3M1ZA

Crystal structure of the mutant v182a.v201a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIAGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 86
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m1zA00
1GTEA 4FNSA 4MLRA 3S0CA 4DO4A 5CPNA 2CZFA 3I65A 3LTSA 5BMWA 1SSDA 1IF2A 1KW1A 3DXIA 3GAYA 1I2NA 2VFDA 4LVBA 3UXAA 4C1KA 3QH2A 3GDTA 3CEUA 1ZFJA 3LTYA 3LRMA 3ELFA 4FXSA 4PODA 2EHHA 4PH6A 4Z1CA 2DZVA 4AF0B 3OBKA 2CLEA 3FYOA 3TSBA 5AHNA 4RZ5A 1YPIA 1X1OA 3BPWA 1WBHA 1Q6LA 3KRUA 4O18A 1EA0A 1KBJA 1TRIA 5AHMA 1DOSA 1LOQA 3CWOX 1XBYA 3MBFA 4K8EA 3PBWA 4Q33A 3L5AA 2ZZ3A 3FFSA 2F7FA 4O50A 3NA8A 1AMKA 1CX9A 4OHQA 5CGQA 5DCEA 1S5VA 3SFKA 1KFKA 1FWRA 3GIYA 5I3GA 2VEIA 2Z2UA 4RZ4A 1TPWA 3G1AA 3I6RA 1OABA 2J24A 5EBUA 3NEVA 1XI3A 1AL7A 1SFLA 2Q3OA 1KFJA 3NPUA 3EXTA 3Q2DA 4MJZA 4LVGA 4Y8FA 2Y88A 1XBZA 3DBPA 4NXKA 2Y63A 4E2DA 3W88A 1LLZA 1ZAHA 3TQ0A 4DF2A 2ZBTA 1X6UA 3UWUA 5AYYA 1L6YA 5DCDA 1W37A 1A5SA 4JTUA 4OE7A 4QNWA 3W2MA 3I68A 2V5LA 2WQPA 2V5BA 3RFAA 4AAJA 3EXRA 3FJLA 4YLWA 4O10A 1RPXA 3LXBA 1DQXA 3PB2A 5LNUA 5AN7A 1ZAIA 1P1XA 1QDSA 4K36A 4IWWA 3TROA 4N6EA 3PG8A 3WJZA 2CLIA 3IIPA 4MY8A 5I3JA 3L5LA 5LGXA 5MHBA 1SW0A 5CZTA 4N4PA 2JGQA 4M5PA 3UQNA 1M7PA 1VZWA 1U5JA 5KZDA 1LZOA 3W1NA 1KTNA 1Q3NA 5HUOA 4O1DA 4O1AA 3UWWA 4O15A 1OG0A 2B7PA 3BG9A 3NVTA 4NU7A 3LV6A 4NUWA 1VHCA 2R8WA 3NQCA 2E1DA 4N9BA 2P0OA 3A5FA 1L9WA 2RHGA 4ZVJA 4O52A 4HPJA 3UY8A 4ADSA 3O05A 3EX1A 3TFXA 2ALDA 5D2XA 3NL3A 4ML9A 1RVGA 3W23A 2VFHA 1AW2A 5C55A 2C16A 3H54A 3CHVA 3IGSA 4AMAA 4Z0SA 3I7RA 3P82A 4O1BA 2P1FA 5D37A 4TIMA 4UFJA 4NQ1A 5DY2A 5EA9A 1LROA 5D2TA 1UB3A 3ABSA 5F2MA 3QMSA 5AC8A 4UNLA 1YXCA 1FWWA 5LNSA 3A21A 4Z08A 4HNNA 4J9JA 2C13A 3RNDA 2B4GA 3NL2A 4M6PA 4POCA 4UMAA 1I2OA 2QJGA 4UTWA 3KRSA 1OFDA 2KZHA 4LOCA 4A22A 3PM6A 3PF3A 4FX7A 2QCEA 3MUXA 5TIMA 3B0UX 1XC4A 3S42A 2ZZ4A 1EPXA 4UTWC 1K8XA 4FXRA 2NXHA 4EVZA 3T40A 