3M9FA

Hiv protease complexed with compound 10b
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Epsilon substituted lysinol derivatives as HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3m9fA00
5ENMA 5P7GA 3INHA 5P41A 5P4ZA 2QI7A 3L58A 2QNPA 5P5WA 4GJ9A 3ZPUA 2B7FA 4GJ5A 5P14A 4FRIA 4L7HA 4D83A 6UPJA 3DCRA 1HVSA 4Y48A 3S43B 4LXKA 1LYWA 1QBTA 2AVMA 3HD8A 2PSUA 5IVTA 5P1VA 3K5FA 5P3CA 1W5VA 5P5LA 3ZKGA 5P0EA 5AHAA 5P7KA 4Y47A 1APWE 4L1AA 5DR4A 1AVFA 4Q1YA 1EC1A 1ENTE 2PSGA 3FNTA 2V0ZC 1K6PA 2WF3A 4HZTA 3APRE 4FM6A 1BWAA 4LC7A 1GVXA 5P3OA 3UTLA 2Q11A 5P8EA 3GI0A 4RVXA 5P1EA 5F00A 5P2HA 2PK5A 2F80A 4FM8A 2QU3A 2R43A 3LZSA 4AA8A 3KFSA 1ZPAA 5DQ1A 4GIDA 1JLDA 1OHRA 5P1SA 3PHVA 5HDZA 5IVSA 3BVAA 3K4VC 1FQXA 3CICA 3LZYA 5OZ0A 5P1QA 4B1EA 3QN8A 5OZGA 5P6QA 1MT7A 2WF2A 3INDA 1GVUA 2RMPA 1B5FA 3EL4A 3VYEA 3U6AA 4H3IA 2WL0A 5P15A 3IAWA 2JE4A 5KQFA 3PRSA 4I0EA 5P2NA 2WEAA 2AZBA 1TW7A 4Q1NA 1PPME 1IZEA 4CPWA 5P4PA 5OYSA 1ODYA 5P72A 3WSJA 2IS0A 1FFFC 1XDHA 3QVCA 5P40A 4FSEA 4OBDA 1MTBA 4Y3JA 2I4VA 4YE3A 3VF5A 2QK5A 5P8QA 5AGZA 4EP3A 1EPLE 3TPRA 2Q64A 5DQCA 2ZJJA 2FXEA 5P5IA 2QCIA 4PZXA 3O9BA 1A8KA 5P7HA 4RZ1A 5P3XA 5UPJA 3NSHA 5P7PA 2ZJMA 5P3IA 5OZOA 4Y6MA 2J9KA 2HB4A 2PYNA 4H1EA 3I7EA 5P68A 2XFIA 4Z22A 3LPJA 5P5GA 5P63A 4LHHA 1XE5A 5P37A 3S45A 3WZ7A 1K1TA 1BIMA 4BELA 4DJRA 3CIDA 1XL2A 5P57A 4Q5MA 1IZIA 1FMXA 3HAUA 5P7YA 4GJDA 1LYBA 4Y5NA 5P1ZA 4JECA 4HDPA 5P5SA 1T6EX 4Y4DA 4ZSPA 3UDJA 4F73A 4HDBA 5P5HA 5IVRA 5P1TA 1HVIA 5OZLA 5P58A 4FS4A 1RV7A 1EPQE 1K2CA 4K8SA 2QI6A 5P7BA 3LNKA 3CKTA 2WF4A 4F74A 5COOA 4NJVA 5P1XA 3L3AA 5P33A 5P1NA 2I4DA 5P25A 3VLAA 2NXDA 4HEGA 2NXLA 1PPLE 5P0KA 5P8IA 1T7JA 1IZHA 5P00A 2BPWA 2WECA 4DJOA 1HSHA 5P60A 3UPJA 5PEPA 