3LZIA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Substitution of Ala for Tyr567 in RB69 DNA polymerase allows dAMP to be inserted opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine .
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 317
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3lziA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3lziA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lziA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3lziA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3lziA03
4FLVA 1QSLA 1RCHA 3M8PA 4FJXA 2Z1IA 4E7HA 1LWFA 3ALYA 1KRPA 3TAMA 4DSKA 2OPPA 4OPKA 5HRSA 4FZYA 2OPQA 4CEBA 1IO2A 4OGEA 2G8UA 3K58A 3WNEA 3TAQA 1S1UA 1JLAA 4OKKA 1NJZA 2Y1JA 4JLHA 2QXFA 1NKBA 4KB1A 4DWIA 1DTTA 4KHYA 3G0ZA 3VQQA 1QE1A 4ELUA 1J5OA 3VQ6A 1BCMA 3KLIA 2EHGA 1S1VA 3PX6A 2HNDA 4OVLA 1VSDA 3P83D 3CFOA 4G1QA 3ZSWA 5HRNA 4Y1CA 2YKNA 3AVFA 3S3OA 3ZT2A 2R7YA 3NCIA 4HCBA 4KHUA 1RT4A 1BIZA 3VQDA 1TKTA 3AA3A 3OJUA 5CZ2A 5I3UA 1NJXA 1IG9A 1ZBFA 3M8QA 5J2PA 3HL8A 3OYGA 5JS2A 4C8NA 4DMNA 3HO1A 3PV8A 1HQUA 4QOZB 4DSFA 3VQEA 4FLTA 1VSKA 4EP4A 1UA1A 3RRGA 3HP9A 3HM9A 4C8MA 2DFFA 1JLEA 3L2QA 3JSMA 4MFBA 1TKZA 3C95A 4B9MA 1JXEA 4E89A 1C0TA 5HBMA 4W5NA 5FDLA 4CF8A 3LWLA 1BQMA 2YHAA 2BE2A 2D0CA 1UAXA 3A2FA 1GOCA 1RTJA 1BISA 4FLWA 3TAPA 2IGIA 4DFKA 1MU2A 2RPIA 4C8OA 4FJ8A 4KRFA 3VQ7A 2RN2A 3T3FA 3HSTB 4LSLA 3K5LA 1NJWA 3TAFA 1X1PA 1C0MA 3HVTA 3OYHA 4Z4EA 2BGGA 4B3OA 5J2MA 1BCOA 2HHVA 1S9GA 1FKOA 4CFCA 3KD5E 3V9ZA 2WOMA 3HP6A 4BACA 4ELTA 3V9WA 3M8SA 2P5OA 3C94A 4CGHA 2WONA 4DFJA 4Q0BA 4HUEA 4K8ZA 4KAZA 4DTRA 1LAVA 3PY8A 4FW1A 1HNIA 3LANA 4FJIA 3RWUA 4CFAA 1WLJA 5KGXA 4F3TA 2XO7A 4BWMA 4RW6A 2IOCA 4DF4A 2I5JA 