1DL3A 4NNBA 4AXKA 3W74A 4CQ8A 1TTIA 4A3UA 4BI7A 3W2UA 3LCGA 4O57A 3FA5A 4AHOA 3NG3A 5D02A 2Y7FA 2FB2A 2NUYA 1KLZA 2QUTA 3TSMA 2QCDA 2E09A 2V30A 5G4EA 3H55A 3LHZA 5LKYA 4MVAA 4IXHA 3FEMA 4YWIA 4FIRA 1KV8A 3FYPA 2I9EA 4LVAA 2Y62A 4AVFA 3MHUA 1Z48A 2FPVA 4FNUA 2QCNA 3MHGA 3NR0A 4WD0A 3M5YA 4JTHA 2EGZA 4CQ9A 1JRBA 1F7BA 3DU0A 5F4XA 3HBLA 3W1RA 1H50A 1KTBA 1TMHA 1GVQA 4PL2A 3YPIA 4EF9A 1B4EA 1W5PA 1WAUA 5DXYA 1N55A 3GK0A 5G5IA 1VS1A 2JK2A 1JQXA 3L65A 3N2MA 1ML1A 1VC4A 2FDSA 3TNOA 2ZZ6A 3NPWA 4MJMA 3W7MA 2E77A 1LBFA 1W5OA 3P8IA 1WOAA 1JRCA 4RR4A 3FIGA 4JD4A 5KINA 2RDUA 1VHNA 2X16A 1JCMP 3G3MA 4I7WA 4TO8A 3W3OA 3E49A 4UR7A 3G8EA 4BI5A 3GYEA 4QM1A 1JR1A 1LYXA 4ZZ9A 3N9RA 2CZDA 3P5ZA 2CWNA 4AWTA 5G2WA 2ZRVA 2GQAA 4QIUA 3S8HA 5FESA 3MP5A 3TDFA 4AHQA 4CLMA 2ZQ0A 2J9YA 1XM3A 2RKXA 1DORA 3BLEA 4Z1DA 1BWLA 3C2RA 1JCXA 2ZTJA 1KTCA 4AEOA 4GUIA 5FEPA 3TH6A 3NQ2A 3LCWA 1T0OA 3GZ3A 3TW7A 3HG2A 1FCBA 2NZLA 2GQ9A 2Y6ZA 2YFNA 3EX6A 4Z0JA 3W73A 1GEQA 4MZYA 4JIQA 3G24A 1P0KA 1J5TA 2CLFA 1G67A 4KWWA 3HJZA 3EXSA 1HTIA 4UC5A 5D38A 3OVQA 3W7PA 1B4KA 1ZAJA 3NQAA 3QMTA 1C9DA 3P8JA 3MJYA 2F84A 3W07A 2EPHA 3I7QA 4HIBA 1PVNA 5DBUA 3O6YX 2A21A 3NL6A 1QPNA 3E0IA 2A7NA 2WPBA 4RXGA 3NQVA 2Y89A 2ZYFA 3M5VA 2H90A 3QMRA 4GE8A 3G1FA 3LCLA 2EF9A 5CZJA 1QOQA 4HSOA 3IIXA 4L4LA 3W86A 2ATSA 4MZ1A 2OX1A 2QCHA 1TJPA 1VGAA 5DBTA 4K38A 3M7WA 1ME7A 3F03K 4CQAA 1EP2A 3HB9A 4YCOA 3TQKA 5FEWA 4X2RA 1FDZA 1H7OA 3QYQA 2ISSA 4LY8A 3B0VC 1OFAA 5CZ0A 1H7PA 5I3FA 3VFLA 2VXNA 3Q94A 3UD6A 4O4WA 4C1LA 1ADOA 3N34A 4R53A 3W85A 1TPUA 5ABTA 3LOTA 1F76A 1GVOA 5HR7A 1BWKA 4GXMA 1HL2A 1IXNA 2HS8A 1WX0A 2ZZ1A 3O63A 3SECA 1IIGA 1Q6OA 3EWWA 3EWYA 1Q6RA 5FEXA 3DI1A 3M44A 1JUEA 2PCQA 3LXAA 3MHFA 1JCLA 4NX0A 1YDOA 3P84A 3IVTA 2AQWA 2W6RA 3BK0A 5D2VA 3CIWA 2WNZA 3KAOA 3MI2A 1QAPA 1OFEA 4IXXA 3DFQA 1YDNA 4R33A 5EPDA 5D03A 3GDKA 3EWZA 4FF7A 1VLWA 4WJEA 5DXXA 4BR1A 1GG1A 