The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
105
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structure length |
105
|
Chain Sequence |
b'PIKQEISEYFKDWMELYKKNAIDEMTYKGYEQTLKYLKTYMPNVLISEITASSYQRALNKFAETHAKASTKGFHTRVRASIQCLIEEGRLQKDFTTRAVVKGLEH'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Prophage pi2 protein 01, integrase
|
| publication title |
Northeast Structural Genomics Consortium Target KR124F
rcsb |
| source organism |
Lactococcus lactis
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| molecule tags |
Recombination
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| total genus |
33
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MGV A; 2KD1 A; 1Z1B A; 2HOI A; 1CRX A; 1XO0 A; 1DRG A; 2KKV A; 1NZB A; 4A8E A; 2KIW A; 2OXO A; 3C28 A; 2KEY A; 1XNS A; 3NRW A; 2KJ5 A; 1F44 A; 4CRX A; 1PVR A; 2KOB A; 1PVQ A; 2KHV A; 2A3V A; 3C29 A; 2CRX A; 3LYS A; 1OUQ A; 2KKP A; 1PVP A; 2KJ9 A; 5CRX A; 2HOF A; 1MA7 A; 1P7D A; 1Z19 A; 3CRX A; 4ACO A; 2KHQ A; 1KBU A; 1A0P A; 1Q3V A; 1Q3U A; 2KJ8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3A0H U; 4O3M A; 5EWF A; 2ZXI A; 4EBE A; 2FPL A; 2Q4T A; 2F8L A; 5CWR A; 5AK3 A; 1YT3 A; 4LZD A; 5KFZ A; 3V7L A; 3J81 j; 4UAR A; 1L3S A; 3ICX A; 1MQ3 A; 4RQ2 A; 5J2C A; 2JZB B; 2ZIU B; 8ICQ A; 4KMO B; 3NS1 A; 4MFF A; 2R8G A; 5AKX A; 3MGI A; 2F44 A; 1KSP A; 2GLE A; 5DLG A; 2OHF A; 4P4O A; 3RRH A; 4FS2 A; 4CRX A; 3QYP A; 3UXN A; 3GDX A; 1HUO A; 3DDH A; 2KVC A; 1QCK A; 3F5A A; 2KZM A; 3NGD A; 1OW5 A; 1A76 A; 3KKA A; 5KT6 A; 4O3P A; 5FP0 A; 4YG2 A; 3LVW A; 3WKA A; 3OSN A; 3QEA Z; 3UQ2 A; 7ICV A; 5ALS A; 3PW5 A; 1QLN A; 4UB1 A; 3SR6 A; 3MBY A; 5EWE A; 2YMP A; 1TK0 A; 2IMW P; 1XC9 A; 1T8E A; 3PO4 A; 3RFA A; 2JRZ A; 4K4G A; 3V7K A; 3HJE A; 4ECY A; 4Q8E A; 2DPI A; 4ECX A; 1ZQJ A; 2VAN A; 1XO1 A; 2YX8 A; 5KFA A; 2B21 A; 8ICF A; 1RYU A; 3I76 A; 4F91 B; 1VLB A; 3S6J A; 1ZQM A; 4KN4 A; 2WF9 A; 4I2C A; 2OEH A; 3TQ1 A; 1C20 A; 1K1Q A; 4BWJ A; 2AGO A; 4KLI A; 3GIL