3LZVA

Structure of nelfinavir-resistant hiv-1 protease (d30n/n88d) in complex with darunavir.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzvA00
3ZKGA 4PZXA 4Y53A 5P23A 3SM1A 1D4LA 2G1OA 1DAZC 5P82A 3GI6A 4F73A 3PCZA 3DV1A 4NPUA 3VV7A 5P1RA 5P8CA 3DOXA 1YTJA 3NWXA 5AH7A 2XYFA 5OYZA 1FKNA 3OK9A 4OBZB 4I0GA 1AAQA 1HVJA 3TL9A 5P7UA 5DR4A 5KQFA 5UPJA 4EXGA 3NU5A 5PEPA 1M0BA 4N00A 5P6GA 3PI0A 3VEUA 3OGQA 2JXRA 2V0ZC 5P7JA 5P1NA 1SH9A 4CPSA 3VUCA 3OQKA 2IS0A 1LYAB 3VF7A 3QPJA 2OHMA 5P5RA 4DQCA 2FNSA 5P08A 2QU2A 4DJRA 4QJ6A 1TSUA 3I7EA 4I10A 2Q54A 1IDAA 2P3AA 4Y3DA 5P6UA 1AVFA 5OZOA 1MTRA 5P2FA 3RU1A 4X7IA 5SY3A 3MWSA 5P34A 5FIVA 1EC3A 3NSHA 1HXWA 2IKUA 4RRSA 5P48A 2R43A 2NMYA 5P57A 3OWNA 4D85A 5P5IA 5P7EA 4U7QA 4I0HA 3M9FA 1N49A 5P64A 2G22A 5P7DA 4Y3YA 2VA6A 5P5LA 4Y4BA 4FM7A 4CP7A 5KOSA 5OYXA 3DK1A 3T7XA 2ZJMA 3OXXA 4YCKA 4IVSA 3HVPA 3UDHA 3DV5A 3PBZA 4EQJA 3DCKA 3KFPA 4Y3ZA 5P1LA 5P7YA 4B00A 3ZKSA 2AOIA 1ZBGA 1ZJ7A 4GJ8A 5P0EA 1TQFA 3O9LB 3NU4A 1FMUA 3SA8A 5P7OA 5P4XA 4DQEA 4DV9A 1FFFC 2VA7A 3S53A 5P2MA 4NPTA 1Q9PA 1FF0C 2AVVA 5OYTA 2NNKA 1C6XA 5COPA 1NPAA 4RVJA 1EBYA 5P4SA 3SKFA 3FX5A 3OQ7A 4YD6A 5P4AA 4DJYA 4JPEA 5OZPA 3Q70A 2P3CA 3L5FA 4Q1WA 1MSMA 1DW6C 3T7QA 1HVSA 2G94A 4CPTA 1SBGA 3OOTA 2F8GA 2ZYEA 1HPXA 1HTGA 5HDUA 5P0AA 1FQ8A 4F74A 4DUSA 4CPXA 4Y9WA 2AZCA 1SDVA 3PRSA 5HDZA 3UFNA 3PWWA 1GVWA 1HVIA 4YD4A 1APWE 1A9MA 1ENTE 4KE0A 2I4VA 1K6CA 4Y3TA 4QJ8A 5OZ8A 5P3JA 5P8PA 4FRIA 3QRVA 2PQZA 5P4NA 1LZQA 3EBZA 2APRA 5EZXA 3O9GA 3RSXA 4ZLSA 4K8SA 3UQRA 3TOGA 3L5CA 5HU0A 5P3ZA 4DPIA 2F3FA 3S8IA 1EPME 5P2BA 5P73A 1NH0A 1KJGA 2HAHA 1T3RA 4TRYA 4LXKA 4MC9A 5OYWA 3S2OA 5P4GA 2OHTA 4DVFA 3GGVA 4EJKA 5P3HA 1E81E 1MVPA 1W6HA 2HPEA 5P5OA 