The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SFVGLRVVAKWSSNGYFYSGKITRDVGAGKYKLLFDDGYECDVLGKDILLCDPIPLDTEVTALSEDEYFSAGVVKGHRKESGELYYSIEKEGQRKWYKRMAVILSLEQGNRLREQYGLG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insight into p53 recognition by the 53BP1 tandem Tudor domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tumor suppressor p53-binding protein 1
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Cell cycle
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| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-01-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S72 A; 3CCV T; 1QVG S; 1K73 C; 2M16 A; 1Q7Y U; 1KHI A; 3CCM T; 2WAC A; 1S72 T; 3CCU A; 5IT9 E; 3MP6 A; 2KDS A; 2B8A A; 3OA6 A; 1VQN T; 3PNW C; 3CCU T; 2NLU A; 1W2B A; 2M0O A; 4TVR A; 4ZTJ A; 1K9M C; 4E7H A; 1OZ3 A; 1K8A C; 4LD6 A; 3CMA A; 1NJI C; 4IUR A; 1VQ5 T; 2QEX T; 3OQ5 A; 2D9T A; 4FU6 A; 3CME A; 2OTJ A; 2K3Y A; 5J39 A; 4PLI A; 1VQO T; 4QQG A; 2EFI A; 2GFU A; 2X4W A; 4IUP A; 1G5V A; 2K3X A; 2O4X A; 3CME T; 2X4Y A; 1K73 U; 2OTL A; 5KE3 A; 1YJW A; 3L2R A; 3CPW S; 4B9X A; 3FDR A; 1VQP T; 3CCJ A; 1N8R U; 4A4E A; 5FLX E; 1VQ4 A; 2OTL T; 2RHI A; 2VYT A; 2QA4 T; 3OYB A; 3OYN A; 3MEV A; 4E7L A; 3OYL A; 3L2V A; 2RHU A; 1VQ7 A; 1VQ4 T; 1VQ6 A; 1YBY A; 1KQS A; 3OMC A; 4UC4 A; 3OYF A; 1KHC A; 4QVZ A; 1VQ7 T; 3MO8 A; 2E5Q A; 1VQL A; 1Q82 C; 2QQR A; 2RJF A; 1H3Z A; 4C5I A; 3OW2 S; 1YIJ T; 3L2W A; 4EDU A; 1YJ9 A; 2MWP A; 3CC2 T; 5DM7 R; 5D6Y A; 2RI5 A; 3TRE A; 3CD6 A; 1RI0 A; 4ZTF A; 5D6W A; 3G71 A; 2IG0 A; 2L89 A; 2X4X A; 3NTK A; 3CEY A; 3G71 T; 3CXC A; 4E7I A; 2JUF A; 2RI3 A; 3CCL A; 3LH0 A; 2MWO A; 4C5G A; 1EIF A; 4C5H A; 2FHD A; 4YTL A; 1YJN A; 3OYH A; 2LRQ A; 1Q81 C; 3A5Z B; 2LQ8 A; 3OS0 A; 5HY6 A; 4BD3 A; 3CCL T; 1WJR A; 4IUU A; 5M9O A; 3MP1 A; 2BIV A; 3FC3 A; 1YIT A; 3OYE A; 1Q82 U; 1Q86 C; 2RHZ A; 3S3O A; 4ZN3 A; 3P8D A; 1KC8 C; 1XNI A; 2EIF A; 3L2U A; 3CCR A; 4QQ6 A; 3DLM A; 2CKK A; 3QBY A; 3PIO A; 3KBG