3LINA

Crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor, kni-10562
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 21
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3linA00
1APTE 3L3AA 3DCRA 5HE5A 3KM4A 5DR8A 4ZE6A 5P48A 4MC2A 5P09A 4HDFA 3TOHA 2VJ7A 3NWQA 3KFSA 5P5MA 3L58A 2NR6A 4NJUA 5P8GA 5P1TA 4GJ8A 5P4EA 1SIVA 5P01A 3IXKA 3EL1A 2QU3A 5OZ3A 3U71A 1VIJA 3HAWA 5P4SA 5P7GA 1FEJC 3TOFA 4Y4AA 3EL0A 3L38A 4J1FA 2AOHA 4RZ1A 1GNOA 5OYSA 5P2JA 2B60A 3EBZA 2ZHVA 2FNTA 5OZ1A 2H6TA 3LIVA 5I70A 1FMUA 5OYZA 1ZTZA 5P1UA 1ENTE 3OUBA 3NLSA 3HBOA 3APRE 2ANLA 4YCYA 1TQFA 1KZKA 2NMZA 4RVIA 4B1EA 2F3FA 4I0HA 4B1CA 5P3VA 4U8WA 2VA7A 4RVJA 2BPZA 5SXNA 5P1KA 4WY6A 5P57A 5P2QA 2F8GA 1QBSA 3UCBA 1DW6C 4HDBA 3NU4A 2CEMA 5HD0A 1HVRA 2BBBA 5P7TA 2B8VA 1GVVA 3S54A 4GIDA 3D1XA 3FKTA 3CIDA 4CMSA 1UPJA 2P3BB 4Q1XA 3EKWA 4GZFA 1EPPE 3EKQA 3SO9A 5P3NA 3KT5A 5P2BA 4CPQA 4Y56A 1WBMA 5P7IA 4R5NA 2Z4OA 5P2OA 6FIVA 1APWE 5P1HA 5P0IA 1F34A 4FSEA 3LIYA 5P0VA 4Y36A 5P7LA 5P39A 2P3AA 2MIPA 1MERA 5JG1A 4RCFA 4Y3JA 3KA2A 3OQFA 5P2DA 1HVLA 3BRAA 5P0XA 3RSVA 2OHTA 4YD7A 1LYAB 1BDLA 1TSQA 2ZHUA 3OU3A 5P3CA 1VIKA 4FRIA 3BXRA 1BDQA 5P2VA 5AHCA 5P6NA 4YOBA 4EP3A 3WB5A 2F81A 5P0DA 5P37A 1M43A 5P3EA 3NDWA 1HWRA 1E80E 3AIDA 2F3KA 4FLGA 5OZJA 4Y3WA 2JYSA 3ZL7A 4RROA 3O9FA 2QI0A 1FQXA 2AOEA 3NYGA 4CP7A 3OQDA 3LIQA 3OXCA 3KF0A 3SPKA 4FRJA 4RRSA 4ZPFA 4IVTA 5P85A 2FDDA 3GGUA 5P20A 2OHNA 2ASIA 5BRYA 2PWRA 5AH9A 5P15A 4FAEA 3NUJA 3O9EA 2A4FA 4DPIA 4I0EA 3F9QA 3SAAA 4KE1A 5E5JA 1APVE 4LXKA 3RU1A 5OYRA 5APRE 1HEGE 5JODA 2AODA 1ZPAA 5P7SA 5OZ6A 4ZIPA 1A94A 4Y54A 3DJKA 4FM7A 1W51A 4Y3ZA 2BJUA 5P5NA 5P16A 3PBZA 1ZSFA 3QAAA 3BUGA 3L5DA 4S1GA 4Z50A 1QDMA 1FQ6A 1FF0C 1HTRB 4H3GA 