A; 3RF9 A; 2FLN A; 9ICX A; 2G0A A; 5L1J A; 3PW2 A; 3H0L B; 5AIA A; 5KFJ A; 4XA5 A; 1SL0 A; 3SAH A; 5AKG A; 1KBU A; 3HKZ F; 2PFQ A; 2WB1 F; 3ISD A; 4IRC A; 3MGH A; 1D9F A; 3L5K A; 3SD7 A; 4DL3 A; 3E2E A; 4DQQ A; 3QZ8 A; 4QZ9 A; 2R8K A; 5ALQ A; 2YTU A; 2W11 A; 2C2D A; 2K4H A; 3MGV A; 1L6N A; 7ICU A; 5KFL A; 2JXJ A; 2K8A A; 1COK A; 2XY6 A; 1JMS A; 8ICE A; 4DSK A; 3C5G A; 5AKY A; 1PVR A; 1ZQO A; 3PV8 A; 9ICF A; 9ICI A; 2KMD A; 2BPG A; 3C23 A; 2E8P A; 3RRG A; 3R9K A; 1Q3U A; 1XWL A; 2KD1 A; 2DKX A; 7ICG A; 5HP4 A; 5KFY A; 4OD0 A; 4DFD A; 1AQ6 A; 3MAB A; 3UQ0 A; 2W43 A; 4BXO A; 2BGW A; 5III A; 8ICI A; 2R8H A; 1PZN A; 4MEX A; 3AU6 A; 3K1R B; 1UT5 A; 2VIX A; 1ED1 A; 4DSF A; 4QZC A; 4F92 B; 4Y2T A; 4RQ5 A; 8ICU A; 2HVI A; 8ICT A; 3AQE A; 3LDA A; 4ZH4 A; 4KLF A; 3MDC A; 3PX4 A; 4QZA A; 2KIC A; 5ALX A; 3NVY A; 2BDU A; 2ZG6 A; 4RU9 A; 1RPL A; 5KG7 A; 5AM3 A; 3M6Z A; 2KHV A; 4RQ4 A; 4OJ5 A; 3JPO A; 4U7C A; 4USA A; 1N48 A; 5KFR A; 4F5N A; 2E1E A; 2K8C B; 4O3O A; 4QWC A; 1CEZ A; 4CF3 A; 2RDI A; 2KK0 A; 3MC1 A; 2WAQ F; 5DB9 A; 3RH4 A; 4MFC A; 3IDW A; 4DOC A; 4RQM A; 1L3T A; 2G09 A; 1ZD2 P; 5DLF A; 1N61 A; 4IQV A; 3IHQ B; 3QUC A; 5HNK A; 2W3S A; 3KZI U; 3QU5 A; 2R8J A; 4M6W B; 2W9B B; 4ED1 A; 3KOO A; 8ICX A; 2BKE A; 3KBB A; 3F5E A; 5CR0 A; 3SAF A; 2P66 A; 2IBK A; 7ICQ A; 2MA1 A; 1M6Y A; 3IG8 A; 1RZT A; 3RJE A; 4F5P A; 3QUQ A; 3BQ2 A; 3KHH A; 5ALL A; 2GOL A; 1A6S A; 1SB3 C; 2KEY A; 1X2I A; 5DBB A; 3ZD9 A; 4UAZ A; 5AKE A; 7ICL A; 2KOB A; 4PGQ A; 2BQR A; 3TAP A; 4M04 A; 4BUG A; 3MDA A; 2HI0 A; 4C8M A; 3KFU F; 4BXO B; 4DL2 A; 3PML A; 1DRG A; 4P4M A; 4OJO A; 3WK7 A; 2QKQ A; 2HHQ A; 4JMU A; 1WWV A; 4ECV A; 4NM2 A; 7ICS A; 5IIK A; 4UB3 A; 5ALO A; 3UPQ A; 3V72 A; 4R65 A; 4PZO A; 8ICA A; 4I27 A; 3UXP A; 1RXW A; 2HHU A; 1Z00 B; 2AJQ A; 4Z6F A; 5KFH A; 4PHD A; 1PK3 A; 4M47 A; 1SKW A; 2DL0 A; 5J2I A; 1ZQS A; 4RZR A; 8ICO A; 3KD3 A; 7ICN A; 1RG6 A; 4BJQ A; 2D3D A; 1D8Y A; 4B9U A; 5HML A; 9ICJ A; 3TAQ A; 4KX5 A; 2WF7 A; 5BPC A; 2ZJ5 A; 2JGA A; 