3LZSA

Crystal structure of hiv-1 crf01_ae protease in complex with darunavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzsA00
3OHHA 1FKNA 5P5EA 3TL9A 2QHZA 2FIVA 3L3AA 4ER4E 5P28A 1B11A 5BS4A 5P27A 2BPYA 1RPIA 4CPRA 5P0PA 1FB7A 5P24A 5IVTA 3VV7A 4EYRA 1QRPE 1M43A 4X7IA 2RKFA 2P3BB 4OBGA 3QROA 4LC7A 2J9JB 3NU3A 5P3WA 3GI0A 4Y4AA 4YD3A 5DR7A 4ZSQA 1XN3A 3URLA 5ISJA 3UHLA 2IKOA 3AUPA 5DR8A 5OYUA 5P78A 3UFLA 3NDTA 3VSWA 4M8YA 1EC3A 5OZLA 5P40A 1ZPKA 3WB4A 4PHVA 1LF4A 4RCEA 4ACXA 4COEA 3EM4A 4QJ9A 3ZKXA 1XE6A 5AHAA 5TOLA 4I0HA 5KQXA 5OZ2A 5IVQA 5OZNA 5P3MA 3RVIA 5P1VA 5P8CA 3UDKA 4I10A 4FAFA 5P79A 2QZLA 3PVKA 1D4LA 5HTZA 3OAGB 2IL2A 5P02A 3EL0A 3KT5A 3INDA 1EPNE 5P3JA 1TCXA 3UDMA 4J54A 2A4FA 3RTMA 2BKTA 5P6BA 5P0AA 2AQUA 3IVHA 5P76A 1W6IA 5OZ5A 3R4BA 5OYVA 1M4HA 3PWWA 3OQAA 5OZPA 4Y3TA 3H0BA 5P5IA 2RENA 3VF5A 4U7QA 1ZBGA 4DPFA 2ZJKA 1MRWA 1LYBB 3PSYA 4B00A 4PZWA 2PSVA 2OF0A 3PLDA 5HCTA 4Y5NA 3LZSA 2OHRA 3O9FA 2RMPA 3D1XA 2QAKA 3TKWA 5P4KA 4R91A 5KR1A 1PPME 3VV8A 2V16C 5P6FA 5P8JA 1FQXA 3KMXA 3HAWA 2PYMA 2XFKA 3QN8A 2IKUA 1AJXA 4YD5A 3K4VC 4Y35A 1HOSA 1VIKA 4Y3YA 1HSHA 1LYAB 3UQXA 4QJ8A 3O9DA 1DIFA 2VA5A 2VS2A 4DPIA 5P6GA 4OBZA 3D20A 1SGZA 2WKZA 2R43A 3EM6A 3BGCA 4Y4ZA 1BWBA 5P0KA 4X2LA 1UH9A 5P4PA 2QMPA 3URIA 3SA7A 1HEFE 2PC0A 1SIVA 1FF0C 5IVSA 4D85A 1ENTE 5P0EA 2HAHA 4I0GA 1GVWA 1YT9A 5OZ8A 2G1OA 3LIXA 3OXXA 1MUIA 2BB9A 2ZE1A 5KR0A 1NSOA 4Y58A 2BKSA 1MERA 2JYSA 5OZ7A 5OZ3A 4Y43A 3VG1A 4HLAA 5EZXA 3LNKA 5P38A 1LS5A 3TH9A 4FCOA 1YTIA 3D1YA 5P8VA 5HE7A 3VYDA 1APUE 3GI5A 3BUHA 3TPLA 3OQ7A 4Y56A 2ER0E 4L1AA 5P7UA 2XYFA 4PYVA 4KB9A 1SMEA 5OZZA 2G22A 3PI5A 5JODA 1A30A 3KDCA 2WF2A 4APEA 4H3GA 2O4NA 5P10A 1MRXA 2R3TA 5APRE 5AH8A 