1KTQA 4CJFA 4FJLA 4M42A 1KFDA 3AO2A 3V6DA 3LWMA 4E0DA 5FROA 4CHQA 1IKXA 4O0JA 4NYFA 4DSEA 1WAJA 1JL2A 4O55A 2NUBA 5CYQA 3VQ4A 1TK8A 3CFRA 4YNQA 3SUNA 3F73A 3VQBA 5C24A 3VQAA 1RDBA 3KKRA 4W5TA 4DTUA 5CYMA 3OY9A 1WSJA 3NH1A 4DS4A 3AVNA 3SYZA 4CK1A 4CIEA 1HJRA 2IDOA 5HP1A 3V81A 1GOAA 1NK8A 4CGDA 2HHTA 2PZSA 1J54A 3K57A 4PWDA 4IBNA 3MEGA 2FBYA 4N56A 1UOCA 4FLZA 1CXUA 2HNZA 3OYJA 4M3RA 4FM2A 4HTUA 1XC9A 4PQUA 4DTSA 4CEAA 1BHLA 1RDDA 1RTHA 4Z0UA 4RW4A 4CHNA 1ZBUA 3V9UA 3L2VA 4CJ4A 4DG1A 3V4IA 1I3AA 3DI6A 1JL1A 3ZSZA 2HB5A 1RT6A 3NF8A 2DTUA 3DLEA 2XY6A 1DLOA 1D8YA 4FLUA 2OZSA 3AVKA 3MXIA 3OS1A 2XY8A 1SL0A 4PY5A 3SUOA 4FK4A 2X6SA 4CGFA 3O3FA 1L5UA 1SL1A 3HPGA 4GMJB 5HLFA 1C1BA 4DU1A 4CJPA 4IFVA 1RT3A 4E7KA 3NE6A 4I9QA 4J2BA 1LWCA 4AHUA 1A5XA 3HJFA 1RT7A 4UQGA 4DU3A 3ZSVA 1TAQA 2Z1HA 3LP1A 4CF1A 5DK5A 4BWJA 4CF9A 4ID1A 5HROA 4L8RB 1YTUA 3K2PA 3VQ9A 3U3YA 1NJYA 3I0RA 4B9NA 1RILA 4H4MA 4DS5A 4KREA 4DF8A 1IKWA 1WSHA 4ZTFA 3C6TA 3OYDA 4Z4FA 2YNIA 1SV5A 1SUQA 1Z26A 4CJWA 4DFMA 3C6UA 4OKEA 4CJVA 1X9SA 4N76A 2HHSA 3ZT3A 3ASMA 1FXXA 4N41A 4LD0A 4DTMA 2PY5A 4CJSA 3S9HA 1Q9XA 3VQ5A 1L3VA 3PO5A 3G10A 3OYIA 4IFYA 3SJJA 3KD1E 4CF2A 1EETA 3DM2A 1GOBA 4NCAA 3L2UA 4B9UA 1U45A 1BGXT 1B9FA 2VWJA 1EX4A 4FM0A 5KRTA 1LV5A 3HVRA 3ITHA 3DOKA 4FW2A 3MEDA 1TK0A 2G8IA 4F8RA 3LALA 1RDAA 4W5QA 2EX3A 1JLGA 3DRPA 3QO9A 1ZBLA 1LAWA 2B6AA 5DMRA 3LDSA 2ETJA 4Z4HA 3RR8A 4M41A 4WE1A 1S1TA 1EP4A 4CEOA 4ICLA 3SQ1A 4CFDA 3NAEA 1BL3A 1W0HA 2ITGA 4ZTJA 2G8HA 4KHQA 3L3UA 4NCGA 4XIUA 3TI0A 3IS9A 3KIOA 1L3SA 4FJGA 1S6QA 4CHZA 2RF2A 3D45A 2Q3SA 1EKEA 2XRIA 4FJJA 4ZHRA 3SPYA 3AA4A 1T7PA 4FXDA 3MXJA 2D5RA 3LP0A 3BGRA 4HUFA 2E6MA 2HHUA 4H8KA 3KK2A 3I0SA 2YNGA 1RDCA 3SQ4A 3NF9A 4E19A 5KTQA 