3M3UA

Effect of temperature on tryptophan fluorescence in lysozyme crystals
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of temperature on tryptophan fluorescence in lysozyme crystals
rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3m3uA00
1IIZA 5KXXA 4NGYA 4NGLA 4NWHA 4LYOA 1B5YA 5APFA 3TMXA 1DXJA 5C6JA 1LZEA 3RT5X 1GBYA 2XJWA 1LJEA 1YROA 5HLLA 1LZ6A 3A8ZA 1JISA 1ZVYB 3AW7A 1OUDA 4HP0A 1EQ5A 1I20A 1QDTA 3CT1A 1JKBA 4PGJB 4NEBA 4NFVA 3LHMA 4G9SA 1LMQA 4ZEEA 1INUA 2MEDA 1LHKA 2BQHA 5KXRA 1BB5A 4WM2A 5L9JA 4R0FA 1LZ5A 5KXYA 3WUNA 2YSSC 3VWOA 6LYZA 1OUEA 2CWIA 2LZTA 1GWDA 1FLYA 5HMJA 5LINA 1HC0A 1VATA 1IWVA 3WW5A 2AUBA 3RU5A 3OK0A 1GAYA 5KXSA 4FDYA 4BAFA 1D0KA 5LYTA 1XGTC 5B05A 1LJ4A 1LHHA 4H9IA 1IOCA 4CJ2A 134LA 4KPMA 4RLMA 1QUSA 1FBIX 5LVHA 5KXTA 4BADA 4LYTA 2MEAA 5KXPA 4RLNA 3AJNA 5LA5A 3TXHA 2EQLA 5HNCA 1GB8A 1QTKA 2PC2A 3QY4A 1VEDA 1BVKC 5DLAA 1D6QA 2EIZC 5C6LA 2HEDA 2BQGA 3WXTA 132LA 1OUAA 1GEVA 1LMNA 4Z46A 1HHLA 5F16A 1LZ8A 1LHJA 5KXWA 1LSPA 4WLYA 1D6PA 2HUBA 2Z2EA 4LYZA 1JJ0A 1LOZA 4A7DA 4NSHA 1QIOA 1GFHA 207LA 2YBHA 4E3UA 4YM8A 4TX7A 5F9UA 4H90A 5IDDA 1OUCA 1REMA 1HELA 4H93A 4GCFA 4CHXA 2BQEA 2ZIJA 1GF6A 2CGIA 3BKVA 4H92A 133LA 1LSGA 1QDRA 1GFVA 3A3QA 3W6EA 2F4GA 3A93A 2ZYPA 4NHPA 4WM3A 5JENB 3J6KA 1WTMA 1IWXA 4NGZA 5KKJA 1NDMC 2I6ZA 5KXKA 1HMKA 1NWGA 2HTXA 3LYTA 1IWWA 3A96A 3FI7A 3P68A 5FELA 1BVXA 1HEPA 4H9FA 4DD7A 1JSEA 4NGIA 5FHWA 4L41A 1KIQC 2BQKA 1IP4A 1OQMA 1PZYA 3WVXA 1LZDA 2DQGY 6LYTA 1DQJC 1C45A 1D0MA 2CJLA 4H9EA 1LJ3A 4DC4A 1KIPC 1TDYA 4HJYA 2CDSA 1WQOA 1IO5A 1GB6A 1GXV2 1HFYA 193LA 3P65A 4AXTA 1D0LA 1LYOA 5B1GA 1IX0A 2LYZA 1LZ9A 1YAMA 3W3EA 1GHLA 3FE0A 1AT6A 1JKDA 2LHMA 2D6BA 3AZ5A 3B0KA 2HU1A 1CJ6A 2BQOA 1JTTL 3HBEX 3B0IA 1BQLY 5J7CA 154LA 1B7QA 1XGPC 3A3RX 3GXRA 4QGZA 1YL0X 1LAAA 4N5RA 2W1YA 1FDLY 4ETCA 1LMCA 1F0WA 4H1PA 4WLXA 4ETEA 3HBDA 1FKVA 1N4FA 4NGJA 2A7DA 2Z19A 1ZMYL 1J1XY 1YAQA 1IC7Y 4U3XB 1IP3A 1OUGA 4NGKA 2EKSC 3WULA 4NSGA 1LZAA 1CKFA 4WLTA 4DT3A 2DQIY 3N9EA 1BWIA 2N5ZA 1GDXA 1HEOA 