The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
155
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structure length |
140
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Chain Sequence |
LHSKNVKGFLENTLKPYDLHSVDFKTSSLQSSMIITATNGGILSYATSNSVNNLKMMSLLIKDKWSEDENDTHSNSCYPVEIDSFKTKIYTYEMEDLHTCVAQIPNSDLLLLFIAEGSFPYGLLVIKIERAMRELTDLFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural conservation of components in the amino acid sensing branch of the TOR pathway in yeast and mammals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein SLM4
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
26
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| structure length |
140
|
| sequence length |
155
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16818 | SLM4 | Protein SLM4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Dynein light chain 2a, cytoplasmic |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YPR A; 2VK3 A; 1J3W A; 1CQA A; 2PBD P; 1G5U A; 5EVE A; 2JKF A; 3U4L P; 5FEG A; 2ACG A; 1PNE A; 3MSH A; 1Y4O A; 1Z09 A; 2E8J A; 3UB5 P; 5EV0 A; 5FEF A; 1HLU P; 3MS6 A; 3T1X A; 2PRF A; 4FTX A; 3CHW P; 4FUW A; 3D9Y A; 1D1J A; 1A0K A; 1SKO A; 1CJF A; 3KYE A; 1AWI A; 1ACF A; 4X1M A; 1FIL A; 2B95 A; 3CPT A; 2PAV P; 4X1L A; 3L7H A; 1SZV A; 3T1R A; 2BTF P; 2ZL1 A; 3CPT B; 3T1S A; 4X25 A; 3LEQ A; 5EM0 A; 2V8C A; 1VEU A; 5FDS A; 2HZ5 A; 2ZL1 B; 1K0K A; 1SKO B; 1VEU B; 1FIK A; 1VET A; 3NEC A; 2V8F A; 5EM1 A; 1F2K A; 2JKG A; 3LGO A; 4D60 A; 4ESP A; 3DAV A; 1CF0 A; 3NUL A; 4QWO A; 3T1Q B; 1PRQ A; 1VET B; 1PFL A; 3T12 B; 3L9K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W63 Q; 5L8M A; 4Q0H A; 4N92 A; 1JTG A; 5TFQ A; 2WUQ A; 3LR5 A; 3IBR A; 2W1T B; 1VB6 A; 3UB6 A; 5EVI A; 2M7V A; 1N9N A; 1ES5 A; 1GHI A; 5CHU A; 3VSK A; 2ZC4 B; 1K6S A; 3W4O A; 3PBQ A; 4HBT A; 4JGO A; 2HPB A; 1NLZ A; 1LLB A; 2XA7 M; 1YAX A; 5TR7 A; 5DF9 A; 5CER A; 4DF6 A; 4XUX A; 1LL8 A; 3V3S A; 5EUA A; 5HX9 A; 3LY3 A; 1NZU A; 4EES A; 3LI8 A; 4GLQ A; 2O9B A; 4I39 A; 