3LYZA

Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1975-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lyzA00
5KXNA 3N9EA 1V7SA 1BB6A 1JTPL 1JWRA 1IR7A 1YKYX 1H6MA 1OUGA 4TSBA 1QTKA 3D9AC 3B0IA 4GCDA 1GFKA 5A3ZA 5LVIA 4CFOA 4CGEA 3WVXA 3TMUA 4XJHA 3TXGA 1BVKC 4DD0A 1JKAA 5C6IA 2IHLA 2W1LA 4DD1A 4H8ZA 3QY4A 4LT1A 2BQHA 2YBNA 3N9CA 3LYMA 1NQIA 1LSFA 1RI8B 3A3QA 3A90A 2DQFC 1INUA 1OUHA 1JJ0A 5HNCA 4WLYA 3A92A 1H87A 3IJVA 1LSGA 3A67Y 1GE0A 5I53A 2N5ZA 4WL6A 2Z37A 4LT2A 4C3WA 4DD7A 3FE0A 2YDGA 4N8ZA 3ZVQB 2W1MA 3J6KA 1IWZA 1IIZA 4H9HA 4NHPA 1LHLA 4NEBA 2RSCA 208LA 3TXHA 3VWOA 1CKDA 1UCOA 2YBLA 4TWSA 1QIOA 4NY5A 2MEFA 4X3BA 1GB7A 2D4KA 1IWVA 2C8OA 2HU1A 4ET8A 5L3IA 3CT0A 1IO5A 1F6SA 3RNXA 4WM3A 5IDDA 3ATNA 1KIQC 4H8XA 4PPOA 3A91A 3TMXA 1QQYA 3BKVA 4HPEA 1YQVY 1HC0A 3TXIA 3RT5X 1UIBA 2HEAA 1LOZA 1JTOL 3CT1A 1GXV2 2DBTA 2XTHA 1HEWA 2I26L 4OOOA 1WVVA 4LYMA 3MGWA 4WG1A 1N4FA 4Z46A 3WULA 4OWCA 5E4PA 1GF8A 1GXXA 3AW7A 1D0KA 1UIEA 2Z39A 4B4EA 4YEMA 3HBEX 4N1EI 3T6UA 2DQDY 5KKJA 4ET9A 2HEDA 4NSHA 3WH1A 1HFZA 3LYTA 4DDCA 3WUNA 2LHMA 1DKJA 1GB9A 4W96A 4NWEA 1RFPA 4AXTA 1LSDA 4ZFPA 5KXXA 1FBIX 1G7HC 5B06A 3WMKA 1F6RA 1REMA 2YBHA 4XYYA 4HP0A 5JENB 4H9CA 5HLLA 3TMVA 4KXIA 5F9UA 4B4JA 1B7PA 3F6ZA 1BVXA 5HNLA 4IASA 4J1BA 1LZTA 4XJGA 2DQIY 5D5FA 1JKDA 4UWUA 1VFBC 4NHQA 1C10A 4WM6A 5LAFA 1HF4A 1C7PA 4N9RA 4WG7A 1LCNA 4WLTA 1DI5A 5DM9A 4NHSA 1JPOA 3FI7A 3ZVQA 1KIPC 5I4XA 4GCEA 4TTDA 1C46A 3WU9A 5T3FA 3CSZA 2D4IA 1BQLY 4GCFA 1WTNA 4NG8A 3A8ZA 1IWUA 4H1PA 5EBHA 4YOPA 5LXWA 1T3PA 1AM7A 1LSBA 4H9IA 5A3EA 4OWEA 1HELA 4LYZA 4NGYA 1IEEA 3P64A 1VDPA 2EKSC 4EMNA 1G7IC 5LVHA 3IWRA 4H9AA 1LHKA 1HHLA 1D6PA 1J1XY 1WQRA 2Q0MX 2HTXA 5I5QA 1GBSA 1IWYA 4NG1A 2DKVA 3P4ZA 1IX0A 3HBDA 3W6DA 1B7RA 1HEMA 1B5XA 4HJVA 3WXUA 1B7MA 1LZDA 1GPQC 2BQNA 1LMQA 5I4YA 1QSAA 5DN4A 4ZEEA 4GN3A 5B07A 4LYBA 1XEJA 1WQMA 4RW2A 5F9XA 1GEVA 1LJGA 1LZRA 3GXKA 4YM8A 2BQLA 4H9FA 5B1GA 1GDWA 207LA 4XJBA 1CKGA 1OP9B 1WQQA 4YEOA 3WW5A 2LYMA 4CJ2A 3AGGG 