3LITA

The crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor kni-10681
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 22
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3litA00
5P3PA 5OZXA 1UH9A 5P6YA 5P4KA 1SMEA 1HXBA 4Y48A 5P7RA 2AZ8A 1MESA 3FNSA 2QHCA 3L5BA 1W5YA 2AOEA 2RKGA 5P3DA 1VIKA 3DUYA 5KAOA 2F8GA 5AHBA 5OZMA 2QMPA 2SAMA 4RYGA 4J1CA 1VIJA 3NWQA 2UY0A 4JECA 2JXRA 4I10A 4APEA 4ZSRA 3S54A 1ZJ7A 5P3UA 5EZXA 2R8NA 2AODA 4FM8A 1EPQE 5P8NA 2PSGA 4Y4XA 5P1GA 1MVPA 3R1GB 5KR1A 1LYAB 1YG9A 4Y3TA 4TVGA 2PYMA 2AZBA 2QZWA 2RSPA 4Y41A 5UPJA 5P4MA 5DQ4A 4OBGA 5P53A 3S7MA 2I4QA 5P86A 1EPME 2R5QA 4TRYA 4J0ZA 3Q70A 2RMPA 4J0TA 1FF0C 2QI0A 5P0TA 2F3EA 3KDCA 3OUDA 2VNMA 4E43A 5P2YA 3K5DA 3HLOA 3BXSA 3L3AA 3JW2A 1U8GA 3O9IA 3LINA 3PM4A 1PSOE 4Y35A 3LIQA 1Q9PA 3NU3A 5P0SA 5P66A 4AMTA 3Q6YA 5DGWA 5DQCA 1OEXA 4GJ6A 4HE9A 3EKTA 3EM6A 5COKA 5P7XA 3TKGA 1G35A 5OYTA 4QJ6A 3OHFA 3MXEA 2ANLA 3U6AA 3BUHA 1W5VA 5OZJA 5P5HA 3KFNA 4APRE 1D4KA 5P04A 5OZVA 3D20A 1META 3ZMGA 3IN3A 5P8AA 3NSHA 2QAKA 3KT5A 2PSVA 5AH9A 4FRJA 4YHQA 4GJ9A 2HPFA 3PWMA 1AAQA 1TCWA 5P2XA 1CPIA 4K8SA 4F74A 2BB9A 3KFPA 4MC2A 2BBBA 5P35A 3PWWA 3H0BA 5OYRA 5P2FA 5P24A 2HB4A 3VLBA 3T11A 2R38A 1CZIE 1QRPE 5P5WA 4YDGA 4J5JA 1EBYA 4BEKA 5P5BA 3EXOA 3R4BA 3UQPA 4GMIA 4PZWA 3UDRA 1E81E 4AZYA 5I3VA 5P7WA 5P32A 4B05A 5DR1A 5P0RA 4Q1WA 4EWOA 3TPLA 4LC7A 5P6NA 4J1HA 3S2OA 2O4NA 1DAZC 4D8CA 4EJKA 5SY2A 5P6KA 3S8IA 5P2GA 3AIDA 4RVJA 1F7AA 4NJSA 4QJ8A 5P3VA 5P2SA 3TPRA 1APUE 4Y50A 2BJUA 4CMSA 3TPPA 3B80A 4ER4E 3LZSA 3VSWA 3LPKA 3OOTA 5P58A 4L7HA 2PWRA 4LP9A 5P3RA 4YD7A 9HVPA 4QJ2A 3VF5A 1APWE 3SKGA 2P3CA 3SACA 5IE1A 3PBDA 5P3CA 5P13A 1TW7A 5P30A 5P8CA 2O4SA 2F3KA 4NPTA 3O9FA 1QBSA 5P73A 