3LIYA

Crystal structure of htlv protease complexed with statine-containing peptide inhibitor
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 20
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3liyA00
4Y3TA 5P41A 5ER2E 1W5VA 1UH7A 2Z4OA 4YDFA 3PVKA 5OYZA 5P7HA 1AVFA 5P2FA 3AUPA 2G27A 2V13A 5P4PA 3MSJA 1MSNA 5P8VA 5P39A 4FRSA 3TPLA 2H6TA 2G1OA 5P4OA 1LS5A 1G2KA 1KJGA 4YOBA 5P73A 2B7ZA 5COOA 3H0BA 1B6JA 5DQ5A 4H1EA 1SMRA 5P12A 4X7IA 1HPOA 1SGUA 3OUDA 4Y3GA 1Q9PA 2ZJKA 2B60A 4H3JA 4QJ8A 1FF0C 1MRXA 2BPVA 4FCOA 5P5UA 3DV1A 2G22A 3K4VA 1GNMA 4Z50A 4Y5MA 4U7QA 4Y4ZA 5HE7A 5C9DA 3DK1A 5DQ2A 5P7GA 3FNTA 2R8NA 3K1WA 1BILA 1C70A 2OHLA 1D4YA 3S8IA 3KN0A 5P7BA 4HEGA 5KOQA 2IKUA 2J9JB 4B0QA 4WY6A 1T6GA 1IZHA 2HB3A 3VF7A 1B5FB 4EP3A 3PWRA 4DJOA 1ER8E 3SAAA 3EL5A 4R8YA 5P72A 2G94A 3R1GB 1B5FA 5P2OA 4B77A 5P80A 5SZ9A 5P3PA 5P28A 5C9BA 1FIVA 3HD8A 3CKTA 1FQ7A 3PCZA 3T7PA 3WZ6A 5P0TA 2G26A 1G35A 4GJ8A 4Y4AA 1B6LA 5P7RA 3O9DA 5IVSA 1APUE 5J25A 3INHA 4RRNA 5P7ZA 2HM1A 3PMUA 2VIZA 3ER3E 4FAEA 1M43A 4Y3LA 5P29A 3UQXA 2IL2A 3OQ7A 2IGXA 2QNQA 5P3VA 3O9IA 2VNNA 5OZBA 5P81A 2P8HA 4MC1A 5P3QA 1FEJC 5P8TA 1YTJA 2F3EA 5P61A 5OZUA 5P33A 1KZKA 4NJSA 3EM3A 5OYVA 4I11A 2Q11A 3NUJA 5OZYA 2QNPA 5HDZA 5P3LA 3UHLA 5P0LA 5OZDA 5OZ3A 5P3RA 2OHRA 2Q54A 5ER1E 5P0GA 1LV1A 2ER9E 1EPME 1AM5A 5P32A 5P6LA 1YTIA 5P1KA 1W5WA 5P76A 4L7JA 5P1DA 2QD8A 4NJVA 3IVIA 1QRPE 5P4SA 5P1FA 4EYRA 1XN3A 3PBZA 4FSLA 3UDJA 5P1JA 4OBZB 1PPKE 3LZYA 2HB2A 2OHUA 1K6VA 5P6HA 3R0YA 4FL8A 5P22A 4OBZA 3I7EA 3OK9A 3BGCA 4YD6A 1W51A 2IEOA 5KAOA 2PYMA 4HDPA 4DQEA 4Y56A 4CPTA 4Y4JA 5P7VA 3O9FA 4CPXA 5P4XA 2AOGA 2BB9A 4Y3FA 4CPSA 5P2GA 4CMSA 4Y5KA 5P2CA 4EWOA 5P0ZA 5P10A 5P5FA 5P8UA 4Y5PA 3S54A 5FIVA 1D4SA 