A; 1KD1 C; 2RI2 A; 2M1H A; 2DO3 A; 2XK0 A; 3MEA A; 3CPF A; 3P8B B; 1M90 U; 4IUT A; 5KCH A; 4ZN1 A; 3GOX A; 3S3M A; 2EQJ A; 2GFA A; 2E70 A; 3CMA T; 1JJ2 A; 1WJS A; 2LTO A; 4QW2 A; 2JNG A; 3OYJ A; 4OVA A; 5J26 A; 2MI6 A; 3CCQ A; 2OTJ T; 2L8D A; 1N27 A; 3CCS A; 2RHX A; 2EQM A; 4IUV A; 4Q5W A; 2F5K A; 2PQW A; 2LDM A; 3BDL A; 1Q86 U; 3Q1J A; 3PMI A; 3CC4 A; 3S6W A; 2R57 A; 3OYC A; 2RJD A; 3O8V A; 1YJW T; 1UEB A; 3G6E A; 3OS2 A; 1BKB A; 3CCJ T; 1RL2 A; 2E6N A; 1VQ9 A; 3ER0 A; 1K9M U; 1QVF A; 3OYI A; 1YHQ A; 1K8A U; 4PL6 A; 1VQ6 T; 1NJI U; 3HKS A; 2DIQ A; 1QVG A; 1W2B S; 3PFS A; 4BDY A; 4BE0 A; 4N4I A; 2O4X B; 3ME9 A; 2DIG A; 3LX7 A; 1VQL T; 4PLL A; 4L59 A; 2X35 A; 1Q7Y C; 5FRO A; 1IZ6 A; 2EQK A; 2RJE A; 3J80 E; 1YJ9 T; 5J3B A; 3CC7 A; 3DB3 A; 3H6Z A; 3CD6 T; 2LCL A; 4BE2 A; 3EAE A; 3E9F A; 2XDP A; 2LCC A; 3MEU A; 1WJQ A; 3QII A; 2DAQ A; 2P0K A; 1SSF A; 3I56 A; 2HQE A; 3MEW A; 1YJN T; 1OYX A; 1VQM A; 1OZ2 A; 3ASK A; 3QKJ A; 3F70 A; 5C0M A; 1MHN A; 1X6O A; 3L2Q A; 3I56 T; 3OYG A; 1KQS S; 1YIT T; 3CCV A; 3LLR A; 2LVM A; 3L42 A; 1YI2 A; 4B9W A; 3CPW A; 3OB9 A; 3OMG A; 3CCM A; 3G4S A; 4C5E A; 3CCR T; 3H8Z A; 1XTD A; 4NS5 A; 1YI2 T; 3FEO A; 2L3R A; 3M9Q A; 3G4S T; 1VQK A; 5C6S A; 1N8R C; 4A4F A; 1VQN A; 5A2Q E; 3J81 E; 1VQK T; 4Z02 A; 4QQD A; 3OW2 A; 4IUQ A; 1VQ5 A; 2QEX A; 3OYD A; 3OYM A; 4BAC A; 2R5A A; 1Q81 U; 2G3R A; 2EKO A; 3PMT A; 2R58 A; 4HCZ A; 1VQO A; 2BUD A; 3CXC S; 3KUF A; 3CCQ T; 5KCO A; 3CCS T; 1KC8 U; 2E6Z A; 2JZ2 A; 3UT1 A; 1VQ8 A; 2GF7 A; 3S3N A; 5DLQ E; 2QQS A; 5IN1 A; 4II1 A; 5IAY A; 4X34 A; 4E7J A; 4E7K A; 1VQP A; 2YRV A; 1VQ8 T; 3OYA A; 3CC4 T; 2R5M A; 2QA4 A; 3UWN A; 1KD1 U; 3G6E T; 2JTF A; 4GY5 A; 2HQX A; 5FRN A; 3PIP A; 3P8H A; 1VQ9 T; 5CIU A; 3FLG A; 3QJ6 A; 1NPR A; 3LGL A; 3NTI A; 5KH6 A; 3I55 A; 1YHQ T; 1WGS A; 5D6X A; 3E9G A; 4BDZ A; 1M1K C; 3LYI A; 2BKD N; 3OYY A; 3J7A F; 3I55 T; 3JAM E; 3DLL A; 4A4H A; 1YIJ A; 3OS1 A; 1OI1 A; 1JJ2 S; 2XHC A; 2JVV A; 3CC2 A; 3NTH A; 4RG2 A; 1NPP A; 