3LEFA

Crystal structure of hiv epitope-scaffold 4e10_s0_1z6na_001
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
b'ASYAELFDIGEDFAAFVGHGLATEQGAVARFRQKLESNGLPSALTERLQRIERRYRLLVAGEMWCPDCQINLAALDFAQRLQPNIELAIISKGRAEDDLRQRLALERIAIPLVLVLDEEFNLLGRFVERPQAVLDGGWFDITAYLWGGHLEHAIGDVLAIIEGAA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein 4E10_S0_1Z6NA_001 (T18)
source organism Artificial gene
molecule tags Immune system
total genus 56
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3lefA00
2E7PA 5H5SA 4TR1B 3RHCA 2DMMA 2MMNA 4J56E 4RQRA 2LRTA 2H1GA 2I4AA 1K0OA 3GX0A 2IN3A 4QL9A 3KJYA 4YQUA 1SL0B 4EO3A 4JE1A 4BL7A 2VCVA 3M3MA 1MDIA 5E4WA 4HEA2 3G7IA 1X5CA 1YF1A 1XVWA 4KAEA 2AHEA 3ZREA 2VCWA 2CZ2A 3ZRDA 2GVPA 1DUGA 2WRTA 3QAWA 3WD6A 3QMXA 4NPBA 2VIMA 3P90A 3VWVA 4TXVA 3GA4A 4ZBAA 2JL4A 3ME7A 2FUG2 2GS3A 1B9YC 18GSA 3FZ5A 5ENUA 1B9XC 3DMLA 4YAVA 3H4KA 2IFQA 3RHBA 5ID2A 4NXIA 2V2GA 2GTUA 5DQSA 1ZZYA 2FLSA 2CQ9A 2LJKA 1R26A 2G2QA 2CX4A 2AV4A 1XOAA 2PU9C 5GSTA 1NHYA 17GSA 2YZUA 2VD1A 3M0FA 6GSTA 4MABA 1GH2A 2O8VB 1WRYA 4MK3A 2O89A 1TU8A 3M1GA 1M99A 2O87A 2LJAA 4K0NA 3TCOA 3MAKA 2R37A 2NBSA 5G2ZA 1SYXA 3ERFA 1PX6A 4MH2A 1NM3A 3L4NA 3DKSA 4MDCA 3GL5A 4LL1B 3N9JA 4TXOA 1MD4A 3VI7A 2RM5A 2H6YA 2JACA 2VAFA 1S3AA 4BVXA 2LKUA 2VD0A 1GSYA 4OCFA 5D9WA 2OADA 1JFUA 4FH8A 2C4JA 4PUAA 2CT6A 4TN8A 4NHWA 3EVIA 1WIKA 1EGOA 3ZLPA 2HNLA 3TKSA 1BJXA 5G5EA 1CQHA 4ZXGA 4K1FA 3DGQA 3G9BA 4HU7A 3NIVA 4DSRA 5EVOA 1WWJA 2OACA 4IBPA 2IFQB 4ML6A 1EZKA 5ID2B 1AIUA 2CA8A 2P5QA 3U5RE 5G31A 3DVXA 4V1Ag 4GTUA 1O81A 4V2LA 5J41A 2IMIA 3KMOA 2QGVA 3CXGA 1TP9A 3UVTA 3ZMLA 1T4ZA 2VO4A 3HVXA 1IYIA 4BA7A 2MZCA 4IP1A 4POMA 4PGTA 1H75A 4AJ6A 2FWEA 3IAS2 11GSA 2IJYA 2VL2A 5HR1A 1VF4A 5DJMA 2JSYA 5KN0A 1WJKA 4KCEA 2FD3A 4WBJA 2C3QA 1XWGA 3TJJA 3IC4A 3JCML 3D6IA 3BCKA 3VWUA 10GSA 1PL2A 3P2AA 4ECBA 2P31A 4LLRA 2LUSA 3UEMA 3QAVA 2K8SA 1A8YA 2ON5A 4NV5A 3IOSA 4BWQA 3HA9A 4TXOB 3D4TA 1TI1A 4Z7XA 2YNXA 3BOAA 2OE1A 1BAYA 4KH7A 