1B11A 4Y3NA 1GNMA 3RTMA 2QZXA 2QZKA 5P8BA 5P5ZA 5P1QA 1ME6A 4Z22A 1EC1A 3HZCA 5P25A 4K4RA 1IIQA 5P18A 4NJVA 5P41A 5DQ2A 2AVSA 2V16C 5ISKA 5PEPA 4CPSA 1TSUA 2V12C 4K9HA 4Q1NA 3OQKA 3I7EA 5OZEA 1LYBA 3O9AA 4CKUA 1FFIC 4DJYA 3OUCA 5P69A 4YDGA 3O9GA 2ZJIA 4HZTA 4F74A 2HPEA 2AOGA 5OZGA 5P6RA 3RSXA 4EYRA 1PPME 2O4SA 5DGWA 3S8IA 1DIFA 2IGYA 3S45A 5OZ9A 5P0GA 5P2UA 5P1VA 1BWBA 5P3KA 5OZMA 4B0QA 3BXSA 2WF2A 4GJAA 4JP9A 4Y37A 1XE5A 1A8KA 5OZQA 4Y4BA 5P5QA 5OZOA 1T7IA 3OXXA 5C9DA 5IVRA 4WTUA 1G2KA 3OGQA 5P3AA 3CYXA 3UDPA 3UDJA 2V0ZC 5OYWA 3IGBA 5OZ5A 5OZYA 3KFNA 2VJ9A 2G94A 1ZLFA 4L7GA 4TVHA 2OHRA 1W6IA 2VA5A 4NJTA 4DQFA 2RSPA 2OHMA 3O9DA 3PSGA 3QVCA 1YTGA 2I0AA 4ZSMA 3BHEA 1K1TA 1YM2A 1ZPKA 5P7VA 5P3OA 4B00A 5P3MA 3TKWA 5P8TA 3BGBA 5P66A 5P62A 2ER0E 3EKPA 3SQFA 3OADB 1T7JA 4EJ8A 5P72A 4L6BA 3IN3A 5P44A 3OUDB 2HPFA 2HAHA 2Q11A 2IDWA 5P1GA 2OHUA 1AAQA 3NWXA 4R91A 5P5XA 3QS1A 6APRE 3C9XA 3R0WA 4GJ9A 5P7BA 5P89A 3L5EA 3K4VA 1Q9PA 2JJJA 3OY4A 3T7XA 1RNEA 5OZWA 5P29A 2UXZA 5HU0A 2PMAA 1W5XA 2R43A 5P2YA 5P6JA 5P24A 5P7HA 4EXGA 3KDBA 5P1LA 4DJQA 2QI3A 2WJOA 5P1ZA 2G22A 5DR4A 4Y4WA 4ZSRA 5P5JA 5P1PA 3IA9A 4PHVA 1SGZA 3K5FA 4Y3EA 1AM5A 1NPAA 3OWNA 2AZCA 2QI7A 3U6AA 5P8CA 3LITA 4J0VA 4Y47A 5DPZA 3AUPA 4CPXA 1OEWA 5P0CA 4HVPA 3EKTA 3LZVA 2H6SA 3INFA 5OZKA 4E43A 5P7JA 4I1CA 1AXAA 1B6MA 3ZKXA 1B6KA 1SDUA 5P1BA 1PFZA 1IZHA 5P7OA 5P8MA 3D1ZA 1HVCA 1D4KA 1SH9A 5OZUA 4J1EA 4COEA 4GJDA 2F80A 5P0OA 5P1AA 3WZ6A 5DGUA 3N4LA 4L1AA 1QBTA 5P54A 5P5PA 1M4HA 3UDKA 3NDUA 1HSHA 1GVTA 5P83A 5AGZA 3S56A 4Y5NA 2UPJA 4J17A 2PYMA 3MSLA 5P1DA 5OYVA 3URIA 5KR2A 3VFAA 3CKPA 5KAOA 2P3BA 5P1XA 1W50A 4DI2A 1MESA 2BQVA 1MTBA 2FS4A 5P3JA 2QD8A 2QI4A 1HVKA 4Y5EA 1BXOA 3OTSA 1LF2A 3S85A 2FMBA 