3LIXA

Crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor kni-10729
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 21
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lixA00
1FG8C 3PMUA 3OXXA 5P2OA 3VLAA 3NSHA 1PSNA 3HVPA 5P7JA 4J1FA 4TVHA 1HSIA 5P1VA 3EL0A 4PHVA 5P6QA 5P63A 4NPTA 5P6VA 5E5KA 5P7QA 4B1DA 2BQVA 4AA8A 4Y53A 1K1UA 2V00A 2ZDZA 4D89A 5OYWA 1LS5A 3URIA 4RVIA 5P1WA 5T4SA 4WTUA 5P19A 1U8GA 3ZKSA 3KFNA 3KFPA 4LHHA 2HC0A 1HVSA 2QI4A 3PLDA 1D4KA 5P1CA 4QJ9A 3NWQA 3UDRA 3ZPUA 4PZXA 4Y4EA 4Y3EA 3OAGB 5P88A 3EXOA 1W51A 3NR6A 4Z22A 3O9DA 5P1NA 5P72A 3SA9A 3TOGA 3SA5A 3LPIA 3VYFA 4F76A 5KAOA 3ZKMA 1GVTA 3R0YA 5DQCA 1DP5A 1D4JA 4R8YA 3URLA 4RRSA 5P4SA 2V10C 4APRE 4DH6A 2ZHSA 1UH9A 3BXRA 3B7VA 5P4EA 4H3FA 5OZDA 4LAPA 3EKYA 2AOFA 5P2TA 5P3AA 4L1AA 5P2KA 4Y3JA 3ZKQA 4B0QA 4D88A 1BILA 5SXNA 2XFIA 3ST5A 3PLLA 3VYEA 1HVKA 4HDFA 5P64A 4EXGA 3WZ7A 1W50A 3EL5A 5P0SA 5P6KA 5JG1A 3QVCA 1ODYA 1FFFC 4J1KA 4FRJA 2B60A 4OBHA 2OHKA 5P4XA 4OC6A 5P86A 1W6IA 1EEDP 4BELA 5P2RA 1RPIA 4K4PA 3SA7A 3CIBA 1AM5A 5P00A 4FIVA 1B5FA 5P7EA 4FM6A 4CPRA 3OQFA 3PBDA 1IBQA 3DJKA 3AUPA 5P71A 1HTGA 4GJ6A 5SY3A 5SZ9A 2I4VA 4ZPFA 2PWRA 3D1ZA 1FQXA 4QJ6A 3K5GA 1T7JA 5P3CA 4Y5NA 4M8YA 3UDQA 5P0KA 5P36A 5P7BA 5OZJA 1SGZA 5OZXA 5P0ZA 1QDMA 2O40A 2QI5A 4Y4WA 5E5JA 3KM4A 3FNTA 2QHCA 2I4QA 3L3AA 3TKGA 4BFDA 1EPPE 1TW7A 5P6RA 1EPRE 3OWNA 3HAWA 1AJXA 1KJHA 5DPZA 5P57A 2G1NA 5P8BA 4EXHA 3UTLA 2QU2A 1OEXA 3Q3TA 3S53A 3ZPSA 2G1YA 5DQ5A 4MC6A 5P5ZA 2V13A 4I0GA 4Y5PA 3VF3A 5OYYA 5P5BA 2AVVA 2PWCA 3AIDA 4OBZB 1QBSA 1MT8A 3G70A 2JE4A 5JFPA 3BC4A 5P6YA 3KMXA 5ISKA 5KQYA 2IL2A 4OBDA 2AVMA 5P5KA 4CMSA 4CKUA 1AIDA 5P5SA 3QVIA 5P3QA 4Y56A 5KOQA 5P8GA 1SDVA 2WJOA 3KT2A 5P5LA 2IQGA 3CMSA 3VV8A 3ER5E 3NWXA 3B80A 5P2VA 4WY1A 3VF7A 5P45A 4EP2A 5P8TA 1BDLA 1XDHA 1MRWA 2HB2A 3OOZA 3BHEA 1F7AA 3UQWA 2JJJA 3QS1A 4NPUA 5P6SA 4DQHA 1APVE 2ZHTA 4B70A 4Y3NA 3MSLA 5P6XA 2ZYEA 1NH0A 4YCKA 1QRPE 