3LPUA

Hiv integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rational design of small-molecule inhibitors of the LEDGF/p75-integrase interaction and HIV replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lpuA00
4CF1A 3OYKA 1HNVA 4KHUA 3IAYA 3RMAA 2XO7A 1HQEA 4OJRA 4CF9A 4M41A 3KLGA 3K5NA 1EXQA 3CFRA 3ULDA 2D0CA 4OLBA 4Z4EA 3K5LA 2D0BA 3F73A 4J2AA 2IGIA 2QKBA 3VA0A 1KSPA 5FROA 1RTHA 3DLHA 3HPGA 2Y1JA 4AH9A 1UOCA 1WSFA 4CJPA 3RRGA 3ZSZA 3HYFA 2VWJA 1XHZA 2X6NA 1B9DA 4RW4A 1IKXA 1UWBA 1WN7A 3SPZA 3SI6A 1NJYA 3DLGA 5D3GA 1S9EA 4KI6A 4OKEA 1ASWA 1UA0A 1BQNA 1KVAA 4E89A 4DQIA 3OY9A 3NFAA 4QCLA 3T19A 4CHPA 2XY8A 1SKWA 4M42A 3ITHA 2WONA 1FKOA 2HNDA 4OPKA 1WSJA 4OKKA 3MEDA 3QLHA 1HPZA 4KRFA 2HHQA 5SZTA 1SKSA 1C1BA 1F21A 4FLXA 1NK0A 1A5VA 1SUQA 2NUBA 3QINA 4BWJA 4RG8A 4HCBA 2B5JA 3K58A 2X74A 3BGRA 1XHXA 4M3XA 1BIZA 3AVHA 3F9KA 3M8QA 4I2QA 4Y1CA 4Z4GA 2FBXA 3DOLA 4CK2A 1GOCA 1S6QA 4KTZA 4FJLA 2DY4A 3DLRA 4E7LA 4M3TA 3V6DA 3LAKA 1VRTA 4CHOA 2F8SA 4KHYA 5HRRA 4DS4A 2GBZA 4CGFA 3MEGA 4O44A 1VSIA 4FM2A 4FJ8A 5J2NA 1X9SA 3V1RA 1RDAA 1Q8IA 3VQAA 1YTAA 4HCCA 3G10A 3AVCA 1W0HA 2HB5A 2G8IA 4DLEA 2I5JA 4N56A 4CGDA 4N41A 1WLJA 1ZBLA 1TK8A 3WNFA 4CFAA 1NKCA 4HUGA 4ZTFA 1L3SA 4NYNA 4AHUA 1S1XA 3LDSA 4E7IA 4CHQA 4DS5A 1L3TA 1D9DA 3AVMA 1FK9A 4E7HA 4FJKA 1HYZA 3ZT0A 3OYGA 1T8EA 4CECA 4FXDA 4O5BA 3LP1A 3ZSQA 3OYEA 3PX6A 4FJ5A 1X1PA 1DTTA 4CJWA 1BGXT 4DG1A 1RT3A 4RW6A 4DQQA 3AVKA 4DFJA 3TAEA 1VRUA 4CGGA 4B9UA 2OPPA 4FK4A 4EZ9A 4DU4A 4DTPA 2HVIA 1LWEA 1JL1A 2ZE2A 1IH7A 2XY6A 3ZSOA 5CZ1A 4AILC 1RT5A 3LALA 3TI0A 4KHQA 1JLAA 1C0TA 3NF6A 1XI1A 4O4GA 4AHRA 4M3UA 4B9TA 4CEOA 1NJWA 1Z25A 2JLEA 3OJSA 4DTMA 3ALYA 1Q9XA 3VQEA 2AJQA 4I7FA 4CHNA 2F96A 3LAMA 4W5TA 2EX3A 3OYHA 3TAMA 2G8WA 2VWKA 2A1SA 3DRPA 1TK0A 3AA4A 3TWHA 3M8RA 1KTQA 3L3VA 2QXFA 3DRSA 3MECA 2XY7A 3OS1A 4C8MA 3CQ8A 4Z4CA 3AO5A 4CCHA 4I9QA 2O4GA 1JLQA 3NH2A 2ZD1A 4FLWA 3NGZA 3V9WA 4DFPA 1C1AA 4C8NA 3TAGA 2HHSA 4J2BA 5CZ2A 3ZSYA 1QSYA 4H4MA 5C25A 4DTSA 4Q0BA 3AO2A 3U3YA 2G8UA 1RBSA 3OYMA 1VSFA 1WNSA 2RKIA 3OVNA 4CJTA 2G8KA 1CZBA 