4OBFA 5P42A 4Y3MA 4CMSA 5P07A 2WJOA 1HBVA 3OUDB 5P4AA 2G27A 4R8YA 2O4SA 4DQHA 5P5GA 4PPHA 2QU2A 3IAWA 1DPJA 3G72A 3SA8A 3LIZA 1ZPAA 1EPLE 1EPME 1HSGA 5P3UA 4LL3A 4U7VA 2OHSA 4Y3PA 3NXEA 4Y3XA 5P37A 4DJWA 3DCRA 5P44A 1YTHA 3QPJA 3OAGA 3BHEA 1IVQA 5P50A 3IXKA 4BFDA 1WBMA 2VIYA 5P7LA 5SXNA 4EPJA 3QBHA 1XL5A 3K5GA 1HTGA 3QVIA 2NMYA 2ER7E 1MTRA 3NUOA 5P14A 5P83A 3EL1A 5KOQA 5SZ9A 3QP0A 2HB3A 2PMAA 3NSHA 1HPOA 4Y3RA 3LITA 3ZKIA 5P5TA 3KMYA 2B8LA 5P08A 4Y45A 3VSXA 1EAGA 2VJ6A 1SH9A 5P7BA 3TNEA 1HVLA 2OHPA 3FNUA 4L7HA 1T6GA 3BUFA 3GW5A 3KA2A 5P1GA 4RZ1A 5P4MA 4HE9A 4EQJA 1IDBA 4YDGA 1LF2A 2UXZA 5P73A 1FG6C 1SGUA 4OC6B 2QI7A 2I4XA 5P25A 4TRYA 5P60A 1B6MA 4HDFA 1D4KA 3VUCA 3EKTA 5P0HA 3SA3A 1XS7D 3ZL7A 4Y38A 2QI4A 2F3FA 2IQGA 1HWRA 1GNOA 4I0IA 3TOFA 2AVSA 1BAIA 1K6PA 1UH8A 5DGWA 3K5CA 3OGQA 3UQUA 4GMIA 2FXEA 3MWSA 4QJAA 5P4HA 4RGHA 4YHQA 4FE6A 5P7JA 3HD8A 2NPHA 3JVWA 5P87A 2HB2A 5P0UA 5P6PA 5P15A 5P1XA 2I0AA 5P35A 3GI4A 1BIMA 5P3LA 5P5VA 4Y41A 2QZXA 2ZHSA 5P2WA 5PEPA 1HPVA 2OHNA 4OBKA 1GVVA 5P09A 4F75A 1DMPA 3TKGA 2QI6A 5P2OA 5AH7A 1FG8C 4Y5CA 5P3BA 4CPSA 4JECA 1EBKC 3PWMA 5P6XA 5P1NA 3CIDA 3FNSA 5P8TA 5IVRA 3KFNA 4Q1YA 3QAAA 3EM3A 4H1EA 5KOSA 5OZ1A 4DJYA 4HZTA 2IS0A 5ENMA 5P34A 4I0DA 4ZPFA 5P89A 3AIDA 3UCBA 2JXRA 3O9GA 1KJHA 5P7AA 1GVTA 4QJ7A 2AOJA 1BVGA 2FGVA 2I0DA 2HPFA 1EC0A 1IIQA 5P2VA 1B6PA 3SPKA 5P2JA 4Y5PA 4DJUA 3OU1A 3T7XA 1TSQA 4Y3EA 4FRJA 2B8VA 2ZHRA 3EKXA 3S85A 5P67A 5P30A 2J9KA 5P4XA 5OYTA 3L38A 5DQ5A 2G21A 3O9AA 4Y3LA 5P5RA 4JP9A 4YDFA 1WBKA 3R0WA 1AXAA 1D4YA 2WF0A 5P5DA 5P0VA 2ZJMA 1E82E 2ER9E 5HDUA 4J5JA 1K6TA 5P0RA 3I7EA 3CIBA 5P1YA 2HIZA 1APWE 4Y3GA 2AVVA 1HPSA 3RTNA 2Q55A 2V13A 1W50A 3BXRA 1EPQE 5OYRA 5P0DA 5P53A 4GYEA 