2B6MA 3ZL5A 1SKRB 3IXRA 2AAWA 1QFNA 2DLXA 2Z9SA 1XWAA 4KUNA 3LORA 3RPPA 5F8BA 4KDXA 4K7IA 1T7PB 5D96A 2PN8A 1USBA 3C71A 1URMA 5AGYA 3TGZA 5KN2A 1QGVA 3LYPA 3TRPA 2HRNA 1C72A 3CTGA 4DSSA 2H6ZA 5F06A 3A3TA 3I9V2 1G0TA 2MBTA 4KW6A 2FWFA 1ERWA 1FG4A 4OFTA 4G10A 2PUKC 1GUMA 4L0WA 4NHZA 2OA7A 3CMIA 2ALBA 1ERVA 5LNKe 3EC3A 4AF2A 3ED3A 5ECOB 2KHPA 4I97A 5DVBA 4GXZA 2HE3A 2H1AA 1OC3A 2FNOA 1YZXA 3TJBA 2VCZA 1ERTA 2TIRA 1TK5B 2C3NA 3VPQA 3I69A 3CRTA 2H1BA 3EURA 1GSQA 5DBQA 1TK8B 4JZQA 3ZFBA 2PERA 4ML1A 3GSSA 2HSYA 1NHOA 2MMAA 4ZIJA 3HDCA 3J7Yb 4WR5A 3US3A 1PQNA 1Z9HA 4QQ7A 5J4UA 4GQFA 3GL3A 1YJ6A 4N11A 3HZ4A 5CRGA 4BVYA 1M9AA 16GSA 4ZB6A 3GTUB 2PVOC 5H5QA 3C7MA 1OVNA 4IGJA 1GTUA 2WCIA 3IK9A 3C1RA 1RQMA 2L6CA 4X1UA 2ON7A 2K6VA 1O8XA 3GURA 3MWHA 3TKPA 5GSSA 1F3BA 5DCHA 3VWXA 5ECIB 4DSSB 4HQSA 3NOFA 4PX1A 5A4WA 1QQ2A 1YEXA 2E0QA 2C3TA 5HR3A 4AJ8A 3UOMA 3ZYWA 4ECIA 3HKRA 5D9VA 1OE8A 1XWKA 4V2NA 1GUKA 2AUVA 1RK4A 1S3CA 2XBIA 1ZGNA 1MD3A 2V6KA 5CRWA 2EIOA 1J9BA 2HSHA 3GKNA 2KUCA 1HD2A 2B7JA 5J9CA 1G7EA 1ILOA 2GT5A 1FAAA 2WFCA 4KX4A 3FR3A 1W89A 4MP4A 1PL1A 3MSZA 3UL3A 2HZEB 5ECKB 1XFLA 2I1UA 1V57A 4MPGA 4EKZA 3S9FA 4I2TA 2H72A 2X8CA 4K9ZA 4V1Ap 4FYBA 1GSFA 3A2XA 4D73A 1U6TA 3L9UA 4MJAA 2F8FA 2YWNA 1WE0A 2VCTA 1IYHA 1GTAA 2F51A 1X9SB 1DE2A 3APQA 3C1SA 2NTOA 2MMOA 4XS1A 6GSSA 4ISDA 1A2MA 4MJCA 1GNWA 1M2BA 3K8NA 2VM2A 3IV4A 1V40A 4WF4A 1ZCPA 3E9JB 1FVJA 3WYWA 1WPIA 1VF1A 4KSMA 1KBNA 5J3RA 4MJBA 5EPFA 1YF0A 4O7HA 2B5EA 3LQ7A 1Y6EA 3PGTA 2LV3A 2GT6A 4MZWA 3QD9A 1UVZA 2H8LA 4WXTA 4IS0A 2C1YA 2KLXA 3HCZA 4IVFA 3KMNA 1ACVA 2WS2A 1R5PA 2ZUPA 5AN1A 3Q6OA 2GZPA 1KNGA 2LEGA 3DVWA 3ISOA 1SKWB 1HNAA 4P3YB 2NVLA 3G7YA 2V32A 3UAPA 4ULXA 1LJRA 3KH9A 5IPHA 4TKYA 3H93A 1SYRA 3EWLA 2X99A 4EL1A 2N5FA 4TR3A 3ZIJA 4PQHA 4XRDA 2L5OA 1TU7A 2R5GA 1FB6A 2C0DA 3D22A 3HZ8A 2L4QA 3FEUA 2MYGA 1OC8A 2XPDA 2TRCP 3WGEA 3GUSA 2WZ9A 1TRSA 2FWHA 2VM1A 1MEKA 4Q5FA 3P7XA 2JSZA 2FY6A 1THXA 4MA9A 13GSA 5IO0A 1OC9B 3E0UA 2HLSA 3VWWA 3UARA 