1SIPA 3O9IA 2QHCA 5OYUA 5P5VA 5P3QA 4N00A 5P8SA 5OZBA 1Z1HA 4L7JA 3G70A 4Y3DA 4RCEA 5P49A 5P88A 4I8ZA 4D89A 3PM4A 2XFIA 5C9BA 3GW5A 1HSIA 2IKUA 1W5YA 2VKMA 4GJ7A 4Y45A 3NU5A 3R1GB 4YD4A 2IENA 3SM1A 4X7IA 1LYAA 1UH9A 3JVWA 3CYWA 3OOZA 4Y38A 3SM2A 1GVUA 2OF0A 5P4HA 2BPWA 5P04A 1MRWA 4QJAA 1FQ5A 5KQXA 5COKA 3UPJA 4ACUA 5P08A 4B1DA 3GI5A 3MXDA 2SAMA 3ZPSA 5OZXA 5DR3A 1BVEA 2WF3A 1DMPA 4GJCA 1HVSA 5OZHA 5P59A 3EC0A 4APEA 2QMFA 5P4QA 3L5BA 3TH9A 5P1CA 5P0EA 4DQGA 4Y51A 3VF3A 2QU2A 2AOIA 5P5FA 5CONA 5P71A 1HVIA 3GI6A 1BILA 3VV8A 1XN2A 3CIBA 3ZKNA 1TW7A 3VF5A 4ZSPA 5P0MA 3VG1A 1HTEA 4YHQA 4DJVA 3RTNA 3OU1B 2V00A 3RVIA 5P34A 2ZHRA 4CPTA 4DQCA 2RMPA 3EM4A 2HS1A 4Y3HA 5EZZA 4GJ6A 5P6VA 1MT9A 1T6GA 3SKFA 5EZXA 4BELA 5P5KA 2FXEA 4LL3A 3UTLA 2NXMA 5P63A 3PRSA 3IXJA 2Q55A 1SDTA 4OD9A 3VLBA 2FLEA 2Q15A 1LS5A 4J1IA 4DJPA 2XYFA 3NDXA 5P4PA 1FG6C 3QRMA 4Y58A 1C6XA 2A1EA 5SY2A 5P6TA 3UFLA 3ECGA 5P5RA 4RVXA 4HE9A 5P5CA 4AZYA 2ZHSA 5P3RA 3SA6A 3IAWA 3Q70A 5OZCA 1PSOE 1XDHA 3QBHA 2PH6A 3O9LB 3PSYA 3MXEA 4DH6A 1HXWA 3WZ8A 2B7FA 1MT8A 2J9KA 2BKTA 2WKZA 2FGVA 5P14A 5TOLA 1K6CA 3FSMA 4I10A 5P5AA 1HVJA 4QJ8A 5P6XA 3SA9A 1NH0A 3SA4A 2NNPA 1C6YA 3D20A 4FE6A 5P8FA 5OZ0A 4Y4DA 5P8AA 3FX5A 1RQ9A 3MWSA 4GMIA 4H1EA 3PMUA 5SY3A 1EC0A 5P00A 4FRSA 3PSUA 5P1MA 5JFUA 5P4WA 1BV9A 2G1SA 5F01A 1BV7A 3O99A 2EWYA 2FIVA 2G24A 2XFKA 4DQBA 5P7QA 1AVFA 3K5DA 5P7YA 2PC0A 3T7QA 4LBTA 1K6TA 1ZP8A 3WB4A 3KMXA 3O9BA 4DJRA 4L7HA 1GKTA 5P3WA 5P7PA 5HVPA 3DV1A 5I3XA 3Q5HA 5P38A 5P5BA 5P06A 5P2IA 1B6PA 2PK6A 3QROA 3LINA 1KJHA 5HE4A 1HBVA 3H5BA 2PSGA 1HIHA 1IDBA 5P6PA 2Z54A 4FGXA 5P4YA 5P8QA 5P7NA 1BAIA 3G72A 5P4BA 3G6ZA 4J1CA 2HC0A 4BFDA 1ZBGA 2I4XA 1HXBA 5P0PA 1HPXA 3Q6YA 5IVQA 2QI5A 5P60A 