The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
MKFQYKEEHSFEKRKAEGEKIRRKYPDRVPVIVEKAPKARLGDLDKKKYLVPSDLTVGQFYFLIRKRIHLRPEDALFFFVNNVIPPTSATMGSLYQEHHDEDFFLYIAFSDENVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of autophagy-related protein Atg8 from the silkworm Bombyx mori
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Autophagy related protein Atg8
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| source organism |
Bombyx mori
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| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
34
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02991 | Atg8 | Autophagy protein Atg8 ubiquitin like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SE9 A; 3H9D A; 3WAL A; 2ZEQ A; 3QA8 A; 4GDL A; 1F9J A; 2J0J A; 2KDE B; 3H7S A; 5E6N A; 3H7P A; 3EFU A; 2KD0 A; 3KYC D; 3UIO B; 1GJZ A; 1C1Y B; 3PHX B; 3VH3 B; 2IO2 B; 2Z0D B; 3QX1 A; 4LDT D; 4WWN A; 3WAP A; 4KSK C; 1ZGU B; 3WA0 A; 2D10 A; 4MJS B; 3TIX A; 3N32 A; 3ML9 A; 1WE6 A; 1J19 A; 3R7Q A; 3ZLZ A; 4KDI C; 5FR6 A; 2Z59 B; 4DHJ B; 1BT0 A; 5AEK B; 3IHP C; 1IPG A; 4ICU A; 4FJY A; 1YD8 U; 4ASW C; 2L76 A; 4OVU A; 3JYU A; 4ZRJ A; 1TTN A; 2EMT A; 2WYQ A; 5IAA C; 3SU8 X; 4F1S A; 1E8X A; 4ZRI A; 1WRD B; 3UQA A; 2XK5 B; 3R7R A; 1EO6 A; 4IW0 A; 2FIF A; 2KWC A; 2MBE A; 3MHS D; 4AUQ C; 1E8W A; 2MRP A; 2N9E B; 4YL8 A; 3JW0 X; 5L95 C; 3HIZ A; 2JF5 A; 3QC8 B; 4BVU C; 3PRM B; 4FBJ B; 2UYZ B; 4PS7 A; 2NPT A; 2NVU I; 2KDF B; 5BO4 B; 3ZRC A; 2ZPN A; 4GMV A; 2OJR A; 4E74 A; 4W9G A; 5AZH A; 4BBN F; 1I42 A; 1OGW A; 1WJU A; 3PSE B; 4A20 A; 1UEL A; 1VCB A; 1WZ0 A; 2IZV B; 4DWF A; 4GSW A; 2JVC A; 5D94 A; 3OLM D; 4IUM B; 1AAR A; 4MSM B; 3ZNG C; 2BWE S; 3IFW B; 2LGY A; 3PVL A; 3WAN A; 2KZR A; 2D07 B; 2JZ3 B; 3V61 A; 4DXA B; 1WE7 A; 1WJN A; 2KLC A; 4DDG D; 2GOW A; 5AZF A; 4K7S A; 2G4D B; 3ZRF A; 1V6E A; 2ZPY A; 1L2N A; 1MG8 A; 1WR1 A; 4GU2 A; 2LGX A; 3W1S C; 2O2V B; 4N9F 4; 1ISN A; 3DVN V; 1OQY A; 4LCD E; 2CR5 