3Q74A 2CAIA 2RM6A 3EU4A 1V9WA 1LU4A 1FB0A 2H70A 5JWRB 1O85A 5IPGA 1AQWA 2NPBA 1JZDA 3LGCA 4HZ4A 1GSDA 3DRNA 2GSRA 1TRWA 2DJ0A 1XWCA 1SENA 1XCCA 2VCQA 4HQZA 3ZTLA 2I9HA 5F0GA 2X8GA 2GGTA 2GSTA 5KEJA 1AC1A 3IR4A 2H76A 4WR4A 3PH9A 1EEMA 2ZNMA 1YKCA 2H6XA 2WJUA 2RUEA 2L5LA 4DEJA 3F0IA 4EE0A 1YEPA 1H4OA 2ZCTA 3H8QA 5AIXA 4GLTA 1GRXA 3O3TA 3L9SA 4ZB9A 3CYNA 14GSA 2LTKA 4F9ZA 4YQMA 1JLWA 1ZOFA 3GYKA 2F9SA 5ELAA 5AIVA 2OBIA 3GFKA 5LCZA 5KN1A 3KCMA 1T8EB 4CW9A 1VF2A 3CRUA 3HJMA 1GSUA 2OE0A 2J9HA 4ACSA 1ZL9A 1DBYA 2K8VA 2YWMA 2YCDA 3DIEA 1WOUA 4DSQA 3A2VA 2XPEA 3GMFA 2DIYA 2QSIA 2JZTA 4GRFA 1XW6A 4YQVA 3CTFA 2GQMA 1PGTA 4GCIA 3FYGA 4K0GA 5HFIA 1JZRA 2C0EA 2R3XA 4FIWA 1AQVA 5AISA 3ZVJD 1QXHA 1JLVA 3ZMKA 1XBSA 3OR5A 4OO5A 2D2ZA 1E2YA 2YANA 2AB6A 3TB2A 4GSSA 3HVVA 1QK8A 2LRNA 4IELA 5ECSA 3IK7A 3M9KA 1BG5A 2N5BA 1K3OA 1GSSA 2K9FA 5F07A 4K6XA 4MH3A 3ERWA 4BPYA 2O85A 3R2QA 4I6XA 5FT3A 2C80A 1QUWA 4MJEA 2IMFA 3EINA 4OMVA 2B5YA 3PR8A 3KTBA 1V98A 3VLNA 3FZ4A 1G7OA 1N8JA 3GRXA 5JWQB 3FKFA 3KD0A 4LL4B 2IPAA 1Q4JA 1EGRA 3APSA 3FY7A 2MMZA 2OJLA 2CVDA 3VURA 3GIXA 2C0GA 4ILFA 3KP9A 1PX7A 1S3DA 4DVCA 1NW2A 1R4WA 5FHIA 3FK8A 3QFAC 5CO3A 5GAPD 1OAZA 1ON4A 4EDYA 4F03A 5ECMB 2YV7A 4MPFA 4X0XA 3WT2A 2PGTA 6GSXA 1TRVA 1T4YA 5IM9A 5ELGA 1ML6A 2YPMA 1I9DA 1O8WA 3GV1A 5IMAA 1GULA 2JADA 3IE3A 1KEBA 2DSAA 3UJ1A 3F4RA 1SL1B 2IL3A 2VL9A 5ECRB 5GZZB 1F6MC 3KZQA 4ZL7A 4IQ1A 1U3AA 1Z3EA 4OCEA 2LJRA 3V1WA 3WGDA 2IMKA 4N30A 1PMTA 5CRDA 4NMUA 2GQLA 2LQOA 1SL2B 4HJMA 3M9JA 1K3YA 2BMXA 3P8WA 20GSA 2CVBA 3EMXA 4AGSA 5B8BA 3BJ5A 3E3EA 1N2AA 1AXDA 2DJ2A 1A0RP 3F9UA 4MF6A 1FO5A 6GSUA 2G0FA 3VPTA 3DD3A 3W8SA 4GF0A 2H0GA 1A2LA 1ABAA 4MCUA 2H0HA 1G6YA 5LD0A 2NDOA 2REMA 3TRXA 3LJRA 3TRQA 5FWGA 1X5EA 2H19A 1TOFA 3FW2A 4G9HA 3KP8A 2AJQB 4XS4A 1GNEA 1THOA 1SD9A 3FR9A 4G2EA 3GKKA 5C04A 5G1LA 1EV9A 2YOIA 4ZILA 1GSEA 2O7KA 1MTCA 2HZFA 1KTEA 1M0UA 1F9MA 3IAM2 3L0HA 3CSHA 2GSSA 2RLIA 5ABRA 3C73A 3HXSA 3IBHA 1EWXA 1A23A 2VLTA 3APOA 1CQGA 2V6OA 