5P3KA 3UDPA 1PSNA 2AOHA 5P5VA 2WF1A 4I1CA 2WJOA 1C6YA 5P49A 3PGIA 5P6XA 1EBYA 2QZWA 3SA8A 3KA2A 4PYVA 5P6WA 5P5PA 5P63A 3EM4A 2H6SA 4R91A 3D1XA 3VV7A 4I8WA 3VCMA 3UTLA 5P1VA 5P3DA 5P20A 4MC2A 3QVCA 4Y37A 3VYEA 2O4LA 5DR3A 1B11A 3Q6YA 4DQGA 3IAWA 2BPXA 4MC6A 3D1YA 4LBTA 1FGCC 4JP9A 5P30A 1META 3GI5A 4ZPGA 2F3FA 5P46A 3MXEA 1BXQA 5P3IA 2B8VA 5P7CA 4GJAA 2FLEA 5I70A 6UPJA 3S56A 2J9KA 4ZPFA 1E5OE 5OZ9A 2WHHA 5P6ZA 2B7FA 3EKWA 3T6IA 3VV8A 3EXOA 4XX4A 1FQ5A 5JFPA 5OYXA 3QRSA 5AH6A 4BELA 4AA8A 5P5HA 4Y3AA 1A8KA 2BKTA 5P6IA 5AHCA 4J1HA 5P5BA 1W6HA 5P0DA 3L5BA 3DCRA 4J1IA 2ZJIA 5HD0A 4ZSRA 5P4VA 2NNKA 4Y51A 4ZPEA 5P0BA 3NXEA 2IENA 1ENTE 1FB7A 3FNSA 4XX3A 1PROA 4YBIA 3OTSA 1WBMA 3KT5A 2WF0A 4HLAA 4R95A 3VG1A 5BS4A 4IVTA 3O9AA 2HPEA 4Y3YA 4RVIA 3BUHA 5OZMA 4A4QA 3VUCA 4L1AA 4Q1YA 3URIA 3BC4A 2AVOA 2CENA 5DQ4A 3GI0A 1HVIA 2NTRA 5P0FA 3G70A 4B1EA 1D4LA 3QVIA 2BPYA 2RSPA 4RGHA 5P0MA 3Q5HA 2V10C 4AUCA 4PZXA 3UQPA 3NU4A 1HXBA 5P2EA 1B6KA 2I4WA 4KE1A 5P68A 2Q3KA 5DR8A 5P2JA 1SDVA 5P4TA 3HVPA 4GIDA 4K9HA 1K1UA 2R43A 2QZXA 1ZPKA 1HEFE 4ZLSA 3L5CA 5IS4A 5JODA 3PBDA 5P02A 2AZBA 3EKTA 5OYSA 5P88A 1XN2A 5P1NA 4OBJA 5P2QA 3LIYA 5P5WA 2O4NA 4FE6A 3FNUA 4B1CA 5DR1A 1NPWA 3B7VA 4NKKA 4H3IA 3LZVA 1UPJA 1E80E 3O9EA 5P7QA 5P5JA 4J1FA 1DP5A 1ODYA 5P11A 1HRNA 1GNOA 3LPKA 4B00A 5P56A 5P37A 3VFAA 4Y53A 3DOXA 1HSHA 4PZWA 3IN3A 2P3AA 5P7SA 4K4PA 5P8OA 1MRWA 5P86A 4YD5A 3OGPA 3RTHA 4J0VA 5P5CA 1YTGA 1IDBA 3EKVA 1MT8A 4K4QA 1RQ9A 2ANLA 5P24A 2AOIA 4RCFA 5P17A 5P4MA 1K6PA 4BEKA 5P04A 5P83A 4N00A 3L3AA 5P1BA 3LIQA 3KF0A 5P0YA 4RVJA 5OZIA 1AJVA 5P6OA 3NUOA 4Y3PA 5P4NA 1F34A 5KR0A 5P8CA 5P3SA 3GI4A 1ZBGA 5P6YA 3SABA 3SKGA 1UH9A 4I0GA 5P4HA 1OHRA 5P34A 1B6PA 4NJUA 4B1DA 4J55A 1PPLE 