3LZIA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with datp opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine
Total Genus 317
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
317
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Substitution of Ala for Tyr567 in RB69 DNA polymerase allows dAMP to be inserted opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine .
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 317
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3lziA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3lziA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lziA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3lziA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3lziA03
3V6DA 1YVUA 2XY6A 4F4KA 1SKWA 2G8WA 4I9LA 2DFHA 4DTMA 3ALYA 3WNFA 3OYBA 4J2EA 1QQCA 1TL3A 1ZBFA 2X6NA 2ZQBA 4IFVA 3SUNA 1SKSA 3LP3A 3K5MA 1L3SA 1D9DA 3AVNA 4ID1A 1HQUA 1TKZA 2VG7A 3AO5A 1JLQA 3KLEA 4FJ7A 3AVBA 3LALA 5CYMA 4M3YA 3V1OA 4GVMA 4AHSA 1KTQA 1EKEA 4LSNA 1KLMA 4CEAA 1CZ9A 1F21A 1C1CA 1WSFA 3OYAA 4KTQA 3NBPA 3KLGA 3ISNC 3KK1A 4FLUA 1EX4A 1NK8A 1KCFA 4QAGA 4FLXA 1C1BA 2X6SA 4M41A 1T05A 4LY7A 2IS3A 4LSLA 2WOMA 1XI1A 1MU2A 5J2MA 4BACA 2Z1IA 1QSSA 3L2WA 1VSEA 5HRPA 4I9QA 1ASUA 4W5RA 4F3OA 2D5RA 4FW2A 3SZ2A 1HPZA 1HYVA 2BGGA 1VK0A 3ZCMA 3LZJA 5DMRA 1S9EA 1WSEA 5FRNA 1DLOA 2FBVA 4E7IA 4EZ9A 3I0RA 4NYFA 1JLFA 4B9TA 3ASMA 2RKIA 2QK9A 3UIQA 4FLVA 4B9NA 1JKHA 3LWMA 3LP2A 3L2VA 4DSLA 4CIEA 4N56A 3O3FA 4CJQA 4KFBA 4OGEA 4B9UA 4F2RA 3EYZA 4DTUA 3TABA 4RW6A 2O4GA 3NF6A 3CM6A 4JRQA 4EP4A 1ZBUA 5J1EA 2DFEA 3VA3A 4AILC 4N41A 4DTXA 4HUGA 5C42A 2QKKA 4DS4A 4CJRA 3T19A 4N5SA 4OKJA 2OPSA 4AHCA 3L2RA 3K5LA 1RILA 1WAFA 1LW2A 1BCMA 5HRRA 3ZT0A 3MXJA 2FBTA 3VQ4A 1B9FA 4DTNA 3T1AA 3AA4A 4DTJA 1ASVA 5JS1A 3DOLA 3AVFA 3NE6A 1BL3A 2KFNA 1TVRA 2OZSA 1D5AA 3V9SA 4KB0A 4BE1A 1RTIA 4N47A 4NYNA 3VQDA 1XHZA 4DG1A 4CCHA 5T7BA 4RW8A 