4RCFA 4OBZA 3CIBA 3UTLA 5F01A 1J71A 5P1DA 4ACUA 1BXOA 1HVRA 3PEPA 5HDVA 1YX9A 5P4RA 3SQFA 1AJXA 5P84A 3TKGA 4QGIA 5P2NA 4LP9A 4CPRA 2XYEA 1A8GA 5P09A 2FLEA 4Y4ZA 4FLGA 1TZSA 4AMTA 1MESA 3VF5A 5P7BA 5P8RA 2B8LA 4WY6A 2OHQA 2QZKA 2BPVA 5P5TA 2IL2A 5OZ9A 4L6BA 5P49A 5C9FA 1G0VA 5P25A 3UHLA 1EC0A 3KMYA 2ER6E 3GGUA 4CMSA 3KDBA 1T6GA 3VG1A 4FE6A 4OBGA 3NUOA 5P4JA 4ER1E 5P2VA 1B6PA 1HPOA 5IVQA 2OF0A 3INHA 4HE9A 3OU1B 2R9BA 2VS2A 3SM2A 5P0LA 1HTRB 2OHUA 5P16A 5T4SA 4A6BA 4Y44A 2WJOA 3EKXA 3U71A 4LXAA 4TRWA 4DFGA 4YCYA 3IN4A 1A94A 4MC6A 1KJ4A 4RVIA 4ZSPA 4XX4A 5P5KA 3JW2A 2FGUA 5OZ0A 2NXLA 1RPIA 4L7JA 1FMXA 3LZVA 3K4VC 3VYEA 3UF3A 2VIEA 5ENMA 3KMXA 5P83A 4GJ6A 3MSKA 5P7CA 3GW5A 6APRE 4Q5MA 2IQGA 5P7NA 1YG9A 5P7ZA 3MXEA 3LNKA 2PK5A 3HLOA 4ZPEA 5P80A 4Y36A 2NR6A 1ZAPA 5P6IA 5P4VA 5AH9A 2B60A 5COKA 2G1YA 4HDPA 2HB4A 1FQ7A 1IBQA 2AOGA 5DR7A 2QU3A 3O9LA 3VSWA 5P8SA 1HBVA 4LC7A 3FNSA 2HPFA 2QZXA 5OZZA 1NPVA 2I4XA 2G1SA 4I0ZA 1HPSA 5P31A 5P8MA 5P20A 4J0YA 5P12A 5P38A 4BFBA 5P67A 1SDUA 4TVGA 3I2LA 5OZ4A 4Y3HA 2WF2A 4RCDA 1RNEA 4BELA 3VV6A 1ZLFA 4J0ZA 1YTHA 4Y5KA 4ACXA 1QDMA 3APPA 4DJOA 4MC2A 4ZE6A 4Y3WA 3EKTA 3PWRA 4FCOA 2QD7A 4YOAA 3LPIA 5P5DA 3CYWA 1APTE 3FNUA 4J0PA 4APEA 4COEA 1XL5A 1CMSA 5P58A 3ER3E 5P70A 3UQWA 4RVXA 4K4QA 1QBUA 1DIFA 5P4MA 4ZIPA 3LIQA 4FRKA 5P1BA 4EJ8A 1MTBA 2B7FA 5P4QA 2QZLA 4PZWA 4R8YA 2WKZA 4GJBA 2AVOA 2AOFA 2F3EA 2QHYA 5P4BA 2BJUA 3PGIA 2G27A 5OZ3A 1HVHA 5J25A 4R92A 3WZ7A 1UH9A 2UY0A 5AHAA 5P2QA 4LBTA 3IN3A 2I0DA 2BPZA 3EKVA 1W5XA 3R0WA 5P22A 5HCOA 2I4DA 2VKMA 3G72A 3OADA 2VA5A 4GJAA 2BQVA 3OHFA 1GVXA 2G20A 4CPQA 3AUPA 2RSPA 1BDQA 1HTFA 5DR1A 5P3AA 4Y3LA 3TPRA 1HEGE 2I4UA 1GVTA 5P8KA 2WF4A 1FMBA 1BV9A 2HM1A 3NDUA 3L59A 