1HIIA 3KN0A 3OU4A 5E5JA 5C9DA 4KB9A 5P0OA 1FLHA 4ZLSA 1ZBGA 4ZIPA 3BUFA 2BJUA 4OD9A 3D1XA 5P1LA 1FMBA 2Q54A 3H5BA 3TPLA 4I0JA 2V10C 4DQFA 3UDNA 2VA7A 1C6YA 3O9LB 2G21A 5SZ9A 1D4JA 1HVLA 4CPRA 3DV1A 4B72A 4I12A 4R92A 4QJ8A 4B1DA 1K2BA 4Y5CA 5P4AA 5P8PA 2WKZA 4EXHA 2G1NA 2QHYA 1D4HA 4D8CA 3G70A 3CKPA 2VA5A 4XX3A 2ER0E 5P4DA 2NMYA 2SAMA 5P49A 1HTRB 4Z50A 5P0MA 2OHKA 1NPAA 4FE6A 5P2YA 4KUPA 2QD8A 5P0SA 4J0TA 2G1YA 3KDDA 4B78A 3BXRA 2QNQA 1LYAA 4J0VA 5P2SA 1IVPA 4JPEA 4CMSA 1APTE 2OHPA 1G35A 4I0ZA 4GMIA 5P36A 5C9FA 1EBYA 4J1HA 3UQXA 3O9IA 3SABA 4CPTA 4I0IA 5KR1A 4Y53A 5P51A 1IIQA 5P1DA 4RYCA 3BXSA 4RROA 5P1MA 2BPZA 3PMYA 4Y3FA 1SIPA 1YTHA 3QPJA 5P54A 1DP5A 1HPVA 4M8YA 4AMTA 5E5KA 3I8WA 1UPJA 3HW1A 5P78A 3URJA 1BAIA 2RENA 2QD6A 3UDPA 4PHVA 4Y5KA 4Y45A 1AM5A 5P7FA 1A8GA 1HTFA 4B77A 3OU1A 3EKVA 3PI0A 2FIVA 3ZLQA 5P62A 3TOFA 3GGXA 3TKWA 1D4LA 3OUDB 5P8HA 1HPXA 2VS2A 4ER1E 1Z8CA 3IVHA 1KJGA 4EHCA 3EXOA 5KR2A 4PEPA 3OGPA 4E43A 5P48A 3PVKA 4ZPFA 2IENA 1EPOE 4H3FA 2IKOA 2NXMA 5P7SA 1MT9A 1RNEA 3NDUA 4N00A 1BV9A 5P2LA 5OYVA 5P8RA 2AQUA 4Y3PA 3O9AA 4RVIA 3TLHA 5ISKA 5AH6A 2V13A 1HXBA 4FLGA 4MC9A 1T7KA 2FDEA 3QBFA 3T7QA 5P65A 1UH9A 5P8NA 5P7TA 3OQ7A 4OBZB 4F76A 3ER5E 4R91A 5P6SA 3EM3A 3AIDA 3IN4A 5P3KA 3Q3TA 5P31A 3LIXA 2PC0A 3I25A 5P79A 4DJWA 3SM1A 3EKWA 4GZFA 2HS2A 2P3AA 5P2DA 5P47A 1A9MA 2JXRA 5KAOA 4RCEA 4FM7A 3O9GA 1D4IA 1MIQA 3KT5A 3BGCA 1W50A 2O4PA 3SPKA 1AAQA 2FDDA 3OUBA 3URLA 1LYWB 5BWYA 3NU3A 1DIFA 3OAGB 2AVOA 3MXEA 1AIDA 5P5KA 3SACA 1EPPE 5P0HA 2AOGA 3EKQA 5P26A 3T3CA 5OZAA 1NPWA 2IGXA 3BGBA 5P5PA 4FRSA 4BEKA 5P32A 4L1AB 5P5MA 1AZ5A 5P6OA 4I0FA 5P1OA 4EPJA 3QIHA 4B0QA 3NR6A 4Y5GA 5P53A 1A94A 3KMXA 3SA5A 1T3RA 4J1EA 1PSAA 4BFBA 4NJTA 2PWRA 