1LZGA 1UIAA 2GV0A 3A6BY 4XN6A 5LIOA 4ETAA 1YANA 2YBJA 2ZYCA 1CJ9A 3AW6A 3KAMA 1QUTA 3A90A 4I0CA 3WU7A 1IR7A 4G4BA 4B4EA 5I54A 1GB5A 1CKHA 1H87A 4OWAA 1BB6A 4B4JA 4PJ2C 1LYSA 2NWDX 1G7LC 5F9XA 3WPKA 5FCPA 1NF5A 2F4AA 5I4WA 1B2KA 4GCCA 1JKAA 1OUHA 1LSAA 2YBLA 3N9CA 1NBYC 1HFZA 1LZTA 1DI4A 5D5CA 4H9HA 1GFJA 1GB7A 3A67Y 1E8LA 4HV2A 3LYOA 1A2YC 4KL7A 3CT5A 3GXKA 1LSNA 4H94A 3WUAA 1B7OA 1UIFA 1WTNA 2DQFC 4PPOA 1O23A 1G7IC 1GEZA 3LZTA 5LAFA 1XSFA 4MCKA 3WXUA 1LSCA 2MEBA 4TSBA 5I5QA 2I25L 1JTOL 3WPLA 1OUJA 1VFBC 3HFMY 4P2EA 2DKVA 1GB9A 4NY5A 1VDSA 1IP2A 4WM4A 4DD9A 1SLYA 4NSJA 1QTEA 5E4PA 1CJ8A 3B6LA 4B0DA 3IJVA 2XTHA 4YEOA 1NDGC 3LZ2A 4Z3MA 1EQEA 3TXDA 1QSWA 7LYZA 5ILFA 4H8YA 4KT3A 1IEEA 2ZIKA 5DL9A 3AZ4A 1WVUA 3TMVA 5ILCA 2YBMA 1QSAA 1B7MA 3TMWA 2Z39A 5LVIA 3M18B 4W96A 4IATA 1WVVA 3TXEA 1GFKA 3HBHA 4DWXA 4ANRA 1ZVHL 9LYZA 1GFUA 4LT0A 4RW2A 1LMOA 4G49A 3ZVQB 3RZ4A 4YOPA 2ZNWY 3T36A 1UIDA 1REXA 2ZQ3A 1LZNA 4N0JA 4NHSA 4ML7A 1AKIA 1LYYA 1GBXA 2X0AA 1B5UA 4HPIA 3SP3A 3A94A 4Z98A 1LSZA 2DQHY 4NWEA 1XEJA 1GE4A 1HFXA 1B7PA 3CSRA 3AYQA 4TTDA 5E9RA 5DM9A 1DPWA 2MEIA 3CB7A 1G7MC 4GCDA 4J1AA 4AGAA 1B9OA 1J1PY 4LYBA 1SQ2L 1J1OY 4NGVA 4NHQA 5EBHA 2Z2FA 1LJGA 1GF4A 1LMTA 1C46A 1HF4A 4LYCA 4DYGA 1G7HC 5LVGA 2W1LA 1BWHA 2EPEA 3WU9A 1EQ4A 1GF3A 1JJ3A 2VB1A 4WL7A 3CSQA 1AM7A 1VDTA 4XJGA 4Z41A 1IR8A 1LZ4A 1W6ZA 2F2NA 2D4JA 5L3HA 5M1YA 1PS5A 3AB6A 3J4GA 1DKKA 4GN4A 4OWHA 1LMPA 4NIJA 4GLVA 2BQCA 1REZA 4RW1A 1C08C 1GBSA 2C8OA 3A34A 4HTQA 3LN2A 1NQIA 2BQBA 1CKCA 2WARA 4UWNA 3WU8A 1C7PA 1B5VA 1LSBA 4H9AA 2ZQ4A 5F81A 1UCOA 3E3DA 1AZFA 2LZ2A 4OOOA 5AMYA 2YBIA 4CFPA 4J7VA 1UBZA 2G4NA 4H9CA 5F14A 1CNSA 2DQCY 2MEEA 4UWVA 1LZSA 1JPOA 1RI8B 1JWRA 1V7SA 2BQDA 1RFPA 1WQQA 5KKIA 1IOSA 1HSXA 208LA 4H8XA 3TMUA 4PHIA 5K7OA 4YF2A 1XGQC 4NG1A 2Q0MX 3F6ZA 1LSEA 1UACY 3LYMA 4LZTA 5I4XA 3M3UA 2MEGA 1LHIA 1BB4A 5HNLA 1KIRC 1NHEA 5B1FA 3W6DA 1LMAA 2FYDA 4C3WA 2XBSA 1IWZA 1LKRA 1OUFA 4BAPA 1YAPA 2MECA 5C6IA 1JITA 1GAZA 4LFXA 4O34A 1GFTA 4KXIA 5APDA 5APCA 1XGUC 4H9BA 4XJFA 