1W51A 5P0XA 5P2YA 1BVEA 3ZKQA 5P6ZA 2QMFA 2QK5A 5P5PA 2AZBA 2R3WA 1AJVA 5P2DA 2ER7E 1G2KA 5P1AA 5P8IA 4RYGA 3BUGA 5P6NA 4DJVA 4Y4TA 5OZ2A 4GMIA 2JYSA 4OBHA 3SO9A 1HIIA 1GNOA 4FL8A 5P71A 1T6EX 4EWOA 5P13A 5P0NA 1META 1MT8A 3EKWA 1BILA 5P30A 2I1AA 4HA5A 4DQFA 1EC2A 4Y48A 5P6DA 2G1NA 4FIVA 3UDQA 5P26A 4WY1A 1BWBA 5P1TA 3TLHA 1U8GA 5P6SA 5P76A 4J0VA 3H5BA 5P2OA 3LZUA 2J9KA 3HBOA 5P2AA 2O40A 1DPJA 5P3SA 3LIYA 4L7GA 5P4OA 3SACA 1W5YA 5P3QA 5P46A 5AHBA 1VIKA 2IKOA 4Y5BA 2PK6A 5HTZA 3NUJA 3CICA 2FDPA 3ZPUA 3BUHA 3OY4A 2ZJNA 1XL2A 4Q1XA 3KT5A 4Y4XA 5P7VA 5OZBA 5P4YA 3QBFA 1QBSA 2R5QA 5P6WA 1XN3A 2RKFA 4RCEA 2VNNA 3TOHA 1BAIA 2UXZA 1D4IA 2ZHRA 1KJFA 3RTNA 4U7VA 2IEOA 4GJCA 2ZHUA 2BKSA 2PSGA 1YM4A 1B6JA 3QAAA 3Q6YA 1W5WA 2PC0A 3OQAA 3UQUA 4Y41A 1HSHA 4GZFA 3D20A 5P6BA 5P72A 5P2KA 5P0PA 3EL5A 2PSUA 4AZYA 1K2CA 4XKXA 5P54A 5P8BA 5OZJA 2WEZA 4L7HA 4F75A 5P8VA 3PSYA 3K5FA 3Q4BA 2QI3A 3OTYA 5DGUA 5P6PA 4RZ1A 1AZ5A 1AIDA 2XFJA 1BXQA 3B7VA 2ZJKA 3WB4A 5I70A 3CYXA 4PEPA 3ZKNA 3ECGA 4WTUA 2JJIA 4FRSA 1EPPE 3SA9A 3RTHA 3KDCA 5P86A 3BXRA 3OXCA 4Y6MA 3R1GB 5P55A 5P00A 5P5WA 5AHCA 2R38A 2BBBA 3K5DA 5P5NA 5P0QA 5P3KA 4I8WA 5OZFA 5P5YA 5P8EA 2P83A 2HIZA 5P1SA 5OZ1A 3ZKXA 3DCRA 2QMPA 4GJDA 3O9HA 3SA6A 6FIVA 5P5SA 4DJWA 4J55A 4DJUA 1PPKE 3D1YA 3BGCA 2P3DA 4CKUA 1HVLA 3QRMA 4NKKA 5P18A 1EPRE 3KDDA 1UH7A 5P4WA 2NXDA 3BXSA 3OXWA 3IVIA 4QJ9A 3LIZA 5P3FA 3OOZA 2VJ6A 3EXOA 1BWAA 3TKWA 1NSOA 4H3GA 2AIDA 5P4LA 5ISKA 4OBFA 4Y58A 2A1EA 1W5VA 5JODA 1MRWA 1D4JA 3SLZA 2BPYA 3KT2A 1ODWA 5JFPA 3EKPA 1G6LA 5P45A 1EBZA 1HSGA 2QNQA 4XX3A 5P5AA 1FQ5A 4FSEA 5P4FA 5OZKA 2AOJA 5P5BA 3PLDA 1APUE 4HDBA 3HVGA 3PWMA 4NJSA 4OD9A 5ER1E 2IRZA 5E5JA 2QHCA 5DQCA 2I4QA 5P40A 1D4YA 4PYVA 