3LZUA

Crystal structure of a nelfinavir resistant hiv-1 crf01_ae protease variant (n88s) in complex with the protease inhibitor darunavir.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRSMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzuA00
3OGPA 2G27A 3IXOA 1FMUA 4FL8A 5C9DA 4Y3DA 1E80E 2AOJA 4GJDA 5P0IA 3VLBA 1K2BA 2RKGA 5P3KA 1FQ6A 6UPJA 5APRE 5P8OA 2RSPA 4DQGA 2F3FA 1DAZC 3KMXA 1WBMA 1LF2A 5P1AA 1WBKA 4EXGA 3LNKA 5KOSA 1ZLFA 3I7EA 4FLGA 1DPJA 4Y5EA 5P1CA 3D3TA 3TNEA 5P14A 2ZJMA 5P3WA 2R9BA 2OHMA 4DVFA 3I2LA 5P85A 4Y5KA 3KM4A 5P19A 2IENA 1ZPAA 4GJ6A 3NUOA 5OZIA 5EZXA 5P6BA 5KAOA 2HPFA 4Y9WA 5P18A 3TPJA 5P8AA 4GJCA 1F7AA 5P0AA 4A6BA 2R8NA 1EC3A 5T4SA 1BDRA 4Y44A 4EYRA 5P1QA 5P13A 5P06A 2ANLA 1YTJA 1B6JA 2FNTA 2G1NA 4Y6MA 4LXAA 2ZYEA 3VV8A 2WHHA 5P5XA 2CENA 1B6KA 4J0VA 1M43A 5P4VA 2I4DA 5FIVA 2O4LA 4FS4A 5P5WA 1W5XA 1YM2A 3H5BA 3VYFA 4EQ0A 5P59A 4EJKA 1OEXA 3SA9A 4FGXA 4Y3NA 2IEOA 3MXEA 3NDXA 3SACA 3TPLA 5P7NA 1QBSA 3JVWA 5OZ5A 5OZSA 5P0NA 5P1JA 5P2DA 5P6ZA 2APRA 5P2EA 4J0PA 3R0WA 4Y4UA 3WZ6A 5P7TA 5P3BA 5COKA 9HVPA 1RQ9A 2NNPA 4H3GA 5HU0A 5I3YA 5CLMA 3MXDA 4U7VA 5AHAA 3S45A 5IE1A 3UFLA 5P7WA 5P87A 3IAWA 3FNSA 5P0KA 3CKPA 4Y5MA 3VF5A 5F01A 3O9DA 3O9IA 3INDA 5P65A 2PC0A 5P2LA 5P4CA 2ZJJA 3OADA 2OHPA 2BKTA 5P0TA 5C9FA 3LZUA 5P1RA 1MERA 1Q9PA 2HIZA 5P2BA 1ODWA 3JVYA 2OF0A 4X7IA 1GKTA 5P23A 5P4WA 5P6CA 5DQ5A 2G22A 5P42A 4FRSA 3BVBA 4YDGA 2ZJIA 5P30A 3KT2A 2VKMA 4DI2A 5P3RA 4S1GA 5P6VA 5P5NA 1XN2A 5P6HA 1UPJA 4KUPA 4F76A 1HSGA 1C70A 4ACXA 1A30A 2OHRA 5P7IA 2QZLA 2ZGAA 2QHZA 5OZDA 2F81A 3KYRA 4Y51A 5DQCA 3GGAA 4D8CA 3O9GA 3NYGA 1T7KA 1NPVA 5ER2E 4NJTA 2A1EA 5BRYA 3K5GA 1KJ4A 5P4UA 4CMSA 2XYFA 5HE5A 1W51A 5EZZA 3IN4A 3ZKSA 4LAPA 2R3TA 2ZHUA 5P2TA 4R5NA 5P73A 5P64A 4Z2ZA 5P2FA 1HPSA 2BPWA 5OYTA 1SP5A 2FNSA 