A; 4GIV A; 2NS5 A; 3PS6 A; 4K7W A; 4MJS A; 5CX3 A; 3ONS A; 2DX5 B; 2LRU A; 3PHW B; 4TV3 A; 3WIM A; 2BPS A; 3L10 B; 3U8Z A; 3D32 A; 4JGH B; 4NJ7 A; 4HCN B; 1QZE A; 2B3A A; 4ICV A; 3A4S C; 2KTR A; 4PYZ A; 2W9N A; 3PGE A; 4BBN C; 3DBR I; 3HM3 A; 4FJZ A; 4XC2 A; 4FN2 A; 3W1Y A; 4NNJ B; 3DOW A; 3V62 A; 1ZW7 A; 3NS8 A; 2K8C A; 3VHT C; 2LXA A; 2XK5 A; 2PJH A; 3AU5 A; 4W9E A; 1RFA A; 2R2O A; 3A9K B; 1J8C A; 5C23 A; 3RD2 A; 3NY5 A; 4MH0 E; 4BKS D; 3V6E B; 1Y8R C; 1WGY A; 2XBB C; 4G3X B; 2IO0 B; 2PE9 A; 2DZK A; 4IM0 A; 5LXI B; 3Q3J A; 3M63 B; 2JUO A; 2KTF A; 4P7I A; 2J7Q B; 2M1M A; 4HK2 A; 2BF8 B; 2HD5 B; 4MGK E; 3RZW C; 1S3S G; 3SHQ A; 3IBE A; 3PRZ A; 3ZKJ C; 2C7N B; 2KDI A; 3RUL A; 3DVG Y; 2OOB B; 3ZTD A; 1OEY A; 2KWV B; 2LZ6 A; 4ANU A; 2YVC A; 3KW5 B; 2MQJ A; 3KYD D; 4HXD A; 3L13 A; 1H4R A; 3RCZ A; 1GC6 A; 1WGD A; 2MW5 A; 2MCN B; 4AJW A; 3VTV A; 4DDI D; 2ZVN A; 3QHT A; 2L8J A; 2MBB B; 3CF6 E; 3ML8 A; 2ZNV B; 2HE7 A; 3TBL D; 1E90 A; 2L7R A; 1WZ3 A; 3H1U A; 3EHV A; 4HVB A; 4K7U A; 1XQQ A; 2O2V A; 2KX0 A; 2FCS A; 2M8S A; 4NAW B; 3P2B A; 3HK0 A; 3MJW A; 4IWP A; 3VDZ A; 3RYT A; 2K25 A; 1TZ1 A; 4W9J A; 2BKR B; 3QCA A; 4FHJ A; 1E7V A; 3R66 C; 2FID A; 4KIK B; 2L0F A; 2O6V B; 2GBR A; 1X1M A; 1UBI A; 5DPS A; 2MA9 B; 2KAN A; 2CHZ A; 3VAW A; 2JRI B; 4W9I A; 2N7E A; 4G11 A; 3ZVV A; 2N9P C; 2V3S A; 3A9K A; 1IYF A; 3ZDT A; 2KX3 A; 2ZCC A; 2NCN A; 4EFO A; 2KNB A; 3CSF A; 4TQ1 A; 3TMP B; 2AWT A; 4AOF A; 1V86 A; 2KDB A; 3L17 A; 3OJ4 B; 1A5R A; 2G4S A; 2PPH A; 1Q5W B; 4IC7 B; 4EUT A; 3X23 A; 3ZW3 A; 2KK8 A; 4JQW C; 5J17 A; 2ASQ A; 2EMS A; 2YLM A; 2JY6 A; 3BIN A; 3R3M A; 1LFD A; 2WWZ A; 1LQB A; 2LD9 A; 2C7H A; 2IBI B; 3PTF C; 3JSV B; 4J6I A; 3UF8 A; 4B9K A; 1RAX A; 2JPH A; 1YX6 B; 3EEC A; 2DZI A; 3GOE A; 3ZIM A; 3S2A A; 2MP2 B; 4NY0 A; 3B1L X; 2DZJ A; 2I1K A; 4XX5 A; 1OTR B; 4NPN A; 1WGH A; 3TCA A; 1E5W A; 2ZZP B; 4MM3 A; 4WWO A; 1WXS A; 4FA6 A; 1WMH B; 4M0W B; 1YQB A; 2KQS A; 2IY1 B; 2RR9 A; 1NDD A; 1WX8 A; 2EKE C; 2L0T A; 