2ZUC A; 4I2J A; 5A0L A; 5ALV A; 3PO5 A; 8ICB A; 1TK5 A; 2ZIW A; 5ALE A; 1KW4 A; 4OJL A; 1Z1B A; 1TAU A; 4RNO A; 1ZQP A; 3RR7 A; 5J29 A; 4DQS A; 4NXZ A; 1L8O A; 1UT8 A; 5J0W A; 4KX3 A; 3RBD A; 3QZ7 A; 9ICR A; 3HX0 A; 4JK1 A; 5KAI U; 1N5X A; 5AK5 A; 2I6X A; 4TUQ A; 5EWG A; 3PVX A; 3K1Z A; 1ZQH A; 1S0V A; 5KFM A; 2ZXH A; 3OPX A; 4F2S A; 3KHG A; 4HAI A; 4CF4 A; 4LZG A; 4KLU A; 5IIO A; 4X5V A; 4XRH A; 3HWT A; 1RM6 C; 4NJ8 A; 4UB6 U; 4OO1 J; 5J0U A; 2AGQ A; 3OHB A; 3VCB A; 2KSO B; 2JMG A; 1ZD5 A; 3PR4 A; 1NI3 A; 4UW9 A; 3QNM A; 3M7D A; 4Z6C A; 3C2K A; 4KLT A; 4PHE A; 1Z4O A; 1U45 A; 1WG8 A; 2RP5 A; 2JHD A; 2KIW A; 4QW9 A; 5KT3 A; 4JV2 A; 4DFJ A; 2K4I A; 4DS4 A; 3ZDE A; 5BOL A; 4M0A A; 2RHF A; 2KN7 A; 2ESE A; 4IC9 A; 2E8N A; 1KEJ A; 4RT3 A; 2IOH A; 2H3F A; 3WK6 A; 2WAQ C; 5AI8 A; 4IS7 A; 4ECU A; 1ZQX A; 2F76 X; 2C22 A; 3PX6 A; 1NZB A; 9ICH A; 5F3X B; 1RQN A; 3EUB 2; 5AI5 A; 2HHX A; 3WK4 A; 2MUT B; 8ICN A; 3N4M B; 4TQR A; 1LB2 B; 2ZIV B; 4EEY A; 4PGX A; 4UB4 A; 7ICH A; 4YD1 A; 3SZ2 A; 4RQ7 A; 1ECW A; 3T5L A; 1SXE A; 4F4Z A; 4MF2 A; 1S77 D; 4YXJ A; 2F1I A; 2LYA A; 2H3Z A; 1NK7 A; 2LI6 A; 1BPX A; 5ALD A; 3Q8R B; 3WKB A; 2A1J B; 4QZB A; 4DSJ A; 4J9Q A; 2HOF A; 3DEE A; 2K8B B; 3NVZ A; 3QEB Z; 1IXR A; 2G06 A; 1NK8 A; 4YR3 A; 2M0N A; 4O0I A; 1JN3 A; 3GV8 B; 3GV5 B; 2JZB A; 2ZIU A; 5EE3 A; 5HHH A; 3SAG A; 4Q44 A; 4O3R A; 2FPK A; 3ETR A; 5CB1 A; 2V4R A; 4I2A A; 3BDP A; 2KZ3 A; 4P4P A; 4Q43 A; 3TKA A; 3SMV A; 2FMQ A; 4O5E A; 4FBT A; 1QTM A; 7ICR A; 2FI1 A; 2KHQ A; 9ICU A; 2NRZ A; 3O0F A; 2HBL A; 5ALU A; 4UB2 A; 4ECQ A; 1D8B A; 2W7P A; 2LMR A; 4F71 A; 2PKE A; 2V4Q A; 2H3Q A; 3CP8 A; 3T79 A; 5AKH A; 3V6K A; 3F53 A; 4YCX A; 5JTI A; 7ICJ A; 3D2N A; 3GZF A; 3AUO A; 1COO A; 2Y0S F; 1KTQ A; 1KDH A; 5DQH A; 3RB3 A; 4MF8 A; 1NJX A; 4O3Q A; 3QUB A; 2HHW A; 2YY6 A; 2E8O A; 4P0Q B; 4Z6D A; 1ZQI A; 4EBD A; 5ALF A; 4CGZ A; 4J9O A; 1JRP A; 1WYG A; 4F72 A; 1X9S A; 4YR2 A; 4EX7 A; 1HEK A; 5DQG A; 3H7I A; 1ZQB A; 2NRX A; 4DO9 A; 1O08 A; 3FM9 A; 2ODG