2QI4A 2ZJLA 3L5FA 1BXQA 2EWYA 5AHBA 4B1CA 5P10A 3S8IA 2JE4A 3INFA 1EBWA 5P3OA 2BB9A 5P0FA 3SQFA 4I8WA 1NSOA 4N00A 1K6TA 3HDKA 4ZEAA 5P89A 2HS1A 3MSJA 3O9LA 1XE5A 4LBTA 4JP9A 1XN3A 3VFAA 5P0HA 5JODA 5P83A 5P75A 2QI5A 5P7HA 3EL1A 4CPUA 2PWRA 8HVPA 2QMFA 2G21A 2IS0A 3KT5A 5OZWA 3ZLQA 2V10C 2PMAA 4K4PA 3AIDA 1D4LA 1MRXA 1LV1A 5IVTA 1IZEA 1AIDA 2HC0A 4ZSMA 5P6DA 4H1EA 4Y3FA 4Y3WA 4J1KA 1TSUA 3OTSA 4DJVA 5COPA 1PSAA 5P2IA 1ENTE 2JXRA 3WSJA 3CMSA 5P7EA 1HTFA 4Y41A 1PPME 3PI5A 1EC0A 3B80A 4J54A 5P4FA 5P3GA 1SDUA 3TH9A 5DPZA 5OZUA 3TOGA 4AUCA 5P7PA 5ISJA 1SIPA 4LC7A 4RCEA 1D4SA 1D4YA 3OHHA 5P29A 3OQDA 2PK6A 5P1VA 1KJ7A 4K8SA 2O4NA 4RVXA 3IVIA 5P7RA 1XDHA 3OUDB 2I4WA 3FSMA 5PEPA 3LIVA 5P6QA 4Q1NA 1SMRA 3SA3A 1QBRA 4RROA 2B8LA 5P2HA 5HVPA 1FQ7A 2SAMA 5P16A 3OU1A 3GGVA 1FQ8A 3O9BA 4I1CA 3L3AA 3ZKXA 4Y4AA 4FIVA 4Y4GA 2WEBA 2OHQA 1HVCA 1ZBGA 1YTIA 1RPIA 3UDKA 5HDUA 5P2NA 2G1SA 3EM4A 4OD9B 4B1EA 5P0BA 2ZHVA 5P8HA 1AVFA 3CIDA 4OBKA 3VCMA 3KDCA 2H6SA 5P20A 4DFGA 5HDVA 3QVIA 3S43A 4PEPA 5P2WA 4GJ9A 4PZXA 2FIVA 1MIQA 3TTPA 3SA4A 2PYMA 1K1UA 3ST5A 5P5DA 5OZOA 5KR8A 5P57A 5SY3A 4CPXA 5P01A 1LF3A 1ME6A 5P4TA 5P54A 4OBJA 2ZJNA 5P1YA 1Z1HA 3IXKA 3SA6A 2NPHA 2BJUA 1T6EX 3QS1A 5OZMA 1HHPA 3NR6A 2BQVA 3KFSA 3GI5A 2Q3KA 5OZCA 5ISKA 2NMYA 2V11C 5P39A 3VEUA 4Y4TA 2VIZA 2QNPA 4I0JA 3NU9A 5P32A 5P6UA 3VV6A 5P37A 5P43A 5P0VA 5P8EA 5P74A 2G24A 4EHCA 1FKNA 3KFPA 5OZ4A 1KJFA 4Y4WA 4B78A 3UQWA 1PPKE 3BGCA 4L7HA 1BAIA 1EEDP 2IRZA 3PLDA 4ZPFA 4GJ5A 1IZHA 3DJKA 1HXWA 5F00A 3UDQA 3NWQA 3UDMA 5P68A 5P1LA 5P1UA 3M9FA 4CPQA 2P3DA 2Q15A 5OZPA 3NU6A 3VF7A 3EMYA 5P12A 2MIPA 3PRSA 1D4IA 3ZKMA 5P60A 4MC6A 3OXCA 3NU4A 1BDLA 4RVJA 5P2QA 5P0CA 3VSXA 1FMXA 2B8VA 3CYXA 1HPOA 5P22A 1W5YA 3O99A 4R8YA 5HE4A 2WL0A 3PGIA 1HIHA 5SZ9A 4Y5BA 5P4EA 2ER0E 2XFKA 3OK9A 1FF0C 