3M5RA

Crystal structure of swine flu virus ns1 effector domain from h1n1 influenza a/california/07/2009
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
HMTIASVPTSRYLSDMTLEEMSRDWFMLMPRQKIIGPLCVRLDQAIMEKNIVLKANFSVIFNRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTYEDVKNAVGVLIGGLEWNGNTVRVSENIQRFAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 Effector Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
rcsb
molecule keywords Nonstructural protein 1
molecule tags Viral protein
source organism Influenza a virus
total genus 38
structure length 126
sequence length 126
chains with identical sequence B, D, E, F, G
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3m5rA00
3F5TA 3L4QA 3O9UA 3OA9A 3O9SA 3O9TA 3M5RA 3O9QA 3P38A 3KWIA 3P39A 2GX9A 3RVCA 3O9RA 3EE8A 3EE9A 3KWGA 4OPHA 3P31A 3D6RA 4OPAA 2RHKA 2KKZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KHOA 1RT2A 1QQOA 4Z4IA 3LP1A 3CCUN 4BRLA 3CPWM 4PHTX 4FJ5A 3P1GA 3O9RA 3ZSVA 4JI3K 4GV6A 2AA4A 3OBYA 1L5UA 4RTFD 3KIOA 3AVMA 4IOXA 3PIOL 4AF1A 3A5MC 3CC7N 4CJ3A 1HKBA 3A5NC 3ZSQA 1IJJA 4KHUA 1TKTA 2OPPA 3CFOA 4JKEA 4CBUA 4AHUA 5C0YA 2E1ZA 4EFHA 4BE0A 3QEIA 5IWAK 5J2NA 3SQ4A 4BRPA 1NK9A 4N5SA 4FJ8A 4DLEA 2KFNA 1S3XA 3C6HA 3NVKA 4KH6A 3RMBA 4N47A 1VQ5N 2ZJPL 2HBLA 4B9MA 3HT3A 3F9KA 1SL2A 3AV9A 5AQQA 5AZJB 1RT4A 5F2RA 3HP9A 4L8RB 3DXMB 1W0HA 4DV5K 1HYSA 1DTTA 2Z1GA 1WSIA 1JLCA 5B8HA 1WN7A 2G8FA 2OANA 1NGGA 1IKWA 3G71N 4B3OA 4JI5K 3AA2A 2Z1HA 3AGRA 5BN8A 1XC9A 1NNEA 2P9IA 3K0SA 5KQ8A 1N36K 4DV0K 2NUBA 1S1TA 2BTFA 1NK7A 4X66K 3B6PA 2HHQA 2BDPA 3OYLA 3TWHA 4BROA 3SUNA 3CQXA 4FLUA 4DF4A 1NKEA 3KK7A 1HRHA 4B3TK 4JAXA 4ISFA 1JCGA 4FLVA 3ITHA 5EXWA 3SZ2A 2HHXA 2OTLN 4FZXC 5BPNA 4DSJA 5HRNA 1IKVA 4NLCA 2QA4N 2CH6A 3J81O 4FO0A 5C42A 3CJAA 3C94A 2X74A 4KRFA 3R6MA 2FBYA 3U4LA 3NF7A 1JKHA 3M3ZA 1XUPO 3OY9A 4C8NA 3C7NA 4IO8A 4DQSA 2QWLA 4CF0A 3AVGA 3JAMO 4CJVA 1QQMA 2RN2A 