2NUBA 3CG7A 3P5JA 3QO9A 4RW4A 2KFZA 4DQIA 5J2NA 3NDKA 3TR8A 3ZSWA 3ZSRA 4HCCA 3RTVA 4Z4EA 3KK3A 4CFCA 2X74A 3L3UA 1BGXT 2DFFA 3RMCA 3CQ8A 2YNGA 4CJTA 3F9KA 4CK3A 3F73A 1L5UA 4CGHA 1ASWA 3DLEA 3HXMA 3PX0A 3KTQA 3ZSZA 1HNIA 5KGXA 2YKNA 3AA2A 1WSIA 3QEPA 1L3VA 4J2DA 3QESA 1HJRA 3PUFA 4YFUA 3OYLA 2QXFA 4F3TA 1CXQA 4O0JA 4FZYA 3WNHA 4ELVA 3QEIA 4IKFA 4CEZA 1C0MA 5CZ1A 1C0TA 1RBVA 4FVMA 3CYMA 3AA3A 3KKSA 1KRPA 1EXQA 1U47A 3IAYA 2OPQA 5HBMA 4DQSA 4N76A 1JLCA 4FLTA 4Z0UA 2HB5A 2IC3A 3S3OA 5C24A 4CE9A 4NCAA 3LPUA 4HUFA 3NFAA 4BDYA 3DLBA 4CESA 4FZZA 3MEEA 1CZBA 5CZ2A 1RT2A 1TKDA 3AA5X 1NKEA 4FJXA 3OJSA 2ZE2A 4C8OA 2G8VA 3SPZA 1SUQA 2IOCA 3IRXA 2F8TA 3ZSOA 5D3GA 2HHXA 3TAQA 2FBXA 2Z1HA 3NCIA 1FK9A 4BWJA 2G8UA 3NF7A 4KKOA 3RMBA 3OYFA 1YTAA 2YHAA 3G0ZA 3VQPA 2G8KA 4EZ6A 1JLBA 5FRMA 4W5NA 1IG9A 3NHGA 2VWJA 2EHGA 3C6TA 3ZSVA 4BE0A 4OLBA 4DTOA 3I8DA 1VRTA 2BE2A 4I2QA 1RDDA 1NOYA 1RT3A 2IGIA 2F96A 4JLHA 3NH0A 3AVAA 4CFDA 4OPJA 1VSIA 3PX4A 2OZMA 1IKVA 1YT3A 3ULDA 1TK5A 2B5JA 3QINA 4KI6A 3L8BA 4B9MA 2HHQA 2RPIA 2G8FA 1BQMA 4DU4A 4PUOA 3P83D 3K59A 3SPYA 2JLEA 3OYEA 3OVNA 1ZYQA 3K5OA 1NKBA 1JLGA 3VQQA 3VN5A 4BE2A 4KPYA 5I3UA 1GOAA 1KVAA 2HNDA 4BDZA 3DLHA 3OYKA 1L3TA 1XHXA 4FXDA 5C25A 2YNFA 1UA1A 4CERA 5KGWA 2W42A 3V9WA 5JS2A 4DFPA 3VA0A 1LAWA 4CK2A 4JRPA 3ZSYA 4M3ZA 4FM0A 3RRGA 3DRPA 1GOCA 4CEOA 4ID5A 1CXUA 1RBSA 3AVCA 1RT4A 4E0DA 1FXXA 4CJLA 3CM5A 3SI6A 4GW6A 5EU7A 4E19A 4LH4A 4OLAA 1NK6A 4RW9A 4CGGA 1RBRA 1VSMA 3C94A 2XO7A 4IG0A 4Z4IA 1B92A 1RBTA 2VWKA 3IS9A 3LANA 4CJVA 3LAMA 4FJNA 4CIGA 2HVHA 4O44A 1CLQA 1HQEA 4FLYA 3ZT1A 4E7HA 4M3UA 1KVBA 2WONA 2P5GA 3H08A 4DFJA 1NJZA 3TAPA 4C8KA 1RTJA 3DMJA 4UQGA 2HHVA 1LV5A 4E3SA 4DTRA 5HP1A 3SV3A 3TAGA 2Y1IA 4CJUA 2ITGA 3KLFA 4DQRA 3M8SA 2G8HA 4C8LA 3CFPA 4DFKA 2XY7A 4DSEA 1XWLA 4KHNA 4IBNA 4E7KA 3T3FA 2YNIA 3SQ2A 5K14A 3L3VA 4KHQA 3OS2A 3U6FA 4FLWA 1RT6A 1NK0A 3NF8A 1T7PA 1BIUA 2LSNA 4FLZA 2YHBA 1C6VA 2A1RA 4FJJA 