The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
PIKQEISEYFKDWMELYKKNAIDEMTYKGYEQTLKYLKTYMPNVLISEITASSYQRALNKFAETHAKASTKGFHTRVRASIQCLIEEGRLQKDFTTRAVVKGLEH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Recombination
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| source organism |
Lactococcus lactis
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| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target KR124F
rcsb |
| molecule keywords |
Prophage pi2 protein 01, integrase
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| total genus |
33
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HOF A; 2A3V A; 1OUQ A; 1CRX A; 3CRX A; 3MGV A; 2KJ9 A; 2KJ8 A; 1Q3U A; 4ACO A; 1A0P A; 4A8E A; 5CRX A; 1XNS A; 2KOB A; 2KKP A; 3C28 A; 1P7D A; 3NRW A; 3LYS A; 2CRX A; 2KEY A; 1PVQ A; 2KKV A; 3C29 A; 1MA7 A; 2HOI A; 1Q3V A; 4CRX A; 1Z19 A; 1XO0 A; 2KHQ A; 2KD1 A; 1KBU A; 2OXO A; 1DRG A; 1PVP A; 1F44 A; 2KHV A; 1Z1B A; 1PVR A; 2KIW A; 1NZB A; 2KJ5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4QJF B; 4DO9 A; 5DB7 A; 2IMW P; 1PK3 A; 1LV5 A; 4DL4 A; 4B9U A; 2WTF A; 1ZQA A; 2ZIV A; 3RR7 A; 4NLB A; 4QWC A; 1BPD A; 3M9O B; 2NV3 A; 3T5J A; 3QU9 A; 3RBE A; 1T8E A; 3C1Z A; 4X5V A; 1S76 D; 1S5L U; 1N56 A; 1LVH A; 5AM3 A; 4JV1 A; 3KHH A; 1FFU A; 2LKY A; 2PMZ F; 1ZD2 P; 1BGX T; 5AIA A; 3C23 A; 2J6T A; 1K5O A; 4R8U B; 4QZI A; 2VJ4 A; 1QQ7 A; 1Z19 A; 2BGW A; 1RDF A; 2NRT A; 2Q4T A; 3VC8 A; 3WKA A; 1ZQY A; 2ZIX B; 1ZD4 A; 5KT3 A; 4GC7 A; 5AKK A; 4QZB A; 4B6J A; 3RH6 A; 3ZD8 A; 4ED0 A; 3HX0 A; 3N4M B; 4Y2V A; 1IV8 A; 2RDJ A; 1U48 A; 4HAI A; 3Q8S B; 2W9C B; 5HML A; 4P2H A; 3KTQ A; 5KT6 A; 4JWN A; 3ZDA A; 3HT3 A; 2JEF A; 4CRX A; 2JGA A; 5DQG A; 1H38 A; 4EZ6 A; 2BKE A; 3PX4 A; 3UXN A; 5ALL A; 3V6J A; 5J0O A; 5ALY A; 2VIX A; 4GIB A; 5AI4 A; 5IIK A; 2V4Q A; 9ICB A; 4KLH A; 4KLD A; 3EWA A; 4US9 A; 1JI7 A; 2EAM A; 3ISC A; 2ATL A; 1BPZ A; 4KLJ A; 1ECW A; 1S0M A; 1KQQ A; 3FYH A; 4UB8 U; 1ZQH A; 4ECU A; 