4Z4CA 3H3OB 3VGMA 4H5NA 3RWUA 1Q7YO 2PY5A 3GBTA 5E84A 2QTDA 1VQMN 3CCEN 1LWEA 3DXMA 4ISGA 5FROA 5KPTA 3K9JA 4PKIA 1RDUA 3NH0A 3RRHA 4FJ7A 3AGKA 4ELTA 5KPZA 3S9HA 1BL3A 1BGXT 3VN5A 1F21A 1YAGA 3AA3A 3SCXA 4DFJA 1RT5A 4IEEA 3RR8A 4NYNA 1YI2N 3CJ1A 3NDKA 3E9LA 5FPEA 1EWQA 1YITN 2D0OA 3KZBA 2X6NA 3SYZA 3SBTA 3S3NA 2HMPA 1EX4A 5AQPA 4DQQA 2QKBA 2VGNA 4OVLA 1NK0A 3CCSN 2E8AA 4QS7A 3J8AA 5BPLA 3VQCA 3HK2A 3U3GA 4V19S 3FZHA 4CJEA 5BPMA 1N33K 2GX9A 4IJNA 4I2PA 1Z25A 3AO3A 5EY4A 1R0AA 4FJXA 4KB1A 3HRGA 2P9PB 4GY2B 3SUOA 4JI7K 5KGXA 1RT7A 2E2NA 1RDBA 4CFBA 2Q31A 3BZCA 1L3UA 1RT6A 3WNFA 1ZYQA 1UA1A 3PX4A 2HHSA 4JI8K 3AA5X 4FJLA 3TU5A 3LDLA 4M3RA 4AM7A 5JVHL 3CPEA 3NF9A 1JJ2M 2OPRA 1LOTB 4RWTA 4YORA 1GLDG 3MECA 3CQ8A 1U45A 4JKGB 4LSLA 3D45A 4JD2B 1VQLN 4H5TA 2FBVA 3ZT1A 2E1YA 5HROA 3KD5E 4FPBA 5BREA 1FW6A 4QS9A 2Q1NA 4KHYA 1LAVA 3ZSWA 3OS2A 3TAPA 1NJIO 3KWIA 1XQSC 4OJRA 3WXJA 3WEEA 4RW6A 4M41A 5M1OA 3O3FA 1EP4A 4KBOA 1RCHA 3ENHA 4G9ZA 1TK0A 1NGFA 1KCFA 3O6WA 4ILGB 3OW2M 1K8KB 3AAQA 3O9UA 3QLHA 1HX1A 3NF6A 3KK2A 4CEBA 1EO1A 2YX6A 3CMAN 2P9PA 4LY7A 3EL2A 1DKGD 4B1ZA 4AHCA 4FM0A 3L2RA 1XHXA 4JNEA 3THYB 5F1XA 1VSFA 2B4JA 4DSKA 5I42A 4IJAA 3LANA 2IGIA 1LAWA 4Z4EA 4JI4K 2IC3A 3HOSA 3QIOA 5JVGL 4G1QA 4GMJB 4MDAA 1W97L 4PL7A 1TV6A 1I94K 3EKUA 4Z4GA 4BDPA 4JKGA 2VQEK 1E3MA 4A62A 2P51A 2DFFA 4CFCA 5LL6Z 1Y97A 4JI2K 1S22A 3VTIA 4W5OA 1TAUA 4LD0A 3CD6N 1ILYA 5KRSA 2ZJRL 1I39A 4FSVA 1GLLO 4CJFA 3T1HK 4CF9A 1MWKA 3PV8A 5BR9A 3HXMA 2E6MA 2V51B 3S3OA 4FPAA 1GLBG 3JS6A 2JWKA 5JICA 2YNFA 4JLHA 4Q0BA 3MXMA 3TAGA 4CZFA 4CHOA 4OLAA 2YHBA 3KLGA 4CJSA 5AQZA 4AILC 2G8KA 3L3VA 1T05A 1L3TA 4CJKA 4DTSA 3H1QA 4K43A 1BIUA 2D5RA 3U9ZA 4HUFA 1VSIA 4WE1A 2VGMA 3WUHA 4F9OA 5F0XA 1VSHA 1S6PA 4CFAA 1KVCA 1Q9XA 3O9QA 5FLXO 5EX5A 1NKBA 3RR7A 1WBBA 3THYA 3DXKB 4HUGA 5KQDA 4YOVA 3HO1A 2HHVA 4J2DA 3A5LC 3WXKA 1VRTA 4H4OA 5CZ2A 4KTWA 1IG8A 4KH4A 4U7BA 3HSCA 5BN9A 3OYCA 4BC3A 