4YCYA 1Z1RA 1K6PA 4GB2A 3INEA 5KQYA 5P1PA 5P4SA 4DJOA 5KR2A 5DR7A 3KN0A 1FLHA 4Y5LA 5P0JA 1HWRA 5P5MA 4XXSA 5P8NA 5P7MA 2R43A 5P5AA 4EQJA 5ER1E 1N49A 2QHYA 5P5RA 3RVIA 1HXBA 5P58A 3D91A 4F75A 6APRE 5P1HA 1FG8C 2WECA 4NJSA 4L1AB 1UH9A 3IGBA 7UPJA 2NXLA 5P8QA 4NJUA 4DJXA 5P31A 2QMPA 5P8PA 1EC1A 3URIA 3L5EA 5OYQA 5P34A 5P7KA 3URJA 2OAHA 3S43B 5P3PA 5P6LA 3ZPTA 5OZNA 3B7VA 3UTLA 5OZ2A 3VSWA 4OBHA 1EPLE 1IDBA 1HPVA 1A94A 4FCOA 4J5JA 3OY4A 2G26A 4Q5MA 2WJOA 5P09A 5JFUA 3S53A 1GNMA 3WZ7A 5P8VA 4QJ8A 2O4SA 2IDWA 5P1TA 2QD7A 3PI0A 4QJ2A 3GW5A 2Q55A 3UDNA 1A9MA 1B6MA 4Y4BA 2HS2A 5KR1A 4Y3LA 4F73A 3NXEA 1CPIA 5P5CA 3EKPA 1HIVA 2OHTA 4R95A 1KJGA 3UQUA 2I0DA 5P6SA 1ZSRA 4FRKA 4YD5A 1FFFC 5P0XA 3LZYA 5P1BA 2IKUA 1APWE 3Q5HA 4D85A 1YM4A 2AOGA 5HCTA 4Y4XA 5KOQA 5P2YA 4YHQA 4XX3A 5P2ZA 1AM5A 2PH8A 3I8WA 3CIBA 4YCTA 2AOFA 4RYCA 5P3XA 1ODXA 5P6GA 3SLZA 1HEFE 3L5DA 1PPLE 3SM2A 3S56A 1E5OE 2P3CA 2OHLA 2QCIA 4DQCA 3SA8A 5OZKA 1W5VA 4WY6A 2QAKA 5P51A 4DJYA 1HTGA 5P7DA 3N4LA 4I0DA 3OWNA 3FX5A 5I3VA 1TSQA 5DR8A 2V00A 4J1CA 5P7AA 4YOBA 1LYAB 2QHCA 5KQFA 4YE3A 3QRMA 4DQFA 5P2SA 5P6JA 3SO9A 5P5UA 1HVIA 2VA6A 1G0VA 2R3WA 1D4KA 2QD8A 3PMUA 3PM4A 4XX4A 5P27A 2VNNA 5ENKA 1J71A 4Y3HA 3T3CA 4DQHA 2ASIA 3EKQA 3S7MA 4DH6A 4GJAA 2BBBA 3EXOA 5IS4A 5OZZA 5P1EA 4PPHA 1IIQA 3BVAA 4KE1A 4Y3JA 5P5SA 5P0WA 5P5QA 1LZQA 5DQ2A 5OZ0A 5P8MA 5P0MA 2Q11A 3NDTA 4EXHA 1UH7A 4Y5PA 4DPFA 4ER4E 5P3UA 2QP8A 2R5QA 5UPJA 4H3JA 1HSHA 1SGZA 5P5JA 2G94A 4J1FA 3S2OA 1W6IA 4EJDA 5P1DA 3KFNA 1T3RA 2PYNA 3OUDA 5BS4A 1EBZA 1VIKA 3PLLA 1FFIC 4RGHA 4Y38A 3UQXA 2PSUA 5P78A 2PK5A 2WF1A 5P7OA 1XE6A 3G72A 4E43A 5P5LA 2QI0A 2NR6A 3EM6A 4DJQA 5P49A 5P7JA 4ZPGA 3VUCA 1DIFA 1T7IA 3ZL7A 4TVGA 5P2AA 3CICA 4Y3YA 3CKTA 2OHNA 4EJ8A 3S54A 3UDPA 4OD9A 3A2OA 3QAAA 4Z22A 2I0AA 4CP7A 1APVE 4J0YA 5P0SA 