1NOM A; 4NLG A; 2F2A B; 3EUB 2; 4IC9 A; 1NI3 A; 3RJH A; 2FLL A; 5J0T A; 2MUT B; 2ZIX A; 2NO4 A; 4MEY A; 4UAY A; 3LYS A; 3KBB A; 1L7P A; 3IRU A; 1PVQ A; 1V38 A; 8ICY A; 3RR8 A; 5ALQ A; 2KNJ A; 2GO7 A; 1PVP A; 4BXO A; 2Y0S C; 2HI0 A; 2DBY A; 1ZOL A; 3O0F A; 4QZC A; 1ZXI A; 1OXJ A; 9ICC A; 2KVS A; 2ZJA A; 2JV3 A; 1UA0 A; 5J0Q A; 3H8S A; 5IIM A; 5KG2 A; 3PZP A; 2JMG A; 5ALO A; 3BDP A; 5IIL A; 4NLZ A; 2H3F A; 3AL0 B; 3QX7 A; 3TAR A; 4Q8E A; 2BPF A; 4M6W B; 4DFP A; 1OUQ A; 2ZTC A; 2C22 A; 4FZM A; 4YMO A; 5G5H A; 3LWM A; 3A0B U; 1X9S A; 1O08 A; 2OCE A; 2E8O A; 4F92 B; 3Q8Q B; 2ASL A; 3HRD D; 1COO A; 3H4B A; 4DF4 A; 2ASJ A; 1KRP A; 1U49 A; 4IQT A; 4F71 A; 3D2S A; 4UB3 A; 2V9W A; 1JN3 A; 3G6V A; 2XY5 A; 7ICG A; 4MFA A; 2OH2 A; 4QW8 A; 2KN7 A; 3RB0 A; 5AM5 A; 2QAR A; 1MQ3 A; 3QUQ A; 2K8C B; 7ICQ A; 3H8W A; 1X40 A; 3D2Q A; 2DPI A; 4GLX A; 5FP0 A; 3RFA A; 3C1Y A; 4JB3 A; 1Z1B A; 2W9B B; 2DPJ A; 3SV3 A; 2FPK A; 3LWL A; 4UB4 A; 3D2N A; 3GU3 A; 4C8L A; 5ALR A; 1ZQF A; 4PZO A; 4Q8F A; 4I28 A; 4DLE A; 2LYB A; 2AGO A; 4Z6F A; 4PHA A; 4I2F A; 4ED1 A; 4RPX A; 2YTU A; 4KLF A; 5KFH A; 2BHN A; 3B0Y A; 1SZH A; 5AK5 A; 1KBU A; 4MHV A; 4NM1 A; 2AQ4 A; 3AU6 A; 1D8B A; 4Y2Y A; 2MAX A; 4Y2S A; 1ZQB A; 4RNN A; 4ACO A; 4CNQ A; 2YX8 A; 3GV8 B; 8ICP A; 3PST A; 5J0S A; 5DBC A; 3OHB A; 1UT8 A; 1KW4 A; 2DWQ A; 2XCP A; 5AKL A; 5HR7 A; 2R8K A; 3PNC A; 1IM4 A; 1F44 A; 1AQ6 A; 9ICM A; 1NKC A; 3DV9 A; 5J0X A; 4XQ8 A; 4O3N A; 5CEH A; 4ED8 A; 2BDU A; 2KJ8 A; 3M9M B; 2W9B A; 4IL6 U; 1XNS A; 3N28 A; 2E1E A; 2QB1 A; 4IRD A; 1LKY A; 1ZQS A; 2KD1 A; 1ZQO A; 1JXL A; 3EPI A; 8ICS A; 1HEK A; 4EZ9 A; 1ZQN A; 3QZ8 A; 4NV0 A; 3BS5 A; 4IRC A; 4I27 A; 1ZD3 A; 4Q44 A; 1S10 A; 4QZD A; 4QIW C; 4JV2 A; 1JAL A; 4J9N A; 4Y2R A; 2R8G A; 2ZIW B; 3L5K A; 2KIV A; 4LZG A; 3C2M A; 2BCQ A; 1YZ7 A; 8ICM A; 1C7Y A; 1YZ6 A; 3SMV A; 4F5R A; 3G6X A; 5EE1 A; 3AU2 A; 1ZRN A; 2A1A A; 4KN4 A; 4A8E A; 5E79 U; 3PX0 A; 9ICP A; 7ICN A; 1N62 A; 2QB0 A; 5KFO A; 2Y9U A; 2G07 A; 4F2R A; 