5DFX A; 3VOL A; 4XXR A; 1Z6F A; 5I5L A; 1KGE A; 3DTI A; 4B4Z A; 2ZD8 A; 4F94 A; 4Y3I A; 1F5M A; 2WYX A; 3C2W A; 3IHB A; 4DRT A; 1O07 A; 3G32 A; 4OOY A; 4H8R A; 1M6K A; 3O88 A; 4PKY A; 1GA9 A; 5FAO A; 3Q1F A; 5FI6 A; 1XXM A; 5HDD A; 5CTN A; 1TS7 A; 1FOF A; 3M6B A; 1H3Q A; 1FIK A; 2Y2K A; 2WGW A; 4E3M A; 5DTK A; 5E2E A; 4UEY A; 2J3T D; 3HLW A; 3DWK A; 3ZCZ A; 2XRO A; 4BJP A; 3SOI A; 4X69 A; 5L10 A; 4H6J A; 3GR2 A; 4OPR A; 3U2A A; 2J7V A; 2WGV A; 2PBD P; 1G5U A; 2ZM0 A; 4JBF A; 4QD4 A; 1N9L A; 4X55 A; 3W4Q A; 3P09 A; 4FSF A; 3UB8 A; 1S1Y A; 1F9I A; 1UWP X; 1MBL A; 4WYY A; 3SH7 A; 1K6R A; 3LIB A; 5F6A A; 1PYY A; 3CAX A; 4OQI A; 1NRF A; 4FUW A; 3GQZ A; 1YM1 A; 2Q0O A; 4GD6 A; 1SCW A; 3HJK A; 3Q07 A; 5FI7 A; 5E2F A; 2GNX A; 1YSP A; 3LIE A; 5HFO A; 1CK3 A; 3G2Z A; 4WMC D; 4HH2 A; 2XRN A; 2BG1 A; 2XF3 A; 4B88 A; 4OLD A; 5HAP A; 1LSX A; 2XFT A; 3BWL A; 3ZNT A; 5F69 A; 4E3L A; 4ZTK A; 1VQQ A; 1LT0 A; 3D72 A; 4MBH A; 4EEU A; 4JGQ A; 2Y2O A; 5HL1 A; 2VA0 A; 5GHZ A; 4JKT A; 3G31 A; 3C8C A; 2XGN A; 2W1R A; 1BUL A; 3UPP A; 3IF5 A; 1PI4 A; 2WK0 A; 4R23 A; 4JF6 A; 2HDS A; 4KQD A; 3HCY A; 4ZJ2 A; 2KOI A; 4NXE A; 2WKR A; 3VFH A; 1MWR A; 3E4Q A; 5CED A; 2GX5 A; 5F1F A; 5GLC A; 3HLB A; 4GHI A; 1FSW A; 3F1P A; 1ERO A; 1GHP A; 3E2L A; 3HLC A; 3BQ8 A; 3ZDJ A; 2WZZ A; 3O86 A; 4X68 A; 1PIO A; 1IKG A; 4X56 A; 5HD3 A; 3Q7V A; 3KYQ A; 1L0G A; 3ULF A; 5FEF A; 1MWU A; 3NOT C; 3GV9 A; 4KZA A; 1TD5 A; 2I9V A; 1JVJ A; 2JN7 A; 1HTZ A; 1D1J A; 1NLY A; 1RGY A; 1OME A; 2EFX A; 2EWW A; 4II7 A; 3VSL A; 4K91 A; 4HEF A; 1YLP A; 3HLD A; 3BY9 A; 1TDL A; 1LSV A; 5CEC A; 2QWS A; 4I3J A; 3UE6 A; 1KE0 A; 3CUE A; 4LCL A; 4EUZ A; 4PM8 A; 2V0W A; 1XA1 A; 1E3U A; 2OSU A; 4X1L A; 1GSV A; 5AQ9 A; 3S7Q A; 1S0W A; 2ZL1 A; 3S7O A; 3W2Z A; 1YT4 A; 2P9V A; 4C75 A; 5DKK A; 4ZRR A; 4E6W A; 3EGX C; 2ZJ9 A; 3E0Y A; 3G6O A; 3LR3 A; 2HZ5 A; 3IH8 A; 4CLC B; 3VP0 A; 4MBK A; 2EX8 A; 4UA7 A; 1VEU B; 3QNB A; 2ZM8 A; 4C6Y A; 4OVD A; 4YIN A; 4D60 A; 3NUL A; 1PFL A; 2VV7 A; 3IXD A; 4KZ8 A; 4KZ3 A; 4IJG A; 5J3W A; 3FG8 A; 