2WEDA 4Y54A 5P75A 4F74A 5P2BA 3U71A 5P4ZA 3L5DA 1OHRA 2VJ7A 3L5EA 2Q54A 4I1CA 4Y5GA 4D89A 5P7NA 3CKRA 5P7MA 1EC2A 1B5FA 5I3YA 2B7FA 2Q15A 5P32A 3D3TA 3PI0A 5OZXA 5OZVA 3O9HA 3G70A 3Q6YA 3VF3A 4GJCA 2G1RA 3RTHA 4OBZB 2HB4A 3INEA 5EZZA 5I3WA 5P72A 2AOCA 2FDDA 4GJ6A 3IN3A 5COOA 5I3XA 5P8IA 3OGPA 3PMUA 3SM2A 1T7JA 1YTGA 3VV6A 5P4DA 3ZMGA 4A4QA 4Y5KA 3OUBA 5P4TA 2XYEA 5P2CA 1MTBA 2P8HA 1TW7A 5P4YA 4YCYA 2QD8A 3VFBA 4B78A 4J1CA 5P3GA 5HE4A 4Y48A 1IZDA 5P63A 2NXDA 5I70A 1ZLFA 4B77A 4L7GA 2ASIA 4I12A 1APTE 4B0QA 2VA7A 5P3PA 4EJKA 1YX9A 4Y5AA 1IZEA 3ZPSA 2Q11A 4Y4BA 1E80E 4LXMA 4Y3DA 4L1AB 1BILA 4KE0A 4B70A 4YD7A 4RROA 2QZWA 3CKTA 4GJDA 5OZFA 1AM5A 1GVXA 3FIVA 4Z4XA 3FV3A 4MC2A 4EHCA 3OWNA 3NUJA 4Z2ZA 1KJFA 1XDHA 1YM4A 3Q4BA 3QIHA 2Q5KA 1LV1A 3OTSA 1KJGA 1C70A 5P8NA 4Y3ZA 5P57A 5AHBA 5P2LA 2ZJJA 4OD9A 4FRKA 4Q1NA 2OHKA 4DH6A 4DJRA 3EKQA 3DV5A 4Y4JA 1LEEA 5OYYA 4J0VA 5P70A 3Q5HA 5P6YA 3PMYA 3OXCA 1QBRA 1Q9PA 3A2OA 2RSPA 5JFUA 4L7JA 1SDTA 2BJUA 4B1CA 1CZIE 2F80A 5P1IA 4RRNA 1K6VA 1HVKA 5P6QA 3LIVA 1HVSA 5AHCA 3BRAA 1SP5A 3PB5A 4LP9A 2AVQA 3LIYA 5P54A 3ZPTA 9HVPA 1FQ8A 4NJUA 5P7OA 5P1MA 4H3FA 7HVPA 3KT2A 4J17A 1YG9A 4Y4GA 3T11A 4CP7A 3SQFA 3GGXA 3IGBA 3FNTA 2QK5A 2R8NA 3D91A 5P2QA 4DJQA 1HXWA 3SKFA 3NU5A 1TSUA 2HPEA 3MSJA 5P29A 4JPCA 5P5NA 4B1EA 4Y3FA 4J0ZA 4Y50A 5OZTA 5KR8A 1PSAA 5P0FA 1B6LA 4Y44A 4FSEA 5P0MA 5OZYA 3L5CA 3IXJA 3UDYA 3KYRA 1T6EX 3QRSA 4HA5A 1SIPA 4CPXA 3IA9A 5P6UA 5DQ4A 5OZ6A 3K4VA 3EKWA 2ZHVA 1F7AA 5F01A 5P8OA 5P2UA 1K1UA 5P1RA 1OEXA 4FAEA 5P1CA 5P0OA 1HEGE 1YM2A 2QP8A 5UPJA 3ZKQA 5P7WA 3N4LA 2VIEA 3UQRA 5P2ZA 3OUAA 1PSNA 4RCFA 4EP3A 2B7ZA 2ZHTA 2AODA 3OY4A 5P3CA 5P1PA 4DJOA 3OTYA 1U8GA 1BBSA 4ZSPA 3INHA 5P3IA 3HVGA 