3LPUA

Hiv integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rational design of small-molecule inhibitors of the LEDGF/p75-integrase interaction and HIV replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein
total genus 47
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lpuA00
1N6QA 3RR7A 4CGJA 2P5GA 2WONA 3NF9A 3OYKA 3K5OA 3WNHA 1DTTA 2G8FA 2FBXA 2ZE2A 1NK7A 3QINA 4B8AB 4B9LA 3K59A 4KI4A 2FBVA 4FW2A 3OYCA 2O4IA 1RT3A 4KV8A 1RDCA 3LDSA 2YNFA 4CFBA 4R5PA 4DTMA 3NDKA 5J2PA 3VQPA 2Z1IA 1CXUA 3ZSWA 3L2QA 2I5JA 4DF4A 3PO5A 2DY4A 3LP3A 1KFDA 4DSFA 4JRQA 1Q9XA 1J53A 1JL1A 4FJ8A 3PV8A 4K8ZA 3LPTA 3CFPA 4LH4A 1ASVA 1FKPA 2OPPA 3V4IA 4IG3A 3H08A 4C8KA 4E7KA 3KJVA 2KZMA 1JLGA 4O0IA 4JS4A 4E7JA 4DTRA 1ZYQA 4CJUA 3ZT3A 4F2SA 3L3UA 4DFMA 1XI1A 3DLEA 4DTXA 4BWMA 3LP1A 3SUOA 3ASMA 3NHGA 3QLHA 4KHNA 1UOCA 1HYVA 3L2VA 3IG1A 1TAQA 2HNDA 3O4QA 4FLVA 4FXDA 3NF6A 4W5RA 4N56A 5KRSA 4LY7A 2PZSA 3UIQA 1UWBA 3RWUA 3JYTA 3LZIA 4L8RB 3SI6A 2PYJA 1N5YA 1A5VA 1WSEA 1W0HA 1Z26A 1JLCA 3VA0A 4CF0A 1ZBIA 3M8PA 4F3OA 4BACA 4E1NA 5KRTA 2DFHA 3OYDA 3RRGA 4E89A 3LP2A 1C0UA 3DLKA 3LP0A 3BDPA 4TSXA 3L2WA 4QOZB 2KTQA 4W5TA 1FKOA 3AVAA 1J5OA 3HP9A 1NOYA 3AA5X 3HP6A 4Z4HA 1Z25A 4LH5A 4O55A 3ZT2A 1YTUA 3LAMA 3OYIA 2BGGA 3D45A 2OYQA 2G8KA 1QSSA 4E19A 2QK9A 3OJSA 1VSLA 3ZT0A 4G1QA 4CFAA 3K5LA 3AVHA 3NAEA 4BE2A 3QESA 1HYSA 1KLNA 3OYEA 3HPOA 1WSHA 1FK9A 2VG5A 1NKEA 4Z4CA 1SKRA 3QEXA 2D0BA 1VSKA 3V9UA 5J1EA 4M3YA 1RT1A 4HCCA 2EHGA 4CK3A 1BI4A 5C24A 1GOBA 3AVNA 4RW8A 3ZSOA 2G8UA 3RMCA 1BIUA 2JGUA 4FJ5A 2YHAA 4CEOA 4OPJA 1QE1A 2VWJA 2BANA 3S9HA 4HVJA 4LD0A 2P51A 2VG6A 1RTIA 3P5JA 5JS2A 3S3OA 3DOLA 3NF7A 4B9SA 4F8RA 1JLFA 4RW4A 2XY6A 2GUIA 3DRRA 1I39A 3T1AA 3C94A 2YV0X 5J2MA 3C6UA 3SZ2A 4CESA 4N76A 4J2BA 4FK2A 3AVCA 1XWLA 4E1MA 2BDPA 3VQCA 3PX6A 1JLAA 1VRUA 3V9WA 4C8LA 2ETJA 4DSKA 4CIEA 4AHUA 3LZJA 2YKMA 1YVUA 2E4LA 2E6MA 3V81A 1NK0A 1KVCA 3G0ZA 2A1SA 4B9VA 4CF8A 1RILA 4KPYA 4FK0A 3HO1A 1HRHA 2HB5A 1A5XA 4PWDA 1RTHA 3CFRA 5FROA 2OPSA 2OA8A 4M45A 1T7PA 4FVMA 4DU1A 3RR8A 1EETA 1LAVA 4FLYA 2D5RA 1RNHA 5CYMA 3I8DA 4HUGA 