2QKKA 3DLBA 3L8BA 4M3ZA 2A1RA 1S9EA 3ZSXA 4K8XA 1RBVA 4OJRA 4FCYA 3QEXA 4CF0A 1U49A 1R0AA 3DRSA 3AV9A 4CCHA 2VWKA 3DMJA 3OYCA 3CFPA 4BDZA 2HW3A 1O1WA 4FJKA 3T19A 2D0BA 3TWHA 3ZSQA 4E7JA 3NF7A 3T1AA 3LP3A 4IG0A 1WSIA 4I2QA 1VRTA 3AVHA 3KKSA 1FKPA 2G8KA 4FZXC 3SI6A 1S1XA 2QK9A 2GBZA 3AVJA 5SWMA 1Y97A 4Z4GA 1J53A 4DTJA 3QNNA 3NH2A 4J2EA 4W5RA 3OYNA 1TGOA 2JGUA 1L3TA 1TAUA 1RTIA 3TR8A 4CE9A 4CHOA 1W9HA 2FBTA 2X74A 2Y1IA 4CIFA 5KGWA 3PO4A 3AVBA 3SCXA 1JKHA 3LZIA 1YVUA 2OYQA 3RMDA 5KRSA 1X9WA 3AO5A 3RMBA 1XHZA 2G8VA 4DQRA 2FC0A 4F3OA 1HNVA 4KTZA 4DSLA 4FJHA 4B08A 3K59A 3UIQA 2A1SA 4BE0A 2HNYA 4DLEA 1VSJA 4CGIA 4LSNA 3MECA 5E41A 2VG6A 1IH7A 2OPRA 1LW2A 4CERA 4M3TA 2XY5A 3OYFA 4AHSA 1VSFA 1JLFA 2IAJA 1Q9YA 3ZT4A 1SKRA 4CJTA 3NBPA 4RG8A 1TV6A 4FK2A 3EYZA 2GUIA 3ZT1A 1S6PA 2HMIA 3HK2A 3VQCA 1RTDA 3VN5A 3D0PA 2F8SA 3EY1A 3DLGA 4HCCA 1XI1A 3SQ0A 2LSNA 2ZQBA 3NHGA 4FJ7A 3P5JA 1T05A 4FM1A 4LH5A 1XWLA 1QTMA 1BI4A 3WNFA 1CZBA 3HXMA 3QINA 1TL3A 1ZYQA 4FJMA 3LZJA 4EZ9A 4FVMA 3NF6A 5JS1A 4M3UA 3K5OA 1WNSA 3SNNA 2HHXA 5FRMA 1KLNA 4J2DA 4BDYA 4CEZA 3M8RA 2E6LA 3AVCA 3TARA 1BIUA 1Z25A 3AVGA 1VSHA 4NYNA 1NK4A 1S5JA 1C1AA 1IKVA 4I7FA 3EZ5A 3QNOA 4DQPA 1C6VA 3OYAA 3RTVA 1A5WA 3B6PA 3DRRA 3U3GA 4CJKA 2HHQA 2HVIA 3TABA 1QSYA 1TL1A 3O4NA 3V9XA 3PUFA 4DTPA 1DTQA 4FJNA 1ASUA 3B6OA 3E01A 1VSLA 1ASWA 3SUPA 3ZSYA 4Z4CA 3AVLA 5SZTA 3IG1A 3HYFA 3FFIA 3V1OA 3NGIA 1KCFA 4Q5VA 4HVJA 1LWEA 1SL2A 4DU4A 3ZSOA 4CJ5A 3AO1A 3KLEA 1NKCA 4CEQA 4KI4A 4CK2A 1G15A 3NGZA 4J2AA 4OLAA 3KTQA 1XHXA 3VQ8A 2KTQA 2OA8A 1EXQA 2D0AA 4KHNA 4CGGA 2O4IA 4AHRA 1C0UA 5CY4A 1ZBHA 3DLKA 4QCLA 4RW9A 4NCBA 2Z1GA 2P1JA 3RR7A 1ITGA 4CECA 2KZMA 2E4LA 4CJ3A 4KO0A 1T8EA 4YFUA 1JLBA 2X78A 2BDPA 1QS4A 3CYMA 3IRXA 