2RJC A; 4FL6 A; 3MP8 A; 3CC7 T; 3MET A; 4IKF A; 3SD4 A; 3ZEH A; 5LL6 S; 1M1G A; 4BE1 A; 2RHY A; 3C4S A; 3OY9 A; 3CCE A; 4N4G A; 5KE2 A; 1M90 C; 3LGF A; 5FRM A; 2KVQ G; 3DB4 A; 1NZ9 A; 4A4G A; 3CCE T; 4CRI A; 1VQM T; 1QVF S; 3OYK A; 4N4H A; 2JOY A; 1M1K U; 2RO0 A; 2EQU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JS2 A; 2V8J A; 1K73 C; 2HL3 A; 4FYX B; 2M16 A; 1X6G A; 1YI2 Q; 1VYU A; 1KHI A; 2WAC A; 3CCM T; 1ZUY A; 2KQW A; 4PK4 A; 2KYM A; 3LH5 A; 2ROL A; 3CCU A; 1N6A A; 1IHW A; 5LJ5 g; 2NUP B; 1UE9 A; 2FZC B; 1U1S A; 2GTO A; 1PD0 A; 2XKO C; 3OA6 A; 1W1F A; 4FW1 A; 3PNW C; 4KH1 B; 3VU3 C; 1W2B A; 2E10 A; 3VRZ A; 1GCP A; 4FSX A; 1OZ3 A; 1Y71 A; 1UGR B; 1Q7Y R; 3QG1 A; 1NE8 A; 1OU9 A; 2HL5 C; 1NJI C; 2C06 A; 4IUR A; 1H92 A; 3OQ5 A; 2CDT A; 2QEX T; 1AEY A; 1FMW A; 1AHJ B; 3SFM A; 1Y07 A; 2D9T A; 2OTJ A; 5CKH A; 1X2K A; 1PSE A; 4BI4 A; 3H9N A; 1H8K A; 1WQ7 A; 1VIE A; 2D8J A; 1PG5 B; 2EFI A; 1QVF P; 4IUP A; 1I0C A; 1UFF A; 2EGA A; 2EWN A; 3EGD B; 3D7S B; 1ZBX A; 1VQ8 Q; 2X4Y A; 1QVG P; 2OTL A; 5KE3 A; 1YJW A; 2XDB A; 5GAN 7; 2C0O A; 4B9X A; 3FIF A; 1VQP T; 1RAI B; 1SG5 A; 3R6O A; 5LJ3 g; 2DTO A; 4A4E A; 2CYZ B; 1N8R U; 5FLX E; 3TSW A; 2RHI A; 2A0F B; 2ZGW A; 1KG1 A; 2FG0 A; 2CRE A; 1Y96 A; 5IHK A; 1O9S A; 5IXB A; 1VQ4 T; 3VJP A; 3RR6 A; 4RTU A; 1WLP B; 2OAU A; 1F1B B; 3OYF A; 4BB7 A; 1CKA A; 1K9A A; 2QQ9 A; 3I55 Q; 2DRM A; 3M0Q A; 2E5Q A; 2SEM A; 2QQR A; 1Q82 C; 2RJF A; 4J9B A; 1BYM A; 2DVJ A; 2JM9 A; 2DE0 X; 1QP2 A; 4PFP A; 2FZG B; 1ZQ1 A; 1IXD A; 2DM1 A; 1WZO A; 4JRK A; 1K76 A; 1NEB A; 1YJ9 A; 2MWP A; 2HBW A; 3RMS A; 3CC2 T; 1SEM A; 2EGE A; 5D6Y A; 5EC7 A; 4FCY A; 2XU8 A; 1QCN A; 4B6M A; 2F1L A; 2RD1 A; 4JZ3 A; 4ZTF A; 3G71 A; 2IG0 A; 4HA8 A; 2BE7 D; 4M78 E; 1FMV A; 6AT1 B; 3NTK A; 3CEY A; 1NM7 A; 4FM4 B; 5GMK e; 3CXC A; 2RQU A; 3HTR A; 1KQ1 A; 1EIF A; 3M54 A; 2QXF A; 1R77 A; 3M5A A; 5GMK l; 4ZGE B; 5HY6 A; 3JCM b; 2XDD A; 4LDW A; 2CP3 A; 1YIT A; 1IO6 A; 5GAN 6; 1QP3 A; 1M2V B; 1IHV A; 1Q86 C; 4ZN3 