3Q4BA 5P3GA 4CPSA 5P46A 2I4WA 5P3QA 4ER2E 2QI4A 5P5KA 5P2JA 5P7UA 3WB5A 3LIZA 4Y4JA 3KMYA 4ZEAA 5KQXA 1MERA 1PPKE 5P68A 4Y6MA 1HPXA 5P61A 2G1RA 5P62A 4HEGA 2QP8A 4GZFA 4Y3JA 5KR0A 5P6QA 5P7TA 4Y4AA 4RRSA 3EL4A 5P09A 2ZHSA 3T6IA 4I11A 1WKRA 4X2LA 1B6JA 2Z4OA 5CONA 1T7JA 5OZ9A 2ASIA 4Q1XA 5P2HA 1B5FB 5OYQA 5P01A 4U8WA 4DQHA 1PROA 5P0JA 3UDJA 3DM6A 3SKFA 2RKFA 4GYEA 2QI7A 4Y3EA 4B72A 1HPVA 4A6BA 2PQZA 5OZPA 5P2OA 3SA6A 2B60A 5TOLA 1GNOA 2QU3A 2AOCA 1K2CA 2AOFA 2BPWA 2QMGA 3VYFA 3EKWA 3F9QA 1QBRA 3PB5A 4AUCA 2FLEA 2ZJMA 1BVGA 5C9FA 5P5LA 3LITA 4DJUA 1BV7A 3VF7A 5HE7A 1GKTA 5P48A 4Z4XA 3T3CA 2I4UA 4ZSQA 3DK1A 3RSXA 1A94A 2WKZA 2PH6A 3DOXA 3KF0A 1EBZA 2PMAA 3RU1A 3EKVA 5KOSA 1PSNA 4Y45A 5P79A 1ODXA 5P16A 4J0PA 5OZIA 4Y5NA 4RVXA 4OBZA 5P7OA 5P19A 1EC3A 4Y5AA 2J9KA 5IS4A 1LYWA 4RVIA 3PLLA 4LXMA 1TCXA 3OHHA 5P5ZA 5DPZA 5P63A 5PEPA 4KE0A 4DVFA 2IDWA 3URJA 3O99A 1W5WA 3LPJA 3IA9A 3QVIA 3BC4A 3G6ZA 5P31A 1SDUA 1HTFA 1FQ8A 2J9JA 5P1LA 2ER9E 5P3FA 1A8GA 4YCTA 2AOIA 2QHYA 4FAEA 5P33A 5P29A 5OZQA 3URLA 1N49A 3OADA 4F73A 5P1HA 3INHA 3BGCA 5COOA 4OBHA 4Y3XA 5P1SA 5P7LA 3CYXA 3TTPA 2VA6A 5P4UA 4B1DA 5HD0A 1FGCC 5P8BA 5P05A 3NUOA 2HIZA 1KJHA 5P2RA 1IDBA 5P4CA 3WZ6A 1IVPA 3OXWA 4FM6A 4HZTA 4B1CA 5P52A 3QS1A 5P6RA 5I3WA 3SA4A 3S53A 2G24A 1GVTA 1B6MA 5P2QA 3HAWA 1ME6A 3LHGA 5P7GA 5JFPA 5P85A 2OHTA 2FNTA 1CMSA 3PI0A 2WL0A 1C6ZA 1BWBA 5OZBA 3HD8A 2NNKA 2WEBA 3EM4A 5AHAA 4J1FA 5HDZA 1IDAA 1XE6A 3URIA 3ZL7A 4FSLA 3EL0A 5EZZA 5P6LA 3NWXA 4FGXA 4B77A 1HSHA 5P4JA 1BILA 2OHMA 3DJKA 5P8EA 1K6CA 5OYSA 2ZJNA 5P8UA 2QHZA 4L7GA 2ZJKA 4Y5GA 5P1AA 4FLGA 3HW1A 3NLSA 4EXHA 3OY4A 2VA7A 2V16C 2B42A 3I7EA 1HSIA 4NPUA 2AVOA 2XFKA 2MIPA 1FFIC 4BELA 5OZ5A 4DJWA 5P47A 5P5UA 1D4SA 