4K4QA 1ZLFA 3PMYA 5OZ5A 5P1OA 5DGUA 5P4JA 4YE3A 1B6LA 4FRKA 1AVFA 1NPAA 2RMPA 3GGVA 1IZDA 3MSJA 5OZQA 5P01A 5P7ZA 1GNMA 5P6HA 3ECGA 4GJ8A 2PH6A 3OUCA 5OZVA 3EKVA 1EC3A 2FMBA 3EM3A 4EP3A 4Y54A 2V0ZC 5P2GA 2UPJA 3KA2A 1K2BA 4JPCA 2IKOA 3PRSA 4HLAA 2QI3A 4FSLA 4EJLA 2G26A 3PB5A 3TPRA 1D4YA 4Q1XA 5P7KA 4CPQA 3QROA 2NXDA 2H6TA 2MIPA 2FXDA 2WEAA 5OYQA 4B1EA 4I10A 2AOCA 2NNKA 1M4HA 3MXDA 2JXRA 5P49A 2ZHUA 1EPLE 5I3WA 4YCTA 3SKGA 4J55A 5P6AA 4Y3TA 1C6XA 5OZNA 2G24A 5P5FA 4MC2A 2VIEA 5P56A 3NDTA 4GJ5A 7HVPA 1K6VA 3NDWA 5P6NA 1TCWA 2P3AA 3BGCA 5P7IA 5P8DA 4DQBA 1IZIA 3IXOA 2QI0A 2VJ6A 1EC2A 2XFJA 5P0HA 5P61A 5AHAA 1TQFA 4Y51A 3QP0A 4EQJA 4DJPA 3O9LB 5P48A 1CPIA 5P3BA 2QMPA 5P2HA 4Z50A 3GW5A 5P40A 1SIVA 3RTHA 3L5CA 1LYAA 2IGXA 1EPOE 1XE5A 5P1XA 5BWYA 1NPVA 2QD7A 4LL3A 5P03A 2B8VA 2QHYA 5OYZA 4IVTA 4Y3LA 2BPVA 5P38A 4Z4XA 4R93A 1J71A 1QBRA 4TVGA 5OZ1A 4DFGA 4Z2ZA 5P7HA 5OZCA 3T7PA 1AJVA 4FE6A 3VUCA 1GVUA 5P6WA 1YT9A 4Y3AA 2VNNA 3C9XA 2WF0A 4L1AB 1BDRA 2QMDA 2QI7A 3CKPA 5P0NA 5P7XA 5DGWA 4I11A 3NU9A 5P52A 2AOEA 4J0TA 5P1RA 5P3TA 3TPPA 4K4RA 3I6OA 3UF3A 3TPJA 1LF3A 1KJFA 4OC6B 1W6HA 4DVFA 2F80A 3IN4A 5OYRA 5P16A 5P0DA 1B5FB 3TKWA 2EWYA 4K8SA 4Y36A 2FDPA 5P24A 3D91A 2VIYA 4R95A 3S43B 4J1HA 5P6DA 1YG9A 4F75A 3L59A 5P47A 1MUIA 5HE5A 5P15A 5OZKA 1OEWA 3OQDA 5P4BA 3TOHA 3U6AA 4FRSA 1FMXA 1HIVA 4FAEA 5P5HA 1B6KA 5P8IA 2R43A 4HEGA 1HPSA 3PCWA 5P1AA 5JFUA 4HZTA 4YBFA 2WF4A 5IE1A 2AOIA 5P4IA 2RKFA 5DR4A 1T7IA 4Y4BA 5P75A 3K4VC 3OTYA 4I1CA 2I0DA 3DCRA 3PWRA 5P3KA 1XN3A 2F3EA 1G2KA 4EYRA 2ER7E 2O4NA 3D3TA 2I1AA 1E82E 4H3GA 3OUDA 4Y5KA 1D4IA 5P0QA 1HPOA 2ZHRA 5P8SA 3WSJA 4OBJA 3HBOA 3RU1A 1KJGA 1HOSA 3EMYA 3TTPA 2ZGAA 5P51A 1HSGA 3HDKA 5P83A 2BJUA 5OYTA 1YTJA 2VJ9A 3BRAA 2A1EA 4IVSA 3IA9A 2WHHA 4ZLSA 3VEUA 3EKWA 3S56A 3SAAA 2I0AA 2HPFA 4ZPEA 3CIDA 5COOA 5P2XA 3S7MA 5P4HA 2QI1A 1FMUA 1IZEA 5P8JA 4DI2A 3MWSA 5OZ2A 3O9HA 4DQEA 1RNEA 3ZKIA 5P76A 4DPIA 2CEJA 4ACXA 5P5YA 5P0OA 