1C0UA 1XHZA 2ASPA 3DLKA 4EP5A 4CZMA 3V9SA 2KZZA 4B9LA 2Y1JA 1N5YA 4QOZB 5JS2A 3L2UA 3SAFA 1HPMA 1Z6RA 2OZMA 3MN6A 3IS9A 4FWMA 1WNSA 3K5OA 2HF4A 3HVRA 1QSLA 3PX0A 3QETA 3D7EO 3SMPA 1SAZA 4BR0A 1C0GA 1EQYA 2YNGA 5T7BA 2BUPA 4K41A 4HUEA 1Q8IA 4CIEA 3VTHA 4BR5A 1VQ8N 3CF5L 4WCEL 4CJRA 2YNIA 4IXCA 5AQYA 4M42A 1GOBA 1VQ4N 2G8HA 3K58A 3H6EA 3C0BA 1O13A 3V1OA 4GKJK 2QM1A 5AQFA 4HCCA 4IG0A 4O0JA 1B9FA 4BVOA 2I7PA 4RW8A 3K5NA 4FK2A 1XC3A 3LDSA 3CFRA 4DS5A 3DXKA 4RW7A 1K8AO 3AAPA 2O4IA 3NFAA 4B3SK 5E41A 4KHPK 1ZBLA 3FR0A 4CVNE 4E0DA 3ZT3A 3FE1A 5KRTA 1UA0A 4CEZA 2IAJA 3HI0A 1KFSA 3QB0A 3K9KA 2WC9A 4YY3K 3QINA 4YOYA 2P9SB 4EZ9A 3A0IX 3THXB 1TK8A 1OH7A 4M45A 1VAZA 3TAMA 4JK7A 2YCHA 1HQEA 3OBWA 4IBNA 4OGCA 5KTQA 1YJ9N 4CHZA 2O8FB 1RTHA 3ZETA 4OLBA 3ZEUB 3T19A 4IEIA 4BACA 3TSQA 4YHHK 4QAGA 1C1CA 4K8ZA 4DR5K 3DLGA 4DU3A 1RBRA 4Y1DA 3L2WA 4DR4K 4FYDA 2YNHA 3J7ZO 4FLYA 5K14A 3L2VA 4M3TA 3K5MA 1VQNN 3E9PA 2O8EB 3OYHA 4CF8A 5SWMA 1Z26A 3OYGA 2VCPA 3U9DA 2UXBK 2HHHK 3TANA 3PLAA 2NRHA 1NGBA 1BUPA 1QVFM 1X9WA 2O8BB 3AO1A 2NRVA 1TAQA 2X6SA 5FRNA 1WAFA 3MEGA 3DRPA 3LM2A 4DQIA 4H8KA 1JL2A 3CMEN 5HL7L 1FJGK 3H45C 3SUPA 1WSHA 3M1FA 3V9WA 1VSKA 3WXLA 3ZSYA 3G4SN 3SUQA 3THXA 2QWRA 3DLEA 3R9PA 4BE1A 3FGUA 4A5BA 1RBTA 3OHRA 4CEEA 4B1UB 2O8FA 2HBJA 3QEXA 4O5BA 1HQUA 3VQPA 4DTJA 1VSLA 4BC2A 3D2FB 4OPHA 2UUAK 4B9VA 2D0BA 4OPAA 4DQ8A 1QS4A 2ZE2A 4CBWA 3R1XA 4A5AA 4FLTA 3SQ1A 5MLCQ 2WUSA 4IFEA 1QHAA 2O8EA 4CF2A 4GNIA 2QKKA 4JK8A 3QFPA 4B1YB 3HJFA 5C2FA 2AP1A 1RFQA 4IDKA 2QWQA 1VSJA 3AVNA 5AR0A 1NOYA 3WQTA 3AVLA 3KK1A 3CCQN 5JS1A 4H4MA 3PSIA 3THWB 2O8BA 5AQSA 4IFVA 1GLEG 3UIQA 1VSEA 2IIRA 3AA4A 1Q18A 1IH7A 4A2BA 1HNXK 4ZTJA 3LZJA 2BH1A 3CXCM 2P9IB 4HVJA 5HRSA 1NJXA 3T1YK 4W5NA 4CFDA 1YT3A 3CHWA 1Q86O 4O4GA 1HNWK 4WFBL 1WLJA 4Q5VA 3I0RA 3V6DA 4CEDA 4WQ5A 4FJMA 5AQNA 4WQ4A 4KB0A 2HMIA 4IOCL 4EAHD 4GKKK 2GTDA 3U3YA 3B8AX 5I3UA 1SZ2A 5FPMA 1SKRA 5M1NA 1LV5A 2A1RA 