The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
181
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structure length |
181
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Chain Sequence |
VEITYGSAIKLMHEKTKFRLHSHDVPYGSGSGQQSVTGFPGVVDSNSYWIVKPVPGTTEKQGDAVKSGATIRLQHMKTRKWLHSHLHASPISGNLEVSCFGDDTNSDTGDHWKLIIEGSGKTWKQDQRVRLQHIDTSGYLHSHDKKYQRIAGGQQEVCGIREKKADNIWLAAEGVYLPLNE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Arabidopsis stromal-derived Factor2 (SDF2) is a crucial target of the unfolded protein response in the endoplasmic reticulum.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stromal cell-derived factor 2-like protein
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| molecule tags |
Plant protein
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| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| total genus |
59
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| structure length |
181
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| sequence length |
181
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02815 | MIR | MIR domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4G9M A; 2MC2 A; 1V6X A; 3VUO A; 5I1B A; 4XFU A; 3NBN A; 3V0A B; 1ILR 1; 3LLP A; 1Z0H A; 4LO3 A; 4P6A A; 4EFQ A; 1CE7 B; 4ZFW B; 1RG8 A; 2D43 A; 1IT0 A; 1OQL B; 4IY8 A; 1PUM B; 1I1B A; 3FUO A; 1TWE A; 1M2T B; 1PWA A; 2BEA A; 2D24 A; 1K5V A; 2I1B A; 4KEK A; 3BX1 C; 3FJK A; 3V79 C; 3BAV A; 2DS0 A; 5HPZ A; 3FJB A; 1I1E A; 1GGP B; 4G9N A; 3OJV A; 1KNM A; 3VT2 A; 2BEB A; 3W9T A; 3C9Z A; 4I96 A; 3Q7Y A; 4I4S A; 3RMX A; 4JRA A; 5BQU A; 2L5X A; 5FZY A; 2F2F A; 2KI4 A; 2ZQO A; 4I4R A; 5G00 A; 1PZZ A; 1WD4 A; 3P6J A; 3OBT A; 4Z8S B; 1FV2 A; 9ILB A; 1XG6 A; 3CAH A; 3O4D A; 1IHK A; 1HCE A; 4LO3 C; 5BXS A; 1BAR A; 2DRY A; 4JP0 A; 3VEQ A; 3AJ5 A; 2VU9 A; 1MD6 A; 4I37 A; 3FJI A; 8I1B A; 4G6J A; 3AJ6 A; 3CRI A; 1HWN B; 4Q91 A; 1QQL A; 4HR6 C; 4GAF A; 3BAH A; 3IIR A; 4I4V A; 1VCL A; 3BRD A; 5DSS B; 5F8Y A; 1AVX B; 4R6U B; 1A8D A; 3IM7 A; 4WBC A; 4FVV A; 7I1B A; 2VSA A; 4LO8 B; 2QN4 A; 4I4P A; 1M16 A; 4QD2 B; 3FJJ A; 3H6Q A; 2NYY A; 2Y9W C; 4CJM A; 3ILA A; 3O4C A; 4QAL A; 3BAO A; 3UD8 A; 4AN6 A; 1DZC A; 1WD3 A; 5BVP I; 1EVT A; 3UJ4 A; 3Q7W A; 4FGF A; 3ZC9 A; 1W3A A; 2UUS A; 1IJT A; 2R9K B; 1ISW A; 3A23 A; 3OJ2 A; 4J2X A; 3FJF A; 1BLD A; 1MC9 A; 