2AIDA 1C6YA 5DQ2A 5P4GA 5OZRA 5C9FA 3KFRA 4F76A 3RU1A 5P4UA 5P58A 2H6TA 5P82A 1KJ4A 1E5OE 4K9HA 3MXEA 2VA6A 5P4WA 1ZJ7A 5P5YA 5P13A 5P1TA 4K4RA 2AOHA 5P77A 5P04A 2P3AA 2AZ9A 2O4KA 1T3RA 5P7FA 5P59A 1FQ6A 5P4NA 1J71A 1META 3WZ7A 3SA5A 4AA9A 4RYCA 5P0SA 1BDRA 5P00A 1W51A 3S7LA 3JVYA 1HTRB 1BWAA 1D4SA 4Y47A 5P74A 4QLHA 2O4LA 1HXBA 4OBDA 5P4BA 4CPQA 4TRZA 4Q5MA 5P62A 4DVFA 4EXGA 1HHPA 5C9BA 2QI5A 4YCTA 4J55A 5P3DA 2AOIA 5P12A 4Y5EA 3ST5A 5P0JA 3TOHA 1K6CA 4BEKA 1ODWA 3PCZA 2WHHA 3SM1A 3F9QA 3UF3A 1BVEA 4DJVA 2HS1A 4ZSMA 3OXWA 4NJTA 3OU1B 3T7QA 4XXSA 1HVHA 5J25A 3TLHA 4LBTA 5P8DA 5OZSA 3CYWA 1QBUA 3QVCA 3LZVA 3OOTA 5P7RA 3GGAA 2IDWA 5P3ZA 5B18A 3QI1A 3JW2A 5KAOA 1EBWA 1UPJA 4HVPA 2OAHA 2V0ZC 5KQFA 4KUPA 5CLMA 4IVSA 5OZJA 1WKRA 3UQWA 3OK9A 4NPUA 5P6JA 4EXHA 1ZTZA 3L5FA 1QS8A 1B6JA 1NH0A 3ZKSA 4Y3NA 5OZKA 3UPJA 5HU1A 4EQ0A 4Y4EA 2MIPA 1G6LA 3G6ZA 3PWRA 5P8GA 1ER8E 5P3QA 1FGCC 3OADA 3WZ6A 2WEZA 5I3VA 5P7EA 1A9MA 1B5FB 4HDBA 5P6TA 4EJDA 5P5FA 2P3DA 5P48A 3KDDA 5P0WA 1OD1A 4TVHA 2P3CA 3D1ZA 4MC1A 4GJ7A 5P2YA 5P01A 2R5PA 1OEWA 4AMTA 4CPTA 4EWOA 5OZ0A 3PSUA 4GZFA 5P65A 3LZUA 5P6AA 4BFBA 5P7IA 2QMDA 5P5BA 4GJBA 4Y5LA 1ODYA 3H5BA 1YTJA 2QNQA 2OHLA 2QI3A 4RYGA 4TVGA 4YD4A 4YA8A 4D8CA 4FRSA 5P6VA 5P7PA 2G20A 1HVJA 3SFCA 1D4IA 5P88A 2NNPA 4D88A 5P0ZA 7UPJA 5P6RA 3LPIA 4I0EA 3O9CA 4BELA 5P1SA 5P1QA 5P0TA 3R2FA 5IS4A 3IVIA 5P7TA 2PH8A 5AH9A 5P61A 3B80A 1XE5A 5P5LA 2FXDA 3SA9A 1RL8A 5DR4A 3WZ8A 3UFNA 5OYSA 4K8SA 4GB2A 5P5SA 3APPA 3ZOVA 3NU6A 4E43A 1GNNA 4GJ8A 2QMGA 5OZIA 1PSOE 3VLBA 4I8ZA 2AZBA 1MT7A 5P66A 5P45A 1BV7A 2PH6A 5HVPA 1VIJA 5OYZA 3BVAA 3PBZA 5P2FA 3I25A 5DR1A 1IDAA 5P3SA 2AVMA 4MC6A 5P1WA 1G35A 4H3IA 4OD9B 5P7YA 2OHUA 4DJPA 3S2OA 