2FDEA 1E80E 5P5UA 2VIYA 5P3VA 5P7KA 5KQYA 3KFNA 2HS2A 2QZWA 4RGHA 3S7LA 4E43A 1FQXA 1HSIA 3NLSA 3EM4A 1W50A 4YA8A 5AH6A 3S85A 5P4EA 3R0YA 4D83A 5P3GA 4PPHA 5P89A 5P5CA 3SA3A 5P8DA 4J1FA 5P1PA 1IIQA 4Y5PA 4NJVA 5OZGA 1ZP8A 1IZDA 1KZKA 5P29A 5P3TA 3OADB 5P0JA 5P87A 1LYWB 4KE1A 3URJA 5DR3A 1ER8E 5P61A 3HAUA 1FQ6A 3EKQA 3DJKA 3IGBA 5P2XA 4DI2A 2CEMA 2AQUA 3OUDB 5P5HA 5P14A 5KQXA 2QNPA 5P2TA 1IZEA 4B05A 3INFA 3O9CA 3SABA 5P4TA 1MEUA 4J1CA 3S45A 5P52A 2QD8A 5P1WA 4AUCA 3CMSA 5P17A 5IVRA 2XFKA 4YD3A 1TCXA 5HU1A 3ST5A 1SGUA 5P8QA 3T11A 3VV8A 1D4KA 3GI0A 5SY2A 5P2WA 2AOCA 3KYRA 3UDNA 3KF0A 4ZPFA 5P0KA 2ZJJA 3L5DA 2H6TA 1MUIA 3KN0A 3CIDA 5P8LA 2BPXA 5P4IA 4YD7A 5P1VA 1EPLE 1FIVA 4GYEA 3O9AA 5OZUA 3NDTA 1HXBA 5P1FA 2J9JB 3OGPA 5P6FA 3LIXA 2FDDA 5ISJA 3SFCA 4Y4DA 5P24A 4K4PA 2O4NA 5P5QA 4B1EA 3B80A 3HZCA 2F3KA 1OHRA 5P4HA 4Y5NA 5OZLA 5P8TA 4Y5MA 5P6XA 1F7AA 4U8WA 2WF1A 2R8NA 5DQ1A 1GNMA 5P1KA 2QAKA 1FB7A 1MIQA 5P1MA 4Q1NA 5P3MA 3IVHA 1LS5A 5IE1A 2Q63A 3QVIA 3INEA 5P10A 3QRSA 5OYSA 4KB9A 5P2ZA 3BRAA 1W6IA 2AVQA 3LPJA 4FSLA 4Y4EA 5KAOA 2RMPA 5P0YA 1EBWA 1MPPA 5OZQA 1LYBA 1K1TA 1QBTA 5P6HA 5HE7A 4I8ZA 1D4HA 4EJLA 5ENKA 1A8KA 1ODYA 4ER4E 1DP5A 2NXMA 4APRE 5KR1A 3SAAA 3L5BA 4MC1A 4Y3QA 5P44A 2PMAA 3EL1A 4JPCA 5P66A 4BFDA 3FSMA 4FS4A 4RYCA 3R4BA 2PH8A 4HEGA 4ER2E 3NXNA 3PMYA 2I4WA 1SDTA 4DQBA 3IAWA 2WEDA 3TNEA 5P03A 4NJUA 2I0AA 5P51A 1D4SA 4I0DA 5P5GA 2HB2A 2G21A 5P7QA 4CPUA 5OYRA 1RQ9A 5P3LA 1K6TA 3OUBA 3FKTA 2IGYA 6UPJA 5P3IA 5P8HA 1RV7A 1SMRA 5P7SA 2VJ7A 3LZYA 1MRXA 5P04A 5OZTA 2HB3A 3PSUA 4OC6B 5OYVA 4B70A 1MSNA 3O9BA 3QS1A 3G6ZA 3IXJA 1GVVA 4EP3A 4K9HA 5P0MA 5P28A 3MSJA 3PMUA 5P6LA 4Y5GA 1K2BA 1LYWA 4DQHA 5P11A 5P3EA 5P2HA 3TPJA 3UDPA 5P1IA 