4B9LA 3L2RA 1NK6A 4B8CA 2FBXA 4M45A 3DLRA 3OVNA 5T7BA 3VA3A 4DSJA 1U48A 3U6FA 3V9SA 3LAMA 3QEIA 3PX4A 1SKWA 1TK5A 1TKDA 4E1MA 4B9SA 2F96A 4O44A 4CHYA 1HQEA 3AO3A 4N47A 3S3NA 4Z4IA 1KLMA 1HYVA 3AA5X 2PYLA 2B4JA 2O4GA 2ZD1A 2XHBA 3QESA 4CJLA 3KLFA 1KSPA 4F2RA 3PX0A 3LPUA 4EP5A 4OPJA 3IAYA 1NK7A 2KFNA 3LAKA 4FK0A 4PA1A 4DLGA 3V1RA 3QIOA 3AA2A 4AH9A 3JYTA 5J2NA 2FBVA 3MEEA 3I8DA 3K5NA 1D5AA 1D9DA 4KHSA 4LY7A 4FLYA 4OLBA 4OGCA 4JS5A 4JS4A 4M3YA 1QQCA 2P51A 2G8WA 3QERA 5I42A 3L3VA 1KFSA 1NOZA 1RNHA 3OYMA 2KFZA 3AVMA 3ZSRA 1I39A 4AILC 1FK9A 3QETA 5C25A 3RMCA 3RRHA 2B5JA 1HMVA 5EU7A 4IKFA 5J1EA 3KK1A 4CGJA 4DSIA 2OPSA 1J9AA 3KJVA 4CJEA 3WNGA 4DQSA 5C42A 4C8LA 2KZZA 3F9KA 1BQNA 3K5MA 1BI4B 2YNHA 4B9VA 2P5GA 1U47A 4GVMA 5CZ1A 1NK9A 1N6QA 2YHBA 4E7IA 1KVCA 1WSFA 3O3GA 3RMAA 4CJUA 4E7LA 4GW6A 3NH0A 3OYKA 4CEEA 4AHVA 4BE1A 4B8AB 4RW8A 4CJRA 4W5OA 2YKMA 1NOYA 3H08A 1NK0A 4O5BA 5K14A 4BE2A 1N5YA 2G8FA 3AVAA 3QEWA 2VG5A 1TVRA 4OKJA 2X6NA 3ULDA 4DTXA 4KTQA 3S3MA 4KI6A 3VA0A 3DOLA 4JRQA 1B9DA 3KK3A 4FJ5A 1ZBIA 1IKYA 3TAGA 4FJ9A 1KVAA 1RT2A 1S1WA 1YT3A 3NGYA 3CQ8A 1X9MA 3BDPA 1RBSA 3DLHA 3WNHA 4B9TA 4O4GA 3OS2A 4DFPA 1WAFA 1QHTA 1HYZA 1ASVA 4ID5A 4M3WA 4E1NA 1NKEA 4F2SA 5KI6A 4I2PA 4PUOA 2VG7A 3AVIA 3OJSA 4EZ6A 2YNFA 1RT1A 3LP2A 4I9LA 4TSXA 4FYDA 2HVHA 3KLHA 2W42A 3CM5A 4E3SA 4AHCA 1L3UA 4QAGA 1RBRA 4CHPA 2IS3A 4CEDA 1WSGA 2PYJA 1B92A 1JXBA 4FZZA 2DFEA 1JLCA 5HRRA 4KPYA 1LW0A 3V1QA 4IDKA 1UA0A 2KW4A 5D3GA 2RKIA 5FRNA 1KVBA 3ISNC 3QLHA 4R5PA 1VSEA 4CIGA 1D9FA 2IC3A 3HPHA 3OYLA 4F4KA 3SPZA 2BANA 3OYBA 2DFHA 2QKBA 1NK5A 4M3XA 1F21A 3VQPA 3MXMA 4Y1DA 4CESA 1C1CA 3DYAA 3CG7A 5HRPA 3SZ2A 3THVA 4KTWA 4KFBA 4AHTA 2DY4A 1T03A 3P1GA 1WN7A 1VSMA 4DTNA 5J2QA 4CJQA 