4ET8A 3W6BA 3A92A 4DDCA 1CJ7A 4HV1A 1LSDA 1HSWA 3ZVQA 1IP7A 1A4VA 4QDNA 1FKQA 5KXMA 3WL2A 4LYMA 4N1CC 4ZFPA 1JTPL 1GF7A 1LHMA 1YQVY 3MGWA 3W6CA 3AGGG 2BQMA 1JSFA 4GN5C 2I26L 5B59A 5KXOA 5IHGA 1QQYA 1T6VL 1UIHA 2BAAA 2BQFA 4N9RA 1FLWA 1WQRA 3B72A 3TXBA 5LVJA 1GB3A 4B4IA 4MSTA 4ETDA 2BLYA 4EOFA 1FN5A 5APEA 2W1MA 4XADA 1HEQA 1KXYA 3QE8A 1W08A 5A3EA 3AZ6A 4UWUA 1G7JC 1LZCA 2B5ZA 3B0OA 1LSYA 1P2CC 4HTNA 1NKHA 4J0LA 4NSIA 3WW6A 5LXWA 4II8A 4DD1A 1LJIA 3T6UA 4DDAA 4GN3A 5HMVA 2YBNA 1JKCA 5I53A 1AT5A 3EMSA 4D9ZA 2MEHA 3A6CY 1GBZA 4GCBA 3D3DA 2F30A 1Z55A 3A91A 4LFPA 1GE0A 3TXGA 1IY4A 3CT0A 5B07A 1JJ1A 4HTKA 4IASA 3IJUA 4QY9A 1YKZX 1UIBA 1VDQA 4GLAA 4B49A 1GPQC 4W94A 1UICA 1BWJA 2H5ZA 2BLXA 1DZBX 1GF9A 1GF5A 1WQNA 2C8PA 5DN4A 4LT2A 1LJNA 1F6RA 1H6MA 1GE2A 2DQDY 5LYMA 2DQAA 1B7SA 3CQLA 4B1AA 3WVYA 2Y8PA 1EL1A 4YEMA 5A3ZA 4M4OA 1IP6A 2H9KA 4TSCA 4HJZA 5FEKA 2D4IA 8LYZA 4LT3A 3K3TA 2Z37A 2ZILA 1I56A 4DD0A 2FYCA 3TXFA 1IC5Y 1B5ZA 1B0DA 4NGOA 1C43A 1LYZA 5FDJA 1HERA 2BPUA 1GF8A 1LZBA 3ATOA 1VAUA 1IWYA 3W6FA 1GE3A 1UA6Y 5KY1A 1HMLA 4YENA 1NMMA 1FLUA 4WM5A 1ZV5L 5LAGA 1DPXA 1HEMA 1DI3A 1JUGA 1BB7A 1TBYA 1WQMA 2W1XA 3BKHA 4LT1A 1V7TA 4BS7A 1LZ1A 4HSFA 1RCMA 1B5WA 4XYYA 1VDPA 2ZNXY 2LYOA 5LA8A 1HENA 1HEWA 2XBRA 2DBTA 1F6SA 1LZYA 135LA 1IR9A 3WPJA 1LJKA 4NHIA 4H91A 1B7LA 1GBWA 2BQIA 1LJHA 2YDGA 1IWTA 4WL6A 1ALCA 5B06A 1F10A 1I1ZA 3P4ZA 5T3FA 4OW1A 5KJ9A 4ET9A 3CSZA 4OWBA 4FJRA 1DI5A 1GDWA 1MELL 2RSCA 3W6AA 4GCEA 4WMGA 1MLCE 1UC0A 3IWRA 4XJHA 4NGWA 1B7RA 4NG8A 1KXWA 1GFRA 3AGIA 2LYMA 3AGHA 4N1EI 4R6CA 5D5FA 1IORA 2Z38A 4I8SA 1IVMA 2H9JA 1YKXX 3TXIA 4J1BA 4XJDA 1OUBA 2G4QA 1GFAA 1OP9B 1YIKA 2HECA 4PRQA 2FBDA 4DD3A 4WM6A 1CKDA 4ETBA 1GE1A 1IP1A 2BQNA 1IC4Y 3WUMA 4WG7A 2HEBA 4G4CA 5II3A 5DN5A 1JEFA 4XJBA 1GFGA 3EBAB 4OWCA 4ZIXA 4HPEA 1LPIA 1DKJA 4WLDA 4TUNA 3A95A 1RJCB 1BGIA 1UIGA 1GXXA 2Z18A 4DD2A 3N9AA 194LA 2YVBA 5I4YA 1YILA 4OOTA 2BQAA 3ATNA 3WMKA 2HEFA 1LJFA 4NHTA 3WYHA 1LTMA 1REYA 1WQPA 5HQ1A 5KXLA 1D9UA 4WM1A 2FBBA 1XEKA 2D91A 1JHLA 1BB3A 