3V9ZA 4AILC 3QEWA 4B9MA 1WSIA 1U45A 1F21A 1UAXA 3SJJA 1S6PA 4W5QA 1VSIA 2PYLA 4Z4FA 1TK8A 3MAQA 4HUEA 3K5NA 3AVIA 3OJUA 3HK2A 2ZQBA 3VQ9A 1C6VA 3S3NA 4KI6A 4CJ5A 3NCIA 4CGDA 3K5MA 4C8MA 2B5JA 3RTVA 1VSJA 1RBUA 3AA2A 3B6OA 1SKSA 1RT4A 3O3HA 4FM0A 2Q3SA 1VSHA 3ITHA 5HLFA 2G8IA 3PO4A 4YNQA 1BISA 1ZBLA 3TARA 3IAYA 1JXBA 4J2AA 1BGXT 4Z4GA 4KREA 2FBYA 4DQIA 3AO1A 4KKOA 1EX4A 3AO3A 1EXQA 3KLFA 1JL2A 4FZZA 3IRXA 1UA1A 1KVBA 1Y97A 2IS3A 4DTSA 4FJ7A 3DLGA 4AHVA 5KGXA 4DTUA 1TGOA 4JS5A 3E01A 4E3SA 1QHTA 3TAPA 5I42A 3HPGA 3SQ0A 4FJGA 1RDDA 3P83D 4HHTA 4OKKA 2HHQA 4KRFA 3TAQA 4CECA 1BI4B 1REVA 3EZ5A 1O1WA 1U4BA 3ZCMA 4FCYA 4HCBA 4K8XA 3SQ4A 3ZT4A 5HRPA 1TKTA 3SUPA 4M42A 4ID5A 1IKXA 3QO9A 2HW3A 1S1UA 3KLGA 1WSFA 4BWJA 4B8CA 3KKSA 3NBPA 2A1RA 2YNGA 4ZHRA 3I0RA 1VSDA 4FW1A 4KHUA 4E7IA 1RT2A 2WOMA 1RBSA 3CFOA 4CGGA 1NK4A 1X9MA 3SQ1A 3VA3A 1Q9YA 1SL2A 4FZXC 4F3TA 2KFNA 3SV3A 2RF2A 4HUFA 4GVMA 1T03A 1BCOA 3PUFA 4DLEA 5EU7A 4Z4EA 4B9UA 1BCMA 1QSLA 1ASUA 3AV9A 3ZSVA 3AVLA 3WNEA 4E7LA 4Y1DA 1J9AA 1U49A 3MXIA 4O4GA 3DYAA 4KTQA 2DFEA 2EX3A 3RMDA 4DS5A 4N41A 1S1XA 3F9KA 2GV9A 2BE2A 3AVGA 2KZZA 2X6SA 3CQ8A 3OYBA 1CZBA 1KVAA 2IGIA 1TK5A 1SL1A 2G8HA 1LWCA 3HXMA 3QEVA 1KLMA 2YKNA 4GMJB 4KB1A 1TKXA 1BL3A 1RT7A 4CHZA 3NGIA 4M3WA 2F8SA 4W5OA 1ZBUA 3NH1A 1RBTA 4MFBA 3OYLA 1L3VA 1BIZA 4FJHA 5E41A 4CF2A 5HRNA 4B3OA 1RDAA 4OGEA 4FLUA 5CZ1A 4DQSA 1RT6A 3AVFA 3QIPA 1WAJA 4CK2A 4M3RA 4DSEA 3SQ2A 1EKEA 4AHSA 3DLRA 3SYZA 4CJQA 4DS4A 2G8WA 2HVIA 1YT3A 1HNIA 1RCHA 3CM5A 2OZSA 5HRSA 4DSJA 5J2QA 3SCXA 2X6NA 4IDKA 1IKWA 1S9EA 3TWHA 2P1JA 3KD1E 4H4MA 3AVJA 5CYQA 3M8RA 1NJYA 1NJWA 4UQGA 4OJRA 1SL0A 4CK1A 3HT3A 1NK5A 2XRIA 4WE1A 2VWKA 4DWIA 3I0SA 4EP5A 3AVMA 2FC0A 4FJLA 4CGHA 4CFDA 2Z1HA 4J2EA 2PY5A 3P1GA 5FDLA 4I7FA 4FLWA 1DLOA 1KTQA 4BE0A 3VQ4A 1KSPA 1VRTA 4F4KA 4CERA 4ZTJA 3HJFA 1D5AA 3A2FA 3DRPA 3SPZA 3WNGA 4NCAA 1G15A 3NGYA 3NFAA 5FRMA 1X9WA 2QKBA 3DRSA 4FJIA 3VQ6A 4CEQA 4CJEA 1B9DA 1VSMA 3EY1A 2QKKA 2P5OA 3K58A 2YNHA 4CF1A 3OS0A 3TAGA 4FYDA 2RPIA 3IS9A 2HHUA 2E6LA 3MEEA 4ELVA 4CJLA 1WSJA 3WNFA 2YHBA 3PX0A 1B92A 2VG7A 1GOAA 