2G24A 4Y4JA 5OZDA 1YM2A 1MESA 3EKXA 3UDYA 5P3TA 3MXDA 4NJSA 2BKSA 2IL2A 3NXEA 5P6YA 4HLAA 4RYGA 5P2RA 5P8FA 1B5FB 3F9QA 4CP7A 3U71A 3INEA 2PWCA 4I0HA 1BDRA 4R5NA 2FDPA 4Y57A 5P0AA 5P4BA 3PGIA 2QMDA 4WTUA 3VG1A 1GVWA 4Y3AA 5P7CA 4YBIA 1K6CA 2V00A 3OWNA 1DMPA 5P3EA 5P2MA 4Y3DA 4OBJA 1CPIA 4MC2A 3KYRA 2VJ9A 1YX9A 1AXAA 4DV9A 5P3SA 1BXOA 4OBFA 1BV7A 1BDLA 4Y4AA 4X2LA 4Y37A 1HIHA 3S53A 1HVRA 3S54A 4YCYA 4J0YA 4Y4TA 5P4RA 4Y3XA 3ER3E 4Y5EA 5P24A 3UF3A 1LV1A 4YA8A 5P8VA 1UH8A 3OHFA 5OZIA 5HCTA 2IRZA 4TVHA 5HE4A 1N49A 2P3BB 4FCOA 2HB3A 3ZKXA 3LIVA 1G2KA 3KM4A 3D3TA 1FG6C 5BS4A 1MVPA 3SA9A 1IBQA 2QI5A 4QJ9A 2Q55A 4PPHA 4EQJA 4EP2A 3DCKA 5DR3A 3R1GB 5P5RA 3QS1A 1W6HA 3LPKA 5P27A 5P1PA 2XYFA 2H6SA 2ZJLA 5AH9A 5P2WA 1KJFA 4GB2A 2HPEA 5P75A 5OZ9A 2IGYA 2NTRA 1GNMA 2BB9A 3GW5A 1RQ9A 3AUPA 3VSXA 5P6BA 5P1CA 4OBHA 3HVPA 5P6VA 4ZE6A 3IA9A 3NU5A 4YCTA 5P0IA 4Y3EA 5P2CA 3VYDA 4Y36A 5OZ6A 5P85A 5ENKA 4Z2ZA 5P7AA 5OYXA 5P0WA 3VLBA 2UPJA 4GJ7A 5OZYA 4ER4E 1B6LA 3BHEA 3PSYA 4U7VA 3DJKA 4TVGA 3NU4A 4FGXA 5SXNA 1LF4A 4R95A 5P6FA 4XX4A 1W5WA 2NPHA 2QHCA 4LXMA 4F75A 3HBOA 4B70A 3N4LA 3L59A 2G27A 4RRNA 1SP5A 3KDBA 5P0YA 1C6XA 4LAPA 1XE6A 4I8WA 2AVQA 4Y4ZA 1IDAA 3KFRA 5OYQA 4I1CA 5P6AA 3IXOA 4OD9B 5P7MA 5P2KA 2CENA 3NU6A 3R4BA 5P0XA 7UPJA 3ZKSA 3PEPA 2VJ6A 3CIBA 2V11C 1EAGA 5P0UA 1FIVA 5P81A 3R2FA 5P1RA 5P7QA 1E80E 1TCXA 2BPVA 4EJ8A 3SA3A 3PCZA 2AZCA 1YG9A 5P39A 3EKTA 3MSKA 3VFAA 5P8DA 3N3IA 3NWXA 3KFPA 4APRE 4K9HA 3K5CA 5DGWA 5P08A 5AH7A 5KOQA 1EPNE 2AODA 8HVPA 5P0FA 5OZ8A 5P3NA 4Y3GA 3WB5A 4CPUA 5P3AA 5HVPA 2OHNA 2I0AA 2VJ7A 1LYAB 1LEEA 4JPCA 1GNNA 2FGVA 5P2IA 5I3WA 2O4KA 4L7GA 3KA2A 4YCKA 4CPSA 4XXSA 2ZDZA 1TCWA 2F3EA 4FAEA 5P09A 5P4NA 2G20A 4Y4EA 3R0WA 3UQRA 2APRA 