4FM7A 3PMYA 4RZ1A 3UDHA 5P67A 5J25A 3OQAA 2AVSA 3WZ8A 1DP5A 1MSMA 4B70A 5P3ZA 3QP0A 4DQEA 4FAFA 3BXSA 1T7JA 2FDEA 5IVRA 3OXVA 3U7SA 5P6KA 3TOFA 4LL3A 3PJ6A 4OBZB 1LYBB 4J1HA 1IDAA 2ZE1A 1ZJ7A 1GVTA 4Y58A 3S85A 1D4HA 2AVQA 5P7VA 5OZGA 3VV7A 4B1DA 5P8GA 4JPCA 3QIHA 4I0GA 4ER1E 1EC2A 4HA5A 3APPA 3SA7A 3O9FA 5P72A 5P3DA 5OZTA 1B6PA 3TPPA 1AZ5A 4M8YA 5P5ZA 2VJ9A 2UXZA 5P4OA 4GJ7A 5P08A 3URLA 4BEKA 1F34A 5P02A 2Q63A 2WKZA 2QK5A 5P3VA 5P2CA 1HPXA 2B60A 3OHFA 1A8GA 4YD4A 1MT7A 4Q1WA 5P5PA 4GIDA 4FSEA 2QI6A 3TKGA 2I4VA 3ER5E 5P1GA 3WB5A 4RRSA 1MRWA 4Y54A 2Z4OA 3T7PA 2FLEA 5P1FA 5SY2A 5KR0A 3BUGA 3ECGA 1HEGE 3OUAA 5P4LA 3GGUA 4GMIA 5OZ6A 3C9XA 1QBTA 1BV7A 3QVCA 3PBZA 4NPUA 2FGVA 2NXDA 4QJ6A 5P79A 5HCOA 5OZHA 3IVHA 4BFDA 5P35A 1MTBA 3WB4A 2B42A 5P24A 4YOAA 1SDTA 3SM1A 5P0LA 5P0GA 3EL9A 2ZHSA 4J0ZA 5P7CA 2OHKA 3VF3A 1ZSFA 4J1IA 4L6BA 4J17A 1IVQA 5OZXA 2A4FA 2XFIA 3UQPA 2WF4A 1MVPA 4FRJA 4K9HA 3UDJA 4Y5NA 1C6XA 3T6IA 1MT9A 3K5FA 2AODA 4Y3MA 2QMDA 5P66A 3PWRA 1G2KA 3DV5A 5AHCA 5P3IA 5P8IA 3ZPUA 3NU3A 2BPXA 2BPYA 1YT9A 4PYVA 5P6OA 5P4MA 5P0PA 2F3EA 5OYRA 4Y3SA 1FQ5A 1LF4A 5OZJA 4DPIA 4XKXA 4ZSQA 4Y3PA 1APUE 2FGUA 1QDMA 2VJ6A 5P3CA 5P17A 5OYWA 5DQ4A 5P2XA 3ZKIA 3NLSA 5P8FA 1KJHA 4L1AA 4F74A 2AQUA 4K4QA 1TW7A 2I1AA 1BXOA 1TCWA 4QJAA 2AIDA 3SKGA 2QMGA 3HVPA 3OUBA 3NUJA 4B00A 3PWMA 5P6PA 5P8CA 5P4JA 4Y3XA 5P41A 1QS8A 2NTRA 3QI1A 4DJRA 4FRIA 2QU3A 5OZAA 5OZ9A 3GGXA 5P5YA 5P1XA 5P5OA 5P6IA 2HPEA 4FM6A 5P6EA 2WEAA 2O4KA 3GI6A 2CEJA 5C9BA 3F9QA 1LYWB 3DCKA 4GJ8A 5P71A 1BWAA 3EL5A 4Y5GA 4K4RA 5AH8A 3VG1A 5P1WA 4B05A 2IKOA 5OYUA 4Z4XA 2Q54A 3R1GB 4I8ZA 2FMBA 5DR0A 5P36A 5OYVA 1GNOA 3TL9A 2J9JB 5P00A 3FNUA 3FNTA 1M0BA 4TRYA 3HBOA 3OAGB 3LPJA 3SAAA 5P33A 5P46A 5P0EA 2VA7A 3SFCA 5P48A 4LP9A 4YBIA 5P3JA 4Y3QA 5P3MA 5OZ7A 4Y48A 1KZKA 5P86A 