4A7DA 3B72A 3A93A 1JTTL 1OUBA 1LMCA 3ZEKA 4DD2A 1F10A 4LYTA 1VEDA 2XBSA 1J1OY 1IP4A 1CJ6A 4PGJB 1UUZC 1B7LA 1P2CC 1VATA 2BQOA 2MEGA 1AZFA 5LYMA 5LVGA 1W08A 4WM1A 1KXWA 3HBHA 3WPJA 1IWTA 1GDXA 2Z2FA 5FEKA 1IC4Y 1JUGA 2VB1A 1LJEA 2H9KA 1DXJA 1MLCE 2D4JA 1YROA 3ULRA 4C5FA 5KXOA 1C08C 2A7FA 2DQCY 1AT6A 4LT3A 1JKCA 2YVBA 3WL2A 1WQPA 4QEQA 5LINA 2C8PA 2XJWA 1GE1A 1GE3A 1B7NA 3RZ4A 1E8LA 4H9BA 3QNGA 5APEA 2CWIA 2F30A 5HMVA 1LZSA 3AGHA 1MELL 4HTKA 2ZIKA 4NGJA 2H9JA 1OUJA 3RW8A 2LYOA 1LJJA 1LZEA 2BLYA 4XJFA 1FLWA 1LYOA 7LYZA 1LMAA 1YAMA 1GBWA 2YSSC 5KXLA 5LA5A 3AZ5A 1C43A 4G4HA 4TUNA 2EIZC 4H94A 3WW6A 2ZNWY 194LA 4I0CA 3CQLA 2D91A 5LVKA 2AUBA 1O23A 2D6BA 1QDRA 1XEKA 2A7DA 3AGIA 1TEWA 1UBZA 3A6CY 4LYCA 2BQEA 193LA 5DN5A 1G7MC 4NHTA 1B2KA 4DYGA 2ZWBA 2PC2A 1LHHA 1GF4A 1Z55A 2BQGA 3LHMA 5HMJA 1GFUA 3W6BA 2G4NA 1CKHA 1C45A 4NGKA 2BQKA 1GEZA 1PZYA 5FELA 3IJUA 2CJLA 1LSEA 134LA 2YBJA 4XADA 5DL9A 1DKKA 1IC5Y 1SQ2L 154LA 135LA 1JSEA 1JSFA 1LKSA 1GFAA 2Y8PA 2I25L 3RU5A 1IP6A 1YKXX 4HV1A 4GN4A 1FLYA 1XGQC 2F2NA 5KXYA 1GD6A 3GXRA 5I54A 1GFJA 1W6ZA 4XENA 4B1AA 5LVJA 4RLNA 2Z12A 4MR1A 1D0LA 1LZAA 1LZ9A 4WO9A 1KIRC 3WUMA 2BQMA 4ETEA 5K7OA 4WMGA 1LTMA 1JKBA 1LSNA 1LJKA 2FBBA 4N0JA 4WM4A 4L41A 1LJ3A 2WARA 4II8A 5I4WA 4KPMA 4G4CA 1EQ5A 1BB3A 4ZIXA 1LSMA 1QDTA 3ATOA 4OWBA 3AZ4A 1IOCA 1B9OA 1CKCA 1B7QA 5F16A 2BPUA 6LYTA 1GBYA 1REZA 4DWXA 1JHLA 4H8YA 1BWHA 1NBZC 1PS5A 1UIHA 3AB6A 4QGZA 1LJFA 153LA 1HEQA 1RCMA 4H90A 1UIAA 4H9EA 5KXTA 5KY1A 4IATA 1BGIA 4DT3A 4NIJA 1DPWA 1HSWA 1HFXA 3EO5A 3W3EA 1B5WA 1LZYA 5ILFA 4N1CC 4NSJA 3T36A 1V7TA 1LJ4A 2DQAA 5KXRA 4DDAA 3D3DA 1LYSA 4OWHA 2FYDA 3TXEA 5HQ1A 1T6VL 2CGIA 1JEFA 1IC7Y 1LSCA 1A2YC 1OUAA 2MEIA 3EXDA 1FKVA 1HFYA 1IOQA 1G7JC 3HFMY 4NGOA 1GE4A 4QDNA 3M18B 5KXPA 5C6JA 4GLVA 1REYA 1GFEA 1KXYA 1B5YA 2ZNXY 4M4OA 4OWAA 4Z41A 1BWIA 1GF5A 2LZ2A 3J4GA 2HU3A 3EMSA 1GB3A 4LFXA 4DDBA 1GB0A 2HEBA 3A6BY 2BQIA 1DI4A 2EPEA 1D0MA 5IHGA 1WTMA 4NGIA 2MEDA 1A4VA 4OW1A 4ANRA 4G9SA 4MCKA 1I56A 1TCYA 4PJ2C 