2PYMA 2J9JA 2G94A 5P02A 4YD3A 1META 3PBDA 2FNTA 1ZSFA 5P4EA 2ER7E 3NUOA 1EBWA 5OZBA 5SY3A 5P3GA 3UCBA 2P4JA 5P67A 3PSUA 1Z1HA 3NWQA 4FAFA 3NYGA 1KJHA 1FQ7A 4D88A 2NR6A 3TOHA 1HSIA 2O4LA 3K5DA 1OEXA 3SKGA 2I4QA 2IKUA 5P0BA 4Y5PA 3S43A 5P6HA 1WBKA 2AZ8A 4CPXA 2OHUA 4R93A 2QU2A 4Y3NA 5P6RA 5HU1A 3VFBA 1ER8E 1PSOE 4Y41A 3TL9A 1MTRA 5OZKA 2HIZA 5P8KA 4CKUA 4H3GA 4Y54A 3APPA 1Z1RA 4DPFA 5P7IA 5P52A 2VKMA 1KJ7A 3SKFA 2B7ZA 4J1IA 3OXWA 1HEGE 4JOOA 3B80A 1EC0A 3LIQA 4PZWA 5P1JA 4AZYA 2G1SA 1XN2A 3JVWA 1BVGA 4DUSA 1W6IA 4M8XA 5P2BA 4PYVA 1QDMA 1OEWA 3DK1A 5P6XA 1HIVA 3OY4A 5P3FA 2Z4OA 1APUE 3UQPA 2H6TA 5P87A 3HLOA 5P71A 4YD6A 4YBFA 2HB2A 1BXQA 1KJ4A 2QMFA 3OQFA 5P3MA 7HVPA 2B42A 1GVVA 5HE5A 5P4XA 4Y9WA 1MPPA 1CMSA 4OBGA 1ZTZA 2F3KA 5P5UA 5P64A 2NNPA 5P0JA 4YD5A 3QBHA 2PQZA 1ODXA 5P4CA 3SA4A 2VNMA 3PSGA 1FMUA 4Y51A 2P3CA 1CZIE 2QP8A 2VNNA 3OXXA 5P74A 2Q5KA 5P0RA 5P8SA 4K4RA 3T7XA 3OADB 3RTNA 3K4VA 1K1UA 4RLDA 1SDUA 2EWYA 4Y3YA 3TOGA 4J54A 5P6WA 5P7UA 5P07A 3PWRA 1FQ4A 5P0GA 3NXNA 5OZUA 5P05A 5P5DA 2QI0A 1QBUA 3EM6A 4FRKA 2Q15A 1Q9PA 1W5XA 1OD1A 5P0NA 4ZEAA 3C9XA 2QI1A 1LF2A 4NPUA 5P2UA 5P29A 3VF3A 4FL8A 5P6GA 5P0TA 3S7MA 5KR0A 4WY1A 3NDTA 5IE1A 1FKNA 4EQ0A 1EC3A 1MRXA 1A30A 2CEJA 1FQ8A 4ER2E 5P4QA 5HDXA 2R9BA 3QRSA 1HRNA 5P2QA 5P5ZA 1MEUA 1FF0C 4DH6A 5P7DA 3PWWA 4JP9A 5P13A 4AA9A 5P8MA 4GJBA 3EL0A 5P82A 5DPZA 4ZPGA 2WEBA 4I10A 3RSXA 1B6JA 1SGZA 3GGUA 3RSVA 4CPQA 2MIPA 4OBKA 4RGHA 4Y4GA 2WF1A 3S85A 5T4SA 4MC1A 1J71A 1F7AA 2RSPA 3QROA 4TRZA 5P77A 5OZXA 3FV3A 3HAWA 2ASIA 2QMGA 5P1FA 5OYZA 3ZOVA 5P8AA 3RVIA 4A6CA 5P1GA 2B8VA 3ZKIA 1RPIA 2QD7A 2XFJA 3RTMA 4YOBA 2A4FA 1YTJA 4KE0A 4Y3QA 2QZLA 2R5PA 4D89A 4ZSMA 4AUCA 1ZLFA 3O9CA 4Y38A 2FGUA 3VEUA 5P2TA 1T6GA 