3MWSA 2FS4A 5HU1A 5P8UA 4DUSA 1EPQE 4FAEA 4Y36A 4ZLSA 2IGXA 2UY0A 5OZ1A 3OQKA 5P0RA 4QJ7A 1OEWA 2P83A 1NPWA 2PSVA 3PSGA 4J0TA 3DUYA 3ZMGA 4I10A 3RTHA 5P40A 4CKUA 5P44A 1BBSA 5P5GA 1XL5A 3R2FA 5DGWA 5P28A 1PSOE 4HE9A 1LYAA 1SGUA 4I0HA 3UDYA 4NKKA 3LPKA 5TOLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OGP A;  2G27 A;  3IXO A;  1FMU A;  4FL8 A;  5C9D A;  4Y3D A;  1E80 E;  2AOJ A;  4GJD A;  5P0I A;  3VLB A;  1K2B A;  2RKG A;  5P3K A;  1FQ6 A;  6UPJ A;  5APR E;  5P8O A;  2RSP A;  4DQG A;  2F3F A;  1DAZ C;  3KMX A;  1WBM A;  1LF2 A;  5P1A A;  1WBK A;  4EXG A;  3LNK A;  5KOS A;  1ZLF A;  3I7E A;  4FLG A;  1DPJ A;  4Y5E A;  5P1C A;  3D3T A;  3TNE A;  5P14 A;  2ZJM A;  5P3W A;  2R9B A;  2OHM A;  4DVF A;  3I2L A;  5P85 A;  4Y5K A;  3KM4 A;  5P19 A;  2IEN A;  1ZPA A;  4GJ6 A;  3NUO A;  5OZI A;  5EZX A;  5P6B A;  5KAO A;  2HPF A;  4Y9W A;  5P18 A;  3TPJ A;  5P8A A;  4GJC A;  1F7A A;  5P0A A;  4A6B A;  2R8N A;  1EC3 A;  5T4S A;  1BDR A;  4Y44 A;  4EYR A;  5P1Q A;  5P13 A;  5P06 A;  2ANL A;  1YTJ A;  1B6J A;  2FNT A;  2G1N A;  4Y6M A;  4LXA A;  2ZYE A;  3VV8 A;  2WHH A;  5P5X A;  2CEN A;  1B6K A;  4J0V A;  1M43 A;  5P4V A;  2I4D A;  5FIV A;  2O4L A;  4FS4 A;  5P5W A;  1W5X A;  1YM2 A;  3H5B A;  3VYF A;  4EQ0 A;  5P59 A;  4EJK A;  1OEX A;  3SA9 A;  4FGX A;  4Y3N A;  2IEO A;  3MXE A;  3NDX A;  3SAC A;  3TPL A;  5P7N A;  1QBS A;  3JVW A;  5OZ5 A;  5OZS A;  5P0N A;  5P1J A;  5P2D A;  5P6Z A;  2APR A;  5P2E A;  4J0P A;  3R0W A;  4Y4U A;  3WZ6 A;  5P7T A;  5P3B A;  5COK A;  9HVP A;  1RQ9 A;  2NNP A;  4H3G A;  5HU0 A;  5I3Y A;  5CLM A;  3MXD A;  4U7V A;  5AHA A;  3S45 A;  5IE1 A;  3UFL A;  5P7W A;  5P87 A;  3IAW A;  3FNS A;  5P0K A;  3CKP A;  4Y5M A;  3VF5 A;  5F01 A;  3O9D A;  3O9I A;  3IND A;  5P65 A;  2PC0 A;  5P2L A;  5P4C