3T9L A; 3ZNI D; 4F7Z A; 3Q3F A; 3RUI B; 1P9D U; 2JWZ A; 3KVF B; 5KHO A; 2KJH B; 2NBV B; 1EUV B; 2LUE A; 2KO3 A; 1WIA A; 3B0A A; 5E6P A; 1WJ6 A; 1SIF A; 2BYE A; 1UD7 A; 4G0N B; 2CKH B; 3ZO5 B; 1E8Z A; 2KMA A; 3WAM A; 2GBM A; 3PLU A; 4E71 A; 2KVR A; 4HDQ A; 5L83 A; 3B08 A; 2KFJ A; 3GZN I; 4FJV B; 4KIK A; 2V4L A; 2O6V A; 4EOY A; 1UH6 A; 2JT4 B; 1P1A A; 2AEH A; 2IO3 B; 3K9P B; 5GMV A; 3RT3 B; 3ENE A; 3SD5 A; 2NR2 A; 2BWF A; 2AL3 A; 4TKN A; 2V1Y A; 1VD2 A; 3ZDM C; 3DVG X; 4I6P A; 3DDC B; 2FCN A; 3DBS A; 4MEM A; 2GBK A; 2WX0 A; 2DAJ A; 1TGZ B; 1V80 A; 2K6D B; 2KC1 A; 2MBQ A; 2FUH B; 3KUD B; 3U30 A; 3VUY A; 2BGF A; 1R4N I; 4E3C A; 5JHB A; 2KKC A; 5LLI A; 1I35 A; 3A9J B; 3PRP B; 4CYE A; 3CST A; 4KVG B; 5JZE B; 4W9C A; 4ZRK A; 4DHJ D; 2DYM A; 4CHK A; 1TBE A; 1EF1 A; 4PS3 A; 4W9K A; 4AWJ A; 3L54 A; 4RM8 A; 4X57 B; 3DQV A; 4FHK A; 1WR6 E; 4II3 B; 3JSV A; 3KUZ A; 3M95 A; 2AYO B; 5CHV C; 4KV2 A; 2N1V A; 2NBW B; 2DAF A; 1SGH A; 4PS8 A; 2MP2 A; 2HJ8 A; 3L0W B; 2CHX A; 3M3J A; 3KH0 A; 3T8M A; 4URK A; 3UIP B; 3QAR A; 1P98 A; 4GDK B; 3U7D A; 4MGZ E; 1RRB A; 1E8Y A; 1WM2 A; 2FAZ A; 1HE8 A; 1V2Y A; 2G3Q B; 3VXW A; 2D11 A; 2K1F A; 4WJN A; 4WWP A; 1KOT A; 4M8M A; 3NZU A; 3SDL C; 1XD3 B; 4FLH A; 5DPW A; 1WX9 A; 2K8B A; 4NQK E; 1LM8 B; 4HLE A; 4DHZ B; 1Z5S B; 4HPM B; 2LVO A; 4EEW A; 1JRU A; 1UBQ A; 4BFR A; 4GGQ A; 3QIJ A; 3ECI A; 2C9W B; 1K8R B; 4MEL A; 2G45 B; 4FUL A; 2K39 A; 4K1R B; 3UIN B; 2IY0 B; 3H6N A; 4IM3 A; 3QQ8 B; 3NOB A; 2LVQ A; 4DBG A; 4LJP B; 4TUU A; 4NQL B; 3AI5 A; 4GOC A; 2LXC A; 1WXM A; 4WAA A; 4I6N B; 1M94 A; 4HCP B; 3LJ3 A; 2N4F A; 2LRW A; 3AXC A; 3DCG A; 4IWO A; 1D3Z A; 1G6J A; 4JLC A; 1GNU A; 2N9X A; 2FNJ B; 4G50 A; 4GXB A; 1WGG A; 4B6W A; 3VUX A; 3NZS A; 2D3G A; 4BOS C; 3A9J A; 2Y5B B; 2BYF A; 2KMC A; 2PEA A; 3V6C B; 4AP4 C; 4WJQ A; 2CHW A; 1UGM A; 2GBN A; 4GN1 A; 3A4R A; 4OVV A; 1XT9 B; 3DPD A; 1WI0 A; 1V5T A; 3VTU A; 1L7Y A; 3EC8 A; 3PRE A; 4LJO B; 4HPL B; 1WM3 A; 3X0W A; 5G2N A; 3TL5 A; 2LJ5 A; 