A; 1ZQE A; 4M9N A; 8ICC A; 4RQ8 A; 2ZJ8 A; 5AKZ A; 3H8W A; 3K4G A; 2FDR A; 1B4F A; 5D4B A; 2EH9 A; 2BCU A; 2PI4 A; 1NNL A; 3H8M A; 4GC7 A; 3C1Y A; 2KFZ A; 4XUS A; 4US8 A; 3NTU A; 5ALH A; 4UAS A; 4KLL A; 1ZQZ A; 4K4I A; 1CRX A; 2KVS A; 4J9N A; 5KG6 A; 3T5H A; 3L4P A; 3RJG A; 2HHT A; 2YQE A; 4A8E A; 1B43 A; 5AM0 A; 2ZIX B; 4J9P A; 9ICL A; 4TUS A; 4ICA A; 2O6K A; 4J9K A; 4PL1 A; 3UMG A; 4M9G A; 4RQ1 A; 3SYZ A; 2NRW A; 5J2J A; 1BPZ A; 4PGY A; 4QWD A; 2J6T A; 3SI8 A; 9ICP A; 4Q8F A; 1HUZ A; 4OJ6 A; 3M8R A; 1Z4N A; 3IV6 A; 1DK2 A; 5KFU A; 3QU7 A; 2CPR A; 3K75 D; 3DV9 A; 3KTQ A; 1D9D A; 5AIC A; 5KNI A; 1SZH A; 5KFO A; 4J9L A; 4ED6 A; 1L7M A; 4ELT A; 1DGS A; 8ICR A; 4Y2S A; 2G07 A; 4DWI A; 1F0M A; 4FZM A; 1MSW D; 9ICM A; 8ICS A; 4GXJ A; 3ZDB A; 4CNQ A; 2JEI A; 2K60 A; 3WU2 U; 1PVP A; 4Y2P A; 3H4D A; 4CDG A; 1FIQ A; 2P6U A; 4UAW A; 4DEZ A; 1V85 A; 4MEY A; 5DBA A; 4NLB A; 4YD2 A; 3RH6 A; 2UVU A; 8ICY A; 1KFS A; 5KFV A; 4F4X A; 4IRD A; 4KLE A; 1ZJN A; 5EOZ A; 2WF5 A; 4O9M A; 2CN1 A; 4CF5 A; 4IQT A; 2HHV A; 4B9S A; 1XSL A; 4JV1 A; 3CW2 C; 2E1F A; 4NM1 A; 3GV7 B; 3Q8K A; 9ICB A; 1ZQL A; 5KG3 A; 2EAO A; 4YMM A; 3BQ7 A; 1XSN A; 1FFU A; 3ISB A; 1NZP A; 5D46 A; 1JX4 A; 5KFN A; 2P6R A; 2AU0 A; 2HMX A; 4R66 A; 2ZTE A; 3ETL A; 1BNO A; 4NL9 A; 3JPN A; 5AI6 A; 3PR5 B; 4RUC A; 3RTV A; 3PMN A; 5DQI A; 1DK3 A; 4YR0 A; 4PJ0 U; 2RLT A; 4RNN A; 5AKJ A; 4NWI A; 4QJF B; 4M6W A; 2W9B A; 8ICZ A; 1JXE A; 1ZD4 A; 5KFC A; 3C2M A; 5J0X A; 8ICW A; 3LVV A; 1ZQD A; 4US9 A; 3NRZ A; 2PFO A; 2YB1 A; 1BVS A; 4QWE A; 4C8O A; 5CJ7 A; 3JPT A; 4BX9 C; 2JEG A; 4O3N A; 3FYH A; 5AK4 A; 2KJ9 A; 4IQU A; 2FLL A; 1ZQF A; 1ZQW A; 2W54 A; 2BCS A; 4F93 B; 4Q45 A; 5KFQ A; 4ECZ A; 4YMN A; 1SV0 A; 2KKV A; 4BDP A; 5E79 U; 5H2F U; 1TFR A; 1IV8 A; 2JV3 A; 1PVQ A; 2BR0 A; 1SL2 A; 3MFI A; 1KLN A; 3A0B U; 3MR2 A; 4TUP A; 4B9M A; 5JUM A; 3MR3 A; 4KIT B; 4B9V A; 1A77 A; 7ICI A; 1Z00 A; 3HW8 A; 1FEZ A; 5J0Q A; 9ICW A; 2EZZ A; 1NK4 A; 2DF4 B; 2ZUB A; 1B22 A; 1JIH A; 5F9N A; 1F44 A; 