The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
105
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structure length |
105
|
Chain Sequence |
PIKQEISEYFKDWMELYKKNAIDEMTYKGYEQTLKYLKTYMPNVLISEITASSYQRALNKFAETHAKASTKGFHTRVRASIQCLIEEGRLQKDFTTRAVVKGLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target KR124F
rcsb |
| source organism |
Lactococcus lactis
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| molecule tags |
Recombination
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| molecule keywords |
Prophage pi2 protein 01, integrase
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| total genus |
33
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KHQ A; 1A0P A; 1F44 A; 1Z19 A; 2KJ8 A; 1Q3V A; 2KOB A; 1Z1B A; 1XO0 A; 2HOF A; 2OXO A; 2KIW A; 3NRW A; 4A8E A; 1NZB A; 2A3V A; 1MA7 A; 1OUQ A; 1P7D A; 2KJ9 A; 3C28 A; 2KHV A; 1PVP A; 2KKV A; 2KEY A; 3MGV A; 4CRX A; 1PVQ A; 1KBU A; 1CRX A; 4ACO A; 3CRX A; 3LYS A; 1DRG A; 2CRX A; 3C29 A; 2KJ5 A; 1Q3U A; 2HOI A; 2KKP A; 2KD1 A; 5CRX A; 1XNS A; 1PVR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D2Q A; 5GTI U; 5AKG A; 4M47 A; 2W9M A; 3M1Y A; 5KT6 A; 2KVS A; 5ALP A; 5AKK A; 1DXS A; 2W9B A; 4RPY A; 3ZDA A; 5E79 U; 1K1Q A; 4DL3 A; 1S9F A; 3H4B A; 1X6J A; 3NAS A; 4F2S A; 2DF4 B; 2M0N A; 2ALZ A; 5JUM A; 3H7I A; 1BPD A; 1SZH A; 3BZK A; 5ALV A; 3RR8 A; 1KQQ A; 2F8K A; 2LYH A; 9ICX A; 5AM4 A; 4F91 B; 3OJU A; 1U48 A; 4DQQ A; 2GOL A; 3IRU A; 1FEZ A; 2XVT A; 2ASJ A; 2I5H A; 2YY6 A; 1TK0 A; 4F93 B; 3EUB 2; 5DGB A; 3JPP A; 3THV A; 3H8S A; 1XO1 A; 1NK9 A; 2WFA A; 4F2R A; 1QSY A; 4YR2 A; 2PFN A; 3GII A; 1T4G A; 4Q8F A; 5BPC A; 4RUA A; 4QZF A; 1RQL A; 4YN4 A; 5DDY A; 2QKQ A; 3M9O B; 1UA1 A; 4NLB A; 1Z1V A; 2W8L A; 2IA6 A; 3PSP A; 3TKA A; 1NK5 A; 1YZ6 A; 3M9M B; 3M8R A; 3RJG A; 3G6Y A; 2VJ4 A; 5J0W A; 1U4B A; 1ZQQ A; 3FC4 A; 4Q45 A; 3KKA A; 4ED6 A; 1SXD A; 7ICJ A; 5JU5 A; 4TUQ A; 9ICG A; 5KG0 A; 4Z6C A; 3WU2 U; 4UQG A; 4AP9 A; 5HP4 A; 4M04 A; 3C5G A; 