The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
239
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structure length |
239
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Chain Sequence |
ERIEIPVLPLRDVVVYPHMVIPLFVGREKSIRCLEAAMDHDKKIMLVAQKEASTDEPGVNDLFTVGTVASILQMLKLPDGTVKVLVEGLQRARISALSDNGEHFSAKAEYLESPTIDEREQEVLVRTAISQFEGYIKLNKKIPPEVLTSLNSIDDPARLADTIAAHMPLKLADKQSVLEMSDVNERLEYLMAMMESEIDLLQVEKRIRNRVKKQMEKSQREYYLNEQMKAIQKELGEMD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the N-terminal fragment of Escherichia coli Lon protease
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
ATP-dependent protease La
|
| total genus |
57
|
| structure length |
239
|
| sequence length |
239
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.53: Endopeptidase La. |
| pdb deposition date | 2010-01-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02190 | LON_substr_bdg | ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Beta | Roll | Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 | LON domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ANE A; 4CI1 B; 4CI2 B; 4CI3 B; 3M65 A; 3LJC A; 1ZBO A; 4TZ4 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TV8 E; 2N9D A; 1G8X A; 2E8I A; 4I55 E; 1US7 B; 5CA0 E; 3AE7 A; 3EUH A; 3PJA J; 3CKD A; 4PK6 A; 1HNZ T; 3LWP A; 2ES0 A; 4GYR A; 3A5X A; 3BQI A; 2QVA A; 3I0O A; 3N9L A; 3PUY F; 3UU6 A; 2W00 A; 3VRA A; 3RIU C; 3D79 A; 2YK0 A; 5AQM B; 2XQ5 A; 3AE9 A; 4E7Z A; 4QXC B; 3CQX C; 3ZCI A; 1U4Q A; 1UOY A; 2CM0 A; 1AJ3 A; 3UFG A; 1KNP A; 3F31 A; 3KV6 A; 3ZMZ B; 1VOM A; 3RI5 A; 4DR2 T; 4IE6 A; 2XAH B; 3KBT A; 2AUS A; 4A5X A; 2LRL A; 1YKE B; 1YKH B; 2UUA T; 1E1H B; 4X66 T; 2BBH A; 4UEL A; 2Q9Q B; 4U31 A; 4C90 A; 4DUZ T; 3RYH E; 4JI7 T; 2WQY A; 3E0Z A; 3TKL B; 5CJ5 A; 4YFS A; 3JC6 C; 5HXE A; 4TWH A; 2IW5 B; 2V5D A; 2EHO C; 2Y8D A; 4PNI A; 4X65 T; 3FBZ A; 2CHN A; 2D2S A; 3FZL B; 2KND A; 4MFR A; 4GK5 E; 4EYY R; 1X9B A; 2ZM8 A; 4L0R A; 4V1A v; 3AXJ B; 4HFH A; 3P50 A; 4DMV A; 4DUY T; 5AQH B; 1ZL3 A; 5AQF B; 2YU2 A; 1XDO A; 2Z6E A; 2AE9 