4RDSA 2DQEY 1UICA 3TXJA 4TSCA 1XFPL 1EL1A 1UIFA 1LHIA 5KXSA 133LA 2Z2EA 2CDSA 4GCBA 1NF5A 1YILA 1LSAA 1LZBA 4J1AA 1ZMYL 4WM2A 1WQOA 4HJZA 2BLXA 4P2EA 3A3RX 4U3XB 1GFGA 4H91A 5KXZA 1JISA 3WVYA 1VDTA 2HUBA 2MEAA 3TMWA 2Z38A 2ZIJA 4Z3MA 3WPKA 4MSTA 1IP5A 4H92A 1GAYA 3P65A 2HEEA 1CJ7A 1LSPA 5L3HA 2FBDA 1HEOA 1J1PY 1LYZA 1OUIA 2MECA 3TXBA 4CHXA 4RW1A 1LJNA 4LYOA 3LYOA 1GE2A 1CNSA 1LSZA 1HENA 4KT3A 1LZ6A 1FLQA 1IWXA 1NMMA 1XEIA 3AZ6A 3B0OA 4N5RA 4WLXA 1OUFA 3AW6A 1XGRC 2F4AA 1CKFA 5J7CA 2X0AA 2G4QA 1BHZA 4D9ZA 4LT0A 1I20A 5LYTA 1HEPA 3EBAB 1HNLA 4ETCA 1B7SA 1LSYA 5FSTA 9LYZA 1G7LC 1FKQA 1VDQA 5B1FA 4I8SA 1LKRA 3TXKA 4E3UA 1IWWA 3A34A 4PRQA 1IOSA 3A94A 5KXWA 3A95A 5C6LA 4HJYA 1WVUA 4M6DA 5KXMA 3TXFA 1NBYC 3LZTA 1UC0A 2BQBA 1GF6A 3WPLA 3B0KA 4BAFA 5KKIA 1GF3A 4GCCA 1NKHA 1LZ8A 4KL7A 5FDJA 5L9JA 1QUSA 1YL1X 4PHIA 1LHMA 4ETBA 1NDMC 1GFVA 1LZGA 1DI3A 1AKIA 1GHLA 4B0DA 4WL7A 1LPIA 4HSFA 1OUEA 2GV0A 2HEFA 3P68A 1QSWA 132LA 2MEBA 5FCPA 4XJDA 3M3UA 4HTQA 3AZ7A 4WLDA 4WO6A 1LZ5A 2ZILA 4ML7A 4B49A 1OQMA 3CSQA 2Z19A 3WU8A 1IY4A 1IP2A 3W6EA 3QE8A 1B5VA 2BQJA 4FDYA 1D6QA 2IFFY 3BKHA 3P66A 4H93A 5LA8A 5LIOA 4B4IA 1LMOA 2MEEA 5AMYA 3CT5A 1LMTA 1SLYA 4WM5A 5B59A 1TDYA 3K3TA 1WQNA 2F4GA 5LAGA 2BQCA 1F0WA 1FLUA 2BAAA 1YAQA 1GB6A 3LYZA 5E9RA 4NWHA 4XJIA 3AJNA 1GF0A 1RJCB 4CFPA 1B7OA 1XGTC 4NGVA 1DQJC 3CSRA 1B5UA 4DC4A 5IELA 5KXKA 5D5CA 1GFRA 1ALCA 3G3AB 1UIGA 5M1YA 1CJ8A 1XGPC 2DQJY 4W94A 3KAMA 1IOTA 4HPIA 5KJ9A 5B05A 4NGWA 2BQAA 1BWJA 4AGAA 4ETDA 1NWGA 4LZTA 4BADA 1LMPA 6LYZA 4G4BA 1LMNA 2W1XA 1IP7A 2H5ZA 4BAPA 4DD9A 1HMKA 1GB8A 1OUCA 3W6AA 2NWDX 2FYCA 1VDSA 2LYZA 5LYZA 3W6CA 5FHWA 1LAAA 1LZNA 1D9UA 1IR8A 5APFA 1ZVHL 4NHIA 4RLMA 1AT5A 1HSXA 3E3DA 4XN6A 5II3A 4NGLA 1IY3A 1GF9A 1UA6Y 3SP3A 5APCA 1TAYA 1HMLA 3WU7A 1YIKA 3B6LA 1XSFA 2XBRA 1LHJA 1UACY 1DZBX 2B5ZA 1UIDA 4UWNA 4HTNA 1JITA 1FDLY 2ZYPA 2LZTA 4J7VA 3TXDA 2YBMA 1RE2A 1B0DA 1ZVYB 3OK0A 2ZYCA 2EQLA 3W6FA 2YBIA 1GAZA 4GLAA 2Z18A 1GB5A 1GBXA 1TBYA 4DD3A 5APDA 1BB5A 1GFTA 