2IHO A; 2WRY A; 4IYB A; 2Y9X E; 2YUG A; 1G9A A; 3ZXD A; 1HWM B; 3AH2 A; 3N7K A; 2LIQ A; 3ZC8 A; 3RMY A; 2BFH A; 3BAQ A; 3UJ0 A; 4OWJ A; 1FMZ A; 1R8O A; 2FFU A; 4GOV A; 5EG6 C; 3VWC A; 3WIN A; 1W3F A; 2P23 A; 4IZX A; 1AXM A; 1TWM A; 2DRE A; 1J0S A; 1FV3 A; 4EEE B; 1DFC A; 2VXR A; 5DVH A; 2K4A B; 2KI6 B; 4X3A A; 3RTI B; 3NBE A; 3V0B A; 5BP5 C; 3POK A; 3WO3 A; 3OGF A; 4YOL A; 3FJH A; 3O4B A; 4TLP A; 5FNX A; 4X37 A; 5GAQ A; 3FJE A; 3BAG A; 2ET2 A; 4P0L A; 1SZ6 B; 1Z2V A; 3P53 A; 4I1B A; 2M49 A; 3H6S E; 1YXW A; 1FN0 A; 3D7W B; 4D0T A; 3OGG A; 4I3N A; 5F90 A; 4KBB A; 2VLC A; 4JPZ A; 4QBC A; 4EB2 B; 4IHZ A; 5BXT A; 3HN1 A; 2MLL B; 4J2K A; 2FO1 A; 2KLL A; 4I4X A; 1AVU A; 4KC3 A; 2F8X C; 5EC5 A; 3LTQ A; 1JLY A; 1G82 A; 5D61 A; 1S0E A; 4AN7 B; 1WBC A; 2NZ9 A; 1AVW B; 3V0B B; 2P39 A; 1DZD A; 2IWT B; 1EV2 A; 1PC8 B; 2GO2 A; 3TC2 A; 2ZR1 B; 3NJ5 A; 4OW4 A; 2FFV A; 1T9F A; 4G6M A; 1YBI A; 1XYF A; 1TOO A; 2AQZ A; 1BFB A; 3A07 A; 4END A; 2FGF A; 4ISQ A; 1Q03 A; 21BI A; 3BA7 A; 4I6I A; 5BOW A; 2NTD A; 4L4I A; 1JY0 A; 2RG9 B; 4HA2 A; 1DQO A; 1UPS A; 1ISY A; 2HZ9 A; 1DQG A; 3T8S A; 2NP0 A; 4H9W A; 2HWM A; 2AAI B; 4D8H A; 1TFM B; 5BXP A; 1NZK A; 3AH4 A; 1ISV A; 1S0B A; 4DEP A; 1D0H A; 2VSE A; 4QBV A; 1YTO A; 1XHB A; 2KKI A; 4A7K A; 4LO2 A; 5FNW A; 4P0K A; 1HIB A; 2GZB A; 1T4Q A; 3HSM A; 1BA7 A; 3OBR A; 3OJM A; 4I2S A; 4LO1 A; 6I1B A; 3FJ9 A; 1JTC A; 5DZU A; 2FDB M; 3BAD A; 1JT7 A; 3CA6 A; 3WO2 A; 5BQU C; 1HCD A; 3BRG C; 1V6W A; 4KEJ A; 5DUY A; 3E8L C; 2F2F C; 4I8M A; 4QD2 C; 1N4K A; 2ESU A; 4JKQ A; 5D63 A; 1AVA C; 3CA0 A; 4IZE A; 5F8S A; 3QR5 A; 4GOY A; 3UD9 A; 1Z4S A; 1JLX A; 4H04 A; 3SNV A; 4OWL A; 1QQK A; 3CQA A; 3PG0 A; 3N7M A; 3IAG C; 4F34 A; 1S0L A; 2NM1 A; 1HWP B; 1BFF A; 1ISZ A; 4LO2 C; 3CA4 A; 1S0C A; 2RQ9 A; 4LO1 C; 1W3G A; 5EHA A; 4F83 A; 3RTJ B; 2MIB A; 3AKF A; 3B9U A; 4I4O A; 4KEI A; 4I4Q A; 1ABR B; 1TIE A; 3KMV A; 4I4Y A; 4P0J A; 2WBC A; 4JKX B; 1BFG A; 3R4U A; 4GP3 A; 4ZLB B; 2K8R A; 2D1Z A; 2DRZ A; 2AXM A; 2HW9 A; 3IM5 A; 1DFQ A; 2Z49 A; 4I1E A; 4USP A; 1R8N A; 1G9D A; 3QYD A; 1ITB A; 4QO3 A; 2D20 A; 1JT5 A; 1L2H A; 5FZZ A; 2LIE A; 1Q1U A; 4II0 A; 3I2A A; 4Z9W B; 3PUB A; 3WIN C; 2Z48 A; 3I29 B; 3EF2 A; 4OUJ A; 3Q7X A; 4LO7 B; 3HAL A; 1IIL A; 4J2S A; 3P6I A; 3I2X A; 3CA1 A; 4A7Y A; 3NBC A; 1BLA A; 3A21 A; 3JUT A; 1JT3 A; 1TP0 A; 3WMU A; 1IRP A; 3BA4 A; 4LO7 C; 1HWO B; 