A; 3C50 A; 3ZN0 B; 3HL6 A; 4H9O C; 1UUR A; 4EV6 A; 4IE5 A; 5L4E A; 2M6B A; 3RYF E; 4PFP A; 1HG2 A; 2QYW A; 5L3G B; 2BDE A; 3UT5 E; 1Z8U A; 2CWO A; 3AE3 A; 3NBX X; 4XAX B; 3C0K A; 2JRK A; 2BBJ A; 3I9Y A; 4P1N A; 1IAP A; 5TAO A; 3FZH B; 5LMU T; 3AAA B; 1T72 A; 2AS0 A; 5HWX A; 2CE7 A; 4BJM A; 3ZV0 C; 1J2B A; 3AEA A; 4XZC A; 2V26 A; 4DR4 T; 1D0X A; 4O4J E; 4DR3 T; 5FNV E; 2Q9Q C; 2YU1 A; 3SWH A; 4UXN B; 3UUB A; 4YSX A; 4JV5 T; 3I9W A; 3RX6 A; 3OTO T; 2V5C A; 2VQE T; 5M4Y A; 3NRY A; 4JEU B; 3UU4 A; 5ABE A; 4IDN A; 2Z0T A; 1ZE2 A; 3HJW A; 2CBI A; 4K0K T; 4IT4 A; 4AIS A; 2B78 A; 2E5L T; 2X9Y A; 4MAL A; 5JH7 E; 4ZEY A; 3QOF A; 4AKG A; 4PAG A; 4OFZ A; 2X68 A; 4WW0 A; 5JDL A; 4IHJ E; 1SQW A; 4CI2 B; 4Q1T A; 4O2B E; 2V6X A; 2XAQ B; 4ZI7 E; 1KEY A; 3OYZ A; 3NZQ A; 2L3L A; 4KP3 C; 3ZPO A; 2X9W A; 3ZJ1 A; 1KNZ A; 5AQV B; 1IBL T; 2FJA A; 1OED A; 5LYJ E; 3KVA A; 4B3S T; 4UV9 B; 3B57 A; 5HXC A; 4JLE A; 3N5L A; 4CQI A; 3PTR B; 5KXJ A; 3Q5W A; 2CWY A; 4I0U A; 1WRD A; 5J2T E; 4I4T E; 5HCJ A; 2NOX A; 3LWO A; 3P4W A; 1HFA A; 3U78 A; 1B7T A; 4JBW F; 4YTP A; 3RQU A; 2WWV A; 1SGV A; 5EK4 A; 4DV4 T; 2ACX A; 4EZH A; 5CB4 E; 2LSK A; 2CCQ A; 3C4W A; 4DO0 A; 4U7Y A; 3AED A; 2XJ7 A; 4MLK A; 2E9X B; 4UIG A; 3HKD E; 3SFD A; 1UK5 A; 3PUG A; 4NIQ A; 2XZE A; 2WU2 A; 1H7C A; 2JMH A; 2Y6X A; 2YEV C; 5FP3 A; 2ZM6 T; 3TLS A; 1HS7 A; 5LBQ B; 2DP9 A; 4CXY A; 2K9A A; 5JR9 B; 2CXF A; 3LK2 B; 3BK9 A; 4AIU A; 4ISS A; 1QLB A; 3ZST A; 2FUP A; 2WDR A; 1D1A A; 3AA7 B; 5LMN T; 5F8P A; 2HH7 A; 4QXH B; 3P8C D; 4MHC A; 3UTK A; 2DHR A; 1MMN A; 3JC6 D; 2CPT A; 3VRB A; 2EHO D; 2CA5 A; 4UVB B; 3N9N A; 4YY3 T; 3QUJ A; 3E22 E; 5FVK A; 3CK6 A; 4COF A; 3O1H A; 4IE4 A; 4G2A A; 1HF8 A; 4UR9 A; 4MBQ A; 3RYI E; 4B3M T; 1BR4 A; 1VCS A; 4DND A; 3PDY A; 3U3I A; 4OYJ A; 4IE0 A; 3O4X E; 3UFE A; 4EB6 E; 4DMG A; 4A97 A; 2B1E A; 3Q9D A; 2WCA A; 1Y64 B; 4X1Y E; 1J1J A; 5JDN A; 2XQ6 A; 4ZHQ E; 3AEE A; 3AVS A; 4QXB B; 2BVL A; 3KIN B; 5L4H A; 3ZKR A; 5AFU L; 1J5E T; 4JUY A; 2L9Q A; 2E9X C; 5FY0 A; 4TNV A; 2VKD A; 1Y01 A; 5IHY A; 4HFC A; 4IIJ E; 4LF6 T; 1HR0 