1LYBA 5P8OA 3SO9A 4CPQA 3IGBA 5E5JA 2WECA 4Y5CA 3VSXA 4Y4EA 2IRZA 4Y51A 3ER5E 5OZTA 2AOJA 1BXOA 5P7VA 1HPSA 3M9FA 1DPJA 4GJ7A 4KE1A 1XN3A 4DJRA 5P1TA 3S7LA 3OQDA 3OQKA 1UH7A 5P7DA 5IVQA 4D89A 5IVTA 4Y4DA 5BRYA 1FQXA 2NXLA 2V00A 5HE4A 1FEJC 1SIVA 5P3EA 2BKTA 2UXZA 3EL9A 4B70A 2FXEA 1K6TA 4KB9A 5OZWA 2OHSA 1IBQA 1MPPA 1PFZA 4Y5KA 2PWCA 4Z22A 1EBWA 2I4DA 2P83A 2QZLA 5P7IA 5P8SA 1HVSA 1C70A 1HRNA 3QRMA 2Q63A 3R2FA 5P51A 1XS7D 4LHHA 4A4QA 3Q3TA 5DR3A 1LV1A 3WZ7A 3VFBA 5OYZA 1A30A 4RROA 3L5EA 2AVMA 4QGIA 4QJ9A 3QVCA 2F81A 1FIVA 5P0GA 1FG8C 4Y3YA 2HC0A 3CIBA 4H3JA 4MC6A 5OZZA 5P3HA 5FIVA 4OBZB 1EAGA 1FG6C 5P4YA 2ZE1A 1HIHA 1LYWB 3K5CA 1HWRA 4D88A 1D4HA 4L6BA 5P0QA 2QNNA 4M8XA 2ZHRA 4Y3NA 2I1AA 4DQEA 3U71A 5P7AA 4OC6A 1UPJA 4Y3AA 5P77A 2QCIA 4QJ7A 5P83A 3INFA 5JG1A 1KJFA 1D4IA 2J9JB 3L59A 3MSJA 4R8YA 5OZEA 4Y3RA 2Q3KA 4ZSMA 2V0ZC 3OWNA 5AH7A 5P55A 2V11C 1HTEA 1D4JA 2OHPA 3INEA 5P59A 3OADB 5P3IA 5P8GA 4DJXA 3SABA 3LZYA 1IIQA 4EQJA 1M43A 4YCKA 5P7ZA 3T7XA 3BUFA 5P0HA 4ZIPA 4HA5A 1HTGA 5P26A 1XL2A 5P8RA 4DJVA 1QBTA 2B8VA 4OBFA 4LAPA 5APRE 1TQFA 4RCFA 5P14A 4GJAA 2Q64A 3EBZA 5P69A 5P3WA 7UPJA 5P0CA 4FRKA 3UDQA 4EXGA 1MRWA 3BXRA 1QBUA 5P2NA 3T7QA 5T4SA 5P3YA 2HM1A 3EL1A 4F75A 1G6LA 1KJ4A 4Y3FA 3NDUA 3EKXA 4RCDA 3ZPTA 5P6SA 5OZGA 3D91A 1NSOA 3EKYA 5P06A 2JJJA 5P1DA 4EPJA 3Q5HA 1TSUA 1MUIA 1GVWA 5DR7A 5HCOA 3GW5A 3CKTA 1MT9A 5OYVA 3ZKSA 4FIVA 5OYYA 4DUSA 4J55A 4H3FA 4HLAA 2QD7A 1K6VA 5P4PA 4I0JA 2ZGAA 2OHQA 4GJ8A 4ACUA 1RQ9A 2B7ZA 5P1IA 4K4RA 3KT2A 5P1QA 1LYBB 3NU6A 3HAUA 3PSYA 5P5VA 3IVHA 5P8PA 4IVTA 2PK5A 2RENA 5P3KA 1ZTZA 2QMDA 1WBMA 3LIVA 5P8TA 5OZLA 3WSJA 3PHVA 3KMXA 5P5FA 3IXJA 5P84A 4LXKA 7HVPA 1JLDA 1SIPA 5OZRA 1HVRA 3PWRA 4RLDA 3UDMA 5P3OA 1GVXA 