2Y1I A; 4I2B A; 4GFJ A; 3GIJ A; 1T7P A; 3H0R B; 3EZ5 A; 2ISP A; 2EQY A; 3ZI4 A; 3TAN A; 1VDV A; 1V38 A; 2EDU A; 2ZUD A; 4QZ8 A; 3RJJ A; 5AKI A; 4EZ9 A; 2QAR B; 2XVT A; 4DFM A; 1X9W A; 5CA7 A; 1ZQY A; 4J03 A; 1ARO P; 1KFD A; 2K4E A; 5ALI A; 2HDO A; 1BPY A; 1ZQU A; 2ISO A; 1L7O A; 3VC8 A; 5J0T A; 3AEV A; 2DPJ A; 4FO6 A; 1ZQC A; 2H3V A; 2Z7J A; 5AI9 A; 4P0P B; 3N7R C; 5AM5 A; 2FJ6 A; 4F50 A; 4P2H A; 4EEL A; 2BCR A; 4F2R A; 1S5L U; 4E0D A; 3HT3 A; 1UCV A; 4PHA A; 5J0Y A; 4QZG A; 7ICM A; 1LVH A; 4KMU A; 2AHO B; 3TAC B; 3H4B A; 2JH1 A; 4PPX A; 3L3F X; 2KG5 A; 4PHP A; 4UAY A; 2G5I B; 2FLP A; 1ZQT A; 4ED0 A; 5T14 A; 4EEN A; 2AH5 A; 2VA8 A; 2OCE A; 1QH9 A; 1X40 A; 2KSO A; 3C28 A; 1T4G A; 2EAN A; 3RJK A; 1BPD A; 5KFT A; 5HR7 A; 1TK8 A; 3M9N B; 1K1S A; 4GXK A; 2I1Q A; 2MRL A; 2NYV A; 4F4Y A; 4NLN A; 4M2Y A; 4UQG A; 3RR8 A; 3BS7 A; 3HKZ C; 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4C4T A; 3MR6 A; 2W9C B; 4DOB A; 3RAX A; 8ICL A; 4P0Q A; 4I2F A; 3KKA C; 1L3U A; 5CHG A; 4DL4 A; 9ICO A; 4NY8 A; 1L3V A; 2FE9 A; 2BPF A; 4F5Q A; 3ZD8 A; 5KFP A; 4C7Y A; 5BOM A; 3TFS A; 3UM9 A; 2F3N A; 4RPX A; 1UA1 A; 1L5U A; 2EZY A; 1WCN A; 1J2M A; 4RQ3 A; 3LWL A; 1WCL A; 1N63 A; 1MN8 A; 9ICK A; 1Z19 A; 5ALY A; 1UPH A; 4I2G A; 3Q8Q B; 1NK6 A; 5KT7 A; 3M9O B; 3UMC A; 1T94 A; 4KLQ A; 2NRV A; 3QXG A; 4KLH A; 4F8R A; 4KLD A; 3BS5 B; 5JU5 A; 3V7J A; 1ZYQ A; 4WJ3 B; 3EWA A; 2ATL A; 2JH7 A; 4NLZ A; 3WKC A; 2HSZ A; 3IG5 A; 1OUQ A; 3PSF A; 3PW4 A; 3QE9 Y; 1IG6 A; 2MSN A; 3E0F A; 4ED2 A; 2ZIX A; 3IRU A; 5G5H A; 4ECS A; 4UB8 U; 3D2S A; 2W8L A; 2FPM A; 4I2E A; 2W3R A; 4QNL A; 4DQP A; 4FFD A; 2V9W A; 3GFK B; 3N97 B; 1QQ7 A; 4KLJ A; 4UAV A; 2ASD A; 2Y9T A; 4PZN A; 4Y2U A; 5J2H A; 5GTI U; 5J2D A; 3SQI A; 1ZRM A; 4OCZ A; 4ED7 A; 3FC4 A; 1JXL A; 2JEJ A; 4NL9 C; 1NKE A; 4DSL A; 3SV3 A; 4DSE A; 1NOM A; 2KNJ A; 2W03 A; 4XQ8 A; 4GC6 A; 4F4K A; 1BGX T; 3F2D A; 2BQU A; 1T3N A; 3ZDC A; 9ICE A; 1U4B A; 4KLM A; 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