2Q9X A; 4PC4 A; 4QC4 A; 2D7R A; 3PME A; 4OEG A; 3F1R A; 4J23 B; 4LO0 A; 3ZXG A; 1FMM S; 2NVH A; 5JMC A; 4ION A; 3VT1 A; 2AFG A; 1ONK B; 2D7I A; 2X2S A; 1F31 A; 3MPP G; 4OEE A; 2K43 A; 3WA1 A; 3AKG A; 1AFC A; 31BI A; 4J2Y A; 2RST A; 4ZBV B; 1QXM A; 2QYI B; 3N0K A; 3JRR A; 4ZFU B; 1HKN A; 5BXR A; 2Y9F A; 2E4M A; 4Q9P A; 4EFP A; 3N7L A; 2ZQN A; 3S8K A; 3O3Q A; 1II4 A; 3FJ8 A; 2J3P A; 1XZZ A; 1RZO B; 1G9B A; 1G9C A; 5JLV A; 1DLL A; 4QKS A; 3FGM A; 3VSZ A; 3ZX7 A; 4GP0 A; 4EFR A; 3BRF A; 1EYL A; 3HOM A; 4IQP A; 3AKI A; 3UDA A; 1YYN A; 1BAS A; 3CRH A; 4G1R A; 4GAI A; 1EPW A; 4ZKT B; 4EKX B; 3AH1 A; 4Q9G A; 3BTA A; 1RML A; 3VSF A; 3BB2 A; 4LO0 C; 3O49 A; 1IRA X; 4I4U A; 3MAL A; 5B2H A; 3IM6 A; 4JQ0 A; 4OEF A; 3H6R A; 1TTU A; 3S8J A; 1S0F A; 1JQZ A; 1E0O A; 4XFT A; 2XOA A; 2D44 A; 3RSJ A; 2E4M C; 5FZU A; 3WMV A; 1JT4 A; 4DEN A; 4ISR A; 2D23 A; 3PHZ A; 1ISX A; 5BP5 A; 1DJS B; 3R4S A; 4I7I A; 3HMY A; 4X39 A; 4JAW A; 1BFC A; 1AF9 A; 3A22 A; 3FFZ A; 41BI A; 1FWV A; 3BA5 A; 1V6U A; 1SR4 A; 1WBA A; 1RY7 A; 4ZFY B; 4D0Z A; 3FJC A; 3CRG A; 4OWK A; 3N7J A; 3FUQ A; 4L4H A; 4ZGR B; 3H6R B; 1FQ9 A; 4ZOT A; 3HBW A; 2D22 A; 3CU1 B; 2VUA A; 4I0Y A; 3V0A A; 1P63 A; 3CA5 A; 2HWA A; 3AKH A; 3FJD A; 4A7Z A; 2VXT I; 1S0G A; 4HJJ A; 1IOB A; 3O4O A; 4USO A; 3O4A A; 3F62 B; 1YF8 B; 1FGA A; 4DCK C; 3K1X A; 1DIW A; 3FJA A; 5E24 E; 1FWU A; 4ZA3 B; 4QKR A; 5D62 A; 3AZV A; 2Y9G A; 1CVS A; 1NUN A; 3BAU A; 3NBD A; 2X2T A; 1PUU B; 1Q04 A; 5F8W A; 4XKI A; 1K5U A; 1V6V A; 2KH2 A; 2Q3N B; 3O5W B; 1S0D A; 3UD7 A; 3VT0 A; 3AZW A; 4XFS A; 4X38 A; 3CA3 A; 2ERM A; 4IY9 A; 3O44 A; 1SR4 C; 3WO4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G9M A; 2MC2 A; 1V6X A; 3VUO A; 5I1B A; 4XFU A; 3NBN A; 3V0A B; 1ILR 1; 3LLP A; 1Z0H A; 4LO3 A; 4P6A A; 4EFQ A; 1CE7 B; 4ZFW B; 1RG8 A; 2D43 A; 1IT0 A; 1OQL B; 4IY8 A; 1PUM B; 1I1B A; 3FUO A; 1TWE A; 1M2T B; 1PWA A; 2BEA A; 2D24 A; 1K5V A; 2I1B A; 4KEK A; 3BX1 C; 3FJK A; 3V79 C; 3BAV A; 2DS0 A; 5HPZ A; 3FJB A; 1I1E A; 1GGP B; 4G9N A; 3OJV A; 1KNM A; 3VT2 A; 2BEB A; 3W9T A; 3C9Z A; 4I96 A; 3Q7Y A; 4I4S A; 3RMX A; 4JRA A; 5BQU A; 2L5X A; 5FZY A; 2F2F A; 2KI4 A; 2ZQO A; 4I4R A; 5G00 A; 1PZZ A; 1WD4 A; 3P6J A; 3OBT A; 4Z8S B; 1FV2 A; 9ILB A; 1XG6 A; 3CAH A; 3O4D A; 1IHK A; 1HCE A; 4LO3 C; 5BXS A; 1BAR A; 2DRY A; 4JP0 A; 3VEQ A; 3AJ5 A; 2VU9 A; 1MD6 A; 4I37 A; 3FJI A; 8I1B A; 4G6J A; 3AJ6 A; 3CRI A; 1HWN B; 4Q91 A; 1QQL A; 4HR6 C; 4GAF A; 3BAH A; 3IIR A; 4I4V A; 1VCL A; 3BRD A; 5DSS B; 5F8Y A; 1AVX B; 4R6U B; 1A8D A; 3IM7 A; 4WBC A; 4FVV A; 7I1B A; 2VSA A; 4LO8 B; 2QN4 A; 4I4P A; 1M16 A; 4QD2 B; 3FJJ A; 3H6Q A; 2NYY A; 2Y9W C; 4CJM A; 3ILA A; 3O4C A; 4QAL A; 3BAO A; 3UD8 A; 4AN6 A; 1DZC A; 1WD3 A; 5BVP I; 1EVT A; 3UJ4 A; 3Q7W A; 4FGF A; 3ZC9 A; 1W3A A; 2UUS A; 1IJT A; 2R9K B; 1ISW A; 3A23 A; 3OJ2 A; 4MZH A; 4J2X A; 3FJF A; 1BLD A; 1MC9 A; 2IHO A; 2WRY A; 4IYB A; 2Y9X E; 2YUG A; 1G9A A; 3ZXD A; 1HWM B; 3AH2 A; 3N7K A; 2LIQ A; 3ZC8 A; 3RMY A; 2BFH A; 3BAQ A; 3UJ0 A; 4OWJ A; 1FMZ A; 1R8O A; 2FFU A; 4GOV A; 5EG6 C; 3VWC A; 3WIN A; 1W3F A; 2P23 A; 4IZX A; 1AXM A; 1TWM A; 2DRE A; 1J0S A; 1FV3 A; 4EEE B; 1DFC A; 2VXR A; 5DVH A; 2K4A B; 2KI6 B; 4X3A A; 3RTI B; 3NBE A; 3V0B A; 5BP5 C; 3POK A; 3WO3 A; 3OGF A; 4YOL A; 3FJH A; 3O4B A; 4TLP A; 5FNX A; 4X37 A; 5GAQ A; 3FJE A; 3BAG A; 2ET2 A; 4P0L A; 1SZ6 B; 1Z2V A; 3P53 A; 4I1B A; 2M49 A; 3H6S E; 1YXW A; 1FN0 A; 3D7W B; 4D0T A; 3OGG A; 4I3N A; 5F90 A; 4KBB A; 2VLC A; 4JPZ A; 4QBC A; 4EB2 B; 4IHZ A; 5BXT A; 3HN1 A; 2MLL B; 4J2K A; 2FO1 A; 2KLL A; 4I4X A; 1AVU A; 4KC3 A; 2F8X C; 5EC5 A; 3LTQ A; 1JLY A; 1G82 A; 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1S0C A; 2RQ9 A; 4LO1 C; 1W3G A; 5EHA A; 4F83 A; 3RTJ B; 2MIB A; 3AKF A; 3B9U A; 4I4O A; 4KEI A; 4I4Q A; 1ABR B; 1TIE A; 3KMV A; 4I4Y A; 4P0J A; 2WBC A; 4JKX B; 1BFG A; 3R4U A; 4GP3 A; 4ZLB B; 2K8R A; 2D1Z A; 2DRZ A; 2AXM A; 2HW9 A; 3IM5 A; 1DFQ A; 2Z49 A; 4I1E A; 4USP A; 1R8N A; 1G9D A; 3QYD A; 1ITB A; 4QO3 A; 2D20 A; 1JT5 A; 1L2H A; 5FZZ A; 2LIE A; 1Q1U A; 4II0 A; 3I2A A; 4Z9W B; 3PUB A; 3WIN C; 2Z48 A; 3I29 B; 3EF2 A; 4OUJ A; 3Q7X A; 4LO7 B; 3HAL A; 1IIL A; 4J2S A; 3P6I A; 3I2X A; 3CA1 A; 4A7Y A; 3NBC A; 1BLA A; 3A21 A; 3JUT A; 1JT3 A; 1TP0 A; 3WMU A; 1IRP A; 3BA4 A; 4LO7 C; 1HWO B; 2Q9X A; 4PC4 A; 4QC4 A; 2D7R A; 3PME A; 4OEG A; 3F1R A; 4J23 B; 4LO0 A; 3ZXG A; 1FMM S; 4MZG B; 2NVH A; 5JMC A; 4ION A; 3VT1 A; 2AFG A; 1ONK B; 2D7I A; 2X2S A; 1F31 A; 3MPP G; 4OEE A; 2K43 A; 3WA1 A; 3AKG A; 1AFC A; 31BI A; 4J2Y A; 2RST A; 4ZBV B; 1QXM A; 2QYI B; 3N0K A; 3JRR A; 4ZFU B; 1HKN A; 5BXR A; 2Y9F A; 2E4M A; 4Q9P A; 4EFP A; 3N7L A; 2ZQN A; 3S8K A; 3O3Q A; 1II4 A; 3FJ8 A; 2J3P A; 1XZZ A; 1RZO B; 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