A; 2V1Q A; 1M3C A; 1XNI A; 2EIF A; 4O6J A; 2LQW A; 2GQV A; 4DOW A; 1AZG B; 3UPU A; 2O01 E; 4E7Z A; 1HD3 A; 1K1Z A; 2CKK A; 1IRX A; 4O5V A; 2K7A A; 1LCK A; 4LD9 K; 3KBG A; 2YT6 A; 1Q95 G; 2CUB A; 2ZPG B; 2MCN A; 2F2W A; 1WQW A; 1QLY A; 2X9H A; 4M78 F; 3HRT A; 2DL3 A; 4OB3 B; 2E70 A; 4M77 C; 3CMA T; 2A7Y A; 3CMA Q; 5GAN 8; 4BUG A; 2JN0 A; 1BI3 A; 3PE0 A; 4FSS A; 2L8D A; 3MHX A; 4CC2 A; 4M77 A; 4M78 G; 1M90 R; 4IUV A; 2DJZ A; 1I5O B; 3ULR B; 2C0T A; 3PMI A; 3CC4 A; 2DL5 A; 1PM3 A; 3OYC A; 2QA4 Q; 1RAA B; 3PVQ A; 3VS6 A; 3G6E A; 2FO0 A; 4DBQ A; 1UJ0 A; 5ECA A; 3NPF A; 1WDX A; 1D0X A; 3BDU A; 2BZX A; 1NEG A; 4J5Y A; 1K8A U; 4PL6 A; 1KJW A; 1QCF A; 1VQ6 T; 4Z88 A; 1D0Z A; 3HKS A; 2DF6 A; 2DIG A; 3C95 A; 1A0N B; 5GAN j; 2D8H A; 4Y28 E; 4BY6 B; 4LDV A; 2HSP A; 2X35 A; 1Q7Y C; 1MUZ A; 2RJE A; 2NYS A; 4F16 A; 3H6Z A; 3UDC A; 5CCA A; 3EAE A; 1K4U S; 4PFZ A; 2BZY A; 4XTW A; 5KYW B; 5FWB A; 2NUP A; 1XOV A; 2YUO A; 3MEU A; 1B7T A; 1WJQ A; 3M0T A; 3TEE A; 3CCL Q; 3I56 A; 4J9E A; 1U3O A; 1YJN T; 5LJ5 e; 1OZ2 A; 3ASK A; 3QKJ A; 1ZA1 B; 1E7O A; 3H0H A; 5FU7 B; 2VC8 A; 5GAM h; 2AZV A; 3RES A; 1W2B P; 3EG1 A; 1PCX A; 3VV0 A; 3TCJ A; 1M8M A; 2ZAE A; 1KK7 A; 1GBQ A; 1YI2 A; 4ANJ A; 5GAN g; 1SSH A; 2FL7 A; 3E1S A; 3CCM A; 3ZFJ A; 1M5Q 1; 3OBW A; 1GL5 A; 2ED1 A; 3V7C A; 1XTD A; 2EW3 A; 4KUI A; 2V8K A; 3FEO A; 1QKW A; 1LVK A; 3SDZ A; 1I4K 1; 3EGD A; 2M0Y A; 5AT1 B; 5C6S A; 2FYK A; 4KUD K; 5A2Q E; 2P4R A; 2KRS A; 2RM4 A; 2V26 A; 2K3B A; 4XU1 A; 4C0G A; 1V1C A; 3WVD B; 1AVZ C; 5DY9 A; 2QEX A; 2R5A A; 2G3R A; 2OTJ Q; 2QYZ A; 3A8L B; 1YNZ A; 4OB2 B; 3FB9 A; 1EFN A; 2VKN A; 1WXB A; 4AMC A; 2XIC A; 3CCS T; 2P0Q A; 2E6Z A; 4IIO A; 4OMM A; 3CCS Q; 4QVC A; 1VQ8 A; 4D8D A; 2HAX A; 4HVU A; 5IN1 A; 5KYN A; 3V7S A; 3VUB A; 4E7J A; 2CH4 A; 1Q81 R; 1VQP A; 4M7A G; 3JCM h; 2DYI A; 3H0I A; 3UF4 A; 1MNE A; 2JM8 A; 2QAS A; 1BB9 A; 4JRP A; 2DEU A; 1KC8 R; 1HXD A; 1T3S A; 2PZ1 A; 3QJ6 A; 5KYU B; 3NTI A; 3I55 A; 1YHQ T; 5D6X A; 2KSS A; 1M2O A; 