TXOA 1A2LA 2H0IA 2HRFA 4WETA 1FHEA 3NIVA 4QQ7A 3M3MA 1MDKA 4V2LA 1NW2A 2N5AA 1JLVA 4CDOA 4IP6A 4MF5A 2KP1A 3TDGA 4F9ZA 4E8HA 4MH3A 4MLYA 5IO0A 2DIYA 4HQZA 5ECOB 1XVWA 2H1AA 4YAVA 4MJBA 4TN8A 2LJAA 5LCZA 5ECNB 3IXRA 1F6MC 1XXUA 5EVOA 3WGXA 4KSMA 3LSZA 3C73A 2P0GA 2HSHA 3ERFA 1PL2A 2PPTA 3W8SA 3GUSA 3LJRA 4ECCA 4D73B 1K0BA 2PN8A 3TJFA 1OKTA 1J0FA 5ID2B 2X8GA 2YJ7A 2PWJA 2BTOT 1Z5YE 1TXXA 4GQCA 3KXOA 4V1Ap 3P2AA 6GSVA 5C00A 1GL8A 2MBSA 3IK7A 1SU9A 2AUVA 2GQKA 3TJGA 1F37A 2ON5A 5AISA 4WXTA 2B3SA 3EVIA 1BJXA 1EWXA 4XRDA 2PGTA 4KDXA 2VIMA 5KN2A 1SK1A 2IIYA 4HZ4A 1JZOA 2OE1A 4L0UA 4IQAA 4WBJA 4YH2A 2R6KA 5FWGA 1S3CA 2CQ9A 4ZILA 1GP1A 4J57E 5LNKe 4NPBA 2VM1A 5IM9A 3HVSA 2H6YA 4PUFC 4FH8A 1PRXA 6GSSA 2QKEA 4MCUA 2DJ3A 1SENA 3VLNA 1OC9A 2WGRA 3RAZA 1LBKA 4IS0A 1XOBA 4KX4A 2IMKA 5B8BA 3FR9A 1OYJA 1THXA 4V2NA 2VD1A 1ABAA 4PUAA 1GNEA 1X5DA 5FT3A 2HT9A 2MZCA 4TR4A 1N2AA 1T4ZA 1XVQA 1B8XA 4PQHA 1A2MA 3GN3A 2C3TA 3HJMA 2H1DA 1AW9A 2FUG2 3Q6OA 3TKSA 5CAXA 2GSSA 4KB3A 4IQ1A 4EL1A 2O7KA 1M9BA 8GSSA 2XHFA 1QQ2A 1VF2A 2O89A 3C7MA 2FHEA 3QAGA 3KCMA 3SBCA 1HQOA 2VL9A 3HVXA 1DE2A 3C1SA 3EMPA 1XBSA 2KUCA 4TKYA 4LA1A 3FRCA 1TP9A 4MK3A 3FW2A 2I4AA 1XCCA 10GSA 3RBTA 3A5WA 1T7PB 1U3AA 1LU4A 4RQRA 2LKUA 4L5LA 2H73A 1T4YA 12GSA 3LFLA 2H70A 2AAWA 4Q5FA 3HVVA 3LYKA 5AIXA 1UC7A 1R4WA 1IYHA 2JU5A 5KN0A 2QC7A 4WKWA 2XBIA 4DVCA 3KEBA 1XW6A 2DMMA 2YWNA 3IAS2 2J23A 2FWEA 3ZREA 3TGZA 5DQSA 5ABRA 2B7JA 4KSOA 3QAWA 2AHEA 2ZCTA 2VLUA 1GSYA 2J9HA 3VWWA 3IHQA 4IVFA 5HR0A 2KLXA 5CRWA 2G2QA 1X9MB 5GAND 5IMDA 1EGRA 5D93A 5B6NA 11GSA 4HJ2A 1SD8A 1TU8A 2GSRA 2VD0A 1ILOA 3EURA 2LRNA 4HS1A 5ID2A 1Q4JA 5HFKA 1SKRB 4MP4A 5J5NA 4OO5A 2DJ0A 3VFIA 3ZFLA 3HHVA 4GCIA 2PVQA 3US3A 4I5QA 3GH9A 1G0TA 2AYTA 3CXGA 3KJYA 2V2GA 2WJUA 5COHA 3C1RA 1S3DA 1QXHA 5G30A 3NZNA 2LTKA 4GF0A 1U6TA 1Z3EA 18GSA 3SWLA 3LORA 3DD3A 3GSTA 1SL1B 1ZCPA 4NWYA 2GQLA 4HDEA 1R5AA 1X0RA 16GSA 1XZOA 3KGKA 2P5RA 4AJ8A 2A2SA 5EY6A 5F07A 3BCIA 2HFDA 4KW6A 3MSZA 2L5LA 3FY7A 1PMTA 4KE3A 3W6GA 2QSIA 1QMVA 2M80A 2DJJA 4ZB9A 1K3LA 3Q74A 4EO3A 17GSA 2JL4A 5LD0A 1C72A 1PA3A 1ERVA 2FNOA 1NSWA 4OCFA 2H6XA 3CSJA 2R2JA 3RPNA 3ERGA 5F8BA 2R37A 2PERA 2PVOC 5ECKB 3CRTA 4IHUA 3L0HA 2HSYA 1ZZYA 4XS1A 1AXDA 5G1LA 1AQXA 2F51A 2VO4A 2IJYA 1WRYA 2IPAA 4ZL8A 3WGDA 3G7YA 2N5BA 4RI6A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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