The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
126
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structure length |
126
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Chain Sequence |
HMTIASVPTSRYLSDMTLEEMSRDWFMLMPRQKIIGPLCVRLDQAIMEKNIVLKANFSVIFNRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTYEDVKNAVGVLIGGLEWNGNTVRVSENIQRFAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 Effector Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
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| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule tags |
Viral protein
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| total genus |
38
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| structure length |
126
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| sequence length |
126
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| chains with identical sequence |
B, D, E, F, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OPA A; 2GX9 A; 3P31 A; 3O9R A; 3D6R A; 3KWI A; 3O9Q A; 3RVC A; 3O9S A; 3EE8 A; 2KKZ A; 3O9U A; 3P38 A; 2RHK A; 3KWG A; 3OA9 A; 3EE9 A; 3F5T A; 3M5R A; 4OPH A; 3L4Q A; 3P39 A; 3O9T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SMS A; 1HR0 K; 3QBX A; 4ELT A; 3CCR N; 4H0X B; 1SQK A; 4O44 A; 3AA5 X; 3ZEU B; 1KXP A; 1XWL A; 1NJY A; 3CM6 A; 3CER A; 1HYZ A; 5AQH A; 2P9P B; 3OA9 A; 3TAR A; 4KB0 A; 3HPG A; 4GW6 A; 1NKE A; 1RT6 A; 3L4Q A; 1U04 A; 5I42 A; 4FJK A; 4CJ4 A; 3DOL A; 4N76 A; 4IO8 A; 3TSQ A; 3V9S A; 3SNN A; 4KHQ A; 2FSK A; 4PUO A; 3VA3 A; 4O0I A; 4C8L A; 3PO5 A; 4M3U A; 3M3Z A; 2RF2 A; 4BRE A; 2FBY A; 2NRT A; 4AIL C; 4CEO A; 1DKG D; 1MWM A; 3VGK A; 5LMN K; 4EP5 A; 2FBX A; 3AVN A; 5M1O A; 4LF9 K; 3L4I A; 1YUW A; 3AAQ A; 5TKW A; 5J2N A; 2HF3 A; 4ILH A; 4PHT X; 3ZET B; 4WE1 A; 4IEE A; 1W0H A; 1J5O A; 3J81 O; 3N4Q A; 3CC2 N; 2IDO A; 4G1Q A; 3J80 O; 1Z6R A; 1RTI A; 2VGN A; 4M3Y A; 1LW0 A; 4EHU A; 3IRX A; 3D2E A; 4MO4 A; 4CGD A; 3SBG A; 5AZJ B; 3TAM A; 3NHG A; 3KK3 A; 2PY5 A; 4YOY A; 2NRR A; 4DSL A; 4CF8 A; 