5P1WA 2XYFA 2HB2A 5P72A 5P3LA 5P0DA 1T7KA 4NJVA 4I0DA 3VYEA 4Q1YA 1T7IA 5KR8A 2XFIA 1LS5A 2P3AA 5P7JA 3ST5A 3GGAA 3B7VA 3CKRA 1B6LA 1G2KA 2R9BA 2V12C 2JYSA 5P5RA 4RGHA 3VCMA 5P5GA 5P10A 5P3XA 2Q15A 3L38A 1DIFA 2BPYA 1B6PA 2AVVA 3SPKA 4EHCA 4DQGA 3PCWA 1M4HA 2IL2A 3ZPSA 1AJVA 1FQ7A 1EBKC 4CPRA 4Y4GA 4B1EA 1FKNA 3IAWA 5P81A 4I0ZA 3EM3A 1MSMA 2XFJA 3H5BA 2NNPA 5ER2E 1T3RA 2R5PA 5F00A 3VUCA 1HVLA 4RZ1A 3FSMA 1D4LA 4Y36A 2IENA 3MSKA 5HDVA 5OZOA 5P2KA 1K1UA 4R93A 4BFDA 3RTHA 3UDNA 5P5EA 3AUPA 2O4LA 5OZDA 5P6PA 2P3DA 4OC6B 3KDBA 1YTIA 3NU4A 3UDYA 3VG1A 5OYXA 3UFNA 3EL5A 4DFGA 2QI6A 5P7MA 4Y54A 5KQYA 3VEUA 3CYWA 5P67A 4EQ0A 3RSVA 2IKOA 1HHPA 4EP2A 4Y3QA 3O9LA 4JOOA 2F80A 2AVQA 4ZSPA 3ECGA 2OHLA 2H6SA 4OBJA 4TRWA 4Y3ZA 3SM1A 2VIEA 3VV8A 4FRSA 5P2UA 3PI5A 3QN8A 5P1PA 5J25A 3OUDB 4Y3SA 3OUAA 5P2VA 2G22A 3I25A 1BXQA 1SDTA 2QD6A 4N00A 4R91A 2OHRA 3OU1A 1LZQA 3DCKA 5P00A 1RL8A 5P6GA 4J1KA 5OZNA 3GI5A 5BS4A 4EJLA 5P27A 3UQUA 4LL3A 3KN0A 5P1EA 5HU1A 3UF3A 4HDPA 5OZAA 3PLDA 5P1KA 4B78A 2ER0E 5P08A 1GNMA 2I4VA 4J54A 5C9BA 2QI1A 3TNEA 3OQAA 1AXAA 1HBVA 4L7JA 4MC9A 4HDFA 5DR8A 1EPNE 1SGUA 2QI3A 5P1FA 1OEWA 3MWSA 3OUCA 3RTMA 4H3IA 4J1IA 1ER8E 4H1EA 5KR2A 3PMUA 5JFUA 1W5XA 2NR6A 2WF1A 5P2WA 5P0UA 3DV5A 3OQFA 5P1JA 5P6HA 1K2BA 3ZKIA 4RCEA 5P0MA 3DCRA 3MXDA 3PJ6A 3IXKA 1G0VA 5P64A 5P28A 4ACXA 4Y44A 4Y9WA 1W50A 4YE3A 5OYUA 5P82A 3FX5A 4Q5MA 5P1MA 1XN2A 6APRE 4OBDA 5P4RA 2G26A 3EMYA 8HVPA 4Z50A 5P70A 3I8WA 3G70A 5ER1E 5P54A 5P8IA 3OTSA 2VIJA 2WEAA 1PSAA 2QD8A 1HXWA 5P0BA 1YX9A 5P6MA 3O9GA 1BDRA 3UQRA 1YTHA 5P1YA 3R0WA 5P7NA 5P4AA 2AVSA 5IVRA 3BUGA 1SP5A 3WB4A 1EPRE 4YBIA 5P88A 2BQVA 4NJUA 2JE4A 1Z1RA 4Y3PA 1LEEA 3FV3A 1HSGA 1EPOE 5F01A 2QMFA 1ZPKA 4ZPEA 2QK5A 