3T7PA 4K4RA 5OZSA 5P0UA 4Y57A 3ER5E 4KUPA 5P7IA 5P6CA 2G24A 3OUDA 1HHPA 3L58A 2WL0A 5P0RA 3TOFA 2QI7A 4DJPA 1RL8A 3ZKMA 1ZPKA 2PH6A 5P60A 4Y43A 1FLHA 3D3TA 1HVKA 3PSGA 5P74A 5P4KA 4JOOA 4DPFA 4YD5A 3Q5HA 3VF3A 2RENA 3L3AA 5EZZA 4Y3GA 2ZHTA 5KQZA 3NU9A 3QP0A 1HOSA 2WF0A 5P4CA 3ZL7A 5P6TA 3OXVA 3U7SA 2IGXA 1ZTZA 5P35A 2WF3A 5P2SA 1BVGA 3BC4A 1M4HA 5P02A 5P1CA 3SA7A 5P42A 5P0OA 3CKPA 2CENA 1Z8CA 3FIVA 4B72A 3QVCA 5DQ2A 4I11A 3WB5A 4A6CA 4OD9B 4YBIA 2O4KA 2J9JA 5P81A 4Y4GA 4R93A 4HDFA 3R2FA 3NU6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKG A;  4PZX A;  4Y53 A;  5P23 A;  3SM1 A;  1D4L A;  2G1O A;  1DAZ C;  5P82 A;  3GI6 A;  4F73 A;  3PCZ A;  3DV1 A;  4NPU A;  3VV7 A;  5P1R A;  5P8C A;  3DOX A;  1YTJ A;  3NWX A;  5AH7 A;  2XYF A;  5OYZ A;  1FKN A;  3OK9 A;  4OBZ B;  4I0G A;  1AAQ A;  1HVJ A;  3TL9 A;  5P7U A;  5DR4 A;  5KQF A;  5UPJ A;  4EXG A;  3NU5 A;  5PEP A;  1M0B A;  4N00 A;  5P6G A;  3PI0 A;  3VEU A;  3OGQ A;  2JXR A;  2V0Z C;  5P7J A;  5P1N A;  1SH9 A;  4CPS A;  3VUC A;  3OQK A;  2IS0 A;  1LYA B;  3VF7 A;  3QPJ A;  2OHM A;  5P5R A;  4DQC A;  2FNS A;  5P08 A;  2QU2 A;  4DJR A;  4QJ6 A;  1TSU A;  3I7E A;  4I10 A;  2Q54 A;  1IDA A;  2P3A A;  4Y3D A;  5P6U A;  1AVF A;  5OZO A;  1MTR A;  5P2F A;  3RU1 A;  4X7I A;  5SY3 A;  3MWS A;  5P34 A;  5FIV A;  1EC3 A;  3NSH A;  1HXW A;  2IKU A;  4RRS A;  5P48 A;  2R43 A;  2NMY A;  5P57 A;  3OWN A;  4D85 A;  5P5I A;  5P7E A;  4U7Q A;  4I0H A;  3M9F A;  1N49 A;  5P64 A;  2G22 A;  5P7D A;  4Y3Y A;  2VA6 A;  5P5L A;  4Y4B A;  4FM7 A;  4CP7 A;  5KOS A;  5OYX A;  3DK1 A;  3T7X A;  2ZJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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