1XGUC 1NHEA 1GFHA 3CB7A 4R0FA 4IJ4A 1IR9A 3WYHA 5F14A 4OOTA 1IP1A 1BB7A 3OJPA 2ZQ3A 1YAOA 1QTEA 1REXA 4UWVA 4NSGA 4R6CA 1HERA 1GF7A 4GN5C 1LJIA 3LN2A 1KXXA 4BS7A 1GWDA 1IP3A 4FJRA 5F81A 1I1ZA 8LYZA 3WUAA 4LFPA 2HECA 3WXTA 4G49A 4NFVA 1YKZX 2BQFA 3N9AA 4NSIA 2DQGY 3A96A 1DPXA 2MEHA 4HV2A 4TX7A 4QY9A 4J0LA 1LYYA 1YL0X 1GBZA 2W1YA 5DLAA 2BQDA 2G4PA 1IVMA 1B5ZA 4Z98A 4ETAA 4WOAA 1YAPA 3AYQA 1VAUA 4YF2A 1IORA 1LZCA 1ZV5L 1FN5A 3LZ2A 1QUTA 1JIYA 1EQEA 4LGKA 2DQHY 1EQ4A 1NDGC 1GB2A 1LZ1A 1YANA 2ZQ4A 5ILCA 1GBOA 4NGZA 1JJ1A 1OUDA 1LZ4A 4PRUA 1JJ3A 4YENA 1BB4A 4O34A 1CJ9A 4EOFA 3G3BB 2I6ZA 1LJHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I14A 145LA 4CGEA 1L77A 3WVXA 3C82A 1JKAA 2IHLA 3QY4A 2BQHA 185LA 1C63A 3A90A 2DQFC 1JJ0A 1L47A 3D4SA 2NTHA 2F2QA 1GE0A 4LDLA 4DD7A 2YDGA 4N8ZA 1L35A 2W1MA 2RSCA 2YBLA 1UCOA 3C8QA 1QS5A 1QIOA 3G3WA 2D4KA 4W51A 2HU1A 1IO5A 3RNXA 5IDDA 2B73A 3HTGA 3BKVA 4HPEA 1YQVY 1CUQA 1UIBA 4EKPA 1SX2A 3DN4A 4PK0A 2I26L 1WVVA 1L13A 3RUNA 1L26A 3AW7A 1UIEA 4YEMA 237LA 2Z39A 3T6UA 4N1EI 4ET9A 4NSHA 3LYTA 3C8RA 2LHMA 4ZFPA 2RB1X 209LA 1LSDA 257LA 4ZPUA 1REMA 1WTHA 4ARQB 215LA 1BVXA 1QUGA 3C7YA 3SBAA 2DQIY 1L01A 1C10A 3DN0A 1HF4A 5DM9A 2RBQA 2RBPA 3CSZA 1BQLY 4YOPA 1QTCA 159LA 1LGWA 4NGYA 1L43A 2ANVA 4H9AA 1WQRA 2Q0MX 1C6EA 5I5QA 1GBSA 210LA 3P4ZA 1LYEA 4PJZA 1D3NA 4DJHA 1LJGA 1LZRA 1LLHA 3GXKA 191LA 1ZURA 1LPYA 1CKGA 4XJBA 1OP9B 1WQQA 1QTBA 4CJ2A 1G0KA 1L70A 3PDSA 1OUBA 4ARQA 4LYTA 223LA 1P2CC 2BQOA 1AZFA 5LVGA 1PQDA 1JUGA 1LJEA 1MLCE 2D4JA 2YVBA 1LI6A 1WQPA 245LA 1L32A 3RZ4A 119LA 4W58A 1L30A 2CWIA 3AGHA 1CX7A 3RW8A 2LYOA 1LJJA 1LZEA 3NYAA 4XJFA 1FLWA 1LYOA 1GBWA 171LA 3AZ5A 4G4HA 2ZNWY 1PQOA 2D91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXN A;  3N9E A;  1V7S A;  1BB6 A;  1JTP L;  1JWR A;  1IR7 A;  1YKY X;  1H6M A;  1OUG A;  4TSB A;  1QTK A;  3D9A C;  3B0I A;  4GCD A;  1GFK A;  5A3Z A;  5LVI A;  4CFO A;  4CGE A;  3WVX A;  3TMU A;  4XJH A;  3TXG A;  1BVK C;  4DD0 A;  1JKA