1KFD A; 3IS9 A; 1M1K O; 4C8N A; 1ESV A; 1OH8 A; 4I9Q A; 3IFR A; 1GLA G; 4FLY A; 5AQG A; 1S1U A; 2FBV A; 4B3M K; 4FWN A; 2JGU A; 3D6R A; 2Z1J A; 4FOI A; 4BWJ A; 4CHP A; 4BRN A; 3O1B A; 2OPR A; 3BGR A; 1CXQ A; 5DMR A; 2VGM A; 3NE6 A; 2ASO A; 4BVP A; 1HYS A; 4CGH A; 3OS1 A; 2QWL A; 1HQE A; 3OBW A; 2F9W A; 4FWO A; 1L3U A; 4CJK A; 1QQN A; 4IOX A; 4FJM A; 3E9O A; 3S3O A; 4RW8 A; 3ISN C; 4EAH D; 3LWM A; 4IO9 L; 3O80 A; 5EU7 A; 1XQS C; 4CZI A; 1YXQ A; 4GVE A; 4CED A; 4V19 S; 3SUO A; 2BAN A; 1YVU A; 3E66 A; 1RNH A; 1CZ9 A; 3O3G A; 4DSF A; 4B9Q A; 4RW6 A; 4PY5 A; 5KPZ A; 1QVF M; 1TGO A; 1C1A A; 3A5M C; 2QWP A; 4I6M A; 5GIP A; 3QET A; 1IG9 A; 4FLV A; 1BCO A; 1ASW A; 3SPZ A; 3HVT A; 3O08 A; 3LPU A; 4CJQ A; 1J53 A; 3ZSV A; 2D5R A; 3I0R A; 4GMJ B; 3VEY A; 4U7B A; 3Q7B A; 3SQ2 A; 2DPN A; 3G6E N; 1RT3 A; 3MWT A; 4RG8 A; 1P90 A; 2E1Y A; 1N36 K; 3RR8 A; 4HTL A; 4JKA A; 1SKS A; 3CCM N; 3HI0 A; 4BRP A; 4MDA A; 2O8C B; 3LP1 A; 2BTF A; 3L2U A; 1NJX A; 4N5S A; 3A8Y A; 4CFA A; 5C15 A; 1HKG A; 1IBL K; 1SV5 A; 3T19 A; 1RBR A; 4CHY A; 1LV5 A; 3HM9 A; 4DUY K; 2E2P A; 4JI4 K; 5AQT A; 4AHS A; 5AQV A; 4FK0 A; 4LF7 K; 4ICL A; 4JKG A; 4BVO A; 3D2F A; 3WEE B; 1W2B M; 3KZB A; 1RDW X; 4K42 A; 2F9T A; 4BC2 A; 3D0P A; 1LOT B; 4DS4 A; 1TK5 A; 2XY5 A; 4AQY K; 3PUF A; 1RBT A; 1U6Z A; 3O4Q A; 4OJR A; 4B3T K; 4KAZ A; 2A1R A; 3VQ9 A; 1DTQ A; 4RCH A; 1KVA A; 2HBJ A; 5HRS A; 2HHH K; 4E7J A; 2WON A; 4JI3 K; 5D3G A; 3AO5 A; 3WQT A; 3B6P A; 3L3U A; 4CJV A; 4FWM A; 2ITM A; 2IC3 A; 4LC9 B; 2FF3 B; 1W97 L; 4NYF A; 4BRD A; 3AVM A; 1RBS A; 5KGW A; 4DV2 K; 4GNI A; 4HUG A; 3ZCM A; 2YJE A; 1GLC G; 3QEV A; 2QW9 A; 4DSJ A; 4JKE A; 4GY2 B; 2D0O A; 5EXW A; 1XC9 A; 3VF2 A; 4NXM K; 4JHD A; 3QIO A; 4YOW A; 4A62 A; 3MX5 A; 3U3Y A; 1JLB A; 2X6S A; 1T6C A; 1GLD G; 2HBL A; 4AH9 A; 2IOC A; 3AY9 A; 1DGK N; 1JL2 A; 5B8H A; 3KJV A; 2OPP A; 1U2V A; 2BE2 A; 5AQY A; 4F2R A; 3WNG A; 4CIE A; 5BRH A; 2O8E B; 4ISE A; 1GOC A; 3PLA A; 3LZJ A; 3T69 A; 3F5T A; 4Q0B A; 5BRE A; 2P9N A; 5I9E B; 3ENH A; 3OTO K; 4DQI A; 2ZE2 A; 3HM8 A; 3NAE A; 3VQQ A; 3HVR A; 