T; 3P7I A; 2C5J A; 3LK3 B; 2DWG A; 3N9O A; 3VU7 H; 3PUW F; 2MAW A; 1SHZ C; 3N9Q A; 2I59 A; 4YTN A; 3G06 A; 4KBM B; 2W66 A; 3MJX A; 5AQP B; 5JR9 C; 3IUW A; 3EHZ A; 2Q9Q D; 3GWH A; 3LJC A; 1QSD A; 1YD8 G; 1LRZ A; 4YLH A; 1HCI A; 2WB5 A; 2WMN A; 1N36 T; 3LBX B; 1NWM X; 2C5I T; 2XAF B; 3ZJ2 A; 1HX8 A; 2F4V T; 3C4Z A; 3RPU A; 4GKJ T; 5ETW A; 2D9D A; 4KX6 A; 2NR4 A; 1Q7H A; 5JRC A; 1JNR A; 2XQ9 A; 5AQT B; 4B6X A; 1ZHC A; 2H3R A; 2UXD T; 2AB4 A; 3RIF A; 4YSY A; 4LFB T; 4F6R C; 2BG9 B; 4DV1 T; 5AQQ B; 4GKK T; 3HKE E; 1NAF A; 3T8O A; 4JI6 T; 3SS1 A; 2V7I A; 3AEB A; 4H9S E; 3LSV A; 4QX7 B; 3FHN A; 1MMD A; 2LRK A; 3PUZ F; 2X67 A; 4DV5 T; 3LDF A; 3ZCJ A; 5HEU A; 4HWI B; 4WZX A; 4H9R C; 5L3D B; 3TLT A; 5LA6 E; 3KV9 A; 1IT8 A; 1LVK A; 3ZYM A; 4ERR A; 5L3F B; 3FXD B; 2YIN A; 2W4X A; 2E5V A; 4CXW A; 1E2A A; 2H89 A; 4B3R T; 5FVL A; 1EZ3 A; 3OPC A; 1ZOY A; 4ZXL A; 3CML A; 3RRW A; 4TWF A; 4DV2 T; 2KXP B; 3QNU A; 4AKR B; 1KNR A; 1OED E; 1IZN B; 3IF8 B; 1V9D A; 4GOU A; 1N34 T; 2JQK A; 2NW8 A; 4PJM A; 3JAD A; 2H88 A; 2LKH A; 1IT7 A; 5L3C B; 2VVN A; 3DP7 A; 3DTO A; 4U33 A; 1OED B; 3U28 A; 2XQ3 A; 2WZH A; 3FXE B; 1XNR T; 4X1K E; 3KFW X; 2RA1 A; 2ODU A; 3OJA A; 4GK0 E; 3B5M A; 2UXB T; 2CRB A; 3RYC E; 4QHO A; 4Z90 A; 4NXM T; 2E2A A; 3M4X A; 2H7V C; 4AXP A; 3NWI A; 2H7O A; 1VRB A; 3E08 A; 2X0L B; 5FYM A; 3KBU A; 2QA7 A; 2CHO A; 4HFB A; 2BS3 A; 3ZSS A; 1IQ8 A; 4YJ3 E; 1BR2 A; 4EYU A; 4UEM A; 5LGN B; 3ESL A; 3RKG A; 2NWB A; 5J0Z A; 4C91 A; 5H6R B; 3KV4 A; 4IL9 A; 4CXX A; 5FXZ A; 3SFE A; 2CLY B; 2YKS A; 5DJQ C; 4NXN T; 3EDV A; 3L3P A; 2M67 A; 2E9X D; 3JAE A; 4QKN A; 2LEH A; 2JQQ A; 5AQJ B; 2M6I A; 4IDZ A; 2HPJ A; 5AQL B; 3ZMV B; 1YQ3 A; 2WDV A; 2UXC T; 5C8Y E; 3LBX A; 3PU3 A; 2PFV A; 5HEG A; 4NUV A; 1T7S A; 1OED C; 2X9H A; 4JI0 T; 2HPL A; 5FL0 A; 3LK4 2; 1IJ5 A; 2KKU A; 5IYZ E; 3M65 A; 3LWQ A; 3R84 B; 3JCF A; 2A3D A; 5LP6 E; 3ZT5 A; 3CQG B; 3N9M A; 1MND A; 2BG9 A; 2I0M A; 2UUB T; 3ETU A; 1NEN A; 2IAK A; 3F57 A; 4YXD A; 2W63 A; 1UX5 A; 2K48 A; 1HG5 A; 5IUX A; 3WAK A; 4NPP A; 5ABH A; 4IST A; 2IC6 A; 5JDF A; 3EI0 A; 