5P59A 1K6CA 2G94A 3R1GB 5P23A 1BXQA 3FKTA 5IVQA 5P7UA 5P1QA 5P4CA 5P2JA 3NXNA 3L38A 4YCYA 5DR7A 1IZHA 3PSYA 5C9BA 5P4TA 3SKFA 1ODWA 5P8OA 2WF2A 3PSUA 4Y3FA 2PSGA 5P46A 4AA9A 3BGBA 5OZWA 3SPKA 5I3XA 5P34A 4L7GA 3O9IA 1ZAPA 4Y3YA 1IDBA 3OK9A 4ZSMA 3UHLA 1HTRB 2PSUA 5P0EA 3FNSA 2XFKA 3O9BA 5P5PA 3OOTA 5P4WA 5ENKA 1SDTA 4DJYA 4DJOA 1T7KA 3VSXA 1E5OE 5P3NA 5OZTA 3BVBA 2P3CA 3ZL7A 3OGQA 3OQAA 5P1SA 4CPXA 5HTZA 2G1RA 5P7RA 5IVSA 5P6MA 1ENTE 2IS0A 4ZE6A 5KQXA 1RQ9A 2Q55A 3GI0A 5P68A 1K2CA 3SA4A 5HE4A 1TCXA 2FNSA 4RYCA 1WBMA 2Q3KA 3HD8A 2FIVA 3N3IA 3NU3A 3EKXA 2R38A 5BS4A 5P0VA 3O9AA 3PSGA 5P0PA 2ASIA 3VFBA 4D8CA 5P4LA 5P7VA 4FSEA 5P5GA 3LIYA 5C9DA 5P29A 4GJ9A 3FIVA 5P20A 1EBWA 5OZ4A 4Y4JA 5KQZA 2AZCA 1LEEA 4Q1WA 4NJVA 4FL8A 4KUPA 3LPKA 3K5DA 5OYSA 3H5BA 5P0FA 5P8PA 2BPWA 5APRE 1LYAB 1CZIE 5J25A 1LF4A 1SMEA 3LZUA 5P4DA 3VFAA 2QK5A 3TLHA 4DJRA 5P85A 2BPYA 4YDGA 5P0GA 5P1MA 3QAAA 5P0BA 4NJTA 5HDXA 2QMFA 5P70A 5P8QA 5DQ4A 4D85A 5P30A 1E81E 3OXVA 2QD8A 5P4OA 2VIZA 4I0DA 5IVRA 1ODXA 5AHBA 2AVOA 5P0WA 5P3IA 2VJ7A 5P25A 2WF3A 3OUBA 5P33A 2AZBA 5P2WA 3T11A 4YOBA 4RRNA 4H1EA 3WZ6A 5OZ7A 1LV1A 4KB9A 1HRNA 4TRWA 5P41A 1N49A 3I7EA 4A6BA 3OU3A 3VF5A 3SFCA 5P1ZA 2P3BB 1HPXA 4YHQA 3U7SA 5P7OA 4Y3XA 2G1SA 3O9EA 3PJ6A 1W5XA 3NU4A 5P8KA 3FV3A 4CPWA 4Y3SA 2AQUA 1K6PA 3KDBA 5OZ6A 3OU4A 1LF2A 1B6PA 1FQ5A 5COPA 2FLEA 5P6JA 2H6SA 4XKXA 5P3RA 1EPQE 5P8AA 1BIMA 5JODA 2QZKA 3S45A 5OZMA 5P8RA 4I8WA 2P4JA 1HIIA 4Y38A 4NJSA 2ER9E 3IVHA 3I8WA 5OZ9A 1HIHA 3KT5A 4Y41A 5OZ0A 4DJQA 5P3OA 2AVSA 4I0FA 1YTGA 3CKTA 4I0JA 4N00A 4Y3MA 3Q5HA 5P62A 3VCMA 4LXKA 5P43A 5P8UA 3UQUA 4J0VA 4CPTA 3CYXA 4S1GA 4A4QA 1BAIA 4EQ0A 3DUYA 4Y3HA 1BVEA 2APRA 4FGXA 2IGYA 4RCDA 4Y4UA 3U71A 3WZ8A 4TRZA 2QZXA 6APRE 5P5RA 2AOJA 3OQ7A 3D1YA 1C70A 3OADB 5P1IA 4GJDA 5AH7A 2HIZA 1KJ4A 3RTNA 3OUDB 4Y4TA 2RKGA 4DJVA 5P5QA 5P2EA 1PROA 2B42A 4MC1A 5P31A 4CP7A 4KE1A 3KFSA 5P5VA 5P3LA 3KDCA 1D4LA 2BKTA 3HLOA 5KQFA 5P73A 