3TAEA 2AJQA 3SUQA 4DQQA 1TKXA 2JLEA 3CM6A 3ZCMA 1A5VA 4DQIA 1JLQA 4DTOA 4KHWA 2KQ2A 3QIPA 4RW7A 1HPZA 4CFBA 3HT3A 3L2WA 3SQ2A 3KLGA 1VK0A 3LPTA 3HPOA 4MQ3A 1HYSA 3NDKA 3O4QA 4HHTA 1Q8IA 2YV0X 4O0IA 1QSSA 3NFAA 3OS0A 3MAQA 1WSEA 4N5SA 1YTAA 1K6YA 3O3HA 2F8TA 4KB0A 4KKOA 4CK3A 4LH4A 4FLXA 2OZMA 4KV8A 3SV4A 1CLQA 3TANA 1SKSA 4BDPA 3QEPA 4JRPA 3ZT0A 2XY7A 1U04A 4CEFA 1VRUA 4ELVA 1CZ9A 1RBUA 1VSIA 3AO4A 2Z1JA 3OYEA 3SV3A 2GV9A 1REVA 2ZE2A 2HHWA 3QEVA 4H4OA 4HUGA 1HRHA 2ATQA 1UWBA 4C8KA 1U4BA 1RBTA 4IG3A 1CXQA 1RT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OA9A 1QSLA 1RCHA 1BA0A 3M8PA 3ALYA 2RKHA 5HRSA 3BZKA 2GX9A 4JKGB 1S1UA 3TAQA 3OHRA 1NJZA 5LJVA 2P9IA 3VEVA 4RTFD 3VQQA 1FZIE 2JH9A 3OGMB 2P1NB 1S1VA 3PX6A 3P83D 3CCLN 1P8ZA 3ZT2A 4HCBA 2J4RA 1XVBE 3GL1A 3OJUA 4BRHA 2PFTA 1LDKE 1GLEG 4DKWA 2MZWB 5J2PA 3HL8A 4DMNA 3PV8A 4A59A 3EKSA 4BR4A 2DFFA 4BR9A 4DUZK 1TKZA 3MCPA 3CPWM 2A41A 1X3NA 3O8MA 4GKJK 3MWPA 1BUPA 5IREA 3T7ZA 5HBMA 4H5TA 3ZEUA 4B3RK 4AM7A 1BQMA 2YHAA 2D0CA 2QWPA 4FLWA 3UKUA 4C1NK 3N4PA 4C8OA 3VQ7A 2RN2A 2FSJA 1X1PA 3VGMA 5EXWA 1JCGA 2BGGA 1M90O 2HHVA 4IJAA 1S9GA 4CFCA 3V9ZA 2WOMA 3D6RA 3C94A 4CGHA 4BRMA 4DFJA 4Q0BA 2A5XA 1GLFO 4JKCA 2NNWA 1HNIA 4F3TA 3TSUA 4BWMA 4RW6A 1NMDA 2I5JA 1KTQA 4CJFA 4FJLA 4M42A 4PL7A 1K73O 3V7DB 1IKXA 3KWGA 3A5LC 4O55A 4PKHA 3VQ4A 3H1VX 4YNQA 4W5TA 3KKRA 3OY9A 5CYMA 2ZJRL 1OH6A 4LF4K 2P9IB 3O9QA 1HJRA 2IDOA 3ZETB 1OVQA 1WOQA 1NK8A 3R8EA 3L4QA 2HHTA 4DV6K 1W2BM 1M1KO 1HPMA 2HNZA 3WEEA 4BROA 1HUXA 4CBXA 4CEAA 4ILHA 3V9UA 1E4GT 4DG1A 3V4IA 1JL1A 2FSNA 1RT6A 3NF8A 5FRMA 1GLJO 3O80A 3SUOA 2X6SA 1L5UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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