2OHMA 2PH8A 3S7LA 3NLSA 2A1EA 3EKXA 1CMSA 5KOSA 2O40A 4NJTA 3SA3A 3I25A 5P44A 1HIHA 1YX9A 4Y5GA 3UDYA 5P0AA 2QHZA 5P3WA 4J1KA 5P0EA 5P3CA 2BPZA 3SA5A 5P2AA 2QMPA 2ZJNA 5HU1A 5T4SA 4FLGA 1K1TA 5P6AA 1SDUA 3OU1B 2BKSA 3OU1A 3NU5A 2G1SA 3KMYA 3Q70A 5P8FA 2AOEA 5HCOA 1Z1HA 4PHVA 1BAIA 5P1CA 3QS1A 4NPTA 4I0HA 2VJ9A 5P7XA 5P6EA 3S7MA 3ZKMA 5ENMA 2ZHTA 1FQXA 2XFJA 3PSUA 5P84A 4F76A 4Y4BA 1RV7A 5P4EA 1QS8A 3PMYA 2RKFA 3IGBA 5P89A 3IXKA 3G72A 3PRSA 3ZMGA 3ER5E 3MXDA 1APWE 5HTZA 4DH6A 3OUDB 5P4WA 3C9XA 3ZPUA 4I0ZA 1GVTA 2NMZA 4Y36A 4H3GA 1XDHA 1FQ4A 4ZSPA 8HVPA 4CPRA 3QAAA 3I8WA 4Q1NA 2RMPA 4ZSMA 5P6NA 3UPJA 5HVPA 5P6PA 5P16A 4GJ9A 9HVPA 4YBFA 4HDFA 5P6RA 5P38A 4BFDA 4NPUA 2FGUA 1ZSFA 1SMEA 3G6ZA 2G21A 4K4RA 5P3EA 5HE5A 1GVUA 1HWRA 3EL4A 3QI1A 3S53A 3IXJA 3NWXA 3TOGA 2IQGA 4E43A 3CIDA 5APRE 4GYEA 3D20A 2FGVA 1LF4A 3OUBA 1WBKA 2AZ9A 5P19A 2QMFA 4M8XA 5P4RA 1KJHA 3KMXA 1HSIA 4LL3A 4YD4A 3JVYA 2EWYA 2G1RA 5P64A 4RZ1A 4ER1E 1LYAB 2QHYA 4HA5A 3KDDA 5P40A 3PWMA 4Y57A 1MERA 3I6OA 4FM6A 5OZZA 1F7AA 1LYAA 2R38A 2AOCA 5P25A 1D4KA 5OZNA 4I10A 3SQFA 1NH0A 1XE5A 2QI4A 5OZVA 1SIPA 4DJYA 4J54A 1EPPE 3CICA 5P6MA 2PC0A 3I2LA 4DJXA 1N49A 3GGXA 3PJ6A 3NU6A 1HSGA 5P5GA 4KE0A 5JG1A 1EPLE 3FX5A 5P6JA 5P3BA 1A94A 1HVLA 5P79A 5P4CA 3LPIA 4Y9WA 5UPJA 4JPCA 1MTBA 4HZTA 5OZ1A 4CKUA 2OAHA 5P01A 3UDRA 1HPSA 3PI5A 5P4AA 4GJBA 4FM7A 2WF2A 3OUAA 1FQ6A 4Q5MA 5P55A 4FRKA 2JJIA 1EEDP 2B8LA 3QN8A 4DUSA 4ZE6A 1EC3A 4JECA 1MVPA 5AHAA 1ZLFA 5P3HA 5P1QA 5F01A 5DR0A 4RCEA 1HVHA 1LF3A 2UY0A 5P5EA 5P23A 5P6QA 3T7XA 2NNPA 4Q1XA 2PMAA 3MSLA 2R3TA 5P6CA 5P0XA 5P0HA 3M9FA 2NMYA 5P6BA 3LIVA 4FIVA 1M0BA 3HW1A 4LAPA 3MWSA 4GJ5A 5P1MA 3EL0A 3SLZA 5P74A 1T6EX 1IZEA 1W5XA 3BHEA 1IIQA 3T3CA 2ER0E 5P1HA 