3ATU A; 3EYZ A; 2O8D A; 5C2F A; 3A5N C; 3TTD A; 2I7N A; 3C7N B; 4YHH K; 2PFU A; 4DTX A; 3VQA A; 4FZX C; 2O4G A; 4LY7 A; 2G8V A; 5HL7 L; 3HPH A; 2IGI A; 3DYA A; 4KV8 A; 2A1S A; 3QO9 A; 5IT9 O; 3CFR A; 4DV7 K; 4JYA K; 5AFU A; 1IBK K; 3VQC A; 4KHY A; 4BE2 A; 2VWK A; 4DTO A; 3PSF A; 4CJT A; 3LDP A; 1JCG A; 4B9N A; 5JMV A; 4FJ5 A; 4NO7 A; 5EOY A; 1ILY A; 4A5A A; 3A0I X; 3TR8 A; 2Q2R A; 4PA1 A; 4L3Q A; 3E1Y A; 2YX6 A; 4HUE A; 4OKK A; 1NGG A; 3QIC A; 1CXU A; 1Q82 O; 3QEX A; 4CJL A; 3WXI A; 3G0Z A; 1NK7 A; 4O8K A; 1X3M A; 3ULE A; 1ATR A; 3MXI A; 3H46 O; 1Y64 A; 2D1K A; 3CC7 N; 4F2S A; 2WBN A; 2HB5 A; 1LAW A; 2A42 A; 4KTW A; 1NGA A; 5AQN A; 4HCB A; 3KK7 A; 3O5B A; 3C0B A; 3DMJ A; 5BN8 A; 2W42 A; 4CZF A; 5HP1 A; 3VQ7 A; 3SUN A; 1GLB G; 1RGI A; 4EIA A; 1VRU A; 3BP8 A; 4ELU A; 5C24 A; 3BF3 A; 2IVP A; 5ELZ A; 2JWL A; 3T1Y K; 4JKC A; 3KLG A; 3PO4 A; 4ILJ A; 4W5Q A; 1BI4 B; 4CZM A; 2ZJR L; 1S1V A; 1T3V A; 2Y1J A; 4O8U A; 3CJB A; 1YT3 A; 1ZBF A; 4IEI A; 3OYG A; 2O8F A; 5GAD P; 3ID8 A; 1S3X A; 2LSN A; 4FM1 A; 3ZLJ A; 1NGH A; 4OKE A; 1IG8 A; 4WFN L; 4FK4 A; 3CG7 A; 4FYD A; 3SZ2 A; 3SUP A; 1BCM A; 1NGC A; 5KGX A; 1NGE A; 4GV3 A; 5BRF A; 1ITG A; 4JI5 K; 1UA0 A; 5AZI A; 3ZSQ A; 3C6U A; 5HLF A; 2HF4 A; 4LFC K; 4BR2 A; 3IKM A; 2E6M A; 5HRR A; 2VQF K; 3PSI A; 1SKW A; 2NLX A; 5AQR A; 4LH5 A; 4BRI A; 5KQ8 A; 3QLH A; 5AFU H; 1Z05 A; 1KFS A; 3DXM B; 2ZGY A; 1HX1 A; 3CHW A; 4DSE A; 1B9D A; 4DHY A; 4Y1D A; 2E88 A; 3OBY A; 1VSJ A; 2AP1 A; 3VF6 A; 3HL8 A; 5AQS A; 4BE1 A; 4CFC A; 4DFM A; 2YHW A; 3KK2 A; 4PKH A; 4I2Q A; 2GEM A; 3MN6 A; 4XEI A; 3VEX A; 3BEX A; 1UOC A; 2P5O A; 1S9G A; 1U48 A; 4BRO A; 3L2V A; 1L3T A; 1I39 A; 3K5L A; 4K43 A; 1QHA A; 2ZF5 O; 3N4P A; 2A6A A; 4CEF A; 3ZX2 A; 4DR6 K; 1BIS A; 1IBM K; 4LF4 K; 1R0A A; 4CHN A; 3MN7 A; 5GIN A; 1MWK A; 1YVN A; 1RT2 A; 3SBT A; 4Q5V A; 4RWT A; 1Q7Y O; 3G10 A; 4FXD A; 3GE1 A; 4BRF A; 4FCY A; 5DM7 L; 1SL0 A; 3HTV A; 2QXL A; 4O4G A; 3GOI A; 5SWM A; 2GTD A; 4DR3 K; 4W5N A; 4CBX A; 2QM1 A; 4IDH A; 2A5X A; 4FJH A; 3FGU A; 1J5E K; 4A2A A; 3E9L A; 4OKJ A; 4CCH