4TSXA 4XIUA 4I7FA 2HHWA 1C0UA 4KREA 3S3MA 3QETA 2I5JA 3AVKA 3DM2A 1FKOA 4K8ZA 3AVIA 3QIOA 3TAMA 3SV4A 2E6LA 3SQ4A 4FJ5A 1TK8A 1TAQA 4J2BA 4ZTFA 4I2PA 2XHBA 3OYCA 4Z4CA 4W5TA 1REVA 1I39A 1HRHA 1BISA 4CF0A 3B6OA 3HP6A 4E89A 3HP9A 1SL2A 4DFMA 3TI0A 2EX3A 3RMAA 1X9WA 1UAXA 4ZTJA 4OVLA 4CHZA 3LP0A 4KTZA 3BDPA 4M3TA 3NGIA 3WNEA 3V1QA 3K58A 1J5OA 3NGZA 5E41A 4IDKA 1U48A 1O1WA 1HMVA 3EY1A 4RG8A 1N5YA 1A5WA 4E7JA 3MECA 1K6YA 3O3HA 4Z4HA 3SNNA 1L3UA 1S6PA 1DTQA 5KRTA 4Q0BA 1KLNA 3DOKA 1FKPA 4CJ4A 2XY5A 2P5OA 1I3AA 2AJQA 3KLIA 1BHLA 3OYJA 1KFDA 1RDAA 2HHSA 4DSFA 2YV0X 1W9HA 1HNVA 5HLFA 3HYFA 3VQ5A 3A2FA 4FM1A 3VQCA 1UWBA 4IFYA 3PX6A 4Z4GA 4CGIA 2G8IA 4KRFA 2HHTA 2PY5A 4PWDA 4CEFA 1U04A 3AV9A 4DF4A 4FJIA 4CHQA 1LAVA 4HTUA 3SUQA 3QERA 1KSPA 1X9SA 3M8RA 1NJXA 1Z26A 3K5NA 3TARA 3DYAA 4MQ3A 1EP4A 1NK9A 4GMJB 1KVCA 1S1XA 4B8CA 4B08A 2OPPA 1ZBIA 1TV6A 2Q3SA 5KTQA 1NJYA 1T03A 1Q8IA 1RNHA 3SUPA 4O0IA 4OPKA 4O5BA 3DI6A 5FROA 1NJWA 1TKTA 3HVTA 1QE1A 4QCLA 1BIZA 4DU1A 4KI4A 4M45A 2F8SA 4NCGA 4AHUA 3O3GA 2R7YA 4FCYA 4DS5A 4DF8A 3HPHA 1RBUA 1JLAA 3KD1E 4FJ9A 1U4BA 4F8RA 4FJGA 1TL1A 1WSHA 3QEVA 3RMDA 4M42A 1BCOA 4BWMA 3HVRA 1XC9A 1NK7A 2PZSA 4CJPA 3QNOA 2VG6A 3NGYA 1IH7A 1VSDA 3M8PA 1TK0A 4DQQA 1VSFA 4PA1A 4KHWA 3O4NA 3LPTA 4CHYA 3MXMA 4CF9A 3VQ9A 4E7LA 1QS4A 4CF2A 3MXIA 1U45A 4HHTA 1IKYA 1S6QA 4ICLA 3JYTA 3VQAA 4Z4FA 3LDSA 3ZSQA 4B9SA 3VQBA 1C1AA 1BI4B 3ZT3A 3S9HA 1JXEA 5HRSA 3G10A 4HVJA 3TAEA 4CF1A 1A5VA 4CGFA 2RN2A 1A5XA 4OKEA 2KQ2A 3V81A 4L8RB 2D0AA 1S1VA 3LP1A 3DLRA 4CJKA 2ATQA 4JS5A 2A1SA 2Y1JA 1D9FA 4KAZA 3HO1A 4FYDA 1J53A 4F2SA 5FDLA 4FJHA 3HK2A 1VSLA 3K57A 3KLHA 3TWHA 2GUIA 2IAJA 1TAUA 4KHSA 3AVJA 1ZBHA 1QSYA 3SQ0A 2YKMA 4DTPA 4DSJA 4FK4A 4M3RA 1G15A 3SCXA 3RR7A 1N6QA 1QHTA 4O55A 1Q9YA 4FK0A 4CJEA 2KZMA 2KW4A 4CK1A 3MEDA 4AHRA 4JS4A 3AO3A 2X78A 3OJUA 3OY9A 4H4OA 3WNGA 3OYDA 3V9XA 2YNHA 1NK5A 3O4QA 1VSHA 3RR8A 2HVIA 1S9GA 1GOBA 1NOZA 3L2QA 3EZ5A 1Z25A 3TAFA 