3OCL A; 3D3O A; 3Q81 A; 1BLP A; 1YLZ A; 2INW A; 1UGU A; 4RVA A; 4EBL A; 2NUP C; 3WS2 A; 2NUT C; 3T4J A; 4MNR A; 3G30 A; 3D9Y A; 4LGW A; 4NXF A; 5DF7 A; 3S1Y A; 1K55 C; 4JGR A; 2WKE A; 4ARZ A; 5FI2 A; 4JXG A; 1FR1 A; 1X0O A; 1XJ2 A; 2B5R A; 5AQB A; 4BL3 A; 1O7E A; 2W3D A; 4FCF A; 2XD1 A; 3PBS A; 5FQI A; 4Y13 A; 3PXP A; 1OJG A; 3MKE A; 1PWD A; 2UWX A; 5CGW A; 4OPQ A; 5DTS A; 3PHY A; 5HAR A; 4WBG A; 4PM9 A; 3ISG A; 2JCH A; 3LFV A; 3M6H A; 3QP1 A; 3MBZ A; 3ZYT A; 3WS5 A; 3QHY A; 1F98 A; 4K0X A; 4HP9 A; 4P6Z S; 1KGG A; 3SH8 A; 1SKO B; 3AGF A; 3CJM A; 3G34 A; 5J4E A; 4S2P A; 3EGD C; 5L07 A; 1VET A; 2P74 A; 2ZM2 A; 5U47 A; 4ESP A; 5HDC A; 5TGF A; 1ZTU A; 3KSF A; 3G35 A; 5C5K A; 2FH5 A; 3ICY A; 2JE5 A; 3IWI A; 1P9R A; 3LR4 A; 2D02 A; 4HHD A; 4E3J A; 2I72 A; 4ME4 A; 2ZQ7 A; 1DJB A; 5AVE A; 3Q7Z A; 3UB9 A; 3R7W B; 3OCN A; 3HBR A; 3A3I A; 1S66 L; 5EV0 A; 3G2Y A; 5GLB A; 1DY6 A; 5EEC A; 1XP4 A; 2JKT M; 3DTK A; 2XD5 A; 1TDG A; 3LI9 A; 4FTX A; 3CHW P; 4HI4 A; 1DJC A; 4PHT A; 3F1N B; 5AJG A; 2MJ6 A; 4IVI A; 4NKP A; 2EX9 A; 2ZC3 B; 4WEL A; 3A0R A; 4EET B; 2ZC5 B; 2O9C A; 4DXB A; 2FZ0 A; 3BY8 A; 5DVA A; 1SKO A; 4KQQ A; 4UQI M; 4LV3 A; 4HQA A; 2L1M A; 5FAS A; 1KVM A; 4KZ6 A; 4O7D A; 3RXX A; 2Y2H A; 5HSQ A; 3NY4 A; 3VFF A; 3VOY A; 3CPT A; 1CI8 A; 3PAG A; 4S2K A; 4U3T A; 2P04 A; 5CGX A; 2KDK A; 1NRJ A; 5HWW A; 4BBT A; 4HES A; 3T50 A; 2M7U A; 5DF8 A; 2BAS A; 4KUK A; 1S67 L; 2OAQ 1; 3MQO A; 4GS9 B; 2PHY A; 2DMW A; 3G4P A; 3S4X A; 4BD0 A; 2W0N A; 3R7W A; 3KSH A; 2VKS A; 4Z1W A; 3HUN A; 3O5Y A; 3LR0 A; 3HUM A; 2Y79 A; 2L0W A; 5J8X A; 2V8F A; 4HNB A; 5EM1 A; 4WEK A; 3H82 A; 3V39 A; 1W8Y A; 4KG6 A; 1H8M A; 4LCM A; 3KYZ A; 2V20 A; 3BEC A; 3SH9 A; 1PWC A; 1Q2P A; 5GLD A; 3ITB A; 1ALQ A; 4LEN A; 3PBO A; 3HRE A; 3T4S A; 2X71 A; 1SKF A; 1XKZ A; 3KSI A; 3O87 A; 4JXW A; 4IVK A; 4Y2F A; 1WYB A; 3Q82 A; 1P97 A; 1HD8 A; 1MWS A; 3AGD A; 1GA0 A; 4QHC A; 2PBY A; 2XH9 A; 5F68 A; 1YLW A; 4KZB A; 3T1X A; 3IS2 A; 3MZF A; 3VV4 A; 1RGZ A; 2HJ9 C; 3SS5 A; 1BLH A; 1IFQ A; 1LI0 A; 1T18 A; 2EA9 A; 2VGJ A; 3KYE A; 4LV1 A; 1NJ4 A; 4BBU A; 5FDH A; 3V67 A; 4N1X A; 2PYP A; 3ZNY A; 3KX0 X; 4I3I A; 4F3L B; 1XFQ A; 2HDU A; 3PR6 A; 4FD8 A; 3VE4 A; 2J8Y A; 4WL9 A; 3UB7 A; 4HJ4 A; 3VP4 A; 1ES2 A; 3EEA A; 4ETZ A; 1M40 A; 2XLN A; 1FSY A; 3L7H A; 3GRJ A; 4R3A A; 1MKI A; 4DE1 A; 1DP9 A; 4DDS A; 3D4F A; 4EEP A; 4R70 A; 3NOP C; 4L9G A; 4Y17 A; 3TJZ C; 3BW6 A; 2ZQD A; 2QJ7 A; 4ZDX A; 5M19 A; 1NYY A; 2Z2L B; 4PPR A; 4Y5F A; 2J80 A; 3TSG A; 5KSH A; 4CLC C; 4LV0 A; 3M2J A; 5HPI A; 2WAE A; 2VGL M; 3PBR A; 4WN5 A; 4R38 A; 1JWP A; 3NDG A; 2K7S A; 1OTB A; 2W27 A; 2VGL S; 4PMA A; 2VZW A; 3GTC A; 4DE3 A; 3LY4 A; 3T1Q B; 3IF6 B; 3C7V A; 4OP5 A; 3A3J A; 4JXS A; 1YPR A; 2W1T A; 4NEE D; 3NIA A; 3GVB A; 4Y0U A; 2ZC7 A; 5EOO A; 2EX6 A; 4E3N A; 3P01 A; 2PD8 A; 4WUJ A; 1K55 A; 1W8Q A; 4RQ9 A; 2Y2M A; 2VGK A; 4YFM A; 2XEP A; 4R0Q A; 2E8I A; 3M2K A; 1I2W A; 2G7U A; 5FL3 A; 1DRM A; 2P08 A; 3VP3 A; 4MN7 A; 5L2F A; 3K3C A; 3IHA A; 1MPL A; 1EWZ A; 2JKR M; 2VLG A; 4X53 A; 5HW3 A; 2EXA A; 4GKU A; 4X1M A; 2AVX A; 3EQV A; 2CC1 A; 1QMF A; 3IX3 A; 3GDI A; 1C3B A; 1N9B A; 4OON A; 2XFS A; 1L0E A; 3EQU A; 4B9O A; 3UY6 A; 3H7W B; 4OPY A; 4B93 A; 3MR0 A; 2IWB A; 3CWF A; 2JKR I; 5M1A A; 5DFY A; 1K54 C; 5LBR A; 2HP9 A; 3SZT A; 3IH9 A; 4HH3 A; 5BOH A; 1NY0 A; 1LL5 A; 1XX2 A; 3MXR A; 1YQS A; 3ZG0 A; 3DW0 A; 1BUE A; 1ONH A; 3MQ0 A; 3NDE A; 1TVF A; 3FC7 A; 1OTA A; 3T4O A; 4GD8 A; 1CF0 A; 2WAF A; 4NXB A; 2EWV A; 2V2F F; 1V9Y A; 3CLO A; 3IXG A; 1WYC A; 2QZ6 A; 4PKY G; 3MF0 A; 4EW7 A; 1ONG A; 4X6T A; 3UE3 A; 1ES3 A; 5CXW A; 1YKD A; 1L0D A; 3SS3 A; 5DJT A; 3V3R A; 2IWD A; 1JWZ A; 1T19 A; 2VX8 A; 4WZ4 A; 4E3O A; 4E04 A; 1RCJ A; 5TBM B; 4CLC D; 5GL9 A; 1ESU A; 3MXQ A; 3MS6 A; 2ZQA A; 4A5R A; 3PBT A; 2FFF B; 2G2U A; 1FR6 A; 4OQH A; 4NET A; 5L09 A; 5CX7 A; 4B4X A; 4DKI A; 3EWK A; 1AWI A; 3HLF A; 4DJ2 A; 2B95 A; 2XSS A; 3N8R A; 4CPK A; 1P0Z A; 4OLG A; 2Y4A A; 3EOI A; 3PYP A; 1S4R A; 2QPN A; 3P98 A; 2BTF P; 5CRF A; 4EU0 A; 4IHQ A; 1BSG A; 2BLS A; 1BTL A; 2Y2J A; 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