1T99A 3G8RA 4IQLA 2QKFA 1KA9F 3TFCA 3NGJA 3IIVA 1OK6A 3NQGA 2QUVA 4UTJA 1X1ZA 4IMFA 3G0UA 2E6YA 2P10A 4BF9A 2Y7GA 3E12A 3BARA 3W1UA 2A4AA 4LVDA 2VEPA 2JGYA 1YTKA 2ZZ7A 3TMQA 3NXFA 2RDTA 2BLEA 1H5YA 3O15A 4PL1A 1DBTA 2E5BA 2Y7EA 1W5NA 1G69A 3NNTA 3ZWTA 1H7RA 1L6WA 4H6KA 5C6MA 4KKXA 2V81A 2I1OA 1SR9A 3IGUA 3TK7A 2PRLA 1TQJA 2J6XA 3W1MA 3HF3A 3G1SA 4CCDA 1B57A 3OHIA 1VPXA 5DELA 1CW2A 4WUIA 1DQWA 3LHYA 4DPPA 3CC1A 4JN6A 4DF0A 1B9BA 3PBUA 3W7RA 3W9ZA 4IOTA 2JKAA 1ZCOA 5BOOA 5F2LA 3ATYA 1KM3A 1W31A 1XCFA 3S1XA 4BI6A 5D33A 1IGSA 2NUXA 1XBVA 3S1WA 2DZPA 3STFA 3SW6A 4M6QA 4WXYA 3HMJG 1VQTA 3QFEA 5L9FA 3L66A 3LCXA 4PTNA 1OFOA 1YYAA 4ORIA 3PY2A 2G96A 3INPA 5TQLA 4QNEA 1U83A 4MUZA 2DORA 3B04A 4NZFA 2ZA2A 3GB6A 1QPOA 3W7HA 1JCNA 4LS1A 4TMBA 3G18A 4KFNA 4MKNA 5CSSA 4K8HA 2QDGA 4CCEA 2FLIA 4JXCA 3EX4A 1JJKA 1W1ZA 2BWGA 1GT8A 1QNVA 3N3MA 4NVTA 1UUOA 1UCWA 4UFIA 4XKYA 3E9AA 2TRSA 1DHPA 3W75A 5HWMA 4Z1BA 3W1AA 1TPB1 4NJJA 1K02A 3BGJA 4LWWA 4WXZA 1ME9A 3ABRA 3QSRA 3RF9A 1SQ7A 2X1TA 4RXFA 5AOUA 2YFOA 1H1ZA 3DGRA 2VC6A 1A53A 5AC7A 4DXVA 1VYRA 3LXCA 3N73A 3NM1A 3L5MA 1GG0A 3QSTA 4MY1A 3FOKA 4OV9A 3B03A 3EWBX 3DH7A 2PURA 4LRSA 1VCFA 4MOZA 3WK3A 5HUPA 1GYLA 1D3HA 3WJYA 2Q8ZA 3NQ6A 3QPZA 4OU1A 1BEUA 1KFEA 2E6DA 3LCHA 3UWYA 3Q37A 4DO5A 4I9AA 1G7UA 2VFEA 4JY9A 1FQ0A 1XUUA 2ZRYA 1LLWA 3EWXA 2CLKA 1W56A 2IQTA 3NPXA 3BG3A 4Y96A 1UJPA 2W79A 2CU0A 2C6QA 3PWAA 4IMEA 2A6NA 5BW6A 2WSQA 3TU9A 3RU6A 3PS7A 1QFEA 3FS2A 2WV8A 3OG3A 5G2IA 1EB3A 3GDLA 3QZEA 2FTPA 2V82A 1C29A 3W7KA 3P80A 2H8XA 1XFBA 1OJXA 3ABOA 3U6WA 1A5CA 1FWTA 4YMZA 5C54A 1KFCA 5SWUA 5LHFA 1OFRA 4IMCA 1LTDA 2QDHA 1R30A 2YXGA 1XDMA 3UWZA 1TQXA 3NZ1A 2V0TA 4GBUA 2YR1A 4O14A 3C4UA 1EUAA 1F05A 1FUYA 4JY8A 3S9YA 2VFGA 2YDAA 4M19A 3GAKA 4RCXA 3QQ0A 1FWNA 5K9XA 3TE9A 4DF1A 1Q45A 4EF8A 2V8ZA 4YXGA 5DCBA 4H4IA 3G1VA 4XUGA 5LNWA 1XXXA 1GVFA 3C2VA 1P4CA 1BTMA 1IIHA 1K8ZA 1LDCA 