A;  5C6I A;  2IHL A;  2W1L A;  4DD1 A;  4H8Z A;  3QY4 A;  4LT1 A;  2BQH A;  2YBN A;  3N9C A;  3LYM A;  1NQI A;  1LSF A;  1RI8 B;  3A3Q A;  3A90 A;  2DQF C;  1INU A;  1OUH A;  1JJ0 A;  5HNC A;  4WLY A;  3A92 A;  1H87 A;  3IJV A;  1LSG A;  3A67 Y;  1GE0 A;  5I53 A;  2N5Z A;  4WL6 A;  2Z37 A;  4LT2 A;  4C3W A;  4DD7 A;  3FE0 A;  2YDG A;  4N8Z A;  3ZVQ B;  2W1M A;  3J6K A;  1IWZ A;  1IIZ A;  4H9H A;  4NHP A;  1LHL A;  4NEB A;  2RSC A;  208L A;  3TXH A;  3VWO A;  1CKD A;  1UCO A;  2YBL A;  4TWS A;  1QIO A;  4NY5 A;  2MEF A;  4X3B A;  1GB7 A;  2D4K A;  1IWV A;  2C8O A;  2HU1 A;  4ET8 A;  5L3I A;  3CT0 A;  1IO5 A;  1F6S A;  3RNX A;  4WM3 A;  5IDD A;  3ATN A;  1KIQ C;  4H8X A;  4PPO A;  3A91 A;  3TMX A;  1QQY A;  3BKV A;  4HPE A;  1YQV Y;  1HC0 A;  3TXI A;  3RT5 X; 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 1HSX A;  3E3D A;  4XN6 A;  5II3 A;  4NGL A;  1IY3 A;  1GF9 A;  1UA6 Y;  3SP3 A;  5APC A;  1TAY A;  1HML A;  3WU7 A;  1YIK A;  3B6L A;  1XSF A;  2XBR A;  1LHJ A;  1UAC Y;  1DZB X;  2B5Z A;  1UID A;  4UWN A;  4HTN A;  1JIT A;  1FDL Y;  2ZYP A;  2LZT A;  4J7V A;  3TXD A;  2YBM A;  1RE2 A;  1B0D A;  1ZVY B;  3OK0 A;  2ZYC A;  2EQL A;  3W6F A;  2YBI A;  1GAZ A;  4GLA A;  2Z18 A;  1GB5 A;  1GBX A;  1TBY A;  4DD3 A;  5APD A;  1BB5 A;  1GFT A;  1XGU C;  1NHE A;  1GFH A;  3CB7 A;  4R0F A;  4IJ4 A;  1IR9 A;  3WYH A;  5F14 A;  4OOT A;  1IP1 A;  1BB7 A;  3OJP A;  2ZQ3 A;  1YAO A;  1QTE A;  1REX A;  4UWV A;  4NSG A;  4R6C A;  1HER A;  1GF7 A;  4GN5 C;  1LJI A;  3LN2 A;  1KXX A;  4BS7 A;  1GWD A;  1IP3 A;  4FJR A;  5F81 A;  1I1Z A;  8LYZ A;  3WUA A;  4LFP A;  2HEC A;  3WXT A;  4G49 A;  4NFV A;  1YKZ X;  2BQF A;  3N9A A;  4NSI A;  2DQG Y;  3A96 A;  1DPX A;  2MEH A;  4HV2 A;  4TX7 A;  4QY9 A;  4J0L A;  1LYY A;  1YL0 X;  1GBZ A;  2W1Y A;  5DLA A;  2BQD A;  2G4P A;  1IVM A;  1B5Z A;  4Z98 A;  4ETA A;  4WOA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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