1MSMA 3OAGA 4J54A 5P50A 5UPJA 3OADA 5P2WA 4Q5MA 5AH8A 4X2LA 5P2CA 4DV9A 1G6LA 3OUDA 4EP2A 1FG8C 3I2LA 1FIVA 1DPJA 3UDQA 5P5EA 1PSAA 3OXWA 5P2RA 5DQ4A 5P4NA 5P81A 3UF3A 3EMYA 4Q1WA 1MTRA 4Y4TA 3K5GA 5P22A 1TCWA 5F00A 2XYEA 5P76A 4I8WA 3T11A 5P02A 4MC9A 3PWMA 5OZTA 2I4QA 4OBGA 3LPJA 1GVWA 5ER1E 3VSXA 4Y50A 1Z1RA 3QP0A 2QNPA 2G1YA 5P0NA 5COPA 2QD7A 4B78A 1M0BA 4Y3SA 4YBIA 1HPSA 2BB9A 4H3FA 4A6BA 4EQJA 5P8LA 4D88A 5AH7A 3TPPA 1E81E 2J9JB 2AZ9A 4LHHA 3PEPA 3OQ7A 5P0LA 2QP8A 3PLLA 2QHZA 5P6GA 2O40A 2ZJNA 2WEBA 4B05A 1KJFA 3FNSA 1XL5A 4R8YA 4KE0A 2VA6A 3UDHA 4RRNA 2BKSA 3TTPA 3SA7A 3DCKA 4JPCA 5HCTA 4YD6A 3EL4A 5AHBA 5P4RA 5P7KA 4QJ6A 4OBDA 3SFCA 4CPWA 1YTJA 5DR1A 4LAPA 3O9CA 1DAZC 2FNSA 3GGAA 3IVHA 1AJXA 4Y3GA 2WL0A 3PBDA 1QRPE 5P4GA 1D4LA 5P33A 4MC1A 5P7XA 2JE4A 3MSJA 1IZIA 1IZDA 3MSKA 2P4JA 4RLDA 1FKNA 4Y5KA 1A30A 4GYEA 5P8DA 3VYDA 1HOSA 4YCTA 2IQGA 5OZFA 3OTYA 3HLOA 1XL2A 2OHQA 5HDUA 3TLHA 1LYWB 5P3FA 4I12A 1T3RA 3LIXA 1HSGA 3QPJA 4D85A 3APPA 1MPPA 1HEFE 5P40A 5P6EA 3SLZA 5OZPA 5P7AA 5KOSA 4DPFA 2QCIA 3I6OA 1GVXA 1XS7D 5DQCA 5P7DA 5P7FA 5P5WA 5P7UA 5P36A 2OAHA 2ZYEA 1K1UA 5P3GA 5P1YA 5P45A 5P2SA 3KDCA 3FV3A 2BPXA 5P53A 5P4XA 1Z8CA 3GGVA 1MRXA 1WKRA 4Y4ZA 3S43B 2ER7E 4YD5A 2PSUA 1C70A 1QS8A 3PWWA 4Y57A 4YOAA 5E5KA 3A2OA 5P4VA 4DJXA 2OHLA 2P8HA 1YT9A 4D83A 4TRYA 4EWOA 5DR0A 2ZJJA 3TKGA 3UDNA 5P73A 2I4WA 3PLDA 4K4QA 4B77A 3LNKA 1LF3A 4Y3QA 4M8YA 3HVGA 4JPEA 5HDXA 5P31A 4A6CA 3PVKA 5P0BA 2R8NA 3D91A 3VYFA 3UDYA 3PWRA 3EL9A 5P3BA 1HPVA 4LC7A 2RKGA 5P6AA 5P2AA 1EC3A 3CICA 3QN8A 5OZNA 5P3DA 4XKXA 1OEXA 3EM3A 5P70A 5HDVA 5P6LA 3OU1A 1BBSA 4Y5AA 3DK1A 1YM4A 2WEAA 1B5FB 5P5IA 5P27A 5P4LA 5P51A 2FGUA 1LZQA 5P3TA 5P64A 5OZZA 5C9FA 1SDVA 3I8WA 5P0RA 5P4OA 