5P5LA 4XXSA 3O9HA 3IVHA 2IDWA 3UCBA 1QBRA 1KJFA 1BBSA 2AVVA 1A8GA 2NXLA 2XFKA 5P3AA 1Z1RA 2QI1A 4Q1WA 5P50A 1TZSA 1DPJA 4DQFA 5SY3A 5P87A 5EZXA 2MIPA 2QMDA 4UPJA 3IA9A 2AOFA 4YHQA 5P0WA 2I4VA 1FFIC 5OZEA 5P2KA 1HIVA 5OYUA 5OZ8A 4JPEA 4J0ZA 5P57A 3GGVA 3OQKA 4CPQA 3TLHA 4U7VA 4DQBA 4Y50A 4D8CA 1GVVA 4B05A 2BBBA 5P2IA 4TRZA 5DR4A 3SKFA 3CKRA 5I3VA 2OHNA 4F73A 1ZP8A 3CYWA 5P09A 3UDQA 1IZIA 5DGWA 5KQYA 1C6ZA 5P1RA 4AA9A 3INDA 2OF0A 3OXWA 5P00A 5P43A 4PEPA 3GW5A 5IVTA 3OHFA 4J17A 3EMYA 1SBGA 3SM1A 3D1ZA 1XS7D 5P6DA 3GGAA 2NPHA 3S85A 4LC7A 3FIVA 5P7YA 3BUGA 1W50A 1DIFA 5HU0A 3VLBA 3LIXA 3U6AA 3APPA 5P3XA 3TPRA 1EBZA 3DM6A 3UF3A 1QDMA 3LIZA 1BVEA 3CYXA 5P58A 3NXNA 3BRAA 2Z54A 1K6TA 2HC0A 2Q15A 5E5KA 2WECA 1T7IA 2QU2A 3TPJA 3SACA 1QBUA 5HDUA 4RROA 2NR6A 3UDHA 5P7JA 4DPIA 5P75A 4Z2ZA 1C6XA 4Y3DA 4DJVA 1AXAA 5P13A 1EPNE 2CEMA 5PEPA 1BV7A 4YCKA 2QMGA 2Q55A 5P5IA 4TRYA 5IVRA 2ZJMA 5P5OA 1HVKA 1ZPAA 4JOOA 5P4DA 5HDXA 5P07A 3R4BA 3OU4B 4DQCA 1EC0A 2RKGA 1PFZA 3OU4A 6APRE 2I4DA 5P3JA 5P4QA 4L1AB 2V0ZC 5P5DA 3TOHA 5P06A 5P4UA 5P65A 3PCWA 1QBTA 1ODXA 3INEA 5OZHA 5P8EA 2VIYA 5P6TA 1AZ5A 2AQUA 4TVGA 3NDXA 5DGUA 5P8JA 5P2XA 4IVSA 4Y3WA 5DR7A 3RVIA 3N3IA 1XL2A 4Y35A 5P1PA 1HOSA 2WEAA 5C9FA 3VLAA 5OZQA 2IGYA 2RENA 5P08A 5P5SA 2PWRA 3S45A 1SGZA 2JYSA 5OZ0A 4OBFA 5P77A 4FAFA 4DVFA 1GVWA 3T11A 3NDWA 5P05A 5COKA 2Q5KA 4FRIA 2WEBA 2O4PA 5P2NA 5P1GA 5AH9A 1YM2A 3HVGA 2IS0A 1AAQA 2ZJHA 1Z8CA 1YG9A 1K2CA 5P4FA 4CPWA 4OBGA 5KQFA 1NPVA 5OZJA 2R5QA 4QJ9A 5P2SA 1W5YA 4Y3SA 5OYWA 2PSUA 4CP7A 4PPHA 3H5BA 4DQHA 1HBVA 5P1ZA 4F74A 4Y48A 4DJWA 4ZIPA 2VA6A 4Y3HA 5P4JA 5P6SA 1ZAPA 5P7DA 5P3GA 5OYTA 2APRA 2O4SA 1YT9A 3VF5A 1FLHA 4LXKA 5E5JA 2UXZA 4DJRA 5P03A 4Y4XA 3UQUA 4B70A 2PSVA 