4YCX A; 2G5H B; 4RQN A; 2ES6 A; 3UMB A; 4F5N A; 1ZQU A; 3TI0 A; 4PPX A; 4EEL A; 3B9J A; 3BQ0 A; 3QNM A; 4QZA A; 4KN7 A; 1XWL A; 3TAP A; 2W9M A; 1ZYQ A; 2KV2 A; 3TAN A; 1VLB A; 2XGP A; 2ZIW A; 3OJU A; 5KNI A; 4M9H A; 2FLP A; 4O9M A; 3M9N B; 1ZQK A; 2AJQ A; 2C2R A; 5DG7 A; 4RUA A; 2PFO A; 3WU2 U; 2NRZ A; 2VA8 A; 5CR0 A; 2K8B B; 5DGA A; 1CI4 A; 4F93 B; 3BZK A; 5J8Y A; 3KD3 A; 4DS5 A; 2KE7 A; 2AQ0 A; 2K89 A; 4PL2 A; 3KZX A; 4IR1 A; 2HVI A; 4B9V A; 4I2E A; 2ZTE A; 5KFD A; 4IR9 A; 1DK2 A; 4UW9 A; 2HW3 A; 2EAP A; 3EPG A; 3BZC A; 4M47 A; 5J0P A; 3HJE A; 3WK7 A; 3MGI A; 4TUQ A; 4Y2Q A; 3N7S C; 3SAH A; 3D6J A; 3UMC A; 1ZQV A; 1D9F A; 2H3Z A; 4JWM A; 5KFN A; 2WAQ C; 5AKY A; 4YG2 A; 4DL3 A; 1ZQI A; 1N61 A; 5AIC A; 2ISP A; 4G3I A; 3PX6 A; 3RJJ A; 5EE3 A; 2YMM A; 1V9P A; 1TAM A; 2FMQ A; 9ICK A; 4CE6 A; 4RQ5 A; 4I29 A; 4UAT A; 1L3V A; 1HUZ A; 2L5Y A; 1KFS A; 3UQ2 A; 4LVS A; 2OWO A; 1Q8K A; 2IOH A; 1V97 A; 3FM9 A; 2OM6 A; 3IP4 B; 2ESE A; 4O3R A; 5HP4 A; 3RBD A; 2XO7 A; 5DLG A; 1KN5 A; 1JX4 A; 5K4L A; 3TQ1 A; 2JZB A; 2PKE A; 1N63 A; 1A77 A; 1S97 A; 1KTQ A; 2JH1 A; 1UA1 A; 5KFQ A; 1FEZ A; 5F9N A; 3PW0 A; 3LVW A; 1RYR A; 1M6Y A; 1V85 A; 2K4P A; 4UAR A; 4IS7 A; 5F3X B; 1XSL A; 8ICE A; 3K75 D; 4Z6D A; 4Q43 A; 5AI9 A; 3V6H A; 1NK0 A; 1BPY A; 2H3Q A; 5ALV A; 1X42 A; 4YN4 A; 4KLE A; 4B9T A; 5KFK A; 1NK6 A; 3N97 B; 4MEX A; 4O5C A; 2EZX A; 1TV9 A; 1SWW A; 3PO5 A; 4I2B A; 1SL2 A; 2AGQ A; 4KMO B; 2XC9 A; 9ICN A; 4EX7 A; 4F4Y A; 5KFC A; 4EYI B; 4CCH A; 5HHH A; 9ICJ A; 1PUZ A; 3Q8M A; 5J2H A; 3RJE A; 1QQ6 A; 3Q8K A; 3L3F X; 5T14 A; 4O3S A; 3AQF A; 2E1F A; 4DS4 A; 3GIL A; 8ICZ A; 5L9X A; 3T5H A; 4YFK A; 3GII A; 2DKZ A; 3EW9 A; 4CF3 A; 3I76 A; 3SR6 A; 2ZIU B; 4EBD A; 2W7O A; 2FLN A; 3MC1 A; 2KMD A; 5CRX A; 5DG8 A; 2ZJ8 A; 3WK6 A; 3NRW A; 1L3S A; 3LDA A; 4UAW A; 1JUD A; 3KHL A; 2ZUD A; 4EX6 A; 1B22 A; 4M9J A; 4TUP A; 1N5X A; 8ICK A; 3CYM A; 5KG4 A; 4J9P A; 5KFA A; 8ICB A; 2XI9 A; 2IOF A; 4TQR A; 4BWM A; 2DUY A; 5KFR A; 2YMP A; 1T94 A; 