3HSTB 1WSHA 3V4IA 2FC0A 4DU1A 1I3AA 2R7YA 2FBYA 1WSGA 1EETA 5FRNA 3A2FA 3L8BA 3RR8A 2W42A 3SUPA 2HHVA 3QEXA 2F8TA 4CK3A 3HVTA 4B8CA 2Y1IA 4DWIA 1CLQA 4CJRA 3CG7A 3HXMA 3KLHA 5EU7A 4J2EA 4CERA 1J54A 1JXEA 2B6AA 4DSJA 3HVRA 4M3WA 4RW8A 1S1TA 3RRHA 1VSJA 4TSXA 1IKWA 4E1NA 4YFUA 2ITGA 1RBUA 4IKFA 3CM5A 1KVBA 1BCMA 4AHTA 1IG9A 3SV4A 2Z1GA 3KJVA 2BE2A 3P5JA 3KK3A 1XWLA 5CY4A 4Q5VA 3DYAA 4FJ7A 4ELVA 1ZBIA 1VSDA 4C8LA 2XRIA 4DQRA 3K59A 2ETJA 4FJ9A 4FM0A 3OYNA 3TARA 4I2PA 1TAUA 4Z4FA 4LD0A 3VQQA 3WNHA 1XC9A 3PY8A 4HUEA 2OZSA 3CM6A 1D9FA 1TL1A 2BANA 2O4IA 1S1WA 4BE2A 4M45A 2KZZA 1RNHA 3LZJA 3G0ZA 2KFNA 4B8AB 2HNZA 1BCOA 4H4OA 4CF8A 5HRPA 2A1RA 2P5OA 4FJXA 4DF4A 4GW6A 1A5WA 4B9VA 4KHWA 4CJQA 4F4KA 3NAEA 1HMVA 5I42A 1NJZA 1RBTA 4FCYA 3L2VA 4DQSA 1C0MA 4N76A 3WNEA 3TANA 2X78A 3DOKA 4ZHRA 1L3UA 3HPOA 3CFOA 3SNNA 4CIGA 3TR8A 2YKNA 3O4NA 4PWDA 4CJLA 1Q9YA 1WSEA 1L3VA 4B3OA 1ASVA 4E3SA 4DSKA 3O3HA 4Z4IA 3RR7A 4FLTA 4HVJA 2KW4A 4CJ3A 4RW9A 5C42A 2G8FA 4FJNA 3PX4A 2DFEA 4Z4HA 5E41A 3SZ2A 1KVCA 4CESA 3I0RA 3QNOA 3KLIA 4EP5A 2Z1IA 2HVHA 3B6OA 3MXIA 3ZSRA 1QQCA 3B6PA 2YV0X 4E19A 2PZSA 1SV5A 4FJHA 1JLGA 2DFHA 4PQUA 5KGWA 1GOBA 4FVMA 3HP6A 3QO9A 4NCGA 1TV6A 5HRSA 3KLFA 4DTRA 4OGCA 3VQ4A 4BDPA 4E7KA 4OKJA 3EY1A 3NF7A 1ZBFA 4CHZA 2GV9A 4PUOA 3L2RA 3ZT3A 1ZYQA 4CJ5A 1O1WA 4CFCA 1JLFA 3IG1A 1GOAA 4ID1A 2PYLA 4FJIA 1S1UA 1BI4B 1LW2A 4DFKA 3SUNA 2VG5A 1U49A 3BDPA 2VG6A 3NF9A 3S3NA 1RCHA 3AVLA 4M3YA 1RT2A 1TL3A 4KTWA 4IG3A 1DLOA 4DSEA 3QEVA 1RT1A 1LW0A 3KIOA 3MAQA 5JS2A 3S9HA 3C95A 4IBNA 3VQPA 4AHVA 3V9SA 1SL0A 3PV8A 3L2UA 3TAPA 1MU2A 1T05A 3RMBA 3HT3A 1FKPA 1JLEA 1RT6A 4KHNA 3ZT4A 4DTNA 2IOCA 4F8RA 2X6SA 1SKRA 2OA8A 4FZXC 2LSNA 4F3TA 1LAVA 1N6QA 2HNYA 4H8KA 4QOZB 1VK0A 4DTOA 1QS4A 3QETA 4FLYA 3DM2A 3TAFA 5KRSA 3OYAA 4JRPA 4C8OA 1ITGA 1JKHA 3AVFA 4N47A 4EP4A 4BDYA 3MXJA 4ICLA 4HUFA 3HK2A 3D45A 4HHTA 3AO1A 3HL8A 2PYJA 3E01A 3VQBA 1HNIA 4QAGA 2KFZA 4KFBA 1C6VA 3LP2A 5DMRA 5J1EA 3OS0A 4AHSA 4ELUA 4KI4A 3JSMA 1RTIA 1QHTA 1QSSA 2RF2A 3U3GA 2XY5A 1U04A 4FLUA 4B9SA 3OYDA 1EX4A 3KD1E 1KLMA 4GMJB 3RTVA 