3QRMA 4I0FA 4Y58A 1APVE 3SPKA 1GNNA 4YOAA 3SA4A 1M4HA 2QAKA 3NDTA 3WB5A 1DW6C 5SXNA 1LYBA 2B42A 3NDUA 3UFLA 1U8GA 2XYEA 2JE4A 4Y4TA 2I0AA 5P8SA 1LEEA 1FKNA 4RVXA 5OZTA 4CPUA 3S2OA 3SFCA 3D3TA 3SA6A 3KFRA 1D4IA 4Y4WA 2QI6A 5OZCA 4HE9A 3ECGA 4DJUA 3EKYA 2R3WA 1TSQA 4Y3RA 2NXMA 2QI7A 3DV5A 4GJ7A 4Y4EA 3OADA 1K2BA 3WZ8A 3RTMA 1ME6A 4GZFA 3JW2A 5P1WA 3OAGB 5P3OA 2QP8A 5P6VA 5P4GA 3TKWA 3OAGA 4RYCA 3DCKA 5P0JA 3OXXA 1A9MA 3ZKXA 5P7IA 4DFGA 5P5YA 3LNKA 5P5XA 2G1NA 5OZAA 3JVWA 4YE3A 2A4FA 2ZHRA 2BJUA 3VYFA 3SA7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3T A;  5P41 A;  5ER2 E;  1W5V A;  1UH7 A;  2Z4O A;  4YDF A;  3PVK A;  5OYZ A;  5P7H A;  1AVF A;  5P2F A;  3AUP A;  2G27 A;  2V13 A;  5P4P A;  3MSJ A;  1MSN A;  5P8V A;  5P39 A;  4FRS A;  3TPL A;  2H6T A;  2G1O A;  5P4O A;  1LS5 A;  1G2K A;  1KJG A;  4YOB A;  5P73 A;  2B7Z A;  5COO A;  3H0B A;  1B6J A;  5DQ5 A;  4H1E A;  1SMR A;  5P12 A;  4X7I A;  1HPO A;  1SGU A;  3OUD A;  4Y3G A;  1Q9P A;  2ZJK A;  2B60 A;  4H3J A;  4QJ8 A;  1FF0 C;  1MRX A;  2BPV A;  4FCO A;  5P5U A;  3DV1 A;  2G22 A;  3K4V A;  1GNM A;  4Z50 A;  4Y5M A;  4U7Q A;  4Y4Z A;  5HE7 A;  5C9D A;  3DK1 A;  5DQ2 A;  5P7G A;  3FNT A;  2R8N A;  3K1W A;  1BIL A;  1C70 A;  2OHL A;  1D4Y A;  3S8I A;  3KN0 A;  5P7B A;  4HEG A;  5KOQ A;  2IKU A;  2J9J B;  4B0Q A;  4WY6 A;  1T6G A;  1IZH A;  2HB3 A;  3VF7 A;  1B5F B;  4EP3 A;  3PWR A;  4DJO A;  1ER8 E;  3SAA A;  3EL5 A;  4R8Y A;  5P72 A;  2G94 A;  3R1G B;  1B5F A;  5P2O A;  4B77 A;  5P80 A;  5SZ9 A;  5P3P A;  5P28 A;  5C9B A;  1FIV A;  3HD8 A;  3CKT A;  1FQ7 A;  3PCZ A;  3T7P A;  3WZ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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