1T3L A; 1WHJ A; 2ZPI B; 3LYI A; 3V8K A; 8AT1 B; 2O31 A; 2BKD N; 1R8O B; 3JAM E; 1QKX A; 4A4H A; 4F17 A; 1OI1 A; 3CXC P; 1PC0 A; 1YJ9 Q; 2C0I A; 2DER A; 1BI2 A; 3CC2 A; 2YLC A; 2PUO B; 1M3A A; 1NPP A; 3M56 A; 1M2V A; 3U23 A; 2ZPH B; 3NFC A; 4JS5 A; 3HP9 A; 3JCM d; 3CC7 T; 2XG8 D; 2E65 A; 4JS4 A; 1WHL A; 1UGS B; 3A1P A; 2JTE A; 4JRI A; 2FB7 A; 2YXY A; 4E2F B; 2DZ9 A; 2CS7 A; 2LP5 A; 4M75 G; 3RER A; 5GJV B; 3RKX A; 3JB9 F; 1M90 C; 2OI3 A; 4OML A; 4EIK A; 3JCM W; 1NZ9 A; 4A4G A; 2K5I A; 2QTV A; 3QYG B; 2J7I A; 3CBO A; 1PRM C; 1M1F A; 1LJO A; 2KXD A; 1SHG A; 3OYK A; 1QVP A; 2JOY A; 2MYS A; 3M57 A; 5CQY A; 2PNI A; 2HD0 A; 4GLM A; 3JB9 G; 4RG8 A; 5CKE A; 3CCV T; 2LNH B; 1D1B A; 4JZ4 A; 1EX4 A; 2LQK A; 2EYY A; 1D3B B; 1S72 T; 2NUT B; 1QCO A; 3INZ A; 3X24 B; 5FU6 C; 2K5L A; 2CP7 A; 1VQN T; 1C1A A; 4ZTJ A; 1K9M C; 3M55 A; 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1Q82 U; 2RHZ A; 3CCM Q; 1KC8 C; 2AIR B; 1ACM B; 3RDV A; 5LJ3 j; 5HCK A; 3L2U A; 4RTT A; 3GLX A; 2KRN A; 1C6V X; 3DLM A; 3JB9 H; 2HMA A; 5I2S A; 3TVT A; 4RKU E; 2RPN A; 1KD1 C; 4LUD A; 1YP5 A; 2RB6 A; 2XK0 A; 5GMK h; 3CPF A; 2DA9 A; 2J06 A; 2ECZ A; 2QQA A; 2QEX Q; 3GOX A; 1RAD B; 2EPD A; 4MMK A; 1JJ2 A; 2LTO A; 4QW2 A; 2K57 A; 3OYJ A; 4OVA A; 2MI6 A; 5KYU A; 1FMK A; 1N27 A; 5A0G A; 3CCS A; 3R6N A; 4KGZ B; 2CGH A; 1SKU B; 2KY9 A; 2P0P A; 2MAM A; 1H64 1; 5A0D A; 2F5K A; 4XAX B; 3GPL A; 2LDM A; 1Q86 U; 1VQP Q; 2ABL A; 1M3B A; 3EG3 A; 2DLP A; 2R57 A; 2EYX A; 2K9G A; 2RJD A; 3O8V A; 3HRS A; 1OU8 A; 3CCJ T; 1C0M A; 1JXM A; 3PTA A; 3M0S A; 1VQ4 Q; 2F2X A; 4OB0 B; 4X9D A; 1ABQ A; 3OYI A; 1PHT A; 2LJ0 A; 1YHQ A; 1FX7 A; 2LMJ A; 5CKB A; 2VUB A; 5GJW B; 2VGN A; 3JCM J; 3QSU A; 1I8F A; 4BDY A; 2M9U A; 2O9S A; 3MPU B; 5CR2 A; 2DZC A; 1RUW A; 4F04 B; 3CC2 Q; 1K0X A; 1I07 A; 5A0L A; 1GFC A; 1FYN A; 2YUN A; 4FYY B; 5FRO A; 4KUL A; 1GRI A; 1K8A R; 2DIL A; 1JBM A; 3CC7 A; 3JCM P; 2AK5 A; 2DL4 A; 1U8R A; 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