3SAH A; 1V85 A; 4NY8 A; 4LJX A; 4DL5 A; 1ZQJ A; 3JPQ A; 3KFU F; 5ALQ A; 5J0O A; 1B0X A; 4RU9 A; 1JRP A; 1Q46 A; 4F3O A; 5ALZ A; 2W8K A; 1COO A; 5KTQ A; 3TAC B; 1TFR A; 4F5P A; 5JRT A; 1ZQR A; 7ICV A; 2LM4 A; 4NL9 C; 1SL0 A; 2W9C A; 1U9L A; 2F1I A; 2ZIU B; 5KFO A; 3DEE A; 4J9L A; 2FMP A; 2F77 X; 4KLL A; 3LK9 A; 4ECR A; 5EE3 A; 3DDH A; 5ALD A; 7ICT A; 2RDJ A; 5KFQ A; 4JV2 A; 2OXO A; 2ISP A; 3GIJ A; 1NJX A; 1NK0 A; 3EW9 A; 4M9G A; 3WKE A; 2ZUB A; 4XQ8 A; 3S6J A; 4KLQ A; 4UB6 U; 3H0M B; 4J9P A; 2XY6 A; 2ATL A; 1JX4 A; 3QZ8 A; 3EYZ A; 2BZF A; 2KHQ A; 4J9M A; 2XID A; 4PL1 A; 3AMZ A; 1JI7 A; 4F4Y A; 2EAO A; 4DEZ A; 4NLK A; 4TUP A; 5G5G A; 1ED1 A; 3N7S C; 9ICI A; 2BCQ A; 3BQ2 A; 4CF5 A; 2J6U A; 2FMS A; 5ALG A; 4KLH A; 4NM1 A; 3GQC A; 5F3X B; 5HHI A; 2ZG6 A; 4BX9 C; 2MUT A; 2EAM A; 2E1E A; 3RJJ A; 4YCX A; 9ICS A; 1HUO A; 3H0L B; 4PGQ A; 4IQT A; 8ICC A; 4QZI A; 5J0P A; 1KSP A; 4DSI A; 4CNQ A; 4UB3 A; 9ICH A; 3F53 A; 3PO4 A; 1X42 A; 3K4G A; 1X6I A; 2BDU A; 3UMC A; 4YXM A; 2HBJ A; 4ELU A; 3NVY A; 4GXJ A; 4O5K A; 5EE0 A; 4M9N A; 4KN7 A; 5KFV A; 3PW5 A; 4PHP A; 5J2G A; 1KKX A; 2E3T A; 9ICK A; 5KFR A; 3HPO A; 3T79 A; 4YG2 A; 3UXN A; 1SV4 A; 3D2S A; 1QTM A; 4TQR A; 2O6K A; 4UBB A; 5KFS A; 4IR1 A; 4O3O A; 4B9V A; 9ICP A; 4ED2 A; 2B21 A; 2ZXH A; 4F92 B; 8ICT A; 3LVV A; 3KHL A; 2W9A A; 3JPT A; 3EWA A; 4U6P A; 2KTQ A; 2WF9 A; 3KTQ A; 4YFK A; 2BCU A; 1ZJN A; 4C4T A; 2WTF A; 4ELT A; 4R63 A; 1KW4 A; 2BCS A; 2XGP A; 2H3Q A; 4IRD A; 9ICU A; 3SEN A; 3SQI A; 3ZDE A; 9ICA A; 4IQU A; 1NK8 A; 7ICU A; 2FDR A; 2DKX A; 3CYM A; 4PH5 A; 1L3S A; 3PV8 A; 5TIS U; 5ALJ A; 2BPF A; 3AQF A; 4NLN A; 1AQ6 A; 3C2K A; 2VKQ A; 1Y88 A; 5DG8 A; 3TAQ A; 4PPX A; 1BPY A; 1D9D A; 1HJP A; 5KFB A; 4Z6D A; 2KOB A; 2JGA A; 2LKY A; 2XO7 A; 4KX5 A; 1SWV A; 4O3N A; 4EEY A; 5AM0 A; 3I28 A; 2NO4 A; 3QX7 A; 2IHN A; 4NLZ A; 3MR6 A; 3SV4 A; 4GC6 A; 1T8E A; 4QWB A; 7ICI A; 4RPZ A; 7ICK A; 3RAX A; 8ICS A; 2PI4 A; 3HT3 A; 4JWM A; 9ICM A; 2DUY A; 2IOF A; 2NRT A; 4EEL A; 3FAH A; 1JXE