2HNZA 2O8DB 3WQUA 4E1NA 4BY9C 3KK3A 4OPKA 1WB9A 3OA9A 1C1AA 4B3MK 4NXNK 1LWCA 2KZMA 1D9FA 2W42A 3D2FA 2A3ZA 1A5XA 2NNWA 2J4RA 2DTUA 3EZ5A 1NJYA 2F7TA 3C7NB 3MEDA 1BCMA 1RBSA 2G8VA 3P31A 2YI1A 1EKEA 4JRPA 1FKPA 3WNEA 4CF1A 1HKCA 2CGKA 4KI6A 2QEXN 4FZYA 5GAEP 4IOAL 3K5LA 2G8UA 5GAGP 3THWA 1NK6A 4RW4A 4DS4A 2F96A 4KO0A 3LDQA 4PQUA 4BGBA 3G0ZA 4CEOA 4B1WB 1KLMA 2ETJA 5AQUA 3VQEA 3KTQA 1GLJO 2P9KB 1T7PA 3AVJA 3ZYYX 3L2QA 1Q9YA 3BF3A 5J2MA 3OYNA 3T3FA 3QEVA 1K9MO 3KVGA 4B1XB 4CHPA 2E2OA 4BRKA 4E89A 3HPOA 4IFYA 1YJNN 1U47A 1QE1A 1NGDA 3HSTB 4I7FA 4AHVA 3ZX0A 3LWLA 3S3MA 2O8DA 3V81A 3J7YP 5CR4A 4FOEA 2Q0RA 2D4WA 4DQPA 2CGJA 1SV5A 4JN4A 1IV0A 3DOKA 1NGCA 1RNHA 1BQMA 3IKMA 1VQON 3QO9A 3OYBA 4MLHA 1X9JA 2V7YA 2PYLA 1Q82O 4JKAA 3P38A 2I7NA 4DU1A 3JSMA 4FVMA 2DFHA 1O1WA 3OVNA 4PWDA 4JEPA 1T8EA 1NMNA 2W6LA 4RW9A 4KHQA 5IT9O 3DRRA 3CCJN 4O5FA 3LWMA 2GV9A 4ILJA 4KV8A 3TABA 3PSFA 4FJIA 2E4LA 2RF2A 2FF3B 4FVUA 4XH5A 3HPGA 3KLIA 4BG9A 2HNDA 1U6ZA 3DWLA 3HPHA 3UKUB 1JXBA 2ZF5O 4C23A 3SQ2A 4I9QA 3CIPA 4NYFA 2FXUA 4N41A 1HJOA 5FRMA 2P9KA 2QWOA 3N4PA 1E4GT 3BY5A 2DFEA 3G10A 3WEEB 1XNRK 4X62K 2GBZA 5M1KA 3QMLA 4AHTA 4KI4A 3WXMB 3VEZA 4F2RA 2E6LA 4K42A 1YF5L 4XEIA 3I56N 2A1SA 2JGUA 3AVIA 1RTDA 1D9DA 4FOIA 4DG1A 1WBDA 4LF9K 4W5QA 3QIPA 3FZKA 5C24A 4DV6K 3MWPA 1OVQA 1YVNA 4EP4A 3G6EN 1TKXA 3O1BA 1J9AA 1J53A 3L6QA 2P9LB 3CERA 1QSSA 3VQ4A 1KVAA 5DM6L 3I55N 2ZGZA 1RGIA 1IBKK 4FJ9A 5D3GA 2GELA 3ULEA 2XY7A 4IKFA 1FXXA 1YTAA 2O4GA 5C10A 2VQFK 4LF6K 3QEPA 4YOXA 3Q7BA 2GWJA 1EWRA 2Q3SA 1D5AA 1T6CA 3LP3A 3ENBA 5J2PA 4LF8K 1BWFO 3VGKA 5HRPA 4KTZA 3DRSA 1B92A 3H46O 3UKUA 3CC2N 3VOVA 2LSNA 2ITMA 5CE3A 2E88A 4DV1K 4NO7A 4F2SA 4B8CA 4DTMA 3QNOA 1HPZA 4A57A 1Z05A 3QDKA 4JS5A 2E20A 3VGLA 5CHIA 4CJTA 5AQXA 1JLGA 1RDAA 4AH9A 4CJQA 3HOTA 1VSDA 5EOYA 3R8EA 1SKSA 2KW4A 2WBNA 1NGAA 1A5WA 3VQ7A 1DGKN 4FWLA 3UKRB 2PBDA 4BR2A 1XI1A 1Q81O 1W9HA 4BQZA 4FK4A 5AJ3K 4BG8A 3HM8A 