3R2FA 3LPKA 2AVVA 3HDKA 3OUAA 4RCDA 5P7MA 5P17A 2HS2A 5OZ7A 1A9MA 2AVMA 5P56A 4R92A 4Y5BA 3CMSA 4OBZB 4IVSA 5P35A 1MUIA 3ZKIA 4ACXA 3ZOVA 3PI0A 5P3ZA 4DVFA 2WEZA 3EXOA 4RGHA 3WZ7A 5FIVA 3ZLQA 5OZIA 3L59A 1N49A 3IVIA 3DOXA 4I0IA 1FQ8A 1LYBB 4ER2E 1K2BA 3O9LA 3NUOA 5P46A 4J1KA 4OBHA 4HDPA 2VIJA 1EPRE 5P03A 5AHAA 4FCOA 3NXNA 3PI5A 1IVQA 1TCXA 3GI0A 2QNNA 3SA8A 5P4JA 3OOTA 3LIZA 5P12A 4D8CA 1CZIE 2VIEA 4YA8A 1SGUA 3PMYA 3VCMA 5P1JA 5OZSA 3KFPA 2R38A 4Y3TA 2IRZA 4APRE 5P2NA 6UPJA 2P3CA 5P6OA 3N3IA 1NSOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1APT E;  3L3A A;  3DCR A;  5HE5 A;  3KM4 A;  5DR8 A;  4ZE6 A;  5P48 A;  4MC2 A;  5P09 A;  4HDF A;  3TOH A;  2VJ7 A;  3NWQ A;  3KFS A;  5P5M A;  3L58 A;  2NR6 A;  4NJU A;  5P8G A;  5P1T A;  4GJ8 A;  5P4E A;  1SIV A;  5P01 A;  3IXK A;  3EL1 A;  2QU3 A;  5OZ3 A;  3U71 A;  1VIJ A;  3HAW A;  5P4S A;  5P7G A;  1FEJ C;  3TOF A;  4Y4A A;  3EL0 A;  3L38 A;  4J1F A;  2AOH A;  4RZ1 A;  1GNO A;  5OYS A;  5P2J A;  2B60 A;  3EBZ A;  2ZHV A;  2FNT A;  5OZ1 A;  2H6T A;  3LIV A;  5I70 A;  1FMU A;  5OYZ A;  1ZTZ A;  5P1U A;  1ENT E;  3OUB A;  3NLS A;  3HBO A;  3APR E;  2ANL A;  4YCY A;  1TQF A;  1KZK A;  2NMZ A;  4RVI A;  4B1E A;  2F3F A;  4I0H A;  4B1C A;  5P3V A;  4U8W A;  2VA7 A;  4RVJ A;  2BPZ A;  5SXN A;  5P1K A;  4WY6 A;  5P57 A;  5P2Q A;  2F8G A;  1QBS A;  3UCB A;  1DW6 C;  4HDB A;  3NU4 A;  2CEM A;  5HD0 A;  1HVR A;  2BBB A;  5P7T A;  2B8V A;  1GVV A;  3S54 A;  4GID A;  3D1X A;  3FKT A;  3CID A;  4CMS A;  1UPJ A;  2P3B B;  4Q1X A;  3EKW A;  4GZF A;  1EPP E;  3EKQ A;  3SO9 A;  5P3N A;  3KT5 A;  5P2B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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