A;  2ZJJ A;  3OAD A;  2OHP A;  2BKT A;  5P0T A;  5C9F A;  3LZU A;  5P1R A;  1MER A;  1Q9P A;  2HIZ A;  5P2B A;  1ODW A;  3JVY A;  2OF0 A;  4X7I A;  1GKT A;  5P23 A;  5P4W A;  5P6C A;  5DQ5 A;  2G22 A;  5P42 A;  4FRS A;  3BVB A;  4YDG A;  2ZJI A;  5P30 A;  3KT2 A;  2VKM A;  4DI2 A;  5P3R A;  4S1G A;  5P6V A;  5P5N A;  1XN2 A;  5P6H A;  1UPJ A;  4KUP A;  4F76 A;  1HSG A;  1C70 A;  4ACX A;  1A30 A;  2OHR A;  5P7I A;  2QZL A;  2ZGA A;  2QHZ A;  5OZD A;  2F81 A;  3KYR A;  4Y51 A;  5DQC A;  3GGA A;  4D8C A;  3O9G A;  3NYG A;  1T7K A;  1NPV A;  5ER2 E;  4NJT A;  2A1E A;  5BRY A; 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 3GI5 A;  2Q3K A;  5OZC A;  5ISK A;  2NMY A;  2V11 C;  5P39 A;  3VEU A;  4Y4T A;  2VIZ A;  2QNP A;  4I0J A;  3NU9 A;  5P32 A;  5P6U A;  3VV6 A;  5P37 A;  5P43 A;  5P0V A;  5P8E A;  5P74 A;  2G24 A;  4EHC A;  1FKN A;  3KFP A;  5OZ4 A;  1KJF A;  4Y4W A;  4B78 A;  3UQW A;  1PPK E;  3BGC A;  4L7H A;  1BAI A;  1EED P;  2IRZ A;  3PLD A;  4ZPF A;  4GJ5 A;  1IZH A;  3DJK A;  1HXW A;  5F00 A;  3UDQ A;  3NWQ A;  3UDM A;  5P68 A;  5P1L A;  5P1U A;  3M9F A;  4CPQ A;  2P3D A;  2Q15 A;  5OZP A;  3NU6 A;  3VF7 A;  3EMY A;  5P12 A;  2MIP A;  3PRS A;  1D4I A;  3ZKM A;  5P60 A;  4MC6 A;  3OXC A;  3NU4 A;  1BDL A;  4RVJ A;  5P2Q A;  5P0C A;  3VSX A;  1FMX A;  2B8V A;  3CYX A;  1HPO A;  5P22 A;  1W5Y A;  3O99 A;  4R8Y A;  5HE4 A;  2WL0 A;  3PGI A;  1HIH A;  5SZ9 A;  4Y5B A;  5P4E A;  2ER0 E;  2XFK A;  3OK9 A;  1FF0 C;  4YCY A;  1Z1R A;  1K6P A;  4GB2 A;  3INE A;  5KQY A;  5P1P A;  5P4S A;  4DJO A;  5KR2 A;  5DR7 A;  3KN0 A;  1FLH A;  4Y5L A;  5P0J A;  1HWR A;  5P5M A;  4XXS A;  5P8N A;  5P7M A;  2R43 A;  5P5A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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