2QCIA 2NNKA 5P6LA 1RQ9A 2JJJA 4Z50A 1SDUA 3LPJA 3BC4A 5P56A 5P6CA 3IXOA 1FEJC 3OUCA 3SO9A 4JOOA 2V00A 5ISKA 4PZXA 5P2RA 2FNSA 5COPA 5P52A 2G24A 5OZAA 4Y37A 3BUGA 4ZLSA 5E5KA 2OHTA 5P5HA 5E5JA 2Q3KA 4FIVA 1MT9A 3N3IA 2BBBA 1W5VA 4J1KA 2IRZA 4FLGA 4XX3A 2EWYA 3SAAA 3LIQA 1ZP8A 4NJSA 3UDPA 5P4FA 5P8SA 5P8EA 5OZBA 5HDZA 3RSXA 5P7SA 1HIIA 4LXKA 3PEPA 5P26A 3VCMA 5P1EA 3MSLA 4Y3JA 5P5QA 5P5PA 3UDJA 3HDKA 5P4OA 5OZCA 1QBSA 2BPXA 4Y9WA 4F73A 3LINA 4I0ZA 3R1GB 2BQVA 1BDLA 5P6NA 1IZHA 1HIHA 4PEPA 4Y3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OHH A;  1FKN A;  5P5E A;  3TL9 A;  2QHZ A;  2FIV A;  3L3A A;  4ER4 E;  5P28 A;  1B11 A;  5BS4 A;  5P27 A;  2BPY A;  1RPI A;  4CPR A;  5P0P A;  1FB7 A;  5P24 A;  5IVT A;  3VV7 A;  4EYR A;  1QRP E;  1M43 A;  4X7I A;  2RKF A;  2P3B B;  4OBG A;  3QRO A;  4LC7 A;  2J9J B;  3NU3 A;  5P3W A;  3GI0 A;  4Y4A A;  4YD3 A;  5DR7 A;  4ZSQ A;  1XN3 A;  3URL A;  5ISJ A;  3UHL A;  2IKO A;  3AUP A;  5DR8 A;  5OYU A;  5P78 A;  3UFL A;  3NDT A;  3VSW A;  4M8Y A;  1EC3 A;  5OZL A;  5P40 A;  1ZPK A;  3WB4 A;  4PHV A;  1LF4 A;  4RCE A;  4ACX A;  4COE A;  3EM4 A;  4QJ9 A;  3ZKX A;  1XE6 A;  5AHA A;  5TOL A;  4I0H A;  5KQX A;  5OZ2 A;  5IVQ A;  5OZN A;  5P3M A;  3RVI A;  5P1V A;  5P8C A;  3UDK A;  4I10 A;  4FAF A;  5P79 A;  2QZL A;  3PVK A;  1D4L A;  5HTZ A;  3OAG B;  2IL2 A;  5P02 A;  3EL0 A;  3KT5 A;  3IND A;  1EPN E;  5P3J A;  1TCX A;  3UDM A;  4J54 A;  2A4F A;  3RTM A;  2BKT A;  5P6B A;  5P0A A;  2AQU A;  3IVH A;  5P76 A;  1W6I A;  5OZ5 A;  3R4B A;  5OYV A;  1M4H A;  3PWW A;  3OQA A;  5OZP A;  4Y3T A;  3H0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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