4H3GA 1PPME 5P80A 5P6BA 1GVUA 1FQ4A 1HOSA 3RVIA 3UQWA 2R43A 1YM4A 3ZOVA 1APVE 2Z54A 1KJ7A 1UH8A 5P07A 1SH9A 4I0HA 3GI4A 5AH6A 2OHUA 4PPHA 3UQXA 4MC1A 4XX4A 5P8LA 2CEMA 5P49A 5P5MA 4R92A 1SDVA 3SA8A 3K5GA 1F34A 4OD9A 2ZJLA 1SGZA 4D83A 5P1OA 3QI1A 1A9MA 4QJAA 3R0YA 1Z8CA 1EPLE 4QLHA 2AZ9A 5P5CA 2I0DA 5AGZA 3VFAA 3KFRA 3QBFA 2G20A 1XL5A 5BWYA 1BBSA 1C6YA 2ER7E 3UHLA 3O9LB 4Y53A 4HVPA 1K6PA 5P74A 1HIVA 4Y3DA 2HS2A 2IQGA 3NU5A 5P38A 2FGVA 3NDXA 4DQBA 5HTZA 2EWYA 2FIVA 5SY3A 3IXOA 4ZLSA 3VV6A 3HDKA 5P1VA 2BPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3P A;  5OZX A;  1UH9 A;  5P6Y A;  5P4K A;  1SME A;  1HXB A;  4Y48 A;  5P7R A;  2AZ8 A;  1MES A;  3FNS A;  2QHC A;  3L5B A;  1W5Y A;  2AOE A;  2RKG A;  5P3D A;  1VIK A;  3DUY A;  5KAO A;  2F8G A;  5AHB A;  5OZM A;  2QMP A;  2SAM A;  4RYG A;  4J1C A;  1VIJ A;  3NWQ A;  2UY0 A;  4JEC A;  2JXR A;  4I10 A;  4APE A;  4ZSR A;  3S54 A;  1ZJ7 A;  5P3U A;  5EZX A;  2R8N A;  2AOD A;  4FM8 A;  1EPQ E;  5P8N A;  2PSG A;  4Y4X A;  5P1G A;  1MVP A;  3R1G B;  5KR1 A;  1LYA B;  1YG9 A;  4Y3T A;  4TVG A;  2PYM A;  2AZB A;  2QZW A;  2RSP A;  4Y41 A;  5UPJ A;  5P4M A;  5DQ4 A;  4OBG A;  5P53 A;  3S7M A;  2I4Q A;  5P86 A;  1EPM E;  2R5Q A;  4TRY A;  4J0Z A;  3Q70 A;  2RMP A;  4J0T A;  1FF0 C;  2QI0 A;  5P0T A;  2F3E A;  3KDC A;  3OUD A;  2VNM A;  4E43 A;  5P2Y A;  3K5D A;  3HLO A;  3BXS A;  3L3A A;  3JW2 A;  1U8G A;  3O9I A;  3LIN A;  3PM4 A;  1PSO E;  4Y35 A;  3LIQ A;  1Q9P A;  3NU3 A;  5P0S A;  5P66 A;  4AMT A;  3Q6Y A;  5DGW A;  5DQC A;  1OEX A;  4GJ6 A;  4HE9 A;  3EKT A;  3EM6 A;  5COK A;  5P7X A;  3TKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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