1ZBHA 1VSLA 4LH4A 3DI6A 2OPRA 2YNGA 1S5JA 2IC3A 2YKMA 2ZQBA 3MEEA 4CGJA 5J2PA 3SQ2A 1ZBUA 3NGYA 3NH1A 4NCAA 1J53A 2D0AA 4FZYA 3TABA 3AA3A 4IDKA 4MFBA 2Z1HA 5HLFA 2KQ2A 1C0UA 4J2DA 3NHGA 1Z26A 4EZ6A 4MQ3A 4E0DA 3JYTA 1RTDA 1TAQA 4JLHA 4O0JA 5KI6A 4DLGA 3KKSA 1HYSA 2P1JA 2HHUA 3KTQA 3RWUA 3LP3A 4CGHA 4DFMA 4CJUA 1U47A 3QERA 4FK0A 2HW3A 3RMCA 3AV9A 3HM9A 3EZ5A 3S3OA 4HTUA 3L2QA 1RBRA 1VSKA 4B9LA 1NK7A 3KKRA 1FXXA 4KTQA 1NKEA 4CE9A 5KTQA 3IRXA 3UIQA 5FDLA 3QNNA 1REVA 1LV5A 1KLNA 5CYQA 3QEPA 4CEEA 3PO5A 2EHGA 3QEIA 1NK6A 3HO1A 1SL1A 4DTXA 2DTUA 3FFIA 4FJMA 3V1QA 4E7JA 3T3FA 1TK5A 4KO0A 4DSLA 2Q3SA 1CXUA 3SV3A 3VQ6A 1T03A 4KB1A 2E4LA 1VSEA 3KK2A 3K5OA 3LZIA 4Z0UA 4CEFA 2ATQA 3HPHA 4NCBA 3IS9A 4BE0A 4R5PA 1CXQA 3L3UA 1B9FA 5C24A 4CFDA 4DTJA 4NYFA 3V9UA 4DMNA 4CEDA 3OJUA 3KLEA 2IAJA 3ZSXA 4PY5A 4LH5A 1CZ9A 1VSHA 1S1VA 3AVBA 4YNQA 4XIUA 1TGOA 1UA1A 1X9WA 1S9GA 3C6UA 3VQ8A 2P51A 2YNIA 3LPTA 5CYMA 3QESA 4E1MA 4DF8A 2HHXA 4JRQA 2VG7A 4I9LA 4O55A 1QSLA 3DLEA 4FW1A 1J9AA 3VQDA 3DMJA 1J5OA 3ASMA 4DSIA 4LSNA 4OLAA 2IDOA 1NK8A 3M8SA 4CEQA 1T7PA 2RPIA 5HRNA 3K57A 1BHLA 3V1OA 2JGUA 4FK2A 3QEWA 3DRRA 2KTQA 1IKYA 2HHTA 1WAFA 1EKEA 4GVMA 3AA2A 5SWMA 3ZCMA 4W5OA 1S6PA 4OPJA 1G15A 4L8RB 1IKVA 4IG0A 4CFBA 3PUFA 3NBPA 2B4JA 1X9MA 5HP1A 5KRTA 1KCFA 3OYCA 2GUIA 2E6LA 2G8HA 3DLKA 4FYDA 1U48A 4M3ZA 4N5SA 1TKDA 1SL2A 1BL3A 4Y1DA 3VQCA 1TKXA 3EYZA 3AVGA 3AVJA 1LWCA 4BDZA 1HYVA 4CJ4A 5HROA 2KZMA 3TAQA 3LP0A 3QIPA 2BGGA 3VA3A 4WE1A 3KK1A 3WNGA 4FW2A 4B9NA 4CK1A 4B9MA 4CIFA 4BACA 2QKKA 2WOMA 1KFSA 4B08A 4CIEA 2D5RA 1IO2A 1YT3A 4KB0A 4CEBA 3OYBA 5I3UA 2Z1JA 1RDCA 2HHWA 4CGIA 5J2QA 3S3MA 4KKOA 3I0SA 4W5RA 4W5NA 1RDDA 3OYJA 1TVRA 3NF8A 5KGXA 3V9ZA 3AVIA 3ZSWA 1NOYA 1C1CA 1HRHA 2YHBA 4CEZA 3AO3A 1NOZA 4K8XA 1JXBA 4OGEA 1NK9A 1BIUA 1A5XA 2FBTA 2YHAA 3NGIA 3OYLA 3C94A 2HMIA 2PY5A 1WAJA 3U6FA 1B92A 2FBVA 5J2MA 3SQ4A 3D0PA 3OS2A 1RT7A 4DU3A 1K6YA 3NDKA 4CHYA 3P83D 4F3OA 4C8KA 3CYMA 3V81A 4LSLA 3L2WA 1JLBA 1LWFA 4G1QA 4CF2A 3K2PA 4CJSA 4DSFA 1NKBA 4CJEA 5HBMA 3I8DA 3LWLA 3SQ0A 2G8VA 1BQMA 4F2RA 4CF0A 4KHSA 