A; 3MAB A; 1DK3 A; 2V9W A; 8ICX A; 3SD7 A; 2I6X A; 3RTV A; 4ECW A; 4KMO B; 2K8C B; 3HP6 A; 4YR0 A; 3ETR A; 5KFG A; 2YMM A; 2V4Q A; 2OCE A; 4CF4 A; 2ESE A; 2D3D A; 2HSZ A; 2H5X A; 2YB4 A; 5KAI U; 1NK7 A; 1ZD3 A; 5ALW A; 1MN8 A; 2KV2 A; 4M6W A; 4MHV A; 2KZZ A; 4CDG A; 4PZN A; 1KFD A; 4PGY A; 4M6W B; 2OH2 A; 2W04 A; 4M9H A; 2FLP A; 1MQ3 A; 5KFU A; 2EH9 A; 3KD3 A; 5DB6 A; 5KT3 A; 1ZQL A; 3Q8R B; 2KK0 A; 2KIC A; 4QZH A; 2K60 A; 4C8K A; 3ISD A; 3UQ0 A; 2AGP A; 4RZR A; 3EPI A; 5L1M A; 1X40 A; 3IN5 A; 2W9B B; 3L4P A; 4B9N A; 8ICB A; 2Y0S F; 4ECU A; 1JN3 A; 2HBL A; 3BQ1 A; 1J97 A; 3SZ2 A; 2KSO B; 3F2C A; 7ICF A; 4O3M A; 5GTH U; 1ZQZ A; 1NK4 A; 1UT8 A; 3ISC A; 4XRH A; 5A0L A; 4R65 A; 1RM6 C; 7ICO A; 3ICX A; 2Y1J A; 5KFH A; 1PZN A; 1ZQC A; 1L7N A; 4FS2 A; 4DSF A; 1JUD A; 5AIC A; 2Y9T A; 2DKZ A; 5J2I A; 5KG7 A; 2XCA A; 2JMG A; 5AK5 A; 4UAU A; 1TV9 A; 1NZP A; 1RYS A; 5J29 A; 1TVA A; 3RF9 A; 2QLT A; 1XSL A; 3V6H A; 5DGA A; 4P0Q A; 2E5S A; 2EZZ A; 5KL1 B; 3RFA A; 4RQM A; 4QWD A; 4F4X A; 5CEH A; 1PVQ A; 2HCF A; 3M6Z A; 3MR2 A; 3QU7 A; 4O3S A; 2WAQ F; 3UXP A; 2DPJ A; 4EBE A; 3PX6 A; 1XWL A; 3GV7 B; 2R8G A; 4Y2U A; 1ARO P; 2HBK A; 4MEX A; 3MDA A; 1CI4 A; 3OHB A; 1MA7 A; 2CXY A; 1JIH A; 4FS1 A; 4JK1 A; 5AM5 A; 1UPH A; 1NI3 A; 1MC8 A; 1TE2 A; 1CUK A; 3T3F A; 1K5O A; 2DBY A; 4ECT A; 4B9U A; 2DQN B; 2P6U A; 4WJ3 B; 4C8L A; 5L1J A; 5DBB A; 4YMO A; 1FFU A; 4R8U B; 2XGQ A; 1D8Y A; 4O9M A; 2PFQ A; 2XY5 A; 1KBU A; 1D8L A; 3HIL A; 3LYS A; 2RLT A; 3OPX A; 3ZDD A; 2LYB A; 4J9Q A; 1FFV A; 4F5N A; 3QUB A; 2FI1 A; 4BDP A; 3RJH A; 2C28 A; 4YVZ A; 8ICF A; 1L6N A; 8ICN A; 4QWE A; 4QZD A; 5KT7 A; 5KFE A; 2W55 A; 3Q8Q B; 1JXL A; 1BGX T; 3CNH A; 3QU9 A; 4Y2S A; 1CRX A; 4ACO A; 2BR0 A; 5DQI A; 8ICG A; 3TAD C; 1ZQT A; 3IV6 A; 3C5F A; 2PFO A; 1ZD4 A; 4DFJ A; 5AM2 A; 3LWM A; 1ZOL A; 1SV0 A; 1LB2 B; 1BNO A; 4NWI A; 3IP4 B; 3QU4 A; 4A8E A; 2W03 A; 4EX7 A; 4CGZ A; 1N60 A; 5AKH A; 4UAS A; 5EWG A; 2KG5 A; 5KG1 A; 3C23 A; 9ICL A; 1WWU A; 4C8N A; 4F4Z A; 3UMB A; 