4DFJ A; 2KSO B; 5A0L A; 5KT5 A; 4C80 A; 4QWE A; 4ECT A; 2A1J A; 3QU5 A; 3SD7 A; 1K1S A; 2D6F C; 1TE2 A; 3NGD A; 3QU7 A; 1KFT A; 1JMS A; 1RG6 A; 2LBO A; 2D3D A; 5AKZ A; 2E8N A; 5KFV A; 3SEN A; 3F5A A; 3MR6 A; 2E3T A; 5L1M A; 5CP2 A; 3AM9 A; 2UVV A; 2W55 A; 2ZIU A; 3GQC A; 5DKW A; 2AHO B; 3EZ5 A; 2WF8 A; 1SV0 A; 4QZ9 A; 3V72 A; 2G0A A; 3ZDE A; 2GLE A; 3F2C A; 1X66 A; 4LZD A; 1S9F A; 1NKE A; 4J9Q A; 2BQU A; 4ECX A; 3BQ1 A; 1PK1 A; 2LI6 A; 3T3F A; 1KEJ A; 1TAQ A; 4ED3 A; 3AUO A; 4DQR A; 2AH5 A; 5J8Y C; 1ZQM A; 4DSJ A; 5DG9 A; 2NYV A; 4ECW A; 4J9K A; 5L1K A; 8ICJ A; 2O6K A; 4YD2 A; 3BQ7 A; 2C2E A; 1UQV A; 2KIW A; 5AKJ A; 2HHV A; 2R8I A; 3K1R B; 3CRX A; 2E5S A; 3PW2 A; 2QLT A; 3ONN A; 1A6S A; 2W11 A; 1JIH A; 4RT2 A; 3ZI4 A; 3HW8 A; 1T4G A; 1NJX A; 4RUC A; 1RXW A; 2KP7 A; 4R8U A; 3M8S A; 2V4R A; 3Q8P B; 3RB6 A; 1ZQL A; 9ICO A; 2FJ6 A; 3JPO A; 3SV4 A; 9ICS A; 3QYP A; 5KFE A; 4F50 A; 3NUQ A; 3PR4 A; 3KKA A; 5CHG A; 3IHQ B; 1NJY A; 4PHE A; 2H5X A; 1SL1 A; 8ICQ A; 2JHD A; 5ALK A; 4B9N A; 4GXK A; 3AMZ A; 5BOL A; 2W9C A; 5ALS A; 2JXJ A; 5AIB A; 3C2L A; 3M8R A; 4KTQ A; 4FE3 A; 1B4F A; 1PZN A; 2Q0Z X; 3C28 A; 4AYB F; 4F4W A; 4C4R A; 3QE9 Y; 3UM9 A; 4C7Y A; 4DOB A; 7ICH A; 1DGS A; 2M0N A; 1FIQ A; 1U9L A; 2HMX A; 2H3V A; 4CF4 A; 1BVS A; 4O3O A; 3C5F A; 1RYS A; 5L1J A; 3PSP A; 4JV0 A; 5ALD A; 3MDC A; 3WKC A; 2NO5 A; 1BPB A; 1ARO P; 8ICC A; 2Y9T A; 1A0P A; 4KLT A; 2H3I A; 5IIJ A; 5AI0 A; 4C8M A; 4OJP A; 3GIM A; 3N7P D; 4YR3 A; 4FS1 A; 2JH7 A; 1Z4N A; 5KFZ A; 4ED7 A; 4BUG A; 3TAD A; 1KL9 A; 2MUT A; 3GIK A; 4FBU A; 1T3Q A; 4RQ1 A; 1X9X A; 9ICL A; 2EAO A; 4KLM A; 4DOA A; 4RPY A; 1CRX A; 1QSS A; 2DQN B; 5J0R A; 4YMN A; 3OGU A; 5J2B A; 2K4I A; 3HKZ F; 5ALF A; 4P4P A; 3TAQ A; 7ICT A; 3RJG A; 2RDI A; 2HBJ A; 9ICE A; 5KAI U; 3GV7 B; 4KX5 A; 8ICH A; 2PFP A; 7ICV A; 3RH5 A; 3UQ0 A; 2KFZ A; 1X2I A; 2KIC A; 5DB6 A; 1S0O A; 2JR5 A; 3ISB A; 4QZE A; 1QQ5 A; 3J81 j; 3A0H U; 3GV5 B; 1HJP A; 1CEZ A; 3QUB A; 7ICM A; 2FMS A; 4P0P B; 4Y2T A; 