4EHCA 5P87A 4J17A 5C9FA 5OZBA 3DOXA 1G35A 5P6PA 3BUHA 3KYRA 3OU1A 2O4LA 1XL5A 3L5FA 5P67A 2VA7A 2SAMA 3LITA 4U8WA 5KR8A 4DPFA 5P3YA 3SM2A 5P2IA 2AIDA 4RLDA 1FGCC 5P3SA 4Y3RA 1LYBA 2Q54A 1ZJ7A 4Y5LA 3CKRA 2R3TA 4B00A 3N4LA 4D83A 4RZ1A 5P06A 3HW1A 3Q6YA 1GVVA 1FLHA 5P4ZA 1Z1RA 2WEDA 3S2OA 3EL4A 4HVPA 3IXJA 4Y43A 5P82A 3D20A 2QZWA 5P5NA 3UFNA 3RSVA 3EKPA 3NUJA 5B18A 4B05A 1SIPA 5BRYA 5P78A 2AVQA 3K1WA 2AODA 3QBFA 1LYWA 2QP8A 2V16C 3OAGA 4Q1YA 1W5VA 1FQ6A 3K4VA 3ER3E 1AAQA 4GIDA 3G72A 3PGIA 3GGAA 4Y35A 3VV6A 3UDHA 3RVIA 2B8LA 5P17A 1EAGA 2G27A 5P28A 1QBTA 2ZJHA 3O9CA 1A8GA 3EL1A 5HU0A 4Y39A 5I70A 5P7YA 5DR8A 1WBKA 5P5AA 4MC9A 3L5EA 5OZHA 4FS4A 5P14A 5OZ8A 3QIHA 2PYMA 3NLSA 3ZOVA 4PYVA 3QRVA 4Y4GA 1EBYA 4DJWA 1W5WA 2J9KA 4GZFA 2Q15A 4JECA 4ER2E 5P6ZA 2R3WA 2B7ZA 1EC1A 4YA8A 1A30A 2G1OA 1MSMA 4Y5BA 5P8FA 3M9FA 3FSMA 3DM6A 2A4FA 4OBFA 5AH8A 5P4VA 3INHA 5OZUA 6FIVA 2ZJLA 1FIVA 5P79A 5P0XA 4PZWA 5P7FA 3LZSA 1ZTZA 3O9FA 4YBIA 5OYUA 1K6TA 1SP5A 1MT7A 4RYGA 2J9JA 5P6BA 4KE0A 2QNPA 5P1BA 1HVLA 5P58A 4DQGA 2HPEA 4E43A 5UPJA 5P37A 1K1TA 2F8GA 1APTE 1SDUA 5TOLA 1GVWA 3INDA 5OZRA 7UPJA 1MIQA 5P3JA 4F74A 5P5EA 1KJ7A 3R0WA 5P1DA 4EJDA 4J0YA 5P04A 3LINA 3MXEA 1XE6A 1UH7A 3LPJA 2NPHA 4DJXA 4I0IA 4DQCA 1E80E 2Q63A 3EL9A 5P2QA 4NJUA 3QRMA 4Y3PA 1HTEA 3GI6A 4H3IA 5IVTA 2QU3A 5HDZA 5P2SA 5P54A 1B11A 5HDUA 3T6IA 1BBSA 4YD5A 4AZYA 4R5NA 3QPJA 8HVPA 1DMPA 4XX4A 3UCBA 4YOAA 1OHRA 2Q5KA 4ER1E 5P5XA 3OU4B 5P10A 5P3GA 1C6ZA 3EBZA 2AZ9A 1FB7A 5P7NA 3TL9A 3UDPA 1APUE 5P2MA 3VLBA 5F00A 1TSQA 1FFIC 4U7QA 5FIVA 5P0CA 1BWAA 1FF0C 5P5IA 4HDPA 1IVQA 4UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FG8 C;  3PMU A;  3OXX A;  5P2O A;  3VLA A;  3NSH A;  1PSN A;  3HVP A;  5P7J A;  4J1F A;  4TVH A;  1HSI A;  5P1V A;  3EL0 A;  4PHV A;  5P6Q A;  5P63 A;  4NPT A;  5P6V A;  5E5K A;  5P7Q A;  4B1D A;  2BQV A;  4AA8 A;  4Y53 A;  1K1U A;  2V00 A;  2ZDZ A;  4D89 A;  5OYW A;  1LS5 A;  3URI A;  