5ECQB 4MZCA 5INYA 3HYPA 3CSIA 2B1LA 5JCWA 1K0DA 1M7TA 1K0CA 2I3YA 2H01A 4TR1A 2P0GA 3Q18A 4TR0A 1T3BA 2BTOT 4WETA 1GP1A 4LA1A 5CP1A 2H0IA 2DJ1A 3H1NA 4ZL9A 4OO4A 4Q5NA 4TR4A 2HFDA 5CNWA 2OBKA 4TVEA 1XVQA 4IP6A 4JRRA 1ERUA 3F63A 3HY2A 4JR6A 2YJHA 1HNBA 4EXJA 1K0AA 3LG6A 3LXZA 3QAGA 4HS1A 2LSTA 2EIQA 3F3RA 3EMPA 2B1KA 5HFGA 2IWTA 5GAND 1V2AA 1O6JA 4JBBA 3FZAA 3TKQA 4EVMA 4G19A 2VLUA 2LNTA 4HJ2A 2VCXA 3SWLA 2M46A 1Z7RA 1EP8A 2TRXA 8GSSA 3ZVJA 1K3LA 5IMZA 2B7KA 2LQQA 5D9XA 2HI7A 3I43A 3O76A 3UIWA 3KGKA 3LYKA 2CX3A 4PQ1A 5DQYA 1TDIA 2V1MA 1PKWA 2CV4A 3HHVA 4XIHA 5CRHA 2JZSA 3O6TA 3LXTA 2H66A 1EP7A 4EC0A 3EYTA 5G5FA 3GKXA 2GSQA 4CDOA 1B4PA 2DJKA 2PVQA 2HYXA 3QFBC 1V58A 4JR4A 5DJLA 5D8IA 1FVKA 2M72A 1JZOA 2WGRA 2DIZA 4YAPA 7GSSA 4YH2A 4IN0A 1YDKA 5DAKA 3KEBA 5H5RA 4ZBBA 3J7Yk 3CSJA 1GLPA 2HXKA 4L5LA 3GHAA 4IKHA 4HZ2A 4QL7A 3G7JA 3FRCA 1F37A 4N10A 4O32A 5HR0A 2KP1A 1AUCA 1EOHA 1Z5YE 1XW5A 1R5AA 22GSA 1XIYA 2BJXA 4D73B 2AYTA 1B4QA 4O92A 6GSVA 4LMWA 2VUPA 1QMVA 4WKWA 3ERGA 3DXBA 1XOBA 4PUFC 3UVHA 1TRUA 1NSWA 1SJ6A 1TK0B 4PXOA 4V2MA 2OE3A 2KOKA 3TJFA 3FHKA 4POKA 2ES7A 3CBUA 5DCGA 3LWAA 1VGLA 2YJ7A 2RIIA 1XZOA 2LRCA 1TTZA 4TW5A 19GSA 5HR2A 4KSOA 4FYUA 2A2RA 5DDLA 2JZRA 2A2SA 2M80A 3TJKA 1VF3A 2DJJA 1PRXA 3QPMA 4I5QA 4K7OA 1O7UA 3MNGA 1WMJA 1U3IA 3IDVA 4KB3A 4E8EA 1PD21 2PMTA 3N5OA 4MZBA 1SK1A 2F8AA 4N0ZA 3W8JA 5IOXA 4L5OA 2B3SA 1TW9A 4E8HA 3GNJA 4POBA 1AQXA 4I8BA 1I5GA 2YWOA 3D0ZA 5JCUA 5G1KA 1Z7PA 2DBCA 6GSWA 1Y25A 2WULA 5ECNB 2DMLA 2C8UA 5J5NA 2DC5A 1GTIA 4KA0A 3F3QA 3SBCA 4RUVA 3ZFLA 1O73A 9GSSA 4RI7A 5DAKB 4HU9A 1A24A 2R2JA 1BYEA 2H1DA 1GWCA 2LNSA 3GN3A 2H75A 1EEJA 3PINA 1J08A 4MLYA 1PA3A 2X8HA 3M8NA 1XPVA 1SD8A 2H74A 4L0UA 1DSBA 3F6DA 5B6NA 5B7CA 5JWOB 1TKDB 4WEYA 1W4VA 4KNDA 2XBQA 3TOTA 2PPTA 5A4UA 4BWSA 1TI3A 2I81A 4KDYA 2FHEA 2IMDA 3VI5A 1K0MA 5IMDA 1GUHA 3MDKA 1YQ1A 2FA8A 3HD5A 4PQIA 4HUAA 1UA5A 4ECJA 4XRAA 4NV2A 1XWBA 4NWYA 3DEXA 3FR6A 3LFLA 4PNFA 2CVKA 3BBYA 5COHA 2MBSA 1B48A 4ZL8A 