7ICP A; 4M6W A; 1SB3 C; 2HHX A; 1NK8 A; 8ICV A; 3NVY A; 5C5J A; 2MRL A; 1XU4 A; 8ICU A; 5B5E U; 2EQY A; 5CJ7 A; 2HHU A; 2W04 A; 2GH1 A; 3M6Z A; 2A3V A; 4RQ3 A; 4UBB A; 5J2D A; 2DGZ A; 2Y1I A; 3S6J A; 1RM6 C; 5DDM A; 4YD1 A; 2IHM A; 5J2G A; 1BPX A; 1ZET A; 7ICS A; 1NK5 A; 9ICV A; 4Y2X A; 3QU4 A; 4NJ8 A; 9ICI A; 3NAS A; 4UQG A; 1DXS A; 4IQV A; 1Z00 B; 5KT4 A; 3OJS A; 5KFW A; 3F5E A; 1SV0 C; 2YMQ A; 4K4H A; 1L7N A; 2EAN A; 5ALH A; 5DGB A; 5AK4 A; 1SKR A; 2FPL A; 4P0P A; 3GDX A; 4YR0 A; 2HCF A; 2LM1 A; 3RJF A; 5AM4 A; 2P66 A; 2WB1 F; 4UB1 A; 8ICF A; 5DB9 A; 2VA2 A; 5KG1 A; 3I28 A; 1XSP A; 2I9G A; 2BDP A; 5KFY A; 2LYA A; 3UXP A; 2FMP A; 2YB1 A; 2IOF K; 5DLF A; 2EH9 A; 1D8Y A; 4ECZ A; 1KFD A; 1OW5 A; 4KLU A; 1XO1 A; 4OO1 J; 4I2C A; 4MFC A; 5KFJ A; 3E2E A; 4DSL A; 4ZOH C; 2GOL A; 3RRG A; 5C0Y A; 4JUZ A; 4M0A A; 2W54 A; 2KJ9 A; 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5L1L A; 2CPR A; 1N5W A; 1K1Q A; 5HNK A; 4RQ0 A; 1UHU A; 3SAG A; 1ZQT A; 1JRO A; 4OD0 A; 3V7J A; 1ZQZ A; 5KT2 A; 3WK5 A; 3HP6 A; 2P6R A; 2XGQ A; 1D9D A; 2BPG A; 1X9W A; 5DDY A; 1JXE A; 1D8L A; 3SEI A; 4UBC A; 4ECR A; 4USA A; 2PXI A; 2ZTD A; 4ED2 A; 7ICI A; 4PJ0 U; 5KFU A; 3H4D A; 5IIN A; 1COK A; 5L1I A; 2YY6 A; 4C4S A; 3C5G A; 1F0M A; 1S0N A; 3TFS A; 5GTI U; 4C4T A; 3GZF A; 1C20 A; 4FO6 A; 4CDG A; 5KAF U; 4DQI A; 4FBT A; 1ZD5 A; 1RYU A; 3PW5 A; 5KFP A; 2C2D A; 3JPN A; 2F8K A; 4AYB C; 2KKP A; 4UB5 A; 4DSF A; 3OTQ A; 1L3U A; 1QLN A; 4ICA A; 2W03 A; 1ZQC A; 5EE9 A; 4YR2 A; 4R63 A; 1X6J A; 3DEE A; 3NVW A; 9ICF A; 3VCB A; 4EEN A; 4ECQ A; 4K4G A; 2B0C A; 2LHT A; 4DSI A; 1ZJM A; 2MU2 A; 1SL0 A; 1NK9 A; 1SXD A; 4QZG A; 3BJY A; 5AK3 A; 1U4B A; 2KHQ A; 2YML A; 4FZN A; 1DRG A; 4UAZ A; 3KZI U; 1IG6 A; 3WK9 A; 2ZIV B; 1T3N A; 5BOM A; 3JPP A; 2BCV A; 4DQP A; 4KLG A; 2OHF A; 2J6U A; 4QIW F; 1L8O A; 4BJQ A; 2BCS A; 3N7R C; 4DL6 A; 1ZQX A; 2ZXH A; 5ALE A; 2ZXI A; 1A76 A; 1ZQ1 C; 5HHI A; 3H0L B; 2BCU A; 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