4N5SA 3TAFA 1C0MA 3DM2A 3BGRA 4H8KA 4CJWA 4KB0A 4CJ4A 4CJKA 3KK2A 1IKVA 3AO4A 3OVNA 3O3GA 1U48A 4F2RA 2D0AA 4KHWA 4OVLA 4KO0A 4NCGA 1S6QA 5I3UA 4B08A 4CHOA 3MXJA 1K6YA 4IFYA 1LAWA 3MEDA 3ISNC 1KCFA 3VQBA 3ZSRA 4CJPA 3M8SA 4FM2A 3AA4A 4IBNA 3SUNA 3QEPA 4LSLA 4B9NA 1CLQA 4DU3A 4JLHA 4NYFA 1L3TA 2F8TA 4ICLA 2XY7A 1VK0A 2XO7A 1NJXA 3ZSZA 1ASWA 2HNYA 3PY8A 4CGIA 4AHCA 4PY5A 4FLZA 4Z4IA 4OLBA 3DLBA 2KQ2A 1IG9A 1FXXA 3SPYA 4OKEA 1WLJA 4OPKA 1BQNA 3RRHA 4DTPA 1S1WA 3AA3A 3L3VA 3CYMA 4CE9A 3C6TA 1NJZA 2Y1JA 3TAMA 4Q5VA 3V1OA 2Z1JA 4CHNA 4KFBA 3LPUA 4CF9A 2IOCA 2B6AA 3U3YA 3TR8A 3OY9A 1T8EA 1L3UA 5FRNA 1VSFA 3NH2A 5JS1A 1JLQA 4KTZA 2IAJA 3K57A 1JLEA 3AO5A 4AHTA 2X78A 2HHSA 1ITGA 3L2UA 4I9LA 4HTUA 2O4GA 1LW0A 5SZTA 1SUQA 1XHXA 4NYNA 1J54A 3OYJA 1NK9A 3SV4A 1IKYA 3V1RA 1BHLA 3VQQA 3ULDA 4IFVA 3LALA 5DMRA 4BDZA 2LSNA 4CFCA 1XHZA 3MEGA 4CGFA 1IH7A 1JKHA 3VQAA 1RBVA 2ZD1A 1S1TA 5D3GA 4DTJA 1CZ9A 4CJ3A 3OYFA 5CZ2A 4IG0A 3KIOA 4XIUA 4FM1A 3L2RA 3THVA 3EYZA 3AVKA 5SWMA 1SKWA 4CJVA 4I2QA 3VQEA 4BE1A 4BDPA 4PQUA 3SNNA 5C25A 4CHYA 3U3GA 4DTOA 4DF8A 4O44A 4I9QA 4KHSA 2HVHA 4DSLA 1S9GA 1LWEA 1YTAA 5K14A 3L8BA 4DTNA 3QERA 5HP1A 4LSNA 4OLAA 2KFZA 4N47A 4DSIA 4CEZA 2HHWA 1HPZA 1HNVA 3C95A 3NGZA 3OYMA 3VQ5A 1S1VA 2AJQA 4OKJA 3LANA 3B6PA 2R7YA 2D0CA 2XY8A 3VQ8A 4DFKA 1C1CA 4C8NA 3KD5E 5HRRA 2FBTA 5J2NA 1WN7A 3RMAA 3KKRA 4Z0UA 4CIGA 2OPQA 4FLTA 4E7HA 4OGCA 4ZTFA 3NE6A 2NUBA 1RDBA 2OZMA 4DLGA 4DQRA 3KK1A 1KRPA 1X1PA 4AH9A 1C1AA 4DU4A 1D9FA 4RG8A 5T7BA 2HMIA 4AHRA 4ELTA 4RW9A 1TL3A 1WSGA 1T05A 1NKBA 4KTWA 5KI6A 3AO2A 1TV6A 4I2PA 4W5NA 2RKIA 1VSEA 3T19A 3G10A 3D0PA 1UA0A 4M41A 3ZSXA 4CEDA 3OYAA 4CJFA 3QETA 3JSMA 1NK8A 1QTMA 1CXQA 1RBRA 4CEAA 4EZ6A 5KGWA 2Y1IA 3QIOA 4M3XA 2IC3A 3KLEA 2QXFA 4RW6A 3S3MA 3QNOA 4FJ9A 1TKZA 3KLIA 3QNNA 4CIFA 3V6DA 4E0DA 1LW2A 3DOKA 3KLHA 4CJTA 2Z1GA 3LWLA 3O4NA 5CY4A 1QQCA 4CJSA 3ALYA 4H4OA 4PUOA 4O5BA 4JRPA 4EZ9A 3NF8A 3HM9A 1SV5A 1C1BA 3ZT1A 1XC9A 4ELUA 5HROA 2X74A 3DMJA 1D8YA 1DTQA 1A5WA 3OS2A 4KHQA 1KFSA 1WAFA 2HHXA 4KAZA 4CCHA 3VQ7A 5HBMA 3HSTB 1QS4A 4DMNA 4BDYA 1LV5A 1QSYA 4DFJA 