2LWP A; 4I6L B; 3AU4 A; 2DEN B; 2N7D A; 1V5O A; 2KWU B; 4W9L A; 2L05 A; 5IA7 A; 2UWQ A; 2DHZ A; 4RMA A; 4RM9 A; 2QHO A; 1V49 A; 1RLF A; 3W1S A; 3QWZ B; 3UGB B; 2JZZ A; 2L3Z A; 2REX A; 4GDK A; 1NI2 A; 4JIO U; 2L00 B; 4WJO A; 5HKH A; 1U4A A; 3VUW A; 1WXV A; 2I1J A; 3APC A; 5G55 A; 4MSQ B; 2KTR B; 2C7M B; 3QK0 A; 5JH5 C; 1Q0W B; 2WX1 A; 3L08 A; 4BKG A; 2A5U A; 2RSU A; 2KXJ A; 3TJP A; 5JHA A; 3AUL A; 3CMM B; 4A3P A; 3A1Q B; 4DK5 A; 3APD A; 3HM6 X; 1WH3 A; 1WXA A; 2J0K A; 2MX2 A; 2Z0E B; 2K6Q A; 3PLV A; 4IG7 B; 5CTR C; 1GG3 A; 5TR5 A; 3O65 B; 1WJ4 A; 2KFK B; 2RGF A; 2XEW A; 2ZCB A; 4CO7 A; 1H8C A; 2MBO A; 1GC7 A; 1YIW A; 4ANV A; 2MBH A; 2GMI C; 4DHZ E; 1IP9 A; 4HWI B; 2PE6 B; 4MGY E; 4NAW A; 1WX7 A; 3VVW B; 5DPR A; 4WJP A; 2C60 A; 3DBH I; 2FCQ A; 3V60 A; 4BKT A; 5D6J B; 2MSE D; 2M17 A; 3C0R B; 3M62 B; 3PPA A; 1KM7 A; 2KLG A; 2KJR A; 2KHW B; 4PYU A; 3PZD A; 2HTH A; 2LAS A; 3UQB A; 4KZC A; 4MGI E; 1ZKH A; 2AL6 A; 1CMX B; 2MWS B; 3A33 B; 2D2Q A; 2KJ6 A; 3BY4 B; 4KDL B; 2GBJ A; 4EZK A; 2DYB A; 3KUC B; 1WY8 A; 2O6V D; 2J0M A; 1NBF C; 5AZG A; 2MLB A; 5CHF A; 3ZNH B; 3ZUN A; 3K9O B; 4KSL C; 3ZNZ B; 4LDT B; 2IO1 B; 2WDT B; 1J0G A; 4GB9 A; 3VFK A; 4B95 A; 1Z2M A; 4GDL B; 4IWQ A; 2DYO A; 2N1W A; 1KLV A; 3MTN B; 4A3O A; 2VRR B; 4MDK E; 3H7P B; 2KQ7 A; 3N3K B; 4IM2 A; 2KOX A; 4WQO B; 5D2M B; 2KC2 A; 1EF5 A; 4EZJ A; 2FCM A; 3HHM A; 5E6O A; 2NBU A; 4HJK A; 3I3T B; 4XZ4 A; 1V9J A; 2RPQ A; 1S1Q B; 2ZNV C; 3ALB A; 3OAW A; 1KJT A; 3WAO A; 1FXT B; 4BKS A; 2LGD A; 4TQ0 A; 4ZYN A; 1GUA B; 1P3Q U; 1WMH A; 2DZM A; 2KN5 A; 5D7G A; 3RZF A; 4NJ6 A; 3QJZ A; 4FAD A; 4ANW A; 3VH4 B; 5EDS A; 3A1Q A; 4AJY B; 2JXX A; 2K8H A; 2LI5 A; 4BOZ B; 5KHQ A; 1Q1O A; 1P0R A; 2KFK A; 3IVF A; 4JL9 A; 5DCN A; 2ZJD A; 1R4M I; 3OJ3 A; 3NHE B; 1WFY A; 2RD0 A; 3DVN U; 5CHW A; 1V81 A; 4F8C B; 1UZX B; 2CU1 A; 1YJ1 A; 2JRH A; 4W9F A; 1T0Y A; 2ZVO A; 4K81 A; 1WF9 A; 4ANX A; 5J2R A; 2CS4 A; 1LXD A; 3APF A; 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