3PU8 A; 3M6V A; 2W0G A; 4CN4 A; 3ZLI A; 4KHZ F; 4EZ4 A; 5L3E B; 1JNZ A; 3T1Y T; 2QRX A; 1OWA A; 5J2U E; 5C3J A; 4LMK A; 3UUM A; 1S35 A; 1WYB A; 4QH5 A; 1LVF A; 2WP9 A; 3J7Y q; 2R6G F; 3W15 B; 2XQ4 A; 2LE8 A; 2CXL A; 5JDH A; 2LLY A; 4DV0 T; 2CBJ A; 1UGO A; 4LML A; 1YQ4 A; 5HXH A; 2W2U A; 4BA9 A; 4BAY B; 4U3C A; 4AQF A; 3AVR A; 5HWY A; 2D5U A; 4JI4 T; 4ZS2 A; 3OKQ A; 2DLR A; 1S94 A; 1HTJ F; 3ZMT B; 3RLF F; 1MIW A; 3LWV A; 4EAH A; 5HCM A; 4YSZ A; 1UUS A; 3GN5 A; 3C51 A; 4DR6 T; 5JRC B; 5LJN A; 2HN1 A; 4PJN A; 2V1D B; 4LF8 T; 1IBM T; 3BQL A; 2DI4 A; 2LHR A; 3KV5 A; 2NTX A; 5EZY E; 5J1G A; 2KZ7 B; 4KMC A; 5LGT B; 4IGU A; 2XPK A; 3VR8 A; 4OYK A; 1N33 T; 4JI8 T; 1D1B A; 2XY8 B; 2VK9 A; 1WXW A; 3O1I A; 1ZV4 X; 2UU9 T; 3ZEF B; 5A1L A; 4EED A; 5AQR B; 1UX4 A; 3K8P C; 5AQU B; 4PK4 A; 3EDU A; 3OYX A; 5KX5 E; 3F2E A; 3B13 A; 4O4L E; 4TX5 A; 2LSG A; 5L2L A; 2W61 A; 1MIV A; 3RIA A; 5ABG A; 2WS3 A; 4H63 H; 5FKY A; 3KDS E; 2OA5 A; 4EXT A; 2BVM A; 2IHR 1; 3K1S A; 4EOZ B; 4O8S A; 3M6X A; 3L8R A; 4IRE A; 4U72 A; 5LHG B; 4FJO A; 5FY7 A; 1CUN A; 3N2O A; 3UU8 A; 3O9X A; 1UCU A; 4F8H A; 3CX7 B; 2YDS A; 2MOZ A; 3IEE A; 5LXT E; 2V7J A; 5EK3 A; 2D0U A; 3T1H T; 3BQK A; 3RGL A; 2BKP A; 5FL1 A; 4CI1 B; 4DV6 T; 3GA8 A; 1XNE A; 2XQA A; 4JEH B; 5C2T A; 1XDP A; 4UF0 A; 2LSI A; 4EIW A; 4UVA B; 5JDQ A; 3RF1 A; 4M1P A; 4BJN A; 4PJJ A; 2LHN A; 4IE7 A; 3EVY A; 1WLX A; 2WM9 A; 4WBO A; 2CX1 A; 1M62 A; 3L39 A; 1R3F A; 3TLV A; 4ZI3 C; 4AQG A; 4HWH A; 4O2A E; 4EGW A; 4EEB A; 5AQO B; 5CA1 E; 3MK7 C; 4HGA A; 2IML A; 3Q5D A; 3A8Y C; 1M7K A; 2VKJ A; 4I43 B; 2VL8 A; 2IUB A; 4LF9 T; 3IBP A; 1T5Y A; 5IWA T; 3K3N A; 3H37 A; 2A72 A; 4YJ2 E; 3AE1 A; 5JRE A; 1VCT A; 1T98 A; 2J4G A; 1ZS7 A; 5JDG A; 1FJG T; 4U2Z A; 1IBK T; 5LGU B; 4PFO A; 3ANW A; 2WU5 A; 4HWF A; 3VKH A; 4KI0 F; 4ZOL E; 3MAC A; 3QC9 A; 2VUR A; 4G63 A; 2K3W A; 4IDO A; 3EAB A; 3O1J A; 2MPK A; 2MTQ A; 4YTM A; 2NW7 A; 4QX8 B; 4TUY E; 3AA0 B; 2DNX A; 2PBI A; 3RQW A; 2BG9 E; 2N1G A; 2ODV A; 1MMA A; 3DJB A; 4HFD A; 4NUU A; 3HJY A; 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