4RVI A;  5P1W A;  5T4S A;  4WTU A;  5P19 A;  1U8G A;  3ZKS A;  3KFN A;  3KFP A;  4LHH A;  2HC0 A;  1HVS A;  2QI4 A;  3PLD A;  1D4K A;  5P1C A;  4QJ9 A;  3NWQ A;  3UDR A;  3ZPU A;  4PZX A;  4Y4E A;  4Y3E A;  3OAG B;  5P88 A;  3EXO A;  1W51 A;  3NR6 A;  4Z22 A;  3O9D A;  5P1N A;  5P72 A;  3SA9 A;  3TOG A;  3SA5 A;  3LPI A;  3VYF A;  4F76 A;  5KAO A;  3ZKM A;  1GVT A;  3R0Y A;  5DQC A;  1DP5 A;  1D4J A;  4R8Y A;  3URL A;  4RRS A;  5P4S A;  2V10 C;  4APR E;  4DH6 A;  2ZHS A;  1UH9 A;  3BXR A;  3B7V A;  5P4E A;  4H3F A;  5OZD A;  4LAP A;  3EKY A;  2AOF A;  5P2T A;  5P3A A;  4L1A A;  5P2K A;  4Y3J A;  3ZKQ A;  4B0Q A;  4D88 A;  1BIL A;  5SXN A;  2XFI A;  3ST5 A;  3PLL A;  3VYE A;  1HVK A;  4HDF A;  5P64 A;  4EXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PSV A;  1MTB A;  3A2O A;  4K9H A;  1ME6 A;  2WL0 A;  4ZSP A;  3CYW A;  5P32 A;  3GGX A;  5P3H A;  4AUC A;  2NMZ A;  1A94 A;  1YTI A;  3L5D A;  5P4K A;  5P4F A;  4Y44 A;  4ZSQ A;  3K5F A;  3PI5 A;  2UXZ A;  2WEZ A;  3OUA A;  3SQF A;  2HAH A;  4QJ8 A;  4DQF A;  1B6J A;  3G6Z A;  5P5O A;  1SH9 A;  5P08 A;  5IS4 A;  4Y4D A;  5OZA A;  1A9M A;  4Y37 A;  5P6L A;  4Y6M A;  4HA5 A;  4OBG A;  3NDX A;  3UDJ A;  5P4N A;  2OAH A;  3O9G A;  1PPL E;  3DV1 A;  3I2L A;  4Y5G A;  3PHV A;  4Y50 A;  3NU5 A;  5I3V A;  5OZO A;  5P77 A;  4I0E A;  5KR1 A;  5P81 A;  2ZJI A;  1MER A;  3GI4 A;  5OZ3 A;  5P3P A;  5P5D A;  1PSA A;  1XL2 A;  3EKT A;  2BBB A;  1DAZ C;  2WKZ A;  5P7G A;  5ENM A;  3JVW A;  5DQ2 A;  5P0Y A;  3JW2 A;  1C6Y A;  1RL8 A;  1W5Y A;  2G69 A;  3F9Q A;  3IVI A;  1HBV A;  2R5Q A;  3NXE A;  1BV9 A;  1EPM E;  1ZBG A;  5P0U A;  2REN A;  1Q9P A;  2CEN A;  5P7A A;  1A8K A;  3BUG A;  1FQ4 A;  5P3E A;  2WEC A;  2PH8 A;  4FRI A;  4J1C A;  4Y5A A;  2PMA A;  1T6E X;  3ZLQ A;  2VIJ A;  1NSO A;  4Y3D A;  5AHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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