4LTSA 4UFLA 2ZFAA 1MEIA 3R89A 2YYTA 2R91A 4M7SA 4H3DA 3GR7A 4HSNA 4NXSA 2QCGA 1TPEA 3W7EA 3ANYA 3R13A 5I3KA 1LORA 3VCRA 2WO5A 2J27A 1FCVA 4UTKA 5EL1A 3MI3A 1VLIA 4JDYA 1FCQA 1G7VA 2I14A 3M6YA 4UFMA 2H6RA 1LRQA 1ME8A 4O54A 1UUMA 1H51A 4WY0A 3W87A 4OQVA 4OWGA 2GOUA 4HNTA 1OX4B 2Z1BA 3HG3A 3KVKA 4S1FA 1F73A 4CCCA 4KFPA 1K8YA 4MYAA 1OF8A 5D2WA 3BO9A 1A50A 2XN0A 1VYSX 3BW4A 3L0GA 2GVLA 4RK8A 1S3HA 1XBXA 1WXJA 3G22A 3QW4B 3S5NA 1YXDA 2X30A 3OVPA 1GJPA 1S5WA 1NEYA 4ICNA 6ALDA 2NWRA 3S5YA 3GNDA 3PSWA 4LS0A 1HFBA 1PHWA 4IUOA 4PFMA 2JKPA 4JYFA 4O1CA 1M5WA 3HIJA 2H8ZA 2G95A 3W1PA 3B4UA 4ZQOA 3SGZA 2QCCA 3PVFA 1GTHA 4XQ6A 2NV2A 4HPXA 1ZHAA 4NZJA 2X1RA 1PHQA 3O06A 1XL9A 1KM1A 1P5BA 3EX3A 1OVDA 2YW3A 2NXIA 3DKJA 3PBYA 1B3OA 3O07A 3NQMA 5E1QA 1RQBA 4GRSA 5FF7A 3M5ZA 6TIMA 1DJNA 5KZEA 3HG4A 1VYPX 1ICSA 3GR8A 4N9DA 4UUIA 1FX6A 5J5DA 3F4WA 2QCMA 4JGDA 3NQFA 4UFHA 1PS9A 4WOQA 2H3DA 3HPXA 4NJIA 4JTKA 4A29A 2OZ0A 1JVNA 3MP4A 4PEKA 2HTMA 5A5WA 4TU1A 1R2SA 1N8FA 3PULA 2C1HA 5LNRA 1DV7A 1OHLA 5E0KA 4K7YA 2BSLA 1UASA 2YZRA 1HO4A 2CLOA 2YGYA 3TAKA 2WNNA 4XBSA 2XFWA 3MWAA 1MEHA 4UTHA 3LTPA 3UPWA 3MP3A 3EX2A 4CNNA 2NX3A 4B5NA 1DJQA 2UV8G 4DBEA 3PBVA 2XN2A 3L67A 2JBMA 3CTLA 3RMJA 3P7YA 1Z42A 4IX0A 4X22A 4O53A 1SFJA 5HWJA 3W2KA 1I2QA 2ZRZA 1RV8A 2GPTA 4I7UA 3P61A 4M7TA 3FLUA 2CW6A 1LRNA 4MPQA 2AAMA 2WSRA 3VE7A 5K9CA 3N14A 3M0ZA 4O16A 3B05A 1G4EA 4QQ3A 3C8FA 1RQEA 2VEMA 4NJKA 3QRHA 3AO0A 3QC3A 5K9DA 4W9TA 2FPTA 3S5OA 3JR2A 3DFTA 3JS3A 2QEZA 1NF0A 3R12A 4HHPA 2GVGA 2YPIA 3GVGA 1AL8A 1EX5A 2PRHA 3FKRA 3TIMA 3CU2A 4U4MA 1GVRA 1D9EA 4JTFA 3E02A 3FJ6A 3TCEA 3GXPA 1LOLA 3RK8A 1I2PA 4FO4A 4OGZA 5LGZA 2DP3A 5FEZA 1FXQA 5HNRA 4EWND 1CI1A 1NAL1 1XUZA 4JTGA 3N9SA 4JX4A 5F4SA 3VI2A 4ZL1A 4LUIA 3LDVA 5LHEA 5KITA 2ATMA 4UMCA 3BG5A 1YTEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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