3OYJA 5LJVA 3TR8A 4DSEA 1E4FT 3NF8A 4CK3A 1CZBA 3GL1A 4J8FA 4DUZK 3QICA 3PY8A 1IBLK 3ZLJA 2P9LA 5FDLA 3QBXA 4JKFA 2RHKA 2HNYA 3SK3A 2HVIA 3ZX3A 4DR7K 1JXEA 4J2AA 1SS6A 3DI6A 4HTLA 4FWPA 4FM2A 1JLAA 3WXIA 4X65K 3CI5A 1QQNA 4DMNA 4PUOA 3EE9A 1BHLA 1NWKA 3VF2A 4JRQA 1TL3A 4LC9B 4FK0A 4JYAK 1MU2A 3ZX2A 4H5RA 3MMVA 2QW9A 3M5RA 4WFNL 1NK5A 2YV0X 4K25A 4LF7K 4EHUA 2P9NB 2NZTA 1QSYA 4DF8A 3K2PA 2KFZA 1ASVA 4FLWA 3UKRA 1KQSM 1S9EA 1TVRA 3TTCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F5T A;  3L4Q A;  3O9U A;  3OA9 A;  3O9S A;  3O9T A;  3M5R A;  3O9Q A;  3P38 A;  3KWI A;  3P39 A;  2GX9 A;  3RVC A;  3O9R A;  3EE8 A;  3EE9 A;  3KWG A;  4OPH A;  3P31 A;  3D6R A;  4OPA A;  2RHK A;  2KKZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2KHO A;  1RT2 A;  1QQO A;  4Z4I A;  3LP1 A;  3CCU N;  4BRL A;  3CPW M;  4PHT X;  4FJ5 A;  3P1G A;  3O9R A;  3ZSV A;  4JI3 K;  4GV6 A;  2AA4 A;  3OBY A;  1L5U A;  4RTF D;  3KIO A;  3AVM A;  4IOX A;  3PIO L;  4AF1 A;  3A5M C;  3CC7 N;  4CJ3 A;  1HKB A;  3A5N C;  3ZSQ A;  1IJJ A;  4KHU A;  1TKT A;  2OPP A;  3CFO A;  4JKE A;  4CBU A;  4AHU A;  5C0Y A;  2E1Z A;  4EFH A;  4BE0 A;  3QEI A;  5IWA K;  5J2N A;  3SQ4 A;  4BRP A;  1NK9 A;  4N5S A;  4FJ8 A;  4DLE A;  2KFN A;  1S3X A;  3C6H A;  3NVK A;  4KH6 A;  3RMB A;  4N47 A;  1VQ5 N;  2ZJP L;  2HBL A;  4B9M A;  3HT3 A;  3F9K A;  1SL2 A;  3AV9 A;  5AQQ A;  5AZJ B;  1RT4 A;  5F2R A;  3HP9 A;  4L8R B;  3DXM B;  1W0H A;  4DV5 K;  1HYS A;  1DTT A;  2Z1G A;  1WSI A;  1JLC A;  5B8H A;  1WN7 A;  2G8F A;  2OAN A;  1NGG A;  1IKW A;  3G71 N;  4B3O A;  4JI5 K;  3AA2 A;  2Z1H A;  3AGR A;  5BN8 A;  1XC9 A;  1NNE A;  2P9I A;  3K0S A;  5KQ8 A;  1N36 K;  4DV0 K;  2NUB A;  1S1T A;  2BTF A;  1NK7 A;  4X66 K;  3B6P A;  2HHQ A;  2BDP A;  3OYL A;  3TWH A;  4BRO A;  3SUN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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