1F3AA 2YZHA 2J23A 2YV9A 3GSTA 2GZZA 3KXOA 4KCAA 4XCSA 1ZYEA 3F4SA 3RPNA 3BD2A 2YWIA 4XTSA 5ECLB 3RBTA 4ZB8A 1ZMAA 3ZITA 2WB9A 3UBKA 4ECCA 1FOVA 5C00A 4L8EA 4PNGA 2IMEA 3U6VA 2YP6A 4MF7A 2QKEA 4OD7A 1XW9A 1EV4A 4AJ7A 5CREA 5A5KA 1X9MB 2L6DA 4OFMA 1BX9A 1EOGA 1PN9A 4LMVA 5D73A 1A0FA 2EIRA 4XS6A 2R6KA 1E6BA 3EE2A 1Q98A 4WBRD 3VFIA 3D4MA 3GTUA 3C8EA 5JCGA 1A8LA 2L57A 2PWJA 2K18A 2IIYA 4F0CA 5F05A 4PURA 2LS5A 3HVSA 1OE7A 2DJ3A 4HOJA 4RI6A 5IMVA 4JEDA 4K8MA 4FO5A 1YY7A 1Z6MA 2HT9A 3DYRA 5CAXA 4IHUA 4K7NA 3ZZXA 5IOWA 4GWRA 3QDNA 2YN1A 2WDUA 2N5AA 3F4TA 4X43A 4GQCA 3TJGA 3ME8A 4IW9A 1GLQA 2VLVA 4POLA 2H73A 2E2GA 2GLRA 5IIZA 1JZWA 4GSNA 3W6GA 1PKZA 1U87A 5IMCA 2GQKA 5J9BA 5IQYA 4N0VA 3QCPA 2H30A 3HJOA 3ZIVA 2E2MA 1M2AA 2C0FA 4EF0A 1G6WA 3NZNA 2FCHA 3F6FA 3KH7A 1TXXA 5DALA 4HDEA 2A4VA 1SK0A 4I2UA 3F8UA 12GSA 4GSTA 1T1VA 2OKAA 4FYCA 4XHMA 3QOUA 1OKDA 3UMAA 2XC2A 1GL8A 2HZEA 1BQ7A 5CYYA 2VL3A 3VK9A 4F82A 4IQAA 5D93A 3TDGA 3FZ9A 2CAQA 1OYJA 1T00A 2R4VA 4IJIA 4EDZA 1LBKA 2KP2A 1SK2A 3LSZA 1X9WB 3UBLA 4KDUA 1FW1A 3GH6A 3D5JA 4O5RA 1M2DA 4Q5RA 1TJDA 2JU5A 1R7HA 4EUYA 2P5RA 1B8XA 4CHSA 4J57E 2H71A 1AW9A 4MF5A 2V41A 3Q19A 3KTLA 1F2EA 3QR6A 4Q5QA 3H79A 5HFKA 2VOCA 4IJ3A 1DE1A 2HRFA 1FHEA 3RAZA 1X0RA 5EL8A 4WF5A 1ST9A 1MDKA 3IRAA 3HJPA 1JHBA 2CZ3A 1AAZA 6GSYA 3A5WA 5KN3A 3GH9A 4ID0A 4F0BA 4KE3A 1PSQA 1HYUA 1K0BA 2FA4A 3TKRA 3BCIA 3D21A 3KM6A 3IA1A 4F2IA 3KIJA 1M9BA 4JU5A 2QC7A 3WT1A 4ZBDA 5DALB 1UC7A 1SJIA 1YKAA 1XXUA 1HQOA 4NAXA 5B8AA 1BEDA 5EY6A 1ZYQB 1RW1A 2GZYA 3IPZA 2L4CA 5ECHB 2GDRA 2XHFA 3L78A 2RUFA 3AY8A 5IMFA 2B5XA 4OFNA 3LEFA 3I6AA 1X5DA 5D9TA 4RQXA 2L59A 3WGXA 1U88A 3DWVA 3TKSC 1SJZA 1A2JA 3RDWA 1Z6NA 4HI7A 5IO2A 5E59A 1J0FA 1OKTA 4XS4B 4H86A 4J2FA 3A2WA 1OC9A 3GX8A 5B6MA 5ECPB 2PBJA 3L9VA 4TOPA 3GKMA 2FWGA 2X64A 3TUEA 4OWYA 1UN2A 4MMMA 4KGIA 1WP0A 2EC4A 5HQPA 3TOUA 4TRXA 3TKSE 1VRSD 1SU9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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