1MSNA 3EMYA 3LITA 3O9LA 5P6KA 2AIDA 3TNEA 3INFA 5CONA 4J1CA 2QAKA 5ER2E 1ODWA 5HE7A 1K6VA 5OZPA 2AOFA 3FX5A 5P8UA 3UDRA 3OQKA 1HTEA 3R0YA 3O9FA 5P69A 4DJPA 3JW2A 5P3BA 3UDMA 3DM6A 3L5FA 4DJXA 5IS4A 5P3RA 3IN3A 5DR7A 3OXVA 2OHMA 3PLDA 4LXAA 4OC6A 3GI4A 4QJ7A 4Y3WA 5P43A 4HA5A 3KDCA 4Y5LA 5P6PA 5CLMA 5P88A 2ZHVA 2FLEA 4YD7A 2JJIA 4YHQA 5P11A 1AJXA 5DGUA 1WKRA 1QBSA 2Z54A 4YDGA 3ECGA 2CEMA 5P4KA 4COEA 2QZXA 1B6PA 1MRWA 2QMPA 3EKYA 3UFLA 2I4XA 3SA7A 1PROA 3EM4A 3UQWA 4J0PA 3OTSA 3ZPSA 3ZKNA 4GJ6A 4DI2A 3CYWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ENM A;  5P7G A;  3INH A;  5P41 A;  5P4Z A;  2QI7 A;  3L58 A;  2QNP A;  5P5W A;  4GJ9 A;  3ZPU A;  2B7F A;  4GJ5 A;  5P14 A;  4FRI A;  4L7H A;  4D83 A;  6UPJ A;  3DCR A;  1HVS A;  4Y48 A;  3S43 B;  4LXK A;  1LYW A;  1QBT A;  2AVM A;  3HD8 A;  2PSU A;  5IVT A;  5P1V A;  3K5F A;  5P3C A;  1W5V A;  5P5L A;  3ZKG A;  5P0E A;  5AHA A;  5P7K A;  4Y47 A;  1APW E;  4L1A A;  5DR4 A;  1AVF A;  4Q1Y A;  1EC1 A;  1ENT E;  2PSG A;  3FNT A;  2V0Z C;  1K6P A;  2WF3 A;  4HZT A;  3APR E;  4FM6 A;  1BWA A;  4LC7 A;  1GVX A;  5P3O A;  3UTL A;  2Q11 A;  5P8E A;  3GI0 A;  4RVX A;  5P1E A;  5F00 A;  5P2H A;  2PK5 A;  2F80 A;  4FM8 A;  2QU3 A;  2R43 A;  3LZS A;  4AA8 A;  3KFS A;  1ZPA A;  5DQ1 A;  4GID A;  1JLD A;  1OHR A;  5P1S A;  3PHV A;  5HDZ A;  5IVS A;  3BVA A;  3K4V C;  1FQX A;  3CIC A;  3LZY A;  5OZ0 A;  5P1Q A;  4B1E A;  3QN8 A;  5OZG A;  5P6Q A;  1MT7 A;  2WF2 A;  3IND A;  1GVU A;  2RMP A;  1B5F A;  3EL4 A;  3VYE A;  3U6A A;  4H3I A;  2WL0 A;  5P15 A;  3IAW A;  2JE4 A;  5KQF A;  3PRS A;  4I0E A;  5P2N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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