2QK9A 4KAZA 4CJVA 4BE1A 3DLBA 4DQPA 2OPSA 3LPUA 4KV8A 4DTUA 1JL2A 1D5AA 3VQ5A 3VQ7A 1RT4A 3CFPA 1RILA 3V9XA 1N5YA 5JS1A 4IFYA 5T7BA 1QTMA 4UQGA 3O3FA 3SCXA 2DFFA 1R0AA 1NJXA 4BWMA 4ELTA 3O3GA 5K14A 4CEAA 4FJJA 4ID5A 4FM1A 3T1AA 1BI4A 2E6MA 1TKZA 2RN2A 3M8PA 3K5MA 2OPQA 3HP9A 1WSIA 3OYFA 4JS4A 4FLVA 3SPYA 1I39A 2XHBA 3SYZA 3HJFA 1W9HA 2P5GA 4LY7A 3KD5E 4PA1A 3SQ1A 3H08A 1QE1A 2YNFA 4IFVA 3MXMA 1NK4A 1EP4A 2BDPA 2YNHA 3RMDA 1YVUA 4ZTJA 3ISNC 1U45A 4FJGA 3ZT2A 4JS5A 1DTQA 1JLCA 3NCIA 1KRPA 4F2SA 4OVLA 1KFDA 1HJRA 1TKTA 2OYQA 3AVNA 4AHCA 1RDBA 3PX0A 2OZMA 4FZZA 3THVA 3QIOA 3OYIA 4KREA 4RW7A 3SJJA 4KPYA 1Y97A 1VSMA 5FRMA 3SUOA 1BISA 4K8ZA 3AO4A 3C6TA 4FLZA 4W5QA 3NE6A 1UAXA 1ASUA 5DK5A 3AVAA 3O4QA 3LWMA 1NK5A 3VN5A 1LAWA 3ZT1A 3SUQA 1D8YA 1U4BA 4M3RA 1HQUA 1L5UA 3LANA 1RBVA 3AA5X 3VQ9A 2IS3A 3PO4A 1YTUA 3NH0A 3ZSVA 4CJFA 4O0IA 1RTJA 3P1GA 4CJKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF4K 1HNVA 1QVGM 3J80O 3DJCA 3CC4N 1HQEA 3RMAA 4M41A 3F73A 2HF3A 3HPGA 1YAGA 3H1QA 1UOCA 3RRGA 3HYFA 5GIOA 4B3RK 3SPZA 3SI6A 3N4QA 1ASWA 4E89A 4DQIA 1ZBSA 3NFAA 4IXCA 3T1HK 3KZBA 1SKWA 1VAZA 1WSJA 4OKKA 1HPZA 4YDUA 5SZTA 1C1BA 4FLXA 3ZLJA 5KQ8A 3BGRA 4DV7K 3L6QA 3F9KA 4I2QA 4Z4GA 2FBXA 4FWQA 4PKIA 1S6QA 4KTZA 1KC8O 3DLRA 4FWOA 3LAKA 1VRTA 5BPLA 4O44A 3VTIA 4DUYK 4FM2A 4FJ8A 1X9SA 3V1RA 2CH6A 5BRHA 3G10A 5TKYA 2ZGZA 5FPDA 1W0HA 5AQUA 4EHUA 3WNFA 4HUGA 1L3SA 4PKGA 1S1XA 4AHUA 3AVMA 1FK9A 4E7HA 4LF8K 3HTVA 2Q97A 2QA4N 2GX9A 5AQPA 4CECA 4O5BA 3Q7BA 1E4GT 3PX6A 3QFUA 4EIAA 2V51B 3DLBA 4JI3K 1RT3A 3TAEA 3AVKA 5BR8K 2OPPA 4WQ4C 4EZ9A 3H45C 4DTPA 2ASPA 3ZYYX 3QDKA 1JL1A 1IH7A 3LALA 4X64K 4B9TA 2JLEA 5M1FA 4DTMA 1YVNA 4I7FA 2F96A 3OYHA 2EX3A 5AFUH 2P9LA 4O8UA 3DRSA 1CZAN 2XY7A 4C8MA 5AR0A 4CCHA 3UB5A 4DQ8A 4IO9L 3NGZA 3J81O 2HHSA 3TAGA 1VQKN 3R3LA 5C25A 3U3YA 1Q81O 1YJ9N 2A40A 2G8KA 2RKIA 1MA9B 1YITN 1CZBA 4DKWA 1I3AA 2HSTA 2Q0RA 1EETA 3RR8A 2W42A 5DM7L 3IKMA 2Y1IA 3A5MC 1BUPA 4CERA 1J54A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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