A; 4M42 A; 2ZJQ L; 3LP0 A; 3LDL A; 1RBU A; 3K5N A; 4QS9 A; 3NF8 A; 3F9M A; 2OA8 A; 3K57 A; 3QBW A; 3SUQ A; 3ZT3 A; 1N8R O; 4A57 A; 4E7I A; 2V51 B; 4JI2 K; 3RMC A; 4AM7 A; 4B3R K; 1BO5 O; 4WQ4 A; 5JVG L; 4FWR A; 2ZGZ A; 1C0T A; 1FKO A; 2B6A A; 4JNE A; 2F4V K; 3DRR A; 3QIN A; 1XI1 A; 2VYP A; 3V6D A; 3O1W A; 4M3W A; 2G8K A; 3WXJ A; 5HRP A; 1QE1 A; 4JD2 B; 4E0D A; 1C1B A; 3P38 A; 4XIU A; 2YHB A; 5AQK A; 2YNG A; 5CE3 A; 2YCH A; 3P83 D; 4FWQ A; 5KPT A; 4C8K A; 1RTD A; 2P51 A; 3KVG A; 3QNO A; 4FPA A; 3KKS A; 5EY4 A; 4EP4 A; 5TKY A; 5AQO A; 3QB0 A; 4EZ9 A; 3RSE A; 3KWI A; 1D5A A; 1X1P A; 3EY1 A; 3OYC A; 4HUF A; 2YNF A; 2QXF A; 2NRH A; 3QFP A; 2KZM A; 3K5O A; 4JKF A; 4F9O A; 1TYQ A; 3OYI A; 3ENO A; 3NGI A; 4Z94 A; 1VQ7 N; 4IOC L; 1E3M A; 1MDU B; 1WSI A; 3VN5 A; 1KSP A; 1NJZ A; 1HKC A; 5GAG P; 3MED A; 1GLJ O; 2UUA K; 4F8R A; 1K9M O; 3UKR A; 4IDK A; 5M1F A; 3SLC A; 2ATQ A; 3DOK A; 3LDQ A; 5J2Q A; 5M1Q A; 2WC9 A; 4NXN K; 4F3O A; 3QES A; 3J7Y P; 4PWD A; 3VOV A; 4J2D A; 1WSE A; 4CEQ A; 5DM6 L; 3JAM O; 3VQP A; 3K0S A; 3TAE A; 3ZT4 A; 1K8A O; 3JS6 A; 3NVK A; 5AQQ A; 2UXB K; 1T6D A; 3T7Z A; 2G8I A; 5EVZ A; 3SI6 A; 4JI7 K; 2VCP A; 4W5R A; 4DTP A; 4CJ5 A; 1NJW A; 4BR4 A; 2PAV A; 3ZSO A; 2UXD K; 3OJS A; 3CMA N; 3SPY A; 3DLB A; 2XY8 A; 1VQL N; 3LAK A; 3SV4 A; 4FW2 A; 2Z1I A; 1HQU A; 3VER A; 3IUC A; 3V9Z A; 3DLE A; 2YNI A; 1EWR A; 4CEC A; 1RT4 A; 4JS4 A; 3SV3 A; 5GAE P; 4BAC A; 2VG5 A; 4W5O A; 3NH2 A; 4FJL A; 3RTV A; 3QIP A; 1J6Z A; 2ETJ A; 2RE2 A; 1Q81 O; 1L5U A; 2F96 A; 4CEA A; 1U4B A; 4R5P A; 2P9P A; 1M90 O; 3VEV A; 1WSF A; 1TKZ A; 4OPK A; 3VQ6 A; 2A40 A; 1EP4 A; 1LWE A; 4JI1 K; 4LFB K; 1QS4 A; 2KKZ A; 4X64 K; 1CZA N; 3OYF A; 1ZBI A; 4TSX A; 4F3T A; 1RDB A; 1RDC A; 3HYF A; 3T1H K; 1MU2 A; 4ID1 A; 4H0Y B; 1TAQ A; 5FPD A; 2X74 A; 5FPM A; 1DTT A; 1UAX A; 5JIC A; 4DKW A; 3HP6 A; 4KO0 A; 4BDZ A; 2F7T A; 3L6Q A; 5JLH A; 2XY7 A; 3MWP A; 2UYT A; 1YJ9 N; 5AQL A; 5HRN A; 1RIL A; 4ISF A; 1BQN A; 1YJW N; 2E20 A; 4JI6 K; 5F2R A; 3ZET A; 3W3D A; 4J2A A; 1XNR K; 3O9U A; 4NLB A; 4FSV A; 5M1K A; 3MCP A; 3GDQ A; 4AHV A; 1C1C A; 3QNN A; 4CD3 A; 1GLE G; 1BA1 A; 4E1M A; 5AZJ A; 4IJA A; 2HHW A; 2E4L A; 4H0P A; 4QS8 A; 3B6O A; 3L3V A; 1SS6 A; 3M6G A; 3TAB A; 3NGZ A; 3OYJ A; 1QSS A; 1BUP A; 1KVC A; 3LDN A; 1FW6 A; 1RTH A; 3LM2 A; 5DK5 A; 5LJW A; 4IOA L; 5C12 A; 3RMB A; 3OYB A; 3NF7 A; 4JK7 A; 2P9L B; 2R7Y A; 1WBD A; 4HWI A; 1DLO A; 3CXC M; 4IZ9 A; 4DTN A; 1EWQ A; 1K8K B; 5LJV A; 3LDS A; 1SL1 A; 1VSH A; 3UKU B; 2HBK A; 4KH5 A; 4U67 L; 1JL1 A; 3VET A; 3HZ6 A; 3EZ5 A; 3BDP A; 4LF6 K; 2WTU A; 1NG9 A; 3FZK A; 2G8F A; 5KTQ A; 4FJN A; 4EHT A; 1VQ8 N; 1LAV A; 4KTQ A; 2HBM A; 1S6Q A; 3VEO A; 1K73 O; 3HRG A; 3CCJ N; 2GUP A; 1OVY A; 3EKS A; 2O8B B; 4AM6 A; 3SJJ A; 5AQJ A; 3VEW A; 4FLZ A; 2QWQ A; 3KLH A; 4B9T A; 3DRP A; 4OPH A; 2ASP A; 1VK0 A; 4CJW A; 1VAZ A; 1NNE A; 4FO0 A; 1VSE A; 1UWB A; 2AJQ A; 4FJI A; 1L3S A; 1XHX A; 4M41 A; 1RDD A; 2YHA A; 1NM1 A; 3PIO L; 4FK2 A; 4JK8 A; 1LWC A; 2ZM6 K; 5M1N A; 1JXB A; 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1A5V A; 1S6P A; 3AA2 A; 3E01 A; 1KD1 O; 1NBW A; 2O8E A; 4DMN A; 1ASV A; 4MLH A; 3CCL N; 2H3G X; 4Z0U A; 3NF9 A; 3DXK A; 2Z1H A; 4JI0 K; 4C8M A; 5BPM A; 3AO4 A; 2P9K A; 4IFY A; 4JK9 A; 1BHL A; 4EFH A; 1FK9 A; 3LAM A; 1O13 A; 1RTJ A; 4DR5 K; 1JXE A; 1L3V A; 1EET A; 1TK8 A; 1KRP A; 1XHZ A; 4OLA A; 4CJP A; 2DFH A; 2OZM A; 4K0K K; 1RBV A; 1NOY A; 4EZ6 A; 3C7N A; 3JYT A; 3CF5 L; 2W41 A; 4LH4 A; 2P9S A; 4YOU A; 3MEE A; 3B8A X; 2RKI A; 3H3O B; 1YAG A; 4O55 A; 5CYQ A; 4DFK A; 2OYQ A; 3G25 A; 5CY4 A; 4E7H A; 1FJG K; 3SQ4 A; 3THX B; 4KBO A; 1BOT O; 3LM9 A; 2KTQ A; 2GWK A; 1IO2 A; 1R59 O; 1V4S A; 1T7P A; 4DR1 K; 3H3N O; 3UB5 A; 2QKK A; 3R6M A; 4DCH A; 4JKB A; 1S1X A; 3AGR A; 3OYN A; 1TKD A; 2V7Y A; 1HJR A; 1OKJ A; 1BL3 A; 1REV A; 1U45 A; 1IKV A; 2P9I B; 4AHU A; 3DRS A; 2ITG A; 4CEZ A; 1BIZ A; 3D7E O; 4CF2 A; 2IVN A; 3NF6 A; 1N6Q A; 1YIJ N; 5H1S Q; 1TAU A; 3H1Q A; 2HW3 A; 1TK0 A; 2IVO A; 4WF9 L; 4JRP A; 2W40 A; 1GOB A; 1NKC A; 1Q9Y A; 1HNI A; 4DV6 K; 3CD6 N; 4BY9 C; 3ZSY A; 1NKB A; 2NUB A; 5AQU A; 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