5AI5 A; 4OCZ A; 4K4I A; 2ZIX B; 3RB6 A; 1BPB A; 2WB1 C; 2ZXI A; 3RAQ A; 3ZD9 A; 2EAP A; 8ICP A; 4LZG A; 2HVI A; 9ICT A; 1BPX A; 4I2C A; 4DSE A; 3GIL A; 3KKA C; 4TQS A; 4P0Q B; 3K1Z A; 3RJI A; 4DWI A; 4PHA A; 8ICY A; 2FMQ A; 4ECQ A; 2DGZ A; 4E0D A; 2R8H A; 3BS5 B; 3PMN A; 5KFF A; 4DF8 A; 3V72 A; 1A0P A; 4ZH4 A; 5J2D A; 4RQ3 A; 2KFZ A; 3GFK B; 3WK5 A; 1L7M A; 4DLE A; 5D46 A; 4ED3 A; 8ICE A; 4OO1 J; 3M6K A; 2KJ9 A; 2JZB B; 1XC9 A; 2XCP A; 5DKW A; 5HR6 A; 4UAY A; 4BUG A; 2ZJ5 A; 4RPX A; 2K89 A; 3N7P D; 4NL9 A; 2FPL A; 2F1J A; 4I2E A; 1B43 A; 4DSK A; 2Y9U A; 2BPC A; 4IC9 A; 5HMM A; 4Q44 A; 1ZET A; 3SAG A; 4FFD A; 1QQ6 A; 5J0Q A; 2R18 A; 2IOH A; 3EPG A; 1SB3 C; 5JTI A; 3C2M A; 4PL2 A; 2BKE A; 5EWF A; 4MF2 A; 4P0P B; 9ICW A; 4DOA A; 2A1A A; 3RB0 A; 2KP7 A; 2HBM A; 5L1I A; 2R8J A; 3JPS A; 3EZ5 A; 4CF3 A; 2B6G A; 4KLE A; 2P66 A; 4YXJ A; 5CP2 A; 2G06 A; 2AQ4 A; 5CRX A; 5KFI A; 1PK1 A; 4I2A A; 3T5J A; 4RQ7 A; 3TI0 A; 3HX0 A; 8ICA A; 1KRP A; 4ED1 A; 4M2Y A; 3PR4 A; 3J81 j; 5EWE A; 3D2N A; 1YT3 A; 1KN5 A; 4UAR A; 2VJ5 A; 4R64 A; 1S0V A; 1X9W A; 2KVC A; 4RUC A; 4LVS A; 4F5O A; 3QYP A; 3VCB A; 3MDC A; 3HJE A; 2HHV A; 2IHM A; 3C21 A; 8ICK A; 4QWC A; 3QUT A; 3PY8 A; 2K4P A; 2W43 A; 3RH5 A; 4UB8 U; 4FZN A; 4MF8 A; 2ZUC A; 1LV5 A; 2ZJA A; 4C0Z A; 3CP8 A; 1C20 A; 2H3I A; 5III A; 9ICB A; 2AQ0 A; 2D6F C; 3ONN A; 5AI0 A; 4CE6 A; 1L3V A; 1KLN A; 1S0N A; 5F9L A; 1L8L A; 3OHA A; 5DB9 A; 3PX0 A; 4QZ9 A; 4OD0 A; 1L8O A; 1JAL A; 4QIW C; 5ALN A; 2NO5 A; 5C5J A; 3PX4 A; 4P4P A; 2ZIV A; 5ALT A; 2F8L A; 1UT5 A; 5DDM A; 4IQW A; 2KKV A; 2LHT A; 5DB8 A; 4JMU A; 1WG8 A; 4KLO A; 1UA0 A; 3GIK A; 3C29 A; 2QAR A; 1RPL A; 2A19 A; 1COK A; 5L1L A; 4DFD A; 1QH9 A; 2HHT A; 1XS9 D; 3H8M A; 2FLL A; 3JPO A; 4I2H A; 3QE9 Y; 5L1K A; 5J2C A; 2P6R A; 3C1Y A; 3RJE A; 1SGG A; 2YX8 A; 2AGQ A; 2PKE A; 5IIM A; 5IIK A; 5F9N A; 2MAX A; 1QSL A; 2GO7 A; 2W54 A; 4YD2 A; 3PW0 A; 5KFM A; 3UPQ A; 1PVR A; 1Z00 A; 1C7Y A; 2ZJ8 A; 4C7Y A; 3DV9 A; 3NRW A; 2DWQ A; 4EYI B; 4GC7 A; 3WK8 