4J2DA 2HHTA 3U6FA 2B4JA 1TVRA 1JXEA 4FJJA 1MU2A 2HNZA 3KK3A 4RW7A 1HMVA 1NOZA 3MXMA 1I3AA 2F96A 1RTDA 4Y1CA 3DI6A 3TABA 3VQDA 4FK4A 4DQPA 4DG1A 1X9SA 4M3TA 3FFIA 1R0AA 1HQEA 1TAUA 2JLEA 4CEFA 1JLBA 1Q8IA 2ATQA 4PA1A 1ZBFA 3VN5A 2W42A 1IO2A 3SUQA 2IDOA 4CHQA 4DQQA 1L3SA 1ZBHA 4YFUA 1WNSA 4FZYA 3HVTA 4B9TA 1D9DA 4NCBA 2GBZA 3NH0A 3HYFA 2YNIA 4MQ3A 1NK6A 3AVBA 3OYHA 5KTQA 4QCLA 3KTQA 1U47A 1TK0A 3TANA 1EP4A 3ZSYA 3OS1A 4EP4A 1BQMA 4CHPA 4FJKA 3RMBA 3V1QA 3TAEA 4Q0BA 1W9HA 4KHYA 2G8VA 4FJMA 1HQUA 3MECA 3HVRA 2XY5A 4C8OA 1NKCA 4FJXA 2HHVA 1GOCA 3PX4A 3T3FA 4M3UA 1B9FA 1U04A 1HJRA 3HPHA 2ITGA 5C42A 3K2PA 3V9SA 2DFFA 3CG7A 4CJRA 4FLXA 4O0JA 2OPRA 4QAGA 3O3FA 1L5UA 3CM6A 1S5JA 3M8QA 1HYZA 2RN2A 3OYGA 3QEIA 4M3ZA 1C0TA 4CEEA 3OYNA 5DK5A 1LWFA 4FJNA 3V9XA 1RT5A 4DFPA 3TI0A 1TKDA 4IKFA 3ZSQA 4CEBA 3F73A 3LWMA 4GW6A 2DTUA 3HL8A 1RTJA 3DLHA 1TL1A 2KW4A 2XHBA 3LAKA 4ID1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N6QA 2WONA 3NF9A 3K5OA 2FBXA 4B8AB 4B9LA 3K59A 2FBVA 3OYCA 1RT3A 3PIOL 1Q81O 4R5PA 2Z1IA 1CXUA 4FWSA 3U9DA 2I5JA 3ZSWA 2DY4A 3R1XA 3R6MA 4DSFA 2UUBK 4DCHA 3QDKA 3E1YA 4AM7A 4BG9A 3MN7A 1NGGA 4LH4A 5ADXA 3E9LA 4C8KA 4L3QA 3UKUB 2UUAK 2KZMA 3R8EA 4BRQA 4E7JA 4DTRA 5AJ3K 2ASPA 4F2SA 3L3UA 4DTXA 3THYB 1TAQA 4FLVA 1R59O 2I7PA 4W5RA 3G6EN 5KRSA 1K9MO 2NRHA 2E20A 3LZIA 3SI6A 1WSEA 1DEJA 3CQXA 1X9JA 4CBXA 4BACA 4E1NA 5KRTA 3RRGA 1XNRK 4BRKA 3LP2A 3LP0A 3DLKA 1VQPN 4TSXA 2KTQA 4W5TA 4KBOA 5AQTA 1NOYA 3ZT2A 3OYIA 2NLXA 2G8KA 1QSSA 4E19A 3VOVA 2QK9A 3J81O 3ZT0A 4G1QA 1BO5O 1HYSA 3OYEA 1QHAA 3QEXA 4BRAA 2G8UA 4B3RK 3RSEA 1HNXK 5C2FA 1S72N 3S9HA 2F9WA 4LD0A 3B8AX 4FOIA 3NMUA 4RW4A 2GUIA 3SK3A 3BF3A 1K8KB 4JKGB 3V9WA 2ETJA 4DSKA 4CIEA 5DM6L 1BDGA 1NK0A 3HO1A 4JHDA 1HRHA 1RTHA 3TTCA 1K73O 4FWOA 4X64K 1NU0A 4M45A 2JWKA 3VESA 4DU1A 1T7PA 1YJNN 3I8DA 4HUGA 4DHYA 1TK8A 3MAQA 1EO1A 1HNZK 3HK2A 3VQ9A 3J7YP 5CR4A 4CGDA 3B6OA 1RT4A 1QZ5A 3CC4N 3TSQA 1BISA 3EO3A 1RGIA 2V51B 4MDAA 4DV0K 2CH5A 3AO3A 1P8ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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