3SJJA 4KHYA 2DTUA 4M3XA 5KI6A 1J54A 3VQ6A 3HPGA 4Y1DA 3VQEA 4MFBA 3NF9A 4CHNA 3LWLA 3HM9A 3AO1A 1ITGA 4KTWA 4R5PA 2B4JA 3TANA 1NKCA 4LH5A 2HW3A 1S5JA 2JGUA 3NH1A 1YTUA 2O4IA 1VSJA 1Y97A 4Y1CA 5CY4A 1RTDA 1BQNA 3DLGA 1VSKA 2OPRA 4CFBA 4CIFA 4DQPA 1JLEA 4B9LA 4NCBA 4B9VA 1SL1A 1RDCA 3AO4A 4CHPA 5SWMA 3OS1A 3OYIA 1X1PA 4IG3A 1NK4A 2Z1GA 4H4MA 1RCHA 3C95A 1WSJA 2QKBA 4DTSA 2BDPA 3AVHA 4CJ5A 2HNZA 2XY8A 4J2AA 4CEBA 3SQ1A 4KO0A 3U3GA 4CF8A 3NH2A 2XRIA 4RW7A 4DWIA 3QLHA 3THVA 3RRHA 2FBYA 4CEDA 4OKKA 4B8AB 4E1MA 4PY5A 4PQUA 1RT7A 4FW1A 3D45A 4DSIA 1LWEA 1SV5A 4C8MA 4LD0A 4CEQA 4DMNA 4DU3A 3S3NA 2PYJA 3AVLA 1J9AA 5KRSA 2PYLA 1U49A 5HROA 4KB1A 2KTQA 2OYQA 2HNYA 4WE1A 2D0BA 3HJFA 3V4IA 1JL2A 3KK2A 3KIOA 1TKXA 3HSTB 2Z1JA 4YNQA 3U3YA 1IKWA 4HUEA 2HHUA 3AO2A 3FFIA 1JL1A 2FC0A 3AVMA 2IDOA 2VG5A 3OYHA 3HPOA 3V9UA 2RF2A 3QIPA 1LW0A 3LAKA 4ZHRA 1W0HA 4DLEA 3I0SA 1R0AA 3HT3A 4DSKA 4CGJA 4W5OA 3V1RA 3D0PA 1RDBA 5CYQA 1RT1A 3ZT2A 3OYNA 1KFSA 4K8XA 2GV9A 3PV8A 3VQ7A 3RWUA 1LWFA 1Q9XA 3PY8A 3LZIA 5DK5A 4CJFA 1DTTA 5SZTA 4CEEA 3ZT4A 1RTHA 3K2PA 3DRSA 4FJKA 3KJVA 3HL8A 3SUOA 1ZBLA 3AVGA 1EETA 4E1NA 2B6AA 4O4GA 3NAEA 3QEXA 4AH9A 4W5QA 1QTMA 3IG1A 1WSGA 3ZSXA 1IKXA 4H8KA 1IO2A 1SL0A 4ELUA 2HMIA 5J2QA 2ETJA 4KHUA 2GBZA 1S1UA 2D0CA 4CGDA 3MAQA 3V9ZA 2ZD1A 1UA0A 2DY4A 3PO4A 3PO5A 3DRRA 3SYZA 4M3WA 3ITHA 1TGOA 1WLJA 4OJRA 4OGCA 1RT5A 4G1QA 3VQ8A 4AHTA 5J2PA 3CFRA 1SKRA 4CJ3A 1D8YA 4Q5VA 2E6MA 4KV8A 2KZZA 3KKRA 4QOZB 2OA8A 1HYSA 4C8NA 1VRUA 4FJLA 2P51A 3MEGA 3QNNA 3JSMA 1S1TA 4FM2A 3M8QA 4CHOA 3P1GA 2P1JA 4CJSA 4BDPA 4HCBA 4DLGA 2E4LA 1X9MA 1T8EA 3OYGA 4B3OA 1JXBA 1WAJA 3E01A 3DLKA 4CECA 5HRNA 4FJMA 3BGRA 4CJWA 4CFAA 1HYZA 3C6UA 4FZXC 1S1WA 3KD5E 4FJ8A 3CFOA 4AHVA 3OS0A 5I42A 3OYMA 3L2UA 3QEWA 4FK2A 1WN7A 1WNSA 1BI4A 1UOCA 2BANA 1LWCA 3B6PA 4EP5A 1QSLA 1B9DA 4ELTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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