A; 5KG5 A; 5KG2 A; 4C4R A; 4J03 A; 2K8A A; 1X66 A; 2JH1 A; 3RBD A; 1ZQF A; 3FYH A; 3QNM A; 1O03 A; 1F5S A; 1KL9 A; 1U47 A; 5KFL A; 2QAR B; 4GIB A; 2IMW P; 1B4F A; 3ZDC A; 5D4B A; 1Z00 B; 2ZIW A; 1JMS A; 5B66 U; 5KFX A; 2ZIV B; 3MGI A; 2KFN A; 1N62 A; 4EBC A; 1KEJ A; 2KJ5 A; 1N5X A; 4UB5 A; 2KD1 A; 2E8M A; 4OJP A; 3HW8 A; 4J9K A; 2B0C A; 1B22 A; 2RP5 A; 3PNC A; 1UHU A; 1URJ A; 5J0Y A; 1NK6 A; 5J2H A; 4F8R A; 9ICC A; 5D49 A; 3A0H U; 3HRD D; 4ECY A; 2KHV A; 3QXG A; 1L3U A; 1YZ7 A; 3I1Y A; 2QB0 A; 5DBA A; 5T14 A; 3TFR A; 2C2E A; 2XC9 A; 5HML A; 8ICV A; 3IDW A; 4C7Z A; 4O5E A; 1Q3V A; 4QZE A; 5C0Y A; 4PGX A; 4C8O A; 4UW9 A; 4I2G A; 1NKC A; 4GLX A; 1ZQK A; 3OSP A; 3H40 A; 2G5H B; 1RXW A; 2H3F A; 4PHE A; 1V38 A; 2EDU A; 5AI4 A; 3RJK A; 2FPM A; 3UQ2 A; 2JXJ A; 3FDS A; 3MBY A; 1X9M A; 5ALH A; 4EZ9 A; 4I2D A; 1V97 A; 4KIT B; 4IS7 A; 3PSI A; 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7ICR A; 5J0T A; 3N4M B; 2HOQ A; 4Y2R A; 5AKL A; 9ICR A; 5IIJ A; 2JZB A; 5ALI A; 4QZG A; 3C28 A; 1ZJM A; 3O0F A; 2WB1 F; 4Y2V A; 4DQI A; 5DB7 A; 4PZO A; 2Q0Z X; 2BPG A; 4KMU A; 3PML A; 4DOC A; 1L3T A; 5AM1 A; 4RNO A; 4UB2 A; 3PVX A; 4M9J A; 3HKZ C; 1PUZ A; 1LKY B; 2WF7 A; 4RNM A; 5TZV A; 5KT2 A; 2KN7 A; 4DFP A; 3L5K A; 2HI0 A; 4F5R A; 2GH1 A; 4C4S A; 3RJF A; 4Q8E A; 3NVV A; 5EE9 A; 1U45 A; 5KAF U; 2YML A; 4QJF B; 7ICM A; 4QNL A; 2YB1 A; 5L9X A; 4ZOH C; 2D8C A; 7ICH A; 2BQ3 A; 1QLN A; 2XY7 A; 2ZIU A; 5J0U A; 3SI8 A; 4KTQ A; 1NNL A; 1J2M A; 2NRW A; 2ZTD A; 2HOF A; 4TUR A; 3V6K A; 2E8O A; 4EBD A; 4J9O A; 4CRX A; 3MGV A; 2RRD A; 4JWN A; 1TAQ A; 4RQ6 A; 1QQ5 A; 2OWO A; 3GIM A; 4DS5 A; 3WKC A; 2C22 A; 5J2E A; 3BZC A; 2Z7J A; 2KIW A; 3BS7 A; 2YMP A; 2BQU A; 5AK6 A; 4NJ8 A; 2F44 A; 4BGD A; 4ECS A; 5AKE A; 2VA8 A; 5KFJ A; 4C80 A; 1Q8K A; 3H8J A; 1HUZ A; 1IV8 A; 4F4W A; 4QW9 A; 1FO4 A; 3PW2 A; 1N63 A; 2DFL A; 3JPN A; 7ICL A; 1IM4 A; 1RG6 A; 4J9S A; 3QU2 A; 1NOM A; 4ECV A; 3UMG A; 2LMR A; 3D6J A; 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