2HEEA 1XEIA 5LVKA 3ULRA 4CGEA 3OJPA 1XGRC 2DQEY 4DDBA 5KXNA 1T3PA 5L3IA 1IOTA 1GB0A 1LHLA 2G4PA 3EXDA 3RW8A 1GBOA 4X3BA 3D9AC 2IHLA 1IOQA 3EO5A 3G3AB 4XJIA 3TXJA 4N8ZA 1LZRA 1LCNA 1TAYA 4IJ4A 1GFEA 4QEQA 4MR1A 4H8ZA 4WG1A 3AZ7A 153LA 1IY3A 1GD6A 3QNGA 1B5XA 3P64A 1UIEA 2A7FA 1KXXA 2MEFA 1YKYX 1JIYA 1NBZC 1B7NA 3WH1A 2BQLA 4CFOA 1GF0A 3RNXA 2Z12A 4OWEA 2D4KA 2HEAA 1GB2A 1IWUA 1LJJA 1RE2A 2HU3A 3TXKA 3ZEKA 1CKGA 1LKSA 2DQJY 2BQJA 1TEWA 1XFPL 4HJVA 4M6DA 4C5FA 5LYZA 1UUZC 3G3BB 1LSFA 3LYZA 1TCYA 3P66A 4WOAA 4TWSA 4WO6A 4XENA 4WO9A 2IFFY 5FSTA 5KXZA 4RDSA 4LGKA 4G4HA 1LSMA 2ZWBA 1HNLA 1YAOA 4PRUA 4EMNA 1IP5A 1FLQA 5IELA 1YL1X 1C10A 1OUIA 1BHZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
257LA 5KXXA 4NGLA 209LA 1C6HA 1G0LA 1LZEA 1GBYA 2L78A 1YROA 3HTBA 3A8ZA 229LA 4HP0A 4PGJB 1SX7A 3LHMA 4ZEEA 150LA 1QS5A 1L44A 1BB5A 5L9JA 2RBQA 5KXYA 2YSSC 3VWOA 1L57A 2CWIA 1HC0A 3EMLA 1VATA 1IWVA 108LA 3CDOA 3OK0A 227LA 1L23A 4FDYA 1D0KA 176LA 1XGTC 2OE9X 1LJ4A 1LHHA 4H9IA 1IOCA 4CJ2A 3OE9A 4BADA 3CDVA 2MEAA 1CU2A 5DLAA 1D6QA 2HEDA 1XJUA 4Z46A 1D6PA 4E3UA 207LA 4YM8A 5F9UA 1REMA 5I14A 4H93A 4GCFA 2BQEA 2ZIJA 1L20A 1QUOA 4W51A 2RAZX 3LYTA 1IWWA 1QSBA 5FELA 1JSEA 4NGIA 1OYUA 3NY9A 1OQMA 6LYTA 1DQJC 1DYEA 1KIPC 1GXV2 3NY8A 2Q9EA 1D0LA 1IX0A 3FE0A 1AT6A 3B0KA 2HU1A 2BQOA 5J7CA 2RBRA 3GXRA 4QGZA 1LAAA 1L19A 1FDLY 1LMCA 1F0WA 4WLXA 4ETEA 122LA 1L87A 1J1XY 225LA 4WLTA 4ETAA 5B59A 2ZYCA 3AW6A 1CX7A 4G4BA 3DMXA 113LA 1L04A 3K2RA 4B4JA 1T8FA 5I4WA 2A4TA 1DI4A 4H9HA 1C65A 1E8LA 3CT5A 3HTDA 170LA 1L93A 1B7OA 2DQFC 1XSFA 4MCKA 1LSCA 2MEBA 164LA 5I5QA 2I25L 1JTOL 119LA 1KY1A 4I7JA 3B6LA 2XTHA 197LA 1L39A 1QSWA 160LA 5DL9A 4PJZA 1T8GA 3M18B 4I7NA 4IATA 114LA 4ANRA 1GFUA 4G49A 3RZ4A 3ZVQB 4YOPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IIZ A;  5KXX A;  4NGY A;  4NGL A;  4NWH A;  4LYO A;  1B5Y A;  5APF A;  3TMX A;  1DXJ A;  5C6J A;  1LZE A;  3RT5 X;  1GBY A;  2XJW A;  1LJE A;  1YRO A;  5HLL A;  1LZ6 A;  3A8Z A;  1JIS A;  1ZVY B;  3AW7 A;  1OUD A;  4HP0 A;  1EQ5 A;  1I20 A;  1QDT A;  3CT1 A;  1JKB A;  4PGJ B;  4NEB A;  4NFV A;  3LHM A;  4G9S A;  1LMQ A;  4ZEE A;  1INU A;  2MED A;  1LHK A;  2BQH A;  5KXR A;  1BB5 A;  4WM2 A;  5L9J A;  4R0F A;  1LZ5 A;  5KXY A;  3WUN A;  2YSS C;  3VWO A;  6LYZ A;  1OUE A;  2CWI A;  2LZT A;  1GWD A;  1FLY A;  5HMJ A;  5LIN A;  1HC0 A;  1VAT A;  1IWV A;  3WW5 A;  2AUB A;  3RU5 A;  3OK0 A;  1GAY A;  5KXS A;  4FDY A;  4BAF A;  1D0K A;  5LYT A;  1XGT C;  5B05 A;  1LJ4 A;  1LHH A;  4H9I A;  1IOC A;  4CJ2 A;  134L A;  4KPM A;  4RLM A;  1QUS A;  1FBI X;  5LVH A;  5KXT A;  4BAD A;  4LYT A;  2MEA A;  5KXP A;  4RLN A;  3AJN A;  5LA5 A;  3TXH A;  2EQL A;  5HNC A;  1GB8 A;  1QTK A;  2PC2 A;  3QY4 A;  1VED A;  1BVK C;  5DLA A;  1D6Q A;  2EIZ C;  5C6L A;  2HED A;  2BQG A;  3WXT A;  132L A;  1OUA A;  1GEV A; 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 1FLU A;  4WM5 A;  1ZV5 L;  5LAG A;  1DPX A;  1HEM A;  1DI3 A;  1JUG A;  1BB7 A;  1TBY A;  1WQM A;  2W1X A;  3BKH A;  4LT1 A;  1V7T A;  4BS7 A;  1LZ1 A;  4HSF A;  1RCM A;  1B5W A;  4XYY A;  1VDP A;  2ZNX Y;  2LYO A;  5LA8 A;  1HEN A;  1HEW A;  2XBR A;  2DBT A;  1F6S A;  1LZY A;  135L A;  1IR9 A;  3WPJ A;  1LJK A;  4NHI A;  4H91 A;  1B7L A;  1GBW A;  2BQI A;  1LJH A;  2YDG A;  1IWT A;  4WL6 A;  1ALC A;  5B06 A;  1F10 A;  1I1Z A;  3P4Z A;  5T3F A;  4OW1 A;  5KJ9 A;  4ET9 A;  3CSZ A;  4OWB A;  4FJR A;  1DI5 A;  1GDW A;  1MEL L;  2RSC A;  3W6A A;  4GCE A;  4WMG A;  1MLC E;  1UC0 A;  3IWR A;  4XJH A;  4NGW A;  1B7R A;  4NG8 A;  1KXW A;  1GFR A;  3AGI A;  2LYM A;  3AGH A;  4N1E I;  4R6C A;  5D5F A;  1IOR A;  2Z38 A;  4I8S A;  1IVM A;  2H9J A;  1YKX X;  3TXI A;  4J1B A;  4XJD A;  1OUB A;  2G4Q A;  1GFA A;  1OP9 B;  1YIK A;  2HEC A;  4PRQ A;  2FBD A;  4DD3 A;  4WM6 A;  1CKD A;  4ETB A;  1GE